View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2767_high_12 (Length: 465)

Name: NF2767_high_12
Description: NF2767
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2767_high_12
NF2767_high_12
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (122-449)||(1466631-1466958)
chr1 (145-333)||(35923210-35923398)
chr1 (154-318)||(5050497-5050661)
chr1 (14-72)||(1467094-1467152)
[»] chr3 (7 HSPs)
chr3 (144-449)||(28838369-28838674)
chr3 (147-449)||(9450558-9450860)
chr3 (141-409)||(17724447-17724715)
chr3 (141-409)||(19025676-19025944)
chr3 (139-422)||(28830399-28830682)
chr3 (158-319)||(26640704-26640865)
chr3 (159-317)||(20798757-20798914)
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (156-317)||(19545404-19545565)
chr7 (151-314)||(19538748-19538911)
chr7 (161-317)||(47228519-47228675)
chr7 (192-317)||(47465706-47465831)
chr7 (188-317)||(19549755-19549885)
chr7 (188-301)||(19554968-19555081)
chr7 (237-294)||(19551972-19552029)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (158-333)||(19242376-19242551)
chr5 (158-317)||(9211371-9211530)
chr5 (151-337)||(38783792-38783978)
chr5 (135-317)||(9369955-9370137)
chr5 (158-313)||(12560131-12560287)
chr5 (154-317)||(35181989-35182152)
chr5 (185-309)||(12556892-12557016)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (133-315)||(9937274-9937456)
chr8 (154-317)||(9939644-9939807)
chr8 (157-315)||(9945694-9945855)
chr8 (176-290)||(3427899-3428013)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (158-317)||(44089673-44089832)
chr4 (159-204)||(38052155-38052200)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (128-245)||(7959585-7959702)
chr2 (266-313)||(43924059-43924105)
chr2 (187-227)||(43923991-43924031)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 288; Significance: 1e-161; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 122 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 1466958 - 1466631
Alignment:
Q  122 aattccaacttaaaaatatttaaactaagattgaagggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtag 221  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1466958 aattccaacttcaaaatatttaaactaagattgaagggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtag 1466859  T
Q  222 accttagaaaggcacccctcctaagtgcaatggagatcacctttctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgtaatc 321  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1466858 accttagaaaggcacccctcctaagtgcaatggaagtcacctttctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatttaatc 1466759  T
Q  322 caatgccataccctttgtttatatatctcactttcctcaccactctgtttgatattgtcgatgtgggacttattgtttcacatacatttgcacacactac 421  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  1466758 caatgccataccctttctttatatatcccactttcctcaccgctctgtttgatattgtcgatgtgggacttattgtttcacatacatttgcacaagctac 1466659  T
Q  422 tattgtttgtgctttcaatattctttct 449  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||    
T  1466658 tattgtttgtgctttctatattctttct 1466631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 145 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 35923398 - 35923210
Alignment:
Q  145 actaagattgaagggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttagaaaggcacccctccta 244  Q
    ||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||    
T  35923398 actaaaattggaaggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggcaagcacccctccta 35923299  T
Q  245 agtgcaatggagatcacctttctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgtaatccaatgccatacc 333  Q
    |||||||||||| |||| |  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  35923298 agtgcaatggaggtcacttgcctaggccatgggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagtaagtaattcaatgccatacc 35923210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 154 - 318
Target Start/End: Original strand, 5050497 - 5050661
Alignment:
Q  154 gaagggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttagaaaggcacccctcctaagtgcaatg 253  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   | ||||| | | |||||||    |||||||||||||||||||||    
T  5050497 gaagggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggttgttctacttgagaacaccttaggcgagcacccctcctaagtgcaatg 5050596  T
Q  254 gagatcacctttctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgta 318  Q
    ||| |||||   ||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5050597 gaggtcaccaacctaggccatggacctttttgatcatccattgaccccatccaggtaagtatgta 5050661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 14 - 72
Target Start/End: Complemental strand, 1467152 - 1467094
Alignment:
Q  14 atgaaattgctactttaaaaaagaaacaaaagaatagttcagttttgaactgaaattgc 72  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  1467152 atgaaattgctacattaaaaaagaaacaaatgaatagttcagttttgaactgaaattgc 1467094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 254; Significance: 1e-141; HSPs: 7)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 144 - 449
Target Start/End: Original strand, 28838369 - 28838674
Alignment:
Q  144 aactaagattgaagggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttagaaaggcacccctcct 243  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28838369 aactaaaattggagggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttagaaaggcacccctcct 28838468  T
Q  244 aagtgcaatggagatcacctttctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgtaatccaatgccataccctttgtttat 343  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||    
T  28838469 aagtgcaatggaggtcaccttcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatataatacaatgccataccctttctttat 28838568  T
Q  344 atatctcactttcctcaccactctgtttgatattgtcgatgtgggacttattgtttcacatacatttgcacacactactattgtttgtgctttcaatatt 443  Q
    ||||| |||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  28838569 atatcccactttcctcaccattgtgtctgatattgtcgatgtgggacatattgtttcacatacatttgcacacactactgttgtttgtgctttcaatatt 28838668  T
Q  444 ctttct 449  Q
    ||||||    
T  28838669 ctttct 28838674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 147 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 9450860 - 9450558
Alignment:
Q  147 taagattgaagggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttagaaaggcacccctcctaag 246  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  9450860 taagattggagggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggaaggcacccctccaaag 9450761  T
Q  247 tgcaatggagatcacctttctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgtaatccaatgccataccctttgtttatata 346  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  9450760 tgcaatggaggtcaccttcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgtaatccaatgccatagcctttctttatata 9450661  T
Q  347 tctcactttcctcaccactctgtttgatattgtcgatgtgggacttattgtttcacatacatttgcacacactactattgtttgtgctttcaatattctt 446  Q
    || |||||||| |||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9450660 tcccactttccacacctctgtgtctgatattgtcgatgtgggacttattgtttcacatgcatttgcacacactacttttgtttgtgctttcaatattctt 9450561  T
Q  447 tct 449  Q
    |||    
T  9450560 tct 9450558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 141 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 17724715 - 17724447
Alignment:
Q  141 ttaaactaagattgaagggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttagaaaggcacccct 240  Q
    ||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  17724715 ttaaaataagattagagggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggaaggcacccct 17724616  T
Q  241 cctaagtgcaatggagatcacctttctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgtaatccaatgccataccctttgtt 340  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  17724615 cctatgtgcaatggaggtcaccttcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgtaatccaataccataccctttctt 17724516  T
Q  341 tatatatctcactttcctcaccactctgtttgatattgtcgatgtgggacttattgtttcacatacatt 409  Q
    |||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  17724515 tatatatcacactttcctcaccgctgtgtttgatattgtcgatgtgggacatattgtttcacatacatt 17724447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 141 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 19025944 - 19025676
Alignment:
Q  141 ttaaactaagattgaagggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttagaaaggcacccct 240  Q
    ||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  19025944 ttaaaataagattagagggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggaaggcacccct 19025845  T
Q  241 cctaagtgcaatggagatcacctttctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgtaatccaatgccataccctttgtt 340  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  19025844 cctatgtgcaatggaggtcaccttcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgtaatccaataccataccctttctt 19025745  T
Q  341 tatatatctcactttcctcaccactctgtttgatattgtcgatgtgggacttattgtttcacatacatt 409  Q
    |||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  19025744 tatatatcacactttcctcaccgctgtgtttgatattgtcgatgtgggacatattgtttcacatacatt 19025676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 139 - 422
Target Start/End: Original strand, 28830399 - 28830682
Alignment:
Q  139 atttaaactaagattgaagggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttagaaaggcaccc 238  Q
    ||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  28830399 atttaaactaaaattggaaggggccgcgcgaacgcaggcccccacaacaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttagaaaagcaccc 28830498  T
Q  239 ctcctaagtgcaatggagatcacctttctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgtaatccaatgccataccctttg 338  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||     
T  28830499 ctcctaagtgcaatggaggtcacctttctaggccatggaccttcttgatcatccattgaccccatccaggtaagtatataatccaatgccataccctttc 28830598  T
Q  339 tttatatatctcactttcctcaccactctgtttgatattgtcgatgtgggacttattgtttcacatacatttgcacacactact 422  Q
    ||| |||||| ||||||||||||  |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  28830599 tttttatatcccactttcctcactgctctatctgatattgtcgatgtgggacttattgtttcacatgcatttgcacacactact 28830682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 158 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 26640865 - 26640704
Alignment:
Q  158 ggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttagaaaggcacccctcctaagtgcaatggaga 257  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||     
T  26640865 ggggccgcgcgaacgcaggcccccactgcaacaaattatgatgtaggttccaccacttgggtagaccttagactagcacccctcctaagtgcaatggagg 26640766  T
Q  258 tcacctttctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgtaa 319  Q
