View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2728_high_6 (Length: 455)

Name: NF2728_high_6
Description: NF2728
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2728_high_6
NF2728_high_6
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (17-444)||(16662312-16662739)
chr2 (209-443)||(14703021-14703255)
chr2 (180-441)||(11998992-11999252)
chr2 (128-383)||(16657898-16658153)
chr2 (177-300)||(43624993-43625116)
chr2 (211-441)||(12245729-12245959)
chr2 (182-329)||(7541812-7541959)
chr2 (180-324)||(12259021-12259165)
chr2 (260-363)||(12234354-12234456)
chr2 (108-156)||(43624927-43624975)
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (179-436)||(30774835-30775092)
chr4 (178-389)||(9336266-9336477)
chr4 (211-389)||(35132071-35132249)
chr4 (250-327)||(23597022-23597099)
chr4 (240-327)||(23588170-23588257)
chr4 (254-327)||(54396081-54396154)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (185-444)||(34467108-34467367)
chr1 (178-389)||(4678932-4679143)
chr1 (211-444)||(15594649-15594882)
chr1 (207-315)||(52549395-52549503)
[»] chr7 (31 HSPs)
chr7 (116-441)||(8616201-8616526)
chr7 (179-389)||(10494749-10494959)
chr7 (176-396)||(8586074-8586294)
chr7 (109-318)||(8545149-8545355)
chr7 (108-389)||(8666931-8667212)
chr7 (179-389)||(8609500-8609710)
chr7 (107-304)||(8658874-8659071)
chr7 (188-324)||(8575918-8576054)
chr7 (211-411)||(27831228-27831428)
chr7 (178-392)||(3146846-3147060)
chr7 (211-389)||(17267554-17267732)
chr7 (179-393)||(29578043-29578257)
chr7 (181-318)||(8581285-8581422)
chr7 (180-444)||(6789096-6789360)
chr7 (211-389)||(17259856-17260034)
chr7 (220-324)||(29582281-29582385)
chr7 (128-297)||(13333835-13334001)
chr7 (215-304)||(27846566-27846655)
chr7 (178-369)||(8654032-8654223)
chr7 (178-389)||(1301043-1301253)
chr7 (198-300)||(8537638-8537740)
chr7 (240-390)||(8102311-8102461)
chr7 (176-318)||(8569891-8570033)
chr7 (180-394)||(8590222-8590436)
chr7 (182-394)||(7878103-7878315)
chr7 (188-324)||(8646469-8646605)
chr7 (179-278)||(8558966-8559065)
chr7 (263-389)||(8636718-8636844)
chr7 (254-327)||(8017850-8017923)
chr7 (179-239)||(8671623-8671683)
chr7 (240-315)||(39985290-39985365)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (178-408)||(28219500-28219730)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (233-411)||(12528141-12528319)
chr8 (207-443)||(43744427-43744663)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 428; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 428; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 16662739 - 16662312
Alignment:
17 agcatgttgttgtcactcacttttgccctctcaccctcataaacttcaatcaaggcactatattggttatctttagaagtaagatattggtttgtcatct 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
16662739 agcatgttgttgtcactcacttttgccctctcaccctcataaacttcaatcaaggcactatattggttatctttagaagtaagatattggtttgtcatct 16662640  T
117 tgaaaggtacagaagtgttcctaggaaccaccacattcataatacgatcatcatgtaccgagataccaagtgacaatggggtaacgtctcgcagcaccaa 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
16662639 tgaaaggtacagaagtgttcctaggaaccaccacattcataatacgatcatcatgtaccgagataccaagtgacaatggggtaacgtctcgcagcaccaa 16662540  T
217 gtttggaacatccttaatgccttcactcaacacagcagcttgcacagctgccccataagcaacagcctcatcagggttgatgctcttgcacaactccttc 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
16662539 gtttggaacatccttaatgccttcactcaacacagcagcttgcacagctgccccataagcaacagcctcatcagggttgatgctcttgcacaactccttc 16662440  T
317 ccattgaagaagttacgcaataattcctgcacttttggaatcctagacgagcccccgacaagaacaatatcatgtacaccccccttgtccatctttgaat 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
16662439 ccattgaagaagttacgcaataattcctgcacttttggaatcctagacgagcccccgacaagaacaatatcatgtacaccccccttgtccatctttgaat 16662340  T
417 ccacaaaacaactctcaacaatcttcat 444  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
16662339 ccacaaaacaactctcaacaatcttcat 16662312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 209 - 443
Target Start/End: Original strand, 14703021 - 14703255
Alignment:
209 agcaccaagtttggaacatccttaatgccttcactcaacacagcagcttgcacagctgccccataagcaacagcctcatcagggttgatgctcttgcaca 308  Q
    |||||||| || ||||||| ||| | | |||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||    
14703021 agcaccaacttcggaacattcttgacgtcttcactcaacaaagcagcctgaacagctgccccataagctacagcttcatcagggttaatgctgttgcaca 14703120  T
309 actccttcccattgaagaagttacgcaataattcctgcacttttggaatcctagacgagcccccgacaagaacaatatcatgtacaccccccttgtccat 408  Q
    |||||||||| | ||| ||||   | ||||||| ||| ||||| ||||||| ||| || || ||||||||||||| ||||| ||| |  | |||||||||    
14703121 actccttcccctggaaaaagtcctgtaataattgctgtactttgggaatccgagaagacccaccgacaagaacaacatcatctactctactcttgtccat 14703220  T
409 ctttgaatccacaaaacaactctcaacaatcttca 443  Q
    ||| | ||| | || ||||||||||||||||||||    
14703221 cttagcatcaataagacaactctcaacaatcttca 14703255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 180 - 441
Target Start/End: Original strand, 11998992 - 11999252
Alignment:
180 taccaagtgacaatggggtaacgtctcgcagcaccaagtttggaacatccttaatgccttcactcaacacagcagcttgcacagctgccccataagcaac 279  Q
    ||||||| ||||| || ||||| ||  ||| |||||| |||||||||| |||||   |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||    
11998992 taccaagagacaaaggagtaacatcctgcaacaccaaatttggaacattcttaacatcttcactcaacaaagcagcttgaacagctgccccataagctac 11999091  T
280 agcctcatcagggttgatgctcttgcacaactccttcccattgaagaagttacgcaataattcctgcacttttggaatcctagacgagcccccgacaaga 379  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||| | | ||||  |  || || ||||| |||||||| || || || |||||     
11999092 agcctcatcagggttaatgctcttgcacaactccttcccgttgaaaaagtcatgtaatagctgttggac-tttgggatcctagaagatccaccaacaagt 11999190  T
380 acaatatcatgtacaccccccttgtccatctttgaatccacaaaacaactctcaacaatctt 441  Q
