View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2727-Insertion-1 (Length: 1121)

Name: NF2727-Insertion-1
Description: NF2727
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2727-Insertion-1
NF2727-Insertion-1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (8-1106)||(53096652-53097749)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 914; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 914; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1106
Target Start/End: Complemental strand, 53097749 - 53096652
Alignment:
Q  8 gcagagacactctatgctttggctggaatgtttcctaccaattgtggtactaatgctgacaatgaagtataccgtgaatcgttaatgaagaattcggttt 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  53097749 gcagagacactctatgctttggctggaatgtttcctaccagttgtggtactaatgctgacaatgaagtataccgtgaatcgttactgaagaattcggttt 53097650  T
Q  108 ctcaggaacaagaggagagtactaatgctacttttcaaggttatttattcttt--atcacattgctttcattagttatttaattaataataataattact 205  Q
    ||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53097649 ctca------agaggagagtactaatgctacttttcaaggttatttattctctctatcacattgctttcattagttatttaattaataataataattact 53097556  T
Q  206 gttttatgaatttctgattaannnnnnnnnatttgtcatgtgttttagcctcagaagctgttgaagatactaatcttattcctgaaagttcgtctatggg 305  Q
    |||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53097555 gttttatgaatttctgattaatttttttt-atttgtcatgtgttttagcctcagaagctgttgaagatactaatcttattcctgaaagttcgtctatggg 53097457  T
Q  306 agcagcaaaaattagttcaagtgaaaccattgatgttgatgacaatgatttaactgggagtgcagataatttggtggcaactcaaagcactgctccaaaa 405  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  53097456 agcagcaaaaattagttcaagtgaaaccattgatgttgatgacaatgatttaactgggagtgcagataatttggtggcaactcaaatcactgctccaaaa 53097357  T
Q  406 ttaaatctgcagggtgtgcctatgatggttaagagtgaaaatggttgcaaagttgaagtgcatgactctgaattgtctattgaaatggggtgtgtagttt 505  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53097356 gtaaatctgcagggtgtgcctatgatggttaagagtgaaaatggttgcaaagttgaagtgcatgactctgaattgtctattgaaatggggtgtgtagttt 53097257  T
Q  506 ttaagttgcattgtgtgaaatctctattttcaaattctttttcatatttatttattgtgttttgtcatcatattgcagattaaatgtgtccacagaatca 605  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  53097256 ttaagttgcattgtgtgaaatctctattttcaaattctttttcatatttatttattgtgttttgtcatcatattgcagattaaatgtgtccacagaatcg 53097157  T
Q  606 caattttcacatattgggggaaaagtrgaagtggagtatgagacggtagttgtttagaactcttgtttttacaagctagcgctagtatgactggtatctt 705  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  53097156 caattttcacatattgggggaaaagtagaagtggagtatgagacggtagttgtttagaactcttgtttttacaagctagcgctagtatgactggtgtctt 53097057  T
Q  706 atttatcaacttgcgtttcaggtcggagtaattggttgtaagcaagaacaacatataatcaagtaccaaagagaaaacggtatgtgaggacagaattttg 805  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53097056 atttatcaacttgcgtttcaggtcggaggcattggttgtaagcaagaacaacatataatcaagtaccaaagagaaaacggtatgtgaggacagaattttg 53096957  T
Q  806 ctcgttggttgttacaagcagtgatttttcttacttggttgatgactaaagtattttatcatttggttaatacctagacatctttggttgttttaacaga 905  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53096956 ctcgttggttgttacaagcagtgatttttcttacttgggtgatgactaaagcattttatcatttggttaatacctagacatctttggttgttttaacaga 53096857  T
Q  906 aggtctaacattattgccaggctcgacgcatgcaactaatgcttcttgtttgcagtaaatttcttttactcaacttca-tttgaccttgttatgtagcct 1004  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  53096856 aggtctaacattattgccaggctcgacgtatgcaactaatgcttcttgtttgcagtaaatttcttttactcaacttcattttgaccttgttatgtagcct 53096757  T
Q  1005 aatttcctccacccccttcatttctgctcat-cgaattcgatggannnnnnnnncttaagtc-tctgctgccgctaaagct-cacattggctgaatgctg 1101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||          | | ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  53096756 aatttcctccacccccttcatttctgctcatccaaattcgatggattttttttcttaaggtcttctgctgccgctaaagctccacattggctgaatgctg 53096657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University