View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2733_high_8 (Length: 429)

Name: NF2733_high_8
Description: NF2733
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2733_high_8
NF2733_high_8
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (20-424)||(28894819-28895223)
chr6 (20-424)||(35027471-35027870)
chr6 (40-424)||(33679526-33679910)
chr6 (20-424)||(12746194-12746586)
chr6 (114-424)||(11296385-11296695)
chr6 (20-424)||(15579220-15579623)
chr6 (45-156)||(7560774-7560884)
chr6 (195-339)||(2330186-2330332)
[»] chr7 (9 HSPs)
chr7 (20-424)||(26152528-26152931)
chr7 (20-424)||(6963662-6964067)
chr7 (97-424)||(43548645-43548973)
chr7 (72-424)||(38430823-38431173)
chr7 (76-424)||(3541506-3541853)
chr7 (19-424)||(44018130-44018537)
chr7 (136-424)||(12803602-12803891)
chr7 (219-342)||(28578318-28578444)
chr7 (20-87)||(43548590-43548657)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (20-424)||(33321262-33321666)
chr5 (20-424)||(26337359-26337763)
chr5 (20-420)||(2500350-2500749)
chr5 (20-424)||(33920519-33920922)
chr5 (20-424)||(9690137-9690543)
chr5 (72-357)||(35432881-35433164)
chr5 (231-299)||(36330329-36330399)
[»] scaffold0273 (1 HSPs)
scaffold0273 (20-424)||(20023-20428)
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (20-424)||(56089652-56090057)
chr4 (20-424)||(13978509-13978914)
chr4 (20-424)||(19928279-19928684)
chr4 (20-424)||(15850549-15850953)
chr4 (20-424)||(26703829-26704233)
chr4 (241-339)||(23652884-23652983)
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (20-424)||(18391769-18392173)
chr1 (20-424)||(34553022-34553431)
chr1 (20-424)||(50197254-50197658)
chr1 (19-424)||(23441622-23442029)
chr1 (19-424)||(33897698-33898106)
chr1 (40-424)||(6195235-6195598)
chr1 (320-426)||(3088067-3088172)
[»] scaffold0083 (2 HSPs)
scaffold0083 (20-424)||(52496-52899)
scaffold0083 (20-424)||(28698-29102)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (20-424)||(13331464-13331869)
chr8 (120-424)||(9466604-9466908)
chr8 (20-424)||(39660295-39660702)
chr8 (72-424)||(5827455-5827807)
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (20-424)||(4249761-4250166)
chr3 (19-424)||(28326816-28327224)
chr3 (19-424)||(28330141-28330549)
chr3 (245-424)||(3305449-3305630)
chr3 (287-424)||(27054514-27054651)
chr3 (195-294)||(18551226-18551326)
chr3 (241-330)||(20536999-20537089)
chr3 (382-422)||(26822586-26822626)
chr3 (320-422)||(11270736-11270839)
[»] scaffold0911 (1 HSPs)
scaffold0911 (20-424)||(3941-4345)
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (20-281)||(30994209-30994469)
chr2 (20-424)||(38316385-38316791)
chr2 (19-424)||(40678110-40678518)
chr2 (72-310)||(9748060-9748287)
chr2 (230-282)||(32074808-32074861)
[»] scaffold0043 (1 HSPs)
scaffold0043 (114-424)||(13060-13372)
[»] scaffold0637 (5 HSPs)
scaffold0637 (72-412)||(1688-2027)
scaffold0637 (72-303)||(1418-1648)
scaffold0637 (20-303)||(556-838)
scaffold0637 (72-303)||(878-1108)
scaffold0637 (74-303)||(1150-1378)
[»] scaffold0401 (1 HSPs)
scaffold0401 (20-424)||(3635-4039)
[»] scaffold0002 (1 HSPs)
scaffold0002 (230-335)||(468871-468979)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 290; Significance: 1e-162; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 290; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 20 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 28895223 - 28894819
Alignment:
Q  20 taacgtgccacgatggtatcgtaactttgctgccacgtcaaattaatgaaggaatcgtgccacgatggacgcgaaaacgtggcacgatggtgaacttttc 119  Q
    ||||||||||||||||| | |||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||    
T  28895223 taacgtgccacgatggtttagtaaatttgttgccacgtcagattaatgaaggaatcgtgccacgatggacgcgaaa-cgtggcacgatggtgggcttttc 28895125  T
Q  120 tgaaaccctaattctttgtctataaaagttagatgcgaccagaagtttagggtgcgatttgggagacctaaaaatagcatagacgacaccaggaagctaa 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |    
T  28895124 tgaaaccctaattctttgtctataaaagtcagatgcgaccaaaagcttagggtgcgattttggagacctaaacatagcatagacggcaccaggaagctga 28895025  T
Q  220 agaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctaatttatgtatgttctatta-ttctatgtatttaattgtttagttaggagtaactaaact 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||    
T  28895024 agaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttctattatttctatgtatttaattgtttagttatgtgtatctaaact 28894925  T
Q  319 cttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatcttttagcatgtaatttgttaagaacactctttgacgtcaatgaaaacctagtctttattcag 418  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  28894924 cttagattgattaagccataagatgaatctttgtgatctgtgagcatgtaatttgttaagaactctctttgacatcaataaaaacctagtctttattcag 28894825  T
Q  419 aattat 424  Q
    ||||||    
T  28894824 aattat 28894819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 20 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 35027870 - 35027471
Alignment:
Q  20 taacgtgccacgatggtatcgtaactttgctgccacgtcaaattaatgaaggaatcgtgccacgatggacgcgaaaacgtggcacgatggtgaacttttc 119  Q
    ||||||||||||||| | | |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||  ||||||    
T  35027870 taacgtgccacgatgatttagtaaatttgctgccacgtcagattaatgaaggaatcttgccacgatggacgtgaaa-cgtggcacgatggtgggcttttc 35027772  T
Q  120 tgaaaccctaattctttgtctataaaagttagatgcgaccagaagtttagggtgcgatttgggagacctaaaaatagcatagacgacaccaggaagctaa 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |      ||||||| ||||||||||| | |||||||||| |||||||||||| |    
T  35027771 tgaaaccctaattctttgtctataaaagtcagatgcgaccagaagct------gcgattttggagacctaaacagagcatagacggcaccaggaagctga 35027678  T
Q  220 agaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctaatttatgtatgtt--ctattattctatgtatttaattgtttagttaggagtaactaaac 317  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||  ||||| |||||||| ||| |||||||||||| ||||| |||| |    
T  35027677 agaacacgcagtggatctcacccatctcatagttggttctggtttatgtatgttcgctatt-ttctatgtgtttgattgtttagttatgagtagctaagc 35027579  T
Q  318 tcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatct-tttagcatgtaatttgttaagaacactctttgacgtcaatgaaaacctagtctttattc 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  | ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  35027578 tcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttgttaagaactctctttgacatcaatgaaaacctagtctttattc 35027479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 40 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 33679910 - 33679526
Alignment:
Q  40 gtaactttgctgccacgtcaaattaatgaaggaatcgtgccacgatggacgcgaaaacgtggcacgatggtgaacttttctgaaaccctaattctttgtc 139  Q
    |||| |||||||||||||   ||||||||   |||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||    
T  33679910 gtaaatttgctgccacgtaggattaatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaa-cgtggcacgatggtgggcttttctgaaactctaattctttgtc 33679812  T
Q  140 tataaaagttagatgcgaccagaagtttagggtgcgatttgggagacctaaaaatagcatagacgacaccaggaagctaaagaacacgcggtggatctca 239  Q
    ||||||||| |||||| |||||||| ||||  ||||||||  |||||||||| | ||||||||| ||||||||||| | |||||||||   |||||||||    
T  33679811 tataaaagtcagatgcaaccagaagcttagtatgcgattttagagacctaaacagagcatagacaacaccaggaagttgaagaacacgtaatggatctca 33679712  T
Q  240 cccaactcatagttggttctaatttatgtatgttctatta-ttctatgtatttaattgtttagttaggagtaactaaactcttagattgattaagccatg 338  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  33679711 cccaactaatagttggttctgatttatgtatgttatattatttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatg 33679612  T
Q  339 agataaatctttgtgatcttttagcatgtaatttgttaagaacactctttgacgtcaatgaaaacctagtctttattcagaattat 424  Q
    |||| ||||||||| || | | || |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  33679611 agatgaatctttgtaatatgtaagtatgtaatttgttaagaactctctttgacatcaatgaaaacctagtctttatttagaattat 33679526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 20 - 424
Target Start/End: Original strand, 12746194 - 12746586
Alignment:
Q  20 taacgtgccacgatggtatcgtaactttgctgccacgtcaaattaatgaaggaatcgtgccacgatggacgcgaaaacgtggcacgatggtgaacttttc 119  Q
    ||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||  |||||||||||||| | |||||    
T  12746194 taacgtgccacgatggtttagtaaatttgctgccacgttaaattaatgaaggaattgtaccacgatggacgcgaaat-gtggcacgatggtggaattttc 12746292  T
Q  120 tgaaaccctaattctttgtctataaaagttagatgcgaccagaagtttagggtgcgatttgggagacctaaaaatagcatagacgacaccaggaagctaa 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||             ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||  |    
T  12746293 tgaaaccctaattctttgtctataaaagtcagatgcgaccagaaattt-------------ggagacctaaatagagcatagacgacaccaggaagccga 12746379  T
Q  220 agaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctaatttatgtatgtt--ctattattctatgtatttaattgtttagttaggagtaactaaac 317  Q
    |||||||||  ||||| ||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||  ||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||    
T  12746380 agaacacgcattggatttcaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttcactatt-ttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaac 12746478  T
Q  318 tcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatct-tttagcatgtaatttgttaagaacactctttgacgtcaatgaaaacctagtctttattc 416  Q
    ||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||| |  | ||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  12746479 tcttaaattgattaagccatgagatggatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttgttaataactctctttgacatcaatgaaaacctagtctttattc 12746578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 114 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 11296695 - 11296385
Alignment:
Q  114 cttttctgaaaccctaattctttgtctataaaagttagatgcgaccagaagtttagggtgcgatttgggagacctaaaaatagcatagacgacaccagga 213  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||| || |||||| | |||  ||| ||||| ||||||||||| | ||||||||| |||||||||    
T  11296695 cttttctgaaaccctaattttgtgtctataaaagtcagaagcaaccaga-gattaaagtgtgattttggagacctaaatagagcatagacaacaccagga 11296597  T
Q  214 agctaaagaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctaatttatgtatgttctattatt-ctatgtatttaattgtttagttaggagtaac 312  Q
    |||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||| ||||| |    
T  11296596 agctgaagaacacactgtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttctattatttctatgtatttggttgtttagttatgagtagc 11296497  T
Q  313 taaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatcttttagcatgtaatttgttaagaacactctttgacgtcaatgaaaacctagtcttt 412  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  11296496 taaactcttaaattgattaagccatgtgatgaatctttgtgatctgtgagcatgtaatttgttaagaactctctttgacatcaatgaaaacctattcttt 11296397  T
Q  413 attcagaattat 424  Q
    ||||| ||||||    
T  11296396 attcaaaattat 11296385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 20 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 15579623 - 15579220
Alignment:
Q  20 taacgtgccacgatggtatcgtaactttgctgccacgtcaaattaatgaaggaatcgtgccacgatggacgcgaaaacgtggcacgatggtgaacttttc 119  Q
    |||||||||||||||||   |||| |||||||||| ||   ||||||||   |||||| ||||||||| | || || |||||||||||||||  |||| |    
T  15579623 taacgtgccacgatggttgagtaaatttgctgccatgtaggattaatgagcaaatcgtaccacgatggtctcgtaa-cgtggcacgatggtgggcttt-c 15579526  T
Q  120 tgaaaccctaattctttgtctataaaagttagatgcgaccagaagtttagggtgcgatttgggagacctaaaaatagcatagacgacaccaggaagctaa 219  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||   ||| ||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||| ||||||||| |       
T  15579525 tgaaaccctaattttgtgtctataaaatccagaagcgaccataagcttagggtgcgattttggagacctaaatagagcatagacggcaccaggaaaccgc 15579426  T