    |||| ||||| || |   | |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||| ||||    
11999191 acaacatcatctatagtactcttgtccatctttgcatccataatacaactctcaacagtctt 11999252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 128 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 16658153 - 16657898
Alignment:
128 gaagtgttcctaggaaccaccacattcataatacgatcatcatgtaccgagataccaagtgacaatggggtaacgtctcgcagcaccaagtttggaacat 227  Q
    |||||||||||||||| ||| ||| |||| | | ||||| |||   |  |||||||||| |||||||||||||| |||| || |||||| | ||| ||||    
16658153 gaagtgttcctaggaatcacaacactcatgacatgatcaacatcggctaagataccaagcgacaatggggtaacatctctcaacaccaaatctgggacat 16658054  T
228 ccttaatgccttcactcaacacagcagcttgcacagctgccccataagcaacagcctcatcagggttgatgctcttgcacaactccttcccattgaagaa 327  Q
     ||||| |||||||||||| | ||||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| || ||||| || ||||| ||    
16658053 tcttaaagccttcactcaaaatagcagcttgaacagctgcaccgtaagcaacagcttcatccgggttgatacttttgcataaatccttgcccttgaaaaa 16657954  T
328 gttacgcaataattcctgcacttttggaatcctagacgagcccccgacaagaacaa 383  Q
    ||   ||||||  ||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||    
16657953 gtcttgcaatagatcctgcactttgggaatcctagatgagccacccacaagaacaa 16657898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 177 - 300
Target Start/End: Original strand, 43624993 - 43625116
Alignment:
177 agataccaagtgacaatggggtaacgtctcgcagcaccaagtttggaacatccttaatgccttcactcaacacagcagcttgcacagctgccccataagc 276  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||| | |||||| || |||||||| ||||||||    
43624993 agataccaagtgacaaaggggtaacatctcgcagcaccaattttggaacattcttaatgcctttactcaaaatagcagcctggacagctgcaccataagc 43625092  T
277 aacagcctcatcagggttgatgct 300  Q
    |||||||||||||||||| |||||    
43625093 aacagcctcatcagggtttatgct 43625116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 211 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 12245959 - 12245729
Alignment:
211 caccaagtttggaacatccttaatgccttcactcaacacagcagcttgcacagctgccccataagcaacagcctcatcagggttgatgctcttgcacaac 310  Q
    |||||| |||||||||| |||||   ||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||     
12245959 caccaaatttggaacattcttaacatctttactcaacaaagcagcttgaacagctgccccataagcaacagcctcgtcagggttaatgctcttgcacaat 12245860  T
311 tccttcccattgaagaagttacgcaataattcctgcacttttggaatcctagacgagcccccgacaagaacaatatcatgtacaccccccttgtccatct 410  Q
    |||||||| ||||| ||||   | ||||  |  || ||||| ||||||||||| || || || ||||| |||| ||||| || |   | |||||||||||    
12245859 tccttcccgttgaaaaagtcctgtaatagctgttggactttgggaatcctagaagatccaccaacaagtacaaaatcatctatagtactcttgtccatct 12245760  T
411 ttgaatccacaaaacaactctcaacaatctt 441  Q
    ||| ||||| || ||||||||||||| ||||    
12245759 ttgcatccataatacaactctcaacagtctt 12245729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 182 - 329
Target Start/End: Original strand, 7541812 - 7541959
Alignment:
182 ccaagtgacaatggggtaacgtctcgcagcaccaagtttggaacatccttaatgccttcactcaacacagcagcttgcacagctgccccataagcaacag 281  Q
    ||||| ||||| || ||||| ||  |||||||||| |||||| | | ||||| |||| |||||||||  ||||| || ||||||||||||||||||||||    
7541812 ccaagagacaaaggtgtaacatcctgcagcaccaactttggagcgttcttaacgcctccactcaacaatgcagcctgaacagctgccccataagcaacag 7541911  T
282 cctcatcagggttgatgctcttgcacaactccttcccattgaagaagt 329  Q
    |||||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||    
7541912 cctcatcaggattaatgctcttgcacaagtcctttccattgaaaaagt 7541959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 180 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 12259165 - 12259021
Alignment:
180 taccaagtgacaatggggtaacgtctcgcagcaccaagtttggaacatccttaatgccttcactcaacacagcagcttgcacagctgccccataagcaac 279  Q
    ||||||| ||||| || ||||| ||  ||||| |||| |||||||||| ||  ||  ||||||| |||| |||||| || | ||| |||||| |||| ||    
12259165 taccaagagacaaaggtgtaacatcctgcagctccaactttggaacattctggatatcttcacttaacaaagcagcctgaatagccgccccaaaagctac 12259066  T
280 agcctcatcagggttgatgctcttgcacaactccttcccattgaa 324  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||    
12259065 agcctcatcaggattaatgctcttgcacaactctttccccttgaa 12259021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 260 - 363
Target Start/End: Original strand, 12234354 - 12234456
Alignment:
260 acagctgccccataagcaacagcctcatcagggttgatgctcttgcacaactccttcccattgaagaagttacgcaataattcctgcacttttggaatcc 359  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||| |||||||| || |||||||||| ||||||||| ||||| || |   |||||| || ||||||||| |||||||    
12234354 acagctgcctcataagcaaccgcctc-tcagggttaatactcttgcacagctccttccccttgaaaaaatcctgcaatagttgctgcactttgggaatcc 12234452  T
360 taga 363  Q
    ||||    
12234453 taga 12234456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 108 - 156
Target Start/End: Original strand, 43624927 - 43624975
Alignment:
108 ttgtcatcttgaaaggtacagaagtgttcctaggaaccaccacattcat 156  Q
    ||||| |||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||    
43624927 ttgtcttcttgacaggtacagaagtattcctaggaatcaccacactcat 43624975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 130; Significance: 3e-67; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 179 - 436
Target Start/End: Original strand, 30774835 - 30775092
Alignment:
179 ataccaagtgacaatggggtaacgtctcgcagcaccaagtttggaacatccttaatgccttcactcaacacagcagcttgcacagctgccccataagcaa 278  Q
    |||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||  ||| |||||||||||||||||| | |||||| || ||||||||||| | |||||    
30774835 ataccaagtgacaaaggggtgacatctcgcagcaccaactttggggcattcttaatgccttcactcaatagagcagcctggacagctgccccgtgagcaa 30774934  T
279 cagcctcatcagggttgatgctcttgcacaactccttcccattgaagaagttacgcaataattcctgcacttttggaatcctagacgagcccccgacaag 378  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||| || || ||||||||    
