View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2722_high_6 (Length: 711)

Name: NF2722_high_6
Description: NF2722
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2722_high_6
NF2722_high_6
[»] scaffold0041 (2 HSPs)
scaffold0041 (1-711)||(87706-88416)
scaffold0041 (1-711)||(95722-96424)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (1-711)||(40877867-40878577)
chr7 (1-711)||(40869858-40870560)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (25-311)||(28346744-28347030)
chr1 (10-113)||(42730140-42730243)
chr1 (634-710)||(28347335-28347411)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (9-98)||(40352688-40352777)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (643-710)||(21716267-21716334)
chr4 (9-63)||(21715642-21715696)


Alignment Details
Target: scaffold0041 (Bit Score: 695; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0041
Description:

Target: scaffold0041; HSP #1
Raw Score: 695; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 711
Target Start/End: Original strand, 87706 - 88416
Alignment:
Q  1 aaacatcaatcttttgcgaaaaccttgacacaatctgatgcaaacaatggtggtggcttttcttgtcctagatattgtgcagaaacgctttttcctcgtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  87706 aaacatcaatcttttgcgaaaaccttgacacaatctgatgcaaacaatggtggtggcttttcttgtcctagatattgtgcagaaacgctttttcctcgtt 87805  T
Q  101 tggactattcagctaaccctcctcttcaggatatttttcccaaggatgttcatggcgaaaagtggcatttcaggcacgtttataggggcacgccgaagag 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  87806 tggactattcagctaaccctcctcttcaggatatttttcccaaggatgttcatggcgaaaagtggcatttcaggcacgtttataggggcacgccgaagag 87905  T
Q  201 gcatttgttgacaactggatggagtccttttgtcagcgacaagaaacttgcgtctggggattcgattgtgtttttgagatctgaaaacggtgatcttcat 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  87906 gcatttgttgacaactggatggagtccttttgtcagcgacaagaaacttgcgtctggggattcgattgtgtttttgagatctgaaaacggcgatcttcat 88005  T
Q  301 gttggaattcggagggctaaaaggcgaaataatgttggagtcgatcctttgtcagggtggaaatctggtagtggaattggaatttgtcctgcaccacctt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  88006 gttggaattcggagggctaaaaggcgaaataatgttggagtcgatcctttgtcagggtggaaatctggtagtggaattggaatttgtgctgcaccacctt 88105  T
Q  401 acggaggatttccatcgttttcgggagaggaagataataaacttcgaaaaaacggtaaaggtaatggattgctaataagtgatggaatgatgggtagggg 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  88106 acggaggatttccatcgttttcgggagaggaagataataaacttcgaagaaacggtaaaggtaatggattgctaataagtgatggaatgatgggtagggg 88205  T
Q  501 gaaggtgaaagctctagaagttattgaagcaataagactcggtactaatatgcagccgtttgatgtggtttattatcctcggtcgggtactcctgagttt 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  88206 gaaggtgaaagctctagaagttattgaagcagtaagactcggtactaatatgcagccgtttgatgtggtttattatcctcggtcgggtactcctgagttt 88305  T
Q  601 tttgtgaaaacttctttaattggaatggcacttcagattaggtggtgtcctggaatgaggttcaagatggccattgaaaccgaggactcatcaaggataa 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  88306 tttgtgaaaacttctttaattggaatggcacttcagattaggtggtgtcctggaatgaggttcaagatggccattgaaaccgaggactcatcaaggataa 88405  T
Q  701 gttggtttatc 711  Q
    |||||||||||    
T  88406 gttggtttatc 88416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0041; HSP #2
Raw Score: 522; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 711
Target Start/End: Original strand, 95722 - 96424
Alignment:
Q  1 aaacatcaatcttttgcgaaaaccttgacacaatctgatgcaaacaatggtggtggcttttcttgtcctagatattgtgcagaaacgctttttcctcgtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||     
