View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2761_low_4 (Length: 657)

Name: NF2761_low_4
Description: NF2761
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2761_low_4
NF2761_low_4
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (1-642)||(4712436-4713077)
chr7 (4-527)||(4846506-4847029)
chr7 (7-524)||(4697678-4698195)
chr7 (4-501)||(4784346-4784843)
chr7 (4-466)||(4816810-4817272)
chr7 (7-453)||(4863000-4863446)
chr7 (127-401)||(4652751-4653025)
chr7 (169-404)||(4642977-4643212)
chr7 (169-410)||(4666208-4666449)
chr7 (169-410)||(4661077-4661318)
chr7 (169-401)||(4630182-4630414)
chr7 (169-518)||(4636130-4636479)
chr7 (201-401)||(4671945-4672145)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (226-373)||(5479246-5479396)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 642; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 642; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 642
Target Start/End: Complemental strand, 4713077 - 4712436
Alignment:
Q  1 atatttgtactcttaacgtcacggtgtatgatattatgcttcgcaccttcatgaagataatgcaatccccttgctgcacataatagaatattaagtcttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4713077 atatttgtactcttaacgtcacggtgtatgatattatgcttcgcaccttcatgaagataatgcaatccccttgctgcacataatagaatattaagtcttt 4712978  T
Q  101 gattccacctaagaggttcgttatccgaaccatagagatgttcacggagagtgccatgttccataaagtcataaacaagaatcatctctgcatcttcatt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4712977 gattccacctaagaggttcgttatccgaaccatagagatgttcacggagagtgccatgttccataaagtcataaacaagaatcatctctgcatcttcatt 4712878  T
Q  201 gcaatatccaatgagggaaactaagtgaatatgacgaagctgagagagcaactcgatttcattcatgaattcatttagaccttgtcgagaacccaattta 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4712877 gcaatatccaatgagggaaactaagtgaatatgacgaagctgagagagcaactcgatttcattcatgaattcatttagaccttgtcgagaacccaattta 4712778  T
Q  301 cgacgttttatcgcaacaggtatgagtccatcaatgtaacctttgtacacgttgccgaatcctccaaccccgatgataaaaatatcttcgaagttgtttg 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4712777 cgacgttttatcgcaacaggtatgagtccatcaatgtaacctttgtacacgttgccgaatcctccaaccccgatgataaaaatatcttcgaagttgtttg 4712678  T
Q  401 tagcggctcttatttccactatagtaaaacatcgacacaaatgggatggtaaaattgatgaaccttcattatttatcttccaatgactttctttcatttc 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4712677 tagcggctcttatttccactatagtaaaacatcgacacaaatgggatggtaaaattgatgaaccttcattatttatcttccaatgactttctttcatttc 4712578  T
Q  501 aaattgagattcaaatcttcttcttctaagaaaaactattactcccattataaatgctagcaagagacatgataatccaaccaaagcaaacatgactatg 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4712577 aaattgagattcaaatcttcttcttctaagaaaaactattactcccattataaatgctagcaagagacatgataatccaaccaaagcaaacatgactatg 4712478  T
Q  601 ggtgatttcttcgacttcgatcgtcgatttggagatgatggt 642  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4712477 ggtgatttcttcgacttcgatcgtcgatttggagatgatggt 4712436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 527
Target Start/End: Complemental strand, 4847029 - 4846506
Alignment:
Q  4 tttgtactcttaacgtcacggtgtatgatattatgcttcgcaccttcatgaagataatgcaatccccttgctgcacataatagaatattaagtctttgat 103  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||| |  ||||||||||    
T  4847029 tttgtactcttaacgtcacgatgtatgatattgtgcttcgcaccttcatgaagataattcaacccccttgctgcacctaatagaatctcgagtctttgat 4846930  T
Q  104 tccacctaagaggttcgttatccgaaccatagagatgttcacggagagtgccatgttccataaagtcataaacaagaatcatctctgcatcttcattgca 203  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  4846929 tccacctaagaggttcattatccgaaccatagagatgttcactgagagtaccacgttgcatgaagtcataaactagaatcatctctgcatcttcgttgca 4846830  T
