View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2728_low_5 (Length: 473)

Name: NF2728_low_5
Description: NF2728
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2728_low_5
NF2728_low_5
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (1-457)||(16484993-16485449)
chr3 (1-457)||(9459015-9459465)
chr3 (2-201)||(9470506-9470705)
chr3 (288-449)||(9470346-9470502)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (1-457)||(44599444-44599900)
chr1 (1-457)||(5722424-5722873)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-314)||(1884636-1884949)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-314)||(5564500-5564813)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 433; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 433; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 16485449 - 16484993
Alignment:
Q  1 cttaatttcattgatcttcataacattcaaacaactgttcaaagaaagcatgagcaatttggcgagacgacgaacgaaaacagactcaagggaatcttta 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  16485449 cttaatttcattgatcttcataacattcaaacaattgttcaaagaaagcatgagcaatttggcgagacgaagaacgaaaacagactcaagggaatcttta 16485350  T
Q  101 agggattgttcttcatgaacaagctccatcacgcgtttagtaagaagaacgtgatcttgatgaaactggaagcaagaagggtatttggaaatccaattaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16485349 agggattgttcttcatgaacaagcttcatcatgcgtttagtaagaagaacgtgatcttgatgaaactggaagcaagaagggtatttggaaatccaattaa 16485250  T
Q  201 gagctttaccatgaagatctagggttttgaatttcttctgaagggttaggattgggatttggttgttagggtaacgaaggataatgtttttgatttggtt 300  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16485249 gagctttaccttgaagatctagggttttgaatttcttctgaagggttaggattgggatttggttgttagggtaacgaaggataatgtttttgatttggtt 16485150  T
Q  301 gttaattatccaacgtttgttgcgtgatagtgctgattctaagtatgggtcttttttacttgaccatagacaatagtgtcttattgagaaggaagtggtt 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  16485149 gttaattatccaacgtttgttgcgtgatagtgctgattctaagtatgggtcttttttacttgaccatagacaatagtgtctttttgagaaggaagtggtt 16485050  T
Q  401 ctgaggagaataatgatgttggtttgatgatggaacattggttctgttactagtttg 457  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16485049 ctgaggagaataatgatgttggtttgatgatggaacattggttctgttactagtttg 16484993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 9459465 - 9459015
Alignment:
Q  1 cttaatttcattgatcttcataacattcaaacaactgttcaaagaaagcatgagcaatttggcgagacgacgaacgaaaacagactcaagggaatcttta 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||| ||||||||||||||     
T  9459465 cttaatttcattgatcttcataacattcaaacaattattcaaagaaagcatgagcaatttggcgagacgtggaacaaaaacagattcaagggaatctttc 9459366  T
Q  101 agggattgttcttcatgaacaagctccatcacgcgtttagtaagaagaacgtgatcttgatgaaactggaagcaagaagggtatttggaaatccaattaa 200  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  9459365 aaggattgttcttcatgaacaagctccatcatgcgtttagtaagaagaacgtgatcttgatgaaactggaagcaagaagggtatttggaaatccagttaa 9459266  T
Q  201 gagctttaccatgaagatctagggttttgaatttcttctgaagggttaggattgggatttggttgttagggtaacgaaggataatgtttttgatttggtt 300  Q
    | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9459265 gggctttaccttgaagatctagggttttgaatttcttctgaagagtttgaattgggatttggttgttagggtaacggaggataatgtttttgatttggtt 9459166  T
Q  301 gttaattatccaacgtttgttgcgtgatagtgctgattctaagtatgggtcttttttacttgaccatagacaatagtgtcttattgagaaggaagtggtt 400  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||      | ||||    
T  9459165 gttaattatccaacgtttgtttcgcgatagtgctgattctaagtctgggtcttttttacttgaccatagacaatagtgtctttttgag------gaggtt 9459072  T
Q  401 ctgaggagaataatgatgttggtttgatgatggaacattggttctgttactagtttg 457  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  9459071 cggaggagaataatgatgttggtttgatgacggaacattggttctgttactggtttg 9459015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 152; E-Value: 3e-80
