View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2810_high_21 (Length: 433)

Name: NF2810_high_21
Description: NF2810
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2810_high_21
NF2810_high_21
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (18-420)||(4785027-4785429)
chr7 (18-420)||(4817456-4817858)
chr7 (22-306)||(4862525-4862809)
chr7 (18-306)||(4698382-4698670)
chr7 (18-306)||(4713258-4713546)
chr7 (22-306)||(4854632-4854916)
chr7 (19-283)||(4629568-4629832)
chr7 (19-283)||(4665594-4665858)
chr7 (19-132)||(4652330-4652443)
chr7 (19-295)||(4660448-4660724)
chr7 (19-296)||(4635503-4635780)
chr7 (202-296)||(4642350-4642444)
chr7 (22-302)||(4671280-4671560)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 339; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 420
Target Start/End: Original strand, 4785027 - 4785429
Alignment:
18 tgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaa 117  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
4785027 tgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagacccccgttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaa 4785126  T
118 ggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatg 217  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
4785127 ggtatggtaattgaagatatggtggacccgttcattaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggtgttaaattgtttgcatg 4785226  T
218 acgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattgcagttggagatgagtgaggaggatagtaagcttgttggtac 317  Q
    | |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||   | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
4785227 atgatggaaatcaacgaatgtcgatgagtgatgtggttgcgacattagagtttgcattgcagttagagatgagtgaggaggatagtaagcttgttggtac 4785326  T
318 caaggaaaaggaaaagagtaagcaaaggatagaattggcacattttactgatgatgggagtgatacgtgtttcacaagtagtagtgatgactatgggtct 417  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
4785327 caaggaaaaggaaaagagtgagcaaaggatagaattgtcacattttactgatgatgggagtgatatgtgtttcacaagtagtagtgatgactatgggtct 4785426  T
418 cat 420  Q
    |||    
4785427 cat 4785429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 420
Target Start/End: Original strand, 4817456 - 4817858
Alignment:
18 tgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaa 117  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
4817456 tgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagacccccgttggttcggtctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaa 4817555  T
118 ggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatg 217  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
4817556 ggtatggtaattgaagatatggtggacccgttcattaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggtgttaaattgtttgcatg 4817655  T
218 acgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattgcagttggagatgagtgaggaggatagtaagcttgttggtac 317  Q
    | |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||   | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
4817656 atgatggaaatcaacgaatgtcgatgagtgatgtggttgcgacattagagtttgcattgcagttagagatgagtgaggaggatagtaagcttgttggtac 4817755  T
318 caaggaaaaggaaaagagtaagcaaaggatagaattggcacattttactgatgatgggagtgatacgtgtttcacaagtagtagtgatgactatgggtct 417  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
4817756 caaggaaaaggaaaagagtgagcaaaggatagaattgtcacattttactgatgatgggagtgatatgtgtttcacaagtagtagtgatgactatgggtct 4817855  T
418 cat 420  Q
    |||    
4817856 cat 4817858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 22 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 4862809 - 4862525
Alignment:
22 cttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtg 121  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||  || ||||||||||| ||||| |  ||||||||||||| |||||||||||||||||    
4862809 cttcttgaggtgttgtgtgcgagaccaccattggttcgttcttctgaaaagaaaaaagcgagtttagtcgtttggtttcaaaaatgttacaatgaaggtg 4862710  T
122 tggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatgacga 221  Q
    |  |||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
4862709 tcataattgaagagatggtagatccgttcataaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatgacga 4862610  T
222 tggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattgcagttggagatgagtgaggaggatagtaag 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
4862609 tggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattgcagttggagatgagtgaggaagatactaag 4862525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 18 - 306
Target Start/End: Original strand, 4698382 - 4698670
Alignment:
18 tgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaa 117  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |   ||||||| |||| |||||||||||||    
4698382 tgtgcttcttgaggtattgtgtgcgagaccacctttggttcgttctttggaaaagaaaaaagcgagtttagtcttttggttccaaagatgttacaatgaa 4698481  T
118 ggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatg 217  Q
    |||||| | || ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||   ||| ||| | ||| ||||||| |||||||| || |||||||||||||    
4698482 ggtgtgatcatcgaagagatggtggacccgttcataaaggattctataacggctgaatgtctaaaaagttattgccaaatggtgttgagttgtttgcatg 4698581  T
218 acgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattgcagttggagatgagtgaggaggatagtaag 306  Q
    | |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
4698582 atgatggaaatcaacggatgtcgatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattgcagttggagataagtgaggaggatactaag 4698670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 18 - 306
Target Start/End: Original strand, 4713258 - 4713546
Alignment:
18 tgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaa 117  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| || |||| || ||||||||||||| ||||||  |   ||| || || |||  ||| |||||||||||||    
4713258 tgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagaccacctttggatcattctttggataaggaaaaagtgaacatggttgctttgttcaaaaaatgttacaatgaa 4713357  T
118 ggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatg 217  Q
    |||||| || ||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||    
4713358 ggtgtgatagttgaagagatggtggacccgttcataaaggactctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtgaaatggtgttgagttgtttgcatg 4713457  T
218 acgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattgcagttggagatgagtgaggaggatagtaag 306  Q
      |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||  |||||||| |||| ||| | ||||  ||||||| ||||||| |||||    
4713458 gtgatggaaatcaacgaatgtctatgagtgatgtggttgggactttagagcttgcgttgaaattggttatgagtggggaggatggtaag 4713546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 22 - 306
Target Start/End: Original strand, 4854632 - 4854916
Alignment:
22 cttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtg 121  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||| || |||| || ||  ||||||||||||||||  |   ||| || || |||  ||| ||||||||||||||| |    
4854632 cttcttgagatgttgtgtgcgagaccacctttggatcatttattggataagaaaaaagtgaacatggttgctttgttcaaaaaatgttacaatgaaggag 4854731  T
122 tggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatgacga 221  Q
    || || ||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||  ||    
4854732 tgatagttgaagagatggtggacccattcataaaggactctataacaagtgagtgtttgaaattttattgtcaaatggtgttgagttgtttgcatggtga 4854831  T
222 tggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattgcagttggagatgagtgaggaggatagtaag 306  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| |||||||| |||| ||| | ||||  ||||||| |||| ||||||||    
4854832 tggaaatcaacggatgtctatgagtgatgtggttggaactttagagcttgcgttgaaattggttatgagtggggagaatagtaag 4854916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 19 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 4629832 - 4629568
Alignment:
19 gtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaag 118  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||  |||||||||||| | ||| ||| | | |  ||||||||||| |||  | |||||||    
4629832 gtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacctttggttcgtgatttggataagaatacagctagtctagtttgttggtttcaaaaatgccataatgaag 4629733  T
119 gtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatga 218  Q
    ||||||  |||||| | || || || || ||| |||  |||||||| |||  |||||| ||||||| ||||||  |  |||  |||||||| ||||||||    
4629732 gtgtggcgattgaacaaatagtcgatccattcttaagggattctatcacagttgagtgcttgaaatattattgcaagttggcgttaagttgcttgcatga 4629633  T
219 cgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattgcagttgg 283  Q
     ||||| | |||||||   ||||||||| | || ||||| | |||||||||||||||||| ||||    
4629632 tgatgggactcaacgaccctcaatgagtcaagtggttgggggtttagagtttgcattgcaattgg 4629568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 19 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 4665858 - 4665594
Alignment:
19 gtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaag 118  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||  |||||||||||| |  || ||| | | |  ||||||| ||| ||||||| ||||||    
4665858 gtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacctttggttcgtgatttggataagaatactgctagtctagtttgttggtttaaaaaatgttacgatgaag 4665759  T
119 gtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatga 218  Q
    |||||| ||||||| | || || || || ||| |||  |||||||| |||  |||||  ||||||| ||||||  |  |||  |||||||| ||||||||    
