View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2768_low_12 (Length: 321)

Name: NF2768_low_12
Description: NF2768
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2768_low_12
NF2768_low_12
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (1-321)||(39475456-39475776)
chr5 (1-321)||(39450950-39451270)
chr5 (30-321)||(39471986-39472274)
chr5 (1-321)||(39486409-39486732)
chr5 (10-318)||(39454592-39454897)
chr5 (9-321)||(39460200-39460509)
chr5 (16-318)||(39464451-39464750)
chr5 (4-318)||(39470662-39470973)
chr5 (94-319)||(39458286-39458511)
chr5 (1-126)||(39483405-39483527)
chr5 (203-319)||(39480325-39480441)
chr5 (215-319)||(43312626-43312730)
chr5 (12-64)||(39458207-39458259)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 317; Significance: 1e-179; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 317; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 1 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 39475776 - 39475456
Alignment:
Q  1 tccttctctagtagtgaggttggagacagcttgttttacgtttggtttctgagcttcgaggagagctgtcatggaagagaaacctggatcggtgtttggg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39475776 tccttctctagtagtgaggttggagacagcttgttttacgtttggtttctgagcttcgaggagagctgtcatggaagagaaacctggatcggtgtttggg 39475677  T
Q  101 ggaagagaaacttctggaaggttgatgatgttgagagattctgagataggaagggatttagtgttgacatcattttctgttatgtgtgggaatttgataa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39475676 ggaagagaaacttctggaaggttgatgatgttgagagattctgagataggaagggatttagtgttgacatcattttctgttatgtgtgggaatttgataa 39475577  T
Q  201 ctaaaacagttgctcggagacggttatcacgattgattagaagcttcacaaactcaagtgtggaaattagatggctcagaccgggaaaagggataaacac 300  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39475576 ctaaaacagttactcggagacggttatcacgattgattagaagcttcacaaactcaagtgtggaaattagatggctcagaccgggaaaagggataaacac 39475477  T
Q  301 cacttctgctttcttcatctt 321  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  39475476 cacttctgctttcttcatctt 39475456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 1 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 39451270 - 39450950
Alignment:
Q  1 tccttctctagtagtgaggttggagacagcttgttttacgtttggtttctgagcttcgaggagagctgtcatggaagagaaacctggatcggtgtttggg 100  Q
    |||| ||| |||||||||||| || || |||||||| || |||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||| |||||||||     
T  39451270 tcctcctccagtagtgaggttagaaacggcttgtttgacatttggtttctgagcttcgaggagagcaggcatggaagcgaaacctggattggtgtttgga 39451171  T
Q  101 ggaagagaaacttctggaaggttgatgatgttgagagattctgagataggaagggatttagtgttgacatcattttctgttatgtgtgggaatttgataa 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  39451170 ggaagagaaacttctggaaggttgatgatgttgagagaatctgagataggaagggatttagtgttgacatcattttctgatatatgtgggaatttgataa 39451071  T
Q  201 ctaaaacagttgctcggagacggttatcacgattgattagaagcttcacaaactcaagtgtggaaattagatggctcagaccgggaaaagggataaacac 300  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||| ||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  39451070 ctaaaacagttactcggagacggttatcacgattgattagaagcttcgcgaattcaagggtggaaactagatggctcacaccaggaaaagggataaacac 39450971  T
Q  301 cacttctgctttcttcatctt 321  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  39450970 cacttctgctttcttcatctt 39450950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 30 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 39472274 - 39471986
Alignment:
