View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2744_low_11 (Length: 255)

Name: NF2744_low_11
Description: NF2744
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2744_low_11
NF2744_low_11
[»] chr8 (16 HSPs)
chr8 (14-212)||(4746053-4746251)
chr8 (13-229)||(4726717-4726933)
chr8 (14-229)||(4737274-4737490)
chr8 (14-178)||(4689501-4689665)
chr8 (14-229)||(4996924-4997140)
chr8 (14-229)||(4775937-4776157)
chr8 (14-229)||(10447863-10448073)
chr8 (13-237)||(4681922-4682147)
chr8 (13-229)||(4900473-4900690)
chr8 (13-176)||(4923585-4923745)
chr8 (14-229)||(4912879-4913093)
chr8 (13-178)||(4716045-4716207)
chr8 (14-191)||(4889458-4889632)
chr8 (13-229)||(21438819-21439039)
chr8 (15-223)||(4704011-4704220)
chr8 (18-134)||(4874756-4874872)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 151; Significance: 5e-80; HSPs: 16)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 14 - 212
Target Start/End: Original strand, 4746053 - 4746251
Alignment:
Q  14 aataccaaatacaagttgatactatgacaaacatcaagaatgcttatggggtggcgagaaattggcaaggagatccatgtggtcctgtgaagtatatgtg 113  Q
    ||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||     
T  4746053 aatacgaaatactagttgatactatcacaaacatcaagaatgcttatggggttgcgagaaattggcaaggagatccatgtggtcctgtgcagtatatgta 4746152  T
Q  114 ggaaggcctaaactgcagtattgatgatggaaataaccccccaagaatcacatctttgtaagtttgtaattccttaaagcatatgcataaattcaaaaa 212  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  4746153 ggaatgcctaaactgcagtattgatggtggaaataaccccccaagaatcacatatttgtaagtttataattccttcaaccatatgcataaattcaaaaa 4746251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 13 - 229
Target Start/End: Original strand, 4726717 - 4726933
Alignment:
Q  13 gaataccaaatacaagttgatactatgacaaacatcaagaatgcttatggggtggcgagaaattggcaaggagatccatgtggtcctgtgaagtatatgt 112  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  4726717 gaataccgaatacaagttgatactatgacaaacatcaagaatgcttatggggtgactaggaattggcagggagatccatgtggtcccgtgaaatatatgt 4726816  T
Q  113 gggaaggcctaaactgcagtattgatgatggaaataaccccccaagaatcacatctttgtaagtttgtaattccttaaagcatatgcataaattcaaaaa 212  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||| || ||||||||||| |||  || |||| ||||||||||||||| ||||    
T  4726817 gggaaggcttaaactgcagtattgatggtggaaataaccccaaaagaatcatatatttgtaagtttataaaaccataaaccatatgcataaattccaaaa 4726916  T
Q  213 cttaaattatcctctga 229  Q
    ||| |||||||||||||    
T  4726917 ctttaattatcctctga 4726933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 14 - 229
Target Start/End: Original strand, 4737274 - 4737490
Alignment:
Q  14 aataccaaatacaagttgatactatgacaaacatcaagaatgcttatggggtggcgagaaattggcaaggagatccatgtggtcctgtgaagtatatgtg 113  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||| || |||||    
T  4737274 aatactaaataccagttgatactatgacaaacatcaagaatgcttatggtgtggcaagaaattggcaaggagatccatgtgcccctgtgaattacatgtg 4737373  T
Q  114 ggaaggcctaaactgcagtattgatgatggaaataaccccccaagaatcacatctttgtaagtttgtaattccttaaag----catatgcataaattcaa 209  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||   | ||||||   ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     |||||||||||||||||    
T  4737374 ggaaggcctaaactgtagtagtgatg---gcaataacattccaagaatcacatctttgtaagtttataattccttaaataaaccatatgcataaattcaa 4737470  T
Q  210 aaacttaaattatcctctga 229  Q
    |||||| |||||||||||||    
T  4737471 aaacttcaattatcctctga 4737490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 14 - 178
Target Start/End: Original strand, 4689501 - 4689665
Alignment:
Q  14 aataccaaatacaagttgatactatgacaaacatcaagaatgcttatggggtggcgagaaattggcaaggagatccatgtggtcctgtgaagtatatgtg 113  Q
