View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2799_low_2 (Length: 567)

Name: NF2799_low_2
Description: NF2799
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2799_low_2
NF2799_low_2
[»] chr1 (15 HSPs)
chr1 (14-567)||(13094921-13095474)
chr1 (14-567)||(13162043-13162596)
chr1 (14-567)||(13130350-13130903)
chr1 (57-561)||(30367268-30367769)
chr1 (24-533)||(13069318-13069824)
chr1 (134-511)||(14708007-14708384)
chr1 (24-533)||(13205015-13205521)
chr1 (132-533)||(13007744-13008145)
chr1 (229-533)||(13067510-13067812)
chr1 (217-533)||(13101544-13101860)
chr1 (237-400)||(13010922-13011085)
chr1 (496-533)||(13010797-13010834)
chr1 (245-347)||(13005670-13005772)
chr1 (248-343)||(13064564-13064659)
chr1 (435-513)||(13086701-13086779)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (57-411)||(31376179-31376527)
chr6 (386-531)||(31396165-31396310)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 482; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 482; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 567
Target Start/End: Complemental strand, 13095474 - 13094921
Alignment:
Q  14 catcacaaagaagaatgttggcaactacgcgaaagggtcaaaattccatgatatttttgaagttcttggaggtagtattttcaattctgattccgacgat 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13095474 catcacaaagaagaatgttggcaactacgcgaaagggtcaaaattccatgatatttttgaagttcttggaggtagtattttcaattctgattccgacgat 13095375  T
Q  114 gtatggaaacaggagaagacaatgtttcatttaattcttggaaggaaaagattcaagaacatgttcgaacaatccattcagaagaaggtggataactacc 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  13095374 gtatggaaacaggagaagacaatgtttcatttaattcttggaaggaaaagcttcaagaacatggtcgaacaatccattcagaagaaggtggagaactacc 13095275  T
Q  214 tcataccatttcttaatgatgtatctgaagcaggagctcaggtggatttgcaagatgcctttaataggttcacctttgatagcacctgcatgattttatt 313  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  13095274 tgataccatttcttaatgatgtatctgaagcaggagctcaggtggatttgcaagatgcctttaataggttcacctttgatagcagctgcatgattttatt 13095175  T
Q  314 tggatttgatccaaattgccttccaaacaagtttgatcaccttatagaaattccatgtaataaatctcttcctgtgatggaggaagtgatgttctacagg 413  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||| || |||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  13095174 cggatttgatccaaattgccttccaaacaagtttaatcaccttatagaaattccttataaaaactctcttcctgtgatggaggaagtgattttttacagg 13095075  T
Q  414 cacatcattccaagtagtttgtggaagttgcaaaaatggctcaatgttggtcaagagaagaagttcaaggttgcccaagactatcttgaccgattcttgt 513  Q
    ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  13095074 cacttcattccaagtagtttatggaagttgcaaaaatggctcaatgttggtcaagagaagaagttcaaggttgcccaagaatatcttgaccgattcttgt 13094975  T
Q  514 atgaaagtataacattttcccatggtgaagagcaaaggaagtgcagcaatgaag 567  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  13094974 atgaaagtataacattttcccatggtgaagagcaaagtaagtgcagctatgaag 13094921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 446; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 567
Target Start/End: Complemental strand, 13162596 - 13162043
Alignment:
Q  14 catcacaaagaagaatgttggcaactacgcgaaagggtcaaaattccatgatatttttgaagttcttggaggtagtattttcaattctgattccgacgat 113  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  13162596 catcacaaagaagaattttggcaactacgcgaaagggtcaaaattccatgatatttttgaagttcttggaggtagtattttcaattctgattccaacgat 13162497  T
