View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2732_high_2 (Length: 452)

Name: NF2732_high_2
Description: NF2732
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2732_high_2
NF2732_high_2
[»] chr4 (33 HSPs)
chr4 (14-434)||(43107769-43108189)
chr4 (69-356)||(3343742-3344034)
chr4 (69-337)||(3343138-3343412)
chr4 (94-377)||(3343680-3343965)
chr4 (160-350)||(39289947-39290137)
chr4 (208-356)||(39290031-39290176)
chr4 (73-257)||(39289950-39290139)
chr4 (192-359)||(26561687-26561854)
chr4 (202-356)||(3343494-3343647)
chr4 (160-333)||(43108045-43108222)
chr4 (192-257)||(3343424-3343489)
chr4 (105-419)||(3343868-3344188)
chr4 (70-141)||(3343626-3343697)
chr4 (220-377)||(10982238-10982392)
chr4 (122-349)||(3343101-3343334)
chr4 (160-333)||(39290192-39290365)
chr4 (19-282)||(3343877-3344140)
chr4 (70-137)||(3343537-3343604)
chr4 (192-257)||(10982268-10982330)
chr4 (163-337)||(3343057-3343231)
chr4 (74-243)||(39290192-39290366)
chr4 (19-158)||(39289964-39290098)
chr4 (87-248)||(3343247-3343413)
chr4 (216-359)||(26561628-26561764)
chr4 (70-138)||(26561853-26561920)
chr4 (192-267)||(39289836-39289911)
chr4 (160-254)||(36141537-36141631)
chr4 (105-197)||(39290157-39290245)
chr4 (19-57)||(3343431-3343469)
chr4 (160-238)||(26561858-26561935)
chr4 (93-141)||(3343410-3343458)
chr4 (277-349)||(3343419-3343491)
chr4 (241-313)||(26561849-26561920)
[»] chr7 (29 HSPs)
chr7 (70-382)||(3203688-3204005)
chr7 (19-352)||(3203732-3204065)
chr7 (19-356)||(3203551-3203889)
chr7 (122-359)||(31860789-31861031)
chr7 (192-372)||(31860866-31861046)
chr7 (174-359)||(35153572-35153754)
chr7 (160-349)||(35153494-35153681)
chr7 (88-372)||(31860686-31860975)
chr7 (163-314)||(28950620-28950771)
chr7 (70-241)||(35153218-35153391)
chr7 (160-331)||(35153218-35153386)
chr7 (14-262)||(35153491-35153734)
chr7 (208-359)||(35153280-35153428)
chr7 (69-156)||(35153218-35153305)
chr7 (167-300)||(26979368-26979501)
chr7 (199-312)||(31860656-31860769)
chr7 (285-403)||(26979396-26979514)
chr7 (70-222)||(31860656-31860813)
chr7 (239-359)||(28950606-28950726)
chr7 (21-141)||(31860832-31860947)
chr7 (294-372)||(35153354-35153432)
chr7 (19-139)||(28950656-28950771)
chr7 (222-282)||(35147749-35147809)
chr7 (19-99)||(35153181-35153260)
chr7 (160-257)||(35147687-35147781)
chr7 (365-419)||(31860609-31860663)
chr7 (167-212)||(35153394-35153439)
chr7 (312-376)||(35147745-35147809)
chr7 (294-338)||(35147871-35147915)
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (69-372)||(12513032-12513334)
chr5 (70-377)||(12513120-12513430)
chr5 (109-359)||(18960556-18960810)
chr5 (192-337)||(10927937-10928082)
chr5 (105-316)||(18960510-18960725)
chr5 (75-257)||(10927906-10928092)
chr5 (19-254)||(18960485-18960716)
chr5 (194-372)||(18960633-18960810)
chr5 (18-158)||(10927943-10928078)
chr5 (289-376)||(10927944-10928031)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (160-402)||(9321548-9321788)
chr8 (75-267)||(9321548-9321743)
[»] chr2 (20 HSPs)
chr2 (160-343)||(11879862-11880046)
chr2 (122-433)||(35687085-35687393)
chr2 (160-359)||(35711556-35711753)
chr2 (75-250)||(11879862-11880043)
chr2 (160-299)||(38179620-38179759)
chr2 (232-377)||(18483089-18483234)
chr2 (192-372)||(11879806-11879984)
chr2 (192-372)||(35687318-35687502)
chr2 (160-267)||(18483107-18483214)
chr2 (70-145)||(35711444-35711520)
chr2 (74-117)||(35711817-35711860)
chr2 (307-382)||(38179627-38179702)
chr2 (192-267)||(18483898-18483973)
chr2 (322-377)||(18483938-18483993)
chr2 (75-158)||(38179676-38179759)
chr2 (19-155)||(11879901-11880033)
chr2 (235-320)||(11880047-11880132)
chr2 (70-141)||(11880051-11880122)
chr2 (160-234)||(11880043-11880117)
chr2 (18-58)||(35687456-35687496)
[»] scaffold0020 (2 HSPs)
scaffold0020 (160-257)||(140367-140464)
scaffold0020 (247-403)||(140311-140467)
[»] chr1 (13 HSPs)
chr1 (160-241)||(20806966-20807047)
chr1 (236-382)||(20806916-20807061)
chr1 (70-156)||(20806966-20807052)
chr1 (262-359)||(3547013-3547107)
chr1 (167-267)||(3547008-3547105)
chr1 (241-363)||(9846136-9846258)
chr1 (194-267)||(9846142-9846215)
chr1 (208-253)||(3538561-3538606)
chr1 (194-267)||(9846021-9846094)
chr1 (70-158)||(9846166-9846254)
chr1 (87-179)||(3547013-3547107)
chr1 (160-254)||(3546833-3546927)
chr1 (302-419)||(3547110-3547229)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (167-257)||(42737149-42737239)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 393; Significance: 0; HSPs: 33)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 393; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 43108189 - 43107769
Alignment:
14 attattcttgacacttgacttgttgcatgtattcatcatgagtcacaatacttgctttggtttattgcatgagtaacatttggcttgttgtatgtattcc 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
43108189 attattcttgacacttgacttgttgcatgtattcatcatgagtcacgatacttgctttggtttattgcatgagtaacatttggcttgttgtatgtattcc 43108090  T
114 tcttaacgcttggcttgttgcatgtatttctcgtgagtcatgacaattattgcatgggtaacacttgacttattgtaagtattcctcttgacatttgact 213  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
43108089 tcttaacacttggcttgttgcatgtatttctcgtgagtcacgacaattattgcatgggtaacacttgacttattgtaagtattcctcttgacatttggct 43107990  T
214 tgttgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttattgcaggggtaacacctgacatgttgcatgtgtttctcttgacacttgacttgctgcatgt 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
43107989 tgttgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttattgcacgggtaacacctgacatgctgcatgtgtttctcttgacacttgacttgctgcatgt 43107890  T
314 attcctcgtgagtcatgacacttgattcattgcatgagtaacacttagctagttgcatgcattattcttagcacttgagatgcattttaggcgcccaaag 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
43107889 attcctcgtgagtcatgacacttgattcattgcatgagtaacacttagctagttgcatgcattattcttagcacttgagatgcattttaggcgcccaaag 43107790  T
414 gtacaatgacagggtcttttc 434  Q
    |||||||||||| ||||||||    
43107789 gtacaatgacagagtcttttc 43107769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 69 - 356
Target Start/End: Original strand, 3343742 - 3344034
Alignment:
69 tttggtttattgcatgagtaacatttggcttgttgtatgtattcctcttaacgcttggcttgttgcatgtatttctcgtgagtcatgacaa-----ttat 163  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||| |||| || |||||||| |||| || ||||| |||||||||||||| ||| ||| || |||||      ||||    
3343742 tttggtttattgcatgggtaacacttgacttgctgcatgtattcatcttgacacttggtttgttgcatgtattcctcctgattcgtgacatgtggtttat 3343841  T
164 tgcatgggtaacacttgacttattgtaagtattcctcttgacatttgacttgttgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttattgcaggggta 263  Q
    || || | ||||| ||| | |  || | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| | |||||    
3343842 tgaatagttaacatttgtcctcctgcatgtattcctcttgacatttggcttgttgcatgtattcctaatgagtcatcacacttggtttattgtatgggta 3343941  T
264 acacctgacatgttgcatgtgtttctcttgacacttgacttgctgcatgtattcctcgtgagtcatgacacttgattcattgcatgagtaaca 356  Q
    | || |  | |||||||||  || || ||||||||||  ||| |||||||||| ||  |||||||||||| |||  | ||||||| |||||||    
3343942 agacatagcttgttgcatgcattacttttgacacttggtttgttgcatgtatttctaatgagtcatgacatttggcttattgcattagtaaca 3344034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 69 - 337
Target Start/End: Original strand, 3343138 - 3343412
Alignment:
69 tttggtttattgcatgagtaacatttggcttgttgtatgtattcctcttaacgcttggcttgttgcatgtatttctcgtgagtcatgacaatt------a 162  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||| ||  ||| || || || ||||| |||||| |||||||  || |||||||||||| ||      |    
3343138 tttggtttattgcataagtaacacttggcttattgcattgatttcttttcacacttggtttgttgtatgtattgttcatgagtcatgacacttggtttta 3343237  T
163 ttgcatgggtaacacttgacttattgtaagtattcctcttgacatttgacttgttgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttattgcaggggt 262  Q
    ||  |||| |||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||| ||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || |    
3343238 tttaatggataacacttgacttgatgtatgtattcctcttgacatttggcttgttgtatttattcatcatgagtcataacacttggtttattgcatggat 3343337  T
263 aacacctgacatgttgcatgtgtttctcttgacacttgacttgctgcatgtattcctcgtgagtcatgacacttg 337  Q
     |||| || | || ||||| | |||||||||||| || | ||  ||||||||||||||  ||||| |||||||||    
3343338 tacacttggcttgctgcatttatttctcttgacatttaaattattgcatgtattcctcacgagtcgtgacacttg 3343412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 94 - 377
Target Start/End: Original strand, 3343680 - 3343965
Alignment:
94 tggcttgttgtatgtattcctcttaacgcttggcttgttgcatgtatttctcgtgagtcatgacaatt-----attgcatgggtaacacttgacttattg 188  Q
    |||||||||| ||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||   | | |||||||||| ||     |||||||||||||||||||||||  ||    
3343680 tggcttgttgcatgtattcctcttgaaacttggcttgttgcatgtatt---cattagtcatgacatttggtttattgcatgggtaacacttgacttgctg 3343776  T
189 taagtattcctcttgacatttgacttgttgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttattgcaggggtaacacctgacatgttgcatgtgtttc 288  Q
     | |||||| |||||||| |||  |||||||||||||||||| ||| || |||||  |||||||||| |  | |||||  || | |  ||||||| || |    
3343777 catgtattcatcttgacacttggtttgttgcatgtattcctcctgattcgtgacatgtggtttattgaatagttaacatttgtcctcctgcatgtattcc 3343876  T
289 tcttgacacttgacttgctgcatgtattcctcgtgagtcatgacacttgattcattgcatgagtaacacttagctagttgcatgcatta 377  Q
    |||||||| ||| |||| |||||||||||||  |||||||| ||||||| || |||| ||| |||| || ||||| |||||||||||||    
3343877 tcttgacatttggcttgttgcatgtattcctaatgagtcatcacacttggtttattgtatgggtaagacatagcttgttgcatgcatta 3343965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 160 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 39290137 - 39289947
Alignment:
160 ttattgcatgggtaacacttgacttattgtaagtattcctcttgacatttgacttgttgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttattgcagg 259  Q
    ||||||||||| |||||||| |||| ||| | ||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||| |      
39290137 ttattgcatggataacacttaacttgttgcatgtatttctcttgacacttggcttgttgcatgtattcctcatatgtcatgacacttggttcattgtata 39290038  T
260 ggtaacacctgacatgttgcatgtgtttctcttgacacttgacttgctgcatgtattcctcgtgagtcatgacacttgattcattgcatga 350  Q
     ||||||  || | || ||||||| |||||||||||||||| |||| || |||| ||| || |||||||||||||||| || |||||||||    
