View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2764_high_1 (Length: 683)

Name: NF2764_high_1
Description: NF2764
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2764_high_1
NF2764_high_1
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (9-665)||(39472996-39473652)
chr5 (13-433)||(39476482-39476902)
chr5 (15-430)||(39487437-39487852)
chr5 (13-430)||(39484233-39484652)
chr5 (12-432)||(39463341-39463761)
chr5 (12-433)||(39451969-39452390)
chr5 (9-430)||(39457081-39457502)
chr5 (10-430)||(39455595-39456015)
chr5 (9-438)||(39461219-39461648)
chr5 (18-433)||(43311313-43311728)
chr5 (188-363)||(39452831-39453006)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 556; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 556; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 665
Target Start/End: Original strand, 39472996 - 39473652
Alignment:
Q  9 agcagagattggaagggtcgttggatgggccccacaagtccaaatactagcccacccagccattggaggatttgcttcgcattgtggttggaattcagta 108  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39472996 agcagagattggaagggttgttggatgggccccacaagtccaaatactagcccacccagccattggaggatttgcttcgcattgtggttggaattcagta 39473095  T
Q  109 ctcgagagcatttattttggtgtgcctatagccgcatggccactttatgcagaacaacagactaatgcttttgaattggtgtgtgagttgaaaataggag 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39473096 ctcgagagcatttattttggtgtgcctatagccgcatggccactttatgcagaacaacagactaatgcttttgaattggtgtgtgagttgaaaataggag 39473195  T
Q  209 tcgaaatttcgttggattatagggcggagtttaatggtgaacctaactatcttgtaactgccgataagattgagagaggaataaggagtgtgttggataa 308  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39473196 ttgaaatttcgttggattatagggcggagtttaatggtgcgcctaactatcttgtaactgccgataagattgagagaggaataaggagtgtgttggataa 39473295  T
Q  309 ggatggagatgtaaggaagaaagtgaaagagatgagtgaaaaaagtaagaagactttgttagaaggtggatcttcttacgcatatttaggtcgtttggtt 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  39473296 ggatggagatgtaaggaagaaagtgaaagagatgagtgaaaaaagtaagaagactttgttagaaggtggatcttcttacgcatatttaggtcgattggtt 39473395  T
Q  409 gattatattatgaatcaggtatgaagtaaaaggatgttgttatgtgagcaagccnnnnnnnnnnnnnnnnataagggcagacttaattgtagtaggctgc 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39473396 gattatattatgaatcaggtatgaagtaaaaggatgttgttatgtgagcaagccttttttaccattttttataagggcagacttaattgtagtaggctgc 39473495  T
Q  509 agttgatcccattgcttcttttgagtaacaaaacccattgatcttttaagtttactttttagatttagaatatcattgtcaaatacaatttcnnnnnnng 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |    
T  39473496 agttgatcccattgcttcttttgagtaacaaaacccattgatcttttaagtttactttttagatttagaatatcattgtcaaatacaatttctttttttg 39473595  T
Q  609 tgtagcagtttccaaatgattctatcgattccaaatttctttgtcttatgctaaatg 665  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  39473596 tgtagctgtttccaaatgattctatcgattccaaatttttttgtctgatgctaaatg 39473652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 13 - 433
Target Start/End: Original strand, 39476482 - 39476902
Alignment:
Q  13 gagattggaagggtcgttggatgggccccacaagtccaaatactagcccacccagccattggaggatttgcttcgcattgtggttggaattcagtactcg 112  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||  |||||    
T  39476482 gagattggaaggatagttggatgggcccaacaggcccaaatactagcccacccagccataggaggatttgtttcacattgtggttggaattcaacactcg 39476581  T
Q  113 agagcatttattttggtgtgcctatagccgcatggccactttatgcagaacaacagactaatgcttttgaattggtgtgtgagttgaaaataggagtcga 212  Q
    ||||||| ||||||||||| || || |||||||||||||| | ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| || ||    
T  39476582 agagcatatattttggtgtaccaattgccgcatggccactctttgctgaacaacaggctaatgcttttgaattggtgtgtgagctgaagataggtgtgga 39476681  T
Q  213 aatttcgttggattatagggcggagtttaatggtgaacctaactatcttgtaactgccgataagattgagagaggaataaggagtgtgttggataaggat 312  Q
