View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2756_low_1 (Length: 823)

Name: NF2756_low_1
Description: NF2756
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2756_low_1
NF2756_low_1
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (1-817)||(46616274-46617091)
chr3 (346-719)||(29086187-29086558)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (212-809)||(46625426-46626011)
chr4 (212-780)||(1362415-1362978)
chr4 (490-768)||(39249614-39249891)
chr4 (709-790)||(3221520-3221601)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (212-780)||(2901902-2902466)
chr1 (212-780)||(52842399-52842958)
chr1 (490-780)||(10531872-10532162)
chr1 (212-418)||(10532600-10532797)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (212-817)||(32885420-32886020)
chr7 (631-780)||(9563651-9563800)
chr7 (240-464)||(9563355-9563572)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (437-786)||(23665823-23666172)
chr8 (356-790)||(4532874-4533303)
chr8 (437-688)||(23661667-23661918)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (349-682)||(20600018-20600351)
chr2 (628-780)||(37088619-37088771)
chr2 (343-393)||(14511067-14511116)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 697; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 697; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 817
Target Start/End: Complemental strand, 46617091 - 46616274
Alignment:
Q  1 ctggtttatgctcacactcgatataattatacatttcatttactcataannnnnnnatcacttatagattnnnnnnntttacgttaaaattttctttact 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||    
T  46617091 ctggtttatgctcacactcgatataattatacatttcatttactcataatttctttatcacttatagattaaaaaaatttacgttaaaattttctttact 46616992  T
Q  101 tgattatacattttaaatttcgccacccgagatttaagaattttttcttatagatttttt-aaaaaatatctaacatatctcacaagtttacccaacaac 199  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46616991 agattatacattttaaatttcgccacccgagatttaagaattttttcttatagatttttttaaaaaatatctaacatatctcacaagtttacccaacaac 46616892  T
Q  200 caacacttgaaatattgcttctattatgaacacacaagatacatccgatgtttgtaagttacatttgcactctcgaacttattatgatacaatttaattg 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46616891 caacacttgaaatattgcttctattatgaacacacaagatacatccgatgtttgtaagttacatttgcactctcgaacttattatgatacaatttaattg 46616792  T
Q  300 gaatgcatctcctaatggtttatacacagtcaaatgatctgcctacaagatgtgttt-gagtatttcagaccaacgatcaaactatcatgtctctagcaa 398  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  46616791 gaatgcatctcctaatggctcatacacagtcaaatgatttgcctacaagatgtattttgagtatttcagaccaacgatcaaactatcatgtctctggcga 46616692  T
Q  399 ttggaagttgatatggtcatgacatgttctgcctaaaatcaaacatttttgttggggattgtttcgcaactgtttacatacacgatttaatttgcaaggt 498  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46616691 ttggaagttgatatggtcatgacatgttctgcctaaaatcaaacatttttgttggggattgtttcgcaactgtttacatacacgatttaatttgcaaggt 46616592  T
Q  499 cgttgagtacattgccattcagcttgtgaggcttgcaaaacgacttggaaaatgaaatgcacttgtttatgcattgtaagtttgctattggttgttaaaa 598  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46616591 cgttgagtacattgccatttagcttgtgaggcttgcaaaacgacttggaaaatgaaatgcacttgtttatgcattgtaagtttgctattggttgttaaaa 46616492  T
Q  599 agcagcgaatctttgggggtatgatagcatcatacatgacgtccagtggaagtttttcatctattatctttgccattcttagagcgcttgaggtagaaaa 698  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46616491 agcagtgaatcttt-ggggtatgatagcatcatacatgacgtccggtggaagtttttcatctattatctttgccattcttagagcgcttgaggtagaaaa 46616393  T
Q  699 tcgtgttagatttgtagctatcttatggagtattttgcgagcgcttaatgcttgtttatgggagcaaaaaccagtcaatgcaaacacatctttgtgtcat 798  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46616392 tcgtgctagatttgtagctatcttatggagtattttgcgagcgcgtaatgcttgtttatgggagaaaaaaccagtcaatgcaaacacatctttgtgtcat 46616293  T
