View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2780-Insertion-1 (Length: 1015)

Name: NF2780-Insertion-1
Description: NF2780
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2780-Insertion-1
NF2780-Insertion-1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (7-1010)||(10760331-10761337)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (738-791)||(16164308-16164361)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 896; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 896; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 1010
Target Start/End: Original strand, 10760331 - 10761337
Alignment:
Q  7 aatggccaactccagtgccaccccaaatcacaattcgggaaacagttatgcttcctgatcatgttttaatgttcttaaactaccctttatcttttcgcta 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10760331 aatggccaactccagtgccaccccaaatcacaattcgggaaacagttttgcttcctgatcatgttttaattttcttaaactaccctttatcttttcgcta 10760430  T
Q  107 tcacaccagacatgaccttcaatgtgtttactcttcagatgatgactcaaaacctcgtctcactcaagaaccggttcaactttactcgattaggcttcac 206  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10760431 tcacaccaaacgtgaccttcaatgtgtttactcttcagatcatgactcaaaacctcgtctcactcaagaaccggttcaactttactcgattaggcttcac 10760530  T
Q  207 gaacaaattgtacgttgtccaatccctccacgtggcgataatatatcacttatgataaaatccaacggtcccattaaaataaaaaagtcgtcaatccata 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  10760531 gaacaaattgtacgttgtccaatccctccacgtggtgagaatatatcacttatgataaaatccaacggtcccattcaaataaaaaagtcgtcaatccata 10760630  T
Q  307 attgggaaccactagtctacgaagctctcttcgatcacgacaacaccaccatcgtatttgtgaaaggccttaatctaagaccagagaaattaggtgaacc 406  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  10760631 attgggaaccactagtctacgaagctctcttcgatcgcgacaacaccaccatcgtatttgtgaaaggccttaatctacgaccagagaaattaggtgaacc 10760730  T
Q  407 ctctagattccaatgtgtatatggttgggatttcacgaagcccaatttcttatttaaatctgatgttctatcagttgctcaagagattataagatgcaaa 506  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10760731 ctctagattccaatgtgtatatggttgggatttcacgaagccgaatttcttatttaaatctgatgttctatcagttgctcaagagataataagatgcaaa 10760830  T
Q  507 acacctatcagcattttaacacaagtccaatcccaaagtcaagcttatgttaaagtctctattcaagttgaaggcaagaaaatatttccctccatagcaa 606  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10760831 acacctatcagcatattaacacaagtccaatcccaaagccaagcttatgttaaagtctctattcaagttgaaggcaagaaaatatttccctccatagcaa 10760930  T
Q  607 ggcctgagcttatttcatcacagaaaccagcaaggcgaagaaaaccgcacgagttgtgcatttgcacgatgctcagaaaccaagcacggttcatcaaaga 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10760931 ggcctgagcttatttcatcacagaaaccagcaaggcgaagaaaaccgcacgagctgtgcatttgcacgatgctcagaaaccaagcacggttcatcaaaga 10761030  T
Q  707 atgggtcatgtaccacgcaaaaattggagttgaacgttggtttatttacgataataacagtgacgatgatatagaaaatgtgattgcattcttacaaact 806  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  10761031 atgggtcatgtaccatgcaaaaattggagttgaacgttggtttatttacgataataacagtgacgatgatatagaaaatgtgattggattcttacaaact 10761130  T
Q  807 gcgggttacaacgtcacatggcatctatgggcatgggtaaaaactcaagaggcagggtttgctcattgtgctctacgggcccaggcctcgtgcgagtggg 906  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  10761131 gcgggttacaacgtgacatggcatctatgggcatgggtaaaaactcaagaggcagggtttgctcattgtgctctacgggcccagtcctcgtgcgagtggg 10761230  T
Q  907 ttgggtttattgacgtggatgaattcttcaacgtaaagatacaaggaggcttgaaacatgttatttggcactat--caaggcgagagac-attatgtggc 1003  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||| |||||||| || |||||||    
T  10761231 ttgggtttattgacgtggatgagttcttcaacgtaaagatacaaggaggcttgaaacatgttatttggcactattcaaagtcgagagacaataatgtggc 10761330  T
Q  1004 tgaaata 1010  Q
    |||||||    
T  10761331 tgaaata 10761337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000004; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 738 - 791
Target Start/End: Original strand, 16164308 - 16164361
Alignment:
Q  738 gaacgttggtttatttacgataataacagtgacgatgatatagaaaatgtgatt 791  Q
    |||||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||    
T  16164308 gaacgttggtttatatatgataataatagtgatgatgatattgaaaaagtgatt 16164361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University