View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2705_low_4 (Length: 593)

Name: NF2705_low_4
Description: NF2705
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2705_low_4
NF2705_low_4
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (1-578)||(41127042-41127621)
chr8 (267-364)||(26494893-26494990)
chr8 (111-208)||(26506761-26506858)
chr8 (105-181)||(26494710-26494786)
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (9-489)||(2327023-2327500)
chr2 (9-489)||(2321169-2321647)
chr2 (9-478)||(2351044-2351510)
chr2 (9-489)||(2303468-2303945)
chr2 (9-489)||(2293855-2294332)
chr2 (9-481)||(2330738-2331207)
chr2 (9-489)||(2310186-2310663)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (267-374)||(15176295-15176402)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (250-313)||(55017070-55017133)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 525; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 525; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 578
Target Start/End: Original strand, 41127042 - 41127621
Alignment:
Q  1 aggaaattaaagaggaagacttgcagaacctaccatatctaaagtgtgtgattttggaagggctgaggcgtcacccaccggggcactttgtgttgcccca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41127042 aggaaattaaagaggaagacttgcagaacctaccatatctaaagtgtgtgattttggaagggctgaggtgtcacccaccggggcactttgtgttgcccca 41127141  T
Q  101 tgcggtgaaggaggatgtggttttcaacggttacttgctgcctaaaaatgcggtagtgaatttcatggtggcagacatagggagggaccctcgtgtttgg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  41127142 tgcggtgaaggaggatgtggttttcgacggttacttgctgcctaaaaatgtggtagtgaatttcatggtggcagacatagggagggaccctagtgtttgg 41127241  T
Q  201 gaagatccattggagtttaaacctgaaaggtttttgaaggatgaggcttttgatattaccgggaccaaagagataaagatgatgccgtttggagttggga 300  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41127242 gaagatccattggagtttaaaccagaaaggtttttgaaggatgaggcttttgatattaccgggactaaagagataaagatgatgccgtttggagttggga 41127341  T
Q  301 ggagaatttgtcccggatataatttagctttggtccatttggaatactttgtggctaatttggtctggaattttaattggaagattccagagggagctgg 400  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  41127342 ggagaatttgtcctggatataatttagctttgctccatttggaatactttgtggctaatttggtctggaattttaattggaagattctagagggagctgg 41127441  T
Q  401 ttatgttgatttgtcggaaaaaactgaattcaccgtggttatgaaaaatcaactgcaagttcatatttctcctaggatctaaattatgtcatatgtgtac 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  41127442 ttatgttgatttgtcggaaaaaactgaattcaccgtggttatgaaaaatccactgcaagttcatatttctcctaggatctaaattatgtgatatgtgtac 41127541  T
Q  501 ctgtactctttgagcagg--tatatataataataacattttgattcagttgttagtccaagtaaaattaatgtttgatgt 578  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41127542 ctgtactctttgagcaggtatatatataataataacattttgattcagttgttagtccaagtaaaattaatgtttgatgt 41127621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 267 - 364
Target Start/End: Original strand, 26494893 - 26494990
Alignment:
Q  267 aaagagataaagatgatgccgtttggagttgggaggagaatttgtcccggatataatttagctttggtccatttggaatactttgtggctaatttggt 364  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||| |  ||||| || ||  || ||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  26494893 aaagagataaagatgatgccgtttggagcagggaggaggatttgtcctgcctataaattggcaatgctccatttagaatactttgttgctaatttggt 26494990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 111 - 208
Target Start/End: Original strand, 26506761 - 26506858
Alignment:
Q  111 gaggatgtggttttcaacggttacttgctgcctaaaaatgcggtagtgaatttcatggtggcagacatagggagggaccctcgtgtttgggaagatcc 208  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||| |  ||| ||||| |||||||||||  | ||| |||| ||  |||||||||| |||||    