30774935 ctgcctcatcaggattgatgctcttgcacaaatccttcccattgaagaaattacgcaatagttcctgcactttgggaatcctagaagaaccaccgacaag 30775034  T
379 aacaatatcatgtacaccccccttgtccatctttgaatccacaaaacaactctcaaca 436  Q
    ||||||||||| |||||  | |||||| | |||||||||   || |||||||||||||    
30775035 aacaatatcatctacactactcttgtctacctttgaatcagtaagacaactctcaaca 30775092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 178 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 9336477 - 9336266
Alignment:
178 gataccaagtgacaatggggtaacgtctcgcagcaccaagtttggaacatccttaatgccttcactcaacacagcagcttgcacagctgccccataagca 277  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||  ||| ||||| |||||||||||| | ||||||||| |||||||| |||||||||    
9336477 gataccaagtgacaatggggtaacatctcgtagcaccaagttgggcgcattcttaaagccttcactcaaaatagcagcttgaacagctgcaccataagca 9336378  T
278 acagcctcatcagggttgatgctcttgcacaactccttcccattgaagaagttacgcaataattcctgcacttttggaatcctagacgagcccccgacaa 377  Q
    ||||||||||| |||||||| | | || | || |||||||| ||||| || |   |||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||| || ||||    
9336377 acagcctcatctgggttgatacccatgaataattccttccccttgaaaaattctagcaatagttcttgcactttcggaatcctagacgagccacccacaa 9336278  T
378 gaacaatatcat 389  Q
    ||||||||||||    
9336277 gaacaatatcat 9336266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 79; E-Value: 9e-37
Query Start/End: Original strand, 211 - 389
Target Start/End: Original strand, 35132071 - 35132249
Alignment:
211 caccaagtttggaacatccttaatgccttcactcaacacagcagcttgcacagctgccccataagcaacagcctcatcagggttgatgctcttgcacaac 310  Q
    |||||| ||||||||||  || ||||||| |||||||| |||||| || || |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
35132071 caccaactttggaacattttttatgcctttactcaacaaagcagcctgaactgctgccccataagctacagcctcatcggggttaatgctcttgcacaac 35132170  T
311 tccttcccattgaagaagttacgcaataattcctgcacttttggaatcctagacgagcccccgacaagaacaatatcat 389  Q
    |||||||| ||||| |||||  ||||||  | ||||||||| ||||||||||| || || || |||||||||| |||||    
35132171 tccttccctttgaaaaagttttgcaatagctgctgcactttgggaatcctagaagaccctccaacaagaacaacatcat 35132249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 250 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 23597099 - 23597022
Alignment:
250 agcagcttgcacagctgccccataagcaacagcctcatcagggttgatgctcttgcacaactccttcccattgaagaa 327  Q
    ||||||||| || || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |  |||||||||||||||||    
23597099 agcagcttggactgcagcgccataagcaacagcctcatcagggttgatgctcttacaaagttccttcccattgaagaa 23597022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 240 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 23588257 - 23588170
Alignment:
240 cactcaacacagcagcttgcacagctgccccataagcaacagcctcatcagggttgatgctcttgcacaactccttcccattgaagaa 327  Q
    ||||||| | ||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| || | |||||| |||||||||||    
23588257 cactcaaaatagcagcttggacggctgccccatatgcaacagcttcatcggggttgatgctcttacaaagctcctttccattgaagaa 23588170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 254 - 327
Target Start/End: Original strand, 54396081 - 54396154
Alignment:
254 gcttgcacagctgccccataagcaacagcctcatcagggttgatgctcttgcacaactccttcccattgaagaa 327  Q
    ||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| | ||| ||||||||||||||    
54396081 gcttgaacagcagcaccataagcaacagcttcatcagggttaatactcttgcaaagctctttcccattgaagaa 54396154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 112; Significance: 2e-56; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 185 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 34467367 - 34467108
Alignment:
185 agtgacaatggggtaacgtctcgcagcaccaagtttggaacatccttaatgccttcactcaacacagcagcttgcacagctgccccataagcaacagcct 284  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||  |||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| |||||||    
34467367 agtgacaatggtgtaacatctcgcagcaccaagtttggaacattgttaaagcctttactcaacaaagcagcttgcacagctgcgacataagcgacagcct 34467268  T
285 catcagggttgatgctcttgcacaactccttcccattgaagaagttacgcaataattcctgcacttttggaatcctagacgagcccccgacaagaacaat 384  Q
    |||||||||||||||| ||||| |  ||||| |||||||| ||||  |||||||  | ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||      
34467267 catcagggttgatgctattgcatagatccttaccattgaaaaagtcccgcaatagctgctgcactttgggaatcctagaagagcccccgacaaggacagc 34467168  T
385 atcatgtacaccccccttgtccatctttgaatccacaaaacaactctcaacaatcttcat 444  Q
    |||||| ||||  | | |||||||||| | ||| |||| ||||||| |||||||| ||||    
34467167 atcatgcacactactcgtgtccatcttagcatcaacaagacaactcacaacaatcctcat 34467108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 178 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 4679143 - 4678932
Alignment:
178 gataccaagtgacaatggggtaacgtctcgcagcaccaagtttggaacatccttaatgccttcactcaacacagcagcttgcacagctgccccataagca 277  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || || || |||| |||||  ||||| ||||| | ||||||||| | |||||| |||||||||    
4679143 gataccaagtgacaatggggtaacatctcgcagcacaaaattcgggacattcttaaaaccttcgctcaaaatagcagcttggatagctgcaccataagca 4679044  T
278 acagcctcatcagggttgatgctcttgcacaactccttcccattgaagaagttacgcaataattcctgcacttttggaatcctagacgagcccccgacaa 377  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||  || || ||||   ||||||  ||||||||||| |||||||| || || || || ||||    
4679043 acagcctcatctgggttgatactcttgcacaaatccttccgcttaaaaaagtcttgcaatagatcctgcactttgggaatcctcgatgaaccacccacaa 4678944  T
378 gaacaatatcat 389  Q
    |||||| |||||    
4678943 gaacaacatcat 4678932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 211 - 444
Target Start/End: Original strand, 15594649 - 15594882
Alignment:
