View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2753_low_9 (Length: 567)

Name: NF2753_low_9
Description: NF2753
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2753_low_9
NF2753_low_9
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (18-558)||(24345352-24345894)
chr1 (18-527)||(24357652-24358166)
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (18-527)||(407631-408145)
chr3 (18-527)||(415797-416311)
chr3 (323-558)||(6457721-6457956)
chr3 (323-558)||(6758892-6759127)
chr3 (308-558)||(49962575-49962821)
chr3 (66-197)||(38791945-38792080)
chr3 (443-547)||(38792319-38792422)
chr3 (314-346)||(38792225-38792257)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (18-527)||(24184114-24184627)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (308-558)||(38176168-38176418)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (308-558)||(42632550-42632798)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (494-558)||(39676581-39676645)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 426; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 426; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 558
Target Start/End: Complemental strand, 24345894 - 24345352
Alignment:
Q  18 aaaataaagctaaaaagttgaaagagcggtgtcattttttataactgattaattcattcaataa----tagcacaaggagtgcaaaagactagagtttac 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  24345894 aaaataaagctaaaaagttgaaagagcggtgtcattttttataactgattaattcattcaataaagcctagcacaaggagtgcaaaaggctagagtttac 24345795  T
Q  114 aaacaaatccaaacaaacaaatctccacgcactgatgaaaacaaacatcgggaggcaccaaaggccgaaacagggaaaacaaaaggcatgtggctataca 213  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24345794 aaacaaatccaaacaaacaagtctccacgcactgatgaaaacaaacaccgggaggcaccaaaggccgaaacagggaaaacaaaaggcatgtggctataca 24345695  T
Q  214 acataacaacaaaaatccaatcatcatccaaactgcaaatgatgcagaccctcataccatgactgcagaaaac--nnnnnnnnnctcgtaacagcagtgt 311  Q
     |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||           ||||||||||||||||    
T  24345694 gcataacaacaaaaagccaatcatcacccaaactgcaaatcatgcagaccctcataccatgactgcagaaaacaaaaaaaaaaactcgtaacagcagtgt 24345595  T
Q  312 cttaatcttggcttttgatggctggatcattcaacttatgtctctgtgatgattgtgtttatccttcatatggtgtcgttccttcaaaaagagacaaagg 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24345594 cttaatcttggcttttgatggctggatcattcaacttatgtctc--tgatgattgtgttgatccttcatatggtgtcgttccttcaaaaagagacaaagg 24345497  T
Q  412 gattggtcttttttgtattaaaatctgattatattcccacacaataaaaaaccaatagattgcatttacatacaataagaaaacttcaaacaaatacctg 511  Q
    ||||||||  |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  24345496 gattggtc--ttttgtgttaaaatctgattgtattcccacacaataaaaaaccaatagattgcatttacaaacaataagaaaacttcaaacaaatacctg 24345399  T
Q  512 taacagatctgaacaagcagcattatggtttatgacctcagaataat 558  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24345398 taacagatctgaacaagcagcattatggtttatgacctcagaataat 24345352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 423; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 527
Target Start/End: Complemental strand, 24358166 - 24357652
Alignment:
Q  18 aaaataaagctaaaaagttgaaagagcggtgtcattttttataactgattaattcattcaataa----tagcacaaggagtgcaaaagactagagtttac 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  24358166 aaaataaagctaaaaagttgaaagagcggtgtcattttttataactgattaattcattcaataaagcctagcacaaggagtgcaaaaggctagagtttac 24358067  T
