View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2797_low_3 (Length: 720)

Name: NF2797_low_3
Description: NF2797
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2797_low_3
NF2797_low_3
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (19-713)||(44041203-44041889)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 626; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 626; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 713
Target Start/End: Original strand, 44041203 - 44041889
Alignment:
Q  19 actggaactaaaagagtttataattgcagccacaactgtggtggctgattgtttttaaaatcttgattgtgtctattttctatccctttatgagataatt 118  Q
    ||||||||||||||| ||   |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44041203 actggaactaaaagattt---aattgcggccacaactgtggtggctgattgtttttaaaatcttgattgtgtctattttctatccctttatgagataatt 44041299  T
Q  119 actaaatagaaatgaggaatcatgattcatgatcattggaaatttgcagcataactatcatgcagaattgtgtattcactggcataagctacagctctcc 218  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44041300 actaaatagaaatgaagaatcatgat-------cattggaaatttgcagcataactatcatgcagaattgtgtattcactggcataagctacagctctcc 44041392  T
Q  219 cacccttggatctgctatgagcaacttgactccggcgatcacttttgttctagcagtcatcttcaggtaaataggtgtgttggaaaat--gtgttagata 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  44041393 cacccttggatctgctatgagcaacttgactccggcgatcacttttgttctagcagtcatcttcaggtaaataggtgtgttggaaaatatgtgttagata 44041492  T
Q  317 atgtgttgatagtactaaaatataaataaacaaccatgtttagaggttcttatgcaaacttataattatgcataacagttggattattttactatttcaa 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44041493 atgtgttgatagtactaaaatataaataaacaaccatgtttagaggttcttatgcaaacttataattatgcataacagttggattattttactatttcaa 44041592  T
Q  417 aaaccattgtaggatggagaagttggatgctggaagctcaataagccagatcaaaattgtggggactgtggtgtctatctcaggagctttaatagtgacc 516  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44041593 aaaccgttgtaggatggagaagttggatgctggaagctcaataagccagatcaaaattgtggggactgtggtgtctatctcaggagctttaatagtgacc 44041692  T
Q  517 ttttacaagggtgctcccattagtagcattcaaactcaaccctctacatcgcaaccattctggtctctattagcagaaaccagtaactgggtcattgggg 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44041693 ttttacaagggtgctcccattagtagcattcaaactcaaccctctacatcgcaaccattctggtctctattagcagaaaccagtaactgggtcattgggg 44041792  T
Q  617 gtctcttcctagccactgcctctttatctcttgcaatatggaatattgctcaggtcagatatctgatttgggcttagattctagtgatgatgatgtc 713  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44041793 gtctcttcctagccactgcctctttatctcttgcaatatggaatattgctcaggtgagatatctgatttgggcttagattctagtgatgatgatgtc 44041889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University