View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2776_low_16 (Length: 250)

Name: NF2776_low_16
Description: NF2776
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2776_low_16
NF2776_low_16
[»] chr3 (26 HSPs)
chr3 (13-250)||(6237843-6238080)
chr3 (13-237)||(6167981-6168205)
chr3 (13-239)||(6258292-6258518)
chr3 (13-239)||(6141376-6141602)
chr3 (13-239)||(13271266-13271492)
chr3 (13-239)||(6244383-6244609)
chr3 (13-239)||(6264775-6265001)
chr3 (13-239)||(6899178-6899404)
chr3 (13-250)||(6722781-6723018)
chr3 (57-239)||(6592066-6592248)
chr3 (58-239)||(7749137-7749318)
chr3 (57-239)||(6881650-6881832)
chr3 (13-239)||(6916191-6916417)
chr3 (88-242)||(5279818-5279969)
chr3 (91-237)||(6555193-6555339)
chr3 (91-245)||(6480702-6480853)
chr3 (91-237)||(6520887-6521033)
chr3 (91-237)||(6735118-6735264)
chr3 (160-237)||(5263011-5263088)
chr3 (50-250)||(8569672-8569872)
chr3 (173-237)||(8588978-8589042)
chr3 (160-250)||(6946502-6946592)
chr3 (195-239)||(6850245-6850289)
chr3 (89-204)||(8453813-8453928)
chr3 (91-143)||(6527721-6527773)
chr3 (161-213)||(6449546-6449598)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (13-239)||(35141083-35141308)
[»] scaffold0425 (2 HSPs)
scaffold0425 (91-237)||(8232-8378)
scaffold0425 (195-239)||(13353-13397)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 222; Significance: 1e-122; HSPs: 26)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 13 - 250
Target Start/End: Original strand, 6237843 - 6238080
Alignment:
Q  13 aaaatcagtcagaatctcaagattgaataattctcgtatctcctttggcatcttattaatatgcgttcctttcaaattaagatgacgtaaattgataagt 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6237843 aaaatcagtcagaatctcaagattgaataattctcgtatctcctttggcatcttcttaatatgcgttcctttcaaattaagatgacgtaaattgataagt 6237942  T
Q  113 ttgcgaaaatttgatgggagcttagtcaatttaaaacattctttcggtaagagcgtatgcaaattatacaacatgcaaatggaattaggtaagcttgtaa 212  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6237943 ttgcaaaaatttgatgggagcttagtcaatttaaaacattcttccggtaagagcgtatgcaaattatacaacatgcaaatggaattaggtaagcttgtaa 6238042  T
Q  213 tttcagtgtaagaaaggtctagatagcacaaaaacttt 250  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  6238043 tttcagtgtaagaaaggtctagatagcacaaaagcttt 6238080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 13 - 237
Target Start/End: Original strand, 6167981 - 6168205
Alignment:
Q  13 aaaatcagtcagaatctcaagattgaataattctcgtatctcctttggcatcttattaatatgcgttcctttcaaattaagatgacgtaaattgataagt 112  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  6167981 aaaatcagtcagcatctcaagattgattaatactcttatctcctttggcatcttcttgatatgtgtgcctttcaaattaagatgacgtaaattgatgagt 6168080  T
Q  113 ttgcgaaaatttgatgggagcttagtcaatttaaaacattctttcggtaagagcgtatgcaaattatacaacatgcaaatggaattaggtaagcttgtaa 212  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  6168081 ttgccaaaatttgatgggagctcagtcaatttaaaacattcttccagtaagagcgtatgcaaattatacagcatacaaatggaattaggtaagcttgtaa 6168180  T
Q  213 tttcagtgtaagaaaggtctagata 237  Q
    | || ||||||||||||||||||||    
T  6168181 tgtcggtgtaagaaaggtctagata 6168205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 13 - 239
Target Start/End: Original strand, 6258292 - 6258518
Alignment:
Q  13 aaaatcagtcagaatctcaagattgaataattctcgtatctcctttggcatcttattaatatgcgttcctttcaaattaagatgacgtaaattgataagt 112  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||     
T  6258292 aaaatcagtcagcatctcaagattgattaattctcttatcttctttggcatcttcttaatatgcgtgcctttcaaattaagatgacataaattgatgaga 6258391  T
Q  113 ttgcgaaaatttgatgggagcttagtcaatttaaaacattctttcggtaagagcgtatgcaaattatacaacatgcaaatggaattaggtaagcttgtaa 212  Q
    ||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||    
T  6258392 ttgtgaaaatttgatgggagctcagtcagtttaaaacattcttccagtaagagtgtatgcaaattatacaacatacaaatggaatcaggtaaacttgtaa 6258491  T
Q  213 tttcagtgtaagaaaggtctagatagc 239  Q
    | || ||||||||||||||||||||||    
T  6258492 tctcggtgtaagaaaggtctagatagc 6258518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 13 - 239
Target Start/End: Original strand, 6141376 - 6141602
Alignment:
Q  13 aaaatcagtcagaatctcaagattgaataattctcgtatctcctttggcatcttattaatatgcgttcctttcaaattaagatgacgtaaattgataagt 112  Q
    |||||||||||| |||||| |||||| |||  ||| |||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  6141376 aaaatcagtcagcatctcaggattgattaaccctcttatctcctttggcatcttcttaatatgtgtgcctttcaaattaagatgacgtaaattgacgagt 6141475  T
Q  113 ttgcgaaaatttgatgggagcttagtcaatttaaaacattctttcggtaagagcgtatgcaaattatacaacatgcaaatggaattaggtaagcttgtaa 212  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||    
T  6141476 ttgcaaaaatttgatgggagctcagtcaatttaaaacattcttccagtaagagggtatgcaaattatacagcttacaaatggaattaggtaagcttgtaa 6141575  T
Q  213 tttcagtgtaagaaaggtctagatagc 239  Q
    | || ||||||||||||||||||||||    
T  6141576 tctccgtgtaagaaaggtctagatagc 6141602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 13 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 13271492 - 13271266
Alignment:
Q  13 aaaatcagtcagaatctcaagattgaataattctcgtatctcctttggcatcttattaatatgcgttcctttcaaattaagatgacgtaaattgataagt 112  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  13271492 aaaatcagtcagcatctcaagattgattaattcacttatctcctttggcatcttcttaatatgcgtgcctttcaaattaagatgacgtaaattgatgagt 13271393  T
Q  113 ttgcgaaaatttgatgggagcttagtcaatttaaaacattctttcggtaagagcgtatgcaaattatacaacatgcaaatggaattaggtaagcttgtaa 212  Q
    |||| ||||||||  ||||||| |   | |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  13271392 ttgcaaaaatttggcgggagctcaagtagtttaaaacattctttcagcaagagcgtatgcaaattatacaacatacaaatggaatcaggtaagcttgtaa 13271293  T
Q  213 tttcagtgtaagaaaggtctagatagc 239  Q
    | || ||||||||||||||||||||||    
T  13271292 tctcggtgtaagaaaggtctagatagc 13271266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 13 - 239
Target Start/End: Original strand, 6244383 - 6244609
Alignment:
Q  13 aaaatcagtcagaatctcaagattgaataattctcgtatctcctttggcatcttattaatatgcgttcctttcaaattaagatgacgtaaattgataagt 112  Q
    |||||||||||| |||||||| |||| |||  |||  ||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  6244383 aaaatcagtcagcatctcaaggttgattaaccctctcatctcctttggcatcttcttaatatgggtgcctttcaaattaagatgacgtaaattgatgagt 6244482  T
Q  113 ttgcgaaaatttgatgggagcttagtcaatttaaaacattctttcggtaagagcgtatgcaaattatacaacatgcaaatggaattaggtaagcttgtaa 212  Q
