View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2813-Insertion-8 (Length: 701)

Name: NF2813-Insertion-8
Description: NF2813
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2813-Insertion-8
NF2813-Insertion-8
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (10-697)||(38576062-38576747)
chr7 (460-697)||(26494487-26494724)
chr7 (10-158)||(26494731-26494879)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (10-697)||(31987745-31988431)
chr3 (10-697)||(53709114-53709800)
chr3 (497-697)||(51408877-51409077)
chr3 (579-695)||(37382419-37382535)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (10-697)||(30792231-30792917)
chr8 (112-158)||(39531768-39531814)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (77-697)||(27363666-27364285)
chr4 (375-697)||(45194672-45194994)
[»] scaffold0168 (1 HSPs)
scaffold0168 (10-697)||(14530-15216)
[»] scaffold0012 (1 HSPs)
scaffold0012 (10-697)||(195821-196507)
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (10-697)||(22469441-22470127)
chr2 (10-697)||(34525068-34525754)
chr2 (10-697)||(22463387-22464072)
chr2 (10-288)||(22475662-22475940)
chr2 (10-121)||(35650484-35650595)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (10-697)||(21974561-21975247)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (10-697)||(26541428-26542105)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (10-120)||(22256614-22256724)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 558; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 558; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 697
Target Start/End: Complemental strand, 38576747 - 38576062
Alignment:
Q  10 atttattgctctacatcatgacaaagatactacttctgagacactaaagaatgctctttattgtattcttgatcgttacaagttatctatttcaaggata 109  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  38576747 atttattgctctacatcatgtcaaagatactacttctgaggcactaaagaatgctctttattgtattcttgatcgttacaagttatctatttaaaggata 38576648  T
Q  110 cgagggcaaggatatgatgaagcttcagatatgagaggtgaatttaatggtttgcaaggaaagattctagatgaaaatccttatgctttctatgtccatt 209  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38576647 cgagggcaaggatatgatggagcttcagatataagaggtgaatttaatggtttgcaaagaaagattctagatgaaaatccttatgctttctatgtccatt 38576548  T
Q  210 gttatgctcactgcttgcaattggtgattgtgtctgttggtagtagctgctcatctattaatgatttatttgagtacatctccttgattataacaacatc 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38576547 gttatgctcactgcttgcaattggtgattgtgtctattgctagtagttgctcatctattaatgatttatttgagtacatctccttgattataacaacatc 38576448  T
Q  310 aagtgcatcttgcaagagaagagatgctttgatggagacataacacatagatattttgnnnnnnncttgagagtggtgagatatccacaggaaggggctt 409  Q
     |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||       |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  38576447 gagtgcatcttgcaagagaagggatgctttgatggagacataacacaaagatattttg-aaaaaacttgagagtggtgagatatctacaggaaggggctt 38576349  T
Q  410 gaaccaatcatctactcttgctagacccagggataatagatggggttcgtatcatactatgttgcttcgtttggatcagatgtggtcctccttgttagtg 509  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  38576348 gaaccaatcatctactcttgctagacccggggatactagatggggttcaaatcatactaagttgcttcgtttggatcagatgtggtcctccgtgttagtg 38576249  T
Q  510 gtgcttagtatggttcatgaagatggacgtggaccatctcaagcggcgggtttgatagaaaaaatggagagctttaaatttgctttcattttgaagttaa 609  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38576248 gtgcttagtatggttcatgaagatggacgtggaccatctcaagcggcgggtttgata-aaaaaatggagagctttaaatttgctttcattttgaagttaa 38576150  T
Q  610 tgttaaagttgtttggtatcacaaacgagctttccaaaatcttgctaagaaaatatcttaatattgttactgccatggaattaattaa 697  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  38576149 tgttaaagttgtttggtatcacaaacgagctttcaaaaatcttgcaaagaaaagatcttaagattgttagtgccatggaattaattaa 38576062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 460 - 697
Target Start/End: Complemental strand, 26494724 - 26494487
Alignment:
Q  460 atcatactatgttgcttcgtttggatcagatgtggtcctccttgttagtggtgcttagtatggttcatgaagatggacgtggaccatctcaagcggcggg 559  Q
    |||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26494724 atcatactaccttgcttcgtctggatcagatgtggtcctccgtgttagtggtgcttagtatggttcatgaagatggacgtggaccatctcaagcggcggg 26494625  T
Q  560 tttgatagaaaaaatggagagctttaaatttgctttcattttgaagttaatgttaaagttgtttggtatcacaaacgagctttccaaaatcttgctaaga 659  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  26494624 tttgatagaaaaaatggagagctttaaatttgctttcattttgaagttaatgttaaagttgtttggtatcacaaacgagctttcaaaaatcttgcaaaga 26494525  T
Q  660 aaatatcttaatattgttactgccatggaattaattaa 697  Q
    ||| |||||||||||||    |||||||||||||||||    
T  26494524 aaagatcttaatattgtgctcgccatggaattaattaa 26494487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 10 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 26494879 - 26494731