Q  114 aaacaaatccaaacaaacaaatctccacgcactgatgaaaacaaacatcgggaggcaccaaaggccgaaacagggaaaacaaaaggcatgtggctataca 213  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24358066 aaacaaatccaaacaaacaagtctccacgcactgatgaaaacaaacaccgggaggcaccaaaggccgaaacagggaaaacaaaaggcatgtggctataca 24357967  T
Q  214 acataacaacaaaaatccaatcatcatccaaactgcaaatgatgcagaccctcataccatgactgcagaaaacnnnnnnnnn-ctcgtaacagcagtgtc 312  Q
     |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||    
T  24357966 gcataacaacaaaaagccaatcatcgcccaaactgcaaatcatgcagaccctcataccatgactgcagaaaacaaaaaaaaaactcgtaacagcagtgtc 24357867  T
Q  313 ttaatcttggcttttgatggctggatcattcaacttatgtctctgtgatgattgtgtttatccttcatatggtgtcgttccttcaaaaagagacaaaggg 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24357866 ttaatcttggcttttgatggctggatcattcaacttatgtctctgtgatgattgtgttgatccttcatatggtgtcgttccttcaaaaagagacaaaggg 24357767  T
Q  413 attggtcttttttgtattaaaatctgattatattcccacacaataaaaaaccaatagattgcatttacatacaataagaaaacttcaaacaaatacctgt 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24357766 attggtcttttttgtattaaaatctgattgtattcccacacaataaaaaaccaatagattgcatttacatacaataagaaaacttcaaacaaatacctgt 24357667  T
Q  513 aacagatctgaacaa 527  Q
    |||||||||||||||    
T  24357666 aacagatctgaacaa 24357652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 423; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 423; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 527
Target Start/End: Original strand, 407631 - 408145
Alignment:
Q  18 aaaataaagctaaaaagttgaaagagcggtgtcattttttataactgattaattcattcaataa----tagcacaaggagtgcaaaagactagagtttac 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  407631 aaaataaagctaaaaagttgaaagagcggtgtcattttttataactgattaattcattcaataaagcctagcacaaggagtgcaaaaggctagagtttac 407730  T
Q  114 aaacaaatccaaacaaacaaatctccacgcactgatgaaaacaaacatcgggaggcaccaaaggccgaaacagggaaaacaaaaggcatgtggctataca 213  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  407731 aaacaaatccaaacaaacaagtctccacgcactgatgaaaacaaacaccgggaggcaccaaaggccgaaacagggaaaacaaaaggcatgtggctataca 407830  T
Q  214 acataacaacaaaaatccaatcatcatccaaactgcaaatgatgcagaccctcataccatgactgcagaaaac-nnnnnnnnnctcgtaacagcagtgtc 312  Q
     |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||    
T  407831 gcataacaacaaaaagccaatcatcgcccaaactgcaaatcatgcagaccctcataccatgactgcagaaaacaaaaaaaaaactcgtaacagcagtgtc 407930  T
Q  313 ttaatcttggcttttgatggctggatcattcaacttatgtctctgtgatgattgtgtttatccttcatatggtgtcgttccttcaaaaagagacaaaggg 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  407931 ttaatcttggcttttgatggctggatcattcaacttatgtctctgtgatgattgtgttgatccttcatatggtgtcgttccttcaaaaagagacaaaggg 408030  T
Q  413 attggtcttttttgtattaaaatctgattatattcccacacaataaaaaaccaatagattgcatttacatacaataagaaaacttcaaacaaatacctgt 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  408031 attggtcttttttgtattaaaatctgattgtattcccacacaataaaaaaccaatagattgcatttacatacaataagaaaacttcaaacaaatacctgt 408130  T
Q  513 aacagatctgaacaa 527  Q
    |||||||||||||||    
T  408131 aacagatctgaacaa 408145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 423; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 527
Target Start/End: Complemental strand, 416311 - 415797
Alignment:
Q  18 aaaataaagctaaaaagttgaaagagcggtgtcattttttataactgattaattcattcaataa----tagcacaaggagtgcaaaagactagagtttac 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  416311 aaaataaagctaaaaagttgaaagagcggtgtcattttttataactgattaattcattcaataaagcctagcacaaggagtgcaaaaggctagagtttac 416212  T