Q  204 atatccaatgagggaaactaagtgaatatgacgaagctgagagagcaactcgatttcattcatgaattcatttagaccttgtcgagaacccaatttacga 303  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||    
T  4846829 atatccaatgagggaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcatctcgatttcattcatgaattcatttagaccttatcgagaacccggtttacga 4846730  T
Q  304 cgttttatcgcaacaggtatgagtccatcaatgtaacctttgtacacgttgccgaatcctccaaccccgatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtag 403  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4846729 cgttttatcgcaacaggtgtgagtccattgatgtaacctttgtacacgttgccgaaccctccagctccaatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtag 4846630  T
Q  404 cggctcttatttccactatagtaaaacatcgacacaaatgggatggtaaaattgatgaaccttcattatttatcttccaatgactttctttcatttcaaa 503  Q
    |  ||||||| ||| |||| |||||| | || ||||||||||| |||||| |||| |||||||| || ||| |||||||   |||||||| ||||| ||     
T  4846629 cttctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggacggtaaagttgaggaaccttctttgtttgtcttccatgaactttcttccatttgaag 4846530  T
Q  504 ttgagattcaaatcttcttcttct 527  Q
     | |||||||||||||||||||||    
T  4846529 attagattcaaatcttcttcttct 4846506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 7 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 4698195 - 4697678
Alignment:
Q  7 gtactcttaacgtcacggtgtatgatattatgcttcgcaccttcatgaagataatgcaatccccttgctgcacataatagaatattaagtctttgattcc 106  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |  || |||||||| |  |||||||| |  ||||| |  ||||    
T  4698195 gtactcttcacatcacggtgtatgatattgtgcttcgcacctgcatgaagataatgtaggcctcttgctgcccccaatagaatctcgagtctcttcttcc 4698096  T
Q  107 acctaagaggttcgttatccgaaccatagagatgttcacggagagtgccatgttccataaagtcataaacaagaatcatctctgcatcttcattgcaata 206  Q
    |  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  4698095 aagtaagaggttcgttatccgaaccatagagatattcacgaagagtgccacgttccatgaagtcgtaaacgagaatcatctctgcaccttcgttgcaata 4697996  T
Q  207 tccaatgagggaaactaagtgaatatgacgaagctgagagagcaactcgatttcattcatgaattcatttagaccttgtcgagaacccaatttacgacgt 306  Q
    ||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||| ||||||||  |||   ||||    
T  4697995 tccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagttgagagagcaactcgatttcattcatgaactcgtttacaccttgttgagaacccggtttcaaacgt 4697896  T
Q  307 tttatcgcaacaggtatgagtccatcaatgtaacctttgtacacgttgccgaatcctccaaccccgatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtagcgg 406  Q
    ||||| || |||||| |   | |||| |||||||||||| ||||||| || || |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4697895 tttattgctacaggtgtaccttcatcgatgtaacctttgaacacgttaccaaaccctccaactccaatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtagcgg 4697796  T
Q  407 ctcttatttccactatagtaaaacatcgacacaaatgggatggtaaaattgatgaaccttcattatttatcttccaatgactttctttcatttcaaattg 506  Q
    ||||||| ||| |||| |||||| | || |||||||||||||||||| |||| |||||||| ||  || || ||||   |||||||| ||||||||  ||    
T  4697795 ctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaagttgacgaaccttcttttcttgtcctccatgaactttcttccatttcaatatg 4697696  T
Q  507 agattcaaatcttcttct 524  Q
    |||||||| |||||||||    
T  4697695 agattcaagtcttcttct 4697678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 4 - 501
Target Start/End: Complemental strand, 4784843 - 4784346
Alignment:
Q  4 tttgtactcttaacgtcacggtgtatgatattatgcttcgcaccttcatgaagataatgcaatccccttgctgcacataatagaatattaagtctttgat 103  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||| ||||  || |||| ||||||||| | ||| || || |    
T  4784843 tttgtactcttcacgtcacggtgtatgatattgtgcttcgcacctgcatgcagataatgcaacccccgcgcggcacctaatagaatctcaagcctctgct 4784744  T
Q  104 tccacctaagaggttcgttatccgaaccatagagatgttcacggagagtgccatgttccataaagtcataaacaagaatcatctctgcatcttcattgca 203  Q
    ||||  ||||||||| |||||| || ||||| |||| |||||  ||| ||||| ||| ||| ||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||    
T  4784743 tccaggtaagaggtttgttatctgatccataaagatattcacatagactgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctctacaccttcattgca 4784644  T
Q  204 atatccaatgagggaaactaagtgaatatgacgaagctgagagagcaactcgatttcattcatgaattcatttagaccttgtcgagaacccaatttacga 303  Q
    ||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||| || || | ||||||| |||||||   |||| ||    
T  4784643 atatccaataagtgaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcaactcaatctcattcaagaactcgttcacaccttgttgagaacctggtttaaga 4784544  T
Q  304 cgttttatcgcaacaggtatgagtccatcaatgtaacctttgtacacgttgccgaatcctccaaccccgatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtag 403  Q
    |||||||||||||| ||| | | ||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4784543 cgttttatcgcaactggtgtaactccatcaatataacctttgtacacattgccgaaccctccaaccccgatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtag 4784444  T
Q  404 cggctcttatttccactatagtaaaacatcgacacaaatgggatggtaaaattgatgaaccttcattatttatcttccaatgactttctttcatttca 501  Q
    | ||| |||||||| |||| |||||| | || |||||||||||||||||| |||| |||||||  || ||| |||||||   |||||||| |||||||    
T  4784443 ctgcttttatttccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaacttgaggaaccttgtttctttgtcttccatgaactttcttccatttca 4784346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 4 - 466
Target Start/End: Complemental strand, 4817272 - 4816810
Alignment:
Q  4 tttgtactcttaacgtcacggtgtatgatattatgcttcgcaccttcatgaagataatgcaatccccttgctgcacataatagaatattaagtctttgat 103  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||| |||| | ||||||||| ||||  || |||| ||||||||| | ||| || || |    
T  4817272 tttgtactcttcacatcacggtgtatgatattgtgcttcgcacctgcatgcaaataatgcaacccccgcgcggcacctaatagaatctcaagcctctgct 4817173  T
Q  104 tccacctaagaggttcgttatccgaaccatagagatgttcacggagagtgccatgttccataaagtcataaacaagaatcatctctgcatcttcattgca 203  Q
    ||||  ||||||||| |||||| || ||||| |||| |||||  ||| ||||| ||| ||| ||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||    
T  4817172 tccaggtaagaggtttgttatctgatccataaagatattcacatagactgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctctacaccttcattgca 4817073  T
Q  204 atatccaatgagggaaactaagtgaatatgacgaagctgagagagcaactcgatttcattcatgaattcatttagaccttgtcgagaacccaatttacga 303  Q
    ||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||| || || | ||||||| |||||||   |||| ||    
T  4817072 atatccaataagtgaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcaactcaatctcattcaagaactcgttaacaccttgttgagaaccaggtttaaga 4816973  T
Q  304 cgttttatcgcaacaggtatgagtccatcaatgtaacctttgtacacgttgccgaatcctccaaccccgatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtag 403  Q
    |||||||||||||| ||| | | ||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4816972 cgttttatcgcaactggtgtaactccatcaatataacctttgtacacattgccgaaccctccaaccccgatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtag 4816873  T
Q  404 cggctcttatttccactatagtaaaacatcgacacaaatgggatggtaaaattgatgaacctt 466  Q