     ||  | ||||||||||||| |||||| | ||||   |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  39476682 tatcgcattggattatagggtggagttaagtggtaggcctaactatcttgtaactgccgataaaattgagcgaggaataaggagtgtgttggataaggat 39476781  T
Q  313 ggagatgtaaggaagaaagtgaaagagatgagtgaaaaaagtaagaagactttgttagaaggtggatcttcttacgcatatttaggtcgtttggttgatt 412  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||| ||||||    
T  39476782 gcagatgtaaggaagaaagtgaaagagatgagtgaaaagagtaagaagactttgttagaaggtggatcttcttacaattatttaggtcgtttgattgatt 39476881  T
Q  413 atattatgaatcaggtatgaa 433  Q
    |||||||| || |||||||||    
T  39476882 atattatgtatgaggtatgaa 39476902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 15 - 430
Target Start/End: Original strand, 39487437 - 39487852
Alignment:
Q  15 gattggaagggtcgttggatgggccccacaagtccaaatactagcccacccagccattggaggatttgcttcgcattgtggttggaattcagtactcgag 114  Q
    ||||||||||||  |||||||||||| ||| | |||||||||||| || ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  39487437 gattggaagggtaattggatgggcccaacaggcccaaatactagctcatccagccactggaggatttgtttcgcattgtggttggaattcaacactcgag 39487536  T
Q  115 agcatttattttggtgtgcctatagccgcatggccactttatgcagaacaacagactaatgcttttgaattggtgtgtgagttgaaaataggagtcgaaa 214  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||| || ||||    
T  39487537 agcatatattttggtgtgcctattgccgcgtggccactctatgctgagcaacaggctaatgcttttgaattggtgtgtgaactgaaaataggtgtggaaa 39487636  T
Q  215 tttcgttggattatagggcggagtttaatggtgaacctaactatcttgtaactgccgataagattgagagaggaataaggagtgtgttggataaggatgg 314  Q
    || | |||||||||| || || ||||||||  |  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  39487637 ttgctttggattataaggtggggtttaatgaagggcctaactatcttgtaactgcggataagattgagagaggaataaggaatttgttggataaggatgg 39487736  T
Q  315 agatgtaaggaagaaagtgaaagagatgagtgaaaaaagtaagaagactttgttagaaggtggatcttcttacgcatatttaggtcgtttggttgattat 414  Q
    |||  | ||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| | |||||||||| |||| ||||||||    
T  39487737 agaattcaggaaaaaagtgatagagatgagtgaaaagagtaagaagactttgttagagggtggatcttcctacacttatttaggtcatttgattgattat 39487836  T
Q  415 attatgaatcaggtat 430  Q
    ||||||||||||||||    
T  39487837 attatgaatcaggtat 39487852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 13 - 430
Target Start/End: Original strand, 39484233 - 39484652
Alignment:
Q  13 gagattggaagggtcgttggatgggccccacaagtccaaatactagcccacccagccattggaggatttgcttcgcattgtggttggaattcagtactcg 112  Q
    |||||||||||| |  || ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||| |||||||||||||  |||||    
T  39484233 gagattggaaggataattagatgggcccaacaagcccaaatactagcccacccagccataggaggatttgtttcacattatggttggaattcaacactcg 39484332  T
Q  113 agagcatttattttggtgtgcctatagccgcatggccactttatgcagaacaacagactaatgcttttgaattggtgtgtgagttgaaaataggagtc-- 210  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || | ||||| ||       
T  39484333 agagcatatattttggtgtgcctattgccgcatggccactctttgttgaacaacaggctaatgcttttgaattggtgtgtgagctgcagataggtgtgtg 39484432  T
Q  211 gaaatttcgttggattatagggcggagtttaatggtgaacctaactatcttgtaactgccgataagattgagagaggaataaggagtgtgttggataagg 310  Q
    || ||| | ||||||||||||  |||||||| ||||||  ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  39484433 gagattgcattggattataggatggagtttagtggtgagtctaactatcttgtaagtgccgacaagattgagagagtaataaggagtgtgttgtataagg 39484532  T
Q  311 atggagatgtaaggaagaaagtgaaagagatgagtgaaaaaagtaagaagactttgttagaaggtggatcttcttacgcatatttaggtcgtttggttga 410  Q
    ||||||| || | ||||||||||||| | |||||||| || |||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||| | |||||||||| | || ||||    
T  39484533 atggagaggttaagaagaaagtgaaaaaaatgagtgagaagagtaggaagactttgttagagggtggatcttcctacacttatttaggtcatctgattga 39484632  T
