View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2797_low_35 (Length: 255)

Name: NF2797_low_35
Description: NF2797
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2797_low_35
NF2797_low_35
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (11-239)||(34233010-34233238)
chr5 (36-239)||(34240808-34241011)
chr5 (12-238)||(42117378-42117604)
chr5 (36-233)||(41713800-41713997)
chr5 (114-233)||(41572339-41572458)
chr5 (114-233)||(41617978-41618097)
chr5 (36-231)||(42123133-42123328)
chr5 (12-231)||(42128527-42128746)
chr5 (50-239)||(41443990-41444179)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (24-211)||(25523264-25523451)
chr6 (12-223)||(24140491-24140702)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (12-223)||(11117804-11118015)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (12-231)||(11994618-11994837)
chr2 (12-231)||(12248092-12248311)
chr2 (12-178)||(32682134-32682306)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (36-223)||(8522764-8522951)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 209; Significance: 1e-114; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 11 - 239
Target Start/End: Original strand, 34233010 - 34233238
Alignment:
Q  11 caaagggatcaatatgacattggtaaaaattccaataaactttgtaactattgatttctcaagaaacaagtttaatggaggaattccaaatgatatagga 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34233010 caaagggatcaatatgacattggtaaaaattccaataaactttgtaagtattgatttctcaagaaacaagtttaatggaggaattccaaatgatatagga 34233109  T
Q  111 gaacttcacgcactcaaagggcttaacctttcacataacagactaactggtcctattcctcaatccatactaaacttgacaaacttggaatcattggatc 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  34233110 gaacttcacgcactcaaagggcttaacctttcacataacagactcactggtcctattcctcaatccatacaaaacttgacaaacttggaatcgttggatc 34233209  T
Q  211 tctcgtcaaatattctcactggtatgatt 239  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  34233210 tctcgtcaaatatgctcactggtatgatt 34233238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 36 - 239
Target Start/End: Original strand, 34240808 - 34241011
Alignment:
Q  36 aaaattccaataaactttgtaactattgatttctcaagaaacaagtttaatggaggaattccaaatgatataggagaacttcacgcactcaaagggctta 135  Q
    |||||||||| ||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34240808 aaaattccaacaatgtttgtaagtattgatttctcaagaaacaagtttaatggaggaattccaaatgatataggagaacttcacgcactcaaagggctta 34240907  T
Q  136 acctttcacataacagactaactggtcctattcctcaatccatactaaacttgacaaacttggaatcattggatctctcgtcaaatattctcactggtat 235  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  34240908 acctttcacataacagactcactggtcctattcctcaatccatacaaaacttgacaaacttggaatcgttggatctctcgtcaaatatgctcactggtat 34241007  T
Q  236 gatt 239  Q
    ||||    
T  34241008 gatt 34241011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 12 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 42117604 - 42117378
Alignment:
Q  12 aaagggatcaatatgacattggtaaaaattccaataaactttgtaactattgatttctcaagaaacaagtttaatggaggaattccaaatgatataggag 111  Q
    ||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||  |  ||||||| ||||||||| |||| |||||| ||| | ||||  |||||||||| ||| ||||    
T  42117604 aaagggagcaaaatgacattggtgaaaattccaaacatttttgtaattattgatttgtcaaaaaacaaatttgagggagagattccaaatgctattggag 42117505  T
Q  112 aacttcacgcactcaaagggcttaacctttcacataacagactaactggtcctattcctcaatccatactaaacttgacaaacttggaatcattggatct 211  Q
    | || || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||| ||||||  |||||||   ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  42117504 acctccatgcactcaaagggcttaacctttcccataacagactcaccggtcatattcccaaatccatgggaaacttgtcaaacttggaatcattggatct 42117405  T
Q  212 ctcgtcaaatattctcactggtatgat 238  Q
    |||||||||||| || || ||||||||    
