View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2710R-Insertion-8 (Length: 778)

Name: NF2710R-Insertion-8
Description: NF2710R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2710R-Insertion-8
NF2710R-Insertion-8
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (9-778)||(11662378-11663147)
chr6 (9-757)||(11710446-11711194)
chr6 (9-774)||(11673922-11674687)
chr6 (78-774)||(11617566-11618262)
chr6 (9-757)||(11631901-11632649)
chr6 (43-757)||(12093998-12094712)
chr6 (43-757)||(11755223-11755937)
chr6 (100-752)||(11739827-11740479)
[»] scaffold0196 (1 HSPs)
scaffold0196 (18-759)||(11933-12674)
[»] scaffold0019 (1 HSPs)
scaffold0019 (48-774)||(8889-9615)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (76-721)||(44811020-44811665)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 729; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 729; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 778
Target Start/End: Complemental strand, 11663147 - 11662378
Alignment:
9 accaacaccggtgaggtccaaaatagaaagacaatgtatgcctttcttagtagcactgcatatagcaatttgagttccacatttcttaatttttctatag 108  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11663147 accaacaccggcgaggtccaaaatagaaagacaatgtatgcctttcttagtagcactgcatatagcaatttgagttccacatttcttaatttttctatag 11663048  T
109 aacttttaaaatgtgtttcccatgcatatagctttagcactttcatactcacaagagcctcagaactagccttcaatctctcgtcttgtgccaccataag 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11663047 aacttttaaaatgtgtttcccatgcatatagctttagcactttcatactcacaagagcctcagaactagccttcaatctctcgtcttgtgccaccataag 11662948  T
209 ttcactctgaaacttgtgttgcaactttgctagtggagtgttgcaaagcatcgtgagaactatcactgccaatgaagctattgttgctggtccaattgca 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
11662947 ttcactctgaaacttgtgttgcaactttgctagtggagtgttgcaaagcatcgtgagaactatcactgccattgaagctattgttgctggtccaattgca 11662848  T
309 ccaaaaagaattactaatgcaatacacatttggaggattgtggtccaagtctggtgaaaccagaatggaaattctccaattctataagtgtccacagtca 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11662847 ccaaaaagaattactaatgcaatacacatttggaggattgtggtccaagtctggtgaaaccagaatggaaattctccaattctataagtgtccacagtca 11662748  T
409 tataattcattatctcgccactcgagtgaatcaatctagcagaattggatagtcttaatgnnnnnnnataaacgagtgcggtaagtagtgatctaacttt 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
11662747 tataattcattatctcgccactcgagtgaatcaatctagcagaattggatagtcttaatgtttttttataaacgactgcggtaagtagtgatctaacttt 11662648  T
509 cataccaacaagtcttccgcgaaaataccattgtctttgtgatatggattctatgatctttatgaagaaaagtgatatggccaatatataaccttcatat 608  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11662647 catgccaacaagtcttccgcgaaaataccattgtctctgtgatatggattctatgatctttatgaagaaaagtgatatggccaatatataaccttcatat 11662548  T
609 ttgaaactttcatttccctcagaaaccaatataaaagcattaagaagtaaagggccacaagatatagcaagtaccttgagcaaagcaaagaatcctgtta 708  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11662547 ttgaaactttcatttccctcagaaaccaatataaaagcattaagaagtaaagggccacaagatatagcaagtaccttgagcaaagcaaagaatcctgtta 11662448  T
709 ttaaaatctctcttcggtggcaccgaactattgtccataaaaccgatgaatctgatgatggttcattttg 778  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11662447 ttaaaatctctcttcggtggcaccgaactattgtccataaaaccgatgaatctgatgatggttcattttg 11662378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 360; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 757
Target Start/End: Original strand, 11710446 - 11711194
Alignment:
9 accaacaccggtgaggtccaaaatagaaagacaatgtatgcctttcttagtagcactgcatatagcaatttgagttccacatttcttaatttttctatag 108  Q
    ||||||||||||||| ||||||| || |||| || ||||||| | |||| | | || |   ||| ||||||||||||  ||||||| || ||||||||||    
11710446 accaacaccggtgagctccaaaagaggaagagaaggtatgccctacttaattgaaccgatgatatcaatttgagttctgcatttctcaacttttctatag 11710545  T