    |||| ||||||||  ||||||| |   | |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  6244483 ttgcaaaaatttggcgggagctcaagtagtttaaaacattcttccagtaagagcgtatgcaaattatacaacatacaaatggaattaggtaagcttgtaa 6244582  T
Q  213 tttcagtgtaagaaaggtctagatagc 239  Q
    | || ||||||||||||||||||||||    
T  6244583 tctcggtgtaagaaaggtctagatagc 6244609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 13 - 239
Target Start/End: Original strand, 6264775 - 6265001
Alignment:
Q  13 aaaatcagtcagaatctcaagattgaataattctcgtatctcctttggcatcttattaatatgcgttcctttcaaattaagatgacgtaaattgataagt 112  Q
    |||||| ||||| |||||||| || | |||  |||  ||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  6264775 aaaatcggtcagcatctcaaggtttattaaccctctcatctcctttggcatcttcttaatatgtgtgcctttcaaattaagatgacgtaaattgacgagt 6264874  T
Q  113 ttgcgaaaatttgatgggagcttagtcaatttaaaacattctttcggtaagagcgtatgcaaattatacaacatgcaaatggaattaggtaagcttgtaa 212  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||| |||||| | | |||||||||||||||||||||||||    
T  6264875 ttgcaaaaatttgatgggagctcagtcaatttaaaacattcttccagtaagagggtatgcaaactatacagcttacaaatggaattaggtaagcttgtaa 6264974  T
Q  213 tttcagtgtaagaaaggtctagatagc 239  Q
    | || ||||||||||||||||||||||    
T  6264975 tctctgtgtaagaaaggtctagatagc 6265001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 13 - 239
Target Start/End: Original strand, 6899178 - 6899404
Alignment:
Q  13 aaaatcagtcagaatctcaagattgaataattctcgtatctcctttggcatcttattaatatgcgttcctttcaaattaagatgacgtaaattgataagt 112  Q
    |||||||||||| ||||||||||||  |||  ||| ||||| | ||||||||||  | ||||| || |||| || |||||||||||||| |||||  |||    
T  6899178 aaaatcagtcagcatctcaagattgtttaaccctcctatcttcattggcatcttcattatatgagtgccttgcagattaagatgacgtagattgacgagt 6899277  T
Q  113 ttgcgaaaatttgatgggagcttagtcaatttaaaacattctttcggtaagagcgtatgcaaattatacaacatgcaaatggaattaggtaagcttgtaa 212  Q
    |||| ||||| ||| ||||||| ||||| |||||||||  ||| | ||||||| || ||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||| ||    
T  6899278 ttgcaaaaatctgaagggagctcagtcagtttaaaacaaccttgcagtaagagtgtctgcaaattatacagcatacaaatggaatcaggtaagcttgcaa 6899377  T
Q  213 tttcagtgtaagaaaggtctagatagc 239  Q
    | || ||||||||||||||||||||||    
T  6899378 tctcggtgtaagaaaggtctagatagc 6899404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 13 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 6723018 - 6722781
Alignment:
Q  13 aaaatcagtcagaatctcaagattgaataattctcgtatctcctttggcatcttattaatatgcgttcctttcaaattaagatgacgtaaattgataagt 112  Q
    ||||||| |||| |||||||| |||  |||| ||| ||||| | |||||||||| |||||||| || ||||||| |||||||| |||||||||||  |||    
T  6723018 aaaatcactcagcatctcaagcttgtctaatgctcctatcttcgttggcatcttcttaatatgagtgcctttcagattaagataacgtaaattgacgagt 6722919  T
Q  113 ttgcgaaaatttgatgggagcttagtcaatttaaaacattctttcggtaagagcgtatgcaaattatacaacatgcaaatggaattaggtaagcttgtaa 212  Q
    |||   | || ||| || ||||||||||||||||| || |||| |  |||||| || ||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||  ||    
T  6722918 ttgtagatatctgaaggtagcttagtcaatttaaagcactcttccaataagagtgtctgcaaattatatagcatacaaatggaattaggtaagcttacaa 6722819  T
Q  213 tttcagtgtaagaaaggtctagatagcacaaaaacttt 250  Q
    | |||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||    
