View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2753_high_17 (Length: 432)

Name: NF2753_high_17
Description: NF2753
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2753_high_17
NF2753_high_17
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (18-415)||(34231675-34232072)
chr5 (48-407)||(34239435-34239794)
chr5 (18-221)||(42129711-42129914)
chr5 (50-414)||(42124368-42124732)
chr5 (44-173)||(41712663-41712792)
chr5 (44-90)||(41571205-41571251)
chr5 (44-83)||(41432400-41432439)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (49-406)||(12249341-12249698)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (53-408)||(25521899-25522254)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (48-342)||(8523896-8524190)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (191-414)||(11119079-11119302)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 374; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 374; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 34232072 - 34231675
Alignment:
Q  18 ttgatgatagatctaatacagctaaatttacaaggttgaaaattgattctggaatattgccttgtagcttgttaccgcctagatttagagcctctaacga 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34232072 ttgatgatagatctaatacagctaaatttacaaggttgaaaattgattctggaatattgccttgtagcttgttaccgcctagatttagagcctctaacga 34231973  T
Q  118 atacgacgagattgcactgatatgccctgtaatttgattgtttgatagatataaatttagcaaacgaggcaaagataacaaagaggaaggaattgttccg 217  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34231972 ataggacgagattgcactgatatgccctgtaagttgattgtttgatagatataaatttagcaaacgaggcaaagataacaaagaggaaggaattgttccg 34231873  T
Q  218 tttagacggttgtcatttaaacgaaaatgaactagctgttgaaaacctgtaattttattcggcaatggacctcttaatttattatatgaacaatctaatc 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  34231872 tttagacggttgtcatttaaacgaaaacgaactagctgttgaaaacctgtaattttatttggcaatggacctcttaatttattatatgaacaatcgaatc 34231773  T
Q  318 taacaagttgagtcatcttaaataaggaaagtggaatttgtcctactaaattgtttgaatatagacggagttcttgcagtttggtcatcccgccaaat 415  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34231772 taacaagttgagtcaacttaaataaggaaagtggaatttgtcctactaaattgtttgaatatagacggagttcttgcagtttggtcatcccgccaaat 34231675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 48 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 34239794 - 34239435
Alignment:
Q  48 caaggttgaaaattgattctggaatattgccttgtagcttgttaccgcctagatttagagcctctaacgaatacgacgagattgcactgatatgccctgt 147  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||  ||||||||||||||   || ||||  ||||  |||||| ||||| || |||||| |||||||| |||||||    
T  34239794 caaggttgaaaattgaatttggaatatcaccttgtagcttgttgttgcatagagatagatactctaaggaatatgatgagatttcactgataggccctgt 34239695  T
Q  148 aatttgattgtttgatagatataaatttagcaaacgaggcaaagataacaaagaggaaggaattgttccgtttagacggttgtcatttaaacgaaaatga 247  Q
    || | |||||||||||||||| | |  || ||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||   |||||||||||| |  |||| |    
T  34239694 aagtcgattgtttgatagatacagaagtaccaaagaaggcaaagataacaaggaggaaggaattgttccatttagcaagttgtcatttaacctcaaataa 34239595  T
Q  248 actagctgttgaaaacctgtaattttattcggcaatggacctcttaatttattatatgaacaatctaatctaacaagttgagtcatcttaaataaggaaa 347  Q
    | ||||| ||||||||||| |||||||||  | | ||||||   |||||||||||| | |||||||||   |||||||||| |||  |||||||| |||     
T  34239594 attagcttttgaaaacctgcaattttattatgtagtggaccctctaatttattataagcacaatctaaatcaacaagttgattcaagttaaataatgaag 34239495  T
Q  348 gtggaatttgtcctactaaattgtttgaatatagacggagttcttgcagtttggtcatcc 407  Q
     ||||||||||||| |||| ||||| |||  ||||  || | ||||||||||||||||||    
T  34239494 atggaatttgtccttctaatttgttagaagctagatagaatacttgcagtttggtcatcc 34239435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 18 - 221
Target Start/End: Original strand, 42129711 - 42129914
Alignment:
Q  18 ttgatgatagatctaatacagctaaatttacaaggttgaaaattgattctggaatattgccttgtagcttgttaccgcctagatttagagcctctaacga 117  Q
    |||||||||||||||  | || ||| ||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||   || ||| ||    
T  42129711 ttgatgatagatctagcaaagttaagtttgcaaggttgaaaatagattttggaatattgccttgtagcttgttgccgcttagatctagcttctttaagga 42129810  T
Q  118 atacgacgagattgcactgatatgccctgtaatttgattgtttgatagatataaatttagcaaacgaggcaaagataacaaagaggaaggaattgttccg 217  Q