Q  114 gtatggaaacaggagaagacaatgtttcatttaattcttggaaggaaaagattcaagaacatgttcgaacaatccattcagaagaaggtggataactacc 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||  |||| |    
T  13162496 gtatggaaacaggagaagacaatgtttcatttagttcttggaaggaaaagcttcaagaacatgttccaacattccattcagaagaaggtggacgactatc 13162397  T
Q  214 tcataccatttcttaatgatgtatctgaagcaggagctcaggtggatttgcaagatgcctttaataggttcacctttgatagcacctgcatgattttatt 313  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  13162396 taataccatttcttaatgatgtatctgaagcaggagctcaggtggatttgcaagatgcctttaataggttcacctttgatagcagctgcctgattttatt 13162297  T
Q  314 tggatttgatccaaattgccttccaaacaagtttgatcaccttatagaaattccatgtaataaatctcttcctgtgatggaggaagtgatgttctacagg 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  13162296 tggatttgatccaaattgccttccaaacaagtttaatcagcttagagaaattccttataaaaaatctcttcctgtgatggaggaagtgatattttacagg 13162197  T
Q  414 cacatcattccaagtagtttgtggaagttgcaaaaatggctcaatgttggtcaagagaagaagttcaaggttgcccaagactatcttgaccgattcttgt 513  Q
    ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  13162196 cacttcattccaagtagtttatggaagttgcaaaaatggctcaatgttggtcaagagaagaagttcaaggttgcccaagaatatcttgaccgattcttgt 13162097  T
Q  514 atgaaagtataacattttcccatggtgaagagcaaaggaagtgcagcaatgaag 567  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||| ||||    
T  13162096 atgaaagtataacattttcccttggtgaagagcaaagcaaatgcagcaacgaag 13162043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 434; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 567
Target Start/End: Complemental strand, 13130903 - 13130350
Alignment:
Q  14 catcacaaagaagaatgttggcaactacgcgaaagggtcaaaattccatgatatttttgaagttcttggaggtagtattttcaattctgattccgacgat 113  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||  ||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13130903 catcacaaagaagaattgtggcaactacaggaaagggtcaaaatatcatgacatttttgaagttcttggaggtagtattttcaattctgattccgacgat 13130804  T
Q  114 gtatggaaacaggagaagacaatgtttcatttaattcttggaaggaaaagattcaagaacatgttcgaacaatccattcagaagaaggtggataactacc 213  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  13130803 gtatggaaacaagagaagacaatgtttcatttagttcttggaaggaaaagcttcaagaacatgttcgaacaatccattcagaagaaggtggagaactacc 13130704  T
Q  214 tcataccatttcttaatgatgtatctgaagcaggagctcaggtggatttgcaagatgcctttaataggttcacctttgatagcacctgcatgattttatt 313  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  13130703 tgataccatttcttaatgatgtatctgaagcaggagctcatgtggatttgcaagatgcctttaataggttcacctttgatagcagctgcatgattttatt 13130604  T
Q  314 tggatttgatccaaattgccttccaaacaagtttgatcaccttatagaaattccatgtaataaatctcttcctgtgatggaggaagtgatgttctacagg 413  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| | ||||||| | |||  |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  13130603 cggatttgatccaaattgccttccaaacaagtttaatcagcttagaaaaattccgtataaagaatctcttcctgtgatggaggaagtgatattatacagg 13130504  T
Q  414 cacatcattccaagtagtttgtggaagttgcaaaaatggctcaatgttggtcaagagaagaagttcaaggttgcccaagactatcttgaccgattcttgt 513  Q
    ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  13130503 cacttcattccaagtagtttatggaagttgcaaaaatggctcaatgttggtcaagagaagaagttcaaggttgcccaagaatatcttgaccgattcttgt 13130404  T