39290037 agtaacatttggcttgctgcatgtatttctcttgacacttggcttgttgtatgtgttcatcatgagtcatgacacttggtttattgcatga 39289947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 208 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 39290176 - 39290031
Alignment:
208 ttgacttgttgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttattgcaggggtaacacctgacatgttgcatgtgtttctcttgacacttgacttgct 307  Q
    ||||||||||||||||||||   ||||||||| |||||| |||||||||| || |||||| | || |||||||||| |||||||||||||||| |||| |    
39290176 ttgacttgttgcatgtattc---atgagtcatcacacttagtttattgcatggataacacttaacttgttgcatgtatttctcttgacacttggcttgtt 39290080  T
308 gcatgtattcctcgtgagtcatgacacttgattcattgcatgagtaaca 356  Q
    ||||||||||||| |  ||||||||||||| ||||||| || |||||||    
39290079 gcatgtattcctcatatgtcatgacacttggttcattgtataagtaaca 39290031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 73 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 39290139 - 39289950
Alignment:
73 gtttattgcatgagtaacatttggcttgttgtatgtattcctcttaacgcttggcttgttgcatgtatttctcgtgagtcatgacaatt-----attgca 167  Q
    ||||||||||||  ||||| ||  ||||||| ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||| |  ||||||||| ||     |||| |    
39290139 gtttattgcatggataacacttaacttgttgcatgtatttctcttgacacttggcttgttgcatgtattcctcatatgtcatgacacttggttcattgta 39290040  T
168 tgggtaacacttgacttattgtaagtattcctcttgacatttgacttgttgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttattgca 257  Q
    |  |||||| ||| |||  || | ||||| ||||||||| ||| ||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
39290039 taagtaacatttggcttgctgcatgtatttctcttgacacttggcttgttgtatgtgttcatcatgagtcatgacacttggtttattgca 39289950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 192 - 359
Target Start/End: Original strand, 26561687 - 26561854
Alignment:
192 gtattcctcttgacatttgacttgttgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttattgcaggggtaacacctgacatgttgcatgtgtttctct 291  Q
    ||||| ||||||||| |||  |||||||||||||| | |||||| |||||||||||||  |||||| | |||| || ||   || | ||||| || ||||    
26561687 gtatttctcttgacacttggtttgttgcatgtatttcacatgagccatgacacttggtcaattgcatgtgtaatacttgggttgctacatgtattcctct 26561786  T
292 tgacacttgacttgctgcatgtattcctcgtgagtcatgacacttgattcattgcatgagtaacactt 359  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||  ||  || |||||||||||||||  |||||||||||||||||    
26561787 tgacatttgacttgttgcatgtatttttcaagattcatgacacttgatttgttgcatgagtaacactt 26561854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 202 - 356
Target Start/End: Original strand, 3343494 - 3343647
Alignment:
202 tgacatttgacttgttgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttattgcaggggtaacacctgacatgttgcatgtgtttctcttgacacttga 301  Q
    ||||| ||| |||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||  || | || ||||||| || |||||||||||||     
3343494 tgacagttggcttgctacatgtattcctcatgagtcgtgacacttggtttattgcatgggtaacatttggcttgctgcatgtattcctcttgacacttgg 3343593  T
302 cttgctgcatgtattcctcgtgagtcatgacacttgattcattgcatgagtaaca 356  Q
    |||  ||||||  ||| | ||  ||||||| ||||| || |||||||||||||||    
3343594 cttattgcatgctttcttggt-tgtcatgatacttggtttattgcatgagtaaca 3343647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 160 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 43108222 - 43108045
Alignment:
160 ttattgcatgggtaacacttgacttattgtaagtattcctcttgacatttgacttgttgcatgtattcctcatgagtcatgacac-----ttggtttatt 254  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||  || | |||||  |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| || ||     ||||||||||    
43108222 ttattgtatgggtaacacttga-ttgatgcatgtattattcttgacacttgacttgttgcatgtattcatcatgagtcacgatacttgctttggtttatt 43108124  T
255 gcaggggtaacacctgacatgttgcatgtgtttctcttgacacttgacttgctgcatgtattcctcgtgagtcatgaca 333  Q
    ||| | ||||||  || | ||||| |||| || ||||| ||||||| |||| |||||||||| ||||||||||| ||||    
43108123 gcatgagtaacatttggcttgttgtatgtattcctcttaacacttggcttgttgcatgtatttctcgtgagtcacgaca 43108045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 192 - 257
Target Start/End: Original strand, 3343424 - 3343489
Alignment:
192 gtattcctcttgacatttgacttgttgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttattgca 257  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||    
3343424 gtattcctcttgacatttggcttgttgcatgtattcatcatgagtcgtaacacttggtttattgca 3343489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 105 - 419
Target Start/End: Original strand, 3343868 - 3344188
Alignment:
105 atgtattcctcttaacgcttggcttgttgcatgtatttctcgtgagtcatgacaatt-----attgcatgggtaacacttgacttattgtaagtattcct 199  Q
    ||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||| ||  |||||||| ||| ||     |||| |||||||| || |  ||| ||| | | ||| ||    
3343868 atgtattcctcttgacatttggcttgttgcatgtattcctaatgagtcatcacacttggtttattgtatgggtaagacatagcttgttgcatgcattact 3343967  T
200 cttgacatttgacttgttgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttattgcaggggtaacacctgacatgttgcatgtgtttctcttgacactt 299  Q
     |||||| |||  |||||||||||||| || ||||||||||||| |||| ||||||||   ||||||  || | |  | || || || |||||||||| |    
3343968 tttgacacttggtttgttgcatgtatttctaatgagtcatgacatttggcttattgcattagtaacatttggccttctccacgttttcctcttgacacat 3344067  T
300 gacttgctgcatgtattcctcgtgagtcatgacacttgattcattgcatgagtaacacttagctagttgcatgcattattcttagcactt-gagatgcat 398  Q
    || ||| |||||||||| ||| |  |||||||| |||| || |||| ||| ||||||| || || |||||||||| |||||||  ||||| | |||||||    
3344068 gatttgttgcatgtatttctcataggtcatgactcttgttttattgtatgggtaacacctaacttgttgcatgcagtattcttgacacttagggatgcat 3344167  T
399 tttaggcgcccaaaggtacaa 419  Q
    ||||| | ||||| |||||||    
3344168 tttagtcccccaatggtacaa 3344188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 70 - 141
Target Start/End: Original strand, 3343626 - 3343697
Alignment:
70 ttggtttattgcatgagtaacatttggcttgttgtatgtattcctcttaacgcttggcttgttgcatgtatt 141  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||| || | ||||||||||||||||||    
3343626 ttggtttattgcatgagtaacatttggcttgctgaatgcattcctcttgacacctggcttgttgcatgtatt 3343697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 220 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 10982392 - 10982238
Alignment:
220 atgtattcctcatgagtcatgacacttggtttattgcaggggtaacacctgacatgttgcatgtgtttctcttgacacttgacttgctgcatgtattcct 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||| | || || | |   |||||| || || |||||| ||| |||| ||||||||||| |    
10982392 atgtattcctcatgagtcatgacacttggtttactgcattggtgatacttggcttaccgcatgtattccttttgacatttggcttgttgcatgtattcat 10982293  T
320 cgtgagtcatgacacttgattcattgcatgagtaacacttagctagttgcatgcatta 377  Q
       ||||||||||||||| || ||||||| |||||||| ||||| ||| |||||||||    
10982292 ---gagtcatgacacttggtttattgcataagtaacacctagcttgttacatgcatta 10982238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 122 - 349
Target Start/End: Original strand, 3343101 - 3343334
Alignment:
122 cttggcttgttgcatgtatttctcgtgagtcatgacaatt-----attgcatgggtaacacttgacttattgtaagtattcctcttgacatttgacttgt 216  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||| ||     |||||||  |||||||||| ||||||| |   ||| || || ||| |||  ||||    
3343101 cttggcttgttgtatgtatttctcatgaatcatgacatttggtttattgcataagtaacacttggcttattgcattgatttcttttcacacttggtttgt 3343200  T
217 tgcatgtattcctcatgagtcatgacacttgg-tttattgcaggggtaacacctgacatgttgcatgtgtttctcttgacacttgacttgctgcatgtat 315  Q
    || |||||||  |||||||||||||||||||| ||||||  | || |||||| |||| || || |||| || ||||||||| ||| |||| || || |||    
3343201 tgtatgtattgttcatgagtcatgacacttggttttatttaatggataacacttgacttgatgtatgtattcctcttgacatttggcttgttgtatttat 3343300  T
316 tcctcgtgagtcatgacacttgattcattgcatg 349  Q
    || || |||||||| ||||||| || ||||||||    
3343301 tcatcatgagtcataacacttggtttattgcatg 3343334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 160 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 39290365 - 39290192
Alignment:
160 ttattgcatgggtaacacttgacttattgtaagtattcctcttgacatttgacttgttgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttattgcagg 259  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||| |||   |||||||| ||||||  || ||||||||||||||| || |||||||||  ||||||||||||||||      
39290365 ttatttcatgggtaacacttggcttgttgcgcgtattccttttgacacatggcttgttgcatgtatttcttatgagtcattgcacttggtttattgcata 39290266  T
260 ggtaacacctgacatgttgcatgtgtttctcttgacacttgacttgctgcatgtattcctcgtgagtcatgaca 333  Q
    | | |||| || | |    ||||| || |||||||||||| ||||  |||||||||| ||| ||||||||||||    
39290265 gttgacacttggcttacgacatgtattcctcttgacactttactttttgcatgtatttctcatgagtcatgaca 39290192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 19 - 282
Target Start/End: Original strand, 3343877 - 3344140
Alignment:
19 tcttgacacttgacttgttgcatgtattcatcatgagtcacaatacttgctttggtttattgcatgagtaacatttggcttgttgtatgtattcctctta 118  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||| | ||||||||  | |||||     |||||||| ||| |||| |  | |||||||| ||| ||| || ||     
3343877 tcttgacatttggcttgttgcatgtattcctaatgagtcatcacacttg-----gtttattgtatgggtaagacatagcttgttgcatgcattacttttg 3343971  T
119 acgcttggcttgttgcatgtatttctcgtgagtcatgacaatt-----attgcatgggtaacacttgacttattgtaagtattcctcttgacatttgact 213  Q
    || ||||| |||||||||||||||||  |||||||||||| ||     |||||||  |||||| ||| | |  |  | || ||||||||||||  ||| |    
3343972 acacttggtttgttgcatgtatttctaatgagtcatgacatttggcttattgcattagtaacatttggccttctccacgttttcctcttgacacatgatt 3344071  T
214 tgttgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttattgcaggggtaacacctgacatgttgcatg 282  Q
    ||||||||||||| |||||  |||||||| |||| ||||||| | ||||||||||| || |||||||||    
3344072 tgttgcatgtatttctcataggtcatgactcttgttttattgtatgggtaacacctaacttgttgcatg 3344140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 70 - 137
Target Start/End: Original strand, 3343537 - 3343604
Alignment:
70 ttggtttattgcatgagtaacatttggcttgttgtatgtattcctcttaacgcttggcttgttgcatg 137  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||| || |||||||| |||||||    
3343537 ttggtttattgcatgggtaacatttggcttgctgcatgtattcctcttgacacttggcttattgcatg 3343604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 192 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 10982330 - 10982268