211 caccaagtttggaacatccttaatgccttcactcaacacagcagcttgcacagctgccccataagcaacagcctcatcagggttgatgctcttgcacaac 310  Q
    |||||||||||||||||  ||||  ||||||||||||| |||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||     
15594649 caccaagtttggaacatttttaaaaccttcactcaacaaagcagcctggacagctgcaccataagcaacagcctcatcagggttgatgctcatgcacaat 15594748  T
311 tccttcccattgaagaagttacgcaataattcctgcacttttggaatcctagacgagcccccgacaagaacaatatcatgtacaccccccttgtccatct 410  Q
    ||||| || | ||| || |    ||||| ||  |||||||| ||||||||||| || || || ||||  |||||||||| |||||  | ||| | |||||    
15594749 tcctttccctcgaaaaaatccttcaatagttgttgcactttgggaatcctagaagacccaccaacaatgacaatatcatttacactactcttattcatct 15594848  T
411 ttgaatccacaaaacaactctcaacaatcttcat 444  Q
    | | |||  ||| |||||||||||| ||||||||    
15594849 tagcatcatcaagacaactctcaactatcttcat 15594882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 207 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 52549503 - 52549395
Alignment:
207 gcagcaccaagtttggaacatccttaatgccttcactcaacacagcagcttgcacagctgccccataagcaacagcctcatcagggttgatgctcttgca 306  Q
    |||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||  ||||| || |||||||| |||||||| ||| |||||||||| || |||| ||||||    
52549503 gcagcaccaactttggaacattctgaatgccttcactcaacaatgcagcctgaacagctgcgccataagctacaacctcatcaggattaatgcccttgca 52549404  T
307 caactcctt 315  Q
    |||||||||    
52549403 caactcctt 52549395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 109; Significance: 1e-54; HSPs: 31)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 116 - 441
Target Start/End: Original strand, 8616201 - 8616526
Alignment:
116 ttgaaaggtacagaagtgttcctaggaaccaccacattcataatacgatcatcatgtaccgagataccaagtgacaatggggtaacgtctcgcagcacca 215  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||   ||  | |  ||  |||||||||||||||  |||||||| ||||||||| |||    
8616201 ttgacaggtacagaagtattcctaggaatcaccacactcataata---tctcctttgactaagataccaagtgacagaggggtaacatctcgcagcgcca 8616297  T
216 agtttggaacatccttaatgccttcact---caacacagcagcttgcacagctgccccataagcaacagcctcatcagggttgatgctcttgcacaactc 312  Q
    |||||||||||| ||||| | ||  | |   ||||| |||||| || || |||||||||  |||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||    
8616298 agtttggaacattcttaaagtctgtagtacccaacaaagcagcctgaactgctgccccactagcaacagcctcatcaggattgatgttcttgcacaaatc 8616397  T
313 cttcccattgaagaagttacgcaataattcctgcacttttggaatcctagacgagcccccgacaagaacaatatcatgtacaccccccttgtccatcttt 412  Q
    |||||||| ||| |||| || ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||  | ||| || |||||     
8616398 cttcccatcgaaaaagtcactcaatagttcctgcactttaggaatcctagacgagccaccgacaagaacaatatcatctacactactcttctctatctta 8616497  T
413 gaatccacaaaacaactctcaacaatctt 441  Q
    |||||   |||||||||||||||| ||||    
8616498 gaatcattaaaacaactctcaacagtctt 8616526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 179 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 10494959 - 10494749
Alignment:
179 ataccaagtgacaatggggtaacgtctcgcagcaccaagtttggaacatccttaatgccttcactcaacacagcagcttgcacagctgccccataagcaa 278  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || |||| ||||| |||||||||||| | |||||| || |||||||| ||||||||||    
10494959 ataccaagtgacaatggggtaacatctcgtagcaccaagttcgggacattcttaaagccttcactcaaaatagcagcctgaacagctgcaccataagcaa 10494860  T
279 cagcctcatcagggttgatgctcttgcacaactccttcccattgaagaagttacgcaataattcctgcacttttggaatcctagacgagcccccgacaag 378  Q
    |||||||||| |||||||| | | || | || |||||||| ||||| || |   ||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||    
10494859 cagcctcatctgggttgatacgcatgaataattccttccccttgaaaaattctagcaatagatcctgcactttgggaatcctagacgagccacccacaag 10494760  T
379 aacaatatcat 389  Q
    |||||||||||    
10494759 aacaatatcat 10494749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 176 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 8586294 - 8586074
Alignment:
176 gagataccaagtgacaatggggtaacgtctcgcagcaccaagtttggaacatccttaatgccttcactcaacacagcagcttgcacagctgccccataag 275  Q
    ||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||| | ||| || || || || ||| || || || ||||||  ||    
8586294 gagataccaagtgacagaggggtaacatctcgcagcaccaagtttggaactttcttaaagtctttacacagcaaagaagcctgaactgcagccccactag 8586195  T
276 caacagcctcatcagggttgatgctcttgcacaactccttcccattgaagaagttacgcaataattcctgcacttttggaatcctagacgagcccccgac 375  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||||| || || |||||||||||||||| || ||||| |||||| ||||| ||||| || |||||||| |||||    
8586194 caacagcctcatcaggattgatgttcttgcataaatctttcccattgaagaagtcactcaatagttcctgtactttgggaattctggacgagccaccgac 8586095  T
376 aagaacaatatcatgtacacc 396  Q
    ||| |||||||| | ||||||    
8586094 aaggacaatatcgtctacacc 8586074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 109 - 318
Target Start/End: Original strand, 8545149 - 8545355
Alignment:
109 tgtcatcttgaaaggtacagaagtgttcctaggaaccaccacattcataatacgatcatcatgtaccgagataccaagtgacaatggggtaacgtctcgc 208  Q
    |||| ||||||| ||||||||||| |||| ||||| ||||||| ||||||||   |   | ||||   |||||||||||||||| |||||||| |||||     
8545149 tgtcttcttgaatggtacagaagtattccaaggaatcaccacactcataata---tttccgtgtataaagataccaagtgacaaaggggtaacatctcgt 8545245  T
209 agcaccaagtttggaacatccttaatgccttcactcaacacagcagcttgcacagctgccccataagcaacagcctcatcagggttgatgctcttgcaca 308  Q
    ||||||| |||||| |||| |||| || ||||||||| || |||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |    
8545246 agcaccatgtttgggacattcttattgtcttcactcagcaaagcagcctggacagctgcaccataagcaacagcctcatcagggttaatgctcttgcata 8545345  T
309 actccttccc 318  Q
    | ||||||||    
8545346 attccttccc 8545355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 108 - 389
Target Start/End: Original strand, 8666931 - 8667212
Alignment:
108 ttgtcatcttgaaaggtacagaagtgttcctaggaaccaccacattcataatacgatcatcatgtaccgagataccaagtgacaatggggtaacgtctcg 207  Q
    ||||| |||||| |||||  |||||||| ||||||| ||||||| |||| ||| | |||  |  ||| || |||||||||||||| ||||| || |||||    
8666931 ttgtcttcttgacaggtatggaagtgtttctaggaatcaccacactcatgatatgttcaatacttacagaaataccaagtgacaaaggggtcacatctcg 8667030  T
208 cagcaccaagtttggaacatccttaatgccttcactcaacacagcagcttgcacagctgccccataagcaacagcctcatcagggttgatgctcttgcac 307  Q
     ||||||||||| || |||| ||||  |||||||||||| | |||||| || |||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| | | || |     
8667031 tagcaccaagttggggacattcttacagccttcactcaaaatagcagcctgaacagctgcaccataagcaacagcctcgtctgggttgatacccatgaat 8667130  T
308 aactccttcccattgaagaagttacgcaataattcctgcacttttggaatcctagacgagcccccgacaagaacaatatcat 389  Q
    || |||||||| |||||  | |   |||||  |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||    
8667131 aattccttccccttgaaatattctagcaattgttcctgcactttgggaatcctagacgagccaccgacaagtacaacatcat 8667212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 179 - 389
Target Start/End: Original strand, 8609500 - 8609710
Alignment:
179 ataccaagtgacaatggggtaacgtctcgcagcaccaagtttggaacatccttaatgccttcactcaacacagcagcttgcacagctgccccataagcaa 278  Q
    |||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||    || |||||||||| ||||| |||||| || ||||| || ||||||||||    
8609500 ataccaagtgacaaaggtgtaacatctcgcagcaccaagtttggaactgatttgatgccttcacccaacaaagcagcctggacagcagcaccataagcaa 8609599  T
279 cagcctcatcagggttgatgctcttgcacaactccttcccattgaagaagttacgcaataattcctgcacttttggaatcctagacgagcccccgacaag 378  Q
    | ||||||||||||||||||||| | ||||| ||||| |||||||| ||||   ||| ||  | || |||||| ||||||||||| || || || |||||    
8609600 ccgcctcatcagggttgatgctcatacacaaatcctttccattgaaaaagtcttgcagtagctgcttcactttcggaatcctagaagaacctccaacaag 8609699  T
379 aacaatatcat 389  Q
    ||||| |||||    
8609700 aacaacatcat 8609710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 74; E-Value: 9e-34
Query Start/End: Original strand, 107 - 304
Target Start/End: Original strand, 8658874 - 8659071
Alignment:
107 tttgtcatcttgaaaggtacagaagtgttcctaggaaccaccacattcataatacgatcatcatgtaccgagataccaagtgacaatggggtaacgtctc 206  Q
    |||||| || ||| ||| |||| ||||||||| |||| ||| |||  ||| | | ||||| ||| ||| | |||||||||||||||||||||||| |||     
8658874 tttgtcttcctgagaggcacagtagtgttccttggaatcactacacccatgacatgatcaacatctactgcgataccaagtgacaatggggtaacatctt 8658973  T
207 gcagcaccaagtttggaacatccttaatgccttcactcaacacagcagcttgcacagctgccccataagcaacagcctcatcagggttgatgctcttg 304  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||| |||||  || || ||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
8658974 gcagcaccaagtttgggacattcttaaagcctttgcttaaaacagcagcttgaagagctgcaccataagcaacagcctcatctgggttgatactcttg 8659071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 188 - 324
Target Start/End: Original strand, 8575918 - 8576054
Alignment:
188 gacaatggggtaacgtctcgcagcaccaagtttggaacatccttaatgccttcactcaacacagcagcttgcacagctgccccataagcaacagcctcat 287  Q
    ||||| || ||||| ||||| | ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||| ||| | || |||||||||||||||||||    
8575918 gacaacggtgtaacatctcgtaacaccaagtttggaacattcttactgccttcactcaacaaagcagcttggacaacagcaccataagcaacagcctcat 8576017  T
288 cagggttgatgctcttgcacaactccttcccattgaa 324  Q
    |||||||||||||||| || || |||||||| |||||    
8576018 cagggttgatgctcttacataattccttccccttgaa 8576054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 211 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 27831428 - 27831228
Alignment:
211 caccaagtttggaacatccttaatgccttcactcaacacagcagcttgcacagctgccccataagcaacagcctcatcagggttgatgctcttgcacaac 310  Q
    ||||||||||||||||| | ||||| | |||||||||| |||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||     
27831428 caccaagtttggaacattcataatgtcatcactcaacaaagcagcctgcacagctgcaccaaaagcaacagcctcatcaggattgatgctcttgcacaaa 27831329  T
311 tccttcccattgaagaagttacgcaataattcctgcacttttggaatcctagacgagcccccgacaagaacaatatcatgtacaccccccttgtccatct 410  Q
    ||||| || ||||| ||||    |||||  | ||||||||| |||||||| || ||||| || ||||| |||| ||||| || ||  | |||||||||||    
27831328 tcctttcccttgaaaaagtccgccaatagctgctgcactttgggaatccttgaagagccaccaacaaggacaacatcatctatactactcttgtccatct 27831229  T
411 t 411  Q
    |    
27831228 t 27831228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 178 - 392
Target Start/End: Original strand, 3146846 - 3147060
Alignment:
178 gataccaagtgacaatggggtaacgtctcgcagcaccaagtttggaacatccttaatgccttcactcaacacagcagcttgcacagctgccccataagca 277  Q
    ||||||||| ||||| || | ||| ||| ||| |||||||||||||||||  |||| | |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||    
3146846 gataccaagagacaaaggagcaacatcttgcaccaccaagtttggaacatttttaaagtcttcactcaacaaagcagcttgcacagctgcaccataagca 3146945  T
278 acagcctcatcagggttgatgctcttgcacaactccttcccattgaagaagttac-gcaataattcctgcacttttggaatcctagacgagcccccgaca 376  Q
    || |||||||||||||||||||| || ||||  | |||||| |  || || || | |||||| ||  |||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
3146946 acggcctcatcagggttgatgctgttacacagatgcttccc-tgcaaaaaattcctgcaatagttgttgcacttttggaattctagacgagccaccgaca 3147044  T
377 agaacaatatcatgta 392  Q
    || || | ||||||||    
3147045 aggacgacatcatgta 3147060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 211 - 389
Target Start/End: Original strand, 17267554 - 17267732
Alignment:
211 caccaagtttggaacatccttaatgccttcactcaacacagcagcttgcacagctgccccataagcaacagcctcatcagggttgatgctcttgcacaac 310  Q
    ||||||||||||||||| ||| | || | |||| |||| |||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||     
17267554 caccaagtttggaacattcttgacgcttccacttaacaaagcagcctgaacagcagcaccataagcaacagcctcatcagggttgatacttttgcataat 17267653  T