T  42117404 ctcgtcaaatatgcttaccggtatgat 42117378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 36 - 233
Target Start/End: Original strand, 41713800 - 41713997
Alignment:
Q  36 aaaattccaataaactttgtaactattgatttctcaagaaacaagtttaatggaggaattccaaatgatataggagaacttcacgcactcaaagggctta 135  Q
    |||||||||| || ||||| || ||||||||| |||||||| || ||| |||| |  |||||| ||| ||| ||||| ||||| |  |||||||||||||    
T  41713800 aaaattccaaaaatctttgcaagtattgatttttcaagaaataaatttgatggggagattccagatgttattggagagcttcatgatctcaaagggctta 41713899  T
Q  136 acctttcacataacagactaactggtcctattcctcaatccatactaaacttgacaaacttggaatcattggatctctcgtcaaatattctcactggt 233  Q
    |||||||| |||||| ||| |||||||  ||||| ||||||||   |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  41713900 acctttcatataacaaactcactggtcacattccccaatccatgggaaacttgataaacttggaatcattggatctctcgtcaaatatgctcactggt 41713997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 114 - 233
Target Start/End: Original strand, 41572339 - 41572458
Alignment:
Q  114 cttcacgcactcaaagggcttaacctttcacataacagactaactggtcctattcctcaatccatactaaacttgacaaacttggaatcattggatctct 213  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||| |||||||||||||||| |    
T  41572339 cttcactcactcaaagggcttaacctttcccataacagactcaccggtcctattcctcaatccgtaggaaacttgtcaaacatggaatcattggatcttt 41572438  T
Q  214 cgtcaaatattctcactggt 233  Q
    |||||||||| |||||||||    
T  41572439 cgtcaaatatactcactggt 41572458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 114 - 233
Target Start/End: Original strand, 41617978 - 41618097
Alignment:
Q  114 cttcacgcactcaaagggcttaacctttcacataacagactaactggtcctattcctcaatccatactaaacttgacaaacttggaatcattggatctct 213  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||| |||||||||||||||| |    
T  41617978 cttcactcactcaaagggcttaacctttcccataacagactcaccggtcctattcctcaatccgtaggaaacttgtcaaacatggaatcattggatcttt 41618077  T
Q  214 cgtcaaatattctcactggt 233  Q
    |||||||||| |||||||||    
T  41618078 cgtcaaatatactcactggt 41618097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 36 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 42123328 - 42123133
Alignment:
Q  36 aaaattccaataaactttgtaactattgatttctcaagaaacaagtttaatggaggaattccaaatgatataggagaacttcacgcactcaaagggctta 135  Q
    |||||||||| ||| ||||||| ||||||| | ||||||||||| ||| | ||||  |||||||||| ||| ||| | || || ||||||| ||||||||    
T  42123328 aaaattccaaaaaagtttgtaagtattgatatgtcaagaaacaaatttgaaggagagattccaaatgctattggaaagctacatgcactcatagggctta 42123229  T
Q  136 acctttcacataacagactaactggtcctattcctcaatccatactaaacttgacaaacttggaatcattggatctctcgtcaaatattctcactg 231  Q
    ||||||| ||||||||||| | |||||||||||| ||||| ||   | ||||| ||||||||||||  ||||||||||| |||||||| |||||||    
T  42123228 acctttcccataacagactcaatggtcctattccccaatcaattggatacttgtcaaacttggaatggttggatctctcatcaaatatgctcactg 42123133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 12 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 42128746 - 42128527
Alignment:
Q  12 aaagggatcaatatgacattggtaaaaattccaataaactttgtaactattgatttctcaagaaacaagtttaatggaggaattccaaatgatataggag 111  Q
    ||||||| ||| | ||||||||| ||||||||||  | |||||||| ||||||||| ||||||||||| ||| | ||||  |||||||||||| | || |    
T  42128746 aaagggaacaaaaggacattggtgaaaattccaaatatctttgtaattattgatttgtcaagaaacaaatttgaaggagatattccaaatgattttggtg 42128647  T
Q  112 aacttcacgcactcaaagggcttaacctttcacataacagactaactggtcctattcctcaatccatactaaacttgacaaacttggaatcattggatct 211  Q
    | ||||| ||||| | ||| || |||||||| ||||||| ||| | ||| ||||||||  |||||||   ||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  42128646 agcttcatgcactaataggactcaacctttcccataacaaactcattggccctattccaaaatccatgggaaacttgacaaacttggaatggttggatct 42128547  T
Q  212 ctcgtcaaatattctcactg 231  Q