Q  799 aacattggatattcttcga 817  Q
    ||||||||||||| |||||    
T  46616292 aacattggatattgttcga 46616274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 78; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 346 - 719
Target Start/End: Complemental strand, 29086558 - 29086187
Alignment:
Q  346 aagatgtgtttgagtatttcagaccaacgatcaaactatcatgtctctagcaattggaagttgatatggtcatgacatgttctgcctaaaatcaaacatt 445  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||  || | |||||||||||||||||||   | |||||||||||||| |||  | ||||| |||||||||||||||||    
T  29086558 aagatatgtttgaatatttcagacgtacaaacaaactatcatgtctctagtgttcggaagttgatatgg-cattgcgtgttcagcctaaaatcaaacatt 29086460  T
Q  446 tttgttggggattgtttcgcaactgtttacatacacgatttaatttgcaaggtcgttgagtacattgccattcagcttgtgaggc--ttgcaaaacgact 543  Q
    |||||||| ||| | ||||  ||||  |||  ||  | ||||| |||||| ||||  |||| |||||| | |||||||||| ||   |  || |||||      
T  29086459 tttgttggagatggcttcggtactgcctacccacgaggtttaacttgcaaagtcg--gagtccattgctaatcagcttgtgtggtggtgccataacgatc 29086362  T
Q  544 tggaaaatgaaatgcacttgtttatgcattgtaagtttgctattggttgttaaaaagcagcgaatctttgggggtatgatagcatcatacatgacgtcca 643  Q
    ||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| || |||||  |||| ||| ||||||| ||| || |||||  ||| |||||||||| |    
T  29086361 tggaagatgaaatgcacatgtctatgcattgtaagtttgctactgattgttgtaaagaagcaaatctttaggg-taagatagagtcacacatgacgtcaa 29086263  T
Q  644 gtggaagtttttcatctattatctttgccattcttagagcgcttgaggtagaaaatcgtgttagatttgtagctat 719  Q
    | || |||||||| || |||||||||  ||||||||||| |||||| ||  | ||| |||||||||||||||||||    
T  29086262 gcggtagtttttcctccattatctttttcattcttagagtgcttgatgtgaagaatagtgttagatttgtagctat 29086187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 231; Significance: 1e-127; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 212 - 809
Target Start/End: Complemental strand, 46626011 - 46625426
Alignment:
Q  212 tattgcttctattatgaacacacaagatacatccgatgtttgtaagttacatttgcactctcgaacttattatgatacaatttaattggaatgcatctcc 311  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||  || |||||||||||||||| ||| |||||||||| | ||||||||| ||| |    
T  46626011 tattgcttctatcatgaacacgcaagatacatccgatatttgtaag--acctttgcactctcgaactgattctgatacaatt-atttggaatgcctcttc 46625915  T
Q  312 taatggtttatacacagtcaaatgatctgcctacaagatgtgtttgagtatttcagaccaacgatcaaactatcatgtctctagcaattggaagttgata 411  Q
    |||||| | ||||||||||||||   |||||||||| ||||        ||||  ||||||||||||||||||||||||||  || |||| |||||||||    
T  46625914 taatggctcatacacagtcaaat---ctgcctacaatatgt--------attttcgaccaacgatcaaactatcatgtctcgggcgattgtaagttgata 46625826  T
Q  412 tggtcatgacatgttctgcctaaaatcaaacatttttgttggggattgtttcgcaactgtttacatacacgatttaatttgcaaggtcgttgagtacatt 511  Q
    |||||||  |||||||  |||||||||||||||||||  ||| ||||| |||  || ||||||| |||||| |  ||||||||||||||| |||||| ||    
T  46625825 tggtcattgcatgttccacctaaaatcaaacattttttctggagattgcttcataattgtttacctacacggtcaaatttgcaaggtcgtggagtacctt 46625726  T
Q  512 gccattcagcttgtgaggcttgcaa----aacgacttggaaaatgaaatgcacttgtttatgcattgtaagtttgctattggttgttaaaaagcagcgaa 607  Q
    |||| ||||||||||   | |||||    |||||| | ||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||  ||||  |||||||| ||    
T  46625725 gccagtcagcttgtgttacatgcaataataacgacctagaagatgaaatgcacctttttatgcattgtaagtttgctattgactgttggaaagcagcaaa 46625626  T
Q  608 tctttgggggtatgatagcatcatacatgacgtccagtggaagtttttcatctattatctttgccattcttagagcgcttgaggtagaaaatcgtgttag 707  Q
    ||||||||| ||| |||||| | ||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||| ||     