Q  114 aaacaaatccaaacaaacaaatctccacgcactgatgaaaacaaacatcgggaggcaccaaaggccgaaacagggaaaacaaaaggcatgtggctataca 213  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  416211 aaacaaatccaaacaaacaagtctccacgcactgatgaaaacaaacaccgggaggcaccaaaggccgaaacagggaaaacaaaaggcatgtggctataca 416112  T
Q  214 acataacaacaaaaatccaatcatcatccaaactgcaaatgatgcagaccctcataccatgactgcagaaaacnnnnnnnnn-ctcgtaacagcagtgtc 312  Q
     |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||    
T  416111 gcataacaacaaaaagccaatcatcgcccaaactgcaaatcatgcagaccctcataccatgactgcagaaaacaaaaaaaaaactcgtaacagcagtgtc 416012  T
Q  313 ttaatcttggcttttgatggctggatcattcaacttatgtctctgtgatgattgtgtttatccttcatatggtgtcgttccttcaaaaagagacaaaggg 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  416011 ttaatcttggcttttgatggctggatcattcaacttatgtctctgtgatgattgtgttgatccttcatatggtgtcgttccttcaaaaagagacaaaggg 415912  T
Q  413 attggtcttttttgtattaaaatctgattatattcccacacaataaaaaaccaatagattgcatttacatacaataagaaaacttcaaacaaatacctgt 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  415911 attggtcttttttgtattaaaatctgattgtattcccacacaataaaaaaccaatagattgcatttacatacaataagaaaacttcaaacaaatacctgt 415812  T
Q  513 aacagatctgaacaa 527  Q
    |||||||||||||||    
T  415811 aacagatctgaacaa 415797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 323 - 558
Target Start/End: Original strand, 6457721 - 6457956
Alignment:
Q  323 cttttgatggctggatcattcaacttatgtctctgtgatgattgtgtttatccttcatatggtgtcgttccttcaaaaagagacaaagggattggtcttt 422  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||| |||||| | ||  ||||| |||| | |||||| |||||||| ||||||||||| || |||    
T  6457721 cttttgatggctggatcattcaacttgcgtctctatgattattgtgctgatatttcatgtggttttgttcctacaaaaagacacaaagggattagtgttt 6457820  T
Q  423 tttgtattaaaatctgattatattcccacacaataaaaaaccaatagattgcatttacatacaataagaaaacttcaaacaaatacctgtaacagatctg 522  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||      
T  6457821 tttgtattaaaatttgattgtattcccacacaataaaaaaccaacagattgtattttcatataataagaagacttcaaaccaatacctgtaacatatcaa 6457920  T
Q  523 aacaagcagcattatggtttatgacctcagaataat 558  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||| ||| ||||    
T  6457921 aacaagtagcattatggtttgtgacctgagagtaat 6457956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 323 - 558
Target Start/End: Complemental strand, 6759127 - 6758892
Alignment:
Q  323 cttttgatggctggatcattcaacttatgtctctgtgatgattgtgtttatccttcatatggtgtcgttccttcaaaaagagacaaagggattggtcttt 422  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||| | |||| |||||| | ||  ||||| |||| | |||||| |||||||| ||||||||||| || |||    
T  6759127 cttttgatggctggatcattcaacttgcgtctttatgattattgtgctgatatttcatgtggttttgttcctacaaaaagacacaaagggattagtgttt 6759028  T
Q  423 tttgtattaaaatctgattatattcccacacaataaaaaaccaatagattgcatttacatacaataagaaaacttcaaacaaatacctgtaacagatctg 522  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||| |    
T  6759027 tttgtattaaaatttgattgtattcccacacaataaaaaaccaacagattgtattttcatataataagaagacttcaaaccaatacctgtaacaaatcag 6758928  T
Q  523 aacaagcagcattatggtttatgacctcagaataat 558  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||| ||| ||||    
T  6758927 aacaagtagcattatggtttgtgacctgagagtaat 6758892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 308 - 558
Target Start/End: Complemental strand, 49962821 - 49962575
Alignment:
Q  308 gtgtcttaatcttggcttttgatggctggatcattcaacttatgtctctgtgatgattgtgtttatccttcatatggtgtcgttccttcaaaaagagaca 407  Q