311 tccttcccattgaagaagttacgcaataattcctgcacttttggaatcctagacgagcccccgacaagaacaatatcat 389  Q
    |||||||| |||||||||||  |||||| || ||||||||| ||||||||||| || || || ||||| |||| |||||    
17267654 tccttccccttgaagaagttctgcaatagttgctgcactttcggaatcctagaagacccaccaacaaggacaacatcat 17267732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 179 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 29578257 - 29578043
Alignment:
179 ataccaagtgacaatggggtaacgtctcgcagcaccaagtttggaacatccttaatgccttcactcaacacagcagcttgcacagctgccccataagcaa 278  Q
    |||||||| ||||| || ||||  |||||||  ||||| |||||||||| ||||||||| ||| |||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||    
29578257 ataccaagcgacaagggtgtaatatctcgcaagaccaaatttggaacattcttaatgccatcaatcaacaaagcagcctgcacagctgcaccataagcaa 29578158  T
279 cagcctcatcagggttgatgctcttgcacaactccttcccattgaagaagttacgcaataattcctgcacttttggaatcctagacgagcccccgacaag 378  Q
    ||||||| |||||||| |||||| ||||||| ||| | || ||||| ||||   |||||| || | ||||||| ||||| ||||| || || || |||||    
29578157 cagcctcgtcagggtttatgctcatgcacaaatccctacccttgaaaaagtcttgcaatagtttccgcactttgggaattctagatgaacctccaacaag 29578058  T
379 aacaatatcatgtac 393  Q
     ||||| ||||||||    
29578057 gacaatttcatgtac 29578043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 181 - 318
Target Start/End: Original strand, 8581285 - 8581422
Alignment:
181 accaagtgacaatggggtaacgtctcgcagcaccaagtttggaacatccttaatgccttcactcaacacagcagcttgcacagctgccccataagcaaca 280  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||  | |||||||||||||  ||||||||||||||| | || |||||| || | ||| || ||||||||||||    
8581285 accaagtgacaatggtgtaacatctcgcaaaatcaagtttggaacactcttaatgccttcactaaccaaagcagcctgaatagcagcaccataagcaaca 8581384  T
281 gcctcatcagggttgatgctcttgcacaactccttccc 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
8581385 gcctcatcagggttgatgctcttgcataattccttccc 8581422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 180 - 444
Target Start/End: Original strand, 6789096 - 6789360
Alignment:
180 taccaagtgacaatggggtaacgtctcgcagcaccaagtttggaacatccttaatgccttcactcaacacagcagcttgcacagctgccccataagcaac 279  Q
    ||||||| ||||| || ||||| ||| ||||||||||||||||||||  ||||  |||||| ||||||| |||||| || |||||||| || ||||||||    
6789096 taccaagagacaacggtgtaacatcttgcagcaccaagtttggaacactcttagagccttcgctcaacaaagcagcctggacagctgcaccgtaagcaac 6789195  T
280 agcctcatcagggttgatgctcttgcacaactccttcccattgaagaagttacgcaataattcctgcacttttggaatcctagacgagcccccgacaaga 379  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||  |||| |  |   |||||| ||  |||||||| ||||| ||||| || || || |||||     
6789196 agcctcatcagggttgatgctcatgcacaaatcctttcccatgaaaacttcttgcaatagttgttgcactttgggaattctagaagacccaccaacaagg 6789295  T
380 acaatatcatgtacaccccccttgtccatctttgaatccacaaaacaactctcaacaatcttcat 444  Q
    |||| ||||| ||||   | |||||||||||| |  || |||| ||||||||||||  |||||||    
6789296 acaacatcatttacaatactcttgtccatcttagcgtcaacaagacaactctcaacggtcttcat 6789360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 211 - 389
Target Start/End: Original strand, 17259856 - 17260034
Alignment:
211 caccaagtttggaacatccttaatgccttcactcaacacagcagcttgcacagctgccccataagcaacagcctcatcagggttgatgctcttgcacaac 310  Q
    ||||||||||||||||| ||| | || | |||| |||| |||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     
17259856 caccaagtttggaacattcttgacgcttccacttaacaaagcagcctgaacagcagcaccataagcaacagcctcatcagggttgatgctcttgcataat 17259955  T
311 tccttcccattgaagaagttacgcaataattcctgcacttttggaatcctagacgagcccccgacaagaacaatatcat 389  Q
    ||||| || |||||||| |   |||||| || ||||||||| ||||||||||| || || || ||||| |||| |||||    
17259956 tccttacccttgaagaaatcctgcaatagttgctgcactttcggaatcctagaagatccaccaacaaggacaacatcat 17260034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 220 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 29582385 - 29582281
Alignment:
220 tggaacatccttaatgccttcactcaacacagcagcttgcacagctgccccataagcaacagcctcatcagggttgatgctcttgcacaactccttccca 319  Q
    |||||||| || |||||||||| ||| || |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||     
29582385 tggaacattctcaatgccttcaatcagcaaagcagcctgcacagctgcaccataagcaacagcctcatcagggttgatgctcatgcacaaatccttcccc 29582286  T
320 ttgaa 324  Q
    |||||    
29582285 ttgaa 29582281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 128 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 13334001 - 13333835
Alignment:
128 gaagtgttcctaggaaccaccacattcataatacgatcatcatgtaccgagataccaagtgacaatggggtaacgtctcgcagcaccaagtttggaacat 227  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||| ||| | ||||    ||| || ||||||||||| |||||| |||| ||||| ||||||||||| || |||     
13334001 gaagtgttcctaggaatcacaacattcatgatatgttcata---tactgaaataccaagtgataatgggataacatctcgtagcaccaagttcgggacag 13333905  T
228 ccttaatgccttcactcaacacagcagcttgcacagctgccccataagcaacagcctcatcagggttgat 297  Q
     ||||| |||||||||||| | |||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
13333904 tcttaaagccttcactcaaaatagcagcctgaacagctgcaccataagcaacagcctcatctgggttgat 13333835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 215 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 27846655 - 27846566
Alignment:
215 aagtttggaacatccttaatgccttcactcaacacagcagcttgcacagctgccccataagcaacagcctcatcagggttgatgctcttg 304  Q
    ||||||||||||| ||||||| | |||||||||| |||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
27846655 aagtttggaacattcttaatgtcatcactcaacaaagcagcctgcacagctgctccaaaagcaacagcctcatcagggttgatgctcttg 27846566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 178 - 369
Target Start/End: Original strand, 8654032 - 8654223
Alignment:
178 gataccaagtgacaatggggtaacgtctcgcagcaccaagtttggaacatccttaatgccttcactcaacacagcagcttgcacagctgccccataagca 277  Q