Q  220 agaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctaatttatgtatgtt--ctattattctatgtatttaattgtttagttaggagtaactaaac 317  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||| |||||||||||| ||||||| |||| ||||| ||||||    
T  15579425 agaacacgcagtagatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactatt-ttctatgtatttgattgttttgttatgagtagctaaac 15579327  T
Q  318 tcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatcttttagcatgtaatttgttaagaacactctttgacgtcaatgaaaacctagtctttattca 417  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||| | |   ||||||||||||||||| |||||| || ||||||||| |||| ||||||||||    
T  15579326 tcttagattaattaagctatgagataaatctttgcgatctgtgatggtgtaatttgttaagaactctctttaacatcaatgaaaccctaatctttattca 15579227  T
Q  418 gaattat 424  Q
     ||||||    
T  15579226 taattat 15579220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 45 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 7560884 - 7560774
Alignment:
Q  45 tttgctgccacgtcaaattaatgaaggaatcgtgccacgatggacgcgaaaacgtggcacgatggtgaacttttctgaaaccctaattctttgtctataa 144  Q
    ||||||||||||| | |||||||| | ||||||||||| | || | | ||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7560884 tttgctgccacgttagattaatgaggaaatcgtgccacaaaggtctc-aaaacttggcacgatgatgagcttttctgaaaccctaattctttgtctataa 7560786  T
Q  145 aagttagatgcg 156  Q
    |||  |||||||    
T  7560785 aagccagatgcg 7560774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 195 - 339
Target Start/End: Original strand, 2330186 - 2330332
Alignment:
Q  195 agcatagacgacaccaggaagctaaagaacacgcggtggatctcac-ccaactcatagttggttctaatttatgtatgtt--ctattattctatgtattt 291  Q
    |||||||| ||||||||||  |||||||||| ||  || ||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||  || || || ||||  | |    
T  2330186 agcatagaagacaccaggagactaaagaacaagccatgaatctcataccaactcatagttggttcgaatttatgtatgtttactcttgtt-tatgcttat 2330284  T
Q  292 aattgtttagttaggagtaactaaactcttagattgattaagccatga 339  Q
     || |||| | || ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2330285 gatcgttttgatatgagtatctaaactcttagattgattgagccatga 2330332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 274; Significance: 1e-153; HSPs: 9)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 20 - 424
Target Start/End: Original strand, 26152528 - 26152931
Alignment:
Q  20 taacgtgccacgatggtatcgtaactttgctgccacgtcaaattaatgaaggaatcgtgccacgatggacgcgaaaacgtggcacgatggtgaacttttc 119  Q
    ||||||||||||||||| | |||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||    
T  26152528 taacgtgccacgatggtttagtaaatttgctgccaagtcagattaatgaaggaatcgtgccacgatggacgcgaaa-cgtggcacgatggtgggcttttc 26152626  T
Q  120 tgaaaccctaattctttgtctataaaagttagatgcgaccagaagtttagggtgcgatttgggagacctaaaaatagcatagacgacaccaggaagctaa 219  Q
    || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||  |||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |    
T  26152627 tggaaccctaattctttgtctataaaagtcagatgcgaccagaagcttagggtga-atttcggagacctaaacaaagcatagacgacaccaggaagctga 26152725  T
Q  220 agaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctaatttatgtatgttctattattct-atgtatttaattgtttagttaggagtaactaaact 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  26152726 agaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggtattgatttatgtatgttctattatttttatgtatttaattgtttagttatgagtagctaaact 26152825  T
Q  319 cttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatcttttagcatgtaatttgttaagaacactctttgacgtcaatgaaaacctagtctttattcag 418  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||     
T  26152826 cttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtaagcatgtaatttgttaagaactctctttgacatcaatgaaaacctagtctttattcat 26152925  T
Q  419 aattat 424  Q
    ||||||    
T  26152926 aattat 26152931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 20 - 424
Target Start/End: Original strand, 6963662 - 6964067
Alignment:
Q  20 taacgtgccacgatggtatcgtaactttgctgccacgtcaaattaatgaaggaatcgtgccacgatggacgcgaaaacgtggcacgatggtgaacttttc 119  Q
    ||||| ||||||||||| | |||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||  ||||||    
T  6963662 taacgcgccacgatggtttagtaaatttgctgtcacgtcagattaatgaaggaatcatgccacgatggacgtgaaa-cgtggcacgatggtgggcttttc 6963760  T
Q  120 tgaaaccctaa-ttctttgtctataaaagttagatgcgaccagaagtttagggtgcgatttgggagacctaaaaatagcatagacgacaccaggaagcta 218  Q
    ||||||| ||| |||||| ||||||||| | | |||||| |||||| || | ||||||||| ||||||||||| | ||||||||| ||||||||||| |     
T  6963761 tgaaaccgtaaattctttttctataaaattcatatgcgatcagaagctttgtgtgcgattttggagacctaaacagagcatagacaacaccaggaagttg 6963860  T
Q  219 aagaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctaatttatgtatgttctattatt-ctatgtatttaattgtttagttaggagtaactaaac 317  Q
    |||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||| ||||| ||||||    
T  6963861 aagagcacgcagtggatctcagccaactcatagttggttctgatttatgtatgttctattatttctatgtattcgattgtttagttatgagtagctaaac 6963960  T
Q  318 tcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatcttttagcatgtaatttgttaagaacactctttgacgtcaatgaaaacctagtctttattca 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  6963961 tcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgagcatgtaatttgttaagaactctctttgacatcaatgaaaacctagtctttattca 6964060  T
Q  418 gaattat 424  Q
    |||||||    
T  6964061 gaattat 6964067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 97 - 424
Target Start/End: Original strand, 43548645 - 43548973
Alignment:
Q  97 cgtggcacgatggtgaacttttctgaaaccctaattctttgtctataaaagttagatgcgaccagaagtttagggtgcgatttgggagacctaaaaatag 196  Q
    |||| ||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  43548645 cgtgccacgatggtgggcttttcttaaaccctaattctttgtctataaaagtcaaatgcgatcagaagtttagggtgcgattttggagacctaaacatag 43548744  T
Q  197 catagacgacaccaggaagctaaagaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctaatttatgtatgttctatta-ttctatgtatttaatt 295  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||| ||||||| |||    
T  43548745 catagacggcaccaggaagctgaagaacacgcgatggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgcatgttctattatttctgtgtatttcatt 43548844  T
Q  296 gtttagttaggagtaactaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatcttttagcatgtaatttgttaagaacactctttgacgtca 395  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||    
T  43548845 gtttagttatgagtagctaaactcttatattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgagcatgtaatttgataagaactctctttgacatca 43548944  T
Q  396 atgaaaacctagtctttattcagaattat 424  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  43548945 atgaaaacctagtctttattcaaaattat 43548973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 72 - 424
Target Start/End: Original strand, 38430823 - 38431173
Alignment:
Q  72 aatcgtgccacgatggacgcgaaaacgtggcacgatggtgaacttttctgaaaccctaattctttgtctataaaagttagatgcgaccagaagtttaggg 171  Q
    |||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||  |||| |||||||||||||| | ||||||| ||||  ||| ||||||||| | ||||||    
T  38430823 aatcgtgccacgatggtctcgaaa-cgtggcacgatggtgggcttt-ctgaaaccctaattttgtgtctattaaagccagaagcgaccaga-gattaggg 38430919  T
Q  172 tgcgatttgggagacctaaaaatagcatagacgacaccaggaagctaaagaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctaatttatgtatg 271  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  38430920 tgcgattttggagacctaaacatagcatagacaacaccaggaagctgaagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttttgatttatgtatg 38431019  T
Q  272 ttctattatt-ctatgtatttaattgtttagttaggagtaactaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatcttttagcatgtaat 370  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | | ||||||||||    
T  38431020 ttctattatttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatttgtgagcatgtaat 38431119  T
Q  371 ttgttaagaacactctttgacgtcaatgaaaacctagtctttattcagaattat 424  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  38431120 ttgttaagaactctctttgacatcaatgtaaacctagtctttattcagaattat 38431173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 76 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 3541853 - 3541506
Alignment:
Q  76 gtgccacgatggacgcgaaaacgtggcacgatggtgaacttttctgaaaccctaattctttgtctataaaagttagatgcgaccagaagtttagggtgcg 175  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||    
T  3541853 gtgccacgatggaagcgaaa-cgtggcatgatggtgggcttttctaaaaccctaattctttgtctataaaagccagatgcgaccagaagcttagggtgcg 3541755  T
Q  176 atttgggagacctaaaaatagcatagacgacaccaggaagctaaagaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctaatttatgtatgtt-- 273  Q
    |||| ||||||||||| | |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||  ||||||||||||      
T  3541754 atttcggagacctaaatagagcatagacggcaccaggaagctgaagaacacgcggtggatctcagcaaacttatagttggttctggtttatgtatgttca 3541655  T
Q  274 ctattattctatgtatttaattgtttagttaggagtaactaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatct-tttagcatgtaattt 372  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || | ||||||||||    
T  3541654 ctatt-ttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagtcatgagatgaatctttgtgatctgttgaccatgtaattt 3541556  T
Q  373 gttaagaacactctttgacgtcaatgaaaacctagtctttattcagaattat 424  Q
    |  |||||| |||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  3541555 g--aagaactctctttaacatcaatgaaaacctagtcttcattcagaattat 3541506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 183; E-Value: 7e-99
Query Start/End: Original strand, 19 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 44018537 - 44018130
Alignment:
Q  19 ataacgtgccacgatggtatcgtaactttgctgccacgtcaaattaatgaaggaatcgtgccacgatggacgcgaaaacgtggcacgatggtgaactttt 118  Q
    ||||||||||||||||||   |||| |||||||||||||   ||||||||   |||||||||||||||| | ||||| |||||||||||  ||  |||||    
T  44018537 ataacgtgccacgatggttgagtaaatttgctgccacgtaggattaatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaa-cgtggcacgattttgggctttt 44018439  T
Q  119 ctgaaaccctaattctttgtctataaaagttagatgcgaccagaagtttagg-gtgcgatttgggagacctaaaaatagcatagacgacaccaggaagct 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  | |||||| ||||||   ||| | ||||||| ||||||  ||| | |||||||| ||||||||||||||    
T  44018438 ctgaaaccctaattctttgtctataaaagcaaaatgcgatcagaaggagaggcgggcgattttggagacaaaaacagagcatagaagacaccaggaagct 44018339  T
Q  218 aaagaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctaatttatgtatgttc--tattattctatgtatttaattgtttagttaggagtaactaa 315  Q
    |||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||  |||| |||||||||||| |||||||||||| ||||| || |    
T  44018338 aaagaacacgcattggatctcaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttcactatt-ttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctga 44018240  T
Q  316 actcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatct-tttagcatgtaatttgttaagaacactctttgacgtcaatgaaaacctagtctttat 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  | ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  44018239 actcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttgttaagaactctctttgacatcaatgaaaacctaatctttat 44018140  T
Q  415 tcagaattat 424  Q
    ||||||||||    
T  44018139 tcagaattat 44018130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 136 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 12803891 - 12803602
Alignment:
Q  136 tgtctataaaagttagatgcgaccagaagtttagggtgcgatttgggagacctaaaaatagcatagacgacaccaggaagctaaagaacacgcggtggat 235  Q
    ||||||||||||  |||||||| |||||| ||||| |||||||| ||||||||||| | |||||||||  |||||| ||||| ||||||| || ||||||    