Alignment:
192 gtattcctcttgacatttgacttgttgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttattgca 257  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||    
10982330 gtattccttttgacatttggcttgttgcatgtattc---atgagtcatgacacttggtttattgca 10982268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 163 - 337
Target Start/End: Original strand, 3343057 - 3343231
Alignment:
163 ttgcatgggtaacacttgacttattgtaagtattcctcttgacatttgacttgttgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttattgcaggggt 262  Q
    ||||||||||||||||| | || ||||| |  | ||| |||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||   ||    
3343057 ttgcatgggtaacacttaaattgttgtatgcgtaccttttgacacttggcttgttgtatgtatttctcatgaatcatgacatttggtttattgcataagt 3343156  T
263 aacacctgacatgttgcatgtgtttctcttgacacttgacttgctgcatgtattcctcgtgagtcatgacacttg 337  Q
    ||||| || | | ||||||   ||||| || |||||||  ||| || |||||||  || ||||||||||||||||    
3343157 aacacttggcttattgcattgatttcttttcacacttggtttgttgtatgtattgttcatgagtcatgacacttg 3343231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 74 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 39290366 - 39290192
Alignment:
74 tttattgcatgagtaacatttggcttgttgtatgtattcctcttaacgcttggcttgttgcatgtatttctcgtgagtcatgaca-----attattgcat 168  Q
    |||||| |||| |||||| |||||||||||   |||||||| || || | |||||||||||||||||||||  ||||||||  ||      |||||||||    
39290366 tttatttcatgggtaacacttggcttgttgcgcgtattccttttgacacatggcttgttgcatgtatttcttatgagtcattgcacttggtttattgcat 39290267  T
169 gggtaacacttgacttattgtaagtattcctcttgacatttgacttgttgcatgtattcctcatgagtcatgaca 243  Q
     | | ||||||| ||||    | ||||||||||||||| || |||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
39290266 agttgacacttggcttacgacatgtattcctcttgacactttactttttgcatgtatttctcatgagtcatgaca 39290192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 19 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 39290098 - 39289964
Alignment:
19 tcttgacacttgacttgttgcatgtattcatcatgagtcacaatacttgctttggtttattgcatgagtaacatttggcttgttgtatgtattcctctta 118  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| ||||  ||||  | |||||     ||| |||| || |||||||||||||||| || ||||||| |||||     
39290098 tcttgacacttggcttgttgcatgtattcctcatatgtcatgacacttg-----gttcattgtataagtaacatttggcttgctgcatgtatttctcttg 39290004  T
119 acgcttggcttgttgcatgtatttctcgtgagtcatgaca 158  Q
    || |||||||||||| |||| ||  || ||||||||||||    
39290003 acacttggcttgttgtatgtgttcatcatgagtcatgaca 39289964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 87 - 248
Target Start/End: Original strand, 3343247 - 3343413
Alignment:
87 taacatttggcttgttgtatgtattcctcttaacgcttggcttgttgcatgtatttctcgtgagtcatgacaatt-----attgcatgggtaacacttga 181  Q
    ||||| ||| |||| |||||||||||||||| ||  ||||||||||| || ||||  || |||||||| ||| ||     ||||||||| | |||||||     
3343247 taacacttgacttgatgtatgtattcctcttgacatttggcttgttgtatttattcatcatgagtcataacacttggtttattgcatggattacacttgg 3343346  T
182 cttattgtaagtattcctcttgacatttgacttgttgcatgtattcctcatgagtcatgacacttgg 248  Q
    |||  || |  |||| |||||||||||| | || |||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
3343347 cttgctgcatttatttctcttgacatttaaattattgcatgtattcctcacgagtcgtgacacttgg 3343413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 216 - 359
Target Start/End: Original strand, 26561628 - 26561764
Alignment:
216 ttgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttattgcaggggtaacacctgacatgttgcatgtgtttctcttgacacttgacttgctgcatgtat 315  Q
    |||||||||||||| |||| |||||| ||||| ||||||| | ||||||||| |||       ||||| ||||||||||||||||  ||| |||||||||    
26561628 ttgcatgtattccttatgaatcatgatacttgatttattgtatgggtaacacttga-------catgtatttctcttgacacttggtttgttgcatgtat 26561720  T
316 tcctcgtgagtcatgacacttgattcattgcatgagtaacactt 359  Q
    | | | |||| ||||||||||| |  |||||||| |||| ||||    
26561721 ttcacatgagccatgacacttggtcaattgcatgtgtaatactt 26561764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 70 - 138
Target Start/End: Original strand, 26561853 - 26561920
Alignment:
70 ttggtttattgcatgagtaacatttggcttgttgtatgtattcctcttaacgcttggcttgttgcatgt 138  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| |||| || ||||| ||||||| || |||||||||||||||||    
26561853 ttggtttattgcatgagtaacacttgacttgctgcatgta-tcctcttgacacttggcttgttgcatgt 26561920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 192 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 39289911 - 39289836
Alignment:
192 gtattcctcttgacatttgacttgttgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttattgcaggggtaacac 267  Q
    ||||||||||| | | |||| |||||||| |||||| ||||||||||   |||||||||||| |||||||||||||    
39289911 gtattcctcttaaaagttgatttgttgcacgtattcttcatgagtcagttcacttggtttatcgcaggggtaacac 39289836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 160 - 254
Target Start/End: Original strand, 36141537 - 36141631
Alignment:
160 ttattgcatgggtaacacttgacttattgtaagtattcctcttgacatttgacttgttgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttatt 254  Q
    |||||||||| |||||||||||||||    | |||||  ||| ||||||| | ||||| |||||||| || ||||||||||||||||| ||||||    
36141537 ttattgcatgtgtaacacttgacttacaacatgtatttttctagacatttcatttgttacatgtattacttatgagtcatgacacttgatttatt 36141631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 105 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 39290245 - 39290157
Alignment:
105 atgtattcctcttaacgcttggcttgttgcatgtatttctcgtgagtcatgacaattattgcatgggtaacacttgacttattgtaagtattc 197  Q
    ||||||||||||| || |||  ||| ||||||||||||||| |||||||||||    | |||||| |||||||||||||| ||| | ||||||    
39290245 atgtattcctcttgacactttactttttgcatgtatttctcatgagtcatgac----agtgcatgagtaacacttgacttgttgcatgtattc 39290157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 19 - 57
Target Start/End: Original strand, 3343431 - 3343469
Alignment:
19 tcttgacacttgacttgttgcatgtattcatcatgagtc 57  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
3343431 tcttgacatttggcttgttgcatgtattcatcatgagtc 3343469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 160 - 238
Target Start/End: Original strand, 26561858 - 26561935
Alignment:
160 ttattgcatgggtaacacttgacttattgtaagtattcctcttgacatttgacttgttgcatgtattcctcatgagtca 238  Q
    |||||||||| ||||||||||||||  || | |||| |||||||||| ||| |||||||||||| | ||||| ||||||    
26561858 ttattgcatgagtaacacttgacttgctgcatgtat-cctcttgacacttggcttgttgcatgtttccctcacgagtca 26561935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 93 - 141
Target Start/End: Original strand, 3343410 - 3343458
Alignment:
93 ttggcttgttgtatgtattcctcttaacgcttggcttgttgcatgtatt 141  Q
    |||||||| || ||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||    
3343410 ttggcttgctgcatgtattcctcttgacatttggcttgttgcatgtatt 3343458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 277 - 349
Target Start/End: Original strand, 3343419 - 3343491
Alignment:
277 tgcatgtgtttctcttgacacttgacttgctgcatgtattcctcgtgagtcatgacacttgattcattgcatg 349  Q
    ||||||| || ||||||||| ||| |||| ||||||||||| || |||||| | ||||||| || ||||||||    
3343419 tgcatgtattcctcttgacatttggcttgttgcatgtattcatcatgagtcgtaacacttggtttattgcatg 3343491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #33
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 241 - 313
Target Start/End: Original strand, 26561849 - 26561920
Alignment:
241 acacttggtttattgcaggggtaacacctgacatgttgcatgtgtttctcttgacacttgacttgctgcatgt 313  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||| |||| || |||||||  | ||||||||||||| |||| |||||||    
26561849 acacttggtttattgcatgagtaacacttgacttgctgcatgt-atcctcttgacacttggcttgttgcatgt 26561920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 114; Significance: 1e-57; HSPs: 29)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 70 - 382
Target Start/End: Original strand, 3203688 - 3204005
Alignment:
70 ttggtttattgcatgagtaacatttggcttgttgtatgtattcctcttaacgcttggcttgttgcatgtatttctcgtgagtcatgacaattattg---- 165  Q
    |||||||||||||||  ||||| ||| ||||||| ||||||||||||| |  |||| |||||||| |||||| ||| |||||||||||| || ||         
3203688 ttggtttattgcatggataacagttgacttgttgcatgtattcctcttgagacttgacttgttgcctgtattcctcatgagtcatgacacttgttttatg 3203787  T
166 -catgggtaacacttgacttattgtaagtattcctcttgacatttgacttgttgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttattgcaggggtaa 264  Q
     ||||||||||| ||| |||  || | ||||| ||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
3203788 acatgggtaacatttggctttctgcatgtatttctcttgacacttggcttgttggatgtattcctcatgagtcatgacgcttggtttattgcatgggtaa 3203887  T
265 cacctgacatgttgcatgtgtttctcttgacacttgacttgctgcatgtattcctcgtgagtcatgacacttgattcattgcatgagtaacacttagcta 364  Q
    ||  |||| || | ||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||| || ||| |||||||||||| || |||||||  ||||||||| ||||    
3203888 catttgacttgctacatgtatttctcttaacacttgacttgttgcatgtattcatcatgattcatgacacttggtttattgcatatgtaacacttggcta 3203987  T
365 gttgcatgcattattctt 382  Q
    | |||||| ||| |||||    
3203988 gatgcatgtattcttctt 3204005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 19 - 352
Target Start/End: Original strand, 3203732 - 3204065
Alignment:
19 tcttgacacttgacttgttgcatgtattcatcatgagtcacaatacttgctttggtttattgcatgagtaacatttggcttgttgtatgtattcctctta 118  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||  | ||||| |||     ||  |||| ||||||||||||||  || ||||||| |||||     
3203732 tcttgagacttgacttgttgcctgtattcctcatgagtcatgacacttgtttt-----atgacatgggtaacatttggctttctgcatgtatttctcttg 3203826  T
119 acgcttggcttgttgcatgtatttctcgtgagtcatgacaatt-----attgcatgggtaacacttgacttattgtaagtattcctcttgacatttgact 213  Q
    || |||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||  ||     ||||||||||||||| |||||||  |  | ||||| ||||| ||| ||||||    
3203827 acacttggcttgttggatgtattcctcatgagtcatgacgcttggtttattgcatgggtaacatttgacttgctacatgtatttctcttaacacttgact 3203926  T
214 tgttgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttattgcaggggtaacacctgacatgttgcatgtgtttctcttgacacttgacttgctgcatgt 313  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||   ||||||| || |  | ||||||| ||  |||| ||||||| |||  |||||||    
3203927 tgttgcatgtattcatcatgattcatgacacttggtttattgcatatgtaacacttggctagatgcatgtattcttctttacacttgtcttattgcatgt 3204026  T
