View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2742_high_3 (Length: 747)

Name: NF2742_high_3
Description: NF2742
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2742_high_3
NF2742_high_3
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (1-728)||(31056242-31056969)
chr7 (47-680)||(31100728-31101356)
chr7 (208-719)||(31138264-31138772)
chr7 (170-719)||(31181944-31182487)
chr7 (39-151)||(31181799-31181913)
chr7 (205-466)||(31213668-31213923)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 712; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 712; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 728
Target Start/End: Original strand, 31056242 - 31056969
Alignment:
Q  1 acatatagccacgtgattattgtttgtttactttaagctcaaacttatatatacagatctgtgaaaaatttgtaaatcatccaccaatattgattaaaaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31056242 acatatagccacgtgattattgtttgtttgctttaagctcaaacttatatatacagatctgtgaaaaatttgtaaatcatccaccaatattgattaaaaa 31056341  T
Q  101 taaatccagctacttgaatgatggtactacccacgttgatcatgattctgtgtgtccttccaacactctctgttgctgaagatagtgaagcaaaattagc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31056342 taaatccagctacttgaatgatggtactacccacgttgatcatgattctgtgtgtccttccaacactctctgttgctgaagatagtgaagcaaaattagc 31056441  T
Q  201 actattgaaatggaaagatagctttgacgaccaaagtcaaactctcttgtcaacttggaaaaataacacaaatccatgcaaacccaaatggagaggaatt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31056442 actattgaaatggaaagatagctttgacgaccaaagtcaaactctcttgtcaacttggaaaaataacacaaatccatgcaaacccaaatggagaggaatt 31056541  T
Q  301 aagtgtgacaaatccaatttcatttctaccataggtcttgcaaatttaggattaaaaggtacacttcactctctcaccttctcttcatttcccaacctcc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31056542 aagtgtgacaaatccaatttcatttctaccataggtcttgcaaatttaggattaaaaggtacacttcactctctcaccttctcttcatttcccaacctcc 31056641  T
Q  401 ttatcatagacatcagtaacaactccttttatggaaccatccccgcacagattggtaacatgtcaaacataagtattttgacttttaaaaataattattt 500  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31056642 ttatgatagacatccgtaacaactccttttatggaaccatccccgcacagattggtaacttgtcaaacataagtattttgacttttaaaaataattattt 31056741  T
Q  501 tgatggttccatcccccaagaaatgtgtacattaacaggtttacaattccttgatatttccttttgtaaattaaatggagcaattcctaaatccatagga 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31056742 tgatggttccatcccccaagaaatgtgtacattaacaggtttacaattccttgatatttccttttgtaaattaaatggagcaattcctaaatccatagga 31056841  T
Q  601 aacttaaccaacctatcatatcttattttaggaggcaacaattggtctggtggacctattcctcctgagattggtaaattaaacaatttattgcatcttg 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31056842 aacttaaccaacctatcatatcttattttaggaggcaacaattggtctggtggacctattcctcctgagattggtaaattaaacaatttattgcatcttg 31056941  T
Q  701 caattcaaaaaagtaacctagtcggttc 728  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  31056942 caattcaaaaaagtaacctagtcggttc 31056969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 47 - 680
Target Start/End: Original strand, 31100728 - 31101356
Alignment:
Q  47 atatatacagatctgtgaaaaatttgtaaatcatccaccaatattgattaaaaataaatccagctacttgaatgatggtactacccacgttgatca---t 143  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||| ||| | ||||| |||||| |||| ||||     | ||||| | ||| ||||||||||||||||| ||||   |    
T  31100728 atatatacagatccgtgaataatttgcaaaccttccactaatatttattataaat-----ctgctacatcaataatggtactacccacgttcatcatcat 31100822  T
Q  144 gattctgtgtgtccttccaacactctctgttgctgaagatagtgaagcaaaattagcactattgaaatggaaagatagctttgacgaccaaagtcaaact 243  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||| |||||||||||| |    
T  31100823 gattctgtgtgtccttccaacactttctgtggctgaagacagtgaagcaaaattagcactcttaaaatggaaagctagctttgacaaccaaagtcaaagt 31100922  T
