View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2747_low_7 (Length: 572)

Name: NF2747_low_7
Description: NF2747
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2747_low_7
NF2747_low_7
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (17-548)||(30049252-30049806)
chr8 (17-548)||(7162205-7162758)
chr8 (289-548)||(30045121-30045403)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (17-548)||(3945506-3946060)
chr4 (287-548)||(3941377-3941661)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (17-548)||(22365134-22365684)
chr3 (289-548)||(22361019-22361297)
chr3 (392-498)||(23397192-23397298)
chr3 (515-548)||(36028879-36028912)
chr3 (82-146)||(22135200-22135264)
chr3 (308-373)||(23397337-23397404)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (17-548)||(39949376-39949924)
chr7 (288-548)||(39953768-39954045)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (17-548)||(196224-196763)
chr5 (287-548)||(200603-200872)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (289-548)||(1330569-1330847)
[»] scaffold1453 (1 HSPs)
scaffold1453 (441-548)||(1-108)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 468; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 468; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 548
Target Start/End: Original strand, 30049252 - 30049806
Alignment:
Q  17 tgaatcatgtacaagaggaatcaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaattgccaaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatat 116  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30049252 tgaatcatgtacaagaggaaccaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaattgccaaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatat 30049351  T
Q  117 caatgtcaaatttcatgctataagagaagctgaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaa 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30049352 caatgtcaaatttcatgctataagagaagctgaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaa 30049451  T
Q  217 gcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaagcaagctgggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaactttt 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30049452 gcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaagcaagctaggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaactttt 30049551  T
Q  317 ctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgtt-------------------agtaagattatctgca 397  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                   ||||||||||||||||    
T  30049552 ctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaaactatgctgcacaagtaagattatctgca 30049651  T
Q  398 caagttaagtaggtttatgtc----atatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggat 493  Q
    |||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30049652 caagttaagtaggtttatgtcatatatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggat 30049751  T
Q  494 ggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 548  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30049752 ggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 30049806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 402; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 548
Target Start/End: Original strand, 7162205 - 7162758
Alignment:
Q  17 tgaatcatgtacaagaggaatcaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaattgccaaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatat 116  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  7162205 tgaatcatatacaagaggaaccaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaactgccaaaaatccaattcaacatggaagagcaaagcatat 7162304  T
Q  117 caatgtcaaatttcatgctataagagaagctgaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaa 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||     
T  7162305 caatgtcaaatttcatgctataagagaagctgaacagaatggagatgtaaaattgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaaaaaag 7162404  T
Q  217 gcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaagcaagctgggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaactttt 316  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7162405 gcacttgctagtgccaagttcatggagctaagaagcaagctgggagtattccagaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaactttt 7162504  T
Q  317 ctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaagattat-ctgcac----------------- 398  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| | ||| ||||||                     
T  7162505 ctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaatcattttaacttattttgttagtaaaactatgctgcacaagtaataaggttatct 7162604  T
Q  399 ----aagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggatg 494  Q
        |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7162605 gcacaagttaagcaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattactaagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggatg 7162704  T
Q  495 gtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 548  Q
    || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7162705 gtttgtattaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 7162758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 289 - 548
Target Start/End: Original strand, 30045121 - 30045403
Alignment:
Q  289 tgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaa-- 386  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  30045121 tgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaaa 30045220  T
Q  387 -----------------gattatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatat----gacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggc 465  Q
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30045221 ctatgctgcacaagtaagattatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggc 30045320  T
Q  466 tataagtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 548  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30045321 tataagtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 30045403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 468; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 468; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 548
Target Start/End: Original strand, 3945506 - 3946060
Alignment:
Q  17 tgaatcatgtacaagaggaatcaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaattgccaaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatat 116  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3945506 tgaatcatgtacaagaggaaccaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaattgccaaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatat 3945605  T
Q  117 caatgtcaaatttcatgctataagagaagctgaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaa 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3945606 caatgtcaaatttcatgctataagagaagctgaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaa 3945705  T
Q  217 gcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaagcaagctgggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaactttt 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3945706 gcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaagcaagctaggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaactttt 3945805  T
