View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2788_low_1 (Length: 605)

Name: NF2788_low_1
Description: NF2788
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2788_low_1
NF2788_low_1
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (6-587)||(48593161-48593738)
chr1 (6-587)||(48597772-48598349)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (92-587)||(23230593-23231097)
chr4 (134-579)||(23222890-23223344)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 520; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 520; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 587
Target Start/End: Complemental strand, 48593738 - 48593161
Alignment:
Q  6 gagatgaagtaaagagaaataggagagcaagggcttaagattgtgaatagagaaagacataaacaacaattgcactacttaatttatcacaaattccctt 105  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||    
T  48593738 gagaagaagtaaagagaaatagaagagcaagggcttaagattgtgaatagagaaagacataaacaacaattgcactactt----tatcacaaattccctt 48593643  T
Q  106 ttattaaagttgaagaaatgtaagggggttcaatcttgcaactggaatacaaataagatcattggccctaggagcagtcaatccaggccgttcatccata 205  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48593642 ttactaaagttgaagaaatgtaagggggttcaatcttgcaactggaatacaaataagatcattggccctaggagcagtcaatccaggccgttcatccata 48593543  T
Q  206 tcaannnnnnngccttgatctaaaatcttacattccgaatcaagcatcttccactcaaagcattgtaccaaagcaccaattacagtgggtaattgacgta 305  Q
    ||||       |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48593542 tcaatttttttgccttgatctaagatcttacattccgaatcaagcatcttccactcaaagcattgtaccaaagcaccaattacagtgggtaattgacgta 48593443  T
Q  306 gggccaaaggcataccaggacaacctctccttccagaaccaaatggcaacaactcaaactggtgccctttcatgtcaatatctttgttttctaaaaacct 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48593442 gggccaaaggcataccaggacaacctctccttccagaaccaaatggcaacaactcaaactggtgccctttcatgtcaatatctttgttttctaaaaacct 48593343  T
Q  406 ttctggtctaaactctaatgggttttcccatatctttgggtcccttgccatagcccaaatgtttacacaaaccattgagcctttcggaatcatgttacca 505  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  48593342 ttctggcctaaactctaatgggttttcccatatctttgggtcccttgccatagcccaaatgtttacacaaaccattgagcctttcagaatcatgttacca 48593243  T
Q  506 tcaaccacacaatcttccattcccttcctcataatcatcggtatcgggggatgaagcctcattgtttcttttatgatagcat 587  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48593242 tcaaccacacaatcttccattcccttcctcataatcatcggtatcgggggatgaagcctcattgtttcttttatgatagcat 48593161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 520; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 587
Target Start/End: Complemental strand, 48598349 - 48597772
Alignment:
Q  6 gagatgaagtaaagagaaataggagagcaagggcttaagattgtgaatagagaaagacataaacaacaattgcactacttaatttatcacaaattccctt 105  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||    
T  48598349 gagaagaagtaaagagaaatagaagagcaagggcttaagattgtgaatagagaaagacataaacaacaattgcactactt----tatcacaaattccctt 48598254  T
Q  106 ttattaaagttgaagaaatgtaagggggttcaatcttgcaactggaatacaaataagatcattggccctaggagcagtcaatccaggccgttcatccata 205  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48598253 ttactaaagttgaagaaatgtaagggggttcaatcttgcaactggaatacaaataagatcattggccctaggagcagtcaatccaggccgttcatccata 48598154  T
Q  206 tcaannnnnnngccttgatctaaaatcttacattccgaatcaagcatcttccactcaaagcattgtaccaaagcaccaattacagtgggtaattgacgta 305  Q
    ||||       |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48598153 tcaatttttttgccttgatctaagatcttacattccgaatcaagcatcttccactcaaagcattgtaccaaagcaccaattacagtgggtaattgacgta 48598054  T
Q  306 gggccaaaggcataccaggacaacctctccttccagaaccaaatggcaacaactcaaactggtgccctttcatgtcaatatctttgttttctaaaaacct 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48598053 gggccaaaggcataccaggacaacctctccttccagaaccaaatggcaacaactcaaactggtgccctttcatgtcaatatctttgttttctaaaaacct 48597954  T
Q  406 ttctggtctaaactctaatgggttttcccatatctttgggtcccttgccatagcccaaatgtttacacaaaccattgagcctttcggaatcatgttacca 505  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  48597953 ttctggcctaaactctaatgggttttcccatatctttgggtcccttgccatagcccaaatgtttacacaaaccattgagcctttcagaatcatgttacca 48597854  T
