View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2722_high_2 (Length: 885)

Name: NF2722_high_2
Description: NF2722
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2722_high_2
NF2722_high_2
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (18-872)||(34479365-34480221)
chr4 (716-772)||(34489794-34489852)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 671; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 671; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 872
Target Start/End: Complemental strand, 34480221 - 34479365
Alignment:
Q  18 ggaatgagaaaacctttgcttgcttccattgcattcttcttcaattccttcacttgactaatcacttcagcaagtattgtggctttatccatctaaagag 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34480221 ggaatgagaaaacctttgcttgcttccattgcattcttcttcaattccttcacttgactaatcacttcagcaagtattgtggctttatccatctaaagag 34480122  T
Q  118 ttatgaaacattgacccacaaaatcaaattcaacacattttatagttttgaattgcttaaataattttcttttgtaaggnnnnnnnnttgttggtctcta 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        | |||||||||||    
T  34480121 ttatgaaacattgacccacaaaatcaaattcaacacattttatagttttgaattgcttaaataattttcttttgtaaggaaaaaaa-tggttggtctcta 34480023  T
Q  218 taaaatcatgatctatcggcattagcatgtatacaattacaagcaacatagacaactgaattaaccacatatttgaacgtgataagtcatgtgtcgcacg 317  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34480022 taaaatcatgatctatcagcattagcatgtatacaattacaagcaacatagacaactgaattaaccacatatttgaacgtgataagtcatgtgtcgcacg 34479923  T
Q  318 ggtgtacatagagtgcccgtccatgtattattactgtnnnnnnnnnnttattaaattttggttttagtagaatacaacaaatgttcaaaaattaaccaca 417  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34479922 ggtgtacatagagtggacgtccatgtattattactgtaaaaaaaaa-ttattaaattttggttttagtagaatacaacaaatgttcaaaaattaaccaca 34479824  T
Q  418 tatttgaacttaatttagtcaagttgaatgatcctttggtaacattgtcttgaatcattttaataactgatgaagaaaccaacaactgagttgatttatc 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34479823 tatttgaacttaatttagtcaagttgaatgatcctttggtaacattgtcttgaatcattttaataactgatgaagaaaccaacaactgagttgatttatc 34479724  T
Q  518 ----aaggtggatgtagaataattataatattctaactagttttgattatgagatgcttaaaacataaatacaatagtaataattgccccacatcaccat 613  Q
        |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34479723 tatcaaggtggatgaagaataattataatattctaactagttttgattatgagatgcttaaaacataaatacaatagtaataattgccccacatcaccat 34479624  T
Q  614 tatataagttaggcaacaaataaagataagatggcggtgcaactaaaatagctcaagaaactgactgactatctcataccatccagaagaataaattaac 713  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  34479623 tatataagttaggcaacaaataaagataagatggcggtgcaactaaaatagctcaagaaactgactgactgtgtcataccatccagaagaataaattaac 34479524  T
Q  714 tggcatgtccacaacaaaacttgaaagcaatattttaatcaatttgattacaatgaaaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacaaagacatcaa 813  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                         ||||||||||||||    
T  34479523 tggcatgtccacaacaaaacttgaaagcaatattttaatcaatttgattacaatgaaaatgtttcttctcttttttcttttcctttgacaaagacatcaa 34479424  T
Q  814 attaaaatacaccttgtcaaaattgacattagtgtttaatgttttatacttttcttcat 872  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  34479423 attaaaatacaccttgtcaaaattgacattagtgtttaatgttttatacttttgttcat 34479365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 716 - 772
Target Start/End: Complemental strand, 34489852 - 34489794
Alignment:
Q  716 gcatgtccacaacaaaacttgaaagca--atattttaatcaatttgattacaatgaaaa 772  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||  |||| ||||||||| ||||| |||||||||    
T  34489852 gcatgtccacaacaaaactttaaagcaatatatcttaatcaatctgattgcaatgaaaa 34489794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University