Q  317 ctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgtt-------------------agtaagattatctgca 397  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                   ||||||||||||||||    
T  3945806 ctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaaactatgctgcacaagtaagattatctgca 3945905  T
Q  398 caagttaagtaggtttatgtc----atatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggat 493  Q
    |||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3945906 caagttaagtaggtttatgtcatatatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggat 3946005  T
Q  494 ggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 548  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3946006 ggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 3946060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 287 - 548
Target Start/End: Original strand, 3941377 - 3941661
Alignment:
Q  287 agtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaa 386  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3941377 agtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaa 3941476  T
Q  387 -------------------gattatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatat----gacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttg 463  Q
                       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3941477 aactatgctgcacaagtaagattatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttg 3941576  T
Q  464 gctataagtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 548  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3941577 gctataagtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 3941661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 445; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 445; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 548
Target Start/End: Original strand, 22365134 - 22365684
Alignment:
Q  17 tgaatcatgtacaagaggaatcaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaattgccaaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatat 116  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22365134 tgaatcatgtacaagaggaaccaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaattgccaaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatat 22365233  T
Q  117 caatgtcaaatttcatgctataagagaagctgaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaa 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22365234 caatgtcaaatttcatgctataagagaagctgaacagaatggagatgtaaaattgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaa 22365333  T
Q  217 gcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaagcaagctgggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaactttt 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22365334 gcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaagcaagctgggagtattccagataagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaactttt 22365433  T
Q  317 ctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgtt-------------------agtaagattatctgca 397  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                   |||||| |||||||||    
T  22365434 ctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaaactatgctgcataagtaaggttatctgca 22365533  T
Q  398 caagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggatggta 497  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  22365534 caagttaagtaggtttatgtcatatgacatcaactaagcataggctgagtcattactaagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggatgata 22365633  T
Q  498 tgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 548  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22365634 tgtatcaaatttgcagtatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 22365684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 289 - 548
Target Start/End: Original strand, 22361019 - 22361297
Alignment:
Q  289 tgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaa-- 386  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  22361019 tgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaag 22361118  T
Q  387 -----------------gattatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggctata 469  Q
                     | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  22361119 ctatgctgcacaagtaaggttatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattactaagtatttggctata 22361218  T
Q  470 agtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 548  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22361219 agtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 22361297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 392 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 23397298 - 23397192
Alignment:
Q  392 tctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatgg 491  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||| | ||| ||| | |  ||||||||| |||||||| || ||| |||||||||| |||||||||    
T  23397298 tctgtacaagttaaataggtttatgtcgtatgacatcaacaaagtataagttatgtcattactaagtatttgactctaaatatgtaagaaagatgtatgg 23397199  T
Q  492 atggtat 498  Q
    |||||||    
T  23397198 atggtat 23397192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 515 - 548
Target Start/End: Complemental strand, 36028912 - 36028879
Alignment:
Q  515 atagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 548  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36028912 atagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 36028879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 82 - 146
Target Start/End: Original strand, 22135200 - 22135264
Alignment:
Q  82 aaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatatcaatgtcaaatttcatgctataagagaagc 146  Q
    ||||||||| |||| ||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||    
T  22135200 aaaaatccagttcagcatggtagaactaagcacatcaatgtaaaattccatgccataagagaagc 22135264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 308 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 23397404 - 23397337
Alignment:
Q  308 aaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgctta--tgtgtgtaattattttaactt 373  Q
    |||||||||||||||| ||  ||||| ||||||||||||||| ||  |||||||||| ||||||||||    
T  23397404 aaaacttttctgaatatttcgttgttaatgttactttattgcctatgtgtgtgtaatgattttaactt 23397337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 428; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 428; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 548
Target Start/End: Complemental strand, 39949924 - 39949376
Alignment:
Q  17 tgaatcatgtacaagaggaatcaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaattgccaaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatat 116  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39949924 tgaatcatgtacaagaggaaccaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaattgccaaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatat 39949825  T