T  46625625 tctttgggg-tattatagcaccgtacatgacgtccagtggcagtttttccgctattatctttgccattcttagagcgtttgaggcagaaaattgtgctaa 46625527  T
Q  708 atttgtagctatcttatggagtattttgcgagcgcttaatgcttgtttatgggagcaaaaaccagtcaatgcaaacacatctttgtgtcataacattgga 807  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||| |||||||||| |||||||    
T  46625526 atttgtagatatcttatggagtatttggcgcgcgcgtaatgcttgtttatgggagcgaaaaccagtcaattcaaactcatc-ttgtgtcatagcattgga 46625428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 6e-67
Query Start/End: Original strand, 212 - 780
Target Start/End: Original strand, 1362415 - 1362978
Alignment:
Q  212 tattgcttctattatgaacacacaagatacatccgatgtttgtaagttacatttgcactctcgaacttattatgatacaatttaat-tggaatgcatctc 310  Q
    |||||||| ||| | |||||| ||||| ||||  ||| |||||||||| | ||| |||||||||||| | | |||||||||  ||| | ||||||||| |    
T  1362415 tattgcttttataacgaacac-caagacacatatgatatttgtaagtttcctttccactctcgaactcactttgatacaat--aatatagaatgcatcac 1362511  T
Q  311 ctaatggtttatacacagtcaaatgatctgcctacaagatgtgtttgagtatttcagaccaacgatcaaactatcatgtctctagcaattggaagttgat 410  Q
    ||||||| | | |||| || ||||   |||| || ||||||||| |||||||||||||| | || ||||| ||||||||||| ||  |||||||||||||    
T  1362512 ctaatggatcacacacggttaaat---ctgcgtataagatgtgtgtgagtatttcagactagcggtcaaattatcatgtctcaagggattggaagttgat 1362608  T
Q  411 atggtcatgacatgttctgcctaaaatcaaacatttttgttggggattgtttcgcaactgtttacatacacgatttaatttgcaaggtcgttgagtacat 510  Q
    ||||||||    ||| | | | ||||||||||||||||| ||| ||||| |||||   ||||||| |||| | | |||||||||| ||||| |||| |||    
T  1362609 atggtcattgtgtgtcccgtcaaaaatcaaacatttttgctggagattgcttcgcggttgtttacctacaaggtctaatttgcaaagtcgtggagttcat 1362708  T
Q  511 tgccattcagcttgtgaggcttgcaaaa-cgacttggaaaatgaaatgcacttgtttatgcattgtaagtttgctattggttgttaaaaagcagcgaatc 609  Q
    ||||| ||| |||||| || ||||||   || | ||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||  | |||||  |||| | ||||||    
T  1362709 tgccagtcaacttgtgtggtttgcaatcgcggcctggaagatgaaatgcacatgtttatgcattgtaaatttgctacagattgttggaaagtatcgaatc 1362808  T
Q  610 tttgggggtatgatagcatcatacatgacgtccagtggaagtttttcatctattatctttgccattcttagagcgcttgaggtagaaaatcgtgttagat 709  Q
    ||| ||| || ||||||||| ||||||||  | |  || |||||||| |||||||| |||| ||| |||||| ||||||| || |||||||||| |  ||    
T  1362809 ttttggg-taagatagcatcgtacatgacaacaaacggtagtttttcctctattatgtttgtcatccttagatcgcttgaagtggaaaatcgtgctgaat 1362907  T
Q  710 ttgtagctatcttatggagtattttgcgagcgcttaatgcttgtttatgggagcaaaaaccagtcaatgca 780  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||| |||| || | |||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  1362908 ttgtagctatattatggagtatttggcgtgcgcgtagttcttgcttatgggaacaaaaaccagtcaatgca 1362978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 68; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 490 - 768
Target Start/End: Original strand, 39249614 - 39249891
Alignment:
Q  490 ttgcaaggtcgttgagtacattgccattcagcttgtgaggcttgcaa-aacgacttggaaaatgaaatgcacttgtttatgcattgtaagtttgctattg 588  Q
    |||||| ||||| || | |||||| | ||| |||||| || |||||| || ||| || || ||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||    
T  39249614 ttgcaaagtcgtggattccattgcgagtcaccttgtgtggtttgcaataatgacatgaaagatgaaatgcacatgtttatgcaatgcaagtttgctattg 39249713  T
Q  589 gttgttaaaaagcagcgaatctttgggggtatgatagcatcatacatgacgtccagtggaagtttttcatctattatctttgccattcttagagcgcttg 688  Q
     |||||  ||||  || || |||| |||| | |||||  |  ||||||| ||  || || |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  39249714 attgttggaaagaggcaaa-cttttggggcaagatagagttgtacatgatgttaagcggtagtttttcatatattatctttgtcattcttagagcgcttg 39249812  T
Q  689 aggtagaaaatcgtgttagatttgtagctatcttatggagtattttgcgagcgcttaatgcttgtttatgggagcaaaaa 768  Q
