View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2722_low_8 (Length: 662)

Name: NF2722_low_8
Description: NF2722
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2722_low_8
NF2722_low_8
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-649)||(44179531-44180186)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 490; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 490; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 649
Target Start/End: Complemental strand, 44180186 - 44179531
Alignment:
Q  1 tgtaggaggttgaaagctcaggtatgatattatatgtatatcttagtggacaaatgattttaatcccaacaataaaatcaaaggg-----tatgtgtaac 95  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||    
T  44180186 tgtaggaggttgaaagctcaggtatgatattatatgtatatcttagtggacaaatgattttaatcccaacaataaaatcaaagggcgatatatgtgtaac 44180087  T
Q  96 nnnnnnn---gggcgatacatgtgcaattttggattagaatcatgactctttcctaagaatattgacgaatgaaaacactattttaagttacgtagcaag 192  Q
              ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  44180086 caaaaaaaaagggtgatacatgtgcaattttgaattagaatcatgactcttccctgagaatattgacgaatgaaaacactattttaagttatgtagcaag 44179987  T
Q  193 cgacatcggaactccaatatttttagatgatgcaatctataattgttgtctgtctcctttaagacatcttgtggatttgacccgtaaaatattgacggaa 292  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||| |||| |||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  44179986 cgacatcggaactccaatgtttttagatgatacagtctataattattgtttgtctcctttcagacattttgtagatttgacccgtaaaatattgacggaa 44179887  T
Q  293 taatggtgatacataagtaattttggaggaatcataaatcttctctaaaatattggcgaatgaaaacactatttaaagtagcaaacgacatcaaaactcc 392  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44179886 taatggtgatacataagcaattttgaaggaatcataaatcttctctaaaatattggcgaatgaaaacactatttaaagtagcaaacgacatcaaaactcc 44179787  T
Q  393 aatgtctttagatgatgcaattcataactgttgccggtctcctttatgaccttttacgagccttatccaaaacgtcaaaaaaggacaccttcacataata 492  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  44179786 aatgtctttagatgatgcaattcataactgttgccggtctcctttctgaccttttacgagccttatccaaaacgtcaaaaaaagacaccttcacataata 44179687  T
Q  493 cacaataatctatttttgataaactatgaatgagacatatattatatctgaaatttagaagcatca--taaggttaaatataatacataatttttgacac 590  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||  ||    
T  44179686 cacaataatctatttttgataaactatgaatgagacatatattatatctgaaacttagaagcatcatctaaggttaaatagaatacataatttttg--ac 44179589  T
Q  591 atttaatattttaaattttaatgagtgaagggagaatccgataaaattggtttaacatg 649  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  44179588 atttaatattttaaa-tttaatgagtgaaatgagaatccgataaaattggtttaacatg 44179531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University