    | ||| |||||||| |||| |||||| | || |||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  4816872 ctgcttttatttccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaacttgaggaacctt 4816810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 7 - 453
Target Start/End: Original strand, 4863000 - 4863446
Alignment:
Q  7 gtactcttaacgtcacggtgtatgatattatgcttcgcaccttcatgaagataatgcaatccccttgctgcacataatagaatattaagtctttgattcc 106  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||  ||||  ||||||||||||| || ||||||||||| |  || ||||| | |||||| |  ||||    
T  4863000 gtactcttcacgtcacggtgtatgatattgtgctttacaccagcatgaagataatgtaacccccttgctgcccccaacagaatctcaagtctcttcttcc 4863099  T
Q  107 acctaagaggttcgttatccgaaccatagagatgttcacggagagtgccatgttccataaagtcataaacaagaatcatctctgcatcttcattgcaata 206  Q
    |  |||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||| |||||||||||  || |||| ||||||||    
T  4863100 aagtaagaggttcattatccgaaccataaagatattcacggagagtgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctcctcaccttcgttgcaata 4863199  T
Q  207 tccaatgagggaaactaagtgaatatgacgaagctgagagagcaactcgatttcattcatgaattcatttagaccttgtcgagaacccaatttacgacgt 306  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||   |||| |||||    
T  4863200 tccaatgagagaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagtaattcgatctcattcatgaactcatttataccttgttgagaacctggtttaagacgt 4863299  T
Q  307 tttatcgcaacaggtatgagtccatcaatgtaacctttgtacacgttgccgaatcctccaaccccgatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtagcgg 406  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| |||||||| || |||||||||||||| |    
T  4863300 tttatcgcaacaggtatgtctccatcaatataacctttgtacacgttgccgaaccctccaactccaatgatgaaaatatcgtcaaagttgtttgtagcag 4863399  T
Q  407 ctcttatttccactatagtaaaacatcgacacaaatgggatggtaaa 453  Q
    ||||||| ||   ||| |||||| | || ||||||||||||||||||    
T  4863400 ctcttatctctgttattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaa 4863446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 83; E-Value: 6e-39
Query Start/End: Original strand, 127 - 401
Target Start/End: Original strand, 4652751 - 4653025
Alignment:
Q  127 gaaccatagagatgttcacggagagtgccatgttccataaagtcataaacaagaatcatctctgcatcttcattgcaatatccaatgagggaaactaagt 226  Q
    |||||||| ||||  ||||  ||||| || |||| ||| || |||||||| | |||||| ||||  || |||||||||||||| | |||||| || ||||    
T  4652751 gaaccataaagatactcacacagagtaccgtgttgcatgaactcataaaccaaaatcatttctgtgtcatcattgcaatatcccacgagggataccaagt 4652850  T
Q  227 gaatatgacgaagctgagagagcaactcgatttcattcatgaattcatttagaccttgtcgagaacccaatttacgacgttttatcgcaacaggtatgag 326  Q
    |||| || |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| || ||   ||||||| |||| ||  ||||  | ||||||||||||||||| |||      
T  4652851 gaatgtggcgaagctgggagagtaactcgatctcattcatgaactcgttggcaccttgttgagagccagatttgaggcgttttatcgcaacaggcatgga 4652950  T
Q  327 tccatcaatgtaacctttgtacacgttgccgaatcctccaaccccgatgataaaaatatcttcgaagttgtttgt 401  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||| ||| |||||||| |||||    
T  4652951 tccatcgatgcaacctttgtacacgttgccaaatcctccaacaccgatgatgaaaacatcatcgaagttatttgt 4653025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 76; E-Value: 8e-35
Query Start/End: Original strand, 169 - 404
Target Start/End: Original strand, 4642977 - 4643212
Alignment:
Q  169 tcataaacaagaatcatctctgcatcttcattgcaatatccaatgagggaaactaagtgaatatgacgaagctgagagagcaactcgatttcattcatga 268  Q