Q  514 atgaaagtataacattttcccatggtgaagagcaaaggaagtgcagcaatgaag 567  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  13130403 atgaaagtataacattttcccatggtgaagagcaaagcaagtgcagcgatgaag 13130350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 57 - 561
Target Start/End: Original strand, 30367268 - 30367769
Alignment:
Q  57 ttccatgatatttttgaagttcttggaggtagtattttcaattctgattccgacgatgtatggaaacaggagaagacaatgtttcatttaattcttggaa 156  Q
    ||||| || ||||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||| |||   |||||||| || ||| | |||||||||||| ||||||   ||    
T  30367268 ttccaagaaatttttgaattttttggaggtggtattgtcaattctgattcccacg---tatggaaagagaagagggcaatgtttcattcaattctcaaaa 30367364  T
Q  157 ggaaaagattcaagaacatgttcgaacaatccattcagaagaaggtggataactacctcataccatttcttaatgatgtatctgaagcaggagctcaggt 256  Q
    ||||||| ||||||||| ||||| ||||| | | | | || ||| |||| || | |||  |||||||| ||||||||||||||||||||||  || ||||    
T  30367365 ggaaaagcttcaagaacttgttccaacaaactagtaaaaaaaagctggagaaattcctactaccatttattaatgatgtatctgaagcaggttctgaggt 30367464  T
Q  257 ggatttgcaagatgcctttaataggttcacctttgatagcacctgcatgattttatttggatttgatccaaattgccttccaaacaagtttgatcacctt 356  Q
    ||| |||||||||  ||| ||||||||||| ||||| |||| |||||| ||| |||||||||||||| | ||||| |||||||| ||| ||  | | |||    
T  30367465 ggacttgcaagatatcttgaataggttcacttttgacagcatctgcattattgtatttggatttgattctaattggcttccaaataagattagtgatctt 30367564  T
Q  357 atagaaattccatgtaataaatctcttcctgtgatggaggaagtgatgttctacaggcacatcattccaagtagtttgtggaagttgcaaaaatggctca 456  Q
    | ||||||| ||| | | |||||||||  |||||| ||||||||| | ||||||||| || ||||||| |||   || |||||| |||| |||||| |      
T  30367565 agagaaatttcatatcaaaaatctcttattgtgatagaggaagtgctattctacaggaacttcattcctagtgtcttatggaagctgcagaaatggtttc 30367664  T
Q  457 atgttggtcaagagaagaagttcaaggttgcccaagactatcttgaccgattcttgtatgaaagtataacattttcccatggtgaagagcaaaggaagtg 556  Q
     |||||||||||| ||||||| |||||| ||  ||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |  | |||||| |||| |||||    
T  30367665 ttgttggtcaagaaaagaagtacaaggtagctgaagaaaatcttgaccgattcttgtatgaaagtgtaacatttgccaaacgcgaagagaaaagcaagtg 30367764  T
Q  557 cagca 561  Q
    |||||    
T  30367765 cagca 30367769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 128; E-Value: 7e-66
Query Start/End: Original strand, 24 - 533
Target Start/End: Original strand, 13069318 - 13069824
Alignment:
Q  24 aagaatgttggcaactacgcgaaagggtcaaaattccatgatatttttgaagttcttggaggtagtattttcaattctgattccgacgatgtatggaaac 123  Q
    |||||| ||||||||||||  |  ||||| || ||| | || ||||||||  || |||||| | ||||||| |||||| ||||| |||   |||||||||    
T  13069318 aagaattttggcaactacggaagggggtccaacttcaaagaaatttttgatttttttggagatggtattttaaattctaattcccacg---tatggaaac 13069414  T
Q  124 aggagaagacaatgtttcatttaattcttggaaggaaaagattcaagaacatgttcgaacaatccattcagaagaaggtggataactacctcataccatt 223  Q
    |  ||| |||||||||||||| | |||||  ||||||||  ||||||||| | ||| ||||| | ||  |||| ||| |||| ||||||||  |||||||    
T  13069415 aacagaggacaatgtttcattcatttcttaaaaggaaaaccttcaagaacttcttccaacaaactatgaagaaaaagctggagaactacctactaccatt 13069514  T
Q  224 tcttaatgatgtatctgaagcaggagctcaggtggatttgcaagatgcctttaataggttcacctttgatagcacctgcatgattttatttggatttgat 323  Q
    |||||||||||||||||||  ||| |||||||||||  || | |||||||| | ||||||||| |||||||||| |||||  |||  |||||||||||||    
T  13069515 tcttaatgatgtatctgaaataggtgctcaggtggacctggaggatgccttgagtaggttcacttttgatagcatctgcactattgcatttggatttgat 13069614  T