    |||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| || |||| ||||| | |||||||||| | |||||| || ||||| || ||||| |||    
8654032 gataccaagtgacaatggggtaacatcacgtagcaccaagttggggacattcttaaagtcttcactcaaaatagcagcctgaacagcagcgccatatgca 8654131  T
278 acagcctcatcagggttgatgctcttgcacaactccttcccattgaagaagttacgcaataattcctgcacttttggaatcctagacgagcc 369  Q
    | ||||||||| ||||||||  || |  ||||  ||||||| ||||| || |   ||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||    
8654132 atagcctcatctgggttgatattcataaacaaagccttccccttgaaaaactctagcaatagatcctgcactttgggaatcctagacgagcc 8654223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 178 - 389
Target Start/End: Original strand, 1301043 - 1301253
Alignment:
178 gataccaagtgacaatggggtaacgtctcgcagcaccaagtttggaacatccttaatgccttcactcaacacagcagcttgcacagctgccccataagca 277  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||| ||| |  ||||  || || | ||||||||| | |||||| |||||||||    
1301043 gataccaagtgacaatggggtaacatcttgcagcaccaagtttgggacattcttgaatcctttgcttaaaatagcagcttgaatagctgcaccataagca 1301142  T
278 acagcctcatcagggttgatgctcttgcacaactccttcccattgaagaagttacgcaataattcctgcacttttggaatcctagacgagcccccgacaa 377  Q
    |||||||| || |||||||| |||||| | ||  | ||| |   ||| | ||   ||||||  || |||||||| ||||||||||||||||| || ||||    
1301143 acagcctcgtc-gggttgatactcttgtataaaactttctccgggaaaatgtcttgcaatatatcttgcactttgggaatcctagacgagccacccacaa 1301241  T
378 gaacaatatcat 389  Q
    ||||||||||||    
1301242 gaacaatatcat 1301253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 198 - 300
Target Start/End: Original strand, 8537638 - 8537740
Alignment:
198 taacgtctcgcagcaccaagtttggaacatccttaatgccttcactcaacacagcagcttgcacagctgccccataagcaacagcctcatcagggttgat 297  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||  |||||||||| | ||||||| |||||| || ||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||    
8537638 taacatctcgcagcaccaagttcggaacagtcttaatgcctccgctcaacaaagcagcctggacagcagcaccataagcaacagcttcatcagggttgat 8537737  T
298 gct 300  Q
    |||    
8537738 gct 8537740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 240 - 390
Target Start/End: Original strand, 8102311 - 8102461
Alignment:
240 cactcaacacagcagcttgcacagctgccccataagcaacagcctcatcagggttgatgctcttgcacaactccttcccattgaagaagttacgcaataa 339  Q
    ||||||| | ||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| | |||||| |||||||||||||   |||| |     
8102311 cactcaagatagcagcttgaacagcggcaccataagcaacagcctcgtcggggttgatgcttttgcatagctccttaccattgaagaagtcttgcaacag 8102410  T
340 ttcctgcacttttggaatcctagacgagcccccgacaagaacaatatcatg 390  Q
    || ||| ||||| ||||||||||  || || || |||||||||| ||||||    
8102411 ttgctgaactttgggaatcctagttgaaccaccaacaagaacaacatcatg 8102461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 176 - 318
Target Start/End: Original strand, 8569891 - 8570033
Alignment:
176 gagataccaagtgacaatggggtaacgtctcgcagcaccaagtttggaacatccttaatgccttcactcaacacagcagcttgcacagctgccccataag 275  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||| |||||||  |||||||||||||||  ||||| || ||||||   || | |||| || | |||||| || ||||    
8569891 gagacaccaagtgacaatggtgtaacatctcgcaaaaccaagtttggaacactcttaacgctttcactatgcaaaacagcctgaatagctgcaccgtaag 8569990  T
276 caacagcctcatcagggttgatgctcttgcacaactccttccc 318  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||    
8569991 caacagcctcatcagggttaatgctgttgcataattccttccc 8570033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 180 - 394
Target Start/End: Original strand, 8590222 - 8590436
Alignment:
180 taccaagtgacaatggggtaacgtctcgcagcaccaagtttggaacatccttaatgccttcactcaacacagcagcttgcacagctgccccataagcaac 279  Q
    ||||||| |||||||| ||||| ||| | |||||||| || ||||||| |||||| || ||||  | || ||||||||| |||||||| |||||||||||    
8590222 taccaagagacaatggagtaacatcttgtagcaccaaattaggaacattcttaatcccatcacaaagcaaagcagcttgaacagctgcaccataagcaac 8590321  T
280 agcctcatcagggttgatgctcttgcacaactccttcccattgaagaagttacgcaataattcctgcacttttggaatcctagacgagcccccgacaaga 379  Q
    ||||||||| || |||||||| ||| | |  ||||||||  | || ||||   ||||||  | ||||||||| ||||||||||| || || || |||||     
8590322 agcctcatctggattgatgctattgtaaagatccttccccataaaaaagtcttgcaatagctgctgcactttgggaatcctagaagaaccaccaacaagt 8590421  T
380 acaatatcatgtaca 394  Q
    |||| ||||| ||||    
8590422 acaacatcatctaca 8590436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 182 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 7878315 - 7878103
Alignment:
182 ccaagtgacaatggggtaacgtctcgcagcaccaagtttggaacatccttaatgccttcactcaacacagcagcttgcacagctgccccataagcaacag 281  Q
    ||||| |||||||| ||||| ||| ||| |||||| || ||||||| |||||| || ||||  | || |||||| || |||||||| |||||||||||||    
7878315 ccaagagacaatggagtaacatcttgcaacaccaaattaggaacattcttaataccatcacaaagcagagcagcctgaacagctgcaccataagcaacag 7878216  T
282 cctcatcagggttgatgctcttgcacaactccttcccattgaagaagttacgcaataattcctgcacttttggaatcctagacgagcccccgacaagaac 381  Q
    | ||||| |||||||||||  |||| |  |||||||| || || ||||   ||||||  | |||||||||  |||||||||| || || || ||||| ||    
7878215 cttcatccgggttgatgctactgcaaatatccttccccttaaaaaagtcctgcaatagctgctgcactttgagaatcctagatgatccaccaacaagtac 7878116  T
382 aatatcatgtaca 394  Q
    || ||||| ||||    
7878115 aacatcatctaca 7878103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #26
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 188 - 324
Target Start/End: Original strand, 8646469 - 8646605
Alignment:
188 gacaatggggtaacgtctcgcagcaccaagtttggaacatccttaatgccttcactcaacacagcagcttgcacagctgccccataagcaacagcctcat 287  Q
    ||||||||||| || ||| | | ||||||||||||| ||| ||||| ||| ||||  || | |||||| || || ||||| ||||||||||| ||| |||    
8646469 gacaatggggtgacatcttgaaacaccaagtttggagcattcttaaagccatcacataataaagcagcctgaacggctgcgccataagcaacggccacat 8646568  T
