View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2755_low_11 (Length: 462)

Name: NF2755_low_11
Description: NF2755
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2755_low_11
NF2755_low_11
[»] chr5 (14 HSPs)
chr5 (18-450)||(39486399-39486831)
chr5 (24-407)||(39475452-39475829)
chr5 (24-450)||(39458103-39458517)
chr5 (27-428)||(39450949-39451344)
chr5 (31-336)||(39464451-39464750)
chr5 (31-435)||(39454592-39454984)
chr5 (25-438)||(39470578-39470979)
chr5 (25-422)||(39471983-39472368)
chr5 (185-419)||(39483361-39483592)
chr5 (24-157)||(39480319-39480452)
chr5 (25-428)||(39460197-39460591)
chr5 (30-155)||(43312605-43312730)
chr5 (374-438)||(39464376-39464440)
chr5 (373-411)||(43312382-43312420)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 429; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 429; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 450
Target Start/End: Original strand, 39486399 - 39486831
Alignment:
Q  18 atatccatccaagatgaagaaagcagaagtggtgattatcccttcacctggtgttggtcatctagtttccacccttgaatttgcaaagcttctaatcaac 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39486399 atatccatccaagatgaagaaagcagaagtggtgattatcccttcacctggtgttggtcatctagtttccacccttgaatttgcaaagcttctaatcaac 39486498  T
Q  118 cgtgataaccgtctccgaataaccatcttggtcatcaaattcccacacaccacagatgacgatgtcgatgtctacacaaaatcccttcccatttccgatt 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39486499 cgtgataaccgtctccgaataaccatcttggtcatcaaattcccacacaccacagatgacgatgtcgatgtctacacaaaatcccttcccatttccgatt 39486598  T
Q  218 ctctccaggtcatcaaccttccagaatgttctcttcccccaaacaccgaaccacgttttgtcatgaacgctctccttgaagctcagaaaccaaacgtcaa 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39486599 ctctccaggtcatcaaccttccagaatgttctcttcccccaaacaccgaaccacgttttgtcatgaacgctctccttgaagctcagaaaccaaacgtcaa 39486698  T
Q  318 acaagctgtatccaacctcactactagagaaggacaaccacctggacaccttgccgccttcgttgttgacatgttctgcaccaccatgattgatattgcc 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39486699 acaagctgtatccaacctcactactagagaaggacaaccacctggacaccttgccgccttcgttgttgacatgttctgcaccaccatgattgatattgcc 39486798  T
Q  418 aaagaattttccatccctgcgctcatattcttc 450  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  39486799 aaagaattttccatccctgcgctcatcttcttc 39486831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 148; E-Value: 6e-78
Query Start/End: Original strand, 24 - 407
Target Start/End: Original strand, 39475452 - 39475829
Alignment:
Q  24 atccaagatgaagaaagcagaagtggtgattatcccttcacctggtgttggtcatctagtttccacccttgaatttgcaaagcttctaatcaaccgtgat 123  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  || ||| |  | |||||| ||||||| ||||| ||||  |||||||||||||| ||||||    
T  39475452 atccaagatgaagaaagcagaagtggtgtttatcccttttcccggtctgagccatctaatttccacacttgagtttgtgaagcttctaatcaatcgtgat 39475551  T
Q  124 aaccgtctccgaataaccatcttggtcatcaaattcccacacaccacagatgacgatgtcgatgtctacacaaaatcccttcccatttccgattctctcc 223  Q
    |||||||||||| ||||  | || || ||||||||||||||||  |||||  | |||||| |      ||| ||||||||||| || || || ||||||     
T  39475552 aaccgtctccgagtaactgttttagttatcaaattcccacacataacagaaaatgatgtcaa------cactaaatcccttcctatctcagaatctctca 39475645  T
Q  224 aggtcatcaaccttccagaatgttctcttcccccaaacaccgaaccacgttt---tgtcatgaacgctctccttgaagctcagaaaccaaacgtcaaaca 320  Q
    |  |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||| ||||   |  |||||  |||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  39475646 acatcatcaaccttccagaagtttctcttcccccaaacaccgatccaggtttctcttccatgacagctctcctcgaagctcagaaaccaaacgtaaaaca 39475745  T