Q  324 ccaaattgccttccaaacaagtttgatcaccttatagaaattccatgtaataaatctcttcctgtgatggaggaagtgatgttctacaggcacatcattc 423  Q
    || |||||||||| |||||||||| || | || | |||||||   | | | ||||||||| ||||||| || || ||||| || ||| ||||| ||||||    
T  13069615 cctaattgccttctaaacaagtttaatgagctaacagaaattgattatcaaaaatctcttgctgtgatagatgaggtgatattgtaccggcacttcattc 13069714  T
Q  424 caagtagtttgtggaagttgcaaaaatggctcaatgttggtcaagagaagaagttcaaggttgcccaagactatcttgaccgattcttgtatgaaagtat 523  Q
    |||||  | | |||||| |||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||| | ||  ||| ||||  |||||||||| |||||||||||| ||||    
T  13069715 caagttatctttggaagctgcaaaaatggctccatgttcgtcaagaaaagaagttaagggaagccgaagaaaatcttgaccgtttcttgtatgaaggtat 13069814  T
Q  524 aacattttcc 533  Q
    ||||||||||    
T  13069815 aacattttcc 13069824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 134 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 14708384 - 14708007
Alignment:
Q  134 aatgtttcatttaattcttggaaggaaaagattcaagaacatgttcgaacaatccattcagaagaaggtggataactacctcataccatttcttaatgat 233  Q
    |||||||||||||||| |   || |||||| ||||||||| | ||| ||||| |||||||||||| | |||| || | | |  |||||||||||||| ||    
T  14708384 aatgtttcatttaattatcaaaaagaaaagcttcaagaacttcttccaacaaaccattcagaagaggttggaaaattgcttactaccatttcttaatcat 14708285  T
Q  234 gtatctgaagcaggagctcaggtggatttgcaagatgcctttaataggttcacctttgatagcacctgcatgattttatttggatttgatccaaattgcc 333  Q
    ||||| |||| ||| |||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| ||||| |||| || ||  ||| ||||||||||||||||||||||      
T  14708284 gtatcagaagtaggtgctcaggtggatttacaagatgtcttgaataggttcacttttgacagcatcttcaccattgtatttggatttgatccaaattgtt 14708185  T
Q  334 ttccaaacaagtttgatcaccttatagaaattccatgtaataaatctcttcctgtgatggaggaagtgatgttctacaggcacatcattccaagtagttt 433  Q
    ||||||||||||||  | | |||| ||||||| | | |   |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||| | |||||| || ||||    
T  14708184 ttccaaacaagtttagtgagcttagagaaatttcttatctaaaatctctccctgtgatggaggaagtgatattgtacaggcactttattccatgttgttt 14708085  T
Q  434 gtggaagttgcaaaaatggctcaatgttggtcaagagaagaagttcaaggttgcccaagactatcttgaccgattctt 511  Q
     ||||||  |||||||||||||||| || |  |||||||||| |||||||| ||||| ||  |||| |||||||||||    
T  14708084 atggaagcagcaaaaatggctcaatattagataagagaagaaattcaaggtagcccacgaaaatctcgaccgattctt 14708007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 24 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 13205521 - 13205015
Alignment:
Q  24 aagaatgttggcaactacgcgaaagggtcaaaattccatgatatttttgaagttcttggaggtagtattttcaattctgattccgacgatgtatggaaac 123  Q
    |||||| ||||||||||||  |  ||||| || ||| | || ||||||||  || |||||| | ||||||| |||||| ||||| |||   |||||||||    
T  13205521 aagaattttggcaactacggaagggggtccaacttcaaagaaatttttgatttttttggagatggtattttaaattctaattccaacg---tatggaaac 13205425  T
Q  124 aggagaagacaatgtttcatttaattcttggaaggaaaagattcaagaacatgttcgaacaatccattcagaagaaggtggataactacctcataccatt 223  Q
    |  ||| |||||||||||||| | ||||   ||||||||  ||||||||| | ||| ||||| | ||  |||| ||| |||| ||||||||  |||||||    
T  13205424 aacagaggacaatgtttcattcatttctcaaaaggaaaaccttcaagaacttcttccaacaaactatgaagaaaaagctggagaactacctactaccatt 13205325  T
Q  224 tcttaatgatgtatctgaagcaggagctcaggtggatttgcaagatgcctttaataggttcacctttgatagcacctgcatgattttatttggatttgat 323  Q
