View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2748_low_10 (Length: 632)

Name: NF2748_low_10
Description: NF2748
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2748_low_10
NF2748_low_10
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (13-614)||(44248018-44248619)
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (13-614)||(15283941-15284542)
chr5 (177-614)||(15287373-15287813)
chr5 (178-614)||(15262614-15263053)
chr5 (477-613)||(15256703-15256839)
chr5 (213-607)||(15265234-15265631)
chr5 (178-250)||(15257069-15257141)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (15-613)||(51383131-51383726)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (15-610)||(11806940-11807535)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (576-614)||(6554186-6554224)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 594; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 594; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 614
Target Start/End: Complemental strand, 44248619 - 44248018
Alignment:
Q  13 aatataatacaatatatttagatcaagtaaatcagatgtgggctggggatatagatcaaattgacttgattgtgttgtcatttggtcattggtttacgga 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44248619 aatataatacaatatatttagatcaagtaaatcagatgtgggctagggatatagatcaaattgactcgattgtgttgtcatttggtcattggtttacgga 44248520  T
Q  113 tgttccttcaatttactatgagggtggttcaattataggttgttttagatgtcatgaatttaaatttaattatactgatattggattttatgttccaatg 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44248519 tgttccttcaatttactatgagggtggttcaattataggttgttttagatgtcatgaatttaaatttaattatactgatattggattttatgttccaatg 44248420  T
Q  213 agaaaggctttaaggactacccttaatagcataattgagaagaaaattgtaagagggaatggaattgatgtaattgtgagaacatactcacctactcatt 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44248419 agaaaggctttaaggactacccttaatagcataattgagaagaaaattgtaagagggaatggaattgatgtaattgtgagaacatactcacctactcatt 44248320  T
Q  313 ttgaaggtgattgggataagggtggtacatgttcaaagagtgagccatataagaatgaggagaagaaacttgaaggaatggatgctaagataagaagtat 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44248319 ttgaaggtgattgggataagggtggtacatgttcaaagagtgagccatataagaatgaggagaagaaacttgaaggaatggatgctaagataagaagtat 44248220  T
Q  413 tgagatagaggaagctgaaaatgctaaagtaaaagctcaacaaattggattaaatttggaggtgcttgatataacaaagttggcattattgagaccagat 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44248219 tgagatagaggaagctgaaaatgctaaagtaaaagctcaacaaattggattaaatttggaggtgcttgatataacaaagttggcattattgagaccagat 44248120  T
Q  513 ggtcatgcaggagcttatatgaatccttttccatttgctaaaagggttccaaagaatgtacaaaatgattgtgttcattggtgcttgccaggacctatag 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44248119 ggtcatgcaggagcttatatgaatccttttccatttgctaaaagggttccaaagaatgtacaaaatgattgtgttcattggtgcttgccaggacctatag 44248020  T
Q  613 at 614  Q
    ||    
T  44248019 at 44248018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 394; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 394; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 614
Target Start/End: Original strand, 15283941 - 15284542
Alignment:
Q  13 aatataatacaatatatttagatcaagtaaatcagatgtgggctggggatatagatcaaattgacttgattgtgttgtcatttggtcattggtttacgga 112  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||| | ||||||||  ||||||| ||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||    
T  15283941 aatataatacaatatatttggatcatgtaaatgaaatgtgggcaagggatatggataaaatggacttgattgttttgtcatttggtcattggtttttgga 15284040  T
Q  113 tgttccttcaatttactatgagggtggttcaattataggttgttttagatgtcatgaatttaaatttaattatactgatattggattttatgttccaatg 212  Q
      ||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  15284041 cattccttcaatttactatgaaggtgattcagttataggttgttttagatgtcaagaatttaaatttaattatagtgatattggattttatattccaatg 15284140  T
Q  213 agaaaggctttaaggactacccttaatagcataattgagaagaaaattgtaagagggaatggaattgatgtaattgtgagaacatactcacctactcatt 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || | |||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  15284141 agaaaggctttaaggactacccttaatagcataattgagaggaaaatggttaaagggaataaaattgatgtgattgtgagaacatactcacctactcatt 15284240  T