Q  411 ttatattatgaatcaggtat 430  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  39484633 ttatattatgaatcaggtat 39484652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 12 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 39463761 - 39463341
Alignment:
Q  12 agagattggaagggtcgttggatgggccccacaagtccaaatactagcccacccagccattggaggatttgcttcgcattgtggttggaattcagtactc 111  Q
    |||||||||||||||  |||| ||||| ||||| | |||||||||||||||||| ||||  ||||||||||  || |||||||| ||||||||   |||     
T  39463761 agagattggaagggtgattggttgggctccacaggcccaaatactagcccacccggccacgggaggatttgtctcacattgtggctggaattcgacactg 39463662  T
Q  112 gagagcatttattttggtgtgcctatagccgcatggccactttatgcagaacaacagactaatgcttttgaattggtgtgtgagttgaaaataggagtcg 211  Q
    |||||||| ||||||||||| ||  | ||| | |||||  | | ||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| || || |  || |    
T  39463661 gagagcatatattttggtgttccacttgccacttggccgatctttgctgaacaacagacaaatgcttttgaactggtgtgtgagttaaagatggcggtgg 39463562  T
Q  212 aaatttcgttggattatagggcggagtttaatggtgaacctaactatcttgtaactgccgataagattgagagaggaataaggagtgtgttggataagga 311  Q
    | ||||| |||||||| || | |||||||  ||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  39463561 agatttcattggattacagagtggagtttcttggcgagcctaactatcttgtaactgctgataagattgagagaggaataaggagtgtgttagataagga 39463462  T
Q  312 tggagatgtaaggaagaaagtgaaagagatgagtgaaaaaagtaagaagactttgttagaaggtggatcttcttacgcatatttaggtcgtttggttgat 411  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||| | ||||||||||||||| |||||    
T  39463461 tggagaagtaaggaagaaagtgaaagagatgagtgaaaaaagtaagaagactttgttagagggaggatcttcctacacttatttaggtcgtttgattgat 39463362  T
Q  412 tatattatgaatcaggtatga 432  Q
    ||||||||  || ||||||||    
T  39463361 tatattattgatgaggtatga 39463341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 178; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 12 - 433
Target Start/End: Original strand, 39451969 - 39452390
Alignment:
Q  12 agagattggaagggtcgttggatgggccccacaagtccaaatactagcccacccagccattggaggatttgcttcgcattgtggttggaattcagtactc 111  Q
    |||||||||||||||  |||| ||||||||||||| |||||||||||| || |||||||| |||||||||| ||| |||||||| ||||||||   ||||    
T  39451969 agagattggaagggtgattggttgggccccacaagcccaaatactagcacatccagccataggaggatttgtttcacattgtggctggaattccacactc 39452068  T
Q  112 gagagcatttattttggtgtgcctatagccgcatggccactttatgcagaacaacagactaatgcttttgaattggtgtgtgagttgaaaataggagtcg 211  Q
    |||||||| |||||||||||||| || ||  ||||||| || | ||| || ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||    || |    
T  39452069 gagagcatatattttggtgtgcccattgcaacatggccgctctttgctgagcaacaggttaatgcttttgaattggtgtgtgagttgaagatttccgtgg 39452168  T
Q  212 aaatttcgttggattatagggcggagtttaatggtgaacctaactatcttgtaactgccgataagattgagagaggaataaggagtgtgttggataagga 311  Q
    | ||| |||| |||||||||| |||||||||  |||  |||||||||||| | ||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  39452169 agattgcgttagattatagggtggagtttaacagtggtcctaactatcttttgactgctgacaagattgagaaaggaataaggagtgtgttggataagga 39452268  T
Q  312 tggagatgtaaggaagaaagtgaaagagatgagtgaaaaaagtaagaagactttgttagaaggtggatcttcttacgcatatttaggtcgtttggttgat 411  Q
    ||||||  | ||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||| | |   |||||| |||||||  |||||    
T  39452269 tggagagttcaggaaaaaaatgaaagagatgagtgaaaagagtaagaagactctgttagaaggaggatcttcctccatttatttaagtcgtttaattgat 39452368  T
Q  412 tatattatgaatcaggtatgaa 433  Q
    ||||||||||| ||||||||||    
T  39452369 tatattatgaaccaggtatgaa 39452390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 166; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 9 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 39457502 - 39457081
Alignment:
Q  9 agcagagattggaagggtcgttggatgggccccacaagtccaaatactagcccacccagccattggaggatttgcttcgcattgtggttggaattcagta 108  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    || |||||||||||||||||||  |||||||||| ||| |||||||| ||||||||   |    
T  39457502 agcagagattggaagggttattggatgggccccacagacgcacatactagcccacccagccacgggaggatttgtttctcattgtggctggaattccaca 39457403  T
Q  109 ctcgagagcatttattttggtgtgcctatagccgcatggccactttatgcagaacaacagactaatgcttttgaattggtgtgtgagttgaaaataggag 208  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||| | ||| | ||||| || | ||| || || ||||| ||||| ||| ||||||| |||||| |||| || |  |    
T  39457402 ctcgagaacatatattttggtgtgcctgttgccacgtggccgctctttgctgatcagcagacaaatgcatttcaattggtatgtgagctgaagatggctg 39457303  T
Q  209 tcgaaatttcgttggattatagggcggagtttaatggtgaacctaactatcttgtaactgccgataagattgagagaggaataaggagtgtgttggataa 308  Q
    | || ||| | || |||||||||   ||||||||||| ||  ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  39457302 tggagattgcattagattataggttagagtttaatggcgagtctaactatcttttaactgccgacaagattgagagaggaataaagagtgtgttggataa 39457203  T
Q  309 ggatggagatgtaaggaagaaagtgaaagagatgagtgaaaaaagtaagaagactttgttagaaggtggatcttcttacgcatatttaggtcgtttggtt 408  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||| ||||||| || |||||||| ||| | ||||||||||||||| |     
T  39457202 ggatggagaggtaaggaagaaagtgaaagagatgagtgcagcaagtaagaagactctgttagatggaggatcttcctacacttatttaggtcgtttgatc 39457103  T
Q  409 gattatattatgaatcaggtat 430  Q
    |||||||||| | |||||||||    
T  39457102 gattatattaggtatcaggtat 39457081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 165; E-Value: 7e-88
Query Start/End: Original strand, 10 - 430
Target Start/End: Original strand, 39455595 - 39456015
Alignment:
Q  10 gcagagattggaagggtcgttggatgggccccacaagtccaaatactagcccacccagccattggaggatttgcttcgcattgtggttggaattcagtac 109  Q
    |||||||||||||||||  |||| ||||| ||||||  ||||||||||||||| |||||||  |||||||||| ||| |||||||||||||||||   ||    
T  39455595 gcagagattggaagggtgattggttgggctccacaaacccaaatactagcccatccagccacaggaggatttgtttcacattgtggttggaattccacac 39455694  T
Q  110 tcgagagcatttattttggtgtgcctatagccgcatggccactttatgcagaacaacagactaatgcttttgaattggtgtgtgagttgaaaataggagt 209  Q
    ||||| |||| || ||||||||||| || ||  ||||||| || | ||| |||||||||  || |||||||||||||||||||||| |||| || |  ||    
T  39455695 tcgagggcatatactttggtgtgcccattgcaacatggccgctctttgctgaacaacaggttactgcttttgaattggtgtgtgagctgaagattgctgt 39455794  T
Q  210 cgaaatttcgttggattatagggcggagtttaatggtgaacctaactatcttgtaactgccgataagattgagagaggaataaggagtgtgttggataag 309  Q
     || ||| || | |||||||||| ||||| || | |||  |||||||||||| ||||| | || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  39455795 ggagattgcgctagattatagggtggagtatagtagtgggcctaactatcttttaacttcggacaagattgagagaggaataaggagtgtattggataag 39455894  T
Q  310 gatggagatgtaaggaagaaagtgaaagagatgagtgaaaaaagtaagaagactttgttagaaggtggatcttcttacgcatatttaggtcgtttggttg 409  Q
    ||||||||  | ||||| | ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || |||||||||| | | ||||||||||||||  |||    
T  39455895 gatggagagtttaggaaaacagtgaaagagatgagtgaaaagagcaagaagactttgttagagggaggatcttcttccacttatttaggtcgtttaattg 39455994  T
Q  410 attatattatgaatcaggtat 430  Q
    ||||||||||||| |||||||    
T  39455995 attatattatgaaccaggtat 39456015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 162; E-Value: 4e-86
Query Start/End: Original strand, 9 - 438
Target Start/End: Original strand, 39461219 - 39461648
Alignment:
Q  9 agcagagattggaagggtcgttggatgggccccacaagtccaaatactagcccacccagccattggaggatttgcttcgcattgtggttggaattcagta 108  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||| || ||    |||||| | |||||||||||||  |||||||| | ||| |||||||| ||||||||| ||    
T  39461219 agcagggattggaagggtcattggatgggctccgcagactcaaatattggcccacccagccacgggaggattcgtttcccattgtggctggaattcaata 39461318  T