    |||| ||||||||||||||  ||| |||||| ||||  || | |||||||| | ||||||||| |||||||||| |||||  |||  |||||||||||||    
T  13205324 tcttgatgatgtatctgaaataggtgctcagctggacctggaggatgccttgagtaggttcacttttgatagcatctgcactattgcatttggatttgat 13205225  T
Q  324 ccaaattgccttccaaacaagtttgatcaccttatagaaattccatgtaataaatctcttcctgtgatggaggaagtgatgttctacaggcacatcattc 423  Q
    || ||||||||||||||||||||| || | || | ||||||| | | | | ||| ||||| | ||||| || || |||||  | ||| ||||| ||||||    
T  13205224 cctaattgccttccaaacaagtttaatgagctaacagaaattgcttatcaaaaagctcttacagtgatagatgaggtgataatgtaccggcacttcattc 13205125  T
Q  424 caagtagtttgtggaagttgcaaaaatggctcaatgttggtcaagagaagaagttcaaggttgcccaagactatcttgaccgattcttgtatgaaagtat 523  Q
    |||||  | | |||||| | |||||||||||| ||||||||||||| |||||||| | ||  ||| ||||  |||||||||||||||| |||||||||||    
T  13205124 caagttttctatggaagctacaaaaatggctccatgttggtcaagaaaagaagttaagggaagccgaagaaaatcttgaccgattcttatatgaaagtat 13205025  T
Q  524 aacattttcc 533  Q
    ||||||||||    
T  13205024 aacattttcc 13205015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 132 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 13008145 - 13007744
Alignment:
Q  132 acaatgtttcatttaattcttggaaggaaaagattcaagaacatgttcgaacaatccattcagaagaaggtggataactacctcataccatttcttaatg 231  Q
    ||||||||||||| | ||||   ||||||||  ||||||||| | ||| ||||| | ||  |||| |||||||| |||| | |  |||||||||||||||    
T  13008145 acaatgtttcattcatttctcaaaaggaaaaccttcaagaactttttccaacaaactatgaagaaaaaggtggagaactgcttactaccatttcttaatg 13008046  T
Q  232 atgtatctgaagcaggagctcaggtggatttgcaagatgcctttaataggttcacctttgatagcacctgcatgattttatttggatttgatccaaattg 331  Q
    |||||||||||  ||| |||||||||||  || | |||||||| | ||||||||| ||||| |||| |||||  |||  ||||||||||||||| |||||    
T  13008045 atgtatctgaaataggtgctcaggtggacctggaggatgccttgagtaggttcacttttgacagcatctgcactattgcatttggatttgatcctaattg 13007946  T
Q  332 ccttccaaacaagtttgatcaccttatagaaattccatgtaataaatctcttcctgtgatggaggaagtgatgttctacaggcacatcattccaagtagt 431  Q
    |||||||||||||||| || | || | ||||||| | | | | |||||||||||||| || || || |||||  | ||| ||||| |||  ||| || ||    
T  13007945 ccttccaaacaagtttaatgagctaagagaaattgcttatcaaaaatctcttcctgttatagatgaggtgataatttaccggcacttcaaaccacgttgt 13007846  T
Q  432 ttgtggaagttgcaaaaatggctcaatgttggtcaagagaagaagttcaaggttgcccaagactatcttgaccgattcttgtatgaaagtataacatttt 531  Q
     | |||||| |||||||||||||| | ||||||||||| | |||||| ||||  ||| || |  |||||||| | |||||||||||||| ||||||||||    
T  13007845 ctatggaagctgcaaaaatggctcgacgttggtcaagaaaggaagttaaaggaagccgaaaaaaatcttgacagtttcttgtatgaaagaataacatttt 13007746  T
Q  532 cc 533  Q
    ||    
T  13007745 cc 13007744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 229 - 533
Target Start/End: Original strand, 13067510 - 13067812
Alignment:
Q  229 atgatgtatctgaagcaggagctcaggtggatttgcaagatgcctttaataggttcacctttgatagcacctgcatgattttatttggatttgatccaaa 328  Q
    ||||||| |||||||||||  |||||||||| |||||||||||||| | |||||||||     |||||  |||||  ||| |||||||||||||||| ||    
T  13067510 atgatgtgtctgaagcaggttctcaggtggacttgcaagatgccttgagtaggttcact----atagcctctgcaccattatatttggatttgatcctaa 13067605  T
Q  329 ttgccttccaaacaagtttgatcaccttatagaaattccatgtaataaatctcttcctgtgatggaggaagtgatgttctacaggcacatcattccaagt 428  Q
    |||||||||||| |||||| || | |||| ||||||| | | ||| ||||||||  || |||| | ||||||||| || |||| |||| ||||||||| |    
