View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2727_low_1 (Length: 1079)

Name: NF2727_low_1
Description: NF2727
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2727_low_1
NF2727_low_1
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (115-1069)||(14987630-14988587)
chr2 (17-50)||(14988591-14988624)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 732; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 732; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 115 - 1069
Target Start/End: Complemental strand, 14988587 - 14987630
Alignment:
Q  115 agcgtcaacaaatcaaaattaatcatatgtatgactttaaaattaattatcatgaaaatcaaacagttttaatgatctaatgaatatgatcgatcattac 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14988587 agcgtcaacaaatcaaaattaatcatatgtgcgactttaaaattaattatcatgaaaatcaaacatttttaatgatctaatgaatatgatcgatcattac 14988488  T
Q  215 cctcgctacgaatatatcaattaaatcctataagcctataactaatctcaaaatatatagaccaacatnnnnnnnnnnnn---cagaacagaacagaaca 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                |||||||||||||||||    
T  14988487 cctcgctacgaatatatcaattaaatcctataagcctataactaatctcaaaatatatagaccaacaaaaaaaaaaaaaaaaacagaacagaacagaaca 14988388  T
Q  312 gacattaatttatgtaacagtaaaattaaacagaatcaaaaaagcaaaacatttaattagcatgtgcaggtgaataaaatatgaagcagacaaagcctac 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14988387 gacattaatttatgtaacagtaaaattaaacagaatcaaaaaagcaaaacattaaattagcatgtgcaggtgaataaaatatgaagcagacaaagcctac 14988288  T
Q  412 acacactaattaaataaagtcaacgataaccaaggttgactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaatacctccacgatcaagaagaacaatagtaggacga 511  Q
    ||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14988287 ac----taattaaataaagtcaacgataaccaaggttgactaaaaaacaaagaagaaaaaagcaatacctccacgatcaagaagaacaatagtaggacga 14988192  T
Q  512 tgagactgaaacttgaaaggcttatcaccttcaaagacttgacaaccatgagagcctttttcaggataaacaagtgaccctacaatataccctccataat 611  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14988191 tgagactgaaacttgaaaggcttatcaccttcaaagacttgacaaccatgagagcctttttcaggataaacaagtgaccctacaatataccctccataat 14988092  T
Q  612 ttggaataccaaagtttcctatagcaccatcgtttttacctcttagtttatgtggtgatagaaccgtgatactgtttttctctaccacaaaacgtccttg 711  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  14988091 ttggaataccaaagtttcctatagcaccatcgtttttacctcttagtttatgtggtgatagaaccgttatgctgtttttctctaccacaaaacgtccttg 14987992  T
Q  712 aacatagctatgaagaaagaacaagacaaagagaaaaaccatgcaaggtttcattgttgagtttgtttgtttttggcagtgaggaaatagaggtggaagg 811  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  14987991 aacatagctatgaagaaagaacaagacaaagagaaaaaccatgcaaggtttcattgttgagtttgtttgttttttgcagtgaggaaatagaggtggaagg 14987892  T
Q  812 aagagtatattataaggtggacgtgttgtacaaggactttgtaattgtcttggtcttatgtggaaagtttt----nnnnnnnnnnnnnnnnncttaggta 907  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                     ||||||||    
T  14987891 aagagtatattataaggtggacgtgttgtacaaggactttgtaattgtcttggtcttatgtggaaagttttagagagagagagagagagagacttaggta 14987792  T
Q  908 ttttgtaagtaatatttttgtatatttggtgaggaggtttgagtttcacaatcaaaatgtgacgtaaagagagggaaaagataggtaaaatggaagagga 1007  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14987791 ttttgtaagtaatatttttgtatatttggtgaggaggtttgagtttcacaatcaaaatgtgacgtaaagagagggaaaagataggtaaaatggaagagga 14987692  T
Q  1008 ggatggttgaaggagtcatgggatctactacacacatatagaaacatacattgctgatgatg 1069  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14987691 ggatggttgaaggagtcatgggatctactacacacatatagaaacatacattgctgatgatg 14987630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 17 - 50
Target Start/End: Complemental strand, 14988624 - 14988591
Alignment:
Q  17 accaaccgattctatcatcaaagcaacataccag 50  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  14988624 accaaccaattctatcatcaaagcaacataccag 14988591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University