    |||||||| | |||||||||||  || || ||||||||||| | |||||| || |||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  4642977 tcataaaccaaaatcatctctgtgtcatcgttgcaatatcccacgagggacaccaagtgaatgtggcgaagctgggagagcaactcgatttcattcatga 4643076  T
Q  269 attcatttagaccttgtcgagaacccaatttacgacgttttatcgcaacaggtatgagtccatcaatgtaacctttgtacacgttgccgaatcctccaac 368  Q
    | || ||   ||||||| |||| ||| ||||  | || || | ||||||| || ||  ||||||||   ||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  4643077 actcgttggcaccttgttgagagcccgatttgaggcgcttaaccgcaacaagtgtggatccatcaacacaacctttgtacacgttgccaaaccctccaac 4643176  T
Q  369 cccgatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtagc 404  Q
     ||||||||||||  ||| |||||||||||||||||    
T  4643177 tccgatgataaaagcatcatcgaagttgtttgtagc 4643212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 66; E-Value: 8e-29
Query Start/End: Original strand, 169 - 410
Target Start/End: Original strand, 4666208 - 4666449
Alignment:
Q  169 tcataaacaagaatcatctctgcatcttcattgcaatatccaatgagggaaactaagtgaatatgacgaagctgagagagcaactcgatttcattcatga 268  Q
    |||||||| |||||||||||||  || |||||||||||||| |  ||||| || |||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  4666208 tcataaaccagaatcatctctgtgtcgtcattgcaatatcccacaagggataccaagtgaatgtggcgaagctgagagagcaattcgatttcgttcatga 4666307  T
Q  269 attcatttagaccttgtcgagaacccaatttacgacgttttatcgcaacaggtatgagtccatcaatgtaacctttgtacacgttgccgaatcctccaac 368  Q
    | || ||   ||||||| |||| ||  ||||  | |||||||| |||||| || ||  |||||| |   ||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  4666308 actcgttggcaccttgttgagagcctgatttgaggcgttttatggcaacaagtgtggatccatcgacacaacctttgtacacgttgccaaaccctccaac 4666407  T
Q  369 cccgatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtagcggctct 410  Q
     |||||||| |||  ||| || ||||||||||| || |||||    
T  4666408 tccgatgatgaaatcatcgtcaaagttgtttgtggctgctct 4666449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 169 - 410
Target Start/End: Original strand, 4661077 - 4661318
Alignment:
Q  169 tcataaacaagaatcatctctgcatcttcattgcaatatccaatgagggaaactaagtgaatatgacgaagctgagagagcaactcgatttcattcatga 268  Q
    |||||||| |||||||||| ||  |  ||||| |||||||| |||||||| || || ||||| || |||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  4661077 tcataaaccagaatcatctatgtgttgtcattacaatatcccatgagggacaccaaatgaatgtggcgaagctgggagagcaactcgatttcgttcatga 4661176  T
Q  269 attcatttagaccttgtcgagaacccaatttacgacgttttatcgcaacaggtatgagtccatcaatgtaacctttgtacacgttgccgaatcctccaac 368  Q
    | || || | ||||||| |||| ||| ||||  | ||||| ||||||||| || |   ||||||||   ||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  4661177 actcgttgacaccttgttgagagcccgatttgaggcgtttaatcgcaacaagtgttgatccatcaacacaacctttgtacacgttgccaaaccctccaac 4661276  T
Q  369 cccgatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtagcggctct 410  Q
     || ||||| |||  ||| || ||||| ||||| || |||||    
T  4661277 tccaatgatgaaatcatcatcaaagttttttgtggctgctct 4661318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 169 - 401
Target Start/End: Original strand, 4630182 - 4630414
Alignment:
Q  169 tcataaacaagaatcatctctgcatcttcattgcaatatccaatgagggaaactaagtgaatatgacgaagctgagagagcaactcgatttcattcatga 268  Q
    |||||||| |||||||||||||  |  |||||||||||||| |  ||||| || |||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  4630182 tcataaaccagaatcatctctgtgttgtcattgcaatatcctacaagggacaccaagtgaatgtggcgaagctgggagagcaactcgatttcgttcatga 4630281  T
Q  269 attcatttagaccttgtcgagaacccaatttacgacgttttatcgcaacaggtatgagtccatcaatgtaacctttgtacacgttgccgaatcctccaac 368  Q