    |||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  26640765 tcacttgtctaggccatgggccttcttgatcacccatcgaccccatccaggtaagtaagtaa 26640704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 159 - 317
Target Start/End: Original strand, 20798757 - 20798914
Alignment:
Q  159 gggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttagaaaggcacccctcctaagtgcaatggagat 258  Q
    |||| ||||||||||| |||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||  ||||||||||||||||| |    
T  20798757 gggctgcgcgaacgcaagccccg-ctgcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggctagcacctttcctaagtgcaatggaggt 20798855  T
Q  259 cacctttctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgt 317  Q
    ||| |  ||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20798856 cacttgcctaggccatgaacattcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgt 20798914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 134; Significance: 1e-69; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 156 - 317
Target Start/End: Original strand, 19545404 - 19545565
Alignment:
Q  156 agggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttagaaaggcacccctcctaagtgcaatgga 255  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||    
T  19545404 agggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttagaagagcacccctccaaagtgcaatgga 19545503  T
Q  256 gatcacctttctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgt 317  Q
    | |||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19545504 ggtcacttttctaggccataggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgt 19545565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 151 - 314
Target Start/End: Original strand, 19538748 - 19538911
Alignment:
Q  151 attgaagggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttagaaaggcacccctcctaagtgca 250  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |  |||||||||| |||||||    
T  19538748 attgaagggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttaggtagaccttaggatagcacccctccaaagtgca 19538847  T
Q  251 atggagatcacctttctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagta 314  Q
    |||||| |||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19538848 atggaggtcactttcctaggccatgggccttcgtgatcacccattgaccccatccaggtaagta 19538911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 121; E-Value: 8e-62
Query Start/End: Original strand, 161 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 47228675 - 47228519
Alignment:
Q  161 gccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttagaaaggcacccctcctaagtgcaatggagatca 260  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||    
T  47228675 gccgcgcgaacgcagaccccctcagcaacaaattataatgtaggctccaccacttggatagaccttagaaaaacacccctcctaagtgcaatggaggtca 47228576  T
Q  261 cctttctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgt 317  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47228575 cctttctaggccataggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgt 47228519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 192 - 317
Target Start/End: Original strand, 47465706 - 47465831
Alignment:
Q  192 attatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttagaaaggcacccctcctaagtgcaatggagatcacctttctaggccatgggccttcttgatcacc 291  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  47465706 attatgatgtaggctccaccacttgagtagaccttagaaaagcacccctcccaagtgcaatggaggccacctttctaggccatgggccttcatgatcacc 47465805  T
Q  292 cattgaccccatccaggtaagtatgt 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  47465806 cattgaccccatccaggtaagtatgt 47465831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 188 - 317
Target Start/End: Original strand, 19549755 - 19549885
Alignment:
Q  188 acaaattatgatgtagg-ctccaccacttgggtagaccttagaaaggcacccctcctaagtgcaatggagatcacctttctaggccatgggccttcttga 286  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||   ||||||| | ||| |||||||||||||||||||  ||||   |||||| |||||||||| ||||    
T  19549755 acaaattatgacgtaggtctccaccacttgggtgagccttagacaagcaaccctcctaagtgcaatggaagtcactcgtctaggtcatgggccttattga 19549854  T
Q  287 tcacccattgaccccatccaggtaagtatgt 317  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  19549855 tcacccattgaccccgtccaggtatgtatgt 19549885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 188 - 301
Target Start/End: Original strand, 19554968 - 19555081
Alignment:
Q  188 acaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttagaaaggcacccctcctaagtgcaatggagatcacctttctaggccatgggccttcttgat 287  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||||||||| | |||||||   ||| |||||||||||||||||||| | ||   |||||| ||||| |||| |||||    
T  19554968 acaaattatgacgtaggcaccaccacttgggtgggccttagaccagcaaccctcctaagtgcaatggaggttactcgtctaggtcatggacctttttgat 19555067  T
Q  288 cacccattgacccc 301  Q
    || |||||||||||    
T  19555068 catccattgacccc 19555081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 237 - 294
Target Start/End: Original strand, 19551972 - 19552029
Alignment:
Q  237 ccctcctaagtgcaatggagatcacctttctaggccatgggccttcttgatcacccat 294  Q
    |||||||||||||||||||| ||||   |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  19551972 ccctcctaagtgcaatggaggtcactcgtctaggtcatgggccttcttgatcacccat 19552029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 132; Significance: 2e-68; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 158 - 333