T  6722818 tgtcagtgtaggaaaggtctagatagcgcaaaagcttt 6722781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 57 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 6592248 - 6592066
Alignment:
Q  57 ttggcatcttattaatatgcgttcctttcaaattaagatgacgtaaattgataagtttgcgaaaatttgatgggagcttagtcaatttaaaacattcttt 156  Q
    |||||||||| |||||||| || ||||||| ||||||||| || |||||||| |||||| |||||| ||| ||||| |  |||||||||||||||||||     
T  6592248 ttggcatcttcttaatatgagtgcctttcagattaagatggcgcaaattgatgagtttgtgaaaatctgaagggagttcggtcaatttaaaacattcttc 6592149  T
Q  157 cggtaagagcgtatgcaaattatacaacatgcaaatggaattaggtaagcttgtaatttcagtgtaagaaaggtctagatagc 239  Q
    |  |||||  || ||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||| ||| ||||| | |||||||||||||||||    
T  6592148 caataagaatgtttgcaaattatacagcgtacaaatggaattaggtaagcttgcaatctcagttttagaaaggtctagatagc 6592066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 58 - 239
Target Start/End: Original strand, 7749137 - 7749318
Alignment:
Q  58 tggcatcttattaatatgcgttcctttcaaattaagatgacgtaaattgataagtttgcgaaaatttgatgggagcttagtcaatttaaaacattctttc 157  Q
    ||||||||| |||||||| || || || | ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| || |||| || |||| | ||||||| || |    
T  7749137 tggcatcttcttaatatgagtgccgtttagattaagatgacgtaaattgatgagtttgcaaaaatctgaaggcagctcagccaatctgaaacattgttcc 7749236  T
Q  158 ggtaagagcgtatgcaaattatacaacatgcaaatggaattaggtaagcttgtaatttcagtgtaagaaaggtctagatagc 239  Q
       ||||| || ||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  7749237 aacaagagtgtctgcaaattatacagcatacaaatggaattgggtaagcttgcaatctcagtgtgagaaaggtctagatagc 7749318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 57 - 239
Target Start/End: Original strand, 6881650 - 6881832
Alignment:
Q  57 ttggcatcttattaatatgcgttcctttcaaattaagatgacgtaaattgataagtttgcgaaaatttgatgggagcttagtcaatttaaaacattcttt 156  Q
    |||||||||| |||||||| || ||| ||| |||||||||||||||| |||| || |||| ||||| || ||| || | |  |||||| ||||||||||     
T  6881650 ttggcatcttcttaatatgagtgcctgtcagattaagatgacgtaaactgatgagcttgcaaaaatctgttggaagttcaagcaatttgaaacattcttc 6881749  T
Q  157 cggtaagagcgtatgcaaattatacaacatgcaaatggaattaggtaagcttgtaatttcagtgtaagaaaggtctagatagc 239  Q
    |  |||||| || || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||  |||||||| |||||||    
T  6881750 caataagagtgtctgtaaattatacaacatacaaatggaattaggtaagcttgcaatctcagtgtgcgaaaggtccagatagc 6881832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 13 - 239
Target Start/End: Original strand, 6916191 - 6916417
Alignment:
Q  13 aaaatcagtcagaatctcaagattgaataattctcgtatctcctttggcatcttattaatatgcgttcctttcaaattaagatgacgtaaattgataagt 112  Q
    |||||||||||| ||||||||||||  |||  ||| ||| |   |||||||||| |||||||| || ||||||| ||||||||| ||||| ||||  |||    
T  6916191 aaaatcagtcagcatctcaagattgtttaaccctcctatttttgttggcatcttcttaatatgagtgcctttcagattaagatggcgtaagttgacgagt 6916290  T
Q  113 ttgcgaaaatttgatgggagcttagtcaatttaaaacattctttcggtaagagcgtatgcaaattatacaacatgcaaatggaattaggtaagcttgtaa 212  Q
    |||| ||||| | | ||||||| |||||||||  ||||||||| |  |||||| || || |||||||| | ||| |||| |||| | |||||||||||||    
T  6916291 ttgccaaaatctaaagggagctcagtcaatttccaacattcttccaataagagtgtctgtaaattatatatcatacaaacggaaatcggtaagcttgtaa 6916390  T
