View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2798_low_1 (Length: 904)

Name: NF2798_low_1
Description: NF2798
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2798_low_1
NF2798_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (10-867)||(30715281-30716138)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 806; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 806; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 867
Target Start/End: Original strand, 30715281 - 30716138
Alignment:
Q  10 acatcatcatagaattccaaaacaaaagttatcagaagaatacaaagacgaggacaacgataataatagtactgatgcaaacgatgtggattctaaatct 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  30715281 acatcataatagaattccaaaacaaaagttatcagaagaatacaaagacgaggacaacgataataatagtactgatgcagacgatgtggattctgaatct 30715380  T
Q  110 caagaggatcaacaccgacaatttgaagatgaaaccgaaaaagaggaagaagacaatgatgacgatgacgatgatgtttctgaatccttgtccaatgcac 209  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30715381 caagaggatcaacaccgacagtttgaagatgaaaccgaagaagaggaagaagacaatgatgacgatgacgatgatgtttctgaatccttgtccaatgcac 30715480  T
Q  210 cacatggtaaaccatctttctcacaagaagcacacattggcaatgttccagaaagcccttcagtttcttcttataatgtcccaaatcccacacaacccat 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  30715481 cacatggtaaaccatctttctcacaagaagcacacattggcaatgttccagaaagcccttcagtttcttcttataatgtccgaaatcccacacaacccat 30715580  T
Q  310 gaatgcatcttcatacataccaatcgctcctttaccaatttttcatggcactccaaacgaatccccaataacccatttgagtcgtttcaacaaagtatgt 409  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30715581 gaatgcatcttcatacatacaaatcgctcctttaccaatttttcgtggcactccaaacgaatccccaataacccatttgagtcgtttcaacaaagtatgt 30715680  T
Q  410 agagcaaacaatgcatcctccgttgaaatgcaaaagaagatcttccctgtcacacttgaagaagaatctgcactatggtacgacctcaacatcgagcctt 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30715681 agagcaaacaatgcatcctccgttgaaatgcaaaagaagatcttccctgtcacacttgaagaagaatctgcactatggtacgacctcaacatcgagcctt 30715780  T
Q  510 attacatttctctttcatgggatgaaatcaagttgtcgtttttacaagcctattacgaaattgaacccgttgaggagttaaggtcagaacttatggggat 609  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30715781 attacatttctctttcatgggatgaaatcaagttgtcgtttttacaagcctattacgaaattgaacccgttgaggagttaaggtcagaacttatggggat 30715880  T
Q  610 tcatcaaggtgagaaggaacgtgtaagatcctactttctgaggctgcaatggattttgaagcggtggccagaatatgggttggaagacgatgttatcaaa 709  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  30715881 tcatcaaggtgagaaggaacgtgtaagatcctactttctgaggctgcaatggattttgaagcggtggccggaacatgggttggaagacgatgttatcaaa 30715980  T
Q  710 ggggtatttgtgaatggattgagggaagagtttcatgattgggttctcatgcagaaacccacatctttgaacgatgcattgagattggcatttgattttg 809  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  30715981 ggggtatttgtgaatggattgagggaagagtttcatgattgggttctcatgcagaaacccacatctttgaacgatgcattgagattgacatttgattttg 30716080  T
Q  810 agcatgtgagaaggattagttgaaagaaggaaattgtttctacttgtgggttttgtga 867  Q
    || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30716081 agtatgtgagaaggattagtggaaagaaggaaattgtttctacttgtgggttttgtga 30716138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University