    |||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4689501 aataccaaatactagttgatactattacaaacattaagaaggcctatggagtggctagaaattggcaaggagatccatgtggtcctgtgaattatatgtg 4689600  T
Q  114 ggaaggcctaaactgcagtattgatgatggaaataaccccccaagaatcacatctttgtaagttt 178  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4689601 ggaaggcctaaattgtagtattgatgatgccaataaccccccaagaatcacatctttgtaagttt 4689665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 14 - 229
Target Start/End: Original strand, 4996924 - 4997140
Alignment:
Q  14 aataccaaatacaagttgatactatgacaaacatcaagaatgcttatggggtggcgagaaattggcaaggagatccatgtggtcctgtgaagtatatgtg 113  Q
    ||||| |||||| |||||||||||| | ||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||    
T  4996924 aatactaaatactagttgatactatcataaacatcaagaacacttatggggtggctagaaattggcaaggagatccatgtgcccctgtgaattatatgtg 4997023  T
Q  114 ggaaggcctaaactgcagtattgatgatggaaataaccccccaagaatcacatctttgtaagtttgtaattccttaaag----catatgcataaattcaa 209  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||   | ||||||  ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||     |||||||||||||||||    
T  4997024 ggaaggcctaaactgcagtcttgatg---gcaataacatcccaagaatcacatctttgtaggtttataattccttaaataaaccatatgcataaattcaa 4997120  T
Q  210 aaacttaaattatcctctga 229  Q
    |||||| |||||||||||||    
T  4997121 aaacttgaattatcctctga 4997140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 14 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 4776157 - 4775937
Alignment:
Q  14 aataccaaatacaagttgatactatgacaaacatcaagaatgcttatggggtggcgagaaattggcaaggagatccatgtggtcctgtgaagtatatgtg 113  Q
    ||||| |||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||    
T  4776157 aatacaaaatactagttgataatatcacaaacatcaagaatgcttatggagtgactagaaattggcaaggagatccatgtgcccctgtgaattatatgtg 4776058  T
Q  114 ggaaggcctaaactgcagtattgatgatggaaataaccccccaagaatcacatctttgtaagtttgtaattccttaaag----catatgcataaatt-ca 208  Q
    ||||||||||||||| || | ||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||     |||||||||||||| ||    
T  4776057 ggaaggcctaaactgtagcactgatgatgacaataatcccccaagaatcacatctttgtaagtttacaatcccttaaattaaccatatgcataaatttca 4775958  T
Q  209 aaaacttaaattatcctctga 229  Q
    ||||||| |||||||||||||    
T  4775957 aaaactttaattatcctctga 4775937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 14 - 229
Target Start/End: Original strand, 10447863 - 10448073
Alignment:
Q  14 aataccaaatacaagttgatactatgacaaacatcaagaatgcttatggggtggcgagaaattggcaaggagatccatgtggtcctgtgaagtatatgtg 113  Q
    |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  10447863 aataccaaatactagttgatactatcacaaacatcaagaatgcttatgggatggctagaaattggaatggagatccatgtggtccagtgaagtatatgtg 10447962  T
Q  114 ggaaggcctaaactgcagtattgatgatggaaataaccccccaagaatcacatctttgtaagtttgtaattccttaaagcatatgcataaattcaaaaac 213  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||   | ||||||   | |||||||||||||||||||||||  |||  ||||||  |||| |||||||||||||||    
T  10447963 ggaaggcctaaactgtagtattgatg---gcaataacattcaaagaatcacatctttgtaagtttagaatcacttaaa--atatacataaattcaaaaac 10448057  T
Q  214 ttaaattatcctctga 229  Q
    || |||| ||||||||    
T  10448058 tttaattgtcctctga 10448073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 13 - 237
Target Start/End: Original strand, 4681922 - 4682147
Alignment:
Q  13 gaataccaaatacaagttgatactatgacaaacatcaagaatgcttatggggtggcgagaaattggcaaggagatccatgtggtcctgtgaagtatatgt 112  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || || |||||||    