    ||| |||||| | |||||||    
T  42128546 ctcatcaaatgtgctcactg 42128527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 50 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 41444179 - 41443990
Alignment:
Q  50 ctttgtaactattgatttctcaagaaacaagtttaatggaggaattccaaatgatataggagaacttcacgcactcaaagggcttaacctttcacataac 149  Q
    |||||||| ||||||||| ||| ||||||| ||| | ||||  |||||||||| ||| || || ||||| ||| ||| ||| || |||||||| || ||     
T  41444179 ctttgtaagtattgatttttcaggaaacaaatttgaaggagacattccaaatgttattggtgagcttcatgcaatcataggactcaacctttcccacaat 41444080  T
Q  150 agactaactggtcctattcctcaatccatactaaacttgacaaacttggaatcattggatctctcgtcaaatattctcactggtatgatt 239  Q
    | ||| |||||| | |||||||||||| |   ||| |||| |||| | |||||| |||||||||| |||||||| |||||||||| ||||    
T  41444079 aaacttactggtgcgattcctcaatcctttggaaatttgataaacatcgaatcaatggatctctcctcaaatatgctcactggtaggatt 41443990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 84; Significance: 5e-40; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 24 - 211
Target Start/End: Original strand, 25523264 - 25523451
Alignment:
Q  24 atgacattggtaaaaattccaataaactttgtaactattgatttctcaagaaacaagtttaatggaggaattccaaatgatataggagaacttcacgcac 123  Q
    |||| |||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||| ||| | ||||  |||||||||| ||| ||||| ||||| ||||    
T  25523264 atgaaattggtgaaaattccaataaagtttgtatctattgatttttcaagaaacaaatttgaaggagagattccaaatgctattggagagcttcatgcac 25523363  T
Q  124 tcaaagggcttaacctttcacataacagactaactggtcctattcctcaatccatactaaacttgacaaacttggaatcattggatct 211  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||| || |||| ||||||  ||||||||  |||||||||| ||||||||||  |||||||    
T  25523364 tcaaagggcttaacctttcccacaacagacttaccggtcatattcccaaatccataggaaacttgacatacttggaatctctggatct 25523451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 12 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 24140702 - 24140491
Alignment:
Q  12 aaagggatcaatatgacattggtaaaaattccaataaactttgtaactattgatttctcaagaaacaagtttaatggaggaattccaaatgatataggag 111  Q
    ||||||| ||| |||||| |||| |||||||||| ||| ||||||| ||| ||| | ||||||||||| ||| | ||||  |||||||||| ||| ||||    
T  24140702 aaagggaccaaaatgacactggtgaaaattccaaaaaagtttgtaagtatcgatatgtcaagaaacaaatttgaaggagagattccaaatgctatcggag 24140603  T
Q  112 aacttcacgcactcaaagggcttaacctttcacataacagactaactggtcctattcctcaatccatactaaacttgacaaacttggaatcattggatct 211  Q
    | ||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||   ||| |||||| |||||||||| ||| ||||    
T  24140602 agcttcatgcactcaaagggattaacctttcccataacagacttactggtcatattccccaatccatcggaaagttgacatacttggaatctttgaatct 24140503  T
Q  212 ctcgtcaaatat 223  Q
     || ||||||||    
T  24140502 ttcatcaaatat 24140491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 80; Significance: 1e-37; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 12 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 11118015 - 11117804
Alignment:
Q  12 aaagggatcaatatgacattggtaaaaattccaataaactttgtaactattgatttctcaagaaacaagtttaatggaggaattccaaatgatataggag 111  Q
    ||||||| ||| |||||| |||| |||||||||||||| || |||| ||||||||| ||||||||||| ||| | ||||  ||| |||||| ||| ||||    
T  11118015 aaagggaacaaaatgacactggtgaaaattccaataaagttagtaagtattgatttgtcaagaaacaaatttgaaggagagattacaaatgctattggag 11117916  T
Q  112 aacttcacgcactcaaagggcttaacctttcacataacagactaactggtcctattcctcaatccatactaaacttgacaaacttggaatcattggatct 211  Q
    | ||||| ||||||||||||||||| ||||| | ||||||||| ||||||| ||||||  | ||||||  ||||||| || |||||||||| ||||||||    
T  11117915 agcttcatgcactcaaagggcttaatctttcccgtaacagacttactggtcatattcccaactccataggaaacttggcatacttggaatctttggatct 11117816  T
Q  212 ctcgtcaaatat 223  Q
     || ||||||||    