T  26506761 gaggatgtgatttttaacggttacttggtgcctaaaaatgggacagttaattttatggtggcagaggttgggtgggatccaagtgtttgggaggatcc 26506858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 105 - 181
Target Start/End: Original strand, 26494710 - 26494786
Alignment:
Q  105 gtgaaggaggatgtggttttcaacggttacttgctgcctaaaaatgcggtagtgaatttcatggtggcagacatagg 181  Q
    |||| ||||||| | ||||| || ||||||||| |||||||||||| |   |||||||| ||||||||||| |||||    
T  26494710 gtgacggaggatattgttttgaatggttacttggtgcctaaaaatgggactgtgaattttatggtggcagatatagg 26494786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 215; Significance: 1e-118; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 9 - 489
Target Start/End: Original strand, 2327023 - 2327500
Alignment:
Q  9 aaagaggaagacttgcagaacctaccatatctaaagtgtgtgattttggaagggctgaggcgtcacccaccggggcactttgtgttgccccatgcggtga 108  Q
    ||||||||||||||||| || || |  ||| | ||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||    
T  2327023 aaagaggaagacttgcataaacttcggtatttgaagtgtgtggttttggaagggttgaggcgtcatccaccagggcattttgtgttgcctcatgcagtga 2327122  T
Q  109 aggaggatgtggttttcaacggttacttgctgcctaaaaatgcggtagtgaatttcatggtggcagacatagggagggaccctcgtgtttgggaagatcc 208  Q
      || ||||||||||| || ||||| ||| |||||||||||| |   |||||||||||||||||||| || |||  ||| |||||||||||||| |||||    
T  2327123 gcgatgatgtggttttgaatggttatttggtgcctaaaaatgggacggtgaatttcatggtggcagagatggggttggatcctcgtgtttgggaggatcc 2327222  T
Q  209 attggagtttaaacctgaaaggtttttgaaggatgaggcttttgatattaccgggaccaaagagataaagatgatgccgtttggagttgggaggagaatt 308  Q
    | |||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||  |||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  2327223 aatggagtttaagccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgatattacagggagtaaagagatcaagatgatgccgtttggagctggtaggagaatt 2327322  T
Q  309 tgtcccggatataatttagctttggtccatttggaatactttgtggctaatttggtctggaattttaattggaagattccagagggagctggttatgttg 408  Q
    ||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||  |||||||| |||| |||||   |||  |||| |    
T  2327323 tgtccgggatataatttagctttactccatttggaatattttgtggctaatttggtttggaatttcgattggaaggttccggaggg---tggccatgtcg 2327419  T
Q  409 atttgtcggaaaaaactgaattcaccgtggttatgaaaaatcaactgcaagttcatatttctcctaggatctaaattatgt 489  Q
    ||||||| ||||||  ||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||| ||| || || |||||||    
T  2327420 atttgtcagaaaaatttgaattcaccgtggtgatgaaaaatccattgcaagttcatatttctcatagaatatagattatgt 2327500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 9 - 489
Target Start/End: Original strand, 2321169 - 2321647
Alignment:
Q  9 aaagaggaagacttgcagaacctaccatatctaaagtgtgtgattttggaagggctgaggcgtcacccacc-ggggcactttgtgttgccccatgcggtg 107  Q
    ||||||||| |||||||||| || | |||| | ||||| ||| ||||||||||| |||||||||| ||||| |||||| ||||||||| | ||  |||||    
T  2321169 aaagaggaaaacttgcagaaacttcgatatttgaagtgcgtggttttggaagggatgaggcgtcatccaccaggggcattttgtgttggcacacacggtg 2321268  T
Q  108 aaggaggatgtggttttcaacggttacttgctgcctaaaaatgcggtagtgaatttcatggtggcagacatagggagggaccctcgtgtttgggaagatc 207  Q
    || |||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||| |   |||||||||||| || | || || | | |||| |||||||||||||| ||||    
T  2321269 aaagaggatgtggttttgaacggttatttggtgcctaaaaatgggacggtgaatttcatgctgtcggagatggcgtgggatcctcgtgtttgggaggatc 2321368  T
Q  208 cattggagtttaaacctgaaaggtttttgaaggatgaggcttttgatattaccgggaccaaagagataaagatgatgccgtttggagttgggaggagaat 307  Q
    || |||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  2321369 caatggagtttaagccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgatattatagggagtaaagagataaagatgatgccgtttggagctggaaggagaat 2321468  T
Q  308 ttgtcccggatataatttagctttggtccatttggaatactttgtggctaatttggtctggaattttaattggaagattccagagggagctggttatgtt 407  Q