Q  506 tcaaccacacaatcttccattcccttcctcataatcatcggtatcgggggatgaagcctcattgtttcttttatgatagcat 587  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48597853 tcaaccacacaatcttccattcccttcctcataatcatcggtatcgggggatgaagcctcattgtttcttttatgatagcat 48597772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 208; Significance: 1e-113; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 92 - 587
Target Start/End: Original strand, 23230593 - 23231097
Alignment:
Q  92 tcacaaattcccttttattaaagttgaagaaatgtaagggggttcaatcttgcaactggaatacaaataagatcattggccctaggagcagtcaatccag 191  Q
    |||||||||||||||||  |||| |||||||| |||   ||||||| ||||| ||  ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  23230593 tcacaaattcccttttacaaaagctgaagaaaagtatttgggttcattcttgaaatcggaatacaaataagatcattggctctaggagcggtcaatccag 23230692  T
Q  192 gccgttcatccatatcaannnnnnngccttgatctaaaatcttacattccgaatcaagcatcttccactcaaagcattgtaccaaagcaccaattacagt 291  Q
    | | |||||||||||| |       |||| ||||||| || |||| ||| || |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || | ||| ||    
T  23230693 gtctttcatccatatcgattgttttgcctcgatctaatattttaccttcggagtcaagcattttccactcaaagcattgcaccaaagccccgactacggt 23230792  T
Q  292 gggtaattgacgtagggccaaaggcataccaggacaacctctccttccagaaccaaatggcaacaactcaaactggtgccctttcatgtcaatat----- 386  Q
    ||| ||||| || | |||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| | ||||||| | || ||||||||||| || ||||         
T  23230793 gggcaattggcgcatggccaacggcataccagggcagcctctccttccagaaccaaatggtagcaactcatagtgatgccctttcatatctatattgttt 23230892  T
Q  387 ----ctttgttttctaaaaacctttctggtctaaactctaatgggttttcccatatctttgggtcccttgccatagcccaaatgtttacacaaaccattg 482  Q
        |||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||  ||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  23230893 ccttctttgttttctaaaaacctttctggcttaaaatctaatgcattttcccatatcttttggtctcttcccatagcccaaatgttcacacaaaccattg 23230992  T
Q  483 agcctttcggaatcatgttaccatcaaccacacaatcttccattcccttcctcataatcatcggtatcgggggatgaagcctcattgtttcttttatgat 582  Q
    | ||||| |||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||    
T  23230993 atccttttggaaccattttaccatcaacaacacaatcttccattcctttcctcataatcatcggtatcggagggtgaagcctcatggtttcttttatgat 23231092  T
Q  583 agcat 587  Q
     ||||    
T  23231093 ggcat 23231097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 153; E-Value: 9e-81
Query Start/End: Original strand, 134 - 579
Target Start/End: Original strand, 23222890 - 23223344
Alignment:
Q  134 ttcaatcttgcaactggaatacaaataagatcattggccctaggagcagtcaatccaggccgttcatccatatcaannnnnnngccttgatctaaaatct 233  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |       |||||||||||| |  |    
T  23222890 ttcaatcttgcaactggaatgcaaaaaagatcattggctctaggagcagtcaatccaggccgttcatccatatcgattgttttgccttgatctaataatt 23222989  T
Q  234 tacattccgaatcaagcatcttccactcaaagcattgtaccaaagcaccaattacagtgggtaattgacgtagggccaaaggcataccaggacaacctct 333  Q
    ||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| || ||||  || | |||||||||||| || || ||||||||    
T  23222990 taccttcagagtcaagcatcttccactcaaagcattgtactaaagctccaatcacagtcggcaattcgcgcatggccaaaggcatccccgggcaacctct 23223089  T
Q  334 ccttccagaaccaaatggcaacaactcaaactggtgccctttcatgtcaatat--ctttgtt-------ttctaaaaacctttctggtctaaactctaat 424  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||| || || || |  || | ||       ||||||||||||||| || |||||||||| |    
T  23223090 ccttccagaaccaaatggcaacaactcaaagtcatgccctttgatatctatctcactctcttttccagattctaaaaacctttcaggcctaaactctagt 23223189  T
Q  425 gggttttcccatatctttgggtcccttgccatagcccaaatgtttacacaaaccattgagcctttcggaatcatgttaccatcaaccacacaatcttcca 524  Q
    ||||||| |||  |||||| ||||||| | |||||||||||||| |||||||| |||||||||||    ||||| || ||||| |||||||||||||       
T  23223190 gggtttttccaagtctttgagtcccttccaatagcccaaatgttcacacaaactattgagccttttttgatcattttcccatcgaccacacaatcttttg 23223289  T
Q  525 ttcccttcctcataatcatcggtatcgggggatgaagcctcattgtttcttttat 579  Q
    |||| |||||   |||||||||||  || || |||||||||| ||||||||||||    
T  23223290 ttcctttcctagcaatcatcggtagtggtgggtgaagcctcaatgtttcttttat 23223344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University