    |||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||  ||||||  ||| |||||||| |||    || |||||| |||||| || |||||||||    
T  49962821 gtgtcttattcatgtcttttgatggctggatcattcaacttgcgtctctaagattattgtgttgatc----atgtggtgttgttcctacagaaagagaca 49962726  T
Q  408 aagggattggtcttttttgtattaaaatctgattatattcccacacaataaaaaaccaatagattgcatttacatacaataagaaaacttcaaacaaata 507  Q
    |||||||| || |||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  49962725 aagggattagtgttttttgtattaaaatttgcttctattcccacacaataaaaaaccaacagattgtattttcatacaataagaagacttcaaaccaata 49962626  T
Q  508 cctgtaacagatctgaacaagcagcattatggtttatgacctcagaataat 558  Q
    |||| |||| ||| ||||||| |||||||| |||| |||||| ||| ||||    
T  49962625 cctgcaacaaatcagaacaagtagcattatagtttgtgacctgagagtaat 49962575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 66 - 197
Target Start/End: Original strand, 38791945 - 38792080
Alignment:
Q  66 ttaattcattcaataa----tagcacaaggagtgcaaaagactagagtttacaaacaaatccaaacaaacaaatctccacgcactgatgaaaacaaacat 161  Q
    ||||||||||||||||    ||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||     
T  38791945 ttaattcattcaataaagcctagcacaaggagtacaaaaggctagagattacaaacaaatcaaaacaaacaagcctccacgcaccgatgaaaacaaacac 38792044  T
Q  162 cgggaggcaccaaaggccgaaacagggaaaacaaaa 197  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38792045 caggaggcaccaaaggccgaaacagggaaaacaaaa 38792080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 443 - 547
Target Start/End: Original strand, 38792319 - 38792422
Alignment:
Q  443 tattcccacacaataaaaaaccaatagattgcatttacatacaataagaaaacttcaaacaaatacctgtaacagatctgaacaagcagcattatggttt 542  Q
    ||||||| || | ||||||||||| |  ||| |||| ||| ||||||||||||||||||| || |||||||| || || ||||||||| |||||||||||    
T  38792319 tattcccgcatagtaaaaaaccaacatgttgtatttccat-caataagaaaacttcaaaccaacacctgtaataggtcagaacaagcaacattatggttt 38792417  T
Q  543 atgac 547  Q
    |||||    
T  38792418 atgac 38792422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 314 - 346
Target Start/End: Original strand, 38792225 - 38792257
Alignment:
Q  314 taatcttggcttttgatggctggatcattcaac 346  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38792225 taatcttggcttttgatggctggatcattcaac 38792257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 422; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 422; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 527
Target Start/End: Original strand, 24184114 - 24184627
Alignment:
Q  18 aaaataaagctaaaaagttgaaagagcggtgtcattttttataactgattaattcattcaataa----tagcacaaggagtgcaaaagactagagtttac 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  24184114 aaaataaagctaaaaagttgaaagagcggtgtcattttttataactgattaattcattcaataaaacctagcacaaggagtgcaaaaggctagagtttac 24184213  T
Q  114 aaacaaatccaaacaaacaaatctccacgcactgatgaaaacaaacatcgggaggcaccaaaggccgaaacagggaaaacaaaaggcatgtggctataca 213  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24184214 aaacaaatccaaacaaacaagtctccacgcactgatgaaaacaaacactgggaggcaccaaaggccgaaacagggaaaacaaaaggcatgtggctataca 24184313  T
Q  214 acataacaacaaaaatccaatcatcatccaaactgcaaatgatgcagaccctcataccatgactgcagaaaacnnnnnnnnnctcgtaacagcagtgtct 313  Q
     |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||| ||||||||    
T  24184314 gcataacaacaaaaagccaatcatcacccaaactgcaaatcatgcagaccctcataccatgactgcagaaaacaaaaaaaaactcgtaacaacagtgtct 24184413  T