T  13067606 ttgccttccaaataagtttaatgagcttagagaaattgcgtataaaaaatctctaactatgataggggaagtgatattgtacaagcacttcattccaaat 13067705  T
Q  429 agtttgtggaagttgcaaaaatggctcaat--gttggtcaagagaagaagttcaaggttgcccaagactatcttgaccgattcttgtatgaaagtataac 526  Q
      | | |||||| || ||||||| ||| ||  |||||||| || |||||||||||||| ||||||||  || |||| ||||||||||||||||| |||||    
T  13067706 tatctatggaagctgaaaaaatgactccatatgttggtcatgaaaagaagttcaaggtagcccaagaaaatattgaacgattcttgtatgaaagcataac 13067805  T
Q  527 attttcc 533  Q
    |||||||    
T  13067806 attttcc 13067812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 217 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 13101860 - 13101544
Alignment:
Q  217 taccatttcttaatgatgtatctgaagcaggagctcaggtggatttgcaagatgcctttaataggttcacctttgatagcacctgcatgattttatttgg 316  Q
    |||| |||||||||||||||||||||  ||| ||||| |||||  || | |||| ||||| ||||||||| ||||| |||| |||||  |||  ||||||    
T  13101860 taccgtttcttaatgatgtatctgaaataggtgctcatgtggacctggaggatgtctttagtaggttcacttttgacagcatctgcactattgcatttgg 13101761  T
Q  317 atttgatccaaattgccttccaaacaagtttgatcaccttatagaaattccatgtaataaatctcttcctgtgatggaggaagtgatgttctacaggcac 416  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| || | ||||  || ||| | | | | |||||||||||||||||||| || |||||  | ||| | |||    
T  13101760 atttgatcctaattgccttccaaacaagtttaatgagcttagggatattgcttatcaaaaatctcttcctgtgatggatgaggtgataatttaccgacac 13101661  T
Q  417 atcattccaagtagtttgtggaagttgcaaaaatggctcaatgttggtcaagagaagaagttcaaggttgcccaagactatcttgaccgattcttgtatg 516  Q
     |||| ||||||  | | |||||| |||||||||||||||| |||||||| || | |||| | | ||  ||| ||||  |||||||| | ||||||||||    
T  13101660 ttcataccaagttatctatggaagctgcaaaaatggctcaacgttggtcatgaaaggaagctaagggaagccgaagaaaatcttgacaggttcttgtatg 13101561  T
Q  517 aaagtataacattttcc 533  Q
    ||||||| || ||||||    
T  13101560 aaagtattacgttttcc 13101544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 237 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 13011085 - 13010922
Alignment:
Q  237 tctgaagcaggagctcaggtggatttgcaagatgcctttaataggttcacctttgatagcacctgcatgattttatttggatttgatccaaattgccttc 336  Q
    |||||||||||  |||||||||| ||||||||| |||| | |||||| || ||||| |||  |||||   || |||||||||||||||| ||||||||||    
T  13011085 tctgaagcaggttctcaggtggacttgcaagattccttgagtaggttaacatttgacagcctctgcaccgttgtatttggatttgatcctaattgccttc 13010986  T
Q  337 caaacaagtttgatcaccttatagaaattccatgtaataaatctcttcctgtgatggaggaagt 400  Q
    |||||||||||  | | |||| ||||||| | | ||| || ||||||  |||||| ||||||||    
T  13010985 caaacaagtttagtgagcttagagaaattgcttataaaaattctcttagtgtgatagaggaagt 13010922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 496 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 13010834 - 13010797
Alignment:
Q  496 atcttgaccgattcttgtatgaaagtataacattttcc 533  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13010834 atcttgaccgattcttgtatgaaagtataacattttcc 13010797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 245 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 13005772 - 13005670
Alignment:
Q  245 aggagctcaggtggatttgcaagatgcctttaataggttcacctttgatagcacctgcatgattttatttggatttgatccaaattgccttccaaacaag 344  Q
    ||||||||| ||||| ||| |||||||||| |||||||||| ||| || | ||||||||   ||  ||||  ||||||||| |||||||||||||| |||    