T  12803891 tgtctataaaagccagatgcgatcagaagcttaggttgcgattttggagacctaaacagagcatagacagcaccagaaagctgaagaacatgcagtggat 12803792  T
Q  236 ctcacccaactcatagttggttctaatttatgtatgttctattatt-ctatgtatttaattgtttagttaggagtaactaaactcttagattgattaagc 334  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  12803791 ctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttctattatttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagc 12803692  T
Q  335 catgagataaatctttgtgatcttttagcatgtaatttgttaagaacactctttgacgtcaatgaaaacctagtctttattcagaattat 424  Q
    |||||||| |||||||||||| | | ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  12803691 catgagatgaatctttgtgatttgtgagcatgtaatttgttaagaactctctttgacatcaatgtaaacctagtctttattcagaattat 12803602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 219 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 28578444 - 28578318
Alignment:
Q  219 aagaacacgcggtggatctcac-ccaactcatagttggttctaatttatgtatgttctatta-ttctatgtatttaattgt-ttagttaggagtaactaa 315  Q
    ||||||| || ||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||  ||| || |||||  |||||||| ||||||| ||||| ||||    
T  28578444 aagaacatgcagtggatctcacaccaactcattgttggttctgatttatgtatgttcatttaattttatgttgttaattgtcttagttatgagtagctaa 28578345  T
Q  316 actcttagattgattaagccatgagat 342  Q
    ||| ||||||||||| |||||||||||    
T  28578344 acttttagattgattgagccatgagat 28578318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 20 - 87
Target Start/End: Original strand, 43548590 - 43548657
Alignment:
Q  20 taacgtgccacgatggtatcgtaactttgctgccacgtcaaattaatgaaggaatcgtgccacgatgg 87  Q
    ||||||||||||||||| | |||| ||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  43548590 taacgtgccacgatggtttagtaaatttgctgtcacgtcggattaatgaaggaatcgtgccacgatgg 43548657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 270; Significance: 1e-151; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 270; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 20 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 33321666 - 33321262
Alignment:
Q  20 taacgtgccacgatggtatcgtaactttgctgccacgtcaaattaatgaaggaatcgtgccacgatggacgcgaaaacgtggcacgatggtgaacttttc 119  Q
    ||||||||||||||||| | |||| |||| || ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||    
T  33321666 taacgtgccacgatggtttagtaaatttgttgtcacgtcagattaatgaaggaaacgtgccacgatggacgcgaaa-cgtggcacgatggtgggcttttc 33321568  T
Q  120 tgaaaccctaattctttgtctataaaagttagatgcgaccagaagtttagggtgcgatttgggagacctaaaaatagcatagacgacaccaggaagctaa 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||  |||||||||||| |    
T  33321567 tgaaaccctaattctttgtctataaaagtcagatgtgaccaaaagcttagggtgcgattttggagacctaaacatagcatagacagcaccaggaagctga 33321468  T
Q  220 agaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctaatttatgtatgttctatta-ttctatgtatttaattgtttagttaggagtaactaaact 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  33321467 agaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttctattatttctatgtatttaattgtttagttatgagtagctaaact 33321368  T
Q  319 cttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatcttttagcatgtaatttgttaagaacactctttgacgtcaatgaaaacctagtctttattcag 418  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||     
T  33321367 cttagattgattaagtcatgagatgaatctttgtgatctgtgagcatgtaatttgttaagaactctctttgacatcaatgaaaaccgagtatttattcaa 33321268  T
Q  419 aattat 424  Q
    ||||||    
T  33321267 aattat 33321262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 20 - 424
Target Start/End: Original strand, 26337359 - 26337763
Alignment:
Q  20 taacgtgccacgatggtatcgtaactttgctgccacgtcaaattaatgaaggaatcgtgccacgatggacgcgaaaacgtggcacgatggtgaacttttc 119  Q
    ||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  ||||||    
T  26337359 taacgtgccacgatggtttagtaaatttgctgccacgtcagattaatgaaggaatcgtgccacgatggacgcg-aaacgtggcacgatgatgggcttttc 26337457  T
Q  120 tgaaaccctaattctttgtctataaaagttagatgcgaccagaagtttagggtgcgatttgggagacctaaaaatagcatagacgacaccaggaagctaa 219  Q
     |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| | ||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||  |    
T  26337458 agaaatcctaattctttgtctataaaagtcagatgcgaccagaagcttaggg-gagattttggagacctaaatagagcatagacgacaccaggaagccga 26337556  T
Q  220 agaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctaatttatgtatgtt--ctattattctatgtatttaattgtttagttaggagtaactaaac 317  Q
    | |||||||  | ||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||  ||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||    
T  26337557 ataacacgcattcgatctcaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttcactatt-ttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaac 26337655  T
Q  318 tcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatct-tttagcatgtaatttgttaagaacactctttgacgtcaatgaaaacctagtctttattc 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||  | |||||||||| | |  | ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  26337656 tcttagattgattaagccatgagacgagtctttgtgatttgtcaaccatgtaatttgttaagaactctctttgacatcaatgaaaacctagtctttattc 26337755  T
Q  417 agaattat 424  Q
    ||||||||    
T  26337756 agaattat 26337763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 20 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 2500749 - 2500350
Alignment:
Q  20 taacgtgccacgatggtatcgtaactttgctgccacgtcaaattaatgaaggaatcgtgccacgatggacgcgaaaacgtggcacgatggtgaacttttc 119  Q
    |||||||||||||||||   |||| |||||||||||||   ||| ||||   |||| ||||||||||| | ||||| |||||||||||||||  |||| |    
T  2500749 taacgtgccacgatggttgagtaaatttgctgccacgtaggattgatgagcaaatcatgccacgatggtctcgaaa-cgtggcacgatggtgggcttt-c 2500652  T
Q  120 tgaaaccctaattctttgtctataaaagttagatgcgaccagaagtttagggtgcgatttgggagacctaaaaatagcatagacgacaccaggaagctaa 219  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||  ||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |    
T  2500651 tgaaaccctaattttgtgtctataaaagcgagaagcgaccagaagcttggggtgcgattttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaagctga 2500552  T
Q  220 agaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctaatttatgtatgttctatta-ttctatgtatttaattgtttagttaggagtaactaaact 318  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||    
T  2500551 agaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttgtgatttatgtatgttctattatttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaact 2500452  T
Q  319 cttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatcttttagcatgtaatttgttaagaacactctttgacgtcaatgaaaacctagtctttattcag 418  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| | |||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  2500451 cttagattgattaagccatgagatgaatttttgtgatctgtgagcatgtagtttgttaagaactctctttgacatcaatgaaaacctaatctttattcag 2500352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 20 - 424
Target Start/End: Original strand, 33920519 - 33920922
Alignment:
Q  20 taacgtgccacgatggtatcgtaactttgctgccacgtcaaattaatgaaggaatcgtgccacgatggacgcgaaaacgtggcacgatggtgaacttttc 119  Q
    ||||||||||||||||| | |||| ||| || |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||  ||||||    
T  33920519 taacgtgccacgatggtttagtaaatttactaccacgtcagattaatgaaggaatcgtgccatgatggacgcgaaa-cgcggcacgatggtgggcttttc 33920617  T
Q  120 tgaaaccctaattctttgtctataaaagttagatgcgaccagaagtttagggtgcgatttgggagacctaaaaatagcatagacgacaccaggaagctaa 219  Q
    | |||| |||||||||||||||||||||  | ||||||||||||| ||||||  | |||| ||||||||||| | |||||||||| |||||||||||| |    
T  33920618 taaaactctaattctttgtctataaaagccaaatgcgaccagaagcttaggg--caattttggagacctaaacagagcatagacgtcaccaggaagctga 33920715  T
Q  220 agaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctaatttatgtatgttc--tattattctatgtatttaattgtttagttaggagtaactaaac 317  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||  |||| |||||||||||| ||||||||||||  |||| ||||||    
T  33920716 agaacacgtggtggatctcaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttcattatt-ttctatgtatttgattgtttagttattagtagctaaac 33920814  T
Q  318 tcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatct-tttagcatgtaatttgttaagaacactctttgacgtcaatgaaaacctagtctttattc 416  Q
    |||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||| |  | ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  33920815 tcttagatcgattaagtcatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttgttaagaactctctttgacatcaatgaaaacctagtctttattc 33920914  T
Q  417 agaattat 424  Q
    ||||||||    
T  33920915 agaattat 33920922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 20 - 424
Target Start/End: Original strand, 9690137 - 9690543
Alignment:
Q  20 taacgtgccacgatggtatcgtaactttgctgccacgtcaaattaatgaaggaatcgtgccacgatggacgcgaaaacgtggcacgatggtgaacttttc 119  Q
    ||||||||||||||||| | |||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||  ||||||    
T  9690137 taacgtgccacgatggtttagtaaatttgctaccacgtcagattaatgaaggaatcgtgctacgatggacgtgaaa-cgtggcacgatggtgggcttttc 9690235  T
Q  120 tgaaaccctaattctttgtctataaaagttagatgcgaccagaag-tttagggtgcgatttgggagacctaaaaatagcatagacgacaccaggaagcta 218  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||| ||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| || |||||||      
T  9690236 tcaaaccctaattctttgtctataaaagtcatatgcgatcagaagctttagtgtgcgattttggagacctaaacatagcatagacgatactaggaagccg 9690335  T
Q  219 aagaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctaatttatgtatgtt--ctattattctatgtatttaattgtttagttaggagtaactaaa 316  Q
    |||| |||||  ||||||||||  |||||||||||||||||  ||||||||||||  ||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||    
T  9690336 aagagcacgcattggatctcacaaaactcatagttggttctggtttatgtatgtttactatt-ttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaa 9690434  T
Q  317 ctcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatct-tttagcatgtaatttgttaagaacactctttgacgtcaatgaaaacctagtctttatt 415  Q
    || ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| | |  | ||| |||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9690435 ctattagattgattgagccatgagatgaatctttgtgatttgtgaaccatataatttgttacgaactctctttgacatcaatgaaaacctagtctttatt 9690534  T
Q  416 cagaattat 424  Q
    || ||||||    
T  9690535 cataattat 9690543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 72 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 35433164 - 35432881
Alignment:
Q  72 aatcgtgccacgatggacgcgaaaacgtggcacgatggtgaacttttctgaaaccctaattctttgtctataaaagttagatgcgaccagaagtttaggg 171  Q
    |||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||| |||||| ||| ||    
T  35433164 aatcgtgccacgatggtctcgaaa-cgtggcacgatggtggacttttctgaaaccctaattcgttgtctataaaagccagatgcgatcagaagcttatgg 35433066  T
Q  172 tgcgatttgggagacctaaaaatagcatagacgacaccaggaagctaaagaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctaatttatgtatg 271  Q
    | |||||| ||||||||||| | |||||||||| |||||| ||||  |||| |||   || ||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||    
T  35433065 ttcgattttggagacctaaacagagcatagacggcaccagaaagcctaagagcacatagtagatctcaccaaactcatagttggttctggtttatgtatg 35432966  T
Q  272 -ttctattattctatgtatttaattgtttagttaggagtaactaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatct 357  Q
       ||||  |||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  35432965 ccactat--ttctatgtatttgattgtttagttatgagtaaataaactcttagattgattaagccatgggatgaatctttgtgatct 35432881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 231 - 299
Target Start/End: Original strand, 36330329 - 36330399
Alignment:
Q  231 tggatctcac-ccaactcatagttggttctaatttatgtatgttctatta-ttctatgtatttaattgttt 299  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||    