Alignment:
Q  10 atttattgctctacatcatgacaaagatactacttctgagacactaaagaatgctctttattgtattcttgatcgttacaagttatctatttcaaggata 109  Q
    |||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26494879 atttcttgctctgcatcatgtcaaagatactacttccgaggcactaaaaaatgctctttatgatattattgatcgttacaagttatctatttcaaggata 26494780  T
Q  110 cgagggcaaggatatgatgaagcttcagatatgagaggtgaatttaatg 158  Q
    |||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||    
T  26494779 cgagggcaaggatatgatggggcttcaaatatgagaggtgaatttaatg 26494731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 550; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 550; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 697
Target Start/End: Original strand, 31987745 - 31988431
Alignment:
Q  10 atttattgctctacatcatgacaaagatactacttctgagacactaaagaatgctctttattgtattcttgatcgttacaagttatctatttcaaggata 109  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  31987745 atttattgctctacatcatgtcaaagatactacttctgaggcactaaagaatgctctttattgtattcttgatcgttacaagttatctattttaaggata 31987844  T
Q  110 cgagggcaaggatatgatgaagcttcagatatgagaggtgaatttaatggtttgcaaggaaagattctagatgaaaatccttatgctttctatgtccatt 209  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31987845 cgagggcaaggatatgatggagcttcaaatatgagaggtgaatttaatggtttgcaaagaaagattctagatgaaaatccttatgctttctatgtccatt 31987944  T
Q  210 gttatgctcactgcttgcaattggtgattgtgtctgttggtagtagctgctcatctattaatgatttatttgagtacatctccttgattataacaacatc 309  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  31987945 gttatgctcaccgcttgcaattggtgattgtgtccgttgctagtagttgctcatctattaatgatttctttgagtacatctccttgattgtaacaacatc 31988044  T
Q  310 aagtgcatcttgcaagagaagagatgctttgatggagacataacacatagatattttgnnnnnnncttgagagtggtgagatatccacaggaaggggctt 409  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||       |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  31988045 aagtgcatcttgcaagagaagggatgctttgatggagacacaacacaaagatattttg-aaaaaacttgagagtggtgagatatctacaggaaggggctt 31988143  T
Q  410 gaaccaatcatctactcttgctagacccagggataatagatggggttcgtatcatactatgttgcttcgtttggatcagatgtggtcctccttgttagtg 509  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  31988144 gaaccaatcatctactcttgctagacccggggatactagatggggttcacatcatactacgttgcttcgtttggatcagatgtggtcctccgtgttagtg 31988243  T
Q  510 gtgcttagtatggttcatgaagatggacgtggaccatctcaagcggcgggtttgatagaaaaaatggagagctttaaatttgctttcattttgaagttaa 609  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31988244 gtgcttagtatggttcatgaagatggacgtggaccatctcaagcggcgggtttgatagaaaaaatggaaagctttaaatttgctttcattttgaagttaa 31988343  T
Q  610 tgttaaagttgtttggtatcacaaacgagctttccaaaatcttgctaagaaaatatcttaatattgttactgccatggaattaattaa 697  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  31988344 tgttaaagttgtttggtatcacaaacgagctttcaaaaatcttgcaaataaaagatcttaatattgttagtgccatggaattaattaa 31988431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 518; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 697
Target Start/End: Original strand, 53709114 - 53709800
Alignment:
Q  10 atttattgctctacatcatgacaaagatactacttctgagacactaaagaatgctctttattgtattcttgatcgttacaagttatctatttcaaggata 109  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  53709114 atttattgctctacatcatgtcaaagatactacttataaggcactaaagaatgctctttattgtattcttgaacgttacaagttatctatttaaaggata 53709213  T
Q  110 cgagggcaaggatatgatgaagcttcagatatgagaggtgaatttaatggtttgcaaggaaagattctagatgaaaatccttatgctttctatgtccatt 209  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53709214 cgagggcaaggatatgatggagcttcaaatatgataggtgaatttaatggtttgcaaagaaagattctagatgaaaatccttatgctttctatgtccatt 53709313  T
Q  210 gttatgctcactgcttgcaattggtgattgtgtctgttggtagtagctgctcatctattaatgatttatttgagtacatctccttgattataacaacatc 309  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  53709314 gttatgctcaccgcttgcaattggtgattgtgtcagttgctagtagttgctcatctattaatgatttctttgagtacatctccatgattgtaacaacatc 53709413  T
Q  310 aagtgcatcttgcaagagaagagatgctttgatggagacataacacatagatattttgnnnnnnncttgagagtggtgagatatccacaggaaggggctt 409  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||       |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  53709414 aagtgcatcttgcaagagaagggatgctttgatggagacacaacacaaagatattttg-aaaaaacttgagagtggtgagatatctacaggaaggggctt 53709512  T
Q  410 gaaccaatcatctactcttgctagacccagggataatagatggggttcgtatcatactatgttgcttcgtttggatcagatgtggtcctccttgttagtg 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || || ||| ||||||||||||  |||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  53709513 gaaccaatcatctactcttgctagagccgggaatactagatggggttcacatcatactacattgcttcgtttggatcagatgcggtcctccgtgttagtg 53709612  T