109 aacttttaaaatgtgtttcccatgcatatagctttagcactttcatactcacaagagcctcagaactagccttcaatctctcgtcttgtgccaccataag 208  Q
     | ||||||||||  ||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11710546 catttttaaaatggttttcccatgcatataacttgagcactttcatattcacaagagcctcggaactagccttcaatctctcgtcttgtgccaccataag 11710645  T
209 ttcactctgaaacttgtgttgcaactttgctagtggagtgttgcaaagcatcgtgagaactatcactgccaatgaagctattgttgctggtccaattgca 308  Q
    ||| ||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||  || |||||||||||  ||| |||||||||||||||| ||||||||||     
11710646 ttcgctctgaaacttgttttgtaactttgctattggagtgttgcaaagcacagtcagaactatcaccaccattgaagctattgttgctagtccaattgct 11710745  T
309 ccaaaaagaattactaatgcaatacacatttggaggattgtggtccaagtctggtgaaaccagaatggaaattctccaattctataagtgtccacagtca 408  Q
    |   |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |    
11710746 cggtaaagaattactaatgcaatacacaattgaaggattgtcgtccatgtctggtgaaaccagaatggaaattctccaattctataagcatccacagtta 11710845  T
409 tataattcattatctcgccactcgagtgaatcaatctagcagaattggatagtcttaatgnnnnnnnataaacgagtgcggtaagtagtgatctaacttt 508  Q
    | |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |        ||||| |  |||||||||||||||||| |||||    
11710846 tgtaattcattatctcaccactagagtgaatcaatctagcagaattggatagccttagtatctttttataaatgtttgcggtaagtagtgatctcacttt 11710945  T
509 cataccaacaagtcttccgcgaaaataccattgtctttgtgatatggattctatgatctttatgaagaaaagtgatatggccaatatataaccttcatat 608  Q
    ||| ||||||||||| |   | |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||  |||||  ||| |||||||||    
11710946 catcccaacaagtctacattggaaataccattgtctttgtgataaggactctatgatctttatgaagaaaagtaatataaccaatgcatagccttcatat 11711045  T
609 ttgaaactttcatttccctcagaaaccaatataaaagcattaagaagtaaagggccacaagatatagcaagtaccttgagcaaagcaaagaatcctgtta 708  Q
    |||||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
11711046 ttgaaactttcattaccttcagaaactaatataaacgcattcagaagtagagggccacaagatattgcaagtaccttgagcaaagcgaagaatcccgtta 11711145  T
709 ttaaaatctctcttcggtggcaccgaactattgtccataaaaccgatga 757  Q
    | | ||| ||||| |  ||||||  || |||||||||||| ||||||||    
11711146 tcagaatatctctcctatggcacaaaattattgtccataataccgatga 11711194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 325; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 774
Target Start/End: Original strand, 11673922 - 11674687
Alignment:
9 accaacaccggtgaggtccaaaatagaaagacaatgtatgcctttcttagtagcactgcatatagcaatttgagttccacatttcttaatttttctatag 108  Q
    ||||||| ||||||| ||||||| |||||||||| |||||   |||||| | |||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||  |  | ||| |    
11673922 accaacatcggtgagctccaaaaaagaaagacaaggtatgttcttcttaattgcactgcagataacaacttgagttccacatttcttaggtaatatatgg 11674021  T
109 aacttttaaaatgtgtttcccatgcatatagctttagcactttcatactcacaagagcctcagaactagccttcaatctctcgtcttgtgccaccataag 208  Q
    || |||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||| || || |||||||| ||||| |||||||| ||    
11674022 aatttttaaaatgggtttcccatgcatatagcttcaacactttcatattcacaagagcctcagaactcgcttttaatctctcatcttgcgccaccattag 11674121  T
209 ttcactctgaaacttgtgttgcaactttgctagtggagtgttgcaaagcatcgtgagaactatcactgccaatgaagctattgttgctggtccaattgca 308  Q
    ||  ||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||  ||||||| ||||||| ||| ||||||||  |||||  |||| ||||||    
11674122 tttgctctgaaacttgtgttgtagctttgctagcggagtgttgcaaagcacggtgagaattatcactaccagtgaagctacggttgcaagtccgattgca 11674221  T
309 ccaaaaagaattactaatgcaatacacatttggaggattgtggtccaagtctggtgaaaccagaatggaaattctccaattctataagtgtccacagtca 408  Q
    | ||||||||| |||||||||||||||| ||| || ||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
11674222 cgaaaaagaatcactaatgcaatacacagttgaagaattgttgtccaagtcttgtgaaaccaaaatggaaattctccaattctataagcatccacagtca 11674321  T