Q  313 ttgaaggtgattgggataagggtggtacatgttcaaagagtgagccatataagaatgaggagaagaaacttgaaggaatggatgctaagataagaagtat 412  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  15284241 ttgaaggtggttgggataagggtggtacttgttcaaagagagagccatatggaaatgaggagaagaaacttgaaggaatggatgctaagataagaagtgt 15284340  T
Q  413 tgagatagaggaagctgaaaatgctaaagtaaaagctcaacaaattggattaaatttggaggtgcttgatataacaaagttggcattattgagaccagat 512  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||  | ||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  15284341 tgagatagaggaagtggaaaatgctagggcaaaagctaaacaatttggattaaatttagaggtgcttgatataacaaaattggcattgttgagaccagat 15284440  T
Q  513 ggtcatgcaggagcttatatgaatccttttccatttgctaaaagggttccaaagaatgtacaaaatgattgtgttcattggtgcttgccaggacctatag 612  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||  | ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15284441 ggtcatgctggtgcttatatgaatccttttccatttgcaaatggagttccaaaatatgtacaaaatgattgtgttcattggtgcttgccaggacctatag 15284540  T
Q  613 at 614  Q
    ||    
T  15284541 at 15284542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 177 - 614
Target Start/End: Complemental strand, 15287813 - 15287373
Alignment:
Q  177 tttaattatactgatattggattttatgttccaatgagaaaggctttaaggactacccttaatagcataattgagaagaaaattgtaagagggaatggaa 276  Q
    |||||| ||||| | ||||  |||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||  | ||| ||| |||    
T  15287813 tttaatcatactcaaattgatttttatgttccattaagaaaggctttgaggactacccttaatagtataattgagaggaaagttgctaaaggaaatagaa 15287714  T
Q  277 ttgatgtaattgtgagaacatactcacctactcattttgaaggtgattgggataagggtggtacatgttcaaagagtgagccatataagaatgaggagaa 376  Q
    | ||||| ||||| | |||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| | |||| ||||  || ||||||||    
T  15287713 tagatgtgattgttaaaacattttcacctgctcattttgaaggtgattgggataaggctggtacttgttcaaagactaagccttatagaaaagaggagaa 15287614  T
Q  377 gaaacttgaaggaatggatgctaagataagaagtattgagatagaggaagctgaaaatgctaaagtaaaagctcaacaaatt-----ggattaaatttgg 471  Q
    || | ||| ||||||||||| | |||| ||||| ||||||||||| ||||  |||| ||| ||   ||||||| || |||||     | |||| | || |    
T  15287613 gatagttggaggaatggatggtgagattagaaggattgagatagaagaagtggaaagtgccaagacaaaagct-aataaatttgaaggtattagaatt-g 15287516  T
Q  472 aggtgcttgatataacaaagttggcattattgagaccagatggtcatgcaggagcttatatgaatccttttccatttgctaaaagggttccaaagaatgt 571  Q
    ||||| | ||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||| ||  | ||||||||  ||||    
T  15287515 aggtgttggatgtaactaaattggcattattgagaccagatggtcatccaggtccttacatgaatccttttccatttgcaaatggagttccaaaatatgt 15287416  T
Q  572 acaaaatgattgtgttcattggtgcttgccaggacctatagat 614  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15287415 acaaaatgattgtgttcattggtgcttgccaggacctatagat 15287373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 178 - 614
Target Start/End: Original strand, 15262614 - 15263053
Alignment:
Q  178 ttaattatactgatattggattttatgttccaatgagaaaggctttaaggactacccttaatagcataattgagaagaaaattgtaagagggaatggaat 277  Q
    ||||||| |||||||| || ||||| |||||| | ||||||||||||||||||   |||||| |||||||||||| |||| |||  | | ||||||||||    
T  15262614 ttaattacactgatatcggtttttacgttccattaagaaaggctttaaggacttgtcttaatggcataattgagaggaaagttgctaaaaggaatggaat 15262713  T
Q  278 tgatgtaattgtgagaacatactcacctactcattttgaaggtgattgggataagggtggtacatgttcaaagagtgagccatataagaatgaggagaag 377  Q
    ||  |||||||||| ||| |  |||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||| || |||   || |  ||||||    
T  15262714 tggagtaattgtgaaaactttttcaccttctcattttgatggtgattgggataaggctggaacatgttcaaagattgaaccttatgtaaagggtgagaag 15262813  T
Q  378 aaacttgaaggaatggatgctaagataagaagtattgagatagaggaagctgaaaatgctaaagtaaaagctcaacaaatt----ggattaaatttggag 473  Q
    ||| ||| |  ||||||   | |||| ||||| |||||||| || ||||  |||||||||||   |||| |  |   | ||    |||||| |||| |||    
T  15262814 aaaattggaaaaatggaaagtgagattagaaggattgagattgaagaagtggaaaatgctaagaaaaaatcaaatgcatttggagggattagattt-gag 15262912  T
Q  474 gtgcttgatataacaaagttggcattattgagaccagatggtcatgcaggagcttatatgaatccttttccatttgctaaaagggttccaaagaatgtac 573  Q
