View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2811R-Insertion-4 (Length: 960)

Name: NF2811R-Insertion-4
Description: NF2811R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2811R-Insertion-4
NF2811R-Insertion-4
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (9-958)||(13037349-13038301)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (26-705)||(28378289-28378965)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 854; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 854; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 958
Target Start/End: Complemental strand, 13038301 - 13037349
Alignment:
Q  9 catacccgtccataaatggccagcgactctcgcctggaccaagcaagcccgaactttcaccatcaagctcaaaagtgcaagcaggccccattgactcctt 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13038301 catacccgtccataaatggccagcgactctcgcctggaccaagcaagcccgaactttcaccatcaagctcaaaagtgcaagcaggccccattgactcctt 13038202  T
Q  109 ttcatttattgccttctccatagaaagcattaagcgcggagcccaaattgtggtaagtgttcttgtaatgacttgaaaccatttacgaagatcactaaca 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13038201 ttcatttattgccttctccatagaaagcattaagcgcggagcccaaattgtggtaagtgttcttgtaatgacttgaaaccatttacgaagatcactaaca 13038102  T
Q  209 ctaagagaatgcccagccaagtattgtatgcatcggcacaaaggagttccatcccacctaatttgcccatttaagccaacatccacggtaaaaattttgt 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13038101 ctaagagaatgcccagccaagtattgtatgcatcggcacaaaggagttccatcccacctaatttgcccatttaagccaacatccacggtaaaaattttgt 13038002  T
Q  309 ctgctgttcttaacagtacacttaacagaccagccgttgagcacattgccctgtttcttgtacaagctcgtaatatggcaagtagtccccttaccattcg 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13038001 ctgctgttcttaacagtacacttaacagaccagccgttgagcacattgccctgtttcttgtacaagctcgtaatatggcaagtagtccccttaccattcg 13037902  T
Q  409 tgtccttggtgacatgacaacatcagtatcacctacataaggtagccaaggaataagttcacctgctacaatcgctgcacgggagtttagcattacacta 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13037901 tgtccttggtgacatgacaacatcagtatcacctacataaggtagccaaggaataagttcacctgctacaatcgctgcacgggagtttagcattacacta 13037802  T
Q  509 ggaggattattatcaccatcctctgaaaaacattcaacaccacccattgttgcaagaagcgagtctacaattaagaaagacacgctctccatttcttcac 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13037801 ggaggattattatcaccatcctctgaaaaacattcaacaccacccattgttgcaagaagcgagtctacaattaagaaagacacgctctccatttcttcac 13037702  T
Q  609 cactcccgagaatttctacaccacttgcaatattcttcagtttctccataccttcgggtttccccatgattgcagaatctactaaatgcagcaattccgc 708  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  13037701 cactcccgagaatttctacaccacttgcaatattcttcagtttctccataccttcgggtttccccatgattgcagaatcaactaaatgcagcaattccgc 13037602  T
Q  709 tgacgtatttggcatagcannnnnnnngcttaggtgtttgtggagaataaccagttgaaccaaaaccaacaccaaaatgtcccccctgacccggggctgt 808  Q
    |||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  13037601 tgacgtatttggcatagca-tttttttgcttaggtgtttgtggagaataaccagttgaaccaaaaccaacaccaaaatgt-ccccctgacccagggctgt 13037504  T
Q  809 atgaaatatgatcatgttgcattgcgggaactggcgaagtattactctctggcgagtacatcccagatgaaatt--gaattcctcttcatttccac--ag 904  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||  |     
T  13037503 atgaaatatgatcatgttgcattgcgggaactggcgaagtattactctctggcgagtacatcccagatgaaatttgaaattcctcttcatttccaccaac 13037404  T
Q  905 cgagtcctgtacattatctgaacccaagagagtg--atgactccacattcacattg 958  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||    
T  13037403 ggagtcctgtacattatctgaa-ccaagagagtggattgactccacattcacattg 13037349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 278; Significance: 1e-155; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 26 - 705
Target Start/End: Original strand, 28378289 - 28378965
Alignment:
Q  26 ggccagcgactctcgcctggaccaagcaagcccgaactttcaccatcaagctcaaaagtgcaagcaggccccattgactccttttcatttattgccttct 125  Q
    ||||| || ||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||| ||  |||| || ||  ||||||||||| || ||||||| ||||    
T  28378289 ggccaacggctctcacctggaccaagcaaaccagaactttcaccatcaaactcaaaggtagaagctggtcctcttgactcctttccacttattgctttct 28378388  T
Q  126 ccatagaaagcattaagcgcggagcccaaattgtggtaagtgttcttgtaatgacttgaaaccatttacgaagatcactaacactaagagaatgcccagc 225  Q
    |||  |  ||  |||   | |||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||| ||   |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  28378389 ccaatgctagtgttagttgtggagcccaaattgttgtaagtgttttagtaatgacttgaaaccatctatagagatcactaacactaagagaatgccccgc 28378488  T
Q  226 caagtattgtatgcatcggcacaaaggagttccatcccacctaatttgcccatttaagccaacatccacggtaaaaattttgtctgctgttcttaacagt 325  Q
     ||| ||||||| ||  |||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || || |||||||| ||||||    
T  28378489 taagaattgtatacagtggcacagaggagttccatcccacctcatttgtccatttaagccaacatccactgtaaaaatcttttcagctgttctcaacagt 28378588  T
Q  326 acacttaacagaccagccgttgagcacattgccctgtttcttgtacaagctcgtaatatggcaagtagtccccttaccattcgtgtccttggtgacatga 425  Q
    || | ||||| |||||||| |||||||||||| || ||||| |||||||| | || |||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||    
T  28378589 actcctaacaaaccagccgatgagcacattgctctatttctagtacaagcccttattatggcaagtagtcccctaaccatccttgtccttggtgacatga 28378688  T
Q  426 caacatcagtatcacctacataaggtagccaaggaataagttcacctgctacaatcgctgcacgggagtttagcattacactaggaggattattatcacc 525  Q
    || |||||||||||||||  ||||| |||||||||||||| || ||||  ||||| || || |||||||| ||||||||||||||||||||||  ||| |    
T  28378689 catcatcagtatcacctatgtaaggaagccaaggaataagctcgcctgacacaatggcagcccgggagttcagcattacactaggaggattatcctcatc 28378788  T
Q  526 atcctctgaaaaacattcaacaccacccattgttgcaagaagcgagtctacaattaagaaagacacgctctccatttcttcaccactcccgagaatttct 625  Q
     |||||    |||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||  ||||| |||||||||||||||||| | | |||||||    
T  28378789 ctcctc---gaaactttcaacaccacccattgttgcaagaagtgaatctacaattaggaaaggtacgctatccatttcttcaccactctcaaaaatttct 28378885  T
Q  626 acaccacttgcaatattcttcagtttctccataccttcgggtttccccatgattgcagaatctactaaatgcagcaattc 705  Q
    |||||||||||||||||||| || || || |||||||| ||||||||||| || |||||||| |||| |||||| |||||    
T  28378886 acaccacttgcaatattctttagcttatcaataccttcaggtttccccataatggcagaatcaactagatgcagtaattc 28378965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University