Q  30 cttgttttacgtttggtttctgagcttcgaggagagctgtcatggaagagaaacctggatcggtgtttgggggaagagaaacttctggaaggttgatgat 129  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||   ||||  |||| |||| |||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||    
T  39472274 cttgtttgacgtttggtttctgagcttcgaggagcgcagtcat---agagggaccttgatctgtgtttggggcaagagaacattctggaaggttgatgat 39472178  T
Q  130 gttgagagattctgagataggaagggatttagtgttgacatcattttctgttatgtgtgggaatttgataactaaaacagttgctcggagacggttatca 229  Q
    || ||| || || |||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  39472177 gtggagtgaatcggagataggaagggatttagtgtagacatcggtttctgtgatgtgtgggaatttgataactaaaacagttattcggagacggttatca 39472078  T
Q  230 cgattgattagaagcttcacaaactcaagtgtggaaattagatggctcagaccgggaaaagggataaacaccacttctgctttcttcatctt 321  Q
    || ||||||||||||||| ||||||| || |  |||| || ||| | |  | | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  39472077 cggttgattagaagcttcgcaaactcgagagcagaaactatatgaccctcagccggaaaagggacaaacaccacttctgctttcttcatctt 39471986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 39486732 - 39486409
Alignment:
Q  1 tccttctctagtagtgaggttggagacagcttgttttacgtttggtttctgagcttcgaggagagctgtcatggaagagaaacctggatcggtgtttggg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||  |||||  |   |||| ||| ||||||||||||    
T  39486732 tccttctctagtagtgaggttggatacagcttgtttgacgtttggtttctgagcttcaaggagagcgttcatgaca---aaacgtggttcggtgtttggg 39486636  T
Q  101 ggaagagaaacttctggaaggttgatgatgttgagagattctgagataggaagggatttagtgttgacatca------ttttctgttatgtgtgggaatt 194  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||  | |||||| || || || ||||||||||| |||| ||||||       |  |||||  ||||||||||||    
T  39486635 ggaagagaacattctggaaggttgatgacctggagagaatcggaaatgggaagggattttgtgtagacatcgacatcgtcatctgtggtgtgtgggaatt 39486536  T
Q  195 tgataactaaaacagttgctcggagacggttatcacgattgattagaagcttcacaaactcaagtgtggaaattagatggctcagaccgggaaaagggat 294  Q
    |||| || || |  |||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||| ||||| ||||||| |||||| |  | ||| ||  |||||||    
T  39486535 tgatgaccaagatggttattcggagacggttatcacggttgattagaagctttgcaaattcaagggtggaaactagatgaccaacaccaggtgaagggat 39486436  T
Q  295 aaacaccacttctgctttcttcatctt 321  Q
    || ||||||||||||||||||||||||    
T  39486435 aatcaccacttctgctttcttcatctt 39486409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 99; E-Value: 7e-49
Query Start/End: Original strand, 10 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 39454897 - 39454592
Alignment:
Q  10 agtagtgaggttggagacagcttgttttacgtttggtttctgagcttcgaggagagctgtcatggaagagaaacctggatcggtgtttgggggaagagaa 109  Q
    |||| ||||||| || || |||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||| | |||||| || |   ||||||  |||||||||||||||||     
T  39454897 agtaatgaggttagatacggcttgtttgacgtttggtttctgagcttcaaggtgagcggacatggaggaaa---ctggattagtgtttgggggaagagag 39454801  T
Q  110 acttctggaaggttgatgatgttgagagattctgagataggaagggatttagtgttgacatcattttctgttatgtgtgggaatttgataactaaaacag 209  Q
      |||||||||||||||||||  ||  || || ||||| ||||| |||||| |||  |||||| |||| ||   |||||| |||||||  ||||||||||    
T  39454800 cattctggaaggttgatgatgcggattgaatcggagattggaagagatttactgtatacatcagtttcagtggcgtgtggaaatttgaggactaaaacag 39454701  T
Q  210 ttgctcggagacggttatcacgattgattagaagcttcacaaactcaagtgtggaaattagatggctcagaccgggaaaagggataaacaccacttctgc 309  Q
    ||  |||||||||||||||||| ||||||||||| ||| | |||||||| ||||||| || |||||  | ||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  39454700 ttattcggagacggttatcacggttgattagaagtttcgcgaactcaagggtggaaactaaatggccaacaccaggagaagggataaacaccacttctgc 39454601  T