Q  321 agctgtatccaacctcactactagagaaggacaaccacctggacaccttgccgccttcgttgttgacatgttctgcaccaccatgat 407  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||   || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39475746 agctgtctccaacctcactactagagaaggaca---acatggacacctcgccgccttcgttgttgacatgttctgcaccaccatgat 39475829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 24 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 39458517 - 39458103
Alignment:
Q  24 atccaagatgaagaaagcagaagtggtgattatcccttcacctggtgttggtcatctagtttccacccttgaatttgcaaagcttctaatcaaccgtgat 123  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39458517 atccaggatgaagaaagcagaagtggtgattatctcttcacctggtgttggtcatctagtttccaccctcgaatttgcaaagcttctaatcaaccgtgat 39458418  T
Q  124 aaccgtctccgaataaccatcttggtcatcaaattcccacacaccacagatgacgatgtcgatgtctacacaaaatcccttcccatttccgattctctcc 223  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||      ||  | ||||||||||| ||||||||| ||||   |||||||||      
T  39458417 aaccgtctccgaataactatcttggtcatgaaatttccacacacaaca------gaaatagatgtctacactaaatcccttgccatcgacgattctctta 39458324  T
Q  224 aggtcatcaaccttccagaatgttctcttcccccaaacaccgaaccacgttttgtcatgaacgctctccttgaagctcagaaaccaaacgtcaaacaagc 323  Q
    |  |  || ||||||||||||||||||||||||||||| || |   |  ||  | ||||   | ||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  39458323 acattgtcgaccttccagaatgttctcttcccccaaactccaatataacttccggcatggtggatctcctcaaagctcagaaaccaaacgtcaaaaaagc 39458224  T
Q  324 tgtatccaacctcactactagagaaggacaaccacctggacaccttgccgccttcgttgttgacatgttctgcaccaccatgattgatattgccaaagaa 423  Q
     || |||||||||||||      ||| || |  |  ||||  ||| || || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||    
T  39458223 cgtctccaacctcacta------aagcaccagaaaatggagtcctagctgcattcattgttgacatgttctgcaccaccatgattgatgttgtaaaagaa 39458130  T
Q  424 ttttccatccctgcgctcatattcttc 450  Q
    |||||  ||||| ||||| | ||||||    
T  39458129 ttttctgtccctacgctcgtcttcttc 39458103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 27 - 428
Target Start/End: Original strand, 39450949 - 39451344
Alignment:
Q  27 caagatgaagaaagcagaagtggtgattatcccttcacctggtgttggtcatctagtttccacccttgaatttgcaaagcttctaatcaaccgtgataac 126  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||  | ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||    
T  39450949 caagatgaagaaagcagaagtggtgtttatcccttttcctggtgtgagccatctagtttccacccttgaattcgcgaagcttctaatcaatcgtgataac 39451048  T
Q  127 cgtctccgaataaccatcttggtcatcaaattcccacacaccacagatgacgatgtcgatgtctacacaaaatcccttcccatttccgattctctccagg 226  Q
    ||||||||| ||||  | || || |||||||||||||| |   ||||  |       |||||| |||| ||||||||||| || || ||||||||| |      
T  39451049 cgtctccgagtaactgttttagttatcaaattcccacatatatcagaaaa------tgatgtcaacactaaatcccttcctatctcagattctctcaaca 39451142  T
Q  227 tcatcaaccttccagaatgttctcttcccccaaacaccgaaccacgttt---tgtcatgaacgctctccttgaagctcagaaaccaaacgtcaaacaagc 323  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||| | ||| ||||   |  ||||   |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  39451143 tcatcaaccttccagaagtttctcttcctccaaacaccaatccaggtttcgcttccatgcctgctctcctcgaagctcagaaaccaaatgtcaaacaagc 39451242  T
Q  324 tgtatccaacctcactactagagaaggacaaccacctggacaccttgccgccttcgttgttgacatgttctgcaccaccatgattgatattgccaaagaa 423  Q
     || || |||||||||||| ||| |||| |   |  ||||  ||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39451243 cgtttctaacctcactactggaggaggaga---aaatggagtcctcgccaccatcgttgttgacatgttctgcaccaccatgattgatattgccaaagaa 39451339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 31 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 39464750 - 39464451