    ||  | ||| ||||  | |||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||| || || ||  | ||||||||| |||| |    
T  15262913 gtattggatgtaactgaattggcattgttgagaccagatggtcatccaggtgcttacatgaatccttttccgttcgcgaacggtgttccaaagtatgtgc 15263012  T
Q  574 aaaatgattgtgttcattggtgcttgccaggacctatagat 614  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  15263013 aaaatgattgtgttcattggtgtttgcctggacctatagat 15263053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 477 - 613
Target Start/End: Complemental strand, 15256839 - 15256703
Alignment:
Q  477 cttgatataacaaagttggcattattgagaccagatggtcatgcaggagcttatatgaatccttttccatttgctaaaagggttccaaagaatgtacaaa 576  Q
    |||||| |||| || |||||||| |||||||||||||||||| ||||  |||||||| | |||||||||||||| ||  | |||||| |   ||| || |    
T  15256839 cttgatgtaactaaattggcattgttgagaccagatggtcatccaggtccttatatgtacccttttccatttgccaatggtgttccagaacgtgtgcaga 15256740  T
Q  577 atgattgtgttcattggtgcttgccaggacctataga 613  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  15256739 atgattgtgttcattggtgtttgcctggacctataga 15256703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 213 - 607
Target Start/End: Complemental strand, 15265631 - 15265234
Alignment:
Q  213 agaaaggctttaaggactacccttaatagcataattga--gaaga--aaattgtaagagggaatggaattgatgtaattgtgagaacatactcacctact 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||  ||||    | ||| |||| |||| |||||||||| | |||||   | ||   |    
T  15265631 agaaaggctttaaggactacccttaatagcataattgatagaagaggaaat----aaaggtaatgaaattaatgtaattgttacaacatttacgccacat 15265536  T
Q  309 cattttgaaggtgattgggataagggtggtacatgttcaaagagtgagccatataagaatgaggagaagaaacttgaaggaatggatgctaagataagaa 408  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||| | ||| |||| | | |||| ||||  ||||  ||||||||| ||||||||||||||| | |||| ||||    
T  15265535 cattttgaaggtgcttgggataaggctggtgcttgtccaaaaactaagccttatagaaatggagagaagaaagttgaaggaatggatggtgagatgagaa 15265436  T
Q  409 gtattgagatagaggaagctgaaaatgctaaagtaaaagctcaacaaattgga---ttaaatttggaggtgcttgatataacaaagttggcattattgag 505  Q
      ||||||||||| ||||  |    ||||||||  ||||   |  || |||||   ||||  || || ||  | ||| ||||||| ||||| || || ||    
T  15265435 agattgagatagaagaagtggtggctgctaaagccaaaggcaatgaatttggaaggttaagatttgaagtattggatgtaacaaaattggctttgttaag 15265336  T
Q  506 accagatggtcatgcaggagcttatatgaatccttttccatttgctaaaagggttccaaagaatgtacaaaatgattgtgttcattggtgcttgccagga 605  Q
    ||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||   |||  |||||| | |  |||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  15265335 accagatggtcatccaggtccttatatgaatccttttccattctttaatggggttcaagaacatgtgcaaaatgattgtgttcattggtgtttgcctgga 15265236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 178 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 15257141 - 15257069
Alignment:
Q  178 ttaattatactgatattggattttatgttccaatgagaaaggctttaaggactacccttaatagcataattga 250  Q
    ||||| ||||||| ||||| ||||||| |  | |||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||    
T  15257141 ttaatcatactgaaattgggttttatgatgtattgagaaaggctttaagaactactcttaatagtataattga 15257069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 325; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 325; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 613
Target Start/End: Original strand, 51383131 - 51383726
Alignment:
Q  15 tataatacaatatatttagatcaagtaaatcagatgtgggctggggatatagatcaaattgacttgattgtgttgtcatttggtcattggtttacggatg 114  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| || ||| ||| ||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||       
T  51383131 tataatacaatgtatttggatcatgtcaatgagaggtgggctagagatatagatcaaatggacttgattgtgttatcatttggtcattggtttatgg--- 51383227  T
Q  115 ttccttcaatttactatgagggtggttcaattataggttgttttagatgtcatgaatttaaatttaattatactgatattggattttatgttccaatgag 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||| |||||||||  |||||||||| ||||| ||||||||| |||||||| | |||||    
T  51383228 ttccttcaatttactatgagggtgagtctattataggttgttttaaatgtcatgatcttaaatttaactataccgatattggaatttatgttgcgatgag 51383327  T