Q  244 ctcttgtcaacttggaaaaataacacaaatccatgcaaacccaaatggagaggaattaagtgtgacaaatccaatttcatttctaccataggtcttgcaa 343  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  31100923 atcttgtcaacttggaaaaataccacaaatccatgca---gcaaatggagaggaattgagtgtgacaaatccaatctcatttctaccatagatcttgcaa 31101019  T
Q  344 atttaggattaaaaggtacacttcactctctcaccttctcttcatttcccaacctccttatcatagacatcagtaacaactccttttatggaaccatccc 443  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | | | || | |||  |||||||  ||||||||||||||| ||    
T  31101020 atttaggactaaaaggtacacttcactctctcaccttctcttcattccccaacctcataaccctaaatatctataacaaccacttttatggaaccattcc 31101119  T
Q  444 cgcacagattggtaacatgtcaaacataagtattttgacttttaaaaataattattttgatggttccatcccccaagaaatgtgtacattaacaggttta 543  Q
      |||| || |||||| ||||||  |||| ||  |||| ||||  ||| |||  | ||  |||||||||||| ||||||||||  ||||| |   |||||    
T  31101120 tccacaaataggtaacttgtcaagaataaatacattgaatttttcaaaaaatcctattattggttccatccctcaagaaatgtacacattgaggagttta 31101219  T
Q  544 caattccttgatatttccttttgtaaattaaatggagcaattcctaaatccataggaaacttaaccaacctatcatatcttattttaggaggcaacaatt 643  Q
     ||  ||||||| ||| |||||||| | ||| ||||| ||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||   ||||||||| |||||||    
T  31101220 aaaggccttgattttttcttttgtacactaagtggagaaattgataaatccataggaaatttaaccaacctatcatatctagatttaggaggtaacaatt 31101319  T
Q  644 ggtctggtggacctattcctcctgagattggtaaatt 680  Q
      |||||||| || ||||||||||||||||| |||||    
T  31101320 tttctggtggtcccattcctcctgagattggaaaatt 31101356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 118; E-Value: 8e-60
Query Start/End: Original strand, 208 - 719
Target Start/End: Original strand, 31138264 - 31138772
Alignment:
Q  208 aaatggaaagatagctttgacgaccaaagtcaaactctcttgtcaacttggaaaaataacacaaatccatgcaaacccaaatggagaggaattaagtgtg 307  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||| ||  |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||   | ||||||| |||||||   ||||    
T  31138264 aaatggaaacatagctttgacaaccaaagccagtctctcttgtcaacttggaaaaataccacaaatacatgca---caaaatggaaaggaattttttgtg 31138360  T
Q  308 acaaatccaatttcatttctaccataggtcttgcaaatttaggattaaaaggtacacttcactctctcaccttctcttcatttcccaacctccttatcat 407  Q
    |||| || || | |||||||||||||   |||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||  | || ||||  |   |    
T  31138361 acaactcgaaatccatttctaccataaaccttgaaaattttggactaaaaggtacacttcactctctcactttttcttcattctcaaatctccaaacact 31138460  T
Q  408 agacatcagtaacaactccttttatggaaccatccccgcacagattggtaacatgtcaaacataagtattttgacttttaaaaataattattttgatggt 507  Q
    | ||||    || |||| ||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| ||||| |||| ||  |||| ||||      |||  | ||||||||    
T  31138461 aaacatttacaataactacttttatggaaccattcccccacaaattggtaacatctcaaaaataaatacattgaatttttctctaaatcctattgatggt 31138560  T
Q  508 tccatcccccaagaaatgtgtacattaacaggtttacaattccttgatatttccttttgtaaattaaatggagcaattcctaaatccataggaaacttaa 607  Q
    |||||||| ||||||||||  ||||||| | ||||||||    ||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||     
T  31138561 tccatccctcaagaaatgttcacattaaaaagtttacaaaatattgatttttccttttgtaaactaagtggagcaattcctaattccataggaaatttat 31138660  T
Q  608 ccaacctatcatatcttattttaggaggcaacaattggtctggtggacctattcctcctgagattggtaaattaaacaatttattgcatcttgcaattca 707  Q
    |||||||||  |||||   |||||||||||||||||    |||    |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| |  |||  |||||||    
T  31138661 ccaacctattgtatctagatttaggaggcaacaatttcgttggcactcctattcctcctgagattggaaaattgaacaaattatggtttctatcaattca 31138760  T
Q  708 aaaaagtaacct 719  Q
    |||| |||||||    
T  31138761 aaaatgtaacct 31138772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 103; E-Value: 7e-51
Query Start/End: Original strand, 170 - 719
Target Start/End: Original strand, 31181944 - 31182487
