View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2767_high_1 (Length: 1140)

Name: NF2767_high_1
Description: NF2767
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2767_high_1
NF2767_high_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (13-1123)||(10402836-10403946)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (22-1123)||(20230944-20232072)
chr6 (22-1123)||(22124928-22126056)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 1051; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 1051; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 1123
Target Start/End: Original strand, 10402836 - 10403946
Alignment:
Q  13 aatatcactcaaacaagccttgcaatcatcacttgataaatcttgtgtacactgaccaagtgtataaagtgtttgcaaatcattcaatttcaatgatttt 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10402836 aatatcactcaaacaagccttgcaatcatcacttgataaatcttgtgtacactgaccaagtgtataaagtgtttgcaaatcattcaatttcaatgatttt 10402935  T
Q  113 gttccatatctcttatcactatccccagctacaattgccacttttgataaggcatttgatattacaaaattatacaagtttctctcctttttgggactag 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10402936 gttccatatctcttatcactatccccagccacaattgccacttttgataaggcatttgatattacaaaattatacaagtttctctcctttttgggactag 10403035  T
Q  213 aatcactagtaacattcatttcatgatacacatgacttttgtccactaaagagaagaaattccaataggaatatctaatcatgcattgattaaaccatat 312  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10403036 aatcaccagtaacattcatttcatgatacacatgacttttgtccactaaagagaagaaattccaataggaatatctaatcatgcattgattaaaccatat 10403135  T
Q  313 tataccctcttgaaaaatgttacacttttgggttatttgatgtgttgcattttgcacacattgttcacataagtaaaagggaacatcaccacgacacatg 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10403136 tataccctcttgaaaaatgttacacttttgggttattttatgtgttgcattttgcacacattgttcacataagtaaaagggaacatcaccacgacacatg 10403235  T
Q  413 aagagtccaaatattgtaccatccacatcatctttatgaaatatgcttttagtggcattagaagacaggtaagaaaaaagggttgtaaggtgaactttga 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10403236 aagagtccaaatattgtaccatccacatcatctttatgaaatatgcttttagtggcattagaagacaagtaagaaaaaagggttgtaaggtgaactttga 10403335  T
Q  513 aagtgttgttaaaagtgaaggttttgttattacttgaacaattgtgtgaaaggtaaaaagggtgttctgaagtttttgtttgtggaagtagaatttgttg 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10403336 aagtgttgttaaaagtgaaggttttgttattacttgaacaattgtgtgaaaggtaaaaagggtgttctgaagtttttgtttgtggaagtagaatttgttg 10403435  T
Q  613 tgatgtagtatctattgatgaaccaatgctattggatagataaaaagggtaaaattcatacctaatattacaacttggattcagaactctccctccaact 712  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10403436 tgatgtagtatctattgatgaaccaatactattggatagataaaaagggtaaaattcatacctaatattacaacttggattcagaactctccctccaact 10403535  T
Q  713 cttccttcacaacacaatggaagtttctctatcaatccacttaggcaagttctacaatcatgtggtaataaatttggtgtacattgagctaaacaataaa 812  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10403536 cttccttcacaacacaatggaagtttctctatcaatccacttagacaagttctacaatcatgtggtgacaaatttggtgtgcattgagctaaacaataaa 10403635  T
Q  813 gggtttgaaattttgatatagttacttcttttgatgcatattttttgtcaccaaaagctgcttcatttgaagttttgttcattgtagaaaacaataaact 912  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10403636 gggtttgaaattttgatatagttatttcattagatgcatattttttgtcaccaaaagctgcttcatttgaggttttgttcattgtagaaaacaataaact 10403735  T
Q  913 catgaaattttgtgtgtttgagactttatttgtattcaacaagtaaaaactagttgatgttgttgccaaggttgtggaataccaaaccatacattcatca 1012  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10403736 catgaaattttgtgtgtttgagactttatttgtattcaacaagtaaaaactagttgatgttgctgccaaggttgtggaataccaaaccatacattcatca 10403835  T
Q  1013 taccaaacaacgccttcttttgacaaagaacattctaaggaaagtctttgtgttgcatttactatacattgttgacaaagttgagagggaacatcacccc 1112  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10403836 taccaaacaacaccttcttttgacaaagaacattctaaggaaagtctttgtgttgcatttactatacattgttgacaaagttgagagggaacatcacccc 10403935  T
Q  1113 tacataagaac 1123  Q
    |||||||||||    
T  10403936 tacataagaac 10403946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 502; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 502; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 1123