    ||| || ||||||||| ||||||||| |||||   |||| |||||||||  |||||  | ||||   |||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  42129811 atatgatgagattgcagtgatatgccttgtaagacgattatttgatagaactaaatgaaccaaagacggcaaagataacaaggaggaaggaattgttcca 42129910  T
Q  218 ttta 221  Q
    ||||    
T  42129911 ttta 42129914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 50 - 414
Target Start/End: Original strand, 42124368 - 42124732
Alignment:
Q  50 aggttgaaaattgattctggaatattgccttgtagcttgttaccgcctagatttagagcctctaacgaatacgacgagattgcactgatatgccctgtaa 149  Q
    ||||||||||| || || |||||||||||||||||| ||||   || |||| ||||    | ||| ||||| || || ||| ||||||||||||||||||    
T  42124368 aggttgaaaatggactcaggaatattgccttgtagcctgttgttgcttagagttagcatgtttaaagaatatgatgatatttcactgatatgccctgtaa 42124467  T
Q  150 tttgattgtttgatagatataaatttagcaaacgaggcaaagataacaaagaggaaggaattgttccgtttagacggttgtcatttaaacgaaaatgaac 249  Q
     | |||| | |||||||| |||| ||  ||||  ||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||   |||||| ||||||   ||||  |     
T  42124468 gtcgattatatgatagatctaaaattgccaaagaaggcaaagataacaaggaggaaggaactgttccatttagcaagttgtcttttaaattcaaatacat 42124567  T
Q  250 tagctgttgaaaacctgtaattttattcggcaatggacctcttaatttattatatgaacaatctaatctaacaagttgagtcatcttaaataaggaaagt 349  Q
    ||||| ||| |  ||||||||||| || || |  |||||   |||||| |||  |  |||||||||| | | ||| |||||||  |||||||  |||  |    
T  42124568 tagcttttggagtcctgtaattttgttgggtaggggaccctctaatttgttacctctacaatctaatgtgaaaagctgagtcaagttaaatagtgaagat 42124667  T
Q  350 ggaatttgtcctactaaattgtttgaatatagacggagttcttgcagtttggtcatcccgccaaa 414  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||  || |  |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  42124668 ggaatttgtccttctaaattgttggaagttaaatcgagttcttgcagtttggtcatcccaccaaa 42124732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 44 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 41712792 - 41712663
Alignment:
Q  44 tttacaaggttgaaaattgattctggaatattgccttgtagcttgttaccgcctagatttagagcctctaacgaatacgacgagattgcactgatatgcc 143  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||  ||||| |||  ||||||| ||||| || ||||||||| |||||||||    
T  41712792 tttataagtttgaaaattgattctggaatattgccttctagtttgttgccgaatagatatagctcctctaaggaatatgatgagattgcaatgatatgcc 41712693  T
Q  144 ctgtaatttgattgtttgatagatataaat 173  Q
    || ||| | | || |||||||||| |||||    
T  41712692 ctataagtcggttatttgatagatctaaat 41712663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 44 - 90
Target Start/End: Complemental strand, 41571251 - 41571205
Alignment:
Q  44 tttacaaggttgaaaattgattctggaatattgccttgtagcttgtt 90  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  41571251 tttacaaggttgaaaatagattcaggaatatcgccttgtagcttgtt 41571205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 44 - 83
Target Start/End: Original strand, 41432400 - 41432439
Alignment:
Q  44 tttacaaggttgaaaattgattctggaatattgccttgta 83  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  41432400 tttacaaggttgaaaagtgattctggaatatttccttgta 41432439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 107; Significance: 2e-53; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 49 - 406
Target Start/End: Original strand, 12249341 - 12249698
Alignment:
Q  49 aaggttgaaaattgattctggaatattgccttgtagcttgttaccgcctagatttagagcctctaacgaatacgacgagattgcactgatatgccctgta 148  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||   ||||| ||| |  |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  12249341 aaggttgaaaatggattttggaatattgccttgtagcttgttaccagatagatatagcgtatctaacgaatacgatgagattgcactgatatgtcctgta 12249440  T
Q  149 atttgattgtttgatagatataaatttagcaaacgaggcaaagataacaaagaggaaggaattgttccgtttagacggttgtcatttaaacgaaaatgaa 248  Q
    | | |||||||||| || | || || |  ||||  ||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||  ||| ||| ||||||  |||| |     
T  12249441 aatcgattgtttgacagctctagatgttccaaagaaggcaaagataacaaggtgggaggaattgttccgtttagaaagttatcacttaaactgaaataag 12249540  T
Q  249 ctagctgttgaaaacctgtaattttattcggcaa-tggacctcttaatttattatatgaacaatctaatctaacaagttgagtcatcttaaataaggaaa 347  Q
     || || |||||| ||||| ||||| || | |||  ||||||  |||||| ||||  |||||||||||| |||||||||||||||  |||||||| ||||    