T  36330329 tggatctcacaccaactcatagttggttctgatttatgtatgttctattatttctatgttattaattgttt 36330399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0273 (Bit Score: 267; Significance: 1e-149; HSPs: 1)
Name: scaffold0273
Description:

Target: scaffold0273; HSP #1
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 20 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 20428 - 20023
Alignment:
Q  20 taacgtgccacgatggtatcgtaactttgctgccacgtcaaattaatgaaggaatcgtgccacgatggacgcgaaaacgtggcacgatggtgaacttttc 119  Q
    ||||||||||||||||| | |||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  20428 taacgtgccacgatggtttagtaaatttgctgccacttcagattaatgaaggaatcgtgccacgatggacgcgaaa-cgtggcacgatggtggacttttc 20330  T
Q  120 tgaaaccctaattctttgtctataaaagttagatgcgaccagaagtttagggtgcgatttgggagacctaaaaatagcatagacgacaccaggaagctaa 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |    
T  20329 tgaaaccctaattctttgtctataaaagtcagatgcgaccagaagcctagggtgcgattttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaagctga 20230  T
Q  220 agaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctaatttatgtatgttctat-tattctatgtatttaattgtttagttaggagtaactaaact 318  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| || | |||||||||||| ||| |||||||| ||||| |||||||    
T  20229 agaacatgcagtggatctcacccaactcatagttggttctggtttatgtatgttcgatattttctatgtatttgattttttagttatgagtagctaaact 20130  T
Q  319 cttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatct-tttagcatgtaatttgttaagaacactctttgacgtcaatgaaaacctagtctttattca 417  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  | ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  20129 cttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttgttaagaactctctttgacatcaatgaaaacctagtctttattca 20030  T
Q  418 gaattat 424  Q
    |||||||    
T  20029 gaattat 20023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 257; Significance: 1e-143; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 20 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 56090057 - 56089652
Alignment:
Q  20 taacgtgccacgatggtatcgtaactttgctgccacgtcaaattaatgaaggaatcgtgccacgatggacgcgaaaacgtggcacgatggtgaacttttc 119  Q
    ||||||||||| ||||| | |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||    
T  56090057 taacgtgccacaatggtttagtaaatttgctgccacgtcagattaatgaaggaatcgtgccacgatggacgcgaaa-cgtggcacgatggtgggcttttc 56089959  T
Q  120 tgaaaccctaattctttgtctataaaagttagatgcgaccagaagtttagggtgcgatttgggagacctaaaaatagcatagacgacaccaggaagctaa 219  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||| | |||||||||| |||||||||||| |    
T  56089958 tgaaaccctaattctttatctataaaagtcagatgcgaccagaagcttagggtgcgattttagagacctaaacagagcatagacggcaccaggaagctga 56089859  T
Q  220 agaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctaatttatgtatgtt--ctattattctatgtatttaattgtttagttaggagtaactaaac 317  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||  ||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||    
T  56089858 agaacacgcggtggatctcaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttcgctatt-ttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaac 56089760  T
Q  318 tcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatct-tttagcatgtaatttgttaagaacactctttgacgtcaatgaaaacctagtctttattc 416  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |  | ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  56089759 tcttagattgattaagccatgaaatgaatctttgtgatctgtgaatcatgtaatttgttaagaactctctttgacatcaatgaaaacctagtctttattc 56089660  T
Q  417 agaattat 424  Q
    ||||||||    
T  56089659 agaattat 56089652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 20 - 424
Target Start/End: Original strand, 13978509 - 13978914
Alignment:
Q  20 taacgtgccacgatggtatcgtaactttgctgccacgtcaaattaatgaaggaatcgtgccacgatggacgcgaaaacgtggcacgatggtgaacttttc 119  Q
    |||||||||||||||||   |||| |||||||||||||   ||||||||   ||| ||||||||||||   ||||| ||||||| |||||||  ||||||    
T  13978509 taacgtgccacgatggttgagtaaatttgctgccacgtaggattaatgagcaaattgtgccacgatggttacgaaa-cgtggcatgatggtgggcttttc 13978607  T
Q  120 tgaaaccctaattctttgtctataaaagttagatgcgaccagaagtttagggt-gcgatttgggagacctaaaaatagcatagacgacaccaggaagcta 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  ||||| || ||||||||| |||  ||||||| ||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||     
T  13978608 tgaaaccctaattctttgtctataaaagccagatgtgatcagaagttttggggagcgattttggagacctaaatagagcatagacggcaccaggaagctg 13978707  T
Q  219 aagaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctaatttatgtatgtt--ctattattctatgtatttaattgtttagttaggagtaactaaa 316  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||  ||||| ||||||||| || |||||||||||| ||||| |||||    
T  13978708 aagaacacacggtggatctcacccaactcatagttggttctggtttatgtatgttcgctatt-ttctatgta-ttgattgtttagttatgagtagctaaa 13978805  T
Q  317 ctcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatct-tttagcatgtaatttgttaagaacactctttgacgtcaatgaaaacctagtctttatt 415  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |  | ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  13978806 ctcttagattgattaaaccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttgttaagaactctctttgacatcaatgaaaacctagtctttatt 13978905  T
Q  416 cagaattat 424  Q
    |||||||||    
T  13978906 cagaattat 13978914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 20 - 424
Target Start/End: Original strand, 19928279 - 19928684
Alignment:
Q  20 taacgtgccacgatggtatcgtaactttgctgccacgtcaaattaatgaaggaatcgtgccacgatggacgcgaaaacgtggcacgatggtgaacttttc 119  Q
    |||||||||||||||||   |||| |||||||||||||   ||||||||   ||||||||||||||||   ||||| |||||||||||| ||  ||||||    
T  19928279 taacgtgccacgatggttgagtaaatttgctgccacgtaggattaatgagtaaatcgtgccacgatggtatcgaaa-cgtggcacgatgatgggcttttc 19928377  T
Q  120 tgaaaccctaattctttgtctataaaagttagatgcgaccagaagttta-gggtgcgatttgggagacctaaaaatagcatagacgacaccaggaagcta 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||| ||| ||| ||||||| ||||||| ||| | |||||||||| ||||||||||||     
T  19928378 tgaaaccctaattctttgtctataaaagccagatgcgatcagaagcttaagggggcgattttggagaccaaaacagagcatagacggcaccaggaagctg 19928477  T
Q  219 aagaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctaatttatgtatgtt--ctattattctatgtatttaattgtttagttaggagtaactaaa 316  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||  ||||| ||||||||| || |||||||||||| ||||| |||||    
T  19928478 aagaacacacggtggatctcacacaactcatagttggttctggtttatgtatgttcgctatt-ttctatgta-ttgattgtttagttatgagtagctaaa 19928575  T
Q  317 ctcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatct-tttagcatgtaatttgttaagaacactctttgacgtcaatgaaaacctagtctttatt 415  Q
    |||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||| |  | ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  19928576 ctcttagattgattaagtaatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttgttaagaactctctttgacatcaatgaaaacctagtctttatt 19928675  T
Q  416 cagaattat 424  Q
    |||||||||    
T  19928676 cagaattat 19928684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 20 - 424
Target Start/End: Original strand, 15850549 - 15850953
Alignment:
Q  20 taacgtgccacgatggtatcgtaactttgctgccacgtcaaattaatgaaggaatcgtgccacgatggacgcgaaaacgtggcacgatggtgaacttttc 119  Q
    ||||||| |||||||||   |||| |||||||||||||   ||||||||   |||||||||||||||| | ||||| | ||||| |||||||    ||||    
T  15850549 taacgtgtcacgatggttgagtaaatttgctgccacgtaggattaatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaa-catggcaagatggtggc--tttc 15850645  T
Q  120 tgaaaccctaattctttgtctataaaagttagatgcgaccagaagtttaggg--tgcgatttgggagacctaaaaatagcatagacgacaccaggaagct 217  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||| ||| || ||||||  || ||||  || ||||| |||||||| || | ||||||||| |||||||||||||    
T  15850646 tgaaaccctaattttgtgtctataaaagtcagaagcaaccagagattaagggggtgtgattttggagacctcaatagagcatagacaacaccaggaagct 15850745  T
Q  218 aaagaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctaatttatgtatgttctattatt-ctatgtatttaattgtttagttaggagtaactaaa 316  Q
     |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||  |||| |||||    
T  15850746 gaagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatatatgtatgttctattatttctatgtatttgattgtttagttataagtagctaaa 15850845  T
Q  317 ctcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatcttttagcatgtaatttgttaagaacactctttgacgtcaatgaaaacctagtctttattc 416  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | | ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  15850846 ctcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaacatgtaatttgttaagaactctctttgacatcaatgaaaacctagtctttattc 15850945  T
Q  417 agaattat 424  Q
    | ||||||    
T  15850946 aaaattat 15850953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 20 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 26704233 - 26703829
Alignment:
Q  20 taacgtgccacgatggtatcgtaactttgctgccacgtcaaattaatgaaggaatcgtgccacgatggacgcgaaaacgtggcacgatggtgaacttttc 119  Q
    ||||||||||||||||    |||| |||||||||||||   ||||||||   |||||||||| ||||| | ||||| ||||||||||||||||  |||||    
T  26704233 taacgtgccacgatggatgagtaaatttgctgccacgtaggattaatgagcaaatcgtgccatgatggtctcgaaa-cgtggcacgatggtgagattttc 26704135  T
Q  120 tgaaaccctaattctttgtctataaaagttagatgcgaccagaagtttagggtgcgatttgggagacctaaaaatagcatagacgacaccaggaagctaa 219  Q
    ||||||| ||||| |||||||||| |||  |||||||| || ||| || | |||| ||||  |||||||||| | |||||||||||||||||||| |       
T  26704134 tgaaaccttaattttttgtctatagaagccagatgcgatcaaaagctttgtgtgcaattttagagacctaaacagagcatagacgacaccaggaaaccgc 26704035  T
Q  220 agaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctaatttatgtatgtt--ctattattctatgtatttaattgtttagttaggagtaactaaac 317  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||| ||||||| |||| ||||| ||||||    
T  26704034 agaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctaatttatgtatgttcactatt-ttctatgtatttgattgtttggttatgagtagctaaac 26703936  T
Q  318 tcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatcttttagcatgtaatttgttaagaacactctttgacgtcaatgaaaacctagtctttattca 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |   ||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  26703935 tcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgatggtgtaatttgttaagaactctctttaacatcaatgaaaacctagtctttattca 26703836  T
Q  418 gaattat 424  Q
    |||||||    
T  26703835 gaattat 26703829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 241 - 339
Target Start/End: Original strand, 23652884 - 23652983
Alignment:
Q  241 ccaactcatagttggttctaatttatgtatgttctat-tattctatgtatttaattgtttagttaggagtaactaaactcttagattgattaagccatga 339  Q
    |||||||||||||||| |  ||||||||||||| | | || | ||||  | | |||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||| ||||||||    
T  23652884 ccaactcatagttggtccggatttatgtatgttttctctagtttatgcttatgattgtttagttatgagtatctaaactcttagtttgattgagccatga 23652983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 254; Significance: 1e-141; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 20 - 424
Target Start/End: Original strand, 18391769 - 18392173
Alignment:
Q  20 taacgtgccacgatggtatcgtaactttgctgccacgtcaaattaatgaaggaatcgtgccacgatggacgcgaaaacgtggcacgatggtgaacttttc 119  Q
    |||||||||| |||||| | |||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||  ||||||    
T  18391769 taacgtgccatgatggtttagtaaatttgctgccacgtcagattaatgaaggaattgtgccacgatggacacgaaa-cgtggcacgatggtgggcttttc 18391867  T
Q  120 tgaaaccctaattctttgtctataaaagttagatgcgaccagaagtttagggtgcgatttgggagacctaaaaatagcatagacgacaccaggaagctaa 219  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||| || | ||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |    