    | || || |||| || ||||||||| ||||| ||||| ||||||| ||| |||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  39249813 aagtggacaatcatgctagatttgtcgctattttatgaagtatttggcgtgcgcgtaatgcttgtttat-ggagcaaaaa 39249891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 709 - 790
Target Start/End: Original strand, 3221520 - 3221601
Alignment:
Q  709 tttgtagctatcttatggagtattttgcgagcgcttaatgcttgtttatgggagcaaaaaccagtcaatgcaaacacatctt 790  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||| || | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||    
T  3221520 tttgtagctattttatggagtatttggcgtgcacgtaatgcttgtttatgggaacaaaaaccagtcaatgcacaaacatctt 3221601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 160; Significance: 8e-85; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 8e-85
Query Start/End: Original strand, 212 - 780
Target Start/End: Original strand, 2901902 - 2902466
Alignment:
Q  212 tattgcttctattatgaacacacaagatacatccgatgtttgtaagttacatttgcactctcgaacttattatgatacaatttaattggaatgcatctcc 311  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||| | |||||| ||||||||    
T  2901902 tattgcttctatcatgaacacacaagatacatttgatatttgtaagttacctttgcactctcgaactcattctgatacaatt-atttggaacgcatctcc 2902000  T
Q  312 taatggtttatacacagtcaaatgatctgcctacaagatgtgtttgagtatttcagaccaacgatcaaactatcatgtctctagcaattggaagttgata 411  Q
     ||||| | ||||||| ||||||   || ||||||||||||||| ||||||||| |||||| |  ||||||||||||||||| |  ||||||||||||||    
T  2902001 caatggctcatacacaatcaaat---cttcctacaagatgtgttcgagtatttcggaccaaaggacaaactatcatgtctctggtgattggaagttgata 2902097  T
Q  412 tggtcatgacatgttctgcctaaaatcaaacatttttgttggggattgtttcgcaactgtttacatacacgatttaatttgcaaggtcgttgagtacatt 511  Q
    |||||||  | ||||| ||||||||| ||||||||||||||| | ||| |||| |  || ||||  ||  | |||||||||||| ||||| |||| ||||    
T  2902098 tggtcattgcgtgttccgcctaaaattaaacatttttgttggaggttgcttcgtagttgcttacccacgaggtttaatttgcaaagtcgtggagtccatt 2902197  T
Q  512 gccattcagcttgtgaggcttgcaa-aacgacttggaaaatgaaatgcacttgtttatgcattgtaagtttgctattggttgttaaaaagcagcgaatct 610  Q
    |||| |||||||||| || |||||| || ||||||||| ||||||||| | ||||||||||||| | |||| |||||| |||||  || | ||  || ||    
T  2902198 gccagtcagcttgtgtggtttgcaataatgacttggaagatgaaatgcgcatgtttatgcattgcatgttttctattgattgttggaatg-aggcaaact 2902296  T
Q  611 ttgggggtatgatagcatcatacatgacgtccagtggaagtttttcatctattatctttgccattcttagagcgcttgaggtagaaaatcgtgttagatt 710  Q
    ||  ||| | |||||  || ||| ||| ||| || || |||||||| |||||||| ||| |||||||||| |||||||| || || | ||||| ||||||    
T  2902297 tttagggaaagatagtgtcgtacgtgatgtcaagcggtagtttttcgtctattatgttttccattcttagtgcgcttgaagtggacactcgtgctagatt 2902396  T
Q  711 tgtagctatcttatggagtattttgcgagcgcttaatgcttgtttatgggagcaaaaaccagtcaatgca 780  Q
     || ||||| |||| |||||| | ||| || | ||||| ||||||||||||||||||  | |||||||||    
T  2902397 cgtcgctattttattgagtatatggcgcgcacgtaatggttgtttatgggagcaaaattctgtcaatgca 2902466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 150; E-Value: 7e-79
Query Start/End: Original strand, 212 - 780
Target Start/End: Complemental strand, 52842958 - 52842399
Alignment:
Q  212 tattgcttctattatgaacacacaagatacatccgatgtttgtaagttacatttgcactctcgaacttattatgatacaatttaat-tggaatgcatctc 310  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||| ||||| ||| |||||| ||| | |||||||||||||||| | | ||||||||  |||| ||||||||||| |    
T  52842958 tattacttctataatgaacacacaagacacatctgatatttgtaggttgcctttgcactctcgaactcactctgatacaa--taatatggaatgcatcac 52842861  T
Q  311 ctaatggtttatacacagtcaaatgatctgcctacaagatgtgtttgagtatttcagaccaacgatcaaactatcatgtctctagcaattggaagttgat 410  Q