T  12249541 ttaacttttgaaaccctgtgattttgtt-gccaaggggaccttctaatttgttatgcgaacaatctaatgtaacaagttgagtcaagttaaataatgaaa 12249639  T
Q  348 gtggaatttgtcctactaaattgtttgaatatagacggagttcttgcagtttggtcatc 406  Q
      ||||||||||||  ||| |||||||||  ||||  ||||||||||||||||||||||    
T  12249640 acggaatttgtccttgtaatttgtttgaagctagattgagttcttgcagtttggtcatc 12249698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 76; Significance: 5e-35; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 53 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 25522254 - 25521899
Alignment:
Q  53 ttgaaaattgattctggaatattgccttgtagcttgttaccgcctagatttagagcctctaacgaatacgacgagattgcactgatatgccctgtaattt 152  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   |  |||||||| |  |||||| ||||| || ||| |||||||||||   ||||||| |     
T  25522254 ttgaaaatggattctggaatattgccttgtagcttgttgttgtatagatttaaactctctaaggaatatgatgaggttgcactgatagatcctgtaagtc 25522155  T
Q  153 gattgtttgatagatataaatttagcaaacgaggcaaagataacaaagaggaaggaattgttccgtttagacggttgtcatttaaacgaaaatgaactag 252  Q
    ||||||| ||||||||||||| || ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    |||||||| |||||  |||| |  |||    
T  25522154 gattgttagatagatataaatataccaaagaaggcaaagataacaaagaggaaggaattgttccatttaacaagttgtcatgtaaacttaaatcagttag 25522055  T
Q  253 ctgttgaaaacctgtaattttattcggcaatggacctcttaatttattatatgaacaatctaatctaacaagttgagtcatcttaaataaggaaagtgga 352  Q
    || ||| || ||| ||||||| || || || |||||   |||||||||||  ||||||| |||      |||   |||||  |||||||| |||  ||||    
T  25522054 cttttggaaccctataattttgttaggtaaaggaccctctaatttattattagaacaatataacaacttaagaccagtcaatttaaataacgaagatgga 25521955  T
Q  353 atttgtcctactaaattgtttgaatatagacggagttcttgcagtttggtcatccc 408  Q
    || |||||| |||| |||||  ||||||||  ||||||||||| ||||||||||||    
T  25521954 atctgtccttctaatttgttaaaatatagatcgagttcttgcaatttggtcatccc 25521899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 71; Significance: 5e-32; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 48 - 342
Target Start/End: Original strand, 8523896 - 8524190
Alignment:
Q  48 caaggttgaaaattgattctggaatattgccttgtagcttgttaccgcctagatttagagcctctaacgaatacgacgagattgcactgatatgccctgt 147  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    | ||||  ||||  |||||| ||||| || |||||||| ||||||| ||||||    
T  8523896 caaggttgaaaatggattctggaatattgccttgtagcctgttgttacttagagatagaaactctaaggaatatgatgagattgcgctgatattccctgt 8523995  T
Q  148 aatttgattgtttgatagatataaatttagcaaacgaggcaaagataacaaagaggaaggaattgttccgtttagacggttgtcatttaaacgaaaatga 247  Q
    || |||||| ||||||| || |||   |||||||   ||||| |||||||| |||| ||||||||| || |||||   |||||||||||| || |||| |    
T  8523996 aagttgattatttgataaatctaatactagcaaaaatggcaaggataacaaggagggaggaattgtaccatttagcaagttgtcatttaatcgcaaatta 8524095  T
Q  248 actagctgttgaaaacctgtaattttattcggcaatggacctcttaatttattatatgaacaatctaatctaacaagttgagtcatcttaaataa 342  Q
      ||||| ||||| ||||||| |||| || || || |||||   |||||||||||  |||||||||||  ||||||| |||||||  ||||||||    
T  8524096 gttagcttttgaagacctgtagttttgttgggtaagggaccatctaatttattatgagaacaatctaaagtaacaagatgagtcaagttaaataa 8524190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 44; Significance: 7e-16; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 191 - 414
Target Start/End: Original strand, 11119079 - 11119302
Alignment:
Q  191 gataacaaagaggaaggaattgttccgtttagacggttgtcatttaaacgaaaatgaactagctgttgaaaacctgtaattttattcggcaatggacctc 290  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||    |||||||||||| |  ||||    ||||| ||| || ||||||||||| || ||||  |||||      
T  11119079 gataacaaggaggaaggaattgttccatttatcaagttgtcatttaatctcaaatttgttagcttttggaaccctgtaattttgttgggcaggggaccat 11119178  T
Q  291 ttaatttattatatgaacaatctaatctaacaagttgagtcatcttaaataaggaaagtggaatttgtcctactaaattgtttgaatatagacggagttc 390  Q
     |||||||||||  |||||| |||||  ||||||||||||||  |||||||| ||   ||||||||||||| |||| |||||  ||| ||    ||||||    
T  11119179 ctaatttattattagaacaacctaatgcaacaagttgagtcaagttaaataatgatgatggaatttgtccttctaacttgttataatctaagtcgagttc 11119278  T
Q  391 ttgcagtttggtcatcccgccaaa 414  Q
    ||||||||| |||||||| |||||    
T  11119279 ttgcagttttgtcatcccaccaaa 11119302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University