T  18391868 taaaaccctaattctttgtctataaaagccagatgcgatcagaagctttgtgtgcgattttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaagctga 18391967  T
Q  220 agaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctaatttatgtatgttctatta-ttctatgtatttaattgtttagttaggagtaactaaact 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||  |||||||| ||| | |||||||    
T  18391968 agaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttatattatttctatgtatttgatgttttagttatgagaagctaaact 18392067  T
Q  319 cttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatcttttagcatgtaatttgttaagaacactctttgacgtcaatgaaaacctagtctttattcag 418  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  18392068 cttaaattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgagcatgtaatttgttaagaactctctttgacatcaatgaaaacctagtctttattcag 18392167  T
Q  419 aattat 424  Q
    ||||||    
T  18392168 aattat 18392173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 20 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 34553431 - 34553022
Alignment:
Q  20 taacgtgccacgatggtatcgtaactttgctgccacgtcaaattaatgaaggaatcgtgccacgatggacgcgaaaacgtggcacgatggtgaacttttc 119  Q
    ||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||    
T  34553431 taacgtgccacgatggtttagtaaatttgctgccacgtcagattaatgaaggaattgtgccacgatggacgcgaaa-cgtggcacgatggtgggcttttc 34553333  T
Q  120 tgaaaccctaattctttgtctataaaagttagatgcgaccagaagtttagggtgcgatttgggagacctaaaaatagcatagacgacaccaggaagctaa 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||| | |   ||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |    
T  34553332 tgaaaccctaattctttgtctataaaattcagatgcgaccagaagcttagagaggatttttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaagctga 34553233  T
Q  220 agaacacgcggtggatctcacccaactcatagttg-----gttctaatttatgtatgttc--tattattctatgtatttaattgtttagttaggagtaac 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||  |||||||||||||  |||| |||||||||||| |||||||||||| |||||      
T  34553232 agaacacgcggtggatctcacccaactcatagttgagttggttctggtttatgtatgttcactatt-ttctatgtatttgattgtttagttatgagtagt 34553134  T
Q  313 taaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatcttttagcatgtaatttgttaagaacactctttgacgtcaatgaaaacctagtcttt 412  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  34553133 taaactcttagattgattaagcaatgagatgaatctttgtgatctgtgagcatgtaatttgttaagaactctctttgacatcaatgaaaacctagtcttt 34553034  T
Q  413 attcagaattat 424  Q
    ||||||||||||    
T  34553033 attcagaattat 34553022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 20 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 50197658 - 50197254
Alignment:
Q  20 taacgtgccacgatggtatcgtaactttgctgccacgtcaaattaatgaaggaatcgtgccacgatggacgcgaaaacgtggcacgatggtgaacttttc 119  Q
    |||||||||||||||||   |||| |||||| ||||||   ||||||||   |||||||||||||||| | |||||  ||||||||||||||  |||||     
T  50197658 taacgtgccacgatggttgagtaaatttgctaccacgtaggattaatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaat-gtggcacgatggtgggcttttt 50197560  T
Q  120 tgaaaccctaattctttgtctataaaagttagatgcgaccagaagtttagggtgcgatttgggagacctaaaaatagcatagacgacaccaggaagctaa 219  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||| |||  | ||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  50197559 tgaaaccctaattctttgtctattaaagtcagatgcgatcagaagcttaaagagcgattttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaagctaa 50197460  T
Q  220 agaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctaatttatgtatgttctatta-ttctatgtatttaattgtttagttaggagtaactaaact 318  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  50197459 agaacacgcggtggatctcacccagctcatagttggttctgatttatgtatgttctattatttctatgtatttaattgtttagttatgagtaactaaact 50197360  T
Q  319 cttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatcttttagcatgtaatttgttaagaacactctttgacgtcaatgaaaacctagtctttattcag 418  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  | ||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||| |||    
T  50197359 cttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatcagtgagcatgtaatttgttaagaactccctttgacatcaatgaaaacctagtctttatacag 50197260  T
Q  419 aattat 424  Q
    ||||||    
T  50197259 aattat 50197254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 19 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 23442029 - 23441622
Alignment:
Q  19 ataacgtgccacgatggtatcgtaactttgctgccacgtcaaattaatgaaggaatcgtgccacgatggacgcgaaaacgtggcacgatggtgaactttt 118  Q
    ||||||||||||||||||   |||| |||||||||||||   ||||||||   |||||||||||||||| | ||||| |||||||||||  ||  |||||    
T  23442029 ataacgtgccacgatggttgagtaaatttgctgccacgtaggattaatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaa-cgtggcacgattttgggctttt 23441931  T
Q  119 ctgaaaccctaattctttgtctataaaagttagatgcgaccagaagtttagggtg-cgatttgggagacctaaaaatagcatagacgacaccaggaagct 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  | |||||| ||||||   |||| | |||||| ||||||  ||| | |||||||| ||||||||||||||    
T  23441930 ctgaaaccctaattctttgtctataaaagcaaaatgcgatcagaaggagaggggggcgattttggagacaaaaacagagcatagaagacaccaggaagct 23441831  T
Q  218 aaagaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctaatttatgtatgtt--ctattattctatgtatttaattgtttagttaggagtaactaa 315  Q
    |||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||  ||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||| || |    
T  23441830 aaagaacacgcattggatctcaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttcactatt-ttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctga 23441732  T
Q  316 actcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatct-tttagcatgtaatttgttaagaacactctttgacgtcaatgaaaacctagtctttat 414  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |  | ||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  23441731 actcttagattgattaagccatgatatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttgttaagaactctttttgacttcaatgaaaacctagtctttat 23441632  T
Q  415 tcagaattat 424  Q
    ||||||||||    
T  23441631 tcagaattat 23441622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 177; E-Value: 3e-95
Query Start/End: Original strand, 19 - 424
Target Start/End: Original strand, 33897698 - 33898106
Alignment:
Q  19 ataacgtgccacgatggtatcgtaactttgctgccacgtcaaattaatgaaggaatcgtgccacgatggacgcgaaaacgtggcacgatggtgaactttt 118  Q
    ||||||||||||||||||   |||| |||||||||||||   ||||||||   |||||||||||||||| | ||||| |||||||||||  ||  |||||    
T  33897698 ataacgtgccacgatggttgagtaaatttgctgccacgtaggattaatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaa-cgtggcacgattttgggctttt 33897796  T
Q  119 ctgaaaccctaattctttgtctataaaagttagatgcgaccagaagtttag--ggtgcgatttgggagacctaaaaatagcatagacgacaccaggaagc 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  | | |||| ||||||   ||  || ||||||| ||||||  ||| | |||||||| |||||||||||||    
T  33897797 ctgaaaccctaattctttgtctataaaagcaaaaggcgatcagaaggagagatggggcgattttggagacaaaaacagagcatagaagacaccaggaagc 33897896  T
Q  217 taaagaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctaatttatgtatgttc--tattattctatgtatttaattgtttagttaggagtaacta 314  Q
    ||||||||||||  ||||||||||| | |||||||||||||||  |||||||||||||  |||| |||||||||||| |||||||||||| ||||| ||     
T  33897897 taaagaacacgcattggatctcaccaagctcatagttggttctggtttatgtatgttcactatt-ttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctg 33897995  T
Q  315 aactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatct-tttagcatgtaatttgttaagaacactctttgacgtcaatgaaaacctagtcttta 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  | ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  33897996 aactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttgttaagaactctctttgacatcaatgaaaacctagtcttta 33898095  T
Q  414 ttcagaattat 424  Q
    |||||||||||    
T  33898096 ttcagaattat 33898106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 126; E-Value: 8e-65
Query Start/End: Original strand, 40 - 424
Target Start/End: Original strand, 6195235 - 6195598
Alignment:
Q  40 gtaactttgctgccacgtcaaattaatgaaggaatcgtgccacgatggacgcgaaaacgtggcacgatggtgaacttttctgaaaccctaattctttgtc 139  Q
    |||| |||||||||||||   ||||||||   |||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||  |||| || ||||||||||| | ||||    
T  6195235 gtaaatttgctgccacgtaggattaatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaa-cgtggcacgatggtgggcttt-ctaaaaccctaattttgtgtc 6195332  T
Q  140 tataaaagttagatgcgaccagaagtttagggtg--cgatttgggagacctaaaaatagcatagacgacaccaggaagctaaagaacacgcggtggatct 237  Q
    ||||||||| ||| || || |||  || | ||||  |||||| ||||||||||| | |||||||||| ||||| |||||| ||||||||| |||||||||    
T  6195333 tataaaagtcagaagcaactagagattaaaggtgtgcgattttggagacctaaacagagcatagacggcaccaagaagctgaagaacacgtggtggatct 6195432  T
Q  238 cacccaactcatagttggttctaatttatgtatgttctatta-ttctatgtatttaattgtttagttaggagtaactaaactcttagattgattaagcca 336  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||                      |||||    
T  6195433 cacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttctattatttctatgtatttgattgtttagttatgagt----------------------agcca 6195510  T
Q  337 tgagataaatctttgtgatcttttagcatgtaatttgttaagaacactctttgacgtcaatgaaaacctagtctttattcagaattat 424  Q
    |||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||| |||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  6195511 tgagatgaatctttgtgatctgtgagcatgtaatttgttacgaacgctctttgacatcgatgaaaacctagtctttattcagaattat 6195598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 320 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 3088172 - 3088067
Alignment:
Q  320 ttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatcttttagcatgtaatttgttaagaacactctttgacgtcaatgaaaacctagtctttattcaga 419  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||| || | | ||||||||||||||||||||| || |||||| ||||| |||||| |||||||||||| |    
T  3088172 ttagattgattaagccatgagatgaat-tttgtaatgtgtgagcatgtaatttgttaagaactctatttgacatcaataaaaacccagtctttattcata 3088074  T
Q  420 attatct 426  Q
    |||||||    
T  3088073 attatct 3088067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083 (Bit Score: 217; Significance: 1e-119; HSPs: 2)
Name: scaffold0083
Description:

Target: scaffold0083; HSP #1
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 20 - 424
Target Start/End: Original strand, 52496 - 52899
Alignment:
Q  20 taacgtgccacgatggtatcgtaactttgctgccacgtcaaattaatgaaggaatcgtgccacgatggacgcgaaaacgtggcacgatggtgaacttttc 119  Q
    ||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||  |||| |    
T  52496 taacgtgccacgatggtttagtaaatttgctgccacgtcagattaatgaaggaatcgtgccacgatggacgc-aaaatgtggcacgatggtgggcttt-c 52593  T
Q  120 tgaaaccctaattctttgtctataaaagttagatgcgaccagaagtttagggtgcgatttgggagacctaaaaatagcatagacgacaccaggaagctaa 219  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||| | ||||||||| ||| |||||||||||||  ||||||||||| | |||||||||| |||||||||||| |    
T  52594 tgaaacc-taattctttttctataaaagtcatatgcgaccaaaagcttagggtgcgattctggagacctaaacagagcatagacggcaccaggaagctga 52692  T
Q  220 agaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctaatttatgtatgtt--ctattattctatgtatttaattgtttagttaggagtaactaaac 317  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||   ||||||||||||  ||||| |||||| ||||| ||| |||||||| ||||| ||||||    
T  52693 agaacacgcggtggatctcaccaaactcatagttggttcaggtttatgtatgttcgctatt-ttctatttatttgattatttagttatgagtagctaaac 52791  T
Q  318 tcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatct-tttagcatgtaatttgttaagaacactctttgacgtcaatgaaaacctagtctttattc 416  Q
