View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2753_low_2 (Length: 784)

Name: NF2753_low_2
Description: NF2753
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2753_low_2
NF2753_low_2
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-768)||(35050744-35051506)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 736; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 736; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 768
Target Start/End: Original strand, 35050744 - 35051506
Alignment:
Q  1 cgtgtatataaattaattccaattaggcatcaaaataacacgtaaatggttaataactaagaaatggtggaaacatctaagtctgtctttggaggtatca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35050744 cgtgtatataaattaattccaattaggcatcaaaataacatgtaaatggttaataactaagaaatggtggaaacatctaagtctgtctttggaggtatca 35050843  T
Q  101 atctacaaatgaaagcaccataatttttgtctttcaacatgacaaattatgccttgaatatcccgattaatttacaagatagatgctacatgcatatata 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35050844 atctacaaatgaaagcaccataatttttgtctttcaacatgacaaattatgccttgaatatcccgattaatttacaagatagatgctacatgcatatata 35050943  T
Q  201 ttataacaataagaatttttctatagaaagatatattaggccccagttattctattctaggtttataagctaaagttgctgctatttttgttggtaatga 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35050944 ttataacaataagaatttttctatagaaagatatattaggccccagttattctattctaggtttataagctaaagttgctgctatttttgttggtaatga 35051043  T
Q  301 ctggtaaaaagatgatagcattatccttcatatacaagtgcaagtaattaccagatgaaacagtgaagatctatcaaattaatcagaaggaataacagaa 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     | |||||    
T  35051044 ctggtaaaaagatgatagcattatccttcatataaaagtgcaagtaattaccagatgaaacagtgaagatctatcaaattaatcagaa-----atcagaa 35051138  T
Q  401 attaacatggtatttagatgtgatccaatgaccctccttttatttttcaatttatacattctgttagatgattatatactttattttattcatgatagaa 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35051139 attaacatggtatttagatgtgatccaatgaccctccttttatttttcaatttatacattctgttagatgattatatactttattttattcatgatagaa 35051238  T
Q  501 aagaaaatgattatatacattcttcactatgcattctgttatagtatgatttatgattttattctaacattaaaccatgtcttgtaggctattgaagtgg 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35051239 aagaaaatgattatatacattcttcactatgcattctgttatagtatgatttatgattttattctaacattaaaccatgtcttgtaggctattgaagtgg 35051338  T
Q  601 ggaatggtaaatggcatggttcagtttatggtataatttgtgcacctattgacaaagtttggaacatagtctcacaaactaagaaacttcctcaatggat 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35051339 ggaatggtaaatggcatggttcagtttatggtataatttgtgcacctattgacaaagtttggaacatagtctcacaaactaagaaacttcctcaatggat 35051438  T
Q  701 gccaatggtagaaagatgcactaccttagctggaaatgaagatgaaccaggttgtgttaggctagttt 768  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35051439 gccaatggtagaaagatgcactaccttagctggaaatgaagatgaaccaggttgtgttaggctagttt 35051506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University