    ||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||||| || |||| |||||   |||  |||||    
T  2321469 ttgtcccggacttaatttagctttgctccatttggaatattttgtggctaacttggtttggaatttcaattggcagcttccggaggg---tggccatgtt 2321565  T
Q  408 gatttgtcggaaaaaactgaattcaccgtggttatgaaaaatcaactgcaagttcatatttctcctaggatctaaattatgt 489  Q
    |||||||||||||||  |||||||||  |||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||| | || |||||||    
T  2321566 gatttgtcggaaaaagatgaattcactatggtgatgaaaaatccattgcaagttcatatttctcctagggtatagattatgt 2321647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 9 - 478
Target Start/End: Original strand, 2351044 - 2351510
Alignment:
Q  9 aaagaggaagacttgcagaacctaccatatctaaagtgtgtgattttggaagggctgaggcgtcacccaccggggcactttgtgttgccccatgcggtga 108  Q
    ||||||||||| |||||||| ||    ||||| || |||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||   ||||||||| || |||||||    
T  2351044 aaagaggaagatttgcagaaacttttgtatctgaaatgtgtggttttggaagggttgaggcgtcatccaccggggcataatgtgttgccacacgcggtga 2351143  T
Q  109 aggaggatgtggttttcaacggttacttgctgcctaaaaatgcggtagtgaatttcatggtggcagacatagggagggaccctcgtgtttgggaagatcc 208  Q
      ||||||||| |||| |||||||| ||| |||||||||||| |   || ||||| ||||||||||| || ||| |||| |||||||||||||| |||||    
T  2351144 cagaggatgtgctttttaacggttatttggtgcctaaaaatgggacggtcaattttatggtggcagagatggggtgggatcctcgtgtttgggaggatcc 2351243  T
Q  209 attggagtttaaacctgaaaggtttttgaaggatgaggcttttgatattaccgggaccaaagagataaagatgatgccgtttggagttgggaggagaatt 308  Q
    | |||||||||| || || |||||||||||||||||  | ||||| ||||| ||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||     
T  2351244 aatggagtttaagccagagaggtttttgaaggatgaaacatttgacattacggggagtaaagagataaagatgatgccatttggtgttggtaggagaatc 2351343  T
Q  309 tgtcccggatataatttagctttggtccatttggaatactttgtggctaatttggtctggaattttaattggaagattccagagggagctggttatgttg 408  Q
    |||||||||||||||||||||||| | || |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||  |||||||| |||||||   || |||  ||||||    
T  2351344 tgtcccggatataatttagctttgcttcacttggaatattttgtggctaatttggtttggaatttcgattggaaggttccaga---aggtgggcatgttg 2351440  T
Q  409 atttgtcggaaaaaactgaattcaccgtggttatgaaaaatcaactgcaagttcatatttctcctaggat 478  Q
    ||||||||||||||   |||||||| ||||| |||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||    
T  2351441 atttgtcggaaaaacaagaattcactgtggtgatgaaaaatccattgcaagttcgtatttctcctaggat 2351510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 9 - 489
Target Start/End: Original strand, 2303468 - 2303945
Alignment:
Q  9 aaagaggaagacttgcagaacctaccatatctaaagtgtgtgattttggaagggctgaggcgtcacccaccggggcactttgtgttgccccatgcggtga 108  Q
    ||||||||||| |||||||| || |  ||| | || |||||  ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||| ||||||| || |||||||    
T  2303468 aaagaggaagaattgcagaaacttcggtatttgaaatgtgttgttttggaagggttgaggcgtcatccaccggggcattttctgttgccacacgcggtga 2303567  T
Q  109 aggaggatgtggttttcaacggttacttgctgcctaaaaatgcggtagtgaatttcatggtggcagacatagggagggaccctcgtgtttgggaagatcc 208  Q
    | |||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||| |   |||||||||||| |||| || || ||| |||| |||||||||||||| |||||    
T  2303568 aagaggatgtggttttgaacggttatttggtgcctaaaaatgggacggtgaatttcatgctggcggagatggggtgggatcctcgtgtttgggaggatcc 2303667  T
Q  209 attggagtttaaacctgaaaggtttttgaaggatgaggcttttgatattaccgggaccaaagagataaagatgatgccgtttggagttgggaggagaatt 308  Q
    | |||||||||| || |||||||||| ||||||||||  |||||| ||||| ||||  || |||||||||||||||||||||| || ||  |||||||||    
T  2303668 aatggagtttaagccagaaaggttttggaaggatgagaattttgacattacagggagtaaggagataaagatgatgccgtttgaagctgaaaggagaatt 2303767  T
Q  309 tgtcccggatataatttagctttggtccatttggaatactttgtggctaatttggtctggaattttaattggaagattccagagggagctggttatgttg 408  Q