314 attcctcgtgagtcatgacacttgattcattgcatgagt 352  Q
    ||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||    
3204027 attcctcatgagtcatgacacttggtttattgcatgagt 3204065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 84; E-Value: 9e-40
Query Start/End: Original strand, 19 - 356
Target Start/End: Original strand, 3203551 - 3203889
Alignment:
19 tcttgacacttgacttgtt-gcatgtattcatcatgagtcacaatacttgctttggtttattgcatgagtaacatttggcttgttgtatgtattcctctt 117  Q
    |||||||||||| ||| || |||||||||| ||||||||||||||||     ||| |||||   ||| |||||| ||| |||| || | ||||||   ||    
3203551 tcttgacacttgtcttttttgcatgtattcctcatgagtcacaatac-----ttgttttatcatatgggtaacacttgacttgctgcaggtattcaattt 3203645  T
118 aacgcttggcttgttgcatgtatttctcgtgagtcatgaca-----attattgcatgggtaacacttgacttattgtaagtattcctcttgacatttgac 212  Q
     || ||| ||||||| |||||||| ||  | |||| |||||      ||||||||||| ||||| ||||||| ||| | ||||||||||||| | |||||    
3203646 cacactttgcttgttccatgtattccttataagtcgtgacacttggtttattgcatggataacagttgacttgttgcatgtattcctcttgagacttgac 3203745  T
213 ttgttgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttattgcaggggtaacacctgacatgttgcatgtgtttctcttgacacttgacttgctgcatg 312  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||  || ||||||||  || | |  ||||||| |||||||||||||||| |||| || |||    
3203746 ttgttgcctgtattcctcatgagtcatgacacttgttttatgacatgggtaacatttggctttctgcatgtatttctcttgacacttggcttgttggatg 3203845  T
313 tattcctcgtgagtcatgacacttgattcattgcatgagtaaca 356  Q
    |||||||| ||||||||||| |||| || |||||||| ||||||    
3203846 tattcctcatgagtcatgacgcttggtttattgcatgggtaaca 3203889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 122 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 31861031 - 31860789
Alignment:
122 cttggcttgttgcatgtatttctcgtgagtcatgacaatt-----attgcatgggtaacacttgacttattgtaagtattcctcttgacatttgacttgt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||  | |||||||||| ||     ||| |||||| |||||||||||| ||||| ||||| |  |||||||||| |||||    
31861031 cttggcttgttgcatgtatttcttattagtcatgacactttgttcatttcatgggcaacacttgacttgttgtatgtatttcatttgacatttggcttgt 31860932  T
217 tgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttattgcaggggtaacacctgacatgttgcatgtgtttctcttgacacttgacttgctgcatgtatt 316  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||| |||||||||  || ||||| ||| ||| |||| || |||||||    
31860931 tgcatgtattccttatgagtcatgacacttgatttattgcatgggtaacacttgacttgttgcatggattcctcttaacatttggcttgttgtatgtatt 31860832  T
317 cctcgtgagtcatgacacttgattcattgcatgagtaacactt 359  Q
    | ||  |||  || || |||| ||||||||||  |||||||||    
31860831 cttcacgagcaataactcttggttcattgcatatgtaacactt 31860789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 192 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 31861046 - 31860866
Alignment:
192 gtattcctcttgacatttgacttgttgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttattgcaggggtaacacctgacatgttgcatgtgtttctct 291  Q
    |||||| ||| |||| ||| ||||||||||||||| || || ||||||||||||| ||| ||| || ||| ||||| |||| ||||| |||| ||||  |    
31861046 gtattcttctcgacacttggcttgttgcatgtatttcttattagtcatgacactttgttcatttcatgggcaacacttgacttgttgtatgtatttcatt 31860947  T
292 tgacacttgacttgctgcatgtattcctcgtgagtcatgacacttgattcattgcatgagtaacacttagctagttgcatg 372  Q
    ||||| ||| |||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||  || ||||||||    
31860946 tgacatttggcttgttgcatgtattccttatgagtcatgacacttgatttattgcatgggtaacacttgacttgttgcatg 31860866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 174 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 35153754 - 35153572
Alignment:
174 acacttgacttattgtaagtattcctcttgacatttgacttgttgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttattgcaggggtaacacctgaca 273  Q
    ||||||||||| ||  | |||||  |||||||| |||||||||| || ||||||   |||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||| ||||     
35153754 acacttgacttgttacacgtattattcttgacacttgacttgttacacgtattc---atgagtcaagacacttgatttattgcacgggtaacacttgact 35153658  T
274 tgttgcatgtgtttctcttgacacttgacttgctgcatgtattcctcgtgagtcatgacacttgattcattgcatgagtaacactt 359  Q
    || ||||| | ||||||||||||||||||| | |||||||||||||  ||| |||||||||||| || |||||||| |||| ||||    
35153657 tgctgcatatatttctcttgacacttgactggttgcatgtattccttatgaatcatgacacttggtttattgcatgggtaatactt 35153572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 160 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 35153681 - 35153494
Alignment:
160 ttattgcatgggtaacacttgacttattgtaagtattcctcttgacatttgacttgttgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttattgcagg 259  Q
    |||||||| ||||||||||||||||  || |  |||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |    
35153681 ttattgcacgggtaacacttgacttgctgcatatatttctcttgacacttgactggttgcatgtattccttatgaatcatgacacttggtttattgcatg 35153582  T
260 ggtaacacctgacatgttgcatgtgtttctcttgacacttgacttgctgcatgtattcctcgtgagtcatgacacttgattcattgcatg 349  Q
    ||||| || || | |  || |||| || |||||||||||||  ||| |||||||||| ||| ||||||  |||||||| || ||||||||    
35153581 ggtaatacttggcttcctggatgtattcctcttgacacttggtttgttgcatgtattgctcatgagtc--gacacttggtttattgcatg 35153494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 88 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 31860975 - 31860686
Alignment:
88 aacatttggcttgttgtatgtattcctcttaacgcttggcttgttgcatgtatttctcgtgagtcatgacaatt-----attgcatgggtaacacttgac 182  Q
    |||| ||| ||||||||||||||| |  || ||  ||||||||||||||||||| ||  |||||||||||| ||     |||||||||||||||||||||    
31860975 aacacttgacttgttgtatgtatttcatttgacatttggcttgttgcatgtattccttatgagtcatgacacttgatttattgcatgggtaacacttgac 31860876  T
183 ttattgtaagtattcctcttgacatttgacttgttgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttattgcaggggtaacacctgacatgttgcatg 282  Q
    || ||| | | ||||||||| ||||||| ||||||| |||||||| ||| |||  || || ||||||| ||||||   ||||||| ||   || | ||||    
31860875 ttgttgcatggattcctcttaacatttggcttgttgtatgtattcttcacgagcaataactcttggttcattgcatatgtaacacttgggttgctacatg 31860776  T
283 tgtttctcttgacacttgacttgctgcatgtattcctcgtgagtcatgacacttgattcattgcatgagtaacacttagctagttgcatg 372  Q
    | |   |||||||||||| |||| ||||| |||| ||| || ||  ||||||||| || ||||||||||||||||||  || ||||||||    
31860775 tatccttcttgacacttggcttgttgcatatatttctcatgggttgtgacacttggtttattgcatgagtaacacttgacttgttgcatg 31860686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 163 - 314
Target Start/End: Original strand, 28950620 - 28950771
Alignment:
163 ttgcatgggtaacacttgacttattgtaagtattcctcttgacatttgacttgttgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttattgcaggggt 262  Q
    |||||||||||| |||| |||| ||| |   |||| |||||||| ||| ||||||| ||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||  |||    
28950620 ttgcatgggtaaaacttaacttgttgcattcattcatcttgacacttggcttgttgtatgtattcctcgtgagtcacaacacttggtttattgcataggt 28950719  T
263 aacacctgacatgttgcatgtgtttctcttgacacttgacttgctgcatgta 314  Q
    ||||| |||  |||| |||||||| ||||||||||||| |||| ||| ||||    
28950720 aacacttgaattgttacatgtgttcctcttgacacttgtcttgttgcgtgta 28950771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 70 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 35153391 - 35153218
Alignment:
70 ttggtttattgcatgagtaacatttggcttgttgtatgtattcctcttaacgcttggcttgttgcatgtatttctcgtgagtcatgaca-----attatt 164  Q
    ||||||||||||||| |||||| || ||||| || ||||||| ||||| || |||| ||||||||| ||||   || | ||||||||||      |||||    
35153391 ttggtttattgcatgtgtaacactttgcttgctgcatgtatttctctttacacttgacttgttgcaagtat---tcataagtcatgacatttggtttatt 35153295  T
165 gcatgggtaacacttgacttattgtaagtattcctcttgacatttgacttgttgcatgtattcctcatgagtcatga 241  Q
    ||||| || ||||||||  | ||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
35153294 gcatgagtgacacttgatctgttgtatgtattcctcttgacacttgtcttgttgcatgtattcttcatgagtcatga 35153218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 160 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 35153386 - 35153218
Alignment:
160 ttattgcatgggtaacacttgacttattgtaagtattcctcttgacatttgacttgttgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttattgcagg 259  Q
    |||||||||| |||||||||  |||  || | ||||| ||||| ||| ||||||||||||| ||||||   || |||||||||| ||||||||||||| |    
35153386 ttattgcatgtgtaacactttgcttgctgcatgtatttctctttacacttgacttgttgcaagtattc---ataagtcatgacatttggtttattgcatg 35153290  T
260 ggtaacacctgacatgttgcatgtgtttctcttgacacttgacttgctgcatgtattcctcgtgagtcatga 331  Q
     || |||| |||  ||||| |||| || ||||||||||||| |||| ||||||||||| || ||||||||||    
35153289 agtgacacttgatctgttgtatgtattcctcttgacacttgtcttgttgcatgtattcttcatgagtcatga 35153218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 14 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 35153734 - 35153491
Alignment:
14 attattcttgacacttgacttgttgcatgtattcatcatgagtcacaatacttgctttggtttattgcatgagtaacatttggcttgttgtatgtattcc 113  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||||||||   ||||||  | ||||| |||     |||||| | |||||| ||| |||| || || |||| |    
35153734 attattcttgacacttgacttgttacacgtattcat---gagtcaagacacttgattt-----attgcacgggtaacacttgacttgctgcatatatttc 35153643  T
114 tcttaacgcttggcttgttgcatgtatttctcgtgagtcatgacaatt-----attgcatgggtaacacttgacttattgtaagtattcctcttgacatt 208  Q
    |||| || |||| || |||||||||||| ||  ||| |||||||| ||     ||||||||||||| ||||| |||  || | ||||||||||||||| |    
35153642 tcttgacacttgactggttgcatgtattccttatgaatcatgacacttggtttattgcatgggtaatacttggcttcctggatgtattcctcttgacact 35153543  T
209 tgacttgttgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttattgcaggggt 262  Q
    ||  |||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||| ||||    
35153542 tggtttgttgcatgtattgctcatgagtc--gacacttggtttattgcatgggt 35153491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 208 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 35153428 - 35153280
Alignment:
208 ttgacttgttgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttattgcaggggtaacacctgacatgttgcatgtgtttctcttgacacttgacttgct 307  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||    ||||||||||||||||||| | ||||||| |  | || ||||||| |||||||| |||||||||||| |    