Q  510 gtgcttagtatggttcatgaagatggacgtggaccatctcaagcggcgggtttgatagaaaaaatggagagctttaaatttgctttcattttgaagttaa 609  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53709613 gtgcttagtatggttcatgaagatggacgtggaccatctcaagcggcgggtttgatagaaaagatggagagctttaaatttgctttcattttgaagttaa 53709712  T
Q  610 tgttaaagttgtttggtatcacaaacgagctttccaaaatcttgctaagaaaatatcttaatattgttactgccatggaattaattaa 697  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  53709713 tgttaaagttgtttagtatcacaaacgagctttcaaaaatcttgcaaagaaaatatcttaatattgttagtgccatggaattaattaa 53709800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 157; E-Value: 4e-83
Query Start/End: Original strand, 497 - 697
Target Start/End: Complemental strand, 51409077 - 51408877
Alignment:
Q  497 ctccttgttagtggtgcttagtatggttcatgaagatggacgtggaccatctcaagcggcgggtttgatagaaaaaatggagagctttaaatttgctttc 596  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  51409077 ctccgtgttagtggtgcttagtatggttcatgaagatggacgtggaccatctcaagcggcgggtttgatagaaaaaatggagagttttaaatttgctttc 51408978  T
Q  597 attttgaagttaatgttaaagttgtttggtatcacaaacgagctttccaaaatcttgctaagaaaatatcttaatattgttactgccatggaattaatta 696  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||   |||||||||||||||||    
T  51408977 attttgaagttaatgttaaagctgtttggtatcacaatcgatctttcaaaaatcttgcaaagaaaagatcttaatattgtgcttgccatggaattaatta 51408878  T
Q  697 a 697  Q
    |    
T  51408877 a 51408877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 579 - 695
Target Start/End: Complemental strand, 37382535 - 37382419
Alignment:
Q  579 agctttaaatttgctttcattttgaagttaatgttaaagttgtttggtatcacaaacgagctttccaaaatcttgctaagaaaatatcttaatattgtta 678  Q
    ||||||| ||||| |||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||| |||||||||||||      
T  37382535 agctttagatttgttttcatttggaagttaatgttgaagttatttggtatcacaaacgagctttcaaaaatcgtgcaaagaaaagatcttaatattgtgt 37382436  T
Q  679 ctgccatggaattaatt 695  Q
     ||||||||||||||||    
T  37382435 ttgccatggaattaatt 37382419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 426; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 426; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 697
Target Start/End: Complemental strand, 30792917 - 30792231
Alignment:
Q  10 atttattgctctacatcatgacaaagatactacttctgagacactaaagaatgctctttattgtattcttgatcgttacaagttatctatttcaaggata 109  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  30792917 atttcttgctctacatcatgtcaaagatactacttccgaggcactaaagaatgctctttatgatattcttgattgttacaagttatctatttcgaggata 30792818  T
Q  110 cgagggcaaggatatgatgaagcttcagatatgagaggtgaatttaatggtttgcaaggaaagattctagatgaaaatccttatgctttctatgtccatt 209  Q
    ||||||||||||||||| |  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  30792817 cgagggcaaggatatgacggggcttcaaatatgagaggtgaatttaatggtttgcaaagaaagatcctagatgaaaacccttatgctttctatgtccatt 30792718  T
Q  210 gttatgctcactgcttgcaattggtgattgtgtctgttggtagtagctgctcatctattaatgatttatttgagtacatctccttgattataacaacatc 309  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  30792717 gttatgctcatcgcttgcaattggtgattgtgtccgttgctagtagttgctcatctattaatgatttctttgagtacatctccttgattgttacaacatc 30792618  T
Q  310 aagtgcatcttgcaagagaagagatgctttgatggagacataacacatagatattttgnnnnnnncttgagagtggtgagatatccacaggaaggggctt 409  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||| | ||||||||||       |||| || |||||||||||| |||||||| |||||    
T  30792617 aagtgcatcttgcaagagaagagatgctttgacggaggcacaacataaagatattttg-agtagacttgtgactggtgagatatctacaggaagaggctt 30792519  T
Q  410 gaaccaatcatctactcttgctagacccagggataatagatggggttcgtatcatactatgttgcttcgtttggatcagatgtggtcctccttgttagtg 509  Q
    | |||||||||||| ||| ||||||||| |||||| ||||||||||||  |||||||||  ||||||||||||||||| |||||||| ||  ||||||||    
T  30792518 gcaccaatcatctagtctcgctagacccggggatactagatggggttcccatcatactaccttgcttcgtttggatcatatgtggtcttctatgttagtg 30792419  T
Q  510 gtgcttagtatggttcatgaagatggacgtggaccatctcaagcggcgggtttgatagaaaaaatggagagctttaaatttgctttcattttgaagttaa 609  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  30792418 gtgcttagtatggttgatcaagatggacgtgaaccatctcaagcgacgggtttgatagaaaaaatggagagctttaaatttgttttcattttgaagataa 30792319  T
Q  610 tgttaaagttgtttggtatcacaaacgagctttccaaaatcttgctaagaaaatatcttaatattgttactgccatggaattaattaa 697  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||   ||||||||| ||||||||    
T  30792318 tgttaaatttgtttggtatcacaaacgagctttcaaaaatcttacaaagaaaatatcttaatattgtgcttgccatggatttaattaa 30792231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 112 - 158
Target Start/End: Original strand, 39531768 - 39531814
Alignment:
Q  112 agggcaaggatatgatgaagcttcagatatgagaggtgaatttaatg 158  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||    