288 cagggttgatgctcttgcacaactccttcccattgaa 324  Q
    ||||||||||||||| ||| || |||||| |||||||    
8646569 cagggttgatgctctcgcataattccttctcattgaa 8646605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #27
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 179 - 278
Target Start/End: Original strand, 8558966 - 8559065
Alignment:
179 ataccaagtgacaatggggtaacgtctcgcagcaccaagtttggaacatccttaatgccttcactcaacacagcagcttgcacagctgccccataagcaa 278  Q
    |||||||| ||||| |||||||| |||| |||||||| ||||||||||| |||| || ||||||| | || | |||| || |||||||| ||||||||||    
8558966 ataccaagggacaaaggggtaacatctctcagcaccatgtttggaacattcttagtgtcttcactaagcaaaacagcctggacagctgcaccataagcaa 8559065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #28
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 263 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 8636844 - 8636718
Alignment:
263 gctgccccataagcaacagcctcatcagggttgatgctcttgcacaactccttcccattgaagaagttacgcaataattcctgcacttttggaatcctag 362  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||  |||||| | || || | ||   | |||| || |||||| |||||||||||||    
8636844 gctgctccataagcaacagcctcatcagcgttgatgctcttacacagttccttcgccttaaaaatgtcctgtaatagttgctgcacctttggaatcctag 8636745  T
363 acgagcccccgacaagaacaatatcat 389  Q
    | ||||| || ||||| |||| |||||    
8636744 aggagccaccaacaaggacaacatcat 8636718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #29
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 254 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 8017923 - 8017850
Alignment:
254 gcttgcacagctgccccataagcaacagcctcatcagggttgatgctcttgcacaactccttcccattgaagaa 327  Q
    ||||| ||||| || ||||||||||||||||| || |||||||| |||||||| | ||| || |||||||||||    
8017923 gcttgtacagcggcaccataagcaacagcctcgtctgggttgatactcttgcaaagctctttaccattgaagaa 8017850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #30
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 179 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 8671683 - 8671623
Alignment:
179 ataccaagtgacaatggggtaacgtctcgcagcaccaagtttggaacatccttaatgcctt 239  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| || |||| ||||| |||||    
8671683 ataccaagtgacaatggcgtaacatctcgtagcaccaagttggggacattcttaaagcctt 8671623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #31
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 240 - 315
Target Start/End: Original strand, 39985290 - 39985365
Alignment:
240 cactcaacacagcagcttgcacagctgccccataagcaacagcctcatcagggttgatgctcttgcacaactcctt 315  Q
    ||||||| | |||||| || ||||| || ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| | ||||||    
39985290 cactcaagatagcagcctgaacagcagcaccatatgcaacagcctcatcaggatttatgctcttgcatagctcctt 39985365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 76; Significance: 6e-35; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 178 - 408
Target Start/End: Original strand, 28219500 - 28219730
Alignment:
178 gataccaagtgacaatggggtaacgtctcgcagcaccaagtttggaacatccttaatgccttcactcaacacagcagcttgcacagctgccccataagca 277  Q
    ||||||||| ||||| || ||||| ||| |||||||||| || ||||| |  |||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||    
28219500 gataccaagagacaaaggtgtaacatcttgcagcaccaacttcggaacttttttaaagccttcactcaacaaagcagcctgcacagctgcaccataagca 28219599  T
278 acagcctcatcagggttgatgctcttgcacaactccttcccattgaagaagttac-gcaataattcctgcacttttggaatcctagacgagcccccgaca 376  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| |  || || || | ||| || ||  || ||||||||||| ||||| ||||| || |||    
28219600 acagcctcatcagggttaatgctcttacacaattccttccc-tccaaaaaattcctgcagtagttgttgtacttttggaattctagaggagcctccaaca 28219698  T
377 agaacaatatcatgtacaccccccttgtccat 408  Q
    ||||||| ||| |||||| ||| |||||||||    
28219699 agaacaacatcgtgtacagccctcttgtccat 28219730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 75; Significance: 2e-34; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 233 - 411
Target Start/End: Original strand, 12528141 - 12528319
Alignment:
233 atgccttcactcaacacagcagcttgcacagctgccccataagcaacagcctcatcagggttgatgctcttgcacaactccttcccattgaagaagttac 332  Q
    |||||||||||||||| |||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| || ||||| || |       
12528141 atgccttcactcaacaaagcagcctgaacagcggcaccataagcaacagcctcatcagggttgatgctcttgtataactccttgcccttgaaaaactcct 12528240  T
333 gcaataattcctgcacttttggaatcctagacgagcccccgacaagaacaatatcatgtacaccccccttgtccatctt 411  Q
    ||||||  | || |||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||| |||||  | ||||||||||||    
12528241 gcaatagctgcttcactttgggaatcctagacgagccaccaacaagtacaatatcatctacactactcttgtccatctt 12528319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 207 - 443
Target Start/End: Original strand, 43744427 - 43744663
Alignment:
207 gcagcaccaagtttggaacatccttaatgccttcactcaacacagcagcttgcacagctgccccataagcaacagcctcatcagggttgatgctcttgca 306  Q
    ||||||||| ||||||||| |  |||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||  |||||| |||||||||||||| ||| |||| ||    
43744427 gcagcaccacgtttggaacttttttaaagccttcactcaacaaagcagcctgcacagctgcaccaatagcaactgcctcatcagggttaatgttcttaca 43744526  T
307 caactccttcccattgaagaagttac-gcaataattcctgcacttttggaatcctagacgagcccccgacaagaacaatatcatgtacaccccccttgtc 405  Q
    ||| |||||||| |  || || || | |||||| ||  || ||||||||||||||||| ||||| || |||||||||| |||||||| | | | ||||||    
43744527 caaatccttccc-tgcaaaaaattcctgcaatagttgttgtacttttggaatcctagaggagccaccaacaagaacaacatcatgtatagcgctcttgtc 43744625  T
406 catctttgaatccacaaaacaactctcaacaatcttca 443  Q
    |||||| | |||   || ||||||||||||||| ||||    
43744626 catcttggcatcagtaagacaactctcaacaattttca 43744663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University