Q  310 tttcttcat 318  Q
    |||||||||    
T  39454600 tttcttcat 39454592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 9 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 39460509 - 39460200
Alignment:
Q  9 tagtagtgaggttggagacagcttgttttacgtttggtttctgagcttcgaggagagctgtcatggaagagaaacctggatcggtgtttgggggaagaga 108  Q
    |||||||||| || || || |||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||  ||||    ||   |  ||| ||| ||||||||||||||||    
T  39460509 tagtagtgagattagatacggcttgtttgacgtttgatttctgagcttcgaggaaagccatcattctgga---agttggttcgatgtttgggggaagaga 39460413  T
Q  109 aacttctggaaggttgatgatgttgagagattctgagataggaagggatttagtgttgacatcattttctgttatgtgtgggaatttgataactaaaaca 208  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| || ||  | ||||| ||||||||||| |||||   ||||| | ||| ||||| ||| || ||||  |||    
T  39460412 aacttctggaaggttgatgatgtcgagagaatcagaagtgggaagtgatttagtgttaacatcggattctgatgtgtatgggagtttcatgactaggaca 39460313  T
Q  209 gttgctcggagacggttatcacgattgattagaagcttcacaaactcaagtgtggaaattagatggctcagaccgggaaaagggataaacaccacttctg 308  Q
    ||   |||||| || |||||||| ||| ||||||||||  | |||||||| ||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  39460312 gtaattcggaggcgcttatcacggttggttagaagctttgcgaactcaagggtggaatctagatggctcggaccgggaaaagggataaacacaacttctg 39460213  T
Q  309 ctttcttcatctt 321  Q
    |||||||||||||    
T  39460212 ctttcttcatctt 39460200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 16 - 318
Target Start/End: Original strand, 39464451 - 39464750
Alignment:
Q  16 gaggttggagacagcttgttttacgtttggtttctgagcttcgaggagagctgtcatggaagagaaacctggatcggtgtttgggggaagagaaacttct 115  Q
    |||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||  ||||   || | |||||||||| | | || |||||||||||||||||    
T  39464451 gaggttagagacggcttgtttgacgtttggtttgtgagcatcaaggagagcgttcat---agcggaacctggatcagaggtttggggaagagaaacttct 39464547  T
Q  116 ggaaggttgatgatgttgagagattctgagataggaagggatttagtgttgacatcattttctgttatgtgtgggaatttgataactaaaacagttgctc 215  Q
    |||||||||||||  || ||||| || || || |||| ||||||||||| ||||||   |||||   | ||||||| |||||| ||||| |  |||  ||    
T  39464548 ggaaggttgatgacattaagagaatcagatatgggaatggatttagtgtagacatcggattctgcggtttgtgggagtttgatgactaagatggttattc 39464647  T
Q  216 ggagacggttatcacgattgattagaagcttcacaaactcaagtgtggaaattagatggctcagaccgggaaaagggataaacaccacttctgctttctt 315  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |  |||| |||||| |  | | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  39464648 ggagacggttatcacggttgattagaagcttcgcaaactcaagggcagaaactagatgacctacagcgggaaaagggataaacactacttctgctttctt 39464747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 4 - 318
Target Start/End: Original strand, 39470662 - 39470973
Alignment:
Q  4 ttctctagtagtgaggttggagacagcttgttttacgtttggtttctgagcttcgaggagagctgtcatggaagagaaacctggatcggtgtttggggga 103  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||  ||||    ||   ||||||||| | | ||||| ||    
T  39470662 ttctccagtagtgaggttggagatagcttgtttgacgtttgctttatgagcttcgaggagagcgttcatatccga---acctggatcagaggttgggaga 39470758  T
Q  104 agagaaacttctggaaggttgatgatgttgagagattctgagataggaagggatttagtgttgacatcattttctgttatgtgtgggaatttgataacta 203  Q
    | |||||||||||||||||||||||  | |||||| || ||||| |||| |||||||| || |||||||  |||||   ||||||||||||| || ||||    
T  39470759 acagaaacttctggaaggttgatgacatggagagaatcagagatgggaatggatttagcgtagacatcagattctgcagtgtgtgggaatttcatgacta 39470858  T
Q  204 aaacagttgctcggagacggttatcacgattgattagaagcttcacaaactcaagtgtggaaattagatggctcagaccgggaaaagggataaacaccac 303  Q