Query Start/End: Original strand, 2 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 9470705 - 9470506
Alignment:
Q  2 ttaatttcattgatcttcataacattcaaacaactgttcaaagaaagcatgagcaatttggcgagacgacgaacgaaaacagactcaagggaatctttaa 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||  |||| |||||||| ||||| |||||||| |    
T  9470705 ttaatttcattgatcttcataacattcaaacaattattcaaagaaaacatgagcaatttggcgagacgtggaacaaaaacagattcaagagaatctttca 9470606  T
Q  102 gggattgttcttcatgaacaagctccatcacgcgtttagtaagaagaacgtgatcttgatgaaactggaagcaagaagggtatttggaaatccaattaag 201  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  9470605 aggattgttcttcatgaacaagctccatcatgcgtttagtaagaagaacgtgatcttgatgaaactggaagcaagaagggtatttggaaatccagttaag 9470506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 288 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 9470502 - 9470346
Alignment:
Q  288 ttttgatttggttgttaattatccaacgtttgttgcgtgatagtgctgattctaagtatgggtct-tttttacttgaccatagacaatagtgtcttattg 386  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||    
T  9470502 ttttgatttggttgttaattatccaatgtttgtttcgcgatagtgctgattctaagtttgggtctgtttttacatgaccatagacaatagtgtctttttg 9470403  T
Q  387 agaaggaagtggttctgaggagaataatgatgttggtttgatgatggaacattggttctgtta 449  Q
    ||      | ||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  9470402 ag------gaggttcggtggagaataatgatgttggtttgatgacggaacattggttctgtta 9470346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 433; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 433; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 44599900 - 44599444
Alignment:
Q  1 cttaatttcattgatcttcataacattcaaacaactgttcaaagaaagcatgagcaatttggcgagacgacgaacgaaaacagactcaagggaatcttta 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  44599900 cttaatttcattgatcttcataacattcaaacaattgttcaaagaaagcatgagcaatttggcgagacgaagaacgaaaacagactcaagggaatcttta 44599801  T
Q  101 agggattgttcttcatgaacaagctccatcacgcgtttagtaagaagaacgtgatcttgatgaaactggaagcaagaagggtatttggaaatccaattaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44599800 agggattgttcttcatgaacaagcttcatcatgcgtttagtaagaagaacgtgatcttgatgaaactggaagcaagaagggtatttggaaatccaattaa 44599701  T
Q  201 gagctttaccatgaagatctagggttttgaatttcttctgaagggttaggattgggatttggttgttagggtaacgaaggataatgtttttgatttggtt 300  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44599700 gagctttaccttgaagatctagggttttgaatttcttctgaagggttaggattgggatttggttgttagggtaacgaaggataatgtttttgatttggtt 44599601  T
Q  301 gttaattatccaacgtttgttgcgtgatagtgctgattctaagtatgggtcttttttacttgaccatagacaatagtgtcttattgagaaggaagtggtt 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  44599600 gttaattatccaacgtttgttgcgtgatagtgctgattctaagtatgggtcttttttacttgaccatagacaatagtgtctttttgagaaggaagtggtt 44599501  T
Q  401 ctgaggagaataatgatgttggtttgatgatggaacattggttctgttactagtttg 457  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44599500 ctgaggagaataatgatgttggtttgatgatggaacattggttctgttactagtttg 44599444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 326; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 5722873 - 5722424
Alignment:
Q  1 cttaatttcattgatcttcataacattcaaacaactgttcaaagaaagcatgagcaatttggcgagacgacgaacgaaaacagactcaagggaatcttta 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||| ||||| ||||||||     
T  5722873 cttaatttcattgatcttcataacattcaaacaattattcaaagaaagcatgagcaatttggcgagacgtggaacaaaaacagattcaagagaatctttc 5722774  T