Q  213 tttcagtgtaagaaaggtctagatagc 239  Q
    | |||||||| ||||| ||||||||||    
T  6916391 tctcagtgtacgaaagatctagatagc 6916417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 88 - 242
Target Start/End: Original strand, 5279818 - 5279969
Alignment:
Q  88 attaagatgacgtaaattgataagtttgcgaaaatttgatgggagcttagtcaatttaaaacattctttcggtaagagcgtatgcaaattatacaacatg 187  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||| ||||||| ||||||| ||   ||| ||  |  |||||| || ||||||||||||||||      
T  5279818 attaagatgacgtaaattgacaagtttgtaaaaatttgaagggagctcagtcaatcta---catcctagcaataagagtgtctgcaaattatacaacaca 5279914  T
Q  188 caaatggaattaggtaagcttgtaatttcagtgtaagaaaggtctagatagcaca 242  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  5279915 caaatggaatcaggtaggcttgtaattccagtgtaagaaaggtctagataacaca 5279969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 91 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 6555339 - 6555193
Alignment:
Q  91 aagatgacgtaaattgataagtttgcgaaaatttgatgggagcttagtcaatttaaaacattctttcggtaagagcgtatgcaaattatacaacatgcaa 190  Q
    |||||||||||||||||| ||||||  ||||||||| ||||||| |||||||| | |||| |||||    ||||| || ||||||||||||||||| |||    
T  6555339 aagatgacgtaaattgatgagtttggaaaaatttgaagggagctcagtcaattgataacagtcttttaacaagagtgtttgcaaattatacaacatacaa 6555240  T
Q  191 atggaattaggtaagcttgtaatttcagtgtaagaaaggtctagata 237  Q
    |||| || |||||||||| ||||  ||||||| | ||||||||||||    
T  6555239 atggtatcaggtaagcttttaataccagtgtatgtaaggtctagata 6555193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 91 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 6480853 - 6480702
Alignment:
Q  91 aagatgacgtaaattgataagtttgcgaaaatttgatgggagcttagtcaatttaaaacattctttcggtaagagcgtatgcaaattatacaacatgcaa 190  Q
    |||||||||||||||||| ||||||  ||||||||| ||||||| |||||||| | | |   ||| |   ||||  || ||||||||||||||||| |||    
T  6480853 aagatgacgtaaattgatgagtttggaaaaatttgaagggagctcagtcaattcacacc---cttgcaacaagattgtttgcaaattatacaacatacaa 6480757  T
Q  191 atggaattaggtaagcttgtaatttcagtgtaagaaaggtctagatagcacaaaa 245  Q
    |||  || ||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||| |||||    
T  6480756 atgctatcaggtaagcttgtaatctcagtgaaagaaaggtcaagatagcgcaaaa 6480702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 91 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 6521033 - 6520887
Alignment:
Q  91 aagatgacgtaaattgataagtttgcgaaaatttgatgggagcttagtcaatttaaaacattctttcggtaagagcgtatgcaaattatacaacatgcaa 190  Q
    |||||||||||||||||| ||||||  ||||||||| ||||||| |||||||| |   ||  ||||    ||||| || || |||||||||| ||| |||    
T  6521033 aagatgacgtaaattgatgagtttggaaaaatttgaagggagctcagtcaattgatggcagccttttaacaagagtgtttgtaaattatacagcatacaa 6520934  T
Q  191 atggaattaggtaagcttgtaatttcagtgtaagaaaggtctagata 237  Q
    |||| || ||||||||||| ||| | | |||||||||||||||||||    
T  6520933 atggtatcaggtaagcttgcaatcttattgtaagaaaggtctagata 6520887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 91 - 237
Target Start/End: Original strand, 6735118 - 6735264
Alignment:
Q  91 aagatgacgtaaattgataagtttgcgaaaatttgatgggagcttagtcaatttaaaacattctttcggtaagagcgtatgcaaattatacaacatgcaa 190  Q
    |||||||| ||||||||  ||||||  ||||||||| ||||||| |||||||| |  |||  ||||    ||||| || || |||||||||||||| |||    
