View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2728R-Insertion-5 (Length: 783)

Name: NF2728R-Insertion-5
Description: NF2728R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2728R-Insertion-5
NF2728R-Insertion-5
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (10-783)||(34479312-34480088)
chr4 (159-215)||(34489794-34489852)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 553; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 553; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 783
Target Start/End: Original strand, 34479312 - 34480088
Alignment:
Q  10 atgtatatgattatatccaatattatttccttgattaggtctccatg----acatgaagaaaagtataaaacattaaacactaatgtcaattttgacaag 105  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34479312 atgtatatgattatatccaatattatttccttgattaggtctccatgcatgacatgaacaaaagtataaaacattaaacactaatgtcaattttgacaag 34479411  T
Q  106 gtgtattttaatttgatgtctttgtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattttcattgtaatcaaattgattaaaatattgctttcaagttttgtt 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||                         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34479412 gtgtattttaatttgatgtctttgtcaaaggaaaagaaaaaagagaagaaacattttcattgtaatcaaattgattaaaatattgctttcaagttttgtt 34479511  T
Q  206 gtggacatgccagttaatttattcttctggatggtatgagatagtcagtcagtttcttgagctattttagttgcaccgccatcttatctttatttgttgc 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34479512 gtggacatgccagttaatttattcttctggatggtatgacacagtcagtcagtttcttgagctattttagttgcaccgccatcttatctttatttgttgc 34479611  T
Q  306 ctaacttatataatggtgatgtggggcaattattactattgtatttatgttttaagcatctcataatcaaaactagttagaatattataattattctaca 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  34479612 ctaacttatataatggtgatgtggggcaattattactattgtatttatgttttaagcatctcataatcaaaactagttagaatattataattattcttca 34479711  T
Q  406 tccacctt----gataaatcaactcagttgttggtttcttcatcagttattaaaatgattcaagacaatgttaccaaaggatcattcaacttgactaaat 501  Q
    ||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34479712 tccaccttgatagataaatcaactcagttgttggtttcttcatcagttattaaaatgattcaagacaatgttaccaaaggatcattcaacttgactaaat 34479811  T
Q  502 taagttcaaatatgtggttaatttttgaacatttgttgtattctactaaaaccaaaatttaataannnnnnnnnnnacagtaataatacatggacggggc 601  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           ||||||||||||||||||| |  |    
T  34479812 taagttcaaatatgtggttaatttttgaacatttgttgtattctactaaaaccaaaatttaataa--tttttttttacagtaataatacatggac-gtcc 34479908  T
Q  602 actctatgtacacccgtgcgacacatgacttatcacgttcaaatatgtggttaattcagttgtctatgttgcttgtaattgtatacatgctaatgccgat 701  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  34479909 actctatgtacacccgtgcgacacatgacttatcacgttcaaatatgtggttaattcagttgtctatgttgcttgtaattgtatacatgctaatgctgat 34480008  T
Q  702 agatcatgattttatagagaccaacaannnnnnnnnnccttac-aaagaaaattatttaagcaattcaaaactataaaatgtg 783  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |          |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34480009 agatcatgattttatagagaccaacca---tttttttccttacaaaagaaaattatttaagcaattcaaaactataaaatgtg 34480088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 159 - 215
Target Start/End: Original strand, 34489794 - 34489852
Alignment:
Q  159 ttttcattgtaatcaaattgattaaaatat--tgctttcaagttttgttgtggacatgc 215  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||| ||||  |||||| ||||||||||||||||||||    
T  34489794 ttttcattgcaatcagattgattaagatatattgctttaaagttttgttgtggacatgc 34489852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University