    ||||||| | ||||||  | ||   |||||| || ||||||||  |||||||||||||||| || ||||| |||||||||||  |  |||||||||||||    
T  52842860 ctaatggctcatacacgattaa---atctgcgtataagatgtgcgtgagtatttcagaccagcggtcaaattatcatgtctcaggggattggaagttgat 52842764  T
Q  411 atggtcatgacatgttctgcctaaaatcaaacatttttgttggggattgtttcgcaactgtttacatacacgatttaatttgcaaggtcgttgagtacat 510  Q
    ||||||||    ||||  ||| ||||||||||||||||| ||| ||||| |||||  |||||||| |||| | | |||||||||| || || |||| |||    
T  52842763 atggtcattgtgtgttgcgccaaaaatcaaacatttttgctggagattgcttcgcggctgtttacctacaaggtctaatttgcaaagttgtggagtccat 52842664  T
Q  511 tgccattcagcttgtgaggcttgcaa-aacgacttggaaaatgaaatgcacttgtttatgcattgtaagtttgctattggttgttaaaaagcagcgaatc 609  Q
    ||||| ||| |||| | || ||||||    ||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |  | |||||  |||||||||||||    
T  52842663 tgccagtcaacttgcgtggtttgcaatcgtgacctggaagatgaaatgcacatgtttatgcattgtaaatttgccacagattgttggaaagcagcgaatc 52842564  T
Q  610 tttgggggtatgatagcatcatacatgacgtccagtggaagtttttcatctattatctttgccattcttagagcgcttgaggtagaaaatcgtgttagat 709  Q
    ||| || ||| ||||||||| ||||||||||| |  || |||||||| |||||||| |||||||| |||||| ||||||| || || |||| |||| |||    
T  52842563 ttt-ggagtaagatagcatcgtacatgacgtcaaacggtagtttttcctctattatgtttgccatccttagatcgcttgaagtggacaatcatgttggat 52842465  T
Q  710 ttgtagctatcttatggagtattttgcgagcgcttaatgcttgtttatgggagcaaaaaccagtcaatgca 780  Q
    |||||||||| ||| ||||||||| | | ||     |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  52842464 ttgtagctatattaaggagtatttggtgtgc-----atgcttgtttatgggaacaaaaaccagtcaatgca 52842399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 490 - 780
Target Start/End: Complemental strand, 10532162 - 10531872
Alignment:
Q  490 ttgcaaggtcgttgagtacattgccattcagcttgtgaggcttgcaa-aacgacttggaaaatgaaatgcacttgtttatgcattgtaagtttgctattg 588  Q
    |||||| ||||| |||| |||||||| |||| ||||| || |||||| || ||||||||| ||||||||| | | |||||||| || |||||||||||||    
T  10532162 ttgcaaagtcgtagagtccattgccaatcagtttgtgtggtttgcaataatgacttggaagatgaaatgcccatatttatgcactgcaagtttgctattg 10532063  T
Q  589 gttgttaaaaagcagcgaatctttgggggtatgatagcatcatacatgacgtccagtggaagtttttcatctattatctttgccattcttagagcgcttg 688  Q
     |||||  ||||  || ||| | ||  |  | |||||  || ||||||| ||| ||  | |||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  10532062 attgttggaaagaggcaaatatatgaagcaa-gatagagtcgtacatgatgtcaagcagcagttcttcatctattatcttttccattcttagaacgcttg 10531964  T
Q  689 aggtagaaaatcgtgttagatttgtagctatcttatggagtattttgcgagcgcttaatgcttgtttatgggagcaaaaaccagtcaatgca 780  Q
    | || || | | ||| |||||| || ||||| | ||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  10531963 aagtggacagttgtgctagattagtcgctatttcatggagtatttggcgcgcgcgtaatgcttgtttatgggagcaaaaacctgtcaatgca 10531872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 212 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 10532797 - 10532600
Alignment:
Q  212 tattgcttctattatgaacacacaagatacatccgatgtttgtaagttacatttgcactctcgaacttattatgatacaatttaattggaatgcatctcc 311  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||     ||| |||||||||||  |||||||||||||||| | |||||||||| ||| |||||||||||||      
T  10532797 tattgcttctatcatgaacacataagatat----gatatttgtaagttatctttgcactctcgaactgaatatgatacaa-ttatttggaatgcatct-t 10532704  T
Q  312 taatggtttatacacagtcaaatgatctgcctacaagatgtgtttgagtatttcagaccaacgatcaaactatcatgtctctagcaattggaagttgata 411  Q
    |||||| | ||||| ||| ||   ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||   |  |||||||||| |||    
T  10532703 taatggctcatacatagtaaa---atctgcctataagatgtgtttgagtatttcagaccaaaggacaaactatcatgtcttaggtgattggaagttaata 10532607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 145; Significance: 7e-76; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 212 - 817