T  6735118 aagatgacataaattgacgagtttggaaaaatttgaagggagctcagtcaattgacgacaaccttttaacaagagtgtttgtaaattatacaacatacaa 6735217  T
Q  191 atggaattaggtaagcttgtaatttcagtgtaagaaaggtctagata 237  Q
    |||| || |||||||||| |||| | |||||| ||||||||||||||    
T  6735218 atggtatcaggtaagcttctaatcttagtgtatgaaaggtctagata 6735264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 160 - 237
Target Start/End: Original strand, 5263011 - 5263088
Alignment:
Q  160 taagagcgtatgcaaattatacaacatgcaaatggaattaggtaagcttgtaatttcagtgtaagaaaggtctagata 237  Q
    |||||| || ||||||||||||||||   ||||||||| ||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  5263011 taagagtgtctgcaaattatacaacacataaatggaatcaggtaggcttgtaatcccagtgtaagaaaggtctagata 5263088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 50 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 8569872 - 8569672
Alignment:
Q  50 atctcctttggcatcttattaatatgcgttcctttcaaattaagatgacgtaaattgataagtttgcgaaaatttgatgggagcttagtcaatttaaaac 149  Q
    |||| |||||||||||| |||||||  || ||||| | ||||||||| |||||||||  |||||||  ||||| ||| |||||||| ||||||| | |||    
T  8569872 atctgctttggcatcttcttaatatcagtgccttttagattaagatggcgtaaattggcaagtttgtaaaaatatgaagggagcttggtcaattcagaac 8569773  T
Q  150 attctttcggtaagagcgtatgcaaattatacaacatgcaaatggaattaggtaagcttgtaatttcagtgtaagaaaggtctagatagcacaaaaactt 249  Q
    |||||| |  ||  || || || |||||||||||| | |||||||||| ||| || ||| |||| || |||  ||  || |||||||||| ||||| |||    
T  8569772 attcttccaatattagtgtttgtaaattatacaacttacaaatggaatcaggcaaccttttaatctctgtgcgagtcagatctagatagcgcaaaagctt 8569673  T
Q  250 t 250  Q
    |    
T  8569672 t 8569672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 173 - 237
Target Start/End: Original strand, 8588978 - 8589042
Alignment:
Q  173 aaattatacaacatgcaaatggaattaggtaagcttgtaatttcagtgtaagaaaggtctagata 237  Q
    |||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  8588978 aaattatacaacatacaaatggtatcaggtaagcttgtaatcaaagtgtaagaaaggtctagata 8589042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 160 - 250
Target Start/End: Original strand, 6946502 - 6946592
Alignment:
Q  160 taagagcgtatgcaaattatacaacatgcaaatggaattaggtaagcttgtaatttcagtgtaagaaaggtctagatagcacaaaaacttt 250  Q
    |||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||  ||||| |||||||| | ||||| ||||||||||||||| | ||||| ||||    
T  6946502 taagagtgtttgcaaattatacaacatacaaatagaatcgggtaaccttgtaatattagtgtgagaaaggtctagataacgcaaaagcttt 6946592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 195 - 239
Target Start/End: Original strand, 6850245 - 6850289
Alignment:
Q  195 aattaggtaagcttgtaatttcagtgtaagaaaggtctagatagc 239  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  6850245 aattaggtatgcttgtaatctcagtgtaagaaaggtctagatagc 6850289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 89 - 204
Target Start/End: Original strand, 8453813 - 8453928
Alignment:
Q  89 ttaagatgacgtaaattgataagtttgcgaaaatttgatgggagcttagtcaatttaaaacattctttcggtaagagcgtatgcaaattatacaacatgc 188  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||  ||||||||| |||||||  ||||||| | ||||  ||| | | ||||| || |||||||||| |||||| |    