T  39531768 agggcaaggatatgatggagcttcaaacatgagaggtgaatttaatg 39531814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 423; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 423; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 77 - 697
Target Start/End: Original strand, 27363666 - 27364285
Alignment:
Q  77 cttgatcgttacaagttatctatttcaaggatacgagggcaaggatatgatgaagcttcagatatgagaggtgaatttaatggtttgcaaggaaagattc 176  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||      
T  27363666 cttgatcgttacaagttatctatttcaaggatacgagggcaaggatatgatggagcttcaaatatgagaggtgaatttaatggtttgcaaagaaagatct 27363765  T
Q  177 tagatgaaaatccttatgctttctatgtccattgttatgctcactgcttgcaattggtgattgtgtctgttggtagtagctgctcatctattaatgattt 276  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||| | ||||||||||||||||||    
T  27363766 tagatgaaaacccttatgctttctatgtccattgttatgatcaccgcttgcaattggtgattgtgtccgttgctagtagtttctcatctattaatgattt 27363865  T
Q  277 atttgagtacatctccttgattataacaacatcaagtgcatcttgcaagagaagagatgctttgatggagacataacacatagatattttgnnnnnnnct 376  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||| |||| || |||| | ||||||||||       ||    
T  27363866 ctttgagtacatctccttgattgtaacaacatctagtacatcttgcaagagaagggatgctttgacggaggcacaacataaagatattttgcataga-ct 27363964  T
Q  377 tgagagtggtgagatatccacaggaaggggcttgaaccaatcatctactcttgctagacccagggataatagatggggttcgtatcatactatgttgctt 476  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||| ||||||||  |||||||||  ||||||    
T  27363965 tgagagtggtgagatatctacaggaaggggctcgcaccaatcatctactctcgctagacccggggatactaggtggggttcacatcatactaccttgctt 27364064  T
Q  477 cgtttggatcagatgtggtcctccttgttagtggtgcttagtatggttcatgaagatggacgtggaccatctcaagcggcgggtttgatagaaaaaatgg 576  Q
    ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27364065 cgtctggatcagatgtggtcctccgtgttagtggtgcttagtatggttcatgaagatggacgtggaccatctcaagcggcgggtttgatagaaaaaatgg 27364164  T
Q  577 agagctttaaatttgctttcattttgaagttaatgttaaagttgtttggtatcacaaacgagctttccaaaatcttgctaagaaaatatcttaatattgt 676  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  27364165 agagctttaaattttctttcattttgaagttaatgttaaagttgtttggtatcacaaacaagctttcaaaaatcttgcaaagaaaagatcttaatattgt 27364264  T
Q  677 tactgccatggaattaattaa 697  Q
       ||||||||||||||||||    
T  27364265 gcttgccatggaattaattaa 27364285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 235; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 375 - 697
Target Start/End: Original strand, 45194672 - 45194994
Alignment:
Q  375 cttgagagtggtgagatatccacaggaaggggcttgaaccaatcatctactcttgctagacccagggataatagatggggttcgtatcatactatgttgc 474  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||   |||||| ||||||||||| ||||||||  |||||| ||||||||||||  |||||||||  ||||    
T  45194672 cttgagagtggtgagatatctacaggaaggggtaagaaccagtcatctactctcgctagacctggggatactagatggggttcacatcatactaccttgc 45194771  T
Q  475 ttcgtttggatcagatgtggtcctccttgttagtggtgcttagtatggttcatgaagatggacgtggaccatctcaagcggcgggtttgatagaaaaaat 574  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45194772 ttcgtttggatcagatgtggtccttcgtgttagtggtgcttagtatggttcatgaagatggacgtggaccatctcaagcggcgggtttgatagaaaaaat 45194871  T
Q  575 ggagagctttaaatttgctttcattttgaagttaatgttaaagttgtttggtatcacaaacgagctttccaaaatcttgctaagaaaatatcttaatatt 674  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  45194872 tgagagctttaaatttgctttcattttgaagttaatgttaaagttgtttggtatcacaaacgagctttcaaaaatcttgcaaagaaaagatcttaatatt 45194971  T
Q  675 gttactgccatggaattaattaa 697  Q
    ||   ||||||||||||||||||    
T  45194972 gtgcttgccatggaattaattaa 45194994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0168 (Bit Score: 422; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0168
Description:

Target: scaffold0168; HSP #1
Raw Score: 422; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 697
Target Start/End: Original strand, 14530 - 15216
Alignment:
Q  10 atttattgctctacatcatgacaaagatactacttctgagacactaaagaatgctctttattgtattcttgatcgttacaagttatctatttcaaggata 109  Q
    |||| |||| ||| |||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  14530 atttcttgcactatatcatgtcaaagatactacttccgaggcactaaagaatgctctttatgatattcttgatcgttacacgttatctatttcaaggata 14629  T
Q  110 cgagggcaaggatatgatgaagcttcagatatgagaggtgaatttaatggtttgcaaggaaagattctagatgaaaatccttatgctttctatgtccatt 209  Q
    ||||||||||||||||| |  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  14630 cgagggcaaggatatgacggggcttcaaatatgagaggtgaatttaatggtttgcaaagaaagatcctagatgaaaacccttatgctttctatgtccatt 14729  T
Q  210 gttatgctcactgcttgcaattggtgattgtgtctgttggtagtagctgctcatctattaatgatttatttgagtacatctccttgattataacaacatc 309  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||||||    