Q  109 ctcgagagcatttattttggtgtgcctatagccgcatggccactttatgcagaacaacagactaatgcttttgaattggtgtgtgagttgaaaataggag 208  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| || ||| | ||||| || | ||| ||||||||||||||||||||| | ||||||  |||| |||| || |  |    
T  39461319 ctcgagagcatgtattttggtgtgcccattgccacgtggccgctctttgctgaacaacagactaatgcttttcagttggtgcatgagctgaagatggctg 39461418  T
Q  209 tcgaaatttcgttggattatagggcggagtttaatggtgaacctaactatcttgtaactgccgataagattgagagaggaataaggagtgtgttggataa 308  Q
    | || |||  ||| |||||||| | |||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  39461419 tggagattgtgttagattatagagtggagttcaatggtgagcctaactatcttgtaactgctgacaagattgagagaggaataaggaatgtgttggaaaa 39461518  T
Q  309 ggatggagatgtaaggaagaaagtgaaagagatgagtgaaaaaagtaagaagactttgttagaaggtggatcttcttacgcatatttaggtcgtttggtt 408  Q
    ||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||    |||||||||||||  |     
T  39461519 ggatggagaggtcagaaagaaagtgaaagagatgagtgaaaagagtaggaaaactttgttagagggtggatcttcttacagtcatttaggtcgtttaata 39461618  T
Q  409 gattatattatgaatcaggtatgaagtaaa 438  Q
    |||| |||| |||||||  |||||| ||||    
T  39461619 gattttattgtgaatcaaatatgaactaaa 39461648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 108; E-Value: 7e-54
Query Start/End: Original strand, 18 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 43311728 - 43311313
Alignment:
Q  18 tggaagggtcgttggatgggccccacaagtccaaatactagcccacccagccattggaggatttgcttcgcattgtggttggaattcagtactcgagagc 117  Q
    |||||||||| |||||||||| || || |||||| |||| || || ||||| |  ||||| |||| ||| |||||||||||||||||    |||||||||    
T  43311728 tggaagggtcattggatgggctcctcaggtccaagtactcgctcatccagcaacaggaggctttgtttcacattgtggttggaattcgactctcgagagc 43311629  T
Q  118 atttattttggtgtgcctatagccgcatggccactttatgcagaacaacagactaatgcttttgaattggtgtgtgagttgaaaataggagtcgaaattt 217  Q
    || |||| |||||||||||| ||| |||||||||| | ||| || ||||| || ||||||||| || | |||| |||| |||| || || || || |||     
T  43311628 atatattatggtgtgcctattgccacatggccactctttgctgatcaacaaaccaatgcttttcaacttgtgtctgagctgaagatgggtgtggagattg 43311529  T
Q  218 cgttggattatagggcggagtttaatggtgaacctaactatcttgtaactgccgataagattgagagaggaataaggagtgtgttggataaggatggaga 317  Q
    |  |||||||||||  |||||   ||| ||  | | | |||||| || || | || ||||| |||| ||||||||||||||||||||| |  ||||||||    
T  43311528 cagtggattataggatggagtacgatgttgggcgtgattatcttttagcttcagacaagatcgagaaaggaataaggagtgtgttggaaacagatggaga 43311429  T
Q  318 tgtaaggaagaaagtgaaagagatgagtgaaaaaagtaagaagactttgttagaaggtggatcttcttacgcatatttaggtcgtttggttgattatatt 417  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||| |  ||| |||||| |||||||| ||||||||||| ||| | |  |||||| ||||| |||||||||||    
T  43311428 ggtaaggaagaaagtgaaagagatgagtgaacattgtaggaagacattgttagagggtggatcttcctacacttgcttaggtagtttgattgattatatt 43311329  T
Q  418 atgaatcaggtatgaa 433  Q
    |||||||| |||||||    
T  43311328 atgaatcatgtatgaa 43311313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 68; E-Value: 5e-30
Query Start/End: Original strand, 188 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 39453006 - 39452831
Alignment:
Q  188 tgtgtgagttgaaaataggagtcgaaatttcgttggattatagggcggagtttaatggtgaacctaactatcttgtaactgccgataagattgagagagg 287  Q
    ||||||||||||| || |  || || ||| |||| ||||| |||  |||||||| ||||||  |||||| |||| ||||||| || || |||||||||||    
T  39453006 tgtgtgagttgaagatggtcgtggagattacgttagattagaggttggagtttattggtgagtctaactctcttttaactgcggacaaaattgagagagg 39452907  T
Q  288 aataaggagtgtgttggataaggatggagatgtaaggaagaaagtgaaagagatgagtgaaaaaagtaagaagact 363  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||| ||||||| | |||||||||||    
T  39452906 aataaagagtgtgttgtataaggatggagaggtaagaaagaaagtgcaagagataagtgaaacatgtaagaagact 39452831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University