Alignment:
Q  31 atgaagaaagcagaagtggtgattatcccttcacctggtgttggtcatctagtttccacccttgaatttgcaaagcttctaatcaaccgtgataaccgtc 130  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||||||  || | ||| ||||||||||||||  ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  39464750 atgaagaaagcagaagtagtgtttatcccttttcccgctgtaggtcatctagtttctgcccttgagtttgcgaagcttctaatcaaccgtgataaccgtc 39464651  T
Q  131 tccgaataaccatcttggtcatcaaattcccacacaccacagatgacgatgtcgatgtctacacaaaatcccttcccatttccgattctctccaggtcat 230  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||| ||||     ||  |||||||||||| |||||| ||||||| || ||||||||  | |||||    
T  39464650 tccgaataaccatcttagtcatcaaactcccacaaaccgcaga-----at-ccgatgtctacactaaatccattcccatatctgattctcttaatgtcat 39464557  T
Q  231 caaccttccagaatgttctcttcccccaaacaccgaaccacgttttgtcatgaacgctctccttgaagctcagaaaccaaacgtcaaacaagctgtatcc 330  Q
    |||||||||||||  ||||||||||| || | | || ||| |||  |  ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||     
T  39464556 caaccttccagaagtttctcttccccaaacctctgatccaggttccgctatgaacgctctccttgatgctcacaaaccaaacgtcaaacaagccgtctct 39464457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 31 - 435
Target Start/End: Original strand, 39454592 - 39454984
Alignment:
Q  31 atgaagaaagcagaagtggtgattatcccttcacctggtgttggtcatctagtttccacccttgaatttgcaaagcttctaatcaaccgtgataaccgtc 130  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||| || || || |||||||||||||||||||||||||    
T  39454592 atgaagaaagcagaagtggtgtttatcccttctcctggtgttggccatttagtttccacccttgagttcgcgaaacttctaatcaaccgtgataaccgtc 39454691  T
Q  131 tccgaataaccatcttggtcatcaaattcccacacaccacagatgacgatgtcgatgtctacacaaaatcccttcccatttccgattctctccaggtcat 230  Q
    ||||||||||  | || ||| ||||||| |||||| |||| ||  ||      ||||| ||||  ||||| ||||| || ||||||||  |||   ||||    
T  39454692 tccgaataactgttttagtcctcaaatttccacacgccactga-aac-----tgatgtatacagtaaatctcttccaatctccgattcaatccgcatcat 39454785  T
Q  231 caaccttccagaatgttctcttcccccaaacaccgaaccacgttttgt-catgaacgctctccttgaagctcagaaaccaaacgtcaaacaagctgtatc 329  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||  | ||| ||||  | ||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  39454786 caaccttccagaatgctctcttcccccaaacactaatcca-gtttcctccatgtccgctcaccttgaagctcagaaaccaaacgtcaaacaagccgtatc 39454884  T
Q  330 caacctcactactagagaaggacaaccacctggacaccttgccgccttcgttgttgacatgttctgcaccaccatgattgatattgccaaagaattttcc 429  Q
     ||||||| |||| | ||||      ||  ||||  ||| || || |||||||||||||||| ||||||  ||||||||||| |||||||||| || |||    
T  39454885 taacctcattactggtgaag------caagtggagtcctcgcagctttcgttgttgacatgtcctgcacagccatgattgatgttgccaaagagttctcc 39454978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 25 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 39470979 - 39470578
Alignment:
Q  25 tccaagatgaagaaagcagaagtggtgattatcccttcacctggtgttggtcatctagtttccacccttgaatttgcaaagcttctaatcaaccgtgata 124  Q
    ||||| ||||||||||  ||||||||| |||||||||  || | ||| ||||||||||||||  || | || || || |||||||||||||||| |||||    
T  39470979 tccaacatgaagaaagtggaagtggtgtttatcccttttcccgctgtaggtcatctagtttctgccttagagttcgccaagcttctaatcaaccatgata 39470880  T
Q  125 accgtctccgaataaccatcttggtcatcaaattcccacacaccacagatgacgatgtcgatgtctacacaaaatcccttcccatttccgattctctcca 224  Q
    |||| ||| |||||||  |||| ||||| ||||||||||||||  ||||     || | ||||||||| | |||||| ||||||| || |||||||||||    