T  4681922 gaatacgaaatactagttgatactatgagaaacatcaagaaggcctatggggtggctagaaattggcagggagatccatgtggtccagtaaactatatgt 4682021  T
Q  113 gggaaggcctaaactgcagtattgatgatggaaataaccccccaagaatcacatctttgtaagtttgtaattcct----taaagcatatgcataaattca 208  Q
    |||||||||||||||||||| |   |||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||  ||| |||    |||| ||||||||||||||||    
T  4682022 gggaaggcctaaactgcagtct---tgatggcaataacatcccaagaatcacatctttgtaagtttacaatcccttaaataaatcatatgcataaattca 4682118  T
Q  209 aaaacttaaattatcctctgatgctatat 237  Q
    ||||||| || |||||||| ||| |||||    
T  4682119 aaaacttcaagtatcctctaatgttatat 4682147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 13 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 4900690 - 4900473
Alignment:
Q  13 gaataccaaatacaagttgatactatgacaaacatcaagaatgcttatggggtggcgagaaattggcaaggagatccatgtggtcctgtgaagtatatgt 112  Q
    ||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4900690 gaataccaaatgctagttgatactatcacaaacatcaaggatgcttatggggtggctagaaattggcaaggagatccatgtggtcctgtgaaatatatgt 4900591  T
Q  113 gggaaggcctaaactgcagtattgatgatggaaataaccccccaagaatcacatctttgtaagtttgtaattccttaaagca----tatgcataaattca 208  Q
    |||||| ||||||||| |||||   ||||||  ||| |   |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||  |    ||||||||| ||||    
T  4900590 gggaagtcctaaactgtagtat---tgatggctatagcattccaagaatcacatctttgtaagtttacaattccttaaataaactgtatgcataacttca 4900494  T
Q  209 aaaacttaaattatcctctga 229  Q
    ||||||| |||| | ||||||    
T  4900493 aaaacttcaattgtgctctga 4900473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 13 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 4923745 - 4923585
Alignment:
Q  13 gaataccaaatacaagttgatactatgacaaacatcaagaatgcttatggggtggcgagaaattggcaaggagatccatgtggtcctgtgaagtatatgt 112  Q
    |||||| | |||| |||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  4923745 gaatacaatatactagttgatactatcacaaacatcaagaagacttatggggtggctaaaaattggcaaggagatccatgtggccctgtgaagtatatat 4923646  T
Q  113 gggaaggcctaaactgcagtattgatgatggaaataaccccccaagaatcacatctttgtaagt 176  Q
    |||||||||||||||||||    | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4923645 gggaaggcctaaactgcag---cgttgatggatataaccccccaagaatcacatctttgtaagt 4923585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 14 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 4913093 - 4912879
Alignment:
Q  14 aataccaaatacaagttgatactatgacaaacatcaagaatgcttatggggtggcgagaaattggcaaggagatccatgtggtcctgtgaagtatatgtg 113  Q
    |||||||||||  |||| || |||| |||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4913093 aataccaaataatagttaatgctatcacaaacatcaaggatgcttatgtggtggctagaaattggcaaggagatccatgtggtcctgtgaattatatgtg 4912994  T
Q  114 ggaaggcctaaactgcagtattgatgatggaaataaccccccaagaatcacatctttgtaagtttgtaattccttaaagca--tatgcataaattcaaaa 211  Q
    ||||||||||||||| |||||   ||||||  ||| |   |||||||||||||||||||||||||   ||||||||||  |   || ||||||||||| |    
T  4912993 ggaaggcctaaactgtagtat---tgatggctatagcattccaagaatcacatctttgtaagtttaccattccttaaataaaccatacataaattcaaga 4912897  T
Q  212 acttaaattatcctctga 229  Q
    |||| |||||||||||||    
T  4912896 acttcaattatcctctga 4912879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 92; E-Value: 9e-45
Query Start/End: Original strand, 13 - 178
Target Start/End: Original strand, 4716045 - 4716207
Alignment:
Q  13 gaataccaaatacaagttgatactatgacaaacatcaagaatgcttatggggtggcgagaaattggcaaggagatccatgtggtcctgtgaagtatatgt 112  Q
    |||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4716045 gaatacaaaatactagttgatactatcacaaacatcaagaatacttatggggtgactagaaattggcaaggagatccatgtggtcctgtgaattatatgt 4716144  T
