View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2754_low_1 (Length: 748)

Name: NF2754_low_1
Description: NF2754
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2754_low_1
NF2754_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (19-735)||(28453276-28453984)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 585; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 585; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 735
Target Start/End: Original strand, 28453276 - 28453984
Alignment:
Q  19 atgagattaaaaaatacccattttgataattcatttgtttttgtctctttgcaggtcatatccttttatatggatttcaataatacactggtggggtggt 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28453276 atgagattaaaaaatacccattttgacaattcatttgtttttgtctctttgcaggtcatatccttttatatggatttcaataatacactggtggggtggt 28453375  T
Q  119 atggttgatgtagtttatatagtttaagactgaatgaaaactttctttctggtgaatttcattcttggtcgccgttttggttcgaaaaatagtaaattgt 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||     
T  28453376 atggttgatgtagtttatatagtttaagactgaatgaaaactttctttctggtgaatttcattcttggtcgccgttttggttcgaaaaatagtaacttgc 28453475  T
Q  219 gcgtataatgtccaggaaattcaacattgttttctggctctactagtataagtttaatgtaatttttctcaatacagttttctcataatttgaaacaacc 318  Q
    || |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||       
T  28453476 gcatataatgttcaggaaattcaacattgttttccggctctactagtataagtttaatgtaatttttctcaatacagttttctcataatttttctca--- 28453572  T
Q  319 gagcaccattcttttacacatgcctcaatcaagcttgattaagagcttacaattgggctcccaaacacggtattagcaattcttcttatgaagcttcttt 418  Q
       ||| |  ||   ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28453573 ---cacaaaact---acacatgcctcaatcaagcttgattaagagcttgcaattgggctcccaaacatggtattagcaattcttcttatgaagcttcttt 28453666  T
Q  419 atattatcgactttattttgatttatggtttcatagtggtcattagtagaatgcattcagctgttgatacttgataggatatatacgtagttggttgttt 518  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  28453667 atattatcgactttattttgatttatggtttcatagtggtcattagtagaatgcattcagctgttgatactttataggatatatacgtagttggttgttt 28453766  T
Q  519 gatatactgtttgtgtcttgcatatgttggtttgaagatgttgg-attacagctacatttgttatgcaatatgtatatttgatttatgttgacagttaag 617  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  28453767 gatatactgtttgtgtcttgcatatgttggtttgaagatgttggaattacagctacatttgttatccaatatgtatatttgatttatgttcacagttaag 28453866  T
Q  618 tgctaaagaaccttgaaatgattaagcgtgagcttatttttattttgcacaatgtaaagttgtaagcttgaatccaaaggagtacggaaacatttgcctt 717  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||    
T  28453867 tgctaaagagccttgaaatgattaagcgtgagcttatttttattttgcacaatgtaaagttgtaagcttgaatccataggagtacggaaacgtttgactt 28453966  T
Q  718 aacagttttcacatgttc 735  Q
    ||||||||||||||||||    
T  28453967 aacagttttcacatgttc 28453984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University