T  14730 gttatgctcaccgcttgcaattggtgattgtgtccgttgctagtagttgctcatctattaatgatttctttgagtacatatccttaattgtaacaacatc 14829  T
Q  310 aagtgcatcttgcaagagaagagatgctttgatggagacataacacatagatattttgnnnnnnncttgagagtggtgagatatccacaggaaggggctt 409  Q
    |||||||||||| |||||||  |||||||||| ||||  | |||||  ||||||||||       ||   ||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  14830 aagtgcatcttgtaagagaatggatgctttgacggaggtacaacacgaagatattttg-agtaaactatcgagtggtgagatatctacaggaaggggttt 14928  T
Q  410 gaaccaatcatctactcttgctagacccagggataatagatggggttcgtatcatactatgttgcttcgtttggatcagatgtggtcctccttgttagtg 509  Q
    ||||||||||| || ||| ||||||||| |||||| ||||||||||||  |||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  14929 gaaccaatcatgtagtctcgctagacccggggatactagatggggttcacatcatattaccttgcttcgtttggatcagatgtggtcctccgtgttagtg 15028  T
Q  510 gtgcttagtatggttcatgaagatggacgtggaccatctcaagcggcgggtttgatagaaaaaatggagagctttaaatttgctttcattttgaagttaa 609  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  15029 gtgcttagtatggttgataaagatggacgtggaccatctcaagcagcgggtttgatagaaaaaatggagagctttaaatttgttttcattttgaagttaa 15128  T
Q  610 tgttaaagttgtttggtatcacaaacgagctttccaaaatcttgctaagaaaatatcttaatattgttactgccatggaattaattaa 697  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||   ||||||||| ||||||||    
T  15129 tgttaaagttgtttggtatcacaaacgagctttcaaaaatcttgcaaagaaaagatcttaatattgtgcttgccatggatttaattaa 15216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012 (Bit Score: 422; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 422; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 697
Target Start/End: Original strand, 195821 - 196507
Alignment:
Q  10 atttattgctctacatcatgacaaagatactacttctgagacactaaagaatgctctttattgtattcttgatcgttacaagttatctatttcaaggata 109  Q
    |||| |||| ||| |||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  195821 atttcttgcactatatcatgtcaaagatactacttccgaggcactaaagaatgctctttatgatattcttgatcgttacacgttatctatttcaaggata 195920  T
Q  110 cgagggcaaggatatgatgaagcttcagatatgagaggtgaatttaatggtttgcaaggaaagattctagatgaaaatccttatgctttctatgtccatt 209  Q
    ||||||||||||||||| |  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  195921 cgagggcaaggatatgacggggcttcaaatatgagaggtgaatttaatggtttgcaaagaaagatcctagatgaaaacccttatgctttctatgtccatt 196020  T
Q  210 gttatgctcactgcttgcaattggtgattgtgtctgttggtagtagctgctcatctattaatgatttatttgagtacatctccttgattataacaacatc 309  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||||||    
T  196021 gttatgctcaccgcttgcaattggtgattgtgtccgttgctagtagttgctcatctattaatgatttctttgagtacatatccttaattgtaacaacatc 196120  T
Q  310 aagtgcatcttgcaagagaagagatgctttgatggagacataacacatagatattttgnnnnnnncttgagagtggtgagatatccacaggaaggggctt 409  Q
    |||||||||||| |||||||  |||||||||| ||||  | |||||  ||||||||||       ||   ||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  196121 aagtgcatcttgtaagagaatggatgctttgacggaggtacaacacgaagatattttg-agtaaactatcgagtggtgagatatctacaggaaggggttt 196219  T
Q  410 gaaccaatcatctactcttgctagacccagggataatagatggggttcgtatcatactatgttgcttcgtttggatcagatgtggtcctccttgttagtg 509  Q
    ||||||||||| || ||| ||||||||| |||||| ||||||||||||  |||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  196220 gaaccaatcatgtagtctcgctagacccggggatactagatggggttcacatcatattaccttgcttcgtttggatcagatgtggtcctccgtgttagtg 196319  T
Q  510 gtgcttagtatggttcatgaagatggacgtggaccatctcaagcggcgggtttgatagaaaaaatggagagctttaaatttgctttcattttgaagttaa 609  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  196320 gtgcttagtatggttgataaagatggacgtggaccatctcaagcagcgggtttgatagaaaaaatggagagctttaaatttgttttcattttgaagttaa 196419  T
Q  610 tgttaaagttgtttggtatcacaaacgagctttccaaaatcttgctaagaaaatatcttaatattgttactgccatggaattaattaa 697  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||   ||||||||| ||||||||    
T  196420 tgttaaagttgtttggtatcacaaacgagctttcaaaaatcttgcaaagaaaagatcttaatattgtgcttgccatggatttaattaa 196507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 422; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 422; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 697
Target Start/End: Original strand, 22469441 - 22470127
Alignment:
Q  10 atttattgctctacatcatgacaaagatactacttctgagacactaaagaatgctctttattgtattcttgatcgttacaagttatctatttcaaggata 109  Q
    |||| |||| ||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |  ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  22469441 atttcttgcactatatcatgtcaaagatactacttctgaggcactaaagaatgctctttgtgatattcttgaccgttacacgttatctatttcaaggata 22469540  T
Q  110 cgagggcaaggatatgatgaagcttcagatatgagaggtgaatttaatggtttgcaaggaaagattctagatgaaaatccttatgctttctatgtccatt 209  Q