    |||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||| |  | ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  52792 tcttagattgattaagacatgagatgtatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttgttaagaactctctttgacatcaatgaaaacctagtctttattc 52891  T
Q  417 agaattat 424  Q
    ||||||||    
T  52892 agaattat 52899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083; HSP #2
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 20 - 424
Target Start/End: Original strand, 28698 - 29102
Alignment:
Q  20 taacgtgccacgatggtatcgtaactttgctgccacgtcaaattaatgaaggaatcgtgccacgatggacgcgaaaacgtggcacgatggtgaacttttc 119  Q
    |||||||||||||||||   |||| |||||||||||||   ||||||||   |||||| ||||||||| | ||||| |||||||||||||||  |||| |    
T  28698 taacgtgccacgatggttgagtaaatttgctgccacgtaggattaatgagaaaatcgtaccacgatggtctcgaaa-cgtggcacgatggtgggcttt-c 28795  T
Q  120 tgaaaccctaattctttgtctataaaagttagatgcgaccagaagtttagggtgcgatttgggagacctaaaaatagcatagacgacaccaggaagctaa 219  Q
    ||||||||||||| | ||| | |||||   ||| ||||||||||| || ||||||||||| || |||||||  | |||||||||||||||||||||   |    
T  28796 tgaaaccctaattttgtgtttttaaaatccagaagcgaccagaagcttggggtgcgattttggggacctaattagagcatagacgacaccaggaagtcga 28895  T
Q  220 agaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctaatttatgtatgtt--ctattattctatgtatttaattgtttagttaggagtaactaaac 317  Q
    |||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||| |  ||||||||||||  ||||| |||||||||||| ||| |||||||| ||||| ||||||    
T  28896 agaacacgcattggatctcaccaaactcatagttggttatggtttatgtatgttcactatt-ttctatgtatttgattatttagttatgagtagctaaac 28994  T
Q  318 tcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatct-tttagcatgtaatttgttaagaacactctttgacgtcaatgaaaacctagtctttattc 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  | ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  28995 tcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttgttaagaactctctttgacatcaatgaaaacctagtctttattc 29094  T
Q  417 agaattat 424  Q
    ||||||||    
T  29095 agaattat 29102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 197; Significance: 1e-107; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 20 - 424
Target Start/End: Original strand, 13331464 - 13331869
Alignment:
Q  20 taacgtgccacgatggtatcgtaactttgctgccacgtcaaattaatgaaggaatcgtgccacgatggacgcgaaaacgtggcacgatggtgaacttttc 119  Q
    |||||| ||||||||||   |||| |||||||||||||   ||||||||   ||||||| |||||||| | ||||| |||||||||||||||| |||| |    
T  13331464 taacgttccacgatggttgagtaaatttgctgccacgtaggattaatgagaaaatcgtgacacgatggtctcgaaa-cgtggcacgatggtgagcttt-c 13331561  T
Q  120 tgaaaccctaattctttgtctataaaagttagatgcgaccagaagttta--gggtgcgatttgggagacctaaaaatagcatagacgacaccaggaagct 217  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||| ||| || ||||||  || |  | ||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  13331562 tgaaaccctaattttgtgtctataaaagtcagaagcaaccagagattaaaggtgtgcgattttggagacctaaacaaagcatagacgacaccaggaagct 13331661  T
Q  218 aaagaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctaatttatgtatgttctatta-ttctatgtatttaattgtttagttaggagtaactaaa 316  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||| | ||| |||||    
T  13331662 gaagaacacgcggtggatctcacccaactcatagctggttctgatttacgtatgttctattatttatatgtatttgattgtttagttatgcgtagctaaa 13331761  T
Q  317 ctcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatcttttagcatgtaatttgttaagaacactctttgacgtcaatgaaaacctagtctttattc 416  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||   ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  13331762 ctcttggattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgcgagcatgtaatttgttaagaactctctttgacatcaatgaaaacctagtctttattc 13331861  T
Q  417 agaattat 424  Q
    | ||||||    
T  13331862 ataattat 13331869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 120 - 424
Target Start/End: Original strand, 9466604 - 9466908
Alignment:
Q  120 tgaaaccctaattctttgtctataaaagttagatgcgaccagaagtttagggtgcgatttgggagacctaaaaatagcatagacgacaccaggaagctaa 219  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||| |||  ||||||||  ||  ||||||||||| ||||||||||| | |||||||||| || ||||||||| |    
T  9466604 tgaaaccctaattttgtgtctataaaagtcagaaacgaccagagattatgggtgcgattttggagacctaaacagagcatagacggcaacaggaagctga 9466703  T
Q  220 agaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctaatttatgtatgttctattattctatgtatttaattgtttagttaggagtaactaaactc 319  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||    
T  9466704 agaacacacagtggatctcacccaactcatagttgcttctgatttatgtatgttatattattctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactc 9466803  T
Q  320 ttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatcttttagcatgtaatttgttaagaacactctttgacgtcaatgaaaacctagtctttattcaga 419  Q
    ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| | |||||||||||| |    
T  9466804 ttaaattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctttgagcatgtaatttgttaagaactctctttgacatcaatgaaaaaccagtctttattcata 9466903  T
Q  420 attat 424  Q
    |||||    
T  9466904 attat 9466908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 20 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 39660702 - 39660295
Alignment:
Q  20 taacgtgccacgatggtatcgtaactttgctgccacgtcaaattaatgaaggaatcgtgccacgatggacgcgaaaacgtggcacgatggtgaacttttc 119  Q
    |||||||||||||||||   |||| |||| ||||||||   ||||||||   |||||||||||||||| | ||||| |||| ||| |||||| ||||| |    
T  39660702 taacgtgccacgatggttgagtaaatttgatgccacgtaggattaatgagaaaatcgtgccacgatggtctcgaaa-cgtgacacaatggtggacttt-c 39660605  T
Q  120 tgaaaccctaattctttgtctataaaagttagatgcgaccagaagtttagg-gtgcgatttgggagacctaaaaatagcatagacgacaccaggaagcta 218  Q
    ||||||||||||| | |||| || ||||  ||| |||| |||| | ||||| ||||||||| ||||||||||| | |||| ||||| || |||||||||     
T  39660604 tgaaaccctaattttgtgtcaattaaagccagaagcgatcaga-gattaggtgtgcgattttggagacctaaacagagcaaagacggcatcaggaagctg 39660506  T
Q  219 aagaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctaatttat----gtatgttctattatt-ctatgtatttaattgtttagttaggagtaact 313  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||    ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||| ||    
T  39660505 aagaacgcgcggtggatctcacccaactcatagtacgttctgatttatatatgtatgttctattatttctatgtatttgattgtttagttatgagtagct 39660406  T
Q  314 aaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatcttttagcatgtaatttgttaagaacactctttgacgtcaatgaaaacctagtcttta 413  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||| ||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  39660405 aaactcttagattgattaagtcacgagatgaatctttatgatctatgagcatgtaatttgttaagaactctctttgacatcaatgaaaacctagtcttta 39660306  T
Q  414 ttcagaattat 424  Q
    |||||||||||    
T  39660305 ttcagaattat 39660295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 72 - 424
Target Start/End: Original strand, 5827455 - 5827807
Alignment:
Q  72 aatcgtgccacgatggacgcgaaaacgtggcacgatggtgaacttttctgaaaccctaattctttgtctataaaagttagatgcgaccagaagtttaggg 171  Q
    ||||||||||| |||| | ||||| |||||||||||||||   |||| |||||||| |||| | ||| ||||||||  ||| ||||||||||| || | |    
T  5827455 aatcgtgccacaatggtctcgaaa-cgtggcacgatggtgggttttt-tgaaaccccaattttgtgtatataaaagccagaagcgaccagaagctttgcg 5827552  T
Q  172 tgcgatttgggagacctaaaaatagcatagacgacaccaggaagctaaagaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctaatttatgtatg 271  Q
     ||||||| | ||||||||| | |||||||||||||| |||||||  ||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||| |  ||||||||||    
T  5827553 ggcgattttgaagacctaaatagagcatagacgacactaggaagccgaagaacacgcattggatctcaccaaactcatagttggttttggtttatgtatg 5827652  T
Q  272 tt--ctattattctatgtatttaattgtttagttaggagtaactaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatct-tttagcatgta 368  Q
    ||  ||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  | ||||||    
T  5827653 ttcactatt-ttctatgtatttgattgtttagttatgagtggctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgta 5827751  T
Q  369 atttgttaagaacactctttgacgtcaatgaaaacctagtctttattcagaattat 424  Q
     |||||||||||  |||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  5827752 gtttgttaagaattctcttttacatcaaagaaaacctagtctttattcagaattat 5827807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 193; Significance: 1e-105; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 20 - 424
Target Start/End: Original strand, 4249761 - 4250166
Alignment:
Q  20 taacgtgccacgatggtatcgtaactttgctgccacgtcaaattaatgaaggaatcgtgccacgatggacgcgaaaacgtggcacgatggtgaacttttc 119  Q
    |||||||||||||||||   |||| |||||||||||||   ||||||||   |||||| ||||||||| | ||||| |||||||||||||||  ||||||    
T  4249761 taacgtgccacgatggtggagtaaatttgctgccacgtaggattaatgagcaaatcgttccacgatggtctcgaaa-cgtggcacgatggtgggcttttc 4249859  T
Q  120 tgaaaccctaattctttgtctataaaagttagatgcgaccagaagtttagggtgcgatttgggagacctaaaaatagcatagacgacaccaggaagctaa 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||| |||||| |   ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |    
T  4249860 tgaaaccctaattctttgtctataaaagccagatgcgatcagaagcttagggggattttttggagacctaaacatagcatagacgacaccaggaagctga 4249959  T
Q  220 agaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctaatttatgtatgtt--ctattattctatgtatttaattgtttagttaggagtaactaaac 317  Q
    |||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||| |  ||||| ||||||| |||| ||||| |||||| ||||| ||||||    
T  4249960 agaacacgcattggatctcaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgctcactatt-ttctatgcatttgattgtgtagttatgagtagctaaac 4250058  T
Q  318 tcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatct-tttagcatgtaatttgttaagaacactctttgacgtcaatgaaaacctagtctttattc 416  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |  | |||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  4250059 tcttagattgattaagtcatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttgttaagtactctctttgacatcaatgaaaacctagtctttattc 4250158  T
Q  417 agaattat 424  Q
    ||||||||    
T  4250159 agaattat 4250166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 19 - 424
Target Start/End: Original strand, 28326816 - 28327224
Alignment:
Q  19 ataacgtgccacgatggtatcgtaactttgctgccacgtcaaattaatgaaggaatcgtgccacgatggacgcgaaaacgtggcacgatggtgaactttt 118  Q
    ||||||||||||||||||   |||| |||||||||||||   ||||||||   |||||||||||||||| | ||||| |||||||||||  ||  |||||    
T  28326816 ataacgtgccacgatggttgagtaaatttgctgccacgtaggattaatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaa-cgtggcacgattttgggctttt 28326914  T
Q  119 ctgaaaccctaattctttgtctataaaagttagatgcgaccagaagtttagggtg-cgatttgggagacctaaaaatagcatagacgacaccaggaagct 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  | |||||| | ||||   |||| | |||||| ||||||  ||| | |||||||| ||||||||||||||    
T  28326915 ctgaaaccctaattctttgtctataaaagcaaaatgcgatcggaaggagaggggggcgattttggagacaaaaacagagcatagaagacaccaggaagct 28327014  T
Q  218 aaa-gaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctaatttatgtatgttc--tattattctatgtatttaattgtttagttaggagtaacta 314  Q
    ||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||  |||| |||||||||||| |||||||||||| ||||| ||     
T  28327015 aaaagaacacgcattggatctcaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttcactatt-ttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctg 28327113  T
Q  315 aactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatct-tttagcatgtaatttgttaagaacactctttgacgtcaatgaaaacctagtcttta 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  | ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  28327114 aactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttgttaagaactctctttgacatcaatgaaaacctagtcttta 28327213  T