    | || ||   ||||||| |||| ||  ||||  | |||||||||||||||||| ||  |||||| |   |||||||||||||||| || || |||||||     
T  4630282 actcgttggcaccttgttgagagcctgatttgaggcgttttatcgcaacaggtgtggatccatcgacacaacctttgtacacgttcccaaaccctccaaa 4630381  T
Q  369 cccgatgataaaaatatcttcgaagttgtttgt 401  Q
     |||||||| |||  ||  || |||||||||||    
T  4630382 tccgatgatgaaatcattgtcaaagttgtttgt 4630414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 169 - 518
Target Start/End: Original strand, 4636130 - 4636479
Alignment:
Q  169 tcataaacaagaatcatctctgcatcttcattgcaatatccaatgagggaaactaagtgaatatgacgaagctgagagagcaactcgatttcattcatga 268  Q
    ||||| || |||||||||||||  |  || ||||||||||| |  ||||| || |||||||| || |||||||| |||||||||||||| || |||||||    
T  4636130 tcatagaccagaatcatctctgtcttgtcgttgcaatatcccacaagggataccaagtgaatgtggcgaagctgggagagcaactcgatctcgttcatga 4636229  T
Q  269 attcatttagaccttgtcgagaacccaatttacgacgttttatcgcaacaggtatgagtccatcaatgtaacctttgtacacgttgccgaatcctccaac 368  Q
    | ||||||  ||||||| |||| ||| |  |  | |||||||||||||| ||| ||  |||||||||| ||||||||||||| || || || || |||||    
T  4636230 actcatttgcaccttgttgagagcccgacctgaggcgttttatcgcaacgggtgtggatccatcaatgaaacctttgtacacattcccaaaccccccaac 4636329  T
Q  369 cccgatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtagcggctcttatttccactatagtaaaacatcgacacaaatgggatggtaaaattgatgaaccttca 468  Q
     ||||| ||      ||| |||||||| ||||| || ||||| || ||  | || |||||  | || ||||||| |||||||||| |||| |||||||||    
T  4636330 accgataatgttttcatcatcgaagttttttgtggctgctctgatctctgcgattgtaaagtagcggcacaaataggatggtaaagttgacgaaccttca 4636429  T
Q  469 ttatttatcttccaatgactttctttcatttcaaattgagattcaaatct 518  Q
    || ||| | |||||   ||||||| |||||| ||   |||||||||||||    
T  4636430 ttctttgttttccataaactttctatcattttaataggagattcaaatct 4636479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 201 - 401
Target Start/End: Original strand, 4671945 - 4672145
Alignment:
Q  201 gcaatatccaatgagggaaactaagtgaatatgacgaagctgagagagcaactcgatttcattcatgaattcatttagaccttgtcgagaacccaattta 300  Q
    ||||||||||| |||||| || |||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| || ||   ||||||  |||| ||| ||||     
T  4671945 gcaatatccaacgagggataccaagtgaatgtggcgaagttgagagagtaactcgatttcgttcatgaactcgttggcaccttgctgagagcccgatttg 4672044  T
Q  301 cgacgttttatcgcaacaggtatgagtccatcaatgtaacctttgtacacgttgccgaatcctccaaccccgatgataaaaatatcttcgaagttgtttg 400  Q
     | |||||||| |||||| || ||  |||||| |   |||||||||||| ||| || || |||||||| ||||||||| ||  ||| |||||||||||||    
T  4672045 agccgttttatggcaacaagtgtggatccatcgacacaacctttgtacaggtttccaaaccctccaactccgatgatagaagcatcatcgaagttgtttg 4672144  T
Q  401 t 401  Q
    |    
T  4672145 t 4672145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000004; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 226 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 5479396 - 5479246
Alignment:
Q  226 tgaatatgacgaagctgagagagcaactcgatttcattcatgaattcatttagaccttgtcgagaacccaatttacgacgttttatcgcaacaggtatga 325  Q
    ||||||||||||||||  |||||||  ||||||||||| ||||| ||||||  ||||||| | ||||||  |||| | |||||||| |||||  || |      
T  5479396 tgaatatgacgaagcttcgagagcatgtcgatttcattgatgaactcattttcaccttgttgtgaacccggtttaagccgttttattgcaacctgtgttg 5479297  T
Q  326 gtcca---tcaatgtaacctttgtacacgttgccgaatcctccaaccccga 373  Q
      |||   |||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||| ||||    
T  5479296 aaccattgtcaatgtagcctttgtacacatggccgaatcctccaactccga 5479246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University