    ||||| | |  ||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||  |||||||| ||||||||||    || |||||||    
T  2303768 tgtcctgcacttaatttagctttgctccatttagaatattttgtggctaatttggtttggaatttcgattggaagcttccagaggg---cggctatgttg 2303864  T
Q  409 atttgtcggaaaaaactgaattcaccgtggttatgaaaaatcaactgcaagttcatatttctcctaggatctaaattatgt 489  Q
    ||||||||||||||   |||||||   |||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  2303865 atttgtcggaaaaacaagaattcaatatggtgatgaaaaatccattgcaagttcatatttctcctaggatatagattatgt 2303945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 9 - 489
Target Start/End: Original strand, 2293855 - 2294332
Alignment:
Q  9 aaagaggaagacttgcagaacctaccatatctaaagtgtgtgattttggaagggctgaggcgtcacccaccggggcactttgtgttgccccatgcggtga 108  Q
    |||||||||||||||||||| || |  ||| | ||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||| | |||  |||||| || |||||||    
T  2293855 aaagaggaagacttgcagaaacttcggtatttgaagtgtgtggttttggaagggttgaggcgtcatccaccggggaaatttccgttgccacacgcggtga 2293954  T
Q  109 aggaggatgtggttttcaacggttacttgctgcctaaaaatgcggtagtgaatttcatggtggcagacatagggagggaccctcgtgtttgggaagatcc 208  Q
    | ||||||||||||||  ||||||| ||| |||||||||| | |   ||||||||| || |||| || || | |  ||| |||||||||||||| || ||    
T  2293955 aagaggatgtggttttggacggttatttggtgcctaaaaacgggacggtgaatttcttgctggcggagatggcgttggatcctcgtgtttgggaggaccc 2294054  T
Q  209 attggagtttaaacctgaaaggtttttgaaggatgaggcttttgatattaccgggaccaaagagataaagatgatgccgtttggagttgggaggagaatt 308  Q
     ||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| || |  |||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  2294055 gttggagtttaagccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgacattacaggaagtaaagagataaagatgatgccgtttggagctggaagaagaatt 2294154  T
Q  309 tgtcccggatataatttagctttggtccatttggaatactttgtggctaatttggtctggaattttaattggaagattccagagggagctggttatgttg 408  Q
    |||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||  |||||||| ||||||||||    ||  ||||||    
T  2294155 tgtcccggacttaatttagctttgctccatttggaatattttgtggctaacttggtttggaatttcgattggaaggttccagaggg---cgggcatgttg 2294251  T
Q  409 atttgtcggaaaaaactgaattcaccgtggttatgaaaaatcaactgcaagttcatatttctcctaggatctaaattatgt 489  Q
    ||||| |||||| |   ||||||||| |||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  2294252 atttgacggaaatacaagaattcaccatggtgatgaaaaatccattgcaagttcatatttctcctaggatatagattatgt 2294332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 171; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 9 - 481
Target Start/End: Original strand, 2330738 - 2331207
Alignment:
Q  9 aaagaggaagacttgcagaacctaccatatctaaagtgtgtgattttggaagggctgaggcgtcacccaccggggcactttgtgttgccccatgcggtga 108  Q
    ||||||||||||||||| || || |  ||| | ||||| ||| ||||||||||| |||||||||| ||||| ||||| || |||||||| || || ||||    
T  2330738 aaagaggaagacttgcataaacttcggtatttgaagtgcgtggttttggaagggttgaggcgtcatccaccagggcatttcgtgttgcctcacgcagtga 2330837  T
Q  109 aggaggatgtggttttcaacggttacttgctgcctaaaaatgcggtagtgaatttcatggtggcagacatagggagggaccctcgtgtttgggaagatcc 208  Q
      |||||||||||||| || ||||| ||| |||||||| ||| |   |||||||| ||||| ||||| || |||  |||||||||||||||||| |||||    
T  2330838 gcgaggatgtggttttgaatggttatttggtgcctaaagatgggacggtgaattttatggttgcagagatggggttggaccctcgtgtttgggaggatcc 2330937  T
Q  209 attggagtttaaacctgaaaggtttttgaaggatgaggcttttgatattaccgggaccaaagagataaagatgatgccgtttggagttgggaggagaatt 308  Q
    | |||| ||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| || |  |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  2330938 aatggaatttaagccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgacattacaggaagtaaagagataaagatgatgccatttggagctgggaggagaatt 2331037  T