Q  314 taatcttggcttttgatggctggatcattcaacttatgtctctgtgatgattgtgtttatccttcatatggtgtcgttccttcaaaaagagacaaaggga 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24184414 taatcttggcttttgatggctggatcattcaacttatgtctctgtgatgattgtgttgatccttcatatggtgtcgttccttcaaaaagagacaaaggga 24184513  T
Q  414 ttggtcttttttgtattaaaatctgattatattcccacacaataaaaaaccaatagattgcatttacatacaataagaaaacttcaaacaaatacctgta 513  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  24184514 ttggtcttttttgtattaaaatctgattgtattcccacacaataaaaaaccaatagattgcatttacatacaataagaaaacttcaaacaaatatctgta 24184613  T
Q  514 acagatctgaacaa 527  Q
    ||||||||||||||    
T  24184614 acagatctgaacaa 24184627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 111; Significance: 9e-56; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 9e-56
Query Start/End: Original strand, 308 - 558
Target Start/End: Original strand, 38176168 - 38176418
Alignment:
Q  308 gtgtcttaatcttggcttttgatggctggatcattcaacttatgtctctgtgatgattgtgtttatccttcatatggtgtcgttccttcaaaaagagaca 407  Q
    |||||||| || || |||||||||||||||||||||||||   |||||| |||| ||||| || ||| ||||| |||||| |||||| ||||||||||||    
T  38176168 gtgtcttattcatgtcttttgatggctggatcattcaactcgcgtctctatgattattgtattgatcattcatgtggtgttgttcctacaaaaagagaca 38176267  T
Q  408 aagggattggtcttttttgtattaaaatctgattatattcccacacaataaaaaaccaatagattgcatttacatacaataagaaaacttcaaacaaata 507  Q
    |||||||| ||  ||||||||||||| | || || ||||||||| |||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  38176268 aagggattagtgatttttgtattaaattttgcttgtattcccacgcaataaaaaaccaacagattgtattttcatacaataagaagacttcaaaccaata 38176367  T
Q  508 cctgtaacagatctgaacaagcagcattatggtttatgacctcagaataat 558  Q
    |||| |||| ||| ||||||| |||||||| |||| |||||| ||| ||||    
T  38176368 cctgcaacaaatcagaacaagtagcattatagtttgtgacctgagagtaat 38176418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 100; Significance: 3e-49; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 308 - 558
Target Start/End: Original strand, 42632550 - 42632798
Alignment:
Q  308 gtgtcttaatcttggcttttgatggctggatcattcaacttatgtctctgtgatgattgtgtttatccttcatatggtgtcgttccttcaaaaagagaca 407  Q
    |||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||  |||| ||  || |||||| | ||  ||||| |||||| |||||| |||||||| |||    
T  42632550 gtgtcttagtcgtgtcttttgatggctggatcattcaacttgcgtctttg--attattgtgctgatatttcatgtggtgttgttcctacaaaaagacaca 42632647  T
Q  408 aagggattggtcttttttgtattaaaatctgattatattcccacacaataaaaaaccaatagattgcatttacatacaataagaaaacttcaaacaaata 507  Q
    |||| ||| || |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| | || |||||||| ||||||||| ||||    
T  42632648 aaggaattagtgttttttgtattaaaatttgattgtattcccacacaataaaaaactaatagattgtattttcttataataagaagacttcaaaccaata 42632747  T
Q  508 cctgtaacagatctgaacaagcagcattatggtttatgacctcagaataat 558  Q
    |||| |||| ||  ||||||| ||||||||||||| |||||| ||| ||||    
T  42632748 cctgcaacaaattagaacaagtagcattatggtttgtgacctgagagtaat 42632798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000008; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 494 - 558
Target Start/End: Original strand, 39676581 - 39676645
Alignment:
Q  494 acttcaaacaaatacctgtaacagatctgaacaagcagcattatggtttatgacctcagaataat 558  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||| ||  ||||||||| |||||| ||| ||||    
T  39676581 acttcaaaccaatacctgtaacaaatcagaacaagtagtgttatggtttgtgacctgagagtaat 39676645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University