Q  101 agggattgttcttcatgaacaagctccatcacgcgtttagtaagaagaacgtgatcttgatgaaactggaagcaagaagggtatttggaaatccaattaa 200  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5722773 aaggattgttcttcatgaacaagctccatcatgcgtttagtaagaagaacgtgatcttgatgaaactggaagcaagaagggtatttggaaatccagttaa 5722674  T
Q  201 gagctttaccatgaagatctagggttttgaatttcttctgaagggttaggattgggatttggttgttagggtaacgaaggataatgtttttgatttggtt 300  Q
    | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  5722673 gggctttaccttgaagatctagggttttgaatttcttctgaagagtttgaattgggatttggttgttagggtaacggaggataatgtttttgatttggtt 5722574  T
Q  301 gttaattatccaacgtttgttgcgtgatagtgctgattctaagtatgggtcttttttacttgaccatagacaatagtgtcttattgagaaggaagtggtt 400  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||      | ||||    
T  5722573 gttaattatccaacgtttgtttcgcgataatgctgattctaagtctgggtcttttttacttgaccatagacaatagtgtctttttgag------gaggtt 5722480  T
Q  401 ctgaggagaataatgatgttggtttgatgatggaacattggttctgttactagtttg 457  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  5722479 cggaggagaataatgatgttggtttgatgatggaaca-tggttctgttactggtttg 5722424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 214; Significance: 1e-117; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 314
Target Start/End: Original strand, 1884636 - 1884949
Alignment:
Q  1 cttaatttcattgatcttcataacattcaaacaactgttcaaagaaagcatgagcaatttggcgagacgacgaacgaaaacagactcaagggaatcttta 100  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||| || ||||||||||||    
T  1884636 cttaatttcattgatcttcatagcattcaaacaattattcaaagaaagcatgaacaatttggcgagacgttgaacgaaaacagattccagggaatcttta 1884735  T
Q  101 agggattgttcttcatgaacaagctccatcacgcgtttagtaagaagaacgtgatcttgatgaaactggaagcaagaagggtatttggaaatccaattaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||  |||||||| |||||||| |||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  1884736 agggattgttcttcatgaacaagttcaatcattcgtttagtgagaagaacatgatctttctgaaactggaagtaagaagggtatttggaaatccaattaa 1884835  T
Q  201 gagctttaccatgaagatctagggttttgaatttcttctgaagggttaggattgggatttggttgttagggtaacgaaggataatgtttttgatttggtt 300  Q
      |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  1884836 aggctttaccttgaagatctagcgttttgaatttcttctgaagggtttgaattggaatttggttgttagggtaacggaggataatgtttttgatttggtt 1884935  T
Q  301 gttaattatccaac 314  Q
    ||||||||||||||    
T  1884936 gttaattatccaac 1884949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 198; Significance: 1e-108; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 314
Target Start/End: Original strand, 5564500 - 5564813
Alignment:
Q  1 cttaatttcattgatcttcataacattcaaacaactgttcaaagaaagcatgagcaatttggcgagacgacgaacgaaaacagactcaagggaatcttta 100  Q
    |||||||||||||||||| ||| || | |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||  |||||||||||||||    
T  5564500 cttaatttcattgatcttgatagcactaaaacaattattcaaagaaagcatgagcaatttggcgagatgttgaacgaaaacaggttcaagggaatcttta 5564599  T
Q  101 agggattgttcttcatgaacaagctccatcacgcgtttagtaagaagaacgtgatcttgatgaaactggaagcaagaagggtatttggaaatccaattaa 200  Q
    | ||| ||||||||||||||||| ||||||| || |||||| ||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5564600 aaggactgttcttcatgaacaagttccatcatgcatttagtgagaagaatgtgatctttctgaaactggaagcaagaagggtatttggaaatccaattaa 5564699  T
Q  201 gagctttaccatgaagatctagggttttgaatttcttctgaagggttaggattgggatttggttgttagggtaacgaaggataatgtttttgatttggtt 300  Q
    | |||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||| | ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  5564700 gggctttaccttgaagatctagcgttttgactttcttctaaagggtttgaattggaatttggttgttagggtaacggaggataatgtttttgatttggtt 5564799  T
Q  301 gttaattatccaac 314  Q
    ||||||||||||||    
T  5564800 gttaattatccaac 5564813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University