Target Start/End: Complemental strand, 32886020 - 32885420
Alignment:
Q  212 tattgcttctattatgaacacacaagatacatccgatgtttgtaagttacatttgcactctcgaacttattatgatacaatttaattggaatgcatctcc 311  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||| || |  ||| |||||||||| | |||||||||| ||||| | | |||||||||  | ||||||||||||||     
T  32886020 tattgattctataatgaacacacaagacacgtatgatatttgtaagtttcctttgcactcttgaactcactctgatacaata-atttggaatgcatctca 32885922  T
Q  312 taatggtttatacacagtcaaatgatctgcctacaagatgtgtttgagtatttcagaccaacgatcaaactatcatgtctctagcaattggaagttgata 411  Q
    |||||  | ||||||| ||||||   |||| || |||| |||||| |||||||||| |||| | ||||| ||||||||||   |  ||||||||||||||    
T  32885921 taatgtctcatacacaatcaaat---ctgcatataagacgtgtttaagtatttcagtccaatggtcaaattatcatgtcttcggggattggaagttgata 32885825  T
Q  412 tggtcatgacatgttctgcctaaaatcaaacatttttgttggggattgtttcgcaactgtttacatacacgatttaatttgcaaggtcgttgagtacatt 511  Q
    |||||||    ||||| ||| |||||||||||| |||||||| ||||  || ||| |||||||| |||| | |||||||||||| ||||| |||| ||||    
T  32885824 tggtcattgtgtgttccgccaaaaatcaaacatctttgttggagattactttgcagctgtttacctacaaggtttaatttgcaaagtcgtggagtccatt 32885725  T
Q  512 gccattcagcttgtgaggcttgcaaa-acgacttggaaaatgaaatgcacttgtttatgcattgtaagtttgctattggttgttaaaaagcagcgaatct 610  Q
    |||| ||| ||| || || ||| ||  | ||| ||||| ||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||  | |||||  ||||||||||||||    
T  32885724 gccaatcaacttatgtgggttgtaatcatgacctggaagatgaaattcacatgtttatgcattgtaaatttgctagcgattgttggaaagcagcgaatct 32885625  T
Q  611 ttgggggtatgatagcatcatacatgacgtccagtggaagtttttcatctattatctttgccattcttagagcgcttgaggtagaaaatcgtgttagatt 710  Q
    |||||| ||  |||||||||||||||| ||| || |  |||||||  |||||||| ||||||| |||||||| |||| | || ||||||| || ||||||    
T  32885624 ttgggg-taacatagcatcatacatgatgtcaagcgatagttttttctctattatgtttgccactcttagagtgcttaaagtggaaaatcatgctagatt 32885526  T
Q  711 tgtagctatcttatggagtattttgcgagcgcttaatgcttgtttatgggagcaaaaaccagtcaatgcaaacacatctttgtgtcataacattggatat 810  Q
    ||||||||| ||||||| | ||||||  |||| |||| |||| || | ||| |||||||||| ||||||| ||| ||| ||||||  || ||||||||||    
T  32885525 tgtagctatattatggaattttttgcctgcgcgtaattcttgcttttaggaacaaaaaccagccaatgcacacatatc-ttgtgttctagcattggatat 32885427  T
Q  811 tcttcga 817  Q
    | |||||    
T  32885426 tgttcga 32885420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 631 - 780
Target Start/End: Original strand, 9563651 - 9563800
Alignment:
Q  631 tacatgacgtccagtggaagtttttcatctattatctttgccattcttagagcgcttgaggtagaaaatcgtgttagatttgtagctatcttatggagta 730  Q
    ||||||| ||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  | || |  |||| |||||||||  |||| |||| |||||    
T  9563651 tacatgatgtcaagtggtagttttttatctattatctttgccattcttagagcgcttgaattggacagccgtgctagatttgtcactattttatagagta 9563750  T
Q  731 ttttgcgagcgcttaatgcttgtttatgggagcaaaaaccagtcaatgca 780  Q
    ||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  9563751 tttggcgcgcgcgtaatgcttgtttatgggagcaaaaacctgtcaatgca 9563800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 240 - 464
Target Start/End: Original strand, 9563355 - 9563572
Alignment:
Q  240 acatccgatgtttgtaagttacatttgcactctcgaacttattatgatacaatttaattggaatgcatctcctaatggtttatacacagtcaaatgatct 339  Q
    ||||||||| ||||||||||   |||||||||| ||||| || ||   |||||| | || ||||||||||| ||||||  |||||||||||||||   |     
T  9563355 acatccgatatttgtaagttgtctttgcactcttgaactcatcat---acaatt-attttgaatgcatctcataatggcatatacacagtcaaat---cg 9563447  T