Target Start/End: Complemental strand, 20232072 - 20230944
Alignment:
Q  22 caaacaagccttgcaatcatcacttgataaatcttgtgtacactgaccaagtgtataaagtgtttgcaaatcattcaatttcaatgattttgttccatat 121  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||    
T  20232072 caaacaacctttgcaatcatcacttgacaaatcttgtgtacattgaccaagtgtataaagtgtttgcaaatcattcactttcagtgattttgttccaaat 20231973  T
Q  122 ctcttatcactatccccagctacaattgccacttttgataaggcatttgatattacaaaattatacaagtttctctcctttttgggactagaatcactag 221  Q
    || | ||||||||| || || ||||||||||| |||||||||| | ||||||| ||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  20231972 ctttcatcactatctcctgccacaattgccacatttgataaggtagttgatataacaaaattgaacaagtttctctccttgttgggactagaatcactag 20231873  T
Q  222 taacattcatttcatgatacacatgacttttgtccactaaagagaagaaattccaataggaatatctaatcatgcattgattaaaccatattataccctc 321  Q
    ||| |||||| |||| ||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||| | ||||||||||||| || |||| |||||||||||    
T  20231872 taatattcatctcataatagacatgagttttgtccactatagagaagaaattccaattcgaataccgaatcatgcattgagtataccaaattataccctc 20231773  T
Q  322 ttgaaaaatgttacacttttgggttatttgatgtgttgcattttgcacacattgttcacataagtaaaagggaacatcaccacgacacatgaagagtcca 421  Q
    ||||||||||||||||| || | |||||   ||||||||||||| |||||| || ||||||||  ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  20231772 ttgaaaaatgttacactctttgcttattctttgtgttgcatttttcacacactgctcacataacgaaaagggaacatcgccacggcacatgaagagtcca 20231673  T
Q  422 aatattgtaccatccacatcatctttatgaaatatgcttttagtggcattagaagacaggtaagaaaaaagggttgtaaggtgaactttgaaagtgttgt 521  Q
    ||  |||||   || || ||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    |||||||||||      
T  20231672 aaagttgtattttcaacttcagctttatgaaatagacttttagtggcattagaagacatgtaggaaaaaagggttgtaaggtgtttcttgaaagtgttac 20231573  T
Q  522 taaaagtgaaggttttgttattacttgaacaattgtgtgaaaggtaaaaagggtgttctga---------------------agtttttgtttgtggaag 600  Q
    |||||||||||||||||||| ||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||                     | |||||||||| |||||    
T  20231572 taaaagtgaaggttttgttacta---gaacaattgtgtgaaaggtaaaaagggtgttctgaaatagttgaatcagcatctaaattttttgtttggggaag 20231476  T
Q  601 tagaatttgttgtgatgtagtatctattgatgaaccaatgctattggatagataaaaagggtaaaattcatacctaatattacaacttggattcagaact 700  Q
    || |||||||||||||| || ||   ||||||||||| |   |   || | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  20231475 tataatttgttgtgatgaaggat---ttgatgaaccattagaa---gagatataaaaagggtagaattcatacctaatattacaacttggatttagaact 20231382  T
Q  701 ctccctccaactcttccttcacaacacaatggaagtttctctatcaatccacttaggcaagttctacaatcatgtggtaataaatttggtgtacattgag 800  Q
    || ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||| | ||||||||||| ||||||     
T  20231381 cttcctccaactcttccttcacaacacactggaagttcctctatcaatccacttagacaacttctacattcatgtggtgacaaatttggtgtgcattgaa 20231282  T
Q  801 ctaaacaataaagggtttgaaattttgatatagttacttcttttgatgcatattttttgtcaccaaaagctgcttcatttgaagttttgttcattgtaga 900  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  20231281 ctaaacaataaagggtttgaaatttcgatatagttattgcatttgatgcaaattttttgtcaccaaaagctgcttcatctgcagttttgttcattgtaga 20231182  T
Q  901 aaacaataaactcatgaaattttgtgtgtttgagactttatttgtattcaacaagtaaaaactagttgatgttgttgc---------------caaggtt 985  Q
    ||||||||||||||||||| |||  | ||||| |||||| |  ||||||||||||| |||| ||| || |||  ||||                ||||||    
T  20231181 aaacaataaactcatgaaacttttcgggtttgcgactttgtcagtattcaacaagttaaaagtaggtgttgtccttgcaaccgtggagaaaataaaggtt 20231082  T
Q  986 gtggaataccaaaccatacattcatcataccaaacaacgccttcttttgacaaagaacattctaaggaaagtctttgtgttgcatttactatacattgtt 1085  Q
    || ||||||||||||||||||||||  ||||||||||  |||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  20231081 gtcgaataccaaaccatacattcattgtaccaaacaataccttctttagacaaagaacattgcaaggaaagtctttgtgttgcatttagtatacattgtt 20230982  T
Q  1086 gacaaagttgagagggaacatcacccctacataagaac 1123  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  20230981 gacaaagttgagagggaacatcatccctacataagaac 20230944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 502; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 1123
