View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2813R-Insertion-2 (Length: 940)

Name: NF2813R-Insertion-2
Description: NF2813R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2813R-Insertion-2
NF2813R-Insertion-2
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (9-927)||(25322544-25323482)
chr5 (9-883)||(25258754-25259642)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (237-289)||(33137249-33137301)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 732; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 732; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 927
Target Start/End: Original strand, 25322544 - 25323482
Alignment:
Q  9 cttaactcctctaccgatgccctcgcgtgcctaaattcgtacaacaacatccccggctctgcttcgctcatctctgcggccactctttgctgcaacctcg 108  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25322544 cttagctcctctaccgatgccctcgcgtgcctaaattcgtacaacaacatccccggctctgcttcgctcatctctgcggccactctttgctgcaacctcg 25322643  T
Q  109 cggctgacatcattagccccgacccatgaaacatccaaccctcgtaccttgcaactgtgtctgatgttactggacagcggtaaaccaaaccatttaacaa 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  25322644 cggctgacatcattagccccgacccatgaaacatccaaccctcgtaccttgcaactgtgtctgatgttactggacaacggtaaaccaaaccatgtaacaa 25322743  T
Q  209 gattgtgagcagcattgaactaatgttcctcattgcgtataaaactcctctgaacccgtcgaaaccgtttagctttgattcgacggatactctttcgtcg 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25322744 gattgtgagcagcattgaactaatgttcctcattgcgtataaaactcctctgaacccgttgaaaccgtttagctttgattcgacggatactctttcgtcg 25322843  T
Q  309 aaacacagagaaagtagttggactcttgtttccatcaatgaacggttttcttcttccaatcccatagcttctcttcgacaccgtgatatgcccctaagaa 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25322844 aaacacagagaaagtagttggactcttgtttccatcaatgcacggttttcttcttccaatcccatagcttctcttcgacaccgtgatatgcccctaagaa 25322943  T
Q  409 cctgaaaaacaaaagaaacttcagaactttgaatagtttccaacagggtac--------aaacnnnnnnncgaatgatacttttaatactgtgagtttat 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||       ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25322944 cctgaaaaacaaaagaaacttcagaactttgaatagtttccaacagggtacaaaccaaaaaacaaaaaaacgaatgatacttttaatactgtgagtttat 25323043  T
Q  501 tcaaaatattagattctaataacaactaaattccaaagtcctttagaaaccatatctaatttaacattg---nnnnnnntcatgttttattttgaaaaaa 597  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||          ||| |||||||||||||||||    
T  25323044 tcaaaatattagattctaataacaactaaattccaaagtcctttagaaactatatctaatttaacattgaaaaaaattatcaagttttattttgaaaaaa 25323143  T
Q  598 tcaagatacaattctagttaacagttcctcttcgttaagtatggtctagtataattttgatcgttgtaataatctcgatggggtcaaacaacgatcagaa 697  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25323144 tcaagatacaattctagttaatagttcctctttgttaagtatggtctagtataattttgatcgttgtaataatctcgatggggtcaaacaacgatcagaa 25323243  T
Q  698 tcatgctagaccaacatt-aaaactgaggtctgaggacttgaatttgaattcttaatcatctaagagtctgtttgatggtcaggataagatagagaaatt 796  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25323244 tcatgctagaccaacattaaaaactgaggtctgaggacttgaatttgaattcttaatcatctaagagtctgtttgatggtcaggataagatagagaaatt 25323343  T
Q  797 aacctggcgccagagttgtggagtaaaacgagcgtgagagtcgaagaagttagtgatg-tgatcccggctgagtaataa-catcaaag-cagaaata-ca 892  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| || ||||||||| |||||||| | |||||| ||    
T  25323344 aacctggcgccagagttgtggagtgaaacgagcgtgagagtcgaagaagttagtgacgttgatcccagccgagtaataaccatcaaagccggaaatacca 25323443  T
Q  893 gactta--gaggtgacatgtt--ccaaagcttagagctt 927  Q
    