T  95722 aaacatcaatcttttgcgaaaaccttgacacaatctgatgcaaacaatggtggtggcttttcttgtcctagatattgtgcagaaatgatttttcctcgta 95821  T
Q  101 tggactattcagctaaccctcctcttcaggatatttttcccaaggatgttcatggcgaaaagtggcatttcaggcacgtttataggggcacgccgaagag 200  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||  || | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  95822 tggactattcaggtaaccctccttttcagggcatatatcccaaggatgttcatggtgaaaagtggcatttcaggcatgtttataggggcacgccgaagag 95921  T
Q  201 gcatttgttgacaactggatggagtccttttgtcagcgacaagaaacttgcgtctggggattcgattgtgtttttgagatctgaaaacggtgatcttcat 300  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||  | ||||||||||||||||||||||| || || | |    
T  95922 gcatttattgacaactggatggagtccatttgtcagtgacaagaaacttgcttctggggattcagtcgtgtttttgagatctgaaaacggcgaactacgt 96021  T
Q  301 gttggaattcggagggctaaaaggcgaaataatgttggagtcgatcctttgtcagggtggaaatctggtagtggaattggaatttgtcctgcaccacctt 400  Q
    ||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  96022 gttggaatttggagggaaaaaaggcgaaataatgttggagtcg--------tcagggtggaaatatggtagtggaattggaatttgtcctgcgccacctt 96113  T
Q  401 acggaggatttccatcgttttcgggagaggaagataataaacttcgaaaaaacggtaaaggtaatggattgctaataagtgatggaatgatgggtagggg 500  Q
    ||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  96114 acggaggatttacatcgttttcagaagaggaagataataaacttagaagaaatggtaaaggcaatggattactaataagtgatggaatgatgggtagggg 96213  T
Q  501 gaaggtgaaagctctagaagttattgaagcaataagactcggtactaatatgcagccgtttgatgtggtttattatcctcggtcgggtactcctgagttt 600  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  96214 gaaggtgaaagttctagaagttattgaagcagtaagactcggtactaatatgcagccgtttgatgtggtttattatcctcggtcgggtactcctgagttt 96313  T
Q  601 tttgtgaaaacttctttaattggaatggcacttcagattaggtggtgtcctggaatgaggttcaagatggccattgaaaccgaggactcatcaaggataa 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  96314 tttgtgaaaacttctttaattggaatcacacttcagattaggtggtgtcctggaatgaggttcaagatgcccattgaaaccgaggactcatcaaggataa 96413  T
Q  701 gttggtttatc 711  Q
    |||||||||||    
T  96414 gttggtttatc 96424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 695; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 695; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 711
Target Start/End: Complemental strand, 40878577 - 40877867
Alignment:
Q  1 aaacatcaatcttttgcgaaaaccttgacacaatctgatgcaaacaatggtggtggcttttcttgtcctagatattgtgcagaaacgctttttcctcgtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40878577 aaacatcaatcttttgcgaaaaccttgacacaatctgatgcaaacaatggtggtggcttttcttgtcctagatattgtgcagaaacgctttttcctcgtt 40878478  T
Q  101 tggactattcagctaaccctcctcttcaggatatttttcccaaggatgttcatggcgaaaagtggcatttcaggcacgtttataggggcacgccgaagag 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40878477 tggactattcagctaaccctcctcttcaggatatttttcccaaggatgttcatggcgaaaagtggcatttcaggcacgtttataggggcacgccgaagag 40878378  T
Q  201 gcatttgttgacaactggatggagtccttttgtcagcgacaagaaacttgcgtctggggattcgattgtgtttttgagatctgaaaacggtgatcttcat 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  40878377 gcatttgttgacaactggatggagtccttttgtcagcgacaagaaacttgcgtctggggattcgattgtgtttttgagatctgaaaacggcgatcttcat 40878278  T
Q  301 gttggaattcggagggctaaaaggcgaaataatgttggagtcgatcctttgtcagggtggaaatctggtagtggaattggaatttgtcctgcaccacctt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  40878277 gttggaattcggagggctaaaaggcgaaataatgttggagtcgatcctttgtcagggtggaaatctggtagtggaattggaatttgtgctgcaccacctt 40878178  T