Q  340 gcctacaagatgtgtttgagtatttcagaccaacgatcaaactatcatgtctctagcaattggaagttgatatggtcatgacatgttctgcctaaaatca 439  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||| | |  ||| |||||||||||||||||  | ||||| |||| |||| |    
T  9563448 gcctacaagatgagtttgagtatttcacaccaaaggtcaaactatcatgtctttggtgattagaagttgatatggtcattgcgtgttccgccttaaatta 9563547  T
Q  440 aacatttttgttggggattgtttcg 464  Q
    || |  |||||||| ||||| ||||    
T  9563548 aaaaaatttgttggagattgcttcg 9563572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 91; Significance: 1e-43; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 437 - 786
Target Start/End: Complemental strand, 23666172 - 23665823
Alignment:
Q  437 tcaaacatttttgttggggattgtttcgcaactgtttacatacacgatttaatttgcaaggtcgttgagtacattgccattcagcttgtgaggcttgcaa 536  Q
    ||||||||||||| ||| ||||| ||||| | ||||||| |||| | | |||||||||| ||||| |||| |||||||| ||| |||| |  | ||||||    
T  23666172 tcaaacatttttgatggagattgcttcgcgattgtttacctacaaggtctaatttgcaaagtcgtggagttcattgccagtcaacttgcgttgtttgcaa 23666073  T
Q  537 aa-cgacttggaaaatgaaatgcacttgtttatgcattgtaagtttgctattggttgttaaaaagcagcgaatctttgggggtatgatagcatcatacat 635  Q
       |||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||  | ||| |  |||||| | ||||||||||| || ||||||||| |||||    
T  23666072 tcgcgacctggaagatgaaatgcacatgtttatgcattgtaaatttgctacagattggtggaaagcatcaaatctttgggg-taagatagcatcgtacat 23665974  T
Q  636 gacgtccagtggaagtttttcatctattatctttgccattcttagagcgcttgaggtagaaaatcgtgttagatttgtagctatcttatggagtattttg 735  Q
    |||||| |     |||||||| |||||||| |||||||| |||||| ||||||  ||  ||||||||| |  |||||||||||| ||||||||||||| |    
T  23665973 gacgtcaaacaacagtttttcctctattatgtttgccatccttagatcgcttgtagtgaaaaatcgtgctgaatttgtagctatattatggagtatttgg 23665874  T
Q  736 cgagcgcttaatgcttgtttatgggagcaaaaaccagtcaatgcaaacaca 786  Q
     | |||| ||||||||  |||||||| |||||||| ||||||||| |||||    
T  23665873 agtgcgcgtaatgctttcttatgggaacaaaaacccgtcaatgcacacaca 23665823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 356 - 790
Target Start/End: Original strand, 4532874 - 4533303
Alignment:
Q  356 tgagtatttcagaccaacgatcaaactatcatgtctctagcaattggaagttgatatggtcatgacatgttctgcctaaaatcaaacatttttgttgggg 455  Q
    |||||||||||||| | |  ||||| |||||||| ||  |  |||| ||||||||||||||||    ||| | ||| ||||||||| ||||||| ||| |    
T  4532874 tgagtatttcagactagcagtcaaattatcatgtttcagggtattgaaagttgatatggtcattgtgtgtcccgccaaaaatcaaatatttttgctggag 4532973  T
Q  456 attgtttcgcaactgtttacatacacgatttaatttgcaaggtcgttgagtacattgccattcagcttgtgaggcttgcaaaac-gacttggaaaatgaa 554  Q
    |||| |||||   ||||||  |||| | | |||||||||||||||| || | |||||||| ||| |||| | || ||||||    ||| ||||| |||||    
T  4532974 attgcttcgcggttgtttatctacaaggtctaatttgcaaggtcgtggaattcattgccagtcaacttgcgtggtttgcaatcgtgacctggaagatgaa 4533073  T
Q  555 atgcacttgtttatgcattgtaagtttgctattggttgttaaaaagcagcgaatctttgggggtatgatagcatcatacatgacgtccagtggaagtttt 654  Q
    |||||| |||||||||||      |||||||  | |||||  |||||| |||||||||||||  | ||||||||| ||||||| ||| |   | ||||||    
T  4533074 atgcacatgtttatgcata-----tttgctacagattgttggaaagcatcgaatctttggggtga-gatagcatcgtacatgatgtcaaacagtagtttt 4533167  T
Q  655 tcatctattatctttgccattcttagagcgcttgaggtagaaaatcgtgttagatttgtagctatcttatggagtattttgcgagcgcttaatgcttgtt 754  Q
    || |||||||| |||| ||| |||||| ||||||| || |||||||||| |  |||||||||||| ||||||||||||| ||| |||| || |||||| |    
T  4533168 tcctctattatgtttgtcatccttagatcgcttgaagtggaaaatcgtgctgaatttgtagctatattatggagtatttggcgtgcgcgtattgcttgct 4533267  T
Q  755 tatgggagcaaaaaccagtcaatgcaaacacatctt 790  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| || ||||||    
T  4533268 tatgggaacaaaaaccagtcaatgcacacgcatctt 4533303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 61; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 437 - 688