    | ||||||  || ||| ||||||||| | ||||||||||||||  | ||||| |  |  |||| |||||| |  | | ||||||||||||||||||||||    
T  39470859 agacagttattcagaggcggttatcatggttgattagaagcttggcgaactctaaggcagaaactagatgacctacagcgggaaaagggataaacaccac 39470958  T
Q  304 ttctgctttcttcat 318  Q
    |||  ||||||||||    
T  39470959 ttccactttcttcat 39470973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 94 - 319
Target Start/End: Original strand, 39458286 - 39458511
Alignment:
Q  94 gtttgggggaagagaaacttctggaaggttgatgatgttgagagattctgagataggaagggatttagtgttgacatcattttctgttatgtgtgggaat 193  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||| ||  ||||| ||||| ||   ||| | |||||||||||||| ||||||  |||||||| ||||||| |||    
T  39458286 gtttgggggaagagaacattctggaaggtcgacaatgttaagagaatcgtcgatggcaagggatttagtgtagacatctatttctgttgtgtgtggaaat 39458385  T
Q  194 ttgataactaaaacagttgctcggagacggttatcacgattgattagaagcttcacaaactcaagtgtggaaattagatggctcagaccgggaaaaggga 293  Q
    || || || || | ||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||| || || ||||||| |||||| |  | ||| ||  ||| ||    
T  39458386 ttcatgaccaagatagttattcggagacggttatcacggttgattagaagctttgcaaattcgagggtggaaactagatgaccaacaccaggtgaagaga 39458485  T
Q  294 taaacaccacttctgctttcttcatc 319  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||    
T  39458486 taatcaccacttctgctttcttcatc 39458511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 1 - 126
Target Start/End: Complemental strand, 39483527 - 39483405
Alignment:
Q  1 tccttctctagtagtgaggttggagacagcttgttttacgtttggtttctgagcttcgaggagagctgtcatggaagagaaacctggatcggtgtttggg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||  | |||| ||   || || |||||  |||||||    
T  39483527 tccttctctagtagtgaggttggagacagcttgtattatgtttggtttctgagcttcaaggagagcgttgatggcag---aaactagatcgaagtttggg 39483431  T
Q  101 ggaagagaaacttctggaaggttgat 126  Q
    |||||| ||  |||||||||||||||    
T  39483430 ggaagataacattctggaaggttgat 39483405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 203 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 39480441 - 39480325
Alignment:
Q  203 aaaacagttgctcggagacggttatcacgattgattagaagcttcacaaactcaagtgtggaaattagatggctcagaccgggaaaagggataaacacca 302  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||| | || ||||| ||||||| |||||| |  | ||| ||  ||||||||| |||||    
T  39480441 aaaacagttattcggagacggttatcacggttgattagaagcttcgcgaattcaagggtggaaactagatgaccaacaccaggtgaagggataatcacca 39480342  T
Q  303 cttctgctttcttcatc 319  Q
    |||||||||||||||||    
T  39480341 cttctgctttcttcatc 39480325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 215 - 319
Target Start/End: Original strand, 43312626 - 43312730
Alignment:
Q  215 cggagacggttatcacgattgattagaagcttcacaaactcaagtgtggaaattagatggctcagaccgggaaaagggataaacaccacttctgctttct 314  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||||  |||||||||| ||||| | || ||| | || ||| ||| ||||||||||||||||||||  |||||    
T  43312626 cggagacggttatcacggttgatgagaagcttagcaaactcaagggtggatactaaatgtcccacacctggagaagggataaacaccacttctagtttct 43312725  T
Q  315 tcatc 319  Q
    |||||    
T  43312726 tcatc 43312730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 12 - 64
Target Start/End: Original strand, 39458207 - 39458259
Alignment:
Q  12 tagtgaggttggagacagcttgttttacgtttggtttctgagcttcgaggaga 64  Q
    |||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  39458207 tagtgaggttggagacggcttttttgacgtttggtttctgagctttgaggaga 39458259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University