Target Start/End: Complemental strand, 22126056 - 22124928
Alignment:
Q  22 caaacaagccttgcaatcatcacttgataaatcttgtgtacactgaccaagtgtataaagtgtttgcaaatcattcaatttcaatgattttgttccatat 121  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||    
T  22126056 caaacaacctttgcaatcatcacttgacaaatcttgtgtacattgaccaagtgtataaagtgtttgcaaatcattcactttcagtgattttgttccaaat 22125957  T
Q  122 ctcttatcactatccccagctacaattgccacttttgataaggcatttgatattacaaaattatacaagtttctctcctttttgggactagaatcactag 221  Q
    || | ||||||||| || || ||||||||||| |||||||||| | ||||||| ||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  22125956 ctttcatcactatctcctgccacaattgccacatttgataaggtagttgatataacaaaattgaacaagtttctctccttgttgggactagaatcactag 22125857  T
Q  222 taacattcatttcatgatacacatgacttttgtccactaaagagaagaaattccaataggaatatctaatcatgcattgattaaaccatattataccctc 321  Q
    ||| |||||| |||| ||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||| | ||||||||||||| || |||| |||||||||||    
T  22125856 taatattcatctcataatagacatgagttttgtccactatagagaagaaattccaattcgaataccgaatcatgcattgagtataccaaattataccctc 22125757  T
Q  322 ttgaaaaatgttacacttttgggttatttgatgtgttgcattttgcacacattgttcacataagtaaaagggaacatcaccacgacacatgaagagtcca 421  Q
    ||||||||||||||||| || | |||||   ||||||||||||| |||||| || ||||||||  ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  22125756 ttgaaaaatgttacactctttgcttattctttgtgttgcatttttcacacactgctcacataacgaaaagggaacatcgccacggcacatgaagagtcca 22125657  T
Q  422 aatattgtaccatccacatcatctttatgaaatatgcttttagtggcattagaagacaggtaagaaaaaagggttgtaaggtgaactttgaaagtgttgt 521  Q
    ||  |||||   || || ||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    |||||||||||      
T  22125656 aaagttgtattttcaacttcagctttatgaaatagacttttagtggcattagaagacatgtaggaaaaaagggttgtaaggtgtttcttgaaagtgttac 22125557  T
Q  522 taaaagtgaaggttttgttattacttgaacaattgtgtgaaaggtaaaaagggtgttctga---------------------agtttttgtttgtggaag 600  Q
    |||||||||||||||||||| ||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||                     | |||||||||| |||||    
T  22125556 taaaagtgaaggttttgttacta---gaacaattgtgtgaaaggtaaaaagggtgttctgaaatagttgaatcagcatctaaattttttgtttggggaag 22125460  T
Q  601 tagaatttgttgtgatgtagtatctattgatgaaccaatgctattggatagataaaaagggtaaaattcatacctaatattacaacttggattcagaact 700  Q
    || |||||||||||||| || ||   ||||||||||| |   |   || | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  22125459 tataatttgttgtgatgaaggat---ttgatgaaccattagaa---gagatataaaaagggtagaattcatacctaatattacaacttggatttagaact 22125366  T
Q  701 ctccctccaactcttccttcacaacacaatggaagtttctctatcaatccacttaggcaagttctacaatcatgtggtaataaatttggtgtacattgag 800  Q
    || ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||| | ||||||||||| ||||||     
T  22125365 cttcctccaactcttccttcacaacacactggaagttcctctatcaatccacttagacaacttctacattcatgtggtgacaaatttggtgtgcattgaa 22125266  T
Q  801 ctaaacaataaagggtttgaaattttgatatagttacttcttttgatgcatattttttgtcaccaaaagctgcttcatttgaagttttgttcattgtaga 900  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  22125265 ctaaacaataaagggtttgaaatttcgatatagttattgcatttgatgcaaattttttgtcaccaaaagctgcttcatctgcagttttgttcattgtaga 22125166  T
Q  901 aaacaataaactcatgaaattttgtgtgtttgagactttatttgtattcaacaagtaaaaactagttgatgttgttgc---------------caaggtt 985  Q
    ||||||||||||||||||| |||  | ||||| |||||| |  ||||||||||||| |||| ||| || |||  ||||                ||||||    
T  22125165 aaacaataaactcatgaaacttttcgggtttgcgactttgtcagtattcaacaagttaaaagtaggtgttgtccttgcaaccgtggagaaaataaaggtt 22125066  T
Q  986 gtggaataccaaaccatacattcatcataccaaacaacgccttcttttgacaaagaacattctaaggaaagtctttgtgttgcatttactatacattgtt 1085  Q
    || ||||||||||||||||||||||  ||||||||||  |||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  22125065 gtcgaataccaaaccatacattcattgtaccaaacaataccttctttagacaaagaacattgcaaggaaagtctttgtgttgcatttagtatacattgtt 22124966  T
Q  1086 gacaaagttgagagggaacatcacccctacataagaac 1123  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  22124965 gacaaagttgagagggaacatcatccctacataagaac 22124928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University