View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2784-Insertion-1 (Length: 887)

Name: NF2784-Insertion-1
Description: NF2784
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2784-Insertion-1
NF2784-Insertion-1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (6-887)||(46973943-46974826)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 832; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 832; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 887
Target Start/End: Complemental strand, 46974826 - 46973943
Alignment:
Q  6 caatgttctccaagactgcactctgcaaaatcatttaatacagtatttgtagtatactctaaatggtgatacactgtggagggagttataataaacaaaa 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46974826 caatgttctccaagactgcactctgcaaaatcatttaatacagtatttgcagtatactctaaatggtgatacactgtggagggagttataataaacaaaa 46974727  T
Q  106 tttaaaaccaaaacaaaaccttataaatccaattagctgagcccactgagcatcggcggtactccactgatccccctcaatggccaaaacaatatgaaat 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  46974726 tttaaaaccaaaacaaaaccttataaatccaattagctgagcccactgagcatcggcggtactccactgatccccctcgatggccaaaacaatatgaaat 46974627  T
Q  206 atggcatgtgagagcagcgtcaaagaggataatatgagaacagaccacgttatcaaagattgttgatgccaacgagatcctatttggaggagagaaaaaa 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46974626 atggcatgtgagagcagcgtcaaagaggataatatgagaacagaccatgttatcaaagattgttgatgccaacgagatcctatttggaggagagaaaaaa 46974527  T
Q  306 gtcatgaagaaaagataataattatatttacacctaaaatacaataatatcactaccaagtagtgagatgaaacaaacataatcataatctttgagcatg 405  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  46974526 gtcatgaagaaaagacaataattatatttacacctaaaatacaataatatcactaccaagtagtgagatgatacaaacataatcataatctttgagcatg 46974427  T
Q  406 tacgtataactaaattcctgataggacaccaaatctttaagttgtaaacaataggcagaaagctcaagtgtcgtacaacaaggatcagagccagcatctc 505  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46974426 tacgtataactaaattcctgataggacaccaaatctttaagttgtaaacaataggcagaaagctcgtgtgtcgtacaacaaggatcagagccagcatctc 46974327  T
Q  506 accttttctaggaacagtgtactgaatgaaaaggaatgctattaaatcaaccaaagacatcaaactccagttaagtatagatgctgcatgaaacagagaa 605  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46974326 accttttctaggaacagtgtactgaatgaaaaggaatgctattaaatcaaccaaagacatcaaactccagttaagtatagatgctgcatgaaacagagaa 46974227  T
Q  606 aaagtgtcgattgcaatttagagagtgaaagttgatgcaaaaatc-aaagtaaacaacgatggacaaccatacaaagagcttcatgtgaattcaagcaat 704  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46974226 aaagtgtcgattgcaatttagagagtgaaagttgatgcaaaaatcaaaagtaaacaactatggacaaccatacaaagagcttcatgtgaattcaagcaat 46974127  T
Q  705 cccactcaaacttaagatggaatcactagtctaaatcacacagttgtaagttgtaactataaacaagtgttgtggaagttcctaaatggcactgtcctat 804  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46974126 cccactcaaacttaagatggaatcactagtctaaatcacacagttgtaagttgtaactataaacaagtgttgtggaagttcctaaatggcactgtcctat 46974027  T
Q  805 tcaaccaatgttactgttttggtaaagtatcgtgtaatcatacttgaccacttttaat-aaacaccttgatatgagtttatgac 887  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  46974026 tcaaccaatgttactgttttggtaaagtatcgtgtaatcatacttgaccacttttaataaaacaccatgatatgagtttatgac 46973943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University