T  13005772 aggagctcaagtggacttggaagatgccttgaataggttcatcttcgacaacacctgcactgttgcattttcatttgatcctaattgccttccaaagaag 13005673  T
Q  345 ttt 347  Q
    |||    
T  13005672 ttt 13005670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 248 - 343
Target Start/End: Original strand, 13064564 - 13064659
Alignment:
Q  248 agctcaggtggatttgcaagatgcctttaataggttcacctttgatagcacctgcatgattttatttggatttgatccaaattgccttccaaacaa 343  Q
    |||||| ||||| ||||| || ||||| |  |||||||| ||||||| ||||||||   |  |||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  13064564 agctcacgtggacttgcatgacgccttaacaaggttcacttttgatatcacctgcactttcctatttggattcgatccaaattgccttcaaaacaa 13064659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 435 - 513
Target Start/End: Complemental strand, 13086779 - 13086701
Alignment:
Q  435 tggaagttgcaaaaatggctcaatgttggtcaagagaagaagttcaaggttgcccaagactatcttgaccgattcttgt 513  Q
    |||||||| |||||||||||  |  |||||||||||||||||| |||||| || |||||  ||||| ||| ||||||||    
T  13086779 tggaagttacaaaaatggctacaaattggtcaagagaagaagtacaaggtagctcaagaaaatcttcaccaattcttgt 13086701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 54; Significance: 1e-21; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 57 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 31376527 - 31376179
Alignment:
Q  57 ttccatgatatttttgaagttcttggaggtagtattttcaattctgattccgacgatgtatggaaacaggagaagacaatgtttcatttaattcttggaa 156  Q
    ||||| || ||||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||| |||   |||||||| || ||| |||||||||||||| ||||||   ||    
T  31376527 ttccaagaaatttttgaattttttggaggtggtattgtcaattctgattcccacg---tatggaaagagaagaggacaatgtttcattcaattctcaaaa 31376431  T
Q  157 ggaaaagattcaagaacatgttcgaacaatccattcagaagaagg-tggataactacctcataccatttcttaatgatgtatctgaagcaggagctcagg 255  Q
    ||||||| ||||||||| ||||  ||||| | | ||| || || | |||| || | |||  |||||||| || |  ||   |||||||| ||  || |||    
T  31376430 ggaaaagcttcaagaacttgtttcaacaaactagtcaaaaaaaagctggagaaattcctactaccatttattca--at---tctgaagctggttctgagg 31376336  T
Q  256 tggatttgcaagatgcctttaataggttcacctttgatagcacctgcatg-attttatttggatttgatccaaattgccttccaaacaagtttgatcacc 354  Q
    |||| |||||||||  ||| ||||||||||| ||||| |||| ||||||  ||| |||||||||||||||| ||||| |||||||| ||| ||  | | |    
T  31376335 tggacttgcaagatatcttgaataggttcacttttgacagcatctgcatttattgtatttggatttgatcctaattggcttccaaataagattagtgatc 31376236  T
Q  355 ttatagaaattccatgtaataaatctcttcctgtgatggaggaagtgatgttctaca 411  Q
    ||| ||||||| ||| | | |||||||||  |||||| ||||||||| | |||||||    
T  31376235 ttagagaaatttcatatcaaaaatctcttattgtgatagaggaagtgttattctaca 31376179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 386 - 531
Target Start/End: Original strand, 31396165 - 31396310
Alignment:
Q  386 tgtgatggaggaagtgatgttctacaggcacatcattccaagtagtttgtggaagttgcaaaaatggctcaatgttggtcaagagaagaagttcaaggtt 485  Q
    |||||| ||||||||||| ||||| ||| || ||||||| ||| |||| |||||| |||| ||||   |   | |||||||||| |||| || | ||||     
T  31396165 tgtgatagaggaagtgatattctataggaacttcattcctagttgtttatggaagctgcagaaataatttcttcttggtcaagaaaagaggtacgaggta 31396264  T
Q  486 gcccaagactatcttgaccgattcttgtatgaaagtataacatttt 531  Q
    ||||||||  ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  31396265 gcccaagaaaatcttaaccgattcttgtatgacagtataacatttt 31396310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University