T  8453813 ttaagatgacgtaaattgacgagtttggaaaaatttgaagggagctctgtcaattcacaacagccttccagcaagagtgtttgcaaattatgcaacatac 8453912  T
Q  189 aaatggaattaggtaa 204  Q
    |||||| || ||||||    
T  8453913 aaatggtatcaggtaa 8453928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 91 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 6527773 - 6527721
Alignment:
Q  91 aagatgacgtaaattgataagtttgcgaaaatttgatgggagcttagtcaatt 143  Q
    |||||||||||||||||| ||||||  ||||||||| ||||||| ||||||||    
T  6527773 aagatgacgtaaattgatgagtttggaaaaatttgaagggagctcagtcaatt 6527721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 161 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 6449598 - 6449546
Alignment:
Q  161 aagagcgtatgcaaattatacaacatgcaaatggaattaggtaagcttgtaat 213  Q
    ||||| || ||||||||||||||||  ||||||| || |||||||||||||||    
T  6449598 aagagtgtttgcaaattatacaacacacaaatggtatcaggtaagcttgtaat 6449546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 135; Significance: 2e-70; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 13 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 35141308 - 35141083
Alignment:
Q  13 aaaatcagtcagaatctcaagattgaataattctcgtatctcctttggcatcttattaatatgcgttcctttcaaattaagatgacgtaaattgataagt 112  Q
    |||||||||| | ||||||||||||| |||  |||  |||||||||||||| || |||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  35141308 aaaatcagtcggcatctcaagattgattaaccctctcatctcctttggcat-ttcttaatatgtgtgcctttcaaattaagatgacataaattgatgagt 35141210  T
Q  113 ttgcgaaaatttgatgggagcttagtcaatttaaaacattctttcggtaagagcgtatgcaaattatacaacatgcaaatggaattaggtaagcttgtaa 212  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||  |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  35141209 ttgcgaaaatttgatgggagctcaatcggtttaaaacattcttccagtaagagcgtatgcaaattatacaacatacaaatggaattaggtaagcttgtaa 35141110  T
Q  213 tttcagtgtaagaaaggtctagatagc 239  Q
    | || ||||||||||||||||||||||    
T  35141109 tctcggtgtaagaaaggtctagatagc 35141083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0425 (Bit Score: 51; Significance: 2e-20; HSPs: 2)
Name: scaffold0425
Description:

Target: scaffold0425; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 91 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 8378 - 8232
Alignment:
Q  91 aagatgacgtaaattgataagtttgcgaaaatttgatgggagcttagtcaatttaaaacattctttcggtaagagcgtatgcaaattatacaacatgcaa 190  Q
    |||||||||||||||||| ||||||  ||||||||| ||||||| |||||||| |  |||  ||||    ||||| || || |||||||||||||| |||    
T  8378 aagatgacgtaaattgatgagtttggaaaaatttgaagggagctcagtcaattgacgacaaccttttaacaagagtgtttgtaaattatacaacatacaa 8279  T
Q  191 atggaattaggtaagcttgtaatttcagtgtaagaaaggtctagata 237  Q
    |||| || |||||||||| |||| | |||||| ||||||||||||||    
T  8278 atggtatcaggtaagcttctaatcttagtgtatgaaaggtctagata 8232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0425; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 195 - 239
Target Start/End: Original strand, 13353 - 13397
Alignment:
Q  195 aattaggtaagcttgtaatttcagtgtaagaaaggtctagatagc 239  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  13353 aattaggtatgcttgtaatctcagtgtaagaaaggtctagatagc 13397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University