Q  309 tgtcccggatataatttagctttggtccatttggaatactttgtggctaatttggtctggaattttaattggaagattccagagggagctggttatgttg 408  Q
    ||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||  |||||||| |||| |||||   ||||   ||||    
T  2331038 tgtcctggatataatttagctttgcttcatttggaatattttgtggctaatttggtttggaatttcgattggaaggttcccgaggg---tggtcgcgttg 2331134  T
Q  409 atttgtcggaaaaaactgaattcaccgtggttatgaaaaatcaactgcaagttcatatttctcctaggatcta 481  Q
    ||||||| || |||   ||||||||  |||| |||||||||| | |||| | |||||||||||| ||||||||    
T  2331135 atttgtcagagaaacaggaattcactatggtcatgaaaaatccattgcaggctcatatttctccaaggatcta 2331207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 163; E-Value: 9e-87
Query Start/End: Original strand, 9 - 489
Target Start/End: Original strand, 2310186 - 2310663
Alignment:
Q  9 aaagaggaagacttgcagaacctaccatatctaaagtgtgtgattttggaagggctgaggcgtcacccaccggggcactttgtgttgccccatgcggtga 108  Q
    |||||||||||||||||||| ||    ||| | ||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||| ||||| | |||  |||||| || |||||||    
T  2310186 aaagaggaagacttgcagaaactttggtatttgaagtgtgtggttttggaagggttgaggcgtcatccatcggggaaatttccgttgccacacgcggtga 2310285  T
Q  109 aggaggatgtggttttcaacggttacttgctgcctaaaaatgcggtagtgaatttcatggtggcagacatagggagggaccctcgtgtttgggaagatcc 208  Q
    | ||||||||||||||  ||||||| ||| |||||||||| | |   ||||||||| |  |||| || || | |  ||| | |||||||||||| || ||    
T  2310286 aagaggatgtggttttggacggttatttggtgcctaaaaacgggacggtgaatttctttctggcggagatggcgttggatcgtcgtgtttgggaggaccc 2310385  T
Q  209 attggagtttaaacctgaaaggtttttgaaggatgaggcttttgatattaccgggaccaaagagataaagatgatgccgtttggagttgggaggagaatt 308  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||  ||| | || |  |||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  2310386 attggagtttaagccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgtcattccaggaagtaaagagataaagatgatgccgtttggagctggaagaagaatt 2310485  T
Q  309 tgtcccggatataatttagctttggtccatttggaatactttgtggctaatttggtctggaattttaattggaagattccagagggagctggttatgttg 408  Q
    |||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||  |||||||| ||||||||||    ||  ||||||    
T  2310486 tgtcccggacttaatttagctttgctccatttggaatattttgtggctaatttggtttggaatttcgattggaaggttccagaggg---cgggcatgttg 2310582  T
Q  409 atttgtcggaaaaaactgaattcaccgtggttatgaaaaatcaactgcaagttcatatttctcctaggatctaaattatgt 489  Q
    ||||| |||||| |   ||||||||  |||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  2310583 atttgacggaaatacaagaattcactatggtgatgaaaaatccagtgcaagttcatatttctcctaggatatagattatgt 2310663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000002; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 267 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 15176402 - 15176295
Alignment:
Q  267 aaagagataaagatgatgccgtttggagttgggaggagaatttgtcccggatataatttagctttggtccatttggaatactttgtggctaatttggtct 366  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||| ||||| || |||  |||||| ||| | || |||||||||||||| || ||||| || |    
T  15176402 aaagagataaagatgatgccatttggagcagggaggagaatgtgtcctggctatggtttagcattgttgcacttggaatactttgttgccaattttgttt 15176303  T
Q  367 ggaatttt 374  Q
     |||||||    
T  15176302 tgaatttt 15176295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000006; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 250 - 313
Target Start/End: Original strand, 55017070 - 55017133
Alignment:
Q  250 ttgatattaccgggaccaaagagataaagatgatgccgtttggagttgggaggagaatttgtcc 313  Q
    |||||||||| || || |||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||    
T  55017070 ttgatattacaggaactaaagagatgaagatgatgccgtttggtgctgggaggaggatttgtcc 55017133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University