35153428 ttgacttgctgcatgtattcctcttgacatttgacacttggtttattgcatgtgtaacactttgcttgctgcatgtatttctctttacacttgacttgtt 35153329  T
308 gcatgtattcctcgtgagtcatgacacttgattcattgcatgagtaacactt 359  Q
    ||| |||||| |    |||||||||| ||| || ||||||||||| ||||||    
35153328 gcaagtattcata---agtcatgacatttggtttattgcatgagtgacactt 35153280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 69 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 35153305 - 35153218
Alignment:
69 tttggtttattgcatgagtaacatttggcttgttgtatgtattcctcttaacgcttggcttgttgcatgtatttctcgtgagtcatga 156  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||   ||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||  || ||||||||||    
35153305 tttggtttattgcatgagtgacacttgatctgttgtatgtattcctcttgacacttgtcttgttgcatgtattcttcatgagtcatga 35153218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 167 - 300
Target Start/End: Original strand, 26979368 - 26979501
Alignment:
167 atgggtaacacttgacttattgtaagtattcctcttgacatttgacttgttgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttattgcaggggtaaca 266  Q
    |||||||| |||||  ||| |||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||| | ||||||| ||| | |||||||  |||| || |||||    
26979368 atgggtaatacttggtttactgtaagtatttctcttgacgcttgacttgttgcatgtattctttatgagtcctgatatttggtttgctgcatggataaca 26979467  T
267 cctgacatgttgcatgtgtttctcttgacacttg 300  Q
    | | || |||||||||  ||  ||||||||||||    
26979468 cttaacttgttgcatgcattagtcttgacacttg 26979501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 199 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 31860769 - 31860656
Alignment:
199 tcttgacatttgacttgttgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttattgcaggggtaacacctgacatgttgcatgtgtttctcttgacact 298  Q
    |||||||| ||| |||||||||| |||| |||||| ||  ||||||||||||||||||| | ||||||| |||| |||||||||| || ||| ||| | |    
31860769 tcttgacacttggcttgttgcatatatttctcatgggttgtgacacttggtttattgcatgagtaacacttgacttgttgcatgtattcctcctgatatt 31860670  T
299 tgacttgctgcatg 312  Q
    || |||| ||||||    
31860669 tggcttgttgcatg 31860656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 285 - 403
Target Start/End: Original strand, 26979396 - 26979514
Alignment:
285 tttctcttgacacttgacttgctgcatgtattcctcgtgagtcatgacacttgattcattgcatgagtaacacttagctagttgcatgcattattcttag 384  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |  |||||| ||| | ||| ||   ||||||  ||||||||| || ||||||||||||| ||||      
26979396 tttctcttgacgcttgacttgttgcatgtattctttatgagtcctgatatttggtttgctgcatggataacacttaacttgttgcatgcattagtcttga 26979495  T
385 cacttgagatgcattttag 403  Q
    |||||| ||||||||||||    
26979496 cacttgggatgcattttag 26979514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 70 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 31860813 - 31860656
Alignment:
70 ttggtttattgcatgagtaacatttggcttgttgtatgtattcctcttaacgcttggcttgttgcatgtatttctcgtgagtcatgacaatt-----att 164  Q
    |||||| |||||||  |||||| |||| ||| |  |||||| | |||| || ||||||||||||||| |||||||| || ||  ||||| ||     |||    
31860813 ttggttcattgcatatgtaacacttgggttgctacatgtatccttcttgacacttggcttgttgcatatatttctcatgggttgtgacacttggtttatt 31860714  T
165 gcatgggtaacacttgacttattgtaagtattcctcttgacatttgacttgttgcatg 222  Q
    ||||| |||||||||||||| ||| | ||||||||| ||| ||||| |||||||||||    
31860713 gcatgagtaacacttgacttgttgcatgtattcctcctgatatttggcttgttgcatg 31860656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 239 - 359
Target Start/End: Original strand, 28950606 - 28950726
Alignment:
239 tgacacttggtttattgcaggggtaacacctgacatgttgcatgtgtttctcttgacacttgacttgctgcatgtattcctcgtgagtcatgacacttga 338  Q
    ||||||||| ||| ||||| |||||| || | || ||||||||   ||  |||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||  |||||||     
28950606 tgacacttgatttgttgcatgggtaaaacttaacttgttgcattcattcatcttgacacttggcttgttgtatgtattcctcgtgagtcacaacacttgg 28950705  T
339 ttcattgcatgagtaacactt 359  Q
    || |||||||  |||||||||    
28950706 tttattgcataggtaacactt 28950726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 21 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 31860947 - 31860832
Alignment:
21 ttgacacttgacttgttgcatgtattcatcatgagtcacaatacttgctttggtttattgcatgagtaacatttggcttgttgtatgtattcctcttaac 120  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||| | ||||||||  | ||||| |||     |||||||| |||||| ||| ||||||| ||| ||||||||||||    
31860947 ttgacatttggcttgttgcatgtattccttatgagtcatgacacttgattt-----attgcatgggtaacacttgacttgttgcatggattcctcttaac 31860853  T
121 gcttggcttgttgcatgtatt 141  Q
      ||||||||||| |||||||    
31860852 atttggcttgttgtatgtatt 31860832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 294 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 35153432 - 35153354
Alignment:
294 acacttgacttgctgcatgtattcctcgtgagtcatgacacttgattcattgcatgagtaacacttagctagttgcatg 372  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||    ||||||||| || |||||||| ||||||||| ||| | ||||||    
35153432 acacttgacttgctgcatgtattcctcttgacatttgacacttggtttattgcatgtgtaacactttgcttgctgcatg 35153354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 19 - 139
Target Start/End: Original strand, 28950656 - 28950771
Alignment:
19 tcttgacacttgacttgttgcatgtattcatcatgagtcacaatacttgctttggtttattgcatgagtaacatttggcttgttgtatgtattcctctta 118  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||| || |||||||||| ||     ||||||||||||||  |||||| |||  |||||  |||| ||||||||     
28950656 tcttgacacttggcttgttgtatgtattcctcgtgagtcacaacac-----ttggtttattgcataggtaacacttgaattgttacatgtgttcctcttg 28950750  T
119 acgcttggcttgttgcatgta 139  Q
    || |||| |||||||| ||||    
28950751 acacttgtcttgttgcgtgta 28950771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 222 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 35147809 - 35147749
Alignment:
222 gtattcctcatgagtcatgacacttggtttattgcaggggtaacacctgacatgttgcatg 282  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||||| | ||||||||| | || |||||||||    
35147809 gtattcctaatgaatcatgacacttggtttattgtatgggtaacacttaacttgttgcatg 35147749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 19 - 99
Target Start/End: Complemental strand, 35153260 - 35153181
Alignment:
19 tcttgacacttgacttgttgcatgtattcatcatgagtcacaatacttgctttggtttattgcatgagtaacatttggctt 99  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||  |||  | |  ||||||||||||||||| ||| |||||||    
35153260 tcttgacacttgtcttgttgcatgtattcttcatgagtcatgatatatac-atggtttattgcatgagtgacacttggctt 35153181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 160 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 35147781 - 35147687
Alignment:
160 ttattgcatgggtaacacttgacttattgtaagtattcctcttgacatttgacttgttgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttattgca 257  Q
    |||||| ||||||||||||| |||| ||| | | |||||||||| ||| ||  || |||||| |||||   ||||||||||| |||||||||||||||    
35147781 ttattgtatgggtaacacttaacttgttgcatgcattcctcttggcatctggattattgcatatattc---atgagtcatgatacttggtttattgca 35147687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #26
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 365 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 31860663 - 31860609
Alignment:
365 gttgcatgcattattcttagcacttgagatgcattttaggcgcccaaaggtacaa 419  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||   ||||||||||||||||||| |||||||    
31860663 gttgcatgcattactcttaacactttgaatgcattttaggcgcccaatggtacaa 31860609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #27
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 167 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 35153439 - 35153394
Alignment:
167 atgggtaacacttgacttattgtaagtattcctcttgacatttgac 212  Q
    ||||||||||||||||||  || | |||||||||||||||||||||    
35153439 atgggtaacacttgacttgctgcatgtattcctcttgacatttgac 35153394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #28
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 312 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 35147809 - 35147745
Alignment:
312 gtattcctcgtgagtcatgacacttgattcattgcatgagtaacacttagctagttgcatgcatt 376  Q
    ||||||||  ||| |||||||||||| || |||| ||| |||||||||| || ||||||||||||    
35147809 gtattcctaatgaatcatgacacttggtttattgtatgggtaacacttaacttgttgcatgcatt 35147745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #29
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 294 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 35147915 - 35147871
Alignment:
294 acacttgacttgctgcatgtattcctcgtgagtcatgacacttga 338  Q
    ||||||| ||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||    
35147915 acacttggcttgcggcatgtattactcatgagtcatgacacttga 35147871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 105; Significance: 3e-52; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 69 - 372
Target Start/End: Original strand, 12513032 - 12513334
Alignment:
69 tttggtttattgcatgagtaacatttggcttgttgtatgtattcctcttaacgcttggcttgttgcatgtatttctcgtgagtcatgacaatt-----at 163  Q
    |||| ||||||||||| ||||   |||| ||| || ||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||   | |||||||||||| ||     ||    
12513032 tttgatttattgcatgggtaatgattggtttgctgcatgtattcctcttgacacttggattgttgcatgtatt---catgagtcatgacacttggtttat 12513128  T
164 tgcatgggtaacacttgacttattgtaagtattcctcttgacatttgacttgttgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttattgcaggggta 263  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||| | ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| | |||    
12513129 tgcatgggtaacactcgacttgttgcatgtattcctcttgacacttgaattgttgcatgtattcttcataagtcatgacacttggtttattgcatgtgta 12513228  T
264 acacctgacatgttgcatgtgtttctcttgacacttgacttgctgcatgtattcctcgtgagtcatgacacttgattcattgcatgagtaacacttagct 363  Q
    |||| ||||||  || |||| || || ||||||||| |||||  ||||||||   || |||||||||||||||| || |||||||| ||||||||| |||    
12513229 acacttgacatcgtgaatgtattcctattgacacttaacttgtggcatgtat---tcatgagtcatgacacttggtttattgcatgggtaacacttggct 12513325  T
364 agttgcatg 372  Q
     ||||||||    
12513326 tgttgcatg 12513334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 70 - 377
Target Start/End: Original strand, 12513120 - 12513430
Alignment:
70 ttggtttattgcatgagtaacatttggcttgttgtatgtattcctcttaacgcttggcttgttgcatgtatttctcgtgagtcatgacaatt-----att 164  Q
    ||||||||||||||| |||||| | | ||||||| ||||||||||||| || ||||  ||||||||||||||  || | |||||||||| ||     |||    
12513120 ttggtttattgcatgggtaacactcgacttgttgcatgtattcctcttgacacttgaattgttgcatgtattcttcataagtcatgacacttggtttatt 12513219  T
165 gcatgggtaacacttgacttattgtaagtattcctcttgacatttgacttgttgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttattgcaggggtaa 264  Q
    ||||| |||||||||||| |  || | |||||||| |||||| || |||||| ||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
12513220 gcatgtgtaacacttgacatcgtgaatgtattcctattgacacttaacttgtggcatgtattc---atgagtcatgacacttggtttattgcatgggtaa 12513316  T
265 cacctgacatgttgcatgtgtttctcttgacacttgacttgctgcatgtattcctcgtgagtcatgacacttgattcattgcat-gagtaacacttagct 363  Q
    ||| || | ||||||||||||  ||| || |||||| |||| |||||||||||||  |||||| ||||| ||| || ||||||| | |||||||||||||    
12513317 cacttggcttgttgcatgtgtccctcctgtcacttgtcttgttgcatgtattccttatgagtcgtgacaattggtttattgcatggggtaacacttagct 12513416  T
364 agttgcatgcatta 377  Q
     |||||| ||||||    
12513417 tgttgcacgcatta 12513430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 84; E-Value: 9e-40
Query Start/End: Original strand, 109 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 18960810 - 18960556
Alignment:
109 attcctcttaacgcttggcttgttgcatgtatttctcgtgagtcatgacaatt-----attgcatgggtaacacttgacttattgtaagtattcctcttg 203  Q
    |||||||||||| |||||||||||| |||  || ||| ||| |||||||||||     |||||||||  ||||||||||||| || | ||||||||||||    
18960810 attcctcttaacacttggcttgttgtatggtttcctcatgaatcatgacaattgatttattgcatggc-aacacttgacttaatgcatgtattcctcttg 18960712  T
204 acatttgacttgttgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttattgcaggggtaacacctgacatgttgcatgtgtttctcttgacacttgact 303  Q
    ||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||| |||| |||| || | |||||||||| ||||||||| ||| ||  |    
18960711 acacttggcttgttgcatgtattcctcatgagtcgtgacatttagtttattgcatgggttacacttggcttgttgcatgtatttctcttggcacctgggt 18960612  T
304 tgctgcatgtattcctcgtgagtcatgacacttgattcattgcatgagtaacactt 359  Q
    |  |||||||||| ||| |||||  ||||||||| || |||||||| || ||||||    
18960611 tattgcatgtatttctcatgagttgtgacacttggtttattgcatgggtgacactt 18960556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 192 - 337
Target Start/End: Original strand, 10927937 - 10928082
Alignment:
192 gtattcctcttgacatttgacttgttgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttattgcaggggtaacacctgacatgttgcatgtgtttctct 291  Q
    |||||| |||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||| || | || ||||||  || ||||    
10927937 gtattcttcttgacacttgatttgttgcatatattcctcatgagtcatgacacttgatctattgcatgggtaacacttggcttggtgcatgcattcctct 10928036  T
292 tgacacttgacttgctgcatgtattcctcgtgagtcatgacacttg 337  Q
    ||||||||| |||  |||||||||| ||| ||||||||||||||||    
10928037 tgacacttggcttattgcatgtatttctcctgagtcatgacacttg 10928082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 105 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 18960725 - 18960510
Alignment:
105 atgtattcctcttaacgcttggcttgttgcatgtatttctcgtgagtcatgaca-----attattgcatgggtaacacttgacttattgtaagtattcct 199  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||      ||||||||||||| ||||||| ||| ||| | ||||| ||    
18960725 atgtattcctcttgacacttggcttgttgcatgtattcctcatgagtcgtgacatttagtttattgcatgggttacacttggcttgttgcatgtatttct 18960626  T
200 cttgacatttgacttgttgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttattgcaggggtaacacctgacatgttgcatgtgtttctcttgacactt 299  Q
    |||| ||  ||  || ||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||| |||| |||| |||| | | |||||| || ||||||||||||    
18960625 cttggcacctgggttattgcatgtatttctcatgagttgtgacacttggtttattgcatgggtgacacttgac-tttcgcatgtattcctcttgacactt 18960527  T
300 gacttgctgcatgtatt 316  Q
    |||||| || |||||||    
18960526 gacttgttgtatgtatt 18960510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 75 - 257
Target Start/End: Original strand, 10927906 - 10928092
Alignment:
75 ttattgcatgagtaacatttggcttgttgtatgtattcctcttaacgcttggcttgttgcatgtatttctcgtgagtcatgacaatt-----attgcatg 169  Q
    |||||||||| |||||| |||| | | || |||||||| |||| || ||||  ||||||||| |||| ||| |||||||||||| ||     ||||||||    
10927906 ttattgcatgggtaacacttgg-tcgatgcatgtattcttcttgacacttgatttgttgcatatattcctcatgagtcatgacacttgatctattgcatg 10928004  T
170 ggtaacacttgacttattgtaagtattcctcttgacatttgacttgttgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttattgca 257  Q
    ||||||||||| |||  || | | ||||||||||||| ||| ||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||    
10928005 ggtaacacttggcttggtgcatgcattcctcttgacacttggcttattgcatgtatttctcctgagtcatgacacttggtttgttgca 10928092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 19 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 18960716 - 18960485
Alignment:
19 tcttgacacttgacttgttgcatgtattcatcatgagtcacaatacttgctttggtttattgcatgagtaacatttggcttgttgtatgtattcctctta 118  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||   | |     ||| |||||||||||| || ||| ||||||||||| ||||||| |||||     
18960716 tcttgacacttggcttgttgcatgtattcctcatgagtcgtgaca-----tttagtttattgcatgggttacacttggcttgttgcatgtatttctcttg 18960622  T
119 acgcttggcttgttgcatgtatttctcgtgagtcatgacaatt-----attgcatgggtaacacttgacttattgtaagtattcctcttgacatttgact 213  Q
     | | ||| || ||||||||||||||| |||||  ||||| ||     ||||||||||| ||||||||||| | | | ||||||||||||||| ||||||    
18960621 gcacctgggttattgcatgtatttctcatgagttgtgacacttggtttattgcatgggtgacacttgactt-tcgcatgtattcctcttgacacttgact 18960523  T
214 tgttgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttatt 254  Q
    ||||| |||||||    || |||||||||||||| ||||||    
18960522 tgttgtatgtatta---attagtcatgacacttgatttatt 18960485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 194 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 18960810 - 18960633
Alignment:
194 attcctcttgacatttgacttgttgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttattgcaggggtaacacctgacatgttgcatgtgtttctcttg 293  Q
    ||||||||| ||| ||| ||||||| |||  |||||||||| |||||||| ||| ||||||||| ||  ||||| |||| |  ||||||| || ||||||    
18960810 attcctcttaacacttggcttgttgtatggtttcctcatgaatcatgacaattgatttattgcatggc-aacacttgacttaatgcatgtattcctcttg 18960712  T
294 acacttgacttgctgcatgtattcctcgtgagtcatgacacttgattcattgcatgagtaacacttagctagttgcatg 372  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||| |||||| ||||| ||  || |||||||| || |||||| ||| ||||||||    
18960711 acacttggcttgttgcatgtattcctcatgagtcgtgacatttagtttattgcatgggttacacttggcttgttgcatg 18960633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 18 - 158
Target Start/End: Original strand, 10927943 - 10928078
Alignment:
18 ttcttgacacttgacttgttgcatgtattcatcatgagtcacaatacttgctttggtttattgcatgagtaacatttggcttgttgtatgtattcctctt 117  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||  | ||     ||| | ||||||||| |||||| |||||||| || ||| |||||||||    
10927943 ttcttgacacttgatttgttgcatatattcctcatgagtcatgacac-----ttgatctattgcatgggtaacacttggcttggtgcatgcattcctctt 10928037  T
118 aacgcttggcttgttgcatgtatttctcgtgagtcatgaca 158  Q
     || |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||    
10928038 gacacttggcttattgcatgtatttctcctgagtcatgaca 10928078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 289 - 376
Target Start/End: Original strand, 10927944 - 10928031
Alignment:
289 tcttgacacttgacttgctgcatgtattcctcgtgagtcatgacacttgattcattgcatgagtaacacttagctagttgcatgcatt 376  Q
    ||||||||||||| ||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||| ||| | ||||||||||    
10927944 tcttgacacttgatttgttgcatatattcctcatgagtcatgacacttgatctattgcatgggtaacacttggcttggtgcatgcatt 10928031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 91; Significance: 6e-44; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 160 - 402
Target Start/End: Original strand, 9321548 - 9321788
Alignment:
160 ttattgcatgggtaacacttgacttattgtaagtattcctcttgacatttgacttgttgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttattgcagg 259  Q
    |||||||||||||||||||||  || ||| | |||||| ||||| | |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
9321548 ttattgcatgggtaacacttgg-ttgttgcatgtattcttcttggcttttggcttgttgtatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttattgcatg 9321646  T
260 ggtaacacctgacatgttgcatgtgtttctcttgacacttgacttgctgcatgtattcctcgtgagtcatgacacttgattcattgcatgagtaacactt 359  Q
    |||||||| ||   |||| ||||| || ||||||| | ||| |||| | ||| |||||||| ||| | |||||||||| ||||||||||| ||||||||     
9321647 ggtaacacttggtttgttacatgtattcctcttgata-ttggcttgttccatatattcctcatgaattatgacacttggttcattgcatgtgtaacacta 9321745  T
360 agctagttgcatgcattattcttagcacttgagatgcatttta 402  Q
    |||| ||||||||||||| || |  |||||| |||||||||||    
9321746 agcttgttgcatgcattactcatgacacttgggatgcatttta 9321788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 75 - 267
Target Start/End: Original strand, 9321548 - 9321743
Alignment:
75 ttattgcatgagtaacatttggcttgttgtatgtattcctcttaacgcttggcttgttgcatgtatttctcgtgagtcatgaca-----attattgcatg 169  Q
    |||||||||| |||||| |||| |||||| |||||||| ||||  |  ||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||      ||||||||||    
9321548 ttattgcatgggtaacacttgg-ttgttgcatgtattcttcttggcttttggcttgttgtatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttattgcatg 9321646  T
170 ggtaacacttgacttattgtaagtattcctcttgacatttgacttgttgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttattgcaggggtaacac 267  Q
    |||||||||||  || ||  | ||||||||||||| | ||| |||||| ||| |||||||||||| | ||||||||||||| |||||| | |||||||    
9321647 ggtaacacttggtttgttacatgtattcctcttgata-ttggcttgttccatatattcctcatgaattatgacacttggttcattgcatgtgtaacac 9321743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 77; Significance: 1e-35; HSPs: 20)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 160 - 343
Target Start/End: Original strand, 11879862 - 11880046
Alignment:
160 ttattgcatgggtaacacttgacttattgtaagtattcctcttgacatttgacttgttgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttattgcagg 259  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| | | | || |||||| | ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |  |    