Q  113 gggaaggcctaaactgcagtattgatgatggaaataaccccccaagaatcacatctttgtaagttt 178  Q
    ||||||||||||| || |||||   ||||||  ||| |  |||||||||||||||| |||||||||    
T  4716145 gggaaggcctaaattgtagtat---tgatggctatagcatcccaagaatcacatctctgtaagttt 4716207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 14 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 4889632 - 4889458
Alignment:
Q  14 aataccaaatacaagttgatactatgacaaacatcaagaatgcttatggggtggcgagaaattggcaaggagatccatgtggtcctgtgaagtatatgtg 113  Q
    ||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || | ||||||||| |||||||||||||||  |||||||| ||  ||||    
T  4889632 aatacgaaatactagttgatactatcacaaacatcaagaatgcttatgggctgactagaaattgggaaggagatccatgtgcccctgtgaattacgtgtg 4889533  T
Q  114 ggaaggcctaaactgcagtattgatgatggaaataaccccccaagaatcacatctttgtaagtttgtaattccttaaa 191  Q
    ||||||||||||||||||||||   ||||| ||||||  ||||||||||| |||||||||||| |  |||||||||||    
T  4889532 ggaaggcctaaactgcagtatt---gatggcaataacatcccaagaatcatatctttgtaagtatacaattccttaaa 4889458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 13 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 21439039 - 21438819
Alignment:
Q  13 gaataccaaatacaagttgatactatgacaaacatcaagaatgcttatggggtggcgagaaattggcaaggagatccatgtggtcctgtgaagtatatgt 112  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||| |||||| ||||| ||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  21439039 gaataccaaatactagttgatgctatcacaaacgtcaaggatgcttataaggtggctagaaattggcaaggagatccatgtggtcctgggaattatatgt 21438940  T
Q  113 gggaaggcctaaactgcagtattgatgatggaaataaccccccaagaatcacatctttgtaagtttgtaattcct----taaagcatatgcata---aat 205  Q
    ||||||||||||| || || |||||||   || ||| |  ||||||||||||||||||||||||||   ||||||    |||| |||||||| |   |||    
T  21438939 gggaaggcctaaattgtagcattgatg---gatatagcatcccaagaatcacatctttgtaagtttactattccttaaataaaccatatgcaaatataat 21438843  T
Q  206 tcaaaaacttaaattatcctctga 229  Q
    |||||||||| |||||||||||||    
T  21438842 tcaaaaacttcaattatcctctga 21438819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 15 - 223
Target Start/End: Original strand, 4704011 - 4704220
Alignment:
Q  15 ataccaaatacaagttgatactatgacaaacatcaagaatgcttatggggtggcgagaaattggcaaggagatccatgtggtcctgtgaagtatatgtgg 114  Q
    |||| |||||| |||||||||||| |  || ||||||||  ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||  |||||||| || ||||||    
T  4704011 atacgaaatactagttgatactatcatgaatatcaagaacacttatggggtgtctagaaattggcaaggagatccatgtgtccctgtgaattacatgtgg 4704110  T
Q  115 gaaggcctaaactgcagtattgatgatggaaataaccccccaagaatcacatctttgtaagtttgtaattcct----taaagcatatgcataaattcaaa 210  Q
    |||||| ||||||| | |||   |||||  |||| |  ||||||||||||||||||||||||||  ||| |||    |||| ||||| |||||||||||     
T  4704111 gaaggcgtaaactgtactat---tgatgccaatagcatcccaagaatcacatctttgtaagtttacaatcccttaaataaatcatatccataaattcaag 4704207  T
Q  211 aacttaaattatc 223  Q
    ||||| |||||||    
T  4704208 aacttcaattatc 4704220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 18 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 4874872 - 4874756
Alignment:
Q  18 ccaaatacaagttgatactatgacaaacatcaagaatgcttatggggtggcgagaaattggcaaggagatccatgtggtcctgtgaagtatatgtgggaa 117  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||   ||||     || |||||||||    
T  4874872 ccaaatactagttgatactatcacaaacatcaagaatgcttatggggtggaaagaaattggcaaggagatccatgttaccctgaagcatacatgtgggaa 4874773  T
Q  118 ggcctaaactgcagtat 134  Q
    ||||||||||| |||||    
T  4874772 ggcctaaactgtagtat 4874756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University