    |||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22469541 cgagggcaaggatatgatggggcttcaaatatgagaggtgaatttaatggtttgcaaagaaagatcctagatgaaaacccttatgctttctatgtccatt 22469640  T
Q  210 gttatgctcactgcttgcaattggtgattgtgtctgttggtagtagctgctcatctattaatgatttatttgagtacatctccttgattataacaacatc 309  Q
    | ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  22469641 gctatgctcaccgcttgcaattggtgattgtgtccgttgctagtagttgctcatctattaatgatttctttgagtacatatccttgattgtaacaacatc 22469740  T
Q  310 aagtgcatcttgcaagagaagagatgctttgatggagacataacacatagatattttgnnnnnnncttgagagtggtgagatatccacaggaaggggctt 409  Q
    |||| ||||||| |||||||| ||| |||||| |||| || |||||  ||||||||||       ||   ||||||||||||||| ||||||||||| |     
T  22469741 aagtacatcttgtaagagaagggattctttgacggaggcacaacacgaagatattttg-agtaaactatcgagtggtgagatatctacaggaaggggttc 22469839  T
Q  410 gaaccaatcatctactcttgctagacccagggataatagatggggttcgtatcatactatgttgcttcgtttggatcagatgtggtcctccttgttagtg 509  Q
    ||||||||||| || ||| ||||||||| |||||| ||||||||||||  |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  22469840 gaaccaatcatgtagtctcgctagacccggggatactagatggggttcacatcatactaccttgcttcgtttggatcagatgtggtcctccgtgttagtg 22469939  T
Q  510 gtgcttagtatggttcatgaagatggacgtggaccatctcaagcggcgggtttgatagaaaaaatggagagctttaaatttgctttcattttgaagttaa 609  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  22469940 gtgcttagtatggttgataaagatggacgtggaccatctcaagcagcgggtttgatagaaaaaatggagagctttaaatttgttttcattttgaagttaa 22470039  T
Q  610 tgttaaagttgtttggtatcacaaacgagctttccaaaatcttgctaagaaaatatcttaatattgttactgccatggaattaattaa 697  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||   ||||||||| ||||||||    
T  22470040 tgttaaagttgtttggtatcacaaacgagctttcaaaaatcttgcaaagaaaagatcttaatattgtgcttgccatggatttaattaa 22470127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 422; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 697
Target Start/End: Original strand, 34525068 - 34525754
Alignment:
Q  10 atttattgctctacatcatgacaaagatactacttctgagacactaaagaatgctctttattgtattcttgatcgttacaagttatctatttcaaggata 109  Q
    |||| |||| ||| |||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  34525068 atttcttgcactatatcatgtcaaagatactacttccgaggcactaaagaatgctctttatgatattcttgatcgttacacgttatctatttcaaggata 34525167  T
Q  110 cgagggcaaggatatgatgaagcttcagatatgagaggtgaatttaatggtttgcaaggaaagattctagatgaaaatccttatgctttctatgtccatt 209  Q
    ||||||||||||||||| |  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  34525168 cgagggcaaggatatgacggggcttcaaatatgagaggtgaatttaatggtttgcaaagaaagatcctagatgaaaacccttatgctttctatgtccatt 34525267  T
Q  210 gttatgctcactgcttgcaattggtgattgtgtctgttggtagtagctgctcatctattaatgatttatttgagtacatctccttgattataacaacatc 309  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||||||    
T  34525268 gttatgctcaccgcttgcaattggtgattgtgtccgttgctagtagttgctcatctattaatgatttctttgagtacatatccttaattgtaacaacatc 34525367  T
Q  310 aagtgcatcttgcaagagaagagatgctttgatggagacataacacatagatattttgnnnnnnncttgagagtggtgagatatccacaggaaggggctt 409  Q
    |||||||||||| |||||||  |||||||||| ||||  | |||||  ||||||||||       ||   ||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  34525368 aagtgcatcttgtaagagaatggatgctttgacggaggtacaacacgaagatattttg-agtaaactatcgagtggtgagatatctacaggaaggggttt 34525466  T
Q  410 gaaccaatcatctactcttgctagacccagggataatagatggggttcgtatcatactatgttgcttcgtttggatcagatgtggtcctccttgttagtg 509  Q
    ||||||||||| || ||| ||||||||| |||||| ||||||||||||  |||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  34525467 gaaccaatcatgtagtctcgctagacccggggatactagatggggttcacatcatattaccttgcttcgtttggatcagatgtggtcctccgtgttagtg 34525566  T
Q  510 gtgcttagtatggttcatgaagatggacgtggaccatctcaagcggcgggtttgatagaaaaaatggagagctttaaatttgctttcattttgaagttaa 609  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  34525567 gtgcttagtatggttgataaagatggacgtggaccatctcaagcagcgggtttgatagaaaaaatggagagctttaaatttgttttcattttgaagttaa 34525666  T
Q  610 tgttaaagttgtttggtatcacaaacgagctttccaaaatcttgctaagaaaatatcttaatattgttactgccatggaattaattaa 697  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||   ||||||||| ||||||||    
T  34525667 tgttaaagttgtttggtatcacaaacgagctttcaaaaatcttgcaaagaaaagatcttaatattgtgcttgccatggatttaattaa 34525754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 399; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 697
Target Start/End: Original strand, 22463387 - 22464072
Alignment:
Q  10 atttattgctctacatcatgacaaagatactacttctgagacactaaagaatgctctttattgtattcttgatcgttacaagttatctatttcaaggata 109  Q
    |||| |||| ||| |||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  22463387 attttttgcactatatcatgtcaaagatactacttccgaggcactaaagaatgctctttatgatattcttgatcgttacacgttatctatttcaaggata 22463486  T