11879862 ttattgcatgggtaacacttgacttgttgcatgcaatcatcttgatacttggcttgttgcatgtattcctcatgaatcatgacatttggtttatttcctg 11879961  T
260 ggtaacacctgacatgttgcatgtgtttctcttgacacttgacttg-ctgcatgtattcctcgtgagtcatgacacttgattcat 343  Q
    |||||||| || | || ||||||| || ||||||||||||||||||  || ||||||||||| ||||||||| |||||| |||||    
11879962 ggtaacacttggcttgatgcatgtattcctcttgacacttgacttgtttgtatgtattcctcatgagtcatgtcacttggttcat 11880046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 122 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 35687393 - 35687085
Alignment:
122 cttggcttgttgcatgtatttctcgtgagtcatgacaatt-----attgcatgggtaacacttgacttattgtaagtattcctcttgacatttgacttgt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||     ||||||||||| ||||||| |||  || | ||||||||||||| |||||| || |    
35687393 cttggcttgttgcatgtatttctcatgagtcatgacacttgatttattgcatgggtgacacttggcttgctgcatgtattcctcttgaaatttgaattat 35687294  T
217 tgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttattgcaggggtaacacctgacatgttgcatgtgtttctcttgacacttgacttgctgcatgtatt 316  Q
    |||||| ||| || || ||||||||||||||||||||||||  || ||||   |   || ||||||| || || |||| || || | || ||||||||||    
35687293 tgcatgcatttcttataagtcatgacacttggtttattgcattggaaacattaggtttgctgcatgtattccttttgaaacatggcctgttgcatgtatt 35687194  T
317 cctcgtgagtcatgacacttgattcattgcatgagtaacacttagctagttgcatgcattattcttagcacttgagatgcattttaggcgcccaaaggta 416  Q
    |||| ||||| |||||||||  || |||||||         ||  || |||| |||||||| ||||  ||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
35687193 cctcatgagttatgacacttagtttattgcat---------ttgtcttgttggatgcattactcttgacacttgagatgcattttaggcacccaagggta 35687103  T
417 c-aatgacagggtctttt 433  Q
    | ||||||| ||||||||    
35687102 caaatgacaaggtctttt 35687085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 160 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 35711753 - 35711556
Alignment:
160 ttattgcatgggtaacacttgacttattgtaagtattcctcttgacatttgacttgttgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttattgcagg 259  Q
    ||||||||||||||||||| |  || ||| |||||||  |||||||| |||  |||||||||||||||| ||||||||||| || ||  |||||| || |    
35711753 ttattgcatgggtaacactagg-ttgttgcaagtattgatcttgacacttggtttgttgcatgtattcc-catgagtcatggcattttatttattacatg 35711656  T
260 ggtaacacctgacatgttgcatgtgtttctcttgacacttgacttgctgcatgtattcctcgtgagtcatgacacttgattcattgcatgagtaacactt 359  Q
     | |||| ||| | || ||||||| || || |||||||||||| || ||||||||||||||  || ||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
35711655 cgcaacatctggcttgctgcatgtattccttttgacacttgacatgttgcatgtattcctcacgaatcatgacacttgatttattgcatgggtaacactt 35711556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 75 - 250
Target Start/End: Original strand, 11879862 - 11880043
Alignment:
75 ttattgcatgagtaacatttggcttgttgtatgtattcctcttaacgcttggcttgttgcatgtatttctcgtgagtcatgaca-----attattgcatg 169  Q
    |||||||||| |||||| ||| ||||||| ||| | || |||| |  |||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||      ||||| | ||    
11879862 ttattgcatgggtaacacttgacttgttgcatgcaatcatcttgatacttggcttgttgcatgtattcctcatgaatcatgacatttggtttatttcctg 11879961  T
170 ggtaacacttgacttattgtaagtattcctcttgacatttgacttg-ttgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtt 250  Q
    ||||||||||| |||  || | ||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||    
11879962 ggtaacacttggcttgatgcatgtattcctcttgacacttgacttgtttgtatgtattcctcatgagtcatgtcacttggtt 11880043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 160 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 38179759 - 38179620
Alignment:
160 ttattgcatgggtaacacttgacttattgtaagtattcctcttgacatttgacttgttgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttattgcagg 259  Q
    |||||| ||| |||||||||| |||  || |  ||||||||||||||| || | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |    
38179759 ttattgaatgagtaacacttggcttcctgcatatattcctcttgacatctggcatgttgcatgtatttctcatgagtcatgacacttggtttattgcatg 38179660  T
260 ggtaacacctgacatgttgcatgtgtttctcttgacactt 299  Q
      |||||| | || |||||||||  || ||||||||||||    
38179659 tataacacttaacttgttgcatgcattactcttgacactt 38179620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 232 - 377
Target Start/End: Original strand, 18483089 - 18483234
Alignment:
232 tgagtcatgacacttggtttattgcaggggtaacacctgacatgttgcatgtgtttctcttgacacttgacttgctgcatgtattcctcgtgagtcatga 331  Q
    |||| ||||| |||||  |||||||| || |||||| || | || ||||||| ||| ||||||||||||  ||| |||||||||||||| | ||||||||    
18483089 tgagccatgatacttgagttattgcatggataacacttgtcttgctgcatgtatttatcttgacacttggtttgttgcatgtattcctcataagtcatga 18483188  T
332 cacttgattcattgcatgagtaacacttagctagttgcatgcatta 377  Q
    |||||||||  ||||||| ||||||||||||  ||| |||||||||    
18483189 cacttgattttttgcatgggtaacacttagcatgtttcatgcatta 18483234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 192 - 372
Target Start/End: Original strand, 11879806 - 11879984
Alignment:
192 gtattcctcttgacatttgacttgttgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttattgcaggggtaacacctgacatgttgcatgtgtttctct 291  Q
    ||||||||||||||| |||  || ||||||||||||||||| | | ||||||||||||| |||||| ||||||||| |||| |||||||||   |  |||    
11879806 gtattcctcttgacacttggattcttgcatgtattcctcattaat-atgacacttggtt-attgcatgggtaacacttgacttgttgcatgcaatcatct 11879903  T
292 tgacacttgacttgctgcatgtattcctcgtgagtcatgacacttgattcattgcatgagtaacacttagctagttgcatg 372  Q
    ||| ||||| |||| |||||||||||||| ||| |||||||| ||| || ||| | || ||||||||| ||| | ||||||    
11879904 tgatacttggcttgttgcatgtattcctcatgaatcatgacatttggtttatttcctgggtaacacttggcttgatgcatg 11879984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 192 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 35687502 - 35687318
Alignment:
192 gtattcctcttgacatttgacttgttgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttattgcaggggtaacacctgacatgttgcatgtgttt---- 287  Q
    |||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||  ||| ||||| ||||| | | || | || |||||||  ||        
35687502 gtattcttcttgacacttgtcttgttgcatgtattccttatgagtcattacactttattttttgcatgggtagcgcttggcttgctgcatgtaattaatg 35687403  T
288 ctcttgacacttgacttgctgcatgtattcctcgtgagtcatgacacttgattcattgcatgagtaacacttagctagttgcatg 372  Q
    ||||||  ||||| |||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||| || |||||| ||| | ||||||    
35687402 ctcttggtacttggcttgttgcatgtatttctcatgagtcatgacacttgatttattgcatgggtgacacttggcttgctgcatg 35687318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 160 - 267
Target Start/End: Original strand, 18483107 - 18483214
Alignment:
160 ttattgcatgggtaacacttgacttattgtaagtattcctcttgacatttgacttgttgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttattgcagg 259  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||  || | |||||  |||||||| |||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||| |    
18483107 ttattgcatggataacacttgtcttgctgcatgtatttatcttgacacttggtttgttgcatgtattcctcataagtcatgacacttgattttttgcatg 18483206  T
260 ggtaacac 267  Q
    ||||||||    
18483207 ggtaacac 18483214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 70 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 35711520 - 35711444
Alignment:
70 ttggtttattgcatgagtaaca-tttggcttgttgtatgtattcctcttaacgcttggcttgttgcatgtatttctc 145  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||| ||||||||| || |||||||| |||||||||||||||    
35711520 ttggtttattgcatgagtgacactttggcttgttgcatgcattcctcttgacacttggcttattgcatgtatttctc 35711444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 74 - 117
Target Start/End: Complemental strand, 35711860 - 35711817
Alignment:
74 tttattgcatgagtaacatttggcttgttgtatgtattcctctt 117  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
35711860 tttattgcatgaataacatttggcttgttgtatgtattcctctt 35711817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 307 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 38179702 - 38179627
Alignment:
307 tgcatgtattcctcgtgagtcatgacacttgattcattgcatgagtaacacttagctagttgcatgcattattctt 382  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||||| || ||||||||  ||||||||| || ||||||||||||| ||||    
38179702 tgcatgtatttctcatgagtcatgacacttggtttattgcatgtataacacttaacttgttgcatgcattactctt 38179627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 192 - 267
Target Start/End: Original strand, 18483898 - 18483973
Alignment:
192 gtattcctcttgacatttgacttgttgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttattgcaggggtaacac 267  Q
    |||||| | ||||||||||  |||||||| |||||  | ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
18483898 gtattcatattgacatttggtttgttgcacgtatttattatgagtcatgacacttggtttattgaatgggtaacac 18483973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 322 - 377
Target Start/End: Original strand, 18483938 - 18483993
Alignment:
322 tgagtcatgacacttgattcattgcatgagtaacacttagctagttgcatgcatta 377  Q
    |||||||||||||||| || |||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||    
18483938 tgagtcatgacacttggtttattgaatgggtaacacttagcttgttgcatgcatta 18483993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 75 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 38179759 - 38179676
Alignment:
75 ttattgcatgagtaacatttggcttgttgtatgtattcctcttaacgcttggcttgttgcatgtatttctcgtgagtcatgaca 158  Q
    |||||| |||||||||| |||||||  || || |||||||||| ||   |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
38179759 ttattgaatgagtaacacttggcttcctgcatatattcctcttgacatctggcatgttgcatgtatttctcatgagtcatgaca 38179676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 19 - 155
Target Start/End: Original strand, 11879901 - 11880033
Alignment:
19 tcttgacacttgacttgttgcatgtattcatcatgagtcacaatacttgctttggtttattgcatgagtaacatttggcttgttgtatgtattcctctta 118  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||| |||||| |||  | |     ||||||||||| | || |||||| |||||||| || |||||||||||||     
11879901 tcttgatacttggcttgttgcatgtattcctcatgaatcatgaca-----tttggtttatttcctgggtaacacttggcttgatgcatgtattcctcttg 11879995  T
119 acgcttggcttg-ttgcatgtatttctcgtgagtcatg 155  Q
    || |||| |||| ||| ||||||| ||| |||||||||    
