View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2784R-Insertion-1 (Length: 848)

Name: NF2784R-Insertion-1
Description: NF2784R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2784R-Insertion-1
NF2784R-Insertion-1
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (9-831)||(20842568-20843390)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 787; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 787; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 831
Target Start/End: Complemental strand, 20843390 - 20842568
Alignment:
Q  9 tcttctcctacttcttctttttcacacccccacaattcatcacacacacccaccctccaaacactacttccattcttcccttccctcttccaacccaaaa 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20843390 tcttctcctacttcttctttttcacacccccacaattcatcacacacccccaccctccaaacactacttccattcttcccttccctcttccaacccaaaa 20843291  T
Q  109 ctcaccaaccctttatggctaaatgtccataaacgaatcccaaacccataatcacaacaatgtcaaaacaaaaaccacactttttccctcaaaaaaccac 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20843290 ctcaccaaccctttatggctaaatgtccataaacgaatcccaaacccataatcacaacaatgtcaaaacaaaaaccacactttttccctcaaaaaaccac 20843191  T
Q  209 ccaattttgacccttcatctcaaagaaccacaaaacccaagctttcccacaaattcaaccacccttttgaccaaaacaatgacttcaacaaattccactt 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  20843190 ccaattttgacccttcatctcaaagaaccacaaaaccaaaactttcccacaaattcaaccacccttttgaccaaaacaatgacttcaacaaactccactt 20843091  T
Q  309 caacagaaccacttcctagttcagaagaacttgctgtcaaagctgttaacaaacgatacgagggtcttgtcactgttcgaaccaaagctgttaaaggtaa 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20843090 caacagaaccacttcctagttcagaagaacttgctgtcaaagctgttaacaaacgatacgagggtcttgtcactgttcgaaccaaagctgttaaaggtaa 20842991  T
Q  409 aggtgcatggtattggacacaccttgaacctattctggttcgaaatcctgatactggtcttgctaaatctgttaaactcaagtgttgtttgtgtgattct 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20842990 aggtgcatggtattggacacaccttgaacctattctggttcgaaatcctgatactggtcttgctaaatctgttaaactcaagtgttgtttgtgtgattct 20842891  T
Q  509 gttttttctgcttcaaacccttcaagaacagcttcagaacatctcaaacgtggaacatgttctaattttaacaattctggtttgttgttaaaatctgaac 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20842890 gttttttctgcttcaaacccttcaagaacagcttcagaacatctcaaacgtggaacatgctctaattttaacaattctggtttgttgttaaaatctgaac 20842791  T
Q  609 ccggttcagttccggtttctccggttcctatttcgtcggtctccggttcaaaccggaaaagagatcaaatgggagttgctgtttcagtttcaactttacc 708  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  20842790 ccggttcagttccggtttctccggttcctatttcgtcggtctccggttcgaaccggaaaagagatcaaatgggagttgctgtttcagtttcaacttcacc 20842691  T
Q  709 atcatcattaagttttcagaatcataacttggcattggttgaaattggctacaatcaggtgcatggtaatatggtgaaccatcagaatcagaaccagaat 808  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  20842690 atcatcattaagttttcagaatcataacttggcattggttgaaattggctacaatcaggtgcatggtaatatggtgaaccatcagaatcagaatcagaat 20842591  T
Q  809 caccagaatcagaatcagcatca 831  Q
    |||||||||||||||||| ||||    
T  20842590 caccagaatcagaatcagaatca 20842568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University