View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2792-Insertion-3 (Length: 973)

Name: NF2792-Insertion-3
Description: NF2792
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2792-Insertion-3
NF2792-Insertion-3
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (247-973)||(8884799-8885526)
chr4 (8-170)||(8885603-8885765)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 508; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 508; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 247 - 973
Target Start/End: Complemental strand, 8885526 - 8884799
Alignment:
Q  247 gggattgactgatcagtgaagtttcttgggtgtgtgatatgatagatagatagatataaacttcctatggatctgatcctcttgattgttaagttactgt 346  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8885526 gggattgactgatcagtgaagtttcttgggtgtgtgatatgatagatagatagatataaacttcctatggatctgatcctcttgattgttaagttactgt 8885427  T
Q  347 ataggaaggggagataaatatgaaagaaagggaaatgagagacagatcgatgctacttaagtattaaaggattgaattgacttagaaagtcttttccttc 446  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||    
T  8885426 ataggaagaggagataaatatgaaagaaagggaaatgagagacagatcgatgctacttaagtattaaaggattgaattgacctagaaagtcttttctctc 8885327  T
Q  447 tatctccctttgttgatattttatttattattttgatagacaagaattattattaagagtgttatgaacattctctttcttacgttgtttctaacgtgta 546  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8885326 tatctccctttgttgatattttatttattattttgatagacaagaattattattaagattgttatgaacattctctttcttacgttgtttctaacgtgta 8885227  T
Q  547 t-ttttatagagcgaagtttatgtagattatatacttttaaaatggtggtgaaacacacataattatcgctcaataaa----------ctagagaaaatg 635  Q
    | ||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||          ||||| ||||||    
T  8885226 ttttttatagagcaaagcttatgtcgattatatacttttaaaatggtggtgaaacacacatgattatcgcttaataaaatgatgaatgctagaaaaaatg 8885127  T
Q  636 ttcaaccttacggagctttcaaacatcctaaaggatatgaacacgtgtcaaaataatgatggtccaaatttataccttctctacttaaaaaccaacccta 735  Q
    ||           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  8885126 tt-----------agctttcaaacatcctaaaggatatgaacacgtgtcaaaataatgatggtccaaatttataccttctctacttataaatcaacccta 8885038  T
Q  736 agagagcgtcctaatttgtgctaaaattaaggatttgaacacctatcagaataatgatagtttaaatttctacaata-nnnnnnnnnnnacgagcnnnnn 834  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||            ||| ||         
T  8885037 agaaagcgtcctaatttgtgctaaaattaaggatttgaacacctatcagaataatgatagttcaaatttctacaatatattttttttttacgggcaaaaa 8884938  T
Q  835 nngagagaacactagagatcgcgcaagccgggaatagacacaatacaatacacaaaactccccgaaaccagagagatgccaccacaaacaaagaaacaaa 934  Q
      |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8884937 aagagagaacactagagatctcacaagccgggaatagacacaatacaatacgcaaaactccccaaaaccagagagatgccaccacaaacaaagaaacaaa 8884838  T
Q  935 atctacacaaagaatggaggaagcagcaaaattaacaac 973  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  8884837 atctacacaaagaatggaggaagcaacaaaatcaacaac 8884799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 159; E-Value: 4e-84
Query Start/End: Original strand, 8 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 8885765 - 8885603
Alignment:
Q  8 aaaaagacatgttttataaagagaaagtgtgatgagataagataataccgcgagaacagtgtcacagaaattgcaatggacataacaaagctggtccgaa 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8885765 aaaaagacatgttttataaagagaaagtgtgatgagataagataataccgcgagaacagtgtcgcagaaattgcaatggacataacaaagctggtccgaa 8885666  T
Q  108 ggagagagttgttgctgttgttgctggtccggtgaaaaggaagtggatgatgaagaggacatg 170  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8885665 ggagagagttgttgctgttgttgctggtccggtgaaaaggaagtggatgatgaagaggacatg 8885603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University