11879996 acacttgacttgtttgtatgtattcctcatgagtcatg 11880033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 235 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 11880132 - 11880047
Alignment:
235 gtcatgacacttggtttattgcaggggtaacacctgacatgttgcatgtgtttctcttgacacttgacttgctgcatgtattcctc 320  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| |||| || | |||||||||  ||  |||| |||||||  ||| ||||||||||||||    
11880132 gtcatgacacttggtttattgcatgggttacacttgtcttgttgcatgcattcatctttacacttggtttgttgcatgtattcctc 11880047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 70 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 11880122 - 11880051
Alignment:
70 ttggtttattgcatgagtaacatttggcttgttgtatgtattcctcttaacgcttggcttgttgcatgtatt 141  Q
    ||||||||||||||| || ||| ||| ||||||| ||| |||| |||| || ||||| ||||||||||||||    
11880122 ttggtttattgcatgggttacacttgtcttgttgcatgcattcatctttacacttggtttgttgcatgtatt 11880051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 160 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 11880117 - 11880043
Alignment:
160 ttattgcatgggtaacacttgacttattgtaagtattcctcttgacatttgacttgttgcatgtattcctcatga 234  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||| ||| | | |||| |||| ||| |||  ||||||||||||||||||||||    
11880117 ttattgcatgggttacacttgtcttgttgcatgcattcatctttacacttggtttgttgcatgtattcctcatga 11880043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 18 - 58
Target Start/End: Complemental strand, 35687496 - 35687456
Alignment:
18 ttcttgacacttgacttgttgcatgtattcatcatgagtca 58  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||    
35687496 ttcttgacacttgtcttgttgcatgtattccttatgagtca 35687456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0020 (Bit Score: 50; Significance: 2e-19; HSPs: 2)
Name: scaffold0020
Description:

Target: scaffold0020; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 160 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 140464 - 140367
Alignment:
160 ttattgcatgggtaacacttgacttattgtaagtattcctcttgacatttgacttgttgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttattgca 257  Q
    ||||||||||||||||||| |||||  ||||  |||||||||||||||||||| | ||| ||||||| |||||||| |||| ||||||||| ||||||    
140464 ttattgcatgggtaacactcgacttggtgtatatattcctcttgacatttgacctattgtatgtatttctcatgagccatgtcacttggttcattgca 140367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0020; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 247 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 140467 - 140311
Alignment:
247 ggtttattgcaggggtaacacctgacatgttgcatgtgtttctcttgacacttgacttgctgcatgtattcctcgtgagtcatgacacttgattcattgc 346  Q
    ||||||||||| |||||||||  ||| || || || | || ||||||||| ||||| |  || ||||||| ||| |||| |||| |||||| ||||||||    
140467 ggtttattgcatgggtaacactcgacttggtgtatatattcctcttgacatttgacctattgtatgtatttctcatgagccatgtcacttggttcattgc 140368  T
347 atgagtaacacttagctagttgcatgcattattcttagcacttgagatgcattttag 403  Q
    || | ||||||||   | ||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||    
140367 attaataacacttgaattgttgcatgcattactcttaacacttgggatgcattttag 140311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 50; Significance: 2e-19; HSPs: 13)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 160 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 20807047 - 20806966
Alignment:
160 ttattgcatgggtaacacttgacttattgtaagtattcctcttgacatttgacttgttgcatgtattcctcatgagtcatga 241  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||| ||| |  ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
20807047 ttattgcatgggtaacatttgccttgttgcatatattcctcttgacatttggtttgttgcatgtattcctcatgagtcatga 20806966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 236 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 20807061 - 20806916
Alignment:
236 tcatgacacttggtttattgcaggggtaacacctgacatgttgcatgtgtttctcttgacacttgacttgctgcatgtattcctcgtgagtcatgacact 335  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||  || | |||||||| | || ||||||||| |||  ||| |||||||||||||| |||||||||| ||     
20807061 tcatgacacttggtttattgcatgggtaacatttgccttgttgcatatattcctcttgacatttggtttgttgcatgtattcctcatgagtcatgatac- 20806963  T
336 tgattcattgcatgagtaacacttagctagttgcatgcattattctt 382  Q
    ||| | ||||||||  ||| |||||| | |||||| |||||| ||||    
20806962 tgagttattgcatggataatacttagtttgttgcacgcattactctt 20806916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 70 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 20807052 - 20806966
Alignment:
70 ttggtttattgcatgagtaacatttggcttgttgtatgtattcctcttaacgcttggcttgttgcatgtatttctcgtgagtcatga 156  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| ||||||| || |||||||||| ||  |||| |||||||||||||| ||| ||||||||||    
20807052 ttggtttattgcatgggtaacatttgccttgttgcatatattcctcttgacatttggtttgttgcatgtattcctcatgagtcatga 20806966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 262 - 359
Target Start/End: Original strand, 3547013 - 3547107
Alignment:
262 taacacctgacatgttgcatgtgtttctcttgacacttgacttgctgcatgtattcctcgtgagtcatgacacttgattcattgcatgagtaacactt 359  Q
    |||||| |||| || ||||||| ||  |||||||||||| |||| |||||||||||   |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
3547013 taacacttgacttgctgcatgtattcatcttgacacttggcttgttgcatgtattc---gtgagtcatgacacttgatttattgcatgggtaacactt 3547107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 167 - 267
Target Start/End: Original strand, 3547008 - 3547105
Alignment:
167 atgggtaacacttgacttattgtaagtattcctcttgacatttgacttgttgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttattgcaggggtaaca 266  Q
    |||| |||||||||||||  || | |||||| |||||||| ||| ||||||||||||||   || |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
3547008 atggataacacttgacttgctgcatgtattcatcttgacacttggcttgttgcatgtat---tcgtgagtcatgacacttgatttattgcatgggtaaca 3547104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 241 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 9846258 - 9846136
Alignment:
241 acacttggtttattgcaggggtaacacctgacatgttgcatgtgtttctcttgacacttgacttgctgcatgtattcctcgtgagtcatgacacttgatt 340  Q
    ||||||||||| ||| | ||||||||| |  | |||| ||||  || | |||||||| || |||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||    
9846258 acacttggtttgttgtatgggtaacacttagcttgtttcatgcattccacttgacacatggcttgttgtatgtattcctcgtgagtcatgacacttggtt 9846159  T
341 cattgcatgagtaacacttagct 363  Q
     |||||||  |||||||||||||    
9846158 tattgcataggtaacacttagct 9846136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 194 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 9846215 - 9846142
Alignment:
194 attcctcttgacatttgacttgttgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttattgcaggggtaacac 267  Q
    ||||| |||||||  || ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
9846215 attccacttgacacatggcttgttgtatgtattcctcgtgagtcatgacacttggtttattgcataggtaacac 9846142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 208 - 253
Target Start/End: Original strand, 3538561 - 3538606
Alignment:
208 ttgacttgttgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttat 253  Q
    ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||    
3538561 ttgacttgttgcatacattcctcttgagtcatgacacttggtttat 3538606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 194 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 9846094 - 9846021
Alignment:
194 attcctcttgacatttgacttgttgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttattgcaggggtaacac 267  Q
    |||| |||||||| |||| || ||| | ||||||| ||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||    
9846094 attcgtcttgacacttgatttattgtacgtattccacatgagtcaagacacttggtttattgtatgggtaacac 9846021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 70 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 9846254 - 9846166
Alignment:
70 ttggtttattgcatgagtaacatttggcttgttgtatgtattcctcttaacgcttggcttgttgcatgtatttctcgtgagtcatgaca 158  Q
    ||||||| ||| ||| |||||| || |||||||  ||| ||||| ||| || | |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
9846254 ttggtttgttgtatgggtaacacttagcttgtttcatgcattccacttgacacatggcttgttgtatgtattcctcgtgagtcatgaca 9846166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 87 - 179
Target Start/End: Original strand, 3547013 - 3547107
Alignment:
87 taacatttggcttgttgtatgtattcctcttaacgcttggcttgttgcatgtatttctcgtgagtcatgac-----aattattgcatgggtaacactt 179  Q
    ||||| ||| |||| || |||||||| |||| || |||||||||||||||||||   ||||||||||||||     | ||||||||||||||||||||    
3547013 taacacttgacttgctgcatgtattcatcttgacacttggcttgttgcatgtat---tcgtgagtcatgacacttgatttattgcatgggtaacactt 3547107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 160 - 254
Target Start/End: Original strand, 3546833 - 3546927
Alignment:
160 ttattgcatgggtaacacttgacttattgtaagtattcctcttgacatttgacttgttgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttatt 254  Q
    |||||||||| |||| |||||||||  |  | |||||||| || ||  || ||||||  |||||||||||| | |||||||||||||||||||||    
3546833 ttattgcatgtgtaatacttgacttgctacatgtattccttttaactcttaacttgtcacatgtattcctcttaagtcatgacacttggtttatt 3546927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 302 - 419
Target Start/End: Original strand, 3547110 - 3547229
Alignment:
302 cttgctgcatgtattcctcgtgagtcatgacacttga---ttcattgcatgagtaacacttagctagttgcatgcattattcttagcacttgagatgcat 398  Q
    |||||| |||||||||||| | |||||||| ||||||    | |||||||| ||||| |||| || ||||||||| ||| ||||  || ||| |||| ||    
3547110 cttgctacatgtattcctcttaagtcatgatacttgacttattattgcatgggtaacgcttaacttgttgcatgctttactcttgacatttgcgatg-at 3547208  T
399 tttaggcgcccaaaggtacaa 419  Q
    |||||||||||||| ||||||    
3547209 tttaggcgcccaaatgtacaa 3547229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000007; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 167 - 257
Target Start/End: Original strand, 42737149 - 42737239
Alignment:
167 atgggtaacacttgacttattgtaagtattcctcttgacatttgacttgttgcatgtattcctcatgagtcatgacacttggtttattgca 257  Q
    |||| |||||||||||||| |||| ||||  | ||| |||||||  |||||||||| |||||||| ||||||||||||||  |||||||||    
42737149 atggataacacttgacttactgtatgtatatcccttaacatttggtttgttgcatgcattcctcacgagtcatgacacttaatttattgca 42737239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University