Q  401 acggaggatttccatcgttttcgggagaggaagataataaacttcgaaaaaacggtaaaggtaatggattgctaataagtgatggaatgatgggtagggg 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40878177 acggaggatttccatcgttttcgggagaggaagataataaacttcgaagaaacggtaaaggtaatggattgctaataagtgatggaatgatgggtagggg 40878078  T
Q  501 gaaggtgaaagctctagaagttattgaagcaataagactcggtactaatatgcagccgtttgatgtggtttattatcctcggtcgggtactcctgagttt 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40878077 gaaggtgaaagctctagaagttattgaagcagtaagactcggtactaatatgcagccgtttgatgtggtttattatcctcggtcgggtactcctgagttt 40877978  T
Q  601 tttgtgaaaacttctttaattggaatggcacttcagattaggtggtgtcctggaatgaggttcaagatggccattgaaaccgaggactcatcaaggataa 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40877977 tttgtgaaaacttctttaattggaatggcacttcagattaggtggtgtcctggaatgaggttcaagatggccattgaaaccgaggactcatcaaggataa 40877878  T
Q  701 gttggtttatc 711  Q
    |||||||||||    
T  40877877 gttggtttatc 40877867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 522; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 711
Target Start/End: Complemental strand, 40870560 - 40869858
Alignment:
Q  1 aaacatcaatcttttgcgaaaaccttgacacaatctgatgcaaacaatggtggtggcttttcttgtcctagatattgtgcagaaacgctttttcctcgtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||     
T  40870560 aaacatcaatcttttgcgaaaaccttgacacaatctgatgcaaacaatggtggtggcttttcttgtcctagatattgtgcagaaatgatttttcctcgta 40870461  T
Q  101 tggactattcagctaaccctcctcttcaggatatttttcccaaggatgttcatggcgaaaagtggcatttcaggcacgtttataggggcacgccgaagag 200  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||  || | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  40870460 tggactattcaggtaaccctccttttcagggcatatatcccaaggatgttcatggtgaaaagtggcatttcaggcatgtttataggggcacgccgaagag 40870361  T
Q  201 gcatttgttgacaactggatggagtccttttgtcagcgacaagaaacttgcgtctggggattcgattgtgtttttgagatctgaaaacggtgatcttcat 300  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||  | ||||||||||||||||||||||| || || | |    
T  40870360 gcatttattgacaactggatggagtccatttgtcagtgacaagaaacttgcttctggggattcagtcgtgtttttgagatctgaaaacggcgaactacgt 40870261  T
Q  301 gttggaattcggagggctaaaaggcgaaataatgttggagtcgatcctttgtcagggtggaaatctggtagtggaattggaatttgtcctgcaccacctt 400  Q
    ||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  40870260 gttggaatttggagggaaaaaaggcgaaataatgttggagtcg--------tcagggtggaaatatggtagtggaattggaatttgtcctgcgccacctt 40870169  T
Q  401 acggaggatttccatcgttttcgggagaggaagataataaacttcgaaaaaacggtaaaggtaatggattgctaataagtgatggaatgatgggtagggg 500  Q
    ||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  40870168 acggaggatttacatcgttttcagaagaggaagataataaacttagaagaaatggtaaaggcaatggattactaataagtgatggaatgatgggtagggg 40870069  T
Q  501 gaaggtgaaagctctagaagttattgaagcaataagactcggtactaatatgcagccgtttgatgtggtttattatcctcggtcgggtactcctgagttt 600  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40870068 gaaggtgaaagttctagaagttattgaagcagtaagactcggtactaatatgcagccgtttgatgtggtttattatcctcggtcgggtactcctgagttt 40869969  T
Q  601 tttgtgaaaacttctttaattggaatggcacttcagattaggtggtgtcctggaatgaggttcaagatggccattgaaaccgaggactcatcaaggataa 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40869968 tttgtgaaaacttctttaattggaatcacacttcagattaggtggtgtcctggaatgaggttcaagatgcccattgaaaccgaggactcatcaaggataa 40869869  T
Q  701 gttggtttatc 711  Q
    |||||||||||    
T  40869868 gttggtttatc 40869858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 59; Significance: 1e-24; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 25 - 311