T  39470879 accgcctctgaataactgtcttagtcatgaaattcccacacactgcaga-----atct-gatgtctacgctaaatccattcccatctctgattctctcca 39470786  T
Q  225 ggtcatcaaccttccagaatgttctcttcccccaaacaccgaaccacgttttgtcatgaacgctctccttgaagctcagaaaccaaacgtcaaacaagct 324  Q
     ||||||||||||||||||  |||| ||| ||||| | | || ||| |||  |  |||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  39470785 tgtcatcaaccttccagaagtttctgttctcccaacctctgatccaggttcggatatgaacgctctcctcgaagctcataaagcaaacgtcaaacaagct 39470686  T
Q  325 gtatccaacctcactactagagaaggacaaccacctggacaccttgccgccttcgttgttgacatgttctgcaccaccatgattgatattgccaaagaat 424  Q
     | |||||||||||||||      ||| ||| || ||||| ||| |||||  || ||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||    
T  39470685 atctccaacctcactact------ggagaacaacatggacccctcgccgctgtcattgttgacatgttctgcacaaacatgattgatgttgccaaagaat 39470592  T
Q  425 tttccatccctgcg 438  Q
    ||||| ||||||||    
T  39470591 tttccctccctgcg 39470578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 25 - 422
Target Start/End: Original strand, 39471983 - 39472368
Alignment:
Q  25 tccaagatgaagaaagcagaagtggtgattatcccttcacctggtgttggtcatctagtttccacccttgaatttgcaaagcttctaatcaaccgtgata 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||  || | ||  |||||| |||||||  | || || ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  39471983 tccaagatgaagaaagcagaagtggtgtttgtcccttttccggctgagggtcatatagtttctgctctcgagtttgcgaagcttctaatcaaccgtgata 39472082  T
Q  125 accgtctccgaataaccatcttggtcatcaaattcccacacaccacagatgacgatgtcgatgtctacacaaaatcccttcccatttccgattctctcca 224  Q
    ||||||||||||||||  | || || |||||||||||||||| ||||||  ||     |||||||||||| ||||||||||| || |||||||| |||||    
T  39472083 accgtctccgaataactgttttagttatcaaattcccacacatcacaga-aac-----cgatgtctacactaaatcccttcctatctccgattcactcca 39472176  T
Q  225 ggtcatcaaccttccagaatgttctcttcccccaaacaccgaaccacgttttgtcatgaacgctctccttgaagctcagaaaccaaacgtcaaacaagct 324  Q
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || | | ||      ||||  || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||      
T  39472177 catcatcaaccttccagaatgttctcttgccccaaacacagatcaaggtccctctatgactgcgctcctcgaagctcagaaaccaaacgtcaaacaagta 39472276  T
Q  325 gtatccaacctcactactagagaaggacaaccacctggacaccttgccgccttcgttgttgacatgttctgcaccaccatgattgatattgccaaaga 422  Q
    ||||| ||||||| ||| |||  || | |      ||||  ||||||||| || |||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||    
T  39472277 gtatctaacctcattaccagatcagaaaa------tggagtccttgccgcttttgttgttgacatgttctgcacaaacatgattgatgttgccaaaga 39472368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 185 - 419
Target Start/End: Original strand, 39483361 - 39483592
Alignment:
Q  185 atgtctacacaaaatcccttcccatttccgattctctccaggtcatcaaccttccagaatgttctcttcccccaaacaccgaaccacgttttgtcatgaa 284  Q
    |||||||| | |||||||||||||| |  |||| |||  | || ||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||| | |  || || ||| ||    
T  39483361 atgtctaccctaaatcccttcccatctttgattttcttaatgtaatcaaccttccagaatgttatcttcccccaaacttcgatctagtttctgccatcaa 39483460  T
Q  285 cgctctccttgaagctcagaaaccaaacgtcaaacaagctgtatccaacctcactactagagaaggacaaccacctggacaccttgccgccttcgttgtt 384  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||   || |||||||||  ||||||||||||||    
T  39483461 cgctctccttgaagctcagaaaccaaacataatacaagctgtctccaacctcactactagagaaggaca---acatggacacctctccgccttcgttgtt 39483557  T
Q  385 gacatgttctgcaccaccatgattgatattgccaa 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  39483558 gacatgttctgcaccaccatgattgatgttgccaa 39483592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 24 - 157
