View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2786-Insertion-3 (Length: 672)

Name: NF2786-Insertion-3
Description: NF2786
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2786-Insertion-3
NF2786-Insertion-3
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (8-657)||(37678725-37679374)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 600; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 600; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 657
Target Start/End: Original strand, 37678725 - 37679374
Alignment:
Q  8 gattggtttggttcggaacttatcattttttgctcaattgctgatgcaggggaaaaagctagctgtttgctctgctgcaactaaaagttcagttattctt 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37678725 gattggtttggttcggaacttatcattttttgctcaattgctgatgcaggggaaaaagctagctgtttgctctgctgcaactaaaagttcagttattctt 37678824  T
Q  108 tgtcttgaaaaccttattggaattgtaagcatactctaatacttgttgtctctattgggagtaggagttttcttcatgaatttgcattcaagcatcttat 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37678825 tgtcttgaaaaccttattggaattgtaagcatactctaatacttgttgtctctattgggagtaggagttttcttcatgaatttgcattcaagcatcttat 37678924  T
Q  208 tttttctactgtaggagcgctttcaaagccttgattgctttcttgctggtgtatgcacatcactttaatatctagtattgttcctataacattgaaacat 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  37678925 tttttctactgtaggagcgctttcaaagccttgattgctttcttgctggtatatgcacatcactttaatatctagtattgttcgtataacattgaaacat 37679024  T
Q  308 atatgtttcctgatcatgagtttaggaccaagtttatccttatctatcaattttatttaaactttaaggtgatgatgtgaaggaaaagaagcccgacccg 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37679025 atatgtttcctgatcatgagtttaggaccatgtttaaccttatctatcaattttatttaaactttaaggtgatgatgtgaaggaaaagaagcccgacccg 37679124  T
Q  408 tcaatatatgtgactgcttcccaggttttaatatgacaataccatcaagaactttgaaaagtgaaattttgaggnnnnnnnnnngtgtgccaaattacaa 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||    
T  37679125 tcaatatatgtgactgcttcccaggttttaatatgacaataccatcaagaactttgaaaagtgaaattttgagggtttttttttgtgtgccaaattacaa 37679224  T
Q  508 gtataatttatatattgtgcattgcagaagttgggtgtatcagagaaaaattgcttggtggtagaggatagtgttattggtttacaggtaaatcttctca 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37679225 gtataatttatatattgtgcattgcagaagttgggtgtatcagagaaaaattgcttggtggtagaggatagtgttattggtttacaggtaaatcttctca 37679324  T
Q  608 tattatgaatgctctatatatgtgctcagttaatctccttatatgttgtg 657  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  37679325 tattatgaatgctctatatatgtgctcagttaatctccttgtatgttgtg 37679374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University