View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF2767_low_2 (Length: 867)
Name: NF2767_low_2
Description: NF2767
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF2767_low_2 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 700; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 700; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 79 - 846
Target Start/End: Original strand, 6969097 - 6969865
Alignment:
| Q |
79 |
gttcatcagagaaggaggcagaagatgcagaaggctgaaaattcctaggcaatattgctagttattttatattagagtcttattaaaacattactatgaa |
178 |
Q |
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| T |
6969097 |
gttcatcagagaaggaggcagaagatgcagaaggctgaaaattcctaggcaatattgctagttattttatattagagtcttattaaaacattagtatgaa |
6969196 |
T |
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| Q |
179 |
tctctatttctatgcttacattagagtcttaatttactttattataagttagattaatatgctaaggttgaaacattgttggtgattatgctgaattaca |
278 |
Q |
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| T |
6969197 |
tctctatttctatgcttacattcgagtcttaatttactttattataagttagattaatatgctaaggttgaaacattgttggtgattatgctgaattaca |
6969296 |
T |
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| Q |
279 |
aactaaacaatgtacttcaggccttataacaaagtaggttgaatatttagtaccattaaaaagatggttaacaatgttgaattataaatatgtttagttt |
378 |
Q |
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| T |
6969297 |
aactaaacaatgtacttcaggccttataacaaagtaggttgaatatttagtaccattaaaaagatggttaacaatgttgaattataaatatgtttagttt |
6969396 |
T |
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| Q |
379 |
gcattgcaagttttatgtgtgtgcttttatatgtttgttgatacctgataccctattttgttttgttcttctgatagcatattaccatactattctgcaa |
478 |
Q |
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| T |
6969397 |
gcagtgcaagttttatgtgtgtgcttttatatgtttgttgatacctgataccctattttgttttgttcttctgatagcatattaccatactattctgcaa |
6969496 |
T |
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| Q |
479 |
gtcattaaataaatagtttttagcttaaaaaactttatcatgttagcttttatcctaggtattaaaagattattataaatatttctttgaggaatatgga |
578 |
Q |
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| T |
6969497 |
gtcattaaataaatagtttttagcttaaaaaactttatcatgttagcttttatcctaggtattaaaagattattataaatacttctttgaggaatatgga |
6969596 |
T |
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| Q |
579 |
tggtttacacatctatcctcctcaggtactatttcaaacaggtagtaatactttaggttcttttgtaaattaaaatctcattttcatattggcctttaca |
678 |
Q |
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| T |
6969597 |
tggtttacacatctatcctcctcaggtactatttcaaacaggtagtaatactttaggttcttttgtaaattaaaatctcattttcatattggcctttaca |
6969696 |
T |
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| Q |
679 |
tgaggnnnnnnntaaataaatgaatgacacataaagaagcaccannnnnnnnataataaaagccagatctgatttcatcttatctgatgccttttcaatc |
778 |
Q |
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| T |
6969697 |
tgaggaaaaaaataaataaatgaatgacacataaagaagcaccattttttttataataaaagccagatctgatttcatcttatctgatgccttttcaatc |
6969796 |
T |
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| Q |
779 |
tttcctaagaccaaacaaaaaggaaatgatgtaatacaaacaagtca-tgatccataatacctaccccc |
846 |
Q |
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| T |
6969797 |
tttcctaagaccaaacaaaaaggaaatgatgtaatacaaacaagtcattgatccataatacctaccccc |
6969865 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 121 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 1000088 - 999959
Alignment:
| Q |
121 |
tcctaggcaatattgctagttattttatatt--agagtcttattaaaa------cattactatgaatctctatttctatgcttacattagagtcttaatt |
212 |
Q |
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| T |
1000088 |
tcctaggcaatattgctggttattttatattttagggtcttattaaaattaaaacattagtat-agtatctatttctatgcttacattagtgtcttgatt |
999990 |
T |
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| Q |
213 |
tactttattataagttagattaatatgctaa |
243 |
Q |
| |
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| T |
999989 |
tacattaatataagttagattaatgtgctaa |
999959 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 149 - 238
Target Start/End: Original strand, 2178425 - 2178513
Alignment:
| Q |
149 |
attagagtcttattaaaacattactatgaatctctatttctatgcttacattagagtcttaatttactttattataagttagattaatat |
238 |
Q |
| |
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|
| T |
2178425 |
attagagtcgtattaaaacattagtatgaatatctatttccatgcttacattacattcttattttagattattat-agttagattaatat |
2178513 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 140 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 51315915 - 51315840
Alignment:
| Q |
140 |
ttattttatattagagtcttattaaaacattactatgaatctctatttctatgcttacattagagtcttaatttac |
215 |
Q |
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| T |
51315915 |
ttattttgcattagagtcttatgaaaacgttaatatgaatatctatttccatgtttacaatagagtcttattttac |
51315840 |
T |
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