Q  414 ttcagaattat 424  Q
    |||||||||||    
T  28327214 ttcagaattat 28327224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 19 - 424
Target Start/End: Original strand, 28330141 - 28330549
Alignment:
Q  19 ataacgtgccacgatggtatcgtaactttgctgccacgtcaaattaatgaaggaatcgtgccacgatggacgcgaaaacgtggcacgatggtgaactttt 118  Q
    ||||||||||||||||||   |||| |||||||||||||   ||||||||   |||||||||||||||| | ||||| |||||||||||  ||  |||||    
T  28330141 ataacgtgccacgatggttgagtaaatttgctgccacgtaggattaatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaa-cgtggcacgattttgggctttt 28330239  T
Q  119 ctgaaaccctaattctttgtctataaaagttagatgcgaccagaagtttagggtg-cgatttgggagacctaaaaatagcatagacgacaccaggaagct 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  | |||||| | ||||   |||| | |||||| ||||||  ||| | |||||||| ||||||||||||||    
T  28330240 ctgaaaccctaattctttgtctataaaagcaaaatgcgatcggaaggagaggggggcgattttggagacaaaaacagagcatagaagacaccaggaagct 28330339  T
Q  218 aaa-gaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctaatttatgtatgttc--tattattctatgtatttaattgtttagttaggagtaacta 314  Q
    ||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||  |||| |||||||||||| |||||||||||| ||||| ||     
T  28330340 aaaagaacacgcattggatctcaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttcactatt-ttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctg 28330438  T
Q  315 aactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatct-tttagcatgtaatttgttaagaacactctttgacgtcaatgaaaacctagtcttta 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  | ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  28330439 aactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttgttaagaactctctttgacatcaatgaaaacctagtcttta 28330538  T
Q  414 ttcagaattat 424  Q
    |||||||||||    
T  28330539 ttcagaattat 28330549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 245 - 424
Target Start/End: Original strand, 3305449 - 3305630
Alignment:
Q  245 ctcatagttggttctaatttatgtatgttc--tattattctatgtatttaattgtttagttaggagtaactaaactcttagattgattaagccatgagat 342  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||||  |||| |||||||||||| |||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  3305449 ctcatagttggttctggtttatgtatgttcactatt-ttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctgaactcttagattgattaagccatgagat 3305547  T
Q  343 aaatctttgtgatct-tttagcatgtaatttgttaagaacactctttgacgtcaatgaaaacctagtctttattcagaattat 424  Q
     |||||||||||||| |  | ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3305548 gaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttgttaagaactctctttgacatcaatgaaaacctagtctttattcagaattat 3305630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 287 - 424
Target Start/End: Original strand, 27054514 - 27054651
Alignment:
Q  287 tatttaattgtttagttaggagtaactaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatcttttagcatgtaatttgttaagaacactct 386  Q
    ||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||| |||||||| ||||    
T  27054514 tatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgagcatgtaatttattaagaactctct 27054613  T
Q  387 ttgacgtcaatgaaaacctagtctttattcagaattat 424  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  27054614 ttgacatcaatgaaaacctagtcattattcagaattat 27054651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 195 - 294
Target Start/End: Original strand, 18551226 - 18551326
Alignment:
Q  195 agcatagacgacaccaggaagctaaagaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctaatttatgtatgttctatt-attctatgtatttaa 293  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||  |||||||| |||||    
T  18551226 agcatagacgacaccagaaagctgaagaacacgcagtggatatcacccaactcatagctgtttcaaatttatgtatgttctattgtttctatgtctttaa 18551325  T
Q  294 t 294  Q
    |    
T  18551326 t 18551326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 241 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 20537089 - 20536999
Alignment:
Q  241 ccaactcatagttggttctaatttatgtatgttctattatt--ctatgtatttaattgtttagttaggagtaactaaactcttagattgatt 330  Q
    |||||||||||||||| |  ||||||||||||| || | ||  |||||| | |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  20537089 ccaactcatagttggtccagatttatgtatgtt-tactcttgtctatgtttataattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgatt 20536999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 382 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 26822626 - 26822586
Alignment:
Q  382 actctttgacgtcaatgaaaacctagtctttattcagaatt 422  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  26822626 actctttgacatcaatgaaaacttagtctttattcagaatt 26822586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 320 - 422
Target Start/End: Original strand, 11270736 - 11270839
Alignment:
Q  320 ttagattgattaagccatgagataaatcttt-gtgatcttttagcatgtaatttgttaagaacactctttgacgtcaatgaaaacctagtctttattcag 418  Q
    ||||||||||| |||||||| || | ||||| || |||| |  ||||||||||| ||||| ||  |||||||  |||||||||||||| ||||||||||     
T  11270736 ttagattgattgagccatgaaatgagtcttttgtaatctatgggcatgtaatttattaagtactttctttgatatcaatgaaaacctattctttattcat 11270835  T
Q  419 aatt 422  Q
    ||||    
T  11270836 aatt 11270839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0911 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 1)
Name: scaffold0911
Description:

Target: scaffold0911; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 20 - 424
Target Start/End: Original strand, 3941 - 4345
Alignment:
Q  20 taacgtgccacgatggtatcgtaactttgctgccacgtcaaattaatgaaggaatcgtgccacgatggacgcgaaaacgtggcacgatggtgaacttttc 119  Q
    ||||| |||| |||||| | |||| |||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||  ||||||    
T  3941 taacgggccatgatggtttagtaaatttgctgcaacatcagattaatgaaggaatcgtgccacgatggacgtgaaa-cgtggcacgatggtgggcttttc 4039  T
Q  120 tgaaaccctaattctttgtctataaaagttagatgcgaccagaagtttagggtgcgatttgggagacctaaaaatagcatagacgacaccaggaagctaa 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||   |||||||| |||||| ||  || |   ||||| ||||||||| | |||||||||| ||||| ||||||||    
T  4040 tgaaaccctaattctttgtctataaaatccagatgcgatcagaagcttgaggggatttttgg-agacctaaacaaagcatagacggcaccaagaagctaa 4138  T
Q  220 agaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctaatttatgtatgttctatta-ttctatgtatttaattgtttagttaggagtaactaaact 318  Q
    ||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||  |||||| ||||||  | | |||||||||||| |||||||||||| |||   |||||||    
T  4139 agaacacgcagtggatctcgccaaactcatagttggttctggtttatgcatgttcgctaatttctatgtatttgattgtttagttatgagacgctaaact 4238  T
Q  319 cttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatct-tttagcatgtaatttgttaagaacactctttgacgtcaatgaaaacctagtctttattca 417  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |  | ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  4239 cttagatagattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttgttaagaactctctttgacatcaatgaaaacctagtctttattca 4338  T
Q  418 gaattat 424  Q
    |||||||    
T  4339 gaattat 4345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 182; Significance: 3e-98; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 20 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 30994469 - 30994209
Alignment:
Q  20 taacgtgccacgatggtatcgtaactttgctgccacgtcaaattaatgaaggaatcgtgccacgatggacgcgaaaacgtggcacgatggtgaacttttc 119  Q
    |||||| |||||||| | | |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||   |||||    
T  30994469 taacgtaccacgatgatttagtaaatttgctgccacgtcagattaatgaaggaatcgtgccacgatggacgcgaaa-cgtgccacgatggtgggattttc 30994371  T
Q  120 tgaaaccctaattctttgtctataaaagttagatgcgaccagaagtttagggtgcgatttgggagacctaaaaatagcatagacgacaccaggaagctaa 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||  ||||||| ||| ||||||||||||||    
T  30994370 tgaaaccctaattctttgtctataaaagtcagatgcgaccagaagcttagggtgcgattttggagacctaaacttagcataaacggcaccaggaagctaa 30994271  T
Q  220 agaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctaatttatgtatgttctattatt 281  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  30994270 agaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttctattatt 30994209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 20 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 38316791 - 38316385
Alignment:
Q  20 taacgtgccacgatggtatcgtaactttgctgccacgtcaaattaatgaaggaatcgtgccacgatggacgcgaaaacgtggcacgatggtgaacttttc 119  Q
    |||||||||||||||||   |||| ||||||||||| |   ||||||||   |||||||||| ||||| | ||||| ||||||||||||||| ||||| |    
T  38316791 taacgtgccacgatggttgagtaaatttgctgccacataggattaatgagcaaatcgtgccatgatggtctcgaaa-cgtggcacgatggtggacttt-c 38316694  T
Q  120 tgaaaccctaattctttgtctataaaagttagatgcgaccagaagttta--gggtgcgatttgggagacctaaaaatagcatagacgacaccaggaagct 217  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||| ||| || ||||||  || |  | ||||||||| |||||||||||   ||||||||| |||||||||||||    
T  38316693 tgaaaccctaattttgtgtctataaaagtcagaagcaaccagagattaaaggtgtgcgattttggagacctaaactgagcatagacaacaccaggaagct 38316594  T
Q  218 aaagaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctaatttatgtatgttctatta-ttctatgtatttaattgtttagttaggagtaactaaa 316  Q
     ||||||| || ||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||    
T  38316593 gaagaacatgcagtgcatctcacccaactcattgttggttctgatttatgtatgttctattatttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaa 38316494  T
Q  317 ctcttaga-ttgattaagccatgagataaatctttgtgatcttttagcatgtaatttgttaagaacactctttgacgtcaatgaaaacctagtctttatt 415  Q
    || ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| | | ||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  38316493 ctattagatttgattaagccatgagatgaatctttgtgatatgtgagcatgtaaattgttaagaactctctttgacatcaatgaaaacctagtctttatt 38316394  T
Q  416 cagaattat 424  Q
    |||||||||    
T  38316393 cagaattat 38316385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 19 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 40678518 - 40678110
Alignment:
Q  19 ataacgtgccacgatggtatcgtaactttgctgccacgtcaaattaatgaaggaatcgtgccacgatggacgcgaaaacgtggcacgatggtgaactttt 118  Q
    ||||||||||||||||||   |||| |||||||||||||   ||||||||   |||||||||||||||| | ||||| |||||||||||  ||  |||||    
T  40678518 ataacgtgccacgatggttgagtaaatttgctgccacgtaggattaatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaa-cgtggcacgattttgggctttt 40678420  T
Q  119 ctgaaaccctaattctttgtctataaaagttagatgcgaccagaagtttagggtg-cgatttgggagacctaaaaatagcatagacgacaccaggaagct 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  | |||||| | ||||   |||| | |||||| ||||||  ||| | |||||||| ||||||||||||||    
T  40678419 ctgaaaccctaattctttgtctataaaagcaaaatgcgatcggaaggagaggggggcgattttggagacaaaaacagagcatagaagacaccaggaagct 40678320  T
Q  218 aaa-gaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctaatttatgtatgttc--tattattctatgtatttaattgtttagttaggagtaacta 314  Q
    ||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||  |||| |||||||||||| |||||||||||| ||||| ||     
T  40678319 aaaagaacacgcattggatctcaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttcactatt-ttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctg 40678221  T
Q  315 aactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatct-tttagcatgtaatttgttaagaacactctttgacgtcaatgaaaacctagtcttta 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  | ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  40678220 aactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttgttaagaactctctttgacatcaatgaaaacctagtcttta 40678121  T