4665758 gtgtggcaattgaacaaatagttgatccattcgtaagggattctatcacagatgagtacttgaaatattattgcaagttggcgttaagttgcttgcatga 4665659  T
219 cgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattgcagttgg 283  Q
     ||||| | |||||||   ||||||||| | || ||||| | |||||||||||||||||| ||||    
4665658 tgatgggactcaacgaccctcaatgagtcaagtggttgggggtttagagtttgcattgcaattgg 4665594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 19 - 132
Target Start/End: Complemental strand, 4652443 - 4652330
Alignment:
19 gtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaag 118  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||  |||||||||||| | ||||||| | | |  ||||||| ||| ||| ||| ||||||    
4652443 gtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacctttggttcgtgatttggataagaatacagcaagtctagtttgttggtttaaaaaatgctacgatgaag 4652344  T
119 gtgtggtaattgaa 132  Q
    |||||| |||||||    
4652343 gtgtggcaattgaa 4652330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 19 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 4660724 - 4660448
Alignment:
19 gtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaag 118  Q
    ||||||||||||||||||||||| || || || ||||||||   |||||||||||| | | | ||| | | |  ||||||| ||| ||| ||  ||||||    
4660724 gtgcttcttgaggtgttgtgtgctaggccaccattggttcgcgatttggataagaatacaactagtctagtttgttggtttaaaagatgctatgatgaag 4660625  T
119 gtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatga 218  Q
    ||||||  |||||| | || ||||| || | | ||||||||||||| ||   |||||||||| ||| ||||||  |  |||  |||||||||||||||||    
4660624 gtgtggcgattgaacaaatagtggatccatccctaaaagattctatcacggatgagtgtttggaatattattgcaagttggcgttaagttgtttgcatga 4660525  T
219 cgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattgcagttggagatgagtgagg 295  Q
     ||||| | |||||||   ||||||||| | || ||||| | |||||||||||  ||||| |||| | |||||||||    
4660524 tgatgggactcaacgaccttcaatgagtcaagtggttgggggtttagagtttgtgttgcaattggtggtgagtgagg 4660448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 19 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 4635780 - 4635503
Alignment:
19 gtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaag 118  Q
    ||||||||||||||||||||||| || || || ||||||||   |||||||||||| | ||| ||| | | |  ||||||  ||| ||| ||| | ||||    
4635780 gtgcttcttgaggtgttgtgtgctaggccacctttggttcgcgatttggataagaatacagctagtctagtttgttggttcaaaagatgctacgaagaag 4635681  T
119 gtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatga 218  Q
    ||||||  |||||| | |||||||| || ||| ||| |||||| || ||  | ||||||||  ||| || |||  |  |||  |||||||||||||||||    
4635680 gtgtggcgattgaacaaatggtggatccattcctaagagattccatcacgggcgagtgttttgaatatttttgcaagttggcgttaagttgtttgcatga 4635581  T
219 cgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattgcagttggagatgagtgagga 296  Q
     ||||||| |||||||   ||||||||| | || ||||| | |||||||||||| ||||| || | | ||||||||||    
4635580 tgatggaattcaacgaccctcaatgagtcaagtggttgggggtttagagtttgcgttgcaattagtggtgagtgagga 4635503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 202 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 4642444 - 4642350
Alignment:
202 ttaagttgtttgcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattgcagttggagatgagtgagga 296  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||||   ||||||||| | || ||||| | |||||||||||| ||||| |||| | ||||||||||    
4642444 ttaagttgtttgcatgatgatggaattcaacgaccctcaatgagtcaagtggttgggggtttagagtttgcgttgcaattggtggtgagtgagga 4642350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 22 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 4671560 - 4671280
Alignment:
22 cttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtg 121  Q
    |||||||| ||||||||||| || || || ||||||||   |||||||||||| | ||| ||| | | |  ||||||| ||| ||| ||| |||||||||    
4671560 cttcttgaagtgttgtgtgctaggccacctttggttcgcgatttggataagaatacagctagtctagtttgttggtttaaaagatgctacgatgaaggtg 4671461  T
122 tggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatgacga 221  Q
    |||  |||||| | ||  ||||  | ||| |||  |||||||| ||  ||||||||||| ||| ||||||  |  |||  || ||||| |||||||| ||    
4671460 tggcgattgaacaaatactggattcattcctaagggattctatcacgggtgagtgtttggaatattattgcaagttggcgttgagttgcttgcatgatga 4671361  T
222 tggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattgcagttggagatgagtgaggaggatag 302  Q
    ||||| |||||||   ||||||||| | || ||||| | |||||||||||  ||||| |||| | |||||||||| |||||    
4671360 tggaactcaacgaccctcaatgagtcaagtggttgggggtttagagtttgtgttgcaattggtggtgagtgaggaagatag 4671280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University