View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2792-Insertion-1 (Length: 983)

Name: NF2792-Insertion-1
Description: NF2792
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2792-Insertion-1
NF2792-Insertion-1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (58-983)||(43013049-43013981)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 677; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 677; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 58 - 983
Target Start/End: Original strand, 43013049 - 43013981
Alignment:
Q  58 aaaagtgatttagaatggacaaaaaagtgatttagatacttcgtattcctacctaatttccactttgctcatcaccaacgacattctgtacacccaagtt 157  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43013049 aaaagtgatttagaatggaccaaaaagtgatttagatacttcgtgttcctacctaatttccactttgctcatcaccaacgacattctgtacacccaagtt 43013148  T
Q  158 catttccactcatcactcaaatcaaatgttgtcgttttcattgttcaggtttcattattcttctttgaatcctacttttccgatatagagaatttcaaac 257  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  43013149 catttccacccatcactcaaatcaaatgttgtcgttttcattgtccaggtttcattattcttctttgaatcccacttttccgatatagagaatttcaaac 43013248  T
Q  258 aacaccttagagctagaaaatatcaaattccttccatctt-aaaatttgttcaaattttgaaagttggttcttatatttttcaaattttaaaatcatgat 356  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43013249 aacaccttagagctagaaaatatcaaattccatccatcttaaaaatttgttcaaattttgaaagttggttcttatatttttcaaattttaaaatcatgat 43013348  T
Q  357 ttttctatatattctagttctttgactctaagttcttacacaacataatcaaaagtaaattataaagtataaaggttttgggaaagtaaacnnnnnnnng 456  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||        |    
T  43013349 ttttctatatattctagttttttgactctaagttcttacacaacataatcaaaagtaaattaaaaagtataaaggttttgggaaagtaaacttttttttg 43013448  T
Q  457 ttgttgtttaaggaattgggaaagtaacctagattctttaatggtaaagtatcgtcaatcaaaactacaaaaattatcaaataatctttataaaacatat 556  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  43013449 ttgttgtttaaggaattgggaaagtaacctagattctttaatggtaaagtatcgtcaatcaaaactacaaaaattatcaaataatctttataaaacataa 43013548  T
Q  557 tccctcgtt-----------ataacatagttggatattttgttgaagaaataaaagatagaatcgttataaagttataaacaacaaaaaatattggtatg 645  Q
    |||||||||           | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43013549 tccctcgttcaaaaaaaaaaaaaacatagttggatattttgttgaagaaataaaagatagaatcgttataaagttataaacaacaaaaaatattggtatg 43013648  T
Q  646 aaaatagcacaactctaaaaatatagaatagagaacaagtaacttatc--tattttgattgataaatacttaaaccaaaaagttgtgacctggtagtaga 743  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||    
T  43013649 aaaatagcacaactctaaaaatatagaatagaaaacaagtaacttatctatattttgattgataaatacttaaaccaaaaagttgtgacctg---gtaga 43013745  T
Q  744 actataattagatctacccaataaatagcaacgctaaattgaccaggcaactatgtcactaaagaaacgtgttaactgttaaactgaagtataggaagta 843  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  43013746 actataattagatgtacccaataaatagcaacgctaaattgaccaggcaactaagtcactaaagaaacgtgttaactgttaaactaaagtataggaagta 43013845  T
Q  844 annnnnnnnnnnnnnnnnngagtgaggttccattttgctccctcgcaatctttagaaaaacactttcttaggtttagtttaattaaatacttct-ctct- 941  Q
    |                  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||     
T  43013846 a-------tttttttttttgagtgaggttccattttgctccctcacaatctttagaaaaacac-ttcctaggtttagtttaattaaatacttctcctctc 43013937  T
Q  942 tcttttagaga---ggtggtttatggtaggatttggtgatgatga 983  Q
    |||||||||||   ||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  43013938 tcttttagagaggtggtggtttacggta-gatttggtgatgatga 43013981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University