Target Start/End: Original strand, 28346744 - 28347030
Alignment:
Q  25 ttgacacaatctgatgcaaacaatggtggtggcttttcttgtcctagatattgtgcagaaacgctttttcctcgtttggactattcagctaaccctcctc 124  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||  |||||| |||||||| || ||| |||| ||||||||||| ||| | ||| | || ||||    
T  28346744 ttgactcaatctgatgctaacaatggtggaggtttttctgttcctaggtattgtgccgagacgattttccctcgtttggattatgcggctgatccccctc 28346843  T
Q  125 ttcaggatatttttcccaaggatgttcatggcgaaaagtggcatttcaggcacgtttataggggcacgccgaagaggcatttgttgacaactggatggag 224  Q
    ||||| | |||||  | || ||||||||||| ||||  ||| | || |||||  ||||||| || ||||||| | ||||| | ||||| ||||| |||||    
T  28346844 ttcagaacattttggctaaagatgttcatggggaaacttggaagtttaggcatatttatagagggacgccgaggcggcatcttttgactactggttggag 28346943  T
Q  225 tccttttgtcagcgacaagaaacttgcgtctggggattcgattgtgtttttgagatctgaaaacggtgatcttcatgttggaattcg 311  Q
    | ||||||| |   | ||||| |||    |||||||||| ||||||||||||||| | ||||| |||||||||  |||||| |||||    
T  28346944 tacttttgttaatcagaagaagcttcttgctggggattcaattgtgtttttgagagcggaaaatggtgatctttgtgttgggattcg 28347030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 10 - 113
Target Start/End: Original strand, 42730140 - 42730243
Alignment:
Q  10 tcttttgcgaaaaccttgacacaatctgatgcaaacaatggtggtggcttttcttgtcctagatattgtgcagaaacgctttttcctcgtttggactatt 109  Q
    |||||||| || || || |||||||||||||||||||| ||||| || ||||||  ||||||||| ||||| || ||  |||||||| | ||||| ||||    
T  42730140 tcttttgcaaagacattaacacaatctgatgcaaacaacggtggaggtttttctgttcctagatactgtgctgagactatttttcctaggttggattatt 42730239  T
Q  110 cagc 113  Q
    ||||    
T  42730240 cagc 42730243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 634 - 710
Target Start/End: Original strand, 28347335 - 28347411
Alignment:
Q  634 cagattaggtggtgtcctggaatgaggttcaagatggccattgaaaccgaggactcatcaaggataagttggtttat 710  Q
    |||||| | |||||| ||||||| || |||||||||||| ||||||||||||| || ||  | ||||||||||||||    
T  28347335 cagattcgatggtgttctggaataagattcaagatggcctttgaaaccgaggattcgtctcgaataagttggtttat 28347411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000002; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 9 - 98
Target Start/End: Complemental strand, 40352777 - 40352688
Alignment:
Q  9 atcttttgcgaaaaccttgacacaatctgatgcaaacaatggtggtggcttttcttgtcctagatattgtgcagaaacgctttttcctcg 98  Q
    ||||||||| || || |||||||| |||||||||||||||||||| || || |||  ||||||||| ||||| |||||| ||||||||||    
T  40352777 atcttttgcaaagactttgacacagtctgatgcaaacaatggtggagggttctctgttcctagatactgtgctgaaacgatttttcctcg 40352688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 643 - 710
Target Start/End: Original strand, 21716267 - 21716334
Alignment:
Q  643 tggtgtcctggaatgaggttcaagatggccattgaaaccgaggactcatcaaggataagttggtttat 710  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||| || ||||||| || ||||| || ||||| |||||||||||    
T  21716267 tggtgttctgggatgaggttcaagatgccctttgaaactgaagactcttctaggattagttggtttat 21716334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 9 - 63
Target Start/End: Original strand, 21715642 - 21715696
Alignment:
Q  9 atcttttgcgaaaaccttgacacaatctgatgcaaacaatggtggtggcttttct 63  Q
    ||||||||| || || ||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  21715642 atcttttgctaagactttgactcaatctgatgcaaacaatggtggggggttttct 21715696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University