Q  110 cgagggcaaggatatgatgaagcttcagatatgagaggtgaatttaatggtttgcaaggaaagattctagatgaaaatccttatgctttctatgtccatt 209  Q
    |||||||||||||||||||  |||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22463487 cgagggcaaggatatgatggggcttcaaatatgggaggtgaatttaatggtttacaaagaaagatcctagatgaaaacccttatgctttctatgtccatt 22463586  T
Q  210 gttatgctcactgcttgcaattggtgattgtgtctgttggtagtagctgctcatctattaatgatttatttgagtacatctccttgattataacaacatc 309  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||||||    
T  22463587 gttatgctcaccgcttgaaattggtgattgtgtctgttgctagtagttgttcatctattaatgatttctttgagtacatatccttaattgtaacaacatc 22463686  T
Q  310 aagtgcatcttgcaagagaagagatgctttgatggagacataacacatagatattttgnnnnnnncttgagagtggtgagatatccacaggaaggggctt 409  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||||| |||| || |||||  |||||||||        ||   ||||||||||||||| ||| ||||||| |     
T  22463687 aagtgcatcttgtaagagaagggatgctttgacggaggcacaacacgaagatatttt-tagtaaactatcgagtggtgagatatctacaagaaggggttc 22463785  T
Q  410 gaaccaatcatctactcttgctagacccagggataatagatggggttcgtatcatactatgttgcttcgtttggatcagatgtggtcctccttgttagtg 509  Q
    ||||||||||| || ||| ||||||||| |||||| ||||||| ||||  |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  22463786 gaaccaatcatgtagtctcgctagacccggggatactagatggagttcacatcatactaccttgcttcgtttggatcagatgtggtcctccgtgttagtg 22463885  T
Q  510 gtgcttagtatggttcatgaagatggacgtggaccatctcaagcggcgggtttgatagaaaaaatggagagctttaaatttgctttcattttgaagttaa 609  Q
    |||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  22463886 gtgctt-gtatggttgataaagatggacgtggaccatctcaagcagctggtttgatagaaaaaatggagagctttaaatttgttttcattttgaagttaa 22463984  T
Q  610 tgttaaagttgtttggtatcacaaacgagctttccaaaatcttgctaagaaaatatcttaatattgttactgccatggaattaattaa 697  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||   ||||||||| ||||||||    
T  22463985 tgttaaagttgtttggtatcacaaacgagctttcaaaaatcttgcaaagaaaagatcttaatattgtgcttgccatggatttaattaa 22464072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 10 - 288
Target Start/End: Original strand, 22475662 - 22475940
Alignment:
Q  10 atttattgctctacatcatgacaaagatactacttctgagacactaaagaatgctctttattgtattcttgatcgttacaagttatctatttcaaggata 109  Q
    |||| |||| ||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |  ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  22475662 atttcttgcactatatcatgtcaaagatactacttctgaggcactaaagaatgctctttgtgatattcttgaccgttacacgttatctatttcaaggata 22475761  T
Q  110 cgagggcaaggatatgatgaagcttcagatatgagaggtgaatttaatggtttgcaaggaaagattctagatgaaaatccttatgctttctatgtccatt 209  Q
    |||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22475762 cgagggcaaggatatgatggggcttcaaatatgagaggtgaatttaatggtttgcaaagaaagatcctagatgaaaacccttatgctttctatgtccatt 22475861  T
Q  210 gttatgctcactgcttgcaattggtgattgtgtctgttggtagtagctgctcatctattaatgatttatttgagtacat 288  Q
    | ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  22475862 gctatgctcaccgcttgcaattggtgattgtgtccgttgctagtagttgctcatctattaatgatttctttgagtacat 22475940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 10 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 35650595 - 35650484
Alignment:
Q  10 atttattgctctacatcatgacaaagatactacttctgagacactaaagaatgctctttattgtattcttgatcgttacaagttatctatttcaaggata 109  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35650595 atttcttgctctacatcatgtcaaagatactacttccgaggcactaaagaatgctctttatggtagtcttgatcgttacaagttatctatttcaaggata 35650496  T
Q  110 cgagggcaagga 121  Q
    ||||| ||||||    
T  35650495 cgaggacaagga 35650484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 414; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 414; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 697
Target Start/End: Complemental strand, 21975247 - 21974561
Alignment:
Q  10 atttattgctctacatcatgacaaagatactacttctgagacactaaagaatgctctttattgtattcttgatcgttacaagttatctatttcaaggata 109  Q
    |||| |||| ||| |||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  21975247 attttttgcactatatcatgtcaaagatactacttttgaggcactaaagaatgctctttatgatattcttgatcgttacacgttatctatttcaaggata 21975148  T
Q  110 cgagggcaaggatatgatgaagcttcagatatgagaggtgaatttaatggtttgcaaggaaagattctagatgaaaatccttatgctttctatgtccatt 209  Q
    ||||||||||||||||| |  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  21975147 cgagggcaaggatatgacggggcttcaaatatgagaggtgaatttaatggtttgcaaagaaagatcctagatgaaaacccttatgctttctatgtccatt 21975048  T
Q  210 gttatgctcactgcttgcaattggtgattgtgtctgttggtagtagctgctcatctattaatgatttatttgagtacatctccttgattataacaacatc 309  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||||||    
T  21975047 gttatgctcaccgcttgcaattggtgattgtgtccgttgctagtagttgctcatctattaatgatttctttgagtacatatccttaattgtaacaacatc 21974948  T