Target Start/End: Complemental strand, 23661918 - 23661667
Alignment:
Q  437 tcaaacatttttgttggggattgtttcgcaactgtttacatacacgatttaatttgcaaggtcgttgagtacattgccattcagcttgtgaggcttgcaa 536  Q
    ||||||||||||| ||| ||||| ||||| | ||||||| |||| | | |||||||||| ||||| |||| |||||||| ||| |||| |  | ||||||    
T  23661918 tcaaacatttttgatggagattgcttcgcgattgtttacctacaaggtctaatttgcaaagtcgtggagttcattgccagtcaacttgcgttgtttgcaa 23661819  T
Q  537 aa-cgacttggaaaatgaaatgcacttgtttatgcattgtaagtttgctattggttgttaaaaagcagcgaatctttgggggtatgatagcatcatacat 635  Q
       |||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||  | ||| |  |||||| | ||||||| |||||| ||||||||| |||||    
T  23661818 tcgcgacctggaagatgaaatgcacatgtttatgcattgtaaatttgctacagattggtggaaagcatcaaatcttt-ggggtaagatagcatcgtacat 23661720  T
Q  636 gacgtccagtggaagtttttcatctattatctttgccattcttagagcgcttg 688  Q
    |||||| |     |||||||| |||||||| |||||||| |||||| ||||||    
T  23661719 gacgtcaaacaacagtttttcctctattatgtttgccatccttagatcgcttg 23661667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 71; Significance: 1e-31; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 349 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 20600351 - 20600018
Alignment:
Q  349 atgtgtttgagtatttcagaccaacgatcaaactatcatgtctctagcaattggaagttgatatggtcatgacatgttctgcctaaaatcaaacattttt 448  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||  ||||  || |||||||| |  ||||||||||||||||||||  || || || ||||||||||||||||||||    
T  20600351 atgtgtttgaacatttcagaccaacggacaaaacataatgtctctggtgattggaagttgatatggtcactacgtggtccgcctaaaatcaaacattttt 20600252  T
Q  449 gttggggattgtttcgcaactgtttacatacacgatttaatttgcaaggtcgttgagtacattgccattcagcttgtgaggcttgcaa-aacgacttgga 547  Q
    ||||| ||||| || ||| |||  ||| |||  | |||||  || ||  |||| |||| |||||| | | |||||||| || || ||| |||||||||||    
T  20600251 gttggagattgctttgcagctgcctacctacgaggtttaacctgaaaattcgtagagtccattgctagttagcttgtgtggtttccaataacgacttgga 20600152  T
Q  548 aaatgaaatgcacttgtttatgcattgtaagtttgctattggttgttaaaaagcagcgaatctttgggggtatgatagcatcatacatgacgtccagtgg 647  Q
    | ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |  || |||||  |||| |||||| ||||  ||| | |||||   | |||||||| || |||||    
T  20600151 agatgaaatgcacatgtttttgcattgtaagtttgttggtgattgttcgaaagaagcgaaccttt-tgggcaagatagagccgtacatgacatcaagtgg 20600053  T
Q  648 aagtttttcatctattatctttgccattcttagag 682  Q
      ||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  20600052 ttgtttttcctctcttatctttgccattcttagag 20600018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 628 - 780
Target Start/End: Original strand, 37088619 - 37088771
Alignment:
Q  628 tcatacatgacgtccagtggaagtttttcatctattatctttgccattcttagagcgcttgaggtagaaaatcgtgttagatttgtagctatcttatgga 727  Q
    |||||||||||||  ||| | ||||||||||| ||||||||||  |||||| ||| | |||  |  ||||| |||| ||||||||||| ||| |||||||    
T  37088619 tcatacatgacgttaagtagtagtttttcatccattatctttgatattcttggagtgtttgtagcggaaaaccgtgctagatttgtaggtattttatgga 37088718  T
Q  728 gtattt--tgcgagcgcttaatgcttgtttatgggagcaaaaaccagtcaatgca 780  Q
    ||||||  |||||||||  ||||| |||||||||||||||||||  |||||||||    
T  37088719 gtatttggtgcgagcgc--aatgcatgtttatgggagcaaaaacttgtcaatgca 37088771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 343 - 393
Target Start/End: Original strand, 14511067 - 14511116
Alignment:
Q  343 tacaagatgtgtttgagtatttcagaccaacgatcaaactatcatgtctct 393  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| |  |||||||||||||||||    
T  14511067 tacaagatgtgtt-gagtatttcagaccaaagcacaaactatcatgtctct 14511116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University