Q  215 aaaggctttaaggactacccttaatagcataattgagaagaaaattgtaagagggaatggaattgatgtaattgtgagaacatactcacctactcatttt 314  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| |||||||| | |||| |||| | ||||||||||| | |||| |||||||||||||  |||||  ||||||||    
T  51383328 aaaggctttaaggactactcttaatagtataattgaaaggaaagttgttaaagggaatggaaattatgtgattgtgagaacattttcaccatctcatttt 51383427  T
Q  315 gaaggtgattgggataagggtggtacatgttcaaagagtgagccatataagaatgaggagaagaaacttgaaggaatggatgctaagataagaagtattg 414  Q
    ||||||| |||||||||||| || || ||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  51383428 gaaggtggttgggataagggaggaacttgttcaaagagtgagccatatgaaaatggggagaagaaacttgaagaaatggatgctgagataagaagtattg 51383527  T
Q  415 agatagaggaagctgaaaatgctaaagtaaaagctcaacaaattggattaaatttggaggtgcttgatataacaaagttggcattattgagaccagatgg 514  Q
    ||||||||||||   ||||||||||   ||||||| ||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  51383528 agatagaggaagtgaaaaatgctaagtcaaaagctgaacaattgggatttaatttggaggtgcttgatataacaaaattggcattgttgagaccagatgg 51383627  T
Q  515 tcatgcaggagcttatatgaatccttttccatttgctaaaagggttccaaagaatgtacaaaatgattgtgttcattggtgcttgccaggacctataga 613  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||  |  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  51383628 tcatgcaggagcctacatgaatccttttccatttgctaatggaattccaaagtatgtacaaaatgattgtgttcattggtgtttgccaggacctataga 51383726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 324; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 610
Target Start/End: Complemental strand, 11807535 - 11806940
Alignment:
Q  15 tataatacaatatatttagatcaagtaaatcagatgtgggctggggatatagatcaaattgacttgattgtgttgtcatttggtcattggtttacggatg 114  Q
    |||||||||||| |||| ||||| |||| | |||  |||||   ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||      
T  11807535 tataatacaatacatttggatcatgtaagtgagaattgggcaaaggatatagatcaaatggacttgattatgttgtcatttggtcattggtttttggaca 11807436  T
Q  115 ttccttcaatttactatgagggtggttcaattataggttgttttagatgtcatgaatttaaatttaattatactgatattggattttatgttccaatgag 214  Q
    |||||||| |||||||||||  || |||| |||||||||||| || ||||||||| || ||||  || |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  11807435 ttccttcagtttactatgagaatgattcagttataggttgttctatatgtcatgatttaaaatcgaaatataatgatattggattttatgttccaatgag 11807336  T
Q  215 aaaggctttaaggactacccttaatagcataattgagaagaaaattgtaagagggaatggaattgatgtaattgtgagaacatactcacctactcatttt 314  Q
    |||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||| |||||| || | |||||||| ||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||    
T  11807335 aaaggctttaaggattgcccttaataccataattgagaggaaaatggttaaagggaatgaaattgatgtgattgtgagaacattttcacctactcatttt 11807236  T
Q  315 gaaggtgattgggataagggtggtacatgttcaaagagtgagccatataagaatgaggagaagaaacttgaaggaatggatgctaagataagaagtattg 414  Q
    ||||||  |||||||||||| ||||| ||||||||||   | ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  11807235 gaaggttcttgggataagggaggtacttgttcaaagaaaaatccatataaatatgaggagaagaaacttgaaggaatggaagctaagataagaagtatgg 11807136  T
Q  415 agatagaggaagctgaaaatgctaaagtaaaagctcaacaaattggattaaatttggaggtgcttgatataacaaagttggcattattgagaccagatgg 514  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | |||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  11807135 agatagaggaagctgaaaatgctaaggaaaaatctaaacaagttggattaaatttgaaggtgcttgatataacaaaattggcattgttgagaccagatgg 11807036  T
Q  515 tcatgcaggagcttatatgaatccttttccatttgctaaaagggttccaaagaatgtacaaaatgattgtgttcattggtgcttgccaggacctat 610  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  11807035 tcatgcaggagcttataggtatccttttccatttgctaaaacaattccaaagaatgtacaaaacgattgtactcattggtgcttgccaggacctat 11806940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000006; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 576 - 614
Target Start/End: Complemental strand, 6554224 - 6554186
Alignment:
Q  576 aatgattgtgttcattggtgcttgccaggacctatagat 614  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  6554224 aatgattgtgttcattggtgtttgccagggcctatagat 6554186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University