T  11117815 ttcatcaaatat 11117804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 76; Significance: 3e-35; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 12 - 231
Target Start/End: Original strand, 11994618 - 11994837
Alignment:
Q  12 aaagggatcaatatgacattggtaaaaattccaataaactttgtaactattgatttctcaagaaacaagtttaatggaggaattccaaatgatataggag 111  Q
    ||||||| ||| ||||||| ||| ||||||||||  | ||| |||| ||||||||| ||||||||||| ||| | ||||  |||||||||| ||| |  |    
T  11994618 aaagggaacaaaatgacatgggttaaaattccaaacatcttagtaattattgatttgtcaagaaacaaatttgaaggagagattccaaatgttattgatg 11994717  T
Q  112 aacttcacgcactcaaagggcttaacctttcacataacagactaactggtcctattcctcaatccatactaaacttgacaaacttggaatcattggatct 211  Q
    | ||||| ||||| | ||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||  |||||||   ||||||||||||||||||||   |||||||    
T  11994718 agcttcaagcacttatagggcttaacctttcccataacagactcattggtcctattcccaaatccatgggaaacttgacaaacttggaatggctggatct 11994817  T
Q  212 ctcgtcaaatattctcactg 231  Q
    ||| |||||||| |||||||    
T  11994818 ctcatcaaatatgctcactg 11994837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 12 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 12248311 - 12248092
Alignment:
Q  12 aaagggatcaatatgacattggtaaaaattccaataaactttgtaactattgatttctcaagaaacaagtttaatggaggaattccaaatgatataggag 111  Q
    ||||||| ||| ||||||| ||| ||||||||||  | ||| |||| ||||||||| ||||||||||| ||| | ||||  |||||||||| ||| |  |    
T  12248311 aaagggaacaaaatgacatgggttaaaattccaaacatcttagtaattattgatttgtcaagaaacaaatttgaaggagagattccaaatgttattgatg 12248212  T
Q  112 aacttcacgcactcaaagggcttaacctttcacataacagactaactggtcctattcctcaatccatactaaacttgacaaacttggaatcattggatct 211  Q
    | ||||| ||||| | ||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||  |||||||   ||||||||||||||||||||   |||||||    
T  12248211 agcttcaagcacttatagggcttaacctttcccataacagactcattggtcctattcccaaatccatgggaaacttgacaaacttggaatggctggatct 12248112  T
Q  212 ctcgtcaaatattctcactg 231  Q
    ||| |||||||| |||||||    
T  12248111 ctcatcaaatatgctcactg 12248092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 12 - 178
Target Start/End: Original strand, 32682134 - 32682306
Alignment:
Q  12 aaagggatcaatatgacattggtaaaaattccaataaactttgtaactattgatttctcaagaaacaagtttaatggaggaattccaaatgatataggag 111  Q
    ||||||| ||| |||||| | || |||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||  ||| | ||||  |||||||||| ||| || |    
T  32682134 aaagggagcaaaatgacactagtgaaaattccaagaaactttgtaagtattgatttgtcaagaaacagatttgaaggagagattccaaatgctattgggg 32682233  T
Q  112 aacttcacgcac------tcaaagggcttaacctttcacataacagactaactggtcctattcctcaatccat 178  Q
    | ||||| ||||      ||| ||||||||||||||| ||||||||||| || | || |||||| ||||||||    
T  32682234 agcttcatgcactcagaatcagagggcttaacctttcccataacagactcaccgatcatattccccaatccat 32682306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 64; Significance: 4e-28; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 36 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 8522951 - 8522764
Alignment:
Q  36 aaaattccaataaactttgtaactattgatttctcaagaaacaagtttaatggaggaattccaaatgatataggagaacttcacgcactcaaagggctta 135  Q
    ||||||||||  |||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||| | || |  ||||||||   ||| || || ||||| ||| ||| ||||||||    
T  8522951 aaaattccaaacaactttgtaattattgatttgtcaagaaacaaatttgaaggcgagattccaaagattattggtgagcttcatgcaatcatagggctta 8522852  T
Q  136 acctttcacataacagactaactggtcctattcctcaatccatactaaacttgacaaacttggaatcattggatctctcgtcaaatat 223  Q
    ||||||| ||||||||||| || |||| ||||||  ||||||||  |||||||||| |||||||||| |||||||| || ||||||||    
T  8522851 acctttcccataacagacttacaggtcatattcccaaatccataggaaacttgacatacttggaatctttggatctttcctcaaatat 8522764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University