Q  414 ttcagaattat 424  Q
    |||||||||||    
T  40678120 ttcagaattat 40678110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 72 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 9748287 - 9748060
Alignment:
Q  72 aatcgtgccacgatggacgcgaaaacgtggcacgatggtgaacttttctgaaaccctaattctttgtctataaaagttagatgcgaccagaagtttaggg 171  Q
    |||||| ||||||||| | ||||| |||||||||||||||  |||| |||||||||||||| | ||||||||||||          ||||||| || |||    
T  9748287 aatcgttccacgatggtctcgaaa-cgtggcacgatggtgggcttt-ctgaaaccctaattttgtgtctataaaag----------ccagaagcttgggg 9748200  T
Q  172 tgcgatttgggagacctaaaaatagcatagacgacaccaggaagctaaagaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctaatttatgtatg 271  Q
    |||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||| ||||  ||||||||||    
T  9748199 tgcgattttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaagttgaagaacacgcgttggatctcaccaaactcctagttgattctggtttatgtatg 9748100  T
Q  272 ttc--tattattctatgtatttaattgtttagttaggagta 310  Q
    |||  |||| |||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  9748099 ttcattatt-ttctatgtatttgattgtttagttatgagta 9748060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 230 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 32074861 - 32074808
Alignment:
Q  230 gtggatctcac-ccaactcatagttggttctaatttatgtatgttctattattc 282  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||  |||||||    
T  32074861 gtggatctcacaccaactcatagttggttccaatttatgcatgtttcattattc 32074808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0043 (Bit Score: 167; Significance: 3e-89; HSPs: 1)
Name: scaffold0043
Description:

Target: scaffold0043; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 114 - 424
Target Start/End: Original strand, 13060 - 13372
Alignment:
Q  114 cttttctgaaaccctaattctttgtctataaaagttagatgcgaccagaagtttagggtgcgatttgggagacctaaaaatagcatagacgacaccagga 213  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||| || | | ||||||| ||||||||||| | |||||||||| ||||||||    
T  13060 cttttctaaaaccctaattctttgtctataaaagccagatgcgatcagaagcttggtgggcgatttaggagacctaaacagagcatagacggcaccagga 13159  T
Q  214 agctaaagaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctaatttatgtatgttc--tattattctatgtatttaattgtttagttaggagtaa 311  Q
    |||  ||||||||||  ||||||||||| ||||||| |||||||||  |||||||||||||  |||| || ||||||||| |||||||||||| |||||     
T  13160 agccgaagaacacgcattggatctcaccaaactcattgttggttctggtttatgtatgttcattatt-ttatatgtatttgattgtttagttatgagtag 13258  T
Q  312 ctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatct-tttagcatgtaatttgttaagaacactctttgacgtcaatgaaaacctagtct 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  | ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  13259 ctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttgttaagaactctctttgacatcaatgaaaacctagtct 13358  T
Q  411 ttattcagaattat 424  Q
    ||||||||||||||    
T  13359 ttattcagaattat 13372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0637 (Bit Score: 151; Significance: 9e-80; HSPs: 5)
Name: scaffold0637
Description:

Target: scaffold0637; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 9e-80
Query Start/End: Original strand, 72 - 412
Target Start/End: Original strand, 1688 - 2027
Alignment:
Q  72 aatcgtgccacgatggacgcgaaaacgtggcacgatggtgaacttttctgaaaccctaattctttgtctataaaagttagatgcgaccagaagtttagg- 170  Q
    |||||||||| ||||| | ||||| |||||||||||||||  ||||  ||||||||||||| ||| ||||| ||||  ||| ||||||||| | |||||     
T  1688 aatcgtgccatgatggtctcgaaa-cgtggcacgatggtgggcttta-tgaaaccctaattttttttctatgaaagccagaagcgaccaga-gattaggt 1784  T
Q  171 gtgcgatttgggagacctaaaaatagcatagacgacaccaggaagctaaagaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctaatttatgtat 270  Q
    ||||||||| ||||||||||| | |||| |||||| ||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||| |||||| | ||||| ||||    
T  1785 gtgcgattttggagacctaaacagagcagagacgataccaggaagctaaagaacacgcaatggatttcacccaactcataattggttttgatttaagtat 1884  T
Q  271 gttctattatt-ctatgtatttaattgtttagttaggagtaactaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatcttttagcatgtaa 369  Q
    ||||||||||| ||||| |||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||| | |||||||||    
T  1885 gttctattatttctatgcatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgatgaagccatgagatgaatctttatgatctgtgagcatgtaa 1984  T
Q  370 tttgttaagaacactctttgacgtcaatgaaaacctagtcttt 412  Q
    |||||||||||| ||||||||| | |||||||||||| |||||    
T  1985 tttgttaagaactctctttgacataaatgaaaacctattcttt 2027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0637; HSP #2
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 72 - 303
Target Start/End: Original strand, 1418 - 1648
Alignment:
Q  72 aatcgtgccacgatggacgcgaaaacgtggcacgatggtgaacttttctgaaaccctaattctttgtctataaaagttagatgcgaccagaagtttagg- 170  Q
    |||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||   |||| ||||||||||||| | ||||||||||||  ||| ||||||||| | |||||     
T  1418 aatcgtgccacgatggtctc-aaaacgtggcacgatggtggg-ttttatgaaaccctaattttgtgtctataaaagccagaagcgaccaga-gattaggt 1514  T
Q  171 gtgcgatttgggagacctaaaaatagcatagacgacaccaggaagctaaagaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctaatttatgtat 270  Q
    ||||||||| | |||||||||   ||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||| |||||||||| |||||||||| | |||| |||||    
T  1515 gtgcgatttcgaagacctaaaccgagcatagacgacaccaggaagctgaagaacacgcaatggatttcacccaacttatagttggttttgatttgtgtat 1614  T
Q  271 gttctatta-ttctatgtatttaattgtttagtt 303  Q
    ||||||||| ||||||| |||| |||||||||||    
T  1615 gttctattatttctatgcatttgattgtttagtt 1648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0637; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 20 - 303
Target Start/End: Original strand, 556 - 838
Alignment:
Q  20 taacgtgccacgatggtatcgtaactttgctgccacgtcaaattaatgaaggaatcgtgccacgatggacgcgaaaacgtggcacgatggtgaacttttc 119  Q
    |||||||||| ||||||   |||| ||| |||||||||   |||||||| | | |||||||||||||| | | |||||||||||||||||||  ||||      
T  556 taacgtgccatgatggttgagtaaatttactgccacgtaggattaatgaggaactcgtgccacgatggtctc-aaaacgtggcacgatggtgggcttta- 653  T
Q  120 tgaaaccctaattctttgtctataaaagttagatgcgaccagaagtttagg-gtgcgatttgggagacctaaaaatagcatagacgacaccaggaagcta 218  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||  ||| |  |||||| | ||||| ||||||||| ||||||||||| | |||||| |||||||||||| |||     
T  654 tgaaaccctaattttgtgtctataaaagccagaagaaaccaga-gattaggtgtgcgattttggagacctaaagagagcataaacgacaccaggaggctg 752  T
Q  219 aagaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctaatttatgtatgttctatta-ttctatgtatttaattgtttagtt 303  Q
    ||||||||||  ||||| |||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||| ||| ||| |||| |||||||||||    
T  753 aagaacacgcaatggatttcacccaactcaaagttggttttgatttatgtatgttctattatttccatgcatttgattgtttagtt 838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0637; HSP #4
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 72 - 303
Target Start/End: Original strand, 878 - 1108
Alignment:
Q  72 aatcgtgccacgatggacgcgaaaacgtggcacgatggtgaacttttctgaaaccctaattctttgtctataaaagttagatgcgaccagaagtttagg- 170  Q
    |||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||   |||| ||||||||||||| | ||||||||||||  ||| | ||||||| | |||||     
T  878 aatcgtgccacgatggtctcgaaa-cgtggcacgatggtggg-ttttatgaaaccctaattttgtgtctataaaagccagaagggaccaga-gattaggt 974  T
Q  171 gtgcgatttgggagacctaaaaatagcatagacgacaccaggaagctaaagaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctaatttatgtat 270  Q
    ||||||||| ||||||||||| | ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||  ||||| |||||||||| |||||||||| | ||||||||||    
T  975 gtgcgattttggagacctaaacagagcatggacgacactaggaagctgaagaacacgcaatggatttcacccaacttatagttggttttgatttatgtat 1074  T
Q  271 gttctatta-ttctatgtatttaattgtttagtt 303  Q
    ||||||||| || |||| |||| |||||||||||    
T  1075 gttctattatttttatgcatttgattgtttagtt 1108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0637; HSP #5
Raw Score: 84; E-Value: 9e-40
Query Start/End: Original strand, 74 - 303
Target Start/End: Original strand, 1150 - 1378
Alignment:
Q  74 tcgtgccacgatggacgcgaaaacgtggcacgatggtgaacttttctgaaaccctaattctttgtctataaaagttagatgcgaccagaagtttagg-gt 172  Q
    |||||||||||||| | | |||||||||||||||||||  ||||  ||||||| ||||| | ||||||||||||  ||| ||||||||| | ||||| ||    
T  1150 tcgtgccacgatggtctc-aaaacgtggcacgatggtgggcttta-tgaaaccttaattttgtgtctataaaagccagaagcgaccaga-gattaggtgt 1246  T
Q  173 gcgatttgggagacctaaaaatagcatagacgacaccaggaagctaaagaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctaatttatgtatgt 272  Q
    ||||||| ||||||||||| | |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||  | ||| ||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||    
T  1247 gcgattttggagacctaaatagagcatagacgacactaggaagctgaagaatacgcaatagatttcacccaactcgtagttggttttgatttatgtatgt 1346  T
Q  273 tctatta-ttctatgtatttaattgtttagtt 303  Q
    ||||||| ||||||| |||| |||||||||||    
T  1347 tctattatttctatgcatttgattgtttagtt 1378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0401 (Bit Score: 145; Significance: 4e-76; HSPs: 1)
Name: scaffold0401
Description:

Target: scaffold0401; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 20 - 424
Target Start/End: Original strand, 3635 - 4039
Alignment:
Q  20 taacgtgccacgatggtatcgtaactttgctgccacgtcaaattaatgaaggaatcgtgccacgatggacgcgaaaacgtggcacgatggtgaacttttc 119  Q
    |||||||||||||||||   |||| |||||| ||||||   ||||||||   ||| ||||||| |||| |  | ||||||||||||||||||  | ||||    
T  3635 taacgtgccacgatggttgagtaaatttgctaccacgtaggattaatgagaaaattgtgccacaatggtcttg-aaacgtggcacgatggtgggc-tttc 3732  T
Q  120 tgaaaccctaattctttgtctataaaagttagatgcgaccagaagtttagggtgcgatttgggagacctaaaaatagcatagacgacaccaggaagctaa 219  Q
    ||||||||||||| | ||||||| ||||  ||| ||| ||| ||| ||  || ||||||| ||||||||||| | ||  |||||||| |||||||||  |    
T  3733 tgaaaccctaattttgtgtctattaaagccagaagcggccaaaagcttgcggggcgattttggagacctaaatagagtgtagacgacgccaggaagccga 3832  T
Q  220 agaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctaatttatgtatgtt--ctattattctatgtatttaattgtttagttaggagtaactaaac 317  Q
    |||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||  ||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||    
T  3833 agaacacgcattggatctcaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgtttactatt-ttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaac 3931  T
Q  318 tcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatct-tttagcatgtaatttgttaagaacactctttgacgtcaatgaaaacctagtctttattc 416  Q
    ||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||| | |  | ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  3932 tcttagattaattaagccatgagaagaatctttgtgatatgtaaaccatgtaatttgttaagaactctctttgacatcaatgaaaacctagtctttattc 4031  T
Q  417 agaattat 424  Q
    ||||||||    
T  4032 agaattat 4039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 49; Significance: 7e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 230 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 468979 - 468871
Alignment:
Q  230 gtggatctcac-ccaactcatagttggttctaatttatgtatgttctattatt-ctatgtatttaattgt-ttagttaggagtaactaaactcttagatt 326  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||| ||||||  |||||||| ||||||| ||||| |||| || |||||||    
T  468979 gtggatctcacaccaactcatagttggtcctgatttatgtatgttttattattcctatgttgttaattgtcttagttaagagtagctaagcttttagatt 468880  T
Q  327 gattaagcc 335  Q
    |||||||||    
T  468879 gattaagcc 468871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University