Target Start/End: Original strand, 19242376 - 19242551
Alignment:
Q  158 ggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttagaaaggcacccctcctaagtgcaatggaga 257  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||     
T  19242376 ggggccgcgcgaacgcaggcccccgctgcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttagactagcacccctcctaagtgcaatggagg 19242475  T
Q  258 tcacctttctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgtaatccaatgccatacc 333  Q
    |||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  19242476 tcacttgcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgtaattcaatgtcatacc 19242551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 158 - 317
Target Start/End: Original strand, 9211371 - 9211530
Alignment:
Q  158 ggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttagaaaggcacccctcctaagtgcaatggaga 257  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||| || | |||||||||| ||     
T  9211371 ggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggctagcacctcttcaaagtgcaatgaagg 9211470  T
Q  258 tcacctttctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgt 317  Q
    |||| |  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9211471 tcacttgcctaggccatgggccttcctgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgt 9211530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 151 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 38783978 - 38783792
Alignment:
Q  151 attgaagggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttagaaaggcacccctcctaagtgca 250  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | | ||||||   ||||||||||||||||||||    
T  38783978 attgaagggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctgttctacttgagaacaccttaagtaggcacccctcctaagtgca 38783879  T
Q  251 atggagatcacctttctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgtaatccaatgccatacccttt 337  Q
    |||||| |||||   ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||| ||||    
T  38783878 atggaggtcaccaacctaggccatggaccttcttgatcatccattgaccccatccaggtaagtatgttgtccaatgtcatacacttt 38783792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 135 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 9370137 - 9369955
Alignment:
Q  135 aaatatttaaactaagattgaagggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttagaaaggc 234  Q
    ||||||||||||||| ||||   ||||||||||||||||| ||||| ||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||    
T  9370137 aaatatttaaactaaaattgggaggggccgcgcgaacgcaagccccaaccacaacatattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggctagc 9370038  T
Q  235 acccctcctaagtgcaatggagatcacctttctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgt 317  Q
    |||||| | |||||||||| || |||| |  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9370037 accccttcaaagtgcaatgaaggtcacttgcctaggccatgggcctttttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgt 9369955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 158 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 12560287 - 12560131
Alignment:
Q  158 ggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttggg-tagaccttagaaaggcacccctcctaagtgcaatggag 256  Q
    ||||| |||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    |||||||||| |||||||||||||    
T  12560287 ggggctgcgcgaacgcaaacccccacggcaacaaattatgatgtaggctccaccacttggggtagaccttaggctagcacccctccaaagtgcaatggag 12560188  T
Q  257 atcacctttctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagt 313  Q
     |||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12560187 gtcacttgcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagt 12560131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 154 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 35182152 - 35181989
Alignment:
Q  154 gaagggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttagaaaggcacccctcctaagtgcaatg 253  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | | ||||||||   |||||||||| ||||||||||    
T  35182152 gaagggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctgttctacttgagaacaccttagactagcacccctccaaagtgcaatg 35182053  T
Q  254 gagatcacctttctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgt 317  Q
    ||| |||||  |||||||||||  ||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  35182052 gaggtcaccaatctaggccatgaaccttaatgatcatccattgaccccatccaggtaagtatgt 35181989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 185 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 12557016 - 12556892
Alignment:
Q  185 gcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttagaaaggcacccctcctaagtgcaatggagatcacctttctaggccatgggccttctt 284  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    |||||||||| ||||||||||||| |||   |  ||||| ||| ||||||||    
T  12557016 gcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgagtagaccttaggccagcacccctccaaagtgcaatggaggtcattgtcttaggctatgagccttctt 12556917  T
Q  285 gatcacccattgaccccatccaggt 309  Q
    ||||||| |||||||||||||||||    
T  12556916 gatcacctattgaccccatccaggt 12556892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 95; Significance: 3e-46; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 133 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 9937456 - 9937274
Alignment:
Q  133 aaaaatatttaaactaagattgaagggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttagaaag 232  Q
    ||||||| ||||||||  |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||   | ||||| | | |||||||| ||    
T  9937456 aaaaataattaaactattattggaaggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaactatgatgtaggctgttctacttgagaacaccttagatag 9937357  T
Q  233 gcacccctcctaagtgcaatggagatcacctttctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtat 315  Q
    |||||||||| ||||||||||||| |||||   ||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  9937356 gcacccctccgaagtgcaatggaggtcaccaacctaggccatggaccttcatgatcatccattgaccccatccaggtaagtat 9937274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 154 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 9939807 - 9939644
Alignment:
Q  154 gaagggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttagaaaggcacccctcctaagtgcaatg 253  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   | ||||| | | |||||||  |||||||||||| ||||||||||    
T  9939807 gaagagggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggttgttctacttgagaacaccttaggtaggcacccctccaaagtgcaatg 9939708  T
Q  254 gagatcacctttctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgt 317  Q
    ||| |||||   ||||||||| | ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  9939707 gaggtcaccaacctaggccatagaccttcatgatcatccattgaccccatccaggtaagtatgt 9939644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 157 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 9945855 - 9945694
Alignment:
Q  157 gggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctcca---ccacttgggtagaccttagaaaggcacccctcctaagtgcaatg 253  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |    | ||||| | | |||||||  || ||||||||| ||||||||||    
T  9945855 gggggccacgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattataatgtaggctgctgttctacttgagaacaccttaggcagacacccctccaaagtgcaatg 9945756  T
Q  254 gagatcacctttctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtat 315  Q
    ||| |||||   ||||||||| | ||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  9945755 gaggtcaccaacctaggccatagaccttcatgatcgtccattgaccccatccaggtaagtat 9945694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 176 - 290
Target Start/End: Original strand, 3427899 - 3428013
Alignment:
Q  176 gcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttagaaaggcacccctcctaagtgcaatggagatcacctttctaggccatg 275  Q
    ||||| || ||||||||||| ||||||  |||||||||||||| ||||||||     |||||||||| | ||||||||||| ||||    |||| | |||    
T  3427899 gcccctactgcaacaaattacgatgtaaactccaccacttgggcagaccttaagctagcacccctccaaggtgcaatggaggtcacacgcctagacgatg 3427998  T
Q  276 ggccttcttgatcac 290  Q
    |||||||||||||||    
T  3427999 ggccttcttgatcac 3428013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 84; Significance: 1e-39; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 158 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 44089832 - 44089673
Alignment:
Q  158 ggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttagaaaggcacccctcctaagtgcaatggaga 257  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||   | ||||| | | |||||||| |||||||||||| |||||||||||||     
T  44089832 ggggccgcgcgaacgcaggccccctcagcaacaaattatgatgtagactgttctacttgagaacaccttagataggcacccctccaaagtgcaatggagg 44089733  T
Q  258 tcacctttctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgt 317  Q
    |||||   |||||||||| |||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  44089732 tcaccaacctaggccatgagccttcatgatcactcatagaccccatccaggtaagtatgt 44089673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 159 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 38052200 - 38052155
Alignment:
Q  159 gggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtagg 204  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||    
T  38052200 gggccgcgcgcacgcaggcctccacaacaacaaattataatgtagg 38052155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 78; Significance: 4e-36; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 128 - 245
Target Start/End: Original strand, 7959585 - 7959702
Alignment:
Q  128 aacttaaaaatatttaaactaagattgaagggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagacctta 227  Q
    ||||| |||| |||||||||| || || | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  7959585 aacttcaaaaaatttaaactatgactggaaggggccgcgcgaacgcagacccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccatttggatagacctta 7959684  T
Q  228 gaaaggcacccctcctaa 245  Q
     |||||||||||||||||    
T  7959685 aaaaggcacccctcctaa 7959702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 266 - 313
Target Start/End: Original strand, 43924059 - 43924105
Alignment:
Q  266 ctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagt 313  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  43924059 ctaggccatgggccttcttgatca-ccattgaccccattcaggtaagt 43924105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 187 - 227
Target Start/End: Original strand, 43923991 - 43924031
Alignment:
Q  187 aacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagacctta 227  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  43923991 aacaaattataatgtaggctccaccacttgagtagacctta 43924031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University