Alignment:
Q  170 ctgttgctgaagatagtgaagcaaaattagcactattgaaatggaaagatagctttgacgaccaaagtcaaactctcttgtcaacttggaaaaataacac 269  Q
    |||| ||| |||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||| | | ||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||    
T  31181944 ctgtagctcaagacagtgaagcaaaatcagcactattaaaatggaaaaatagctttgacaatccaagtcaagctctcttgccaacttggaaaaataccac 31182043  T
Q  270 aaatccatgcaaacccaaatggagaggaattaagtgtgacaaatccaatttcatttctaccataggtcttgcaaatttaggattaaaaggtacacttcac 369  Q
    |||||||||      || ||||  ||||||| | |||||||| |||||||  ||| ||||||||   |||| || ||||||| |||||||||||||||||    
T  31182044 aaatccatg------cagatggcaaggaattcattgtgacaagtccaattcaattactaccataaaccttgaaagtttaggactaaaaggtacacttcac 31182137  T
Q  370 tctctcaccttctcttcatttcccaacctccttatcatagacatcagtaacaactccttttatggaaccatccccgcacagattggtaacatgtcaaaca 469  Q
    |||||||| || ||||||||  | ||||||   | | || | |||  | | |||  ||||||||||||||| ||  |||| ||||||||| | ||||| |    
T  31182138 tctctcacattttcttcattcacaaacctcacaaccctaaatatctatgataacaacttttatggaaccattcctccacaaattggtaacctctcaaaaa 31182237  T
Q  470 taagtattttgacttttaaaaataattattttgatggttccatcccccaagaaatgtgtacattaacaggtttacaattccttgatatttccttttgtaa 569  Q
    ||| |   |||| ||||      |||  | |||||||||||||||| ||||||||||  || |||| | ||||||||    ||||| |||  | ||||||    
T  31182238 taaattcattgaatttttctcgaaatcctattgatggttccatccctcaagaaatgttcaccttaaaaagtttacaaaatattgattttttgtattgtaa 31182337  T
Q  570 attaaatggagcaattcctaaatccataggaaacttaaccaacctatcatatcttattttaggaggcaacaattggtctggtggacctattcctcctgag 669  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||  |||||   |||||||||||||||||    |||    ||||||||||||| |    
T  31182338 attaagtggagcaattcctaattccataggaaatttaaccaacctattgtatctagatttaggaggcaacaatttcgttggcactcctattcctcctgtg 31182437  T
Q  670 attggtaaattaaacaatttattgcatcttgcaattcaaaaaagtaacct 719  Q
    ||||| ||||| ||||| |||| |  |||  ||||||||||| |||||||    
T  31182438 attggaaaattgaacaaattatggtttctatcaattcaaaaatgtaacct 31182487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 39 - 151
Target Start/End: Original strand, 31181799 - 31181913
Alignment:
Q  39 tcaaacttata--tatacagatctgtgaaaaatttgtaaatcatccaccaatattgattaaaaataaatccagctacttgaatgatggtactacccacgt 136  Q
    |||||||||||  ||||||||||  |||||||||  ||||||||| | ||||||| |||| |||  |||||| |||||||||| |||| |||| |||| |    
T  31181799 tcaaacttataaatatacagatccctgaaaaattcataaatcatctaacaatattcattagaaaacaatccatctacttgaataatggcactatccacat 31181898  T
Q  137 tgatcatgattctgt 151  Q
    | |||||||||||||    
T  31181899 tcatcatgattctgt 31181913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 205 - 466
Target Start/End: Original strand, 31213668 - 31213923
Alignment:
Q  205 ttgaaatggaaagatagctttgacgaccaaagtcaaactctcttgtcaacttggaaaaataacacaaatccatgcaaacccaaatggagaggaattaagt 304  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| || ||| ||||  |||||||||||| ||  |  || | |||||||||       |||  ||||||| | |    
T  31213668 ttgaaatggaaagatagctttgacaaccacagccaagctctgctgtcaacttggacaagaactacgagtccatgcaac------tgggaaggaattcaat 31213761  T
Q  305 gtgacaaatccaatttcatttctaccataggtcttgcaaatttaggattaaaaggtacacttcactctctcaccttctcttcatttcccaacctccttat 404  Q
    ||||||||||||| | ||| |||||||||  |||||||||||  ||| ||||||||| ||| ||| |||| |  ||||| ||||| ||||||||||| ||    
T  31213762 gtgacaaatccaaatccatctctaccataaatcttgcaaattatggactaaaaggtaaactccacactcttagtttctcatcattccccaacctcctcat 31213861  T
Q  405 catagacatcagtaacaactccttttatggaaccatccccgcacagattggtaacatgtcaa 466  Q
    | || | |||   ||||||  ||||||||| ||||| ||  |||| || |||||| ||||||    
T  31213862 cctaaatatcttcaacaacaacttttatgggaccattcctccacaaataggtaacttgtcaa 31213923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University