Q  117 caatgtcaaatttcatgctataagagaagctgaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaa 216  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39949824 caatgtaaaatttcatgctataagagaagctgaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaa 39949725  T
Q  217 gcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaagcaagctgggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaactttt 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39949724 gcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaagcaagctgggagtattccagaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaactttt 39949625  T
Q  317 ctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaagattat-ctgca----------------ca 399  Q
    ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||                ||    
T  39949624 ctttatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaaactatgctgcacaagtaaggttatctgca 39949525  T
Q  400 agttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggatggtatg 499  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||     
T  39949524 agttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaaacataggctgagttattactaagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggatgatata 39949425  T
Q  500 tatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 548  Q
    ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39949424 taaaaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 39949376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 288 - 548
Target Start/End: Complemental strand, 39954045 - 39953768
Alignment:
Q  288 gtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaag 387  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  39954045 gtgttgactaattgacctataaaacttttctttatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaa 39953946  T
Q  388 attat-ctgcacaagt----------------taagtaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggctataa 470  Q
    | ||| ||||||||||                |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||| |||||||||||||||    
T  39953945 actatgctgcacaagtaaggttatctgcaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaaacatagactgagttattactaagtatttggctataa 39953846  T
Q  471 gtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 548  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39953845 gtatgtaagaaggatgtatggatgatatataaaaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 39953768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 415; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 415; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 548
Target Start/End: Complemental strand, 196763 - 196224
Alignment:
Q  17 tgaatcatgtacaagaggaatcaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaattgccaaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatat 116  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  196763 tgaatcatgtacaagaggaaccaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaattgccaaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatat 196664  T
Q  117 caatgtcaaatttcatgctataagagaagctgaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaa 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  196663 caatgtcaaatttcatgctataagagaagctgaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaa 196564  T
Q  217 gcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaagcaagctgggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaactttt 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  196563 gcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaagcaagctaggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaactttt 196464  T
Q  317 ctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgtt-------------------agtaagattatctgca 397  Q
    |||||           |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||                   |||||| |||||||||    
T  196463 ctgaa-----------ttatgttactttattgtttatgtgtgtaatcattttaacttgttttgttagtaaaactatgctgcacaagtaaggttatctgca 196375  T
Q  398 caagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggatggta 497  Q
    | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  196374 cgagttaagtaggtttacgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattactaagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggatggta 196275  T
Q  498 tgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 548  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  196274 tgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtctctttctcttcca 196224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 287 - 548
Target Start/End: Complemental strand, 200872 - 200603
Alignment:
Q  287 agtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaa 386  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||           ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  200872 agtgttgactaattgacctataaaacttttctgaat-----------tatgttactttattgtttatgtgtgtaatcattttaacttgttttgttagtaa 200784  T
Q  387 ga-------------------ttatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggcta 467  Q
     |                   ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  200783 aactatgctgcacaagtaaggttatctgcacaagttaagtaggtttacctcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattactaagtatttggcta 200684  T
Q  468 taagtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 548  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  200683 taagtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 200603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 173; Significance: 9e-93; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 9e-93
Query Start/End: Original strand, 289 - 548
Target Start/End: Original strand, 1330569 - 1330847
Alignment:
Q  289 tgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaga 388  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  1330569 tgttgactaattgacctataaaacttgtctgaatactttattgtttatgttactctattgcttatgtgtgtaatcattttaacttgttttgttagtaaaa 1330668  T
Q  389 -------------------ttatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggctata 469  Q
                       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||| | |||||||| |||||    
T  1330669 ctatactgcacaagtaatgttatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagcaaagtataggttgagtcattagtaagtatttgactata 1330768  T
Q  470 agtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 548  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1330769 agtatgtaagaaggatgtaaggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 1330847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1453 (Bit Score: 104; Significance: 1e-51; HSPs: 1)
Name: scaffold1453
Description:

Target: scaffold1453; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 441 - 548
Target Start/End: Original strand, 1 - 108
Alignment:
Q  441 gctgagtcattacttagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtcccttt 540  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1 gctgagtcattactaagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtcccttt 100  T
Q  541 ctcttcca 548  Q
    ||||||||    
T  101 ctcttcca 108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University