Target Start/End: Original strand, 39480319 - 39480452
Alignment:
Q  24 atccaagatgaagaaagcagaagtggtgattatcccttcacctggtgttggtcatctagtttccacccttgaatttgcaaagcttctaatcaaccgtgat 123  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  39480319 atccaggatgaagaaagcagaagtggtgattatcccttcacctggtgttggtcatctagtttccacccttgaattcgcgaagcttctaatcaaccgtgat 39480418  T
Q  124 aaccgtctccgaataaccatcttggtcatcaaat 157  Q
    |||||||||||||||||  | |||||||| ||||    
T  39480419 aaccgtctccgaataactgttttggtcatgaaat 39480452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 25 - 428
Target Start/End: Original strand, 39460197 - 39460591
Alignment:
Q  25 tccaagatgaagaaagcagaagtggtgattatcccttcacctggtgttggtcatctagtttccacccttgaatttgcaaagcttctaatcaaccgtgata 124  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||  || |||    | ||||||| |||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||    
T  39460197 tccaagatgaagaaagcagaagttgtgtttatcccttttcccggtccgagccatctagattccacccttgagttcgcaaagcttctaaccaaccgtgata 39460296  T
Q  125 accgtctccgaataaccatcttggtcatcaaattcccacacaccacagatgacgatgtcgatgtctacacaaaatcccttcccatttccgattctctcca 224  Q
    | || |||||||| ||  || | ||||| ||| ||||| ||||  ||||     ||  ||||||  |||| ||||| ||||||| ||| ||||||||| |    
T  39460297 agcgcctccgaattactgtcctagtcatgaaactcccatacacatcaga-----atc-cgatgttaacactaaatcacttcccacttctgattctctcga 39460390  T
Q  225 ggtcatcaaccttccagaatgttctcttcccccaaacaccgaaccacgttttgtcatgaacgctctccttgaagctcagaaaccaaacgtcaaacaagct 324  Q
      |||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||  ||     ||||  ||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||     
T  39460391 catcatcaaccttccagaagtttctcttcccccaaacatcgaaccaacttccagaatgatggctttcctcgaagctcagaaatcaaacgtcaaacaagcc 39460490  T
Q  325 gtatccaacctcactacta-gagaaggacaaccacctggacaccttgccgccttcgttgttgacatgttctgcaccaccatgattgatattgccaaagaa 423  Q
    ||||| || ||||||||||  |||  || ||  || ||||  |||  | ||||| |||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||    
T  39460491 gtatctaatctcactactactaga--gaaaa--acatggaaccctcacagcctttgttgttgacatgttctgcactaaaatgattgatattgccaaagaa 39460586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 30 - 155
Target Start/End: Complemental strand, 43312730 - 43312605
Alignment:
Q  30 gatgaagaaagcagaagtggtgattatcccttcacctggtgttggtcatctagtttccacccttgaatttgcaaagcttctaatcaaccgtgataaccgt 129  Q
    ||||||||||  |||||||||| |||||||||| || ||||| || ||| |||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  43312730 gatgaagaaactagaagtggtgtttatcccttctccaggtgtgggacatttagtatccacccttgagtttgctaagcttctcatcaaccgtgataaccgt 43312631  T
Q  130 ctccgaataaccatcttggtcatcaa 155  Q
    |||||  ||||| |||||||||||||    
T  43312630 ctccgtgtaaccgtcttggtcatcaa 43312605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 374 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 39464440 - 39464376
Alignment:
Q  374 ccttcgttgttgacatgttctgcaccaccatgattgatattgccaaagaattttccatccctgcg 438  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||    
T  39464440 ccttcgttgttgacatgttctgcaccaacatgattgatgttgccaaggaattttccgtccctgcg 39464376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 373 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 43312420 - 43312382
Alignment:
Q  373 gccttcgttgttgacatgttctgcaccaccatgattgat 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43312420 gccttcgttgttgacatgttctgcaccaccatgattgat 43312382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University