Q  310 aagtgcatcttgcaagagaagagatgctttgatggagacataacacatagatattttgnnnnnnncttgagagtggtgagatatccacaggaaggggctt 409  Q
    |||||||||||| |||||||  |||||||||| ||||  | |||||  ||||||||||       ||   ||||||||||||||| ||| ||||||| ||    
T  21974947 aagtgcatcttgtaagagaatggatgctttgacggaggtacaacacgaagatattttg-agtaaactatcgagtggtgagatatctacatgaaggggttt 21974849  T
Q  410 gaaccaatcatctactcttgctagacccagggataatagatggggttcgtatcatactatgttgcttcgtttggatcagatgtggtcctccttgttagtg 509  Q
    ||||||||||| || ||| ||||||||| |||||| ||||||||||||  |||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  21974848 gaaccaatcatgtagtctcgctagacccggggatactagatggggttcacatcatattaccttgcttcgtttggatcagatgtggtcctccgtgttagtg 21974749  T
Q  510 gtgcttagtatggttcatgaagatggacgtggaccatctcaagcggcgggtttgatagaaaaaatggagagctttaaatttgctttcattttgaagttaa 609  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  21974748 gtgcttagtatggttgataaagatggacgttgaccatctcaagcagcgggtttgatagaaaaaatggagagctttaaatttgttttcattttgaagttaa 21974649  T
Q  610 tgttaaagttgtttggtatcacaaacgagctttccaaaatcttgctaagaaaatatcttaatattgttactgccatggaattaattaa 697  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||   ||||||||| ||||||||    
T  21974648 tgttaaagttgtttggtatcacaaacgagctttcaaaaatcttgcaaagaaaagatcttaatattgtgcttgccatggatttaattaa 21974561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 390; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 390; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 697
Target Start/End: Complemental strand, 26542105 - 26541428
Alignment:
Q  10 atttattgctctacatcatgacaaagatactacttctgagacactaaagaatgctctttattgtattcttgatcgttacaagttatctatttcaaggata 109  Q
    |||| |||| ||| |||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||         |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  26542105 atttcttgcactatatcatgtcaaagatactacttccgaggcactaaagaatgct---------attcttgatcgttacacgttatctatttcaaggata 26542015  T
Q  110 cgagggcaaggatatgatgaagcttcagatatgagaggtgaatttaatggtttgcaaggaaagattctagatgaaaatccttatgctttctatgtccatt 209  Q
    ||||||||||||||||| |  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  26542014 cgagggcaaggatatgacggggcttcaaatatgagaggtgaatttaatggtttgcaaagaaagatcctagatgaaaacccttatactttctatgtccatt 26541915  T
Q  210 gttatgctcactgcttgcaattggtgattgtgtctgttggtagtagctgctcatctattaatgatttatttgagtacatctccttgattataacaacatc 309  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||||||    
T  26541914 gttatgctcaccgcttgcaattggtgattgtgtccgttgctagtagtttctcatctattaatgatttctttgagtacatatccttaattgtaacaacatc 26541815  T
Q  310 aagtgcatcttgcaagagaagagatgctttgatggagacataacacatagatattttgnnnnnnncttgagagtggtgagatatccacaggaaggggctt 409  Q
    |||||||||||| |||||||  |||||||||| ||||  | |||||  ||||||||||       ||   ||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  26541814 aagtgcatcttgtaagagaatggatgctttgacggaggtacaacacgaagatattttgagtaaa-ctatcgagtggtgagatatctacaggaaggggttt 26541716  T
Q  410 gaaccaatcatctactcttgctagacccagggataatagatggggttcgtatcatactatgttgcttcgtttggatcagatgtggtcctccttgttagtg 509  Q
    ||||||||||| || ||| ||||||||| |||||| ||||||||||||  |||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  26541715 gaaccaatcatgtagtctcgctagacccggggatactagatggggttcacatcatattaccttgcttcgtttggatcagatgtggtcctccgtgttagtg 26541616  T
Q  510 gtgcttagtatggttcatgaagatggacgtggaccatctcaagcggcgggtttgatagaaaaaatggagagctttaaatttgctttcattttgaagttaa 609  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  26541615 gtgcttagtatggttgataaagatggacgtggaccatctcaagcagcgggtttgatagaaaaaatggagagctttaaatttgttttcattttgaagttaa 26541516  T
Q  610 tgttaaagttgtttggtatcacaaacgagctttccaaaatcttgctaagaaaatatcttaatattgttactgccatggaattaattaa 697  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||   ||||||||| ||||||||    
T  26541515 tgttaaagttgtttggtatcacaaacgagctttcaaaaatcttgcaaagaaaagatcttaatattgtgcttgccatggatttaattaa 26541428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 71; Significance: 9e-32; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 9e-32
Query Start/End: Original strand, 10 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 22256724 - 22256614
Alignment:
Q  10 atttattgctctacatcatgacaaagatactacttctgagacactaaagaatgctctttattgtattcttgatcgttacaagttatctatttcaaggata 109  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||  ||| |||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  22256724 atttcttgctctacatcatgtcaaagatactactttcgaggcactaaagaatgctatttatgatattcttgatcgttacaagttatctattttgaggata 22256625  T
Q  110 cgagggcaagg 120  Q
    |||||||||||    
T  22256624 cgagggcaagg 22256614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University