409 tataattcattatctcgccactcgagtgaatcaatctagcagaattggatagtcttaatgnnnnnnnataaacgagtgcggtaagtagtgatctaacttt 508  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||| |||||||| ||||||        || || |  ||| |||||||||||||| || ||    
11674322 tataattcattatctcgccactagagtgaactaatctagcagagttggatagccttaatatttttttatgaatggctgcagtaagtagtgatctgacctt 11674421  T
509 cataccaacaagtcttccgcgaaaataccattgtctttgtgatatggattctatgatctttatgaagaaaagtgatatggccaatatataaccttcatat 608  Q
    ||| || | ||| || |  || ||||||||||||| ||| |||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||    
11674422 catccctataagcctactacggaaataccattgtcgttgcgataaggattctaggatctttataaagaaaagtgatattgccaatacataaccttcatat 11674521  T
609 ttgaaactttcatttccctcagaaaccaatataaaagcattaagaagtaaagggccacaagatatagcaagtaccttgagcaaagcaaagaatcctgtta 708  Q
    |  ||||||| ||| || |||| ||||||||||||  |||| ||||||||||| ||| |||||| ||  |||||||||||||||||||||||||| ||||    
11674522 tcaaaacttttattgccttcagcaaccaatataaactcattcagaagtaaaggaccagaagatagagtgagtaccttgagcaaagcaaagaatccggtta 11674621  T
709 ttaaaatctctcttcggtggcaccgaactattgtccataaaaccgatgaatctgatgatggttcat 774  Q
    | |||||||||||| ||||||||  || ||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||    
11674622 tcaaaatctctctttggtggcacgcaattattgtccataaaacggacgaatgtgatgatggttcat 11674687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 260; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 78 - 774
Target Start/End: Complemental strand, 11618262 - 11617566
Alignment:
78 ttgagttccacatttcttaatttttctatagaacttttaaaatgtgtttcccatgcatatagctttagcactttcatactcacaagagcctcagaactag 177  Q
    |||||||| ||||||||||| || |||| |  | ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||| ||||| |    
11618262 ttgagttcgacatttcttaaattatctacaacatttttaaaatgtgtttcccatgcatatagcttcaacactttcatattcacaagagcctccgaactcg 11618163  T
178 ccttcaatctctcgtcttgtgccaccataagttcactctgaaacttgtgttgcaactttgctagtggagtgttgcaaagcatcgtgagaactatcactgc 277  Q
    |||| |||||||| ||||| |||||||||||||   | |||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||  |    
11618162 cctttaatctctcatcttgcgccaccataagttgggtttgaaacttgtgttgtaagtttgctagtggagcgttgcaaagcacagtgagaactatcaccac 11618063  T
278 caatgaagctattgttgctggtccaattgcaccaaaaagaattactaatgcaatacacatttggaggattgtggtccaagtctggtgaaaccagaatgga 377  Q
    |||||| || | ||||||| |||||||||  |  ||||||||||  ||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||    
11618062 caatgatgcgagtgttgctagtccaattgtgcggaaaagaattatcaatgcaatacacaattggaggcttgttgtccaagtctggtgaaaccaaaatgga 11617963  T
378 aattctccaattctataagtgtccacagtcatataattcattatctcgccactcgagtgaatcaatctagcagaattggatagtcttaatgnnnnnnnat 477  Q
    |||||||||||||||||||  || ||||| | ||||||||||||||| ||||  |||||| |||||||||| ||||| ||||| |||||         ||    
11617962 aattctccaattctataagcatcgacagtaacataattcattatctcaccaccagagtgattcaatctagccgaatttgatagacttaacatttttttat 11617863  T
478 aaacgagtgcggtaagtagtgatctaactttcataccaacaagtcttccgcgaaaataccattgtctttgtgatatggattctatgatctttatgaagaa 577  Q
    ||  |  ||| |||||||  |||| || |||||  ||||||||||| | ||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||  | |||    
11617862 aagtggctgcagtaagtaaagatcgaattttcactccaacaagtctactgcggaaataccattgtctttgagatatagattctatgatctttacaaggaa 11617763  T
578 aagtgatatggccaatatataaccttcatatttgaaactttcatttccctcagaaaccaatataaaagcattaagaagtaaagggccacaagatatagca 677  Q
     | ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||  |||| ||||  | ||| ||| ||||||  |      
11617762 gattgatatggctaataaataaccttcatatttgaaactttcattaccttcagcaaccaatataaattcattcagaatcataggaccagaagatagtgtg 11617663  T
678 agtaccttgagcaaagcaaagaatcctgttattaaaatctctcttcggtggcaccgaactattgtccataaaaccgatgaatctgatgatggttcat 774  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||   |||||||  || ||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||    
11617662 agtaccttgagaaaagcgaagaatcctgttatcaaaatctctctcttgtggcacaaaattattgtccataaaaccgacaaatgtgatgatggttcat 11617566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 240; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 9 - 757
Target Start/End: Original strand, 11631901 - 11632649
Alignment:
9 accaacaccggtgaggtccaaaatagaaagacaatgtatgcctttcttagtagcactgcatatagcaatttgagttccacatttcttaatttttctatag 108  Q
    ||||||| ||| ||||||||||| ||||||||  | ||||    ||||| | |||||||||||| || ||| |||||| ||||||||||    || | |     
11631901 accaacatcggcgaggtccaaaagagaaagacgttatatgttcgtcttaattgcactgcatataacattttcagttccgcatttcttaaaaaatcgacaa 11632000  T
109 aacttttaaaatgtgtttcccatgcatatagctttagcactttcatactcacaagagcctcagaactagccttcaatctctcgtcttgtgccaccataag 208  Q
     | ||||||||||  ||||||| ||||| | ||| | |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
11632001 catttttaaaatgattttcccacgcatacaacttcaacactttcatattcacaagagcctccgaactagcctttaatctctcatcttgtgccaccataag 11632100  T
209 ttcactctgaaacttgtgttgcaactttgctagtggagtgttgcaaagcatcgtgagaactatcactgccaatgaagctattgttgctggtccaattgca 308  Q
    ||  |||||| |||||||||| |||||||||||||||   ||||||| ||  |||||||||||||| |||||||| || |  |||||| |||||||||      
11632101 tttgctctgatacttgtgttgtaactttgctagtggataattgcaaatcacagtgagaactatcaccgccaatgatgcaagcgttgctagtccaattgtg 11632200  T
309 ccaaaaagaattactaatgcaatacacatttggaggattgtggtccaagtctggtgaaaccagaatggaaattctccaattctataagtgtccacagtca 408  Q
    |  ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  || ||  |||    
11632201 cggaaaagaattactaatgcaatacacaattggagaattgttgtccatgtctggtgaaaccagaatggaaattctccgattctataagcatctacgatca 11632300  T
409 tataattcattatctcgccactcgagtgaatcaatctagcagaattggatagtcttaatgnnnnnnnataaacgagtgcggtaagtagtgatctaacttt 508  Q
    | |||||||||||||| ||||  ||||||||||| ||||||||||| ||||| | ||||        ||||| |  |||  |||||||||||||||||||    
11632301 tgtaattcattatctcaccaccagagtgaatcaacctagcagaattcgatagccgtaatattttcttataaatggctgcattaagtagtgatctaacttt 11632400  T
509 cataccaacaagtcttccgcgaaaataccattgtctttgtgatatggattctatgatctttatgaagaaaagtgatatggccaatatataaccttcatat 608  Q
    ||| |||||||||||   | | |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |  || ||||| | |||||||| |||||||||||||    
11632401 catcccaacaagtctagtgtggaaataccattgtctttgtgatagggattctatgatttttataacaaagagtgaaacggccaatacataaccttcatat 11632500  T
609 ttgaaactttcatttccctcagaaaccaatataaaagcattaagaagtaaagggccacaagatatagcaagtaccttgagcaaagcaaagaatcctgtta 708  Q
    ||||||||||| || ||||| | ||||||||| || ||||||||||||| |||   | |||||| ||| |||||||| | ||| ||||||||||| ||||    
11632501 ttgaaactttcgttaccctcggcaaccaatatgaaggcattaagaagtagaggagtagaagatagagcgagtaccttaaacaacgcaaagaatccggtta 11632600  T
709 ttaaaatctctcttcggtggcaccgaactattgtccataaaaccgatga 757  Q
      ||||||||||| |  ||||||  ||  || |||||||||||||||||    
11632601 ccaaaatctctctccaatggcacaaaaagatggtccataaaaccgatga 11632649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 182; E-Value: 5e-98
Query Start/End: Original strand, 43 - 757
Target Start/End: Original strand, 12093998 - 12094712
Alignment:
43 tgtatgcctttcttagtagcactgcatatagcaatttgagttccacatttcttaatttttctatagaacttttaaaatgtgtttcccatgcatatagctt 142  Q
    |||||||||||  || || ||||| | ||| ||||||  |||| ||| ||||||   |||| || ||| ||||||||||  ||||||||||||||| |||    
12093998 tgtatgccttttgtaataacactgaagataacaatttttgttcaacaattcttaggatttcaatggaatttttaaaatgcatttcccatgcatataactt 12094097  T
143 tagcactttcatactcacaagagcctcagaactagccttcaatctctcgtcttgtgccaccataagttcactctgaaacttgtgttgcaactttgctagt 242  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| || || ||||| ||||||| ||||| |||  || |||| ||||| ||||||||||||    
12094098 tagcactttcatattcaccagagcctcagaactagccttcaacctttcatcttgggccaccagaagtttactaagatacttatgttgtaactttgctagt 12094197  T
243 ggagtgttgcaaagcatcgtgagaactatcactgccaatgaagctattgttgctggtccaattgcaccaaaaagaattactaatgcaatacacatttgga 342  Q
    ||||  ||  ||| ||  || | |||||||||  ||||||| || ||||||||   |||||| |||| |||||||||||||||||||||  | | |||||    
12094198 ggagcattcaaaaacacggtcaaaactatcaccaccaatgacgcaattgttgccaatccaatagcacgaaaaagaattactaatgcaattgatagttgga 12094297  T
343 ggattgtggtccaagtctggtgaaaccagaatggaaattctccaattctataagtgtccacagtcatataattcattatctcgccactcgagtgaatcaa 442  Q
    ||| ||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |  |||||| ||| ||| ||||||||||| || || |||||||||||    
12094298 ggactgttgtccatgtctggtgaaaccagaacggaaattctccgattctatacgcatccacattcacatagttcattatctcaccgctagagtgaatcaa 12094397  T
443 tctagcagaattggatagtcttaatgnnnnnnnataaacgagtgcggtaagtagtgatctaactttcataccaacaagtcttccgcgaaaataccattgt 542  Q
    |||||||| |||||||| | | | |        |||||    ||| |||||||  ||||||||||||||||||| ||  |||  |||||||||||||||     
12094398 tctagcagcattggataatttcagttgtttcctataaatagatgcagtaagtaacgatctaactttcataccaataacccttgagcgaaaataccattgc 12094497  T
543 ctttgtgatatggattctatgatctttatgaagaaaagtgatatggccaatatataaccttcatatttgaaactttcatttccctcagaaaccaatataa 642  Q
    ||||| |||| ||| ||||  ||||| || || |||||||| |||||||| | |||||||||| |||||||||||| ||| |||||||  |||| |||||    
12094498 ctttgagatagggactctaaaatcttgataaacaaaagtgagatggccaaaaaataaccttcaaatttgaaactttgattaccctcagccaccagtataa 12094597  T
643 aagcattaagaagtaaagggccacaagatatagcaagtaccttgagcaaagcaaagaatcctgttattaaaatctctcttcggtggcaccgaactattgt 742  Q
    | ||||| | || || ||| | | |||| | ||  ||||||||||| || ||||| ||||| | ||| ||||||||||| |||||||||  ||| |||||    
12094598 aggcattcaaaattataggacaagaagaaagagtgagtaccttgagaaatgcaaaaaatccagatatcaaaatctctctccggtggcacaaaacgattgt 12094697  T
743 ccataaaaccgatga 757  Q
    |||||| ||||||||    
12094698 ccataacaccgatga 12094712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 146; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 43 - 757
Target Start/End: Complemental strand, 11755937 - 11755223
Alignment:
43 tgtatgcctttcttagtagcactgcatatagcaatttgagttccacatttcttaatttttctatagaacttttaaaatgtgtttcccatgcatatagctt 142  Q
    |||||||||||  || |||||||| | ||| ||||||   ||| ||| ||||||   |||| || ||| ||||||||||  ||||||||||||||| |||    
11755937 tgtatgccttttgtaatagcactgaagataacaatttttcttcaacaattcttaggatttcaatggaatttttaaaatgcatttcccatgcatataactt 11755838  T
143 tagcactttcatactcacaagagcctcagaactagccttcaatctctcgtcttgtgccaccataagttcactctgaaacttgtgttgcaactttgctagt 242  Q
    ||||||||||||  |||| ||||||||||||||||| ||||| || || ||||| ||||||| ||||| |||  || |||| ||||| ||||||||||||    
11755837 tagcactttcatgttcaccagagcctcagaactagctttcaacctttcatcttgggccaccagaagtttacttagatacttatgttgtaactttgctagt 11755738  T
243 ggagtgttgcaaagcatcgtgagaactatcactgccaatgaagctattgttgctggtccaattgcaccaaaaagaattactaatgcaatacacatttgga 342  Q
    ||||  ||  ||||||  || | || ||||||  |||| || || ||||||||   |||||| || | |||||||||||||||||||||  | | |||||    
11755737 ggagcattcaaaagcacggtcaaaaatatcaccaccaacgatgcaattgttgccaatccaatagcgcgaaaaagaattactaatgcaattgatagttgga 11755638  T
343 ggattgtggtccaagtctggtgaaaccagaatggaaattctccaattctataagtgtccacagtcatataattcattatctcgccactcgagtgaatcaa 442  Q
    ||| ||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| |  |||||  ||| ||| ||||||||||| || || |||||||||||    
11755637 ggactgttgtccatgtctggtgaaaccaaaacggaaattctccgattctataggcatccacgttcacatagttcattatctcaccgctagagtgaatcaa 11755538  T
443 tctagcagaattggatagtcttaatgnnnnnnnataaacgagtgcggtaagtagtgatctaactttcataccaacaagtcttccgcgaaaataccattgt 542  Q
    |||||||| |||||||| | | |||        |||||    |||  |||||| ||| |||||||||||||||| ||  |||  |||||||||||||||     
11755537 tctagcagcattggataatttcaattgtttcttataaattgatgcaataagtaatgacctaactttcataccaataacccttgagcgaaaataccattgc 11755438  T
543 ctttgtgatatggattctatgatctttatgaagaaaagtgatatggccaatatataaccttcatatttgaaactttcatttccctcagaaaccaatataa 642  Q
    ||||| |||| ||| ||||  ||||| || || |||||||| || ||||| |  ||||||||| |||||||||||| ||| |||||||  |||| |||||    
11755437 ctttgagatagggactctaaaatcttgataaacaaaagtgagattgccaaaaagtaaccttcaaatttgaaactttgattaccctcagccaccagtataa 11755338  T
643 aagcattaagaagtaaagggccacaagatatagcaagtaccttgagcaaagcaaagaatcctgttattaaaatctctcttcggtggcaccgaactattgt 742  Q
    | ||||| |  | || ||| | | |||| | ||  ||||||||||| || ||||||||||| | ||| ||||||||||| ||||||||   ||| |||||    
11755337 aggcattcaatattataggacaagaagaaagagtgagtaccttgagaaatgcaaagaatccagatatcaaaatctctctccggtggcaaaaaacaattgt 11755238  T
743 ccataaaaccgatga 757  Q
    |||||| ||||||||    
11755237 ccataacaccgatga 11755223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 140; E-Value: 6e-73
Query Start/End: Original strand, 100 - 752
Target Start/End: Original strand, 11739827 - 11740479
Alignment:
100 tttctatagaacttttaaaatgtgtttcccatgcatatagctttagcactttcatactcacaagagcctcagaactagccttcaatctctcgtcttgtgc 199  Q
    ||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||| ||| | |||||||| | |||| |||||||| ||||||||||| || || || ||||||||    
11739827 tttctatagcatttttaaaatgggtttcccatgcatataacttcaacactttcacattcactagagcctcggaactagcctttaacctttcatcttgtgc 11739926  T
200 caccataagttcactctgaaacttgtgttgcaactttgctagtggagtgttgcaaagcatcgtgagaactatcactgccaatgaagctattgttgctggt 299  Q
    ||| | |||||  ||  || |||| ||||| ||||||||||||||||| ||  | |||  ||| | |||||||||  |||| || || ||||| ||  |     
11739927 cacgagaagtttgcttagatacttatgttgtaactttgctagtggagtatttaatagcgccgtcaaaactatcaccaccaacgatgcaattgtcgcaagc 11740026  T
300 ccaattgcaccaaaaagaattactaatgcaatacacatttggaggattgtggtccaagtctggtgaaaccagaatggaaattctccaattctataagtgt 399  Q
    ||||  |||| ||||| ||| || |||| |||||| | |||||| | ||| ||||| |  ||||||||||| || || |||||||||||||||||||  |    
11740027 ccaaccgcacgaaaaataatgaccaatgaaatacatagttggagaaatgttgtccatgaatggtgaaaccaaaacggtaattctccaattctataagcat 11740126  T
400 ccacagtcatataattcattatctcgccactcgagtgaatcaatctagcagaattggatagtcttaatgnnnnnnnataaacgagtgcggtaagtagtga 499  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||| ||||||||  || | |        |||||||  ||||  ||||| |||    
11740127 ccacattcacataattcattatctcgccaccagagtgaatcaatttagcagcattggataacctcagttgtttcttataaacggctgcgacaagtaatga 11740226  T
500 tctaactttcataccaacaagtcttccgcgaaaataccattgtctttgtgatatggattctatgatctttatgaagaaaagtgatatggccaatatataa 599  Q
      ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| || ||||| |||| ||||||||| || ||| | || |||||||| ||||| |||| ||||    
11740227 cttaactttcataccaacaagtctagcgcgaaaataccactgcctttgggataaggattctataatttttgtaaacaaaagtgagatggctaatacataa 11740326  T
600 ccttcatatttgaaactttcatttccctcagaaaccaatataaaagcattaagaagtaaagggccacaagatatagcaagtaccttgagcaaagcaaaga 699  Q
    | |||||||||| ||||||||||  |||| |   |||| ||||| ||||| | || || ||| | |||||| |  || ||||||||||| || |||||||    
11740327 ctttcatatttggaactttcattatcctcggccgccaaaataaaggcattcaaaattataggacaacaagaaagtgcgagtaccttgagtaatgcaaaga 11740426  T
700 atcctgttattaaaatctctcttcggtggcaccgaactattgtccataaaacc 752  Q
    |||||| ||| ||||| ||||| || ||||||  || |||||||| |||||||    
11740427 atcctgatatcaaaatttctctacgatggcacaaaattattgtccgtaaaacc 11740479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0196 (Bit Score: 249; Significance: 1e-138; HSPs: 1)
Name: scaffold0196
Description:

Target: scaffold0196; HSP #1
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 18 - 759
Target Start/End: Complemental strand, 12674 - 11933
Alignment:
18 ggtgaggtccaaaatagaaagacaatgtatgcctttcttagtagcactgcatatagcaatttgagttccacatttcttaatttttctatagaacttttaa 117  Q
    ||||||| |||||| ||||||||| ||||||   |||||| | |||| | | ||| ||||||||||||||||||||||||    |||| |    ||||||    
12674 ggtgaggcccaaaagagaaagacattgtatgttcttcttaattgcacggaagataacaatttgagttccacatttcttaagcaatctacaacgtttttaa 12575  T
118 aatgtgtttcccatgcatatagctttagcactttcatactcacaagagcctcagaactagccttcaatctctcgtcttgtgccaccataagttcactctg 217  Q
    ||||  |||||||||||||||| || | |||||||||| ||   ||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
12574 aatggttttcccatgcatatagtttcaacactttcatattcgtgagagcttcagaactaacctttaatctctcgtcttgtgccaacataagtttactctg 12475  T
218 aaacttgtgttgcaactttgctagtggagtgttgcaaagcatcgtgagaactatcactgccaatgaagctattgttgctggtccaattgcaccaaaaaga 317  Q
    ||| |||| ||| ||||||| ||||||||  ||||||||||  |||||||||||||| |||| ||| |||| ||||||| |||||||||  |  |||||     
12474 aaatttgtattgtaactttgatagtggagcattgcaaagcacggtgagaactatcaccgccattgatgctagtgttgctagtccaattgtgcggaaaagg 12375  T
318 attactaatgcaatacacatttggaggattgtggtccaagtctggtgaaaccagaatggaaattctccaattctataagtgtccacagtcatataattca 417  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||    
12374 attactaatgcaatacacaattggaggattgttgtccaagtttggtgaaaccaaaatggaaattctccaattctataagcatccaccgtcatataattca 12275  T
418 ttatctcgccactcgagtgaatcaatctagcagaattggatagtcttaatgnnnnnnnataaacgagtgcggtaagtagtgatctaactttcataccaac 517  Q
    |||| || ||||  ||||||| |||||| || | ||||||||  ||||||        | ||| |  ||| |||||| |||||||||||||||| |||||    
12274 ttatttcaccacctgagtgaaccaatctcgctgtattggataaccttaatatttttttagaaatggttgcagtaagttgtgatctaactttcattccaac 12175  T
518 aagtcttccgcgaaaataccattgtctttgtgatatggattctatgatctttatgaagaaaagtgatatggccaatatataaccttcatatttgaaactt 617  Q
    ||||||   ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
12174 aagtctagtgcggaaataccattgtctttgtgatagggattctatgatttttataaagaagagtgacatggctaatatataaccttcatatttgaaactt 12075  T
618 tcatttccctcagaaaccaatataaaagcattaagaagtaaagggccacaagatatagcaagtaccttgagcaaagcaaagaatcctgttattaaaatct 717  Q
    ||||| ||||||| ||||| |||||| || || ||||||| |||   | |||||| ||| ||||||||||  |||||||| || || ||||  ||||| |    
12074 tcattaccctcagcaaccattataaaggcgttcagaagtagaggagtaaaagatagagcgagtaccttgaaaaaagcaaacaacccggttaccaaaattt 11975  T
718 ctcttcggtggcaccgaactattgtccataaaaccgatgaat 759  Q
    ||||  |||||||   ||  |||||||||||||  |||||||    
11974 ctctctggtggcataaaatgattgtccataaaattgatgaat 11933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019 (Bit Score: 246; Significance: 1e-136; HSPs: 1)
Name: scaffold0019
Description:

Target: scaffold0019; HSP #1
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 48 - 774
Target Start/End: Original strand, 8889 - 9615
Alignment:
48 gcctttcttagtagcactgcatatagcaatttgagttccacatttcttaatttttctatagaacttttaaaatgtgtttcccatgcatatagctttagca 147  Q
    ||||||||||   |||||||  |||||||||||||||||||||||| ||| |  | || |  | ||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||    
8889 gcctttcttaactgcactgctgatagcaatttgagttccacatttcgtaagtaatatacaacatttttaaaatgtgtttcccatgcatataacttcaaca 8988  T
148 ctttcatactcacaagagcctcagaactagccttcaatctctcgtcttgtgccaccataagttcactctgaaacttgtgttgcaactttgctagtggagt 247  Q
    |||||||| | |||| || |||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||  || ||||||||||| |  ||||| |||||  |||     
8989 ctttcatagtaacaaaagactcaaaactagcctttaatctctcatcttgtgccaccataagttgcctttgaaacttgtgctctaacttggctaggcgagc 9088  T
248 gttgcaaagcatcgtgagaactatcactgccaatgaagctattgttgctggtccaattgcaccaaaaagaattactaatgcaatacacatttggaggatt 347  Q
     ||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||| ||||   ||||| |||||||||  |  ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
9089 attgcaaagcatagtgagaattatcattgccaatgatgctagaattgctagtccaattgtgcggaaaagaattactaatgcaatacacagttggaggctt 9188  T
348 gtggtccaagtctggtgaaaccagaatggaaattctccaattctataagtgtccacagtcatataattcattatctcgccactcgagtgaatcaatctag 447  Q
    || |||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||  || ||  | |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||    
9189 gttgtccaagtctggtgaaaccaaaccggaaattctccaattctataagcatctacgattatataattgattatctcaccactagagtgaatcaatctag 9288  T
448 cagaattggatagtcttaatgnnnnnnnataaacgagtgcggtaagtagtgatctaactttcataccaacaagtcttccgcgaaaataccattgtctttg 547  Q
    |||||||||| |  ||||||        ||||| |  |||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |  || |||||||||||||||||    
9289 cagaattggacaaccttaatatttttttataaatggatgcattaagtagtgatctaactttcatcccaacaagtctactccggaaataccattgtctttg 9388  T
548 tgatatggattctatgatctttatgaagaaaagtgatatggccaatatataaccttcatatttgaaactttcatttccctcagaaaccaatataaaagca 647  Q
    ||||| |||| | ||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||| | ||| |||||||||  ||| || |||| |||| |||||||  ||    
9389 tgatacggatccaatgatctttataaagaagagtgatatcgctaatatataaccctgataattgaaacttgtattgccttcagcaaccgatataaattca 9488  T
648 ttaagaagtaaagggccacaagatatagcaagtaccttgagcaaagcaaagaatcctgttattaaaatctctcttcggtggcaccgaactattgtccata 747  Q
    || |||| || ||| ||| ||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||  ||| ||||  || ||||||||| |    
9489 ttcagaaatagaggaccagaagttagagcaagtaccttgagcaaagcaaagagtcctgttatcaaaatctctctctggtagcacaaaattattgtccaaa 9588  T
748 aaaccgatgaatctgatgatggttcat 774  Q
    | ||||| |||| | |||||| |||||    
9589 agaccgacgaatataatgatgattcat 9615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 105; Significance: 5e-52; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 76 - 721
Target Start/End: Complemental strand, 44811665 - 44811020
Alignment:
76 atttgagttccacatttcttaatttttctatagaacttttaaaatgtgtttcccatgcatatagctttagcactttcatactcacaagagcctcagaact 175  Q
    ||||||| ||| |||| ||||||  |||||||||| |||||||    |||||||||||||||| ||| ||||| |||||| ||||||||||||||||| |    
44811665 atttgagctcctcattccttaatccttctatagaatttttaaagctggtttcccatgcatataacttcagcaccttcatattcacaagagcctcagaagt 44811566  T
176 agccttcaatctctcgtcttgtgccaccataagttcactctgaaacttgtgttgcaactttgctagtggagtgttgcaaagcatcgtgagaactatcact 275  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||  || |||||||||||||| |||||||| | ||| |  || ||||| |  |||| |||||| |||    
44811565 agccttcaatctctcatcttgtgctaccataagtttgctttgaaacttgtgttgtaactttgcaattggtgcattacaaagtacagtgataactatgact 44811466  T
276 gccaatgaagctattgttgctggtccaattgcaccaaaaagaattactaatgcaatacacatttggaggattgtggtccaagtctggtgaaaccagaatg 375  Q
     |||  || || ||||| |||   ||||| || |  ||||| ||||| || |  ||||| |  |||| | | || ||||| || |||||||||||| | |    
44811465 accagggaggcaattgtagctatcccaatagcgcggaaaagtattaccaacgagatacatagctggaagctagtagtccatgtttggtgaaaccagtaag 44811366  T
376 gaaattctccaattctataagtgtccacagtcatataattcattatctcgccactcgagtgaatcaatctagcagaattggatagtcttaatgnnnnnnn 475  Q
    |||||||||| ||||||||||  |||||||||| |||||||||||| || || || |||||  |||||||||||||||||||||  || | |            
44811365 gaaattctccgattctataagcatccacagtcacataattcattatttcaccgctagagtgcgtcaatctagcagaattggataacctcagttgcttttt 44811266  T
476 ataaacgagtgcggtaagtagtgatctaactttcataccaacaagtcttccgcgaaaataccattgtctttgtgatatggattctatgatctttatgaag 575  Q
    |||||  | ||| || || || || |||||||| | ||| || |||||   | | |||||||| || ||||| ||||  |||||||| || ||||| |||    
44811265 ataaatcactgcagttagaagagacctaactttgagaccgacgagtctcgagtggaaataccactgcctttgagatagagattctataatttttataaag 44811166  T
576 aaaagtgatatggccaatatataaccttcatatttgaaactttcatttccctcagaaaccaatataaaagcattaagaagtaaagggccacaagatatag 675  Q
    ||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||   || ||    || |||||||| | ||| ||||| || || ||| |||| |  |    
44811165 aaaagtgctatggccaatacaaaaccttcatatttgaaactctcaaaaccttcgacgactaatataaaggaattcagaagcaatggtccagaagacagtg 44811066  T
676 caagtaccttgagcaaagcaaagaatcctgttattaaaatctctct 721  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||| | ||| ||||| |||||    
44811065 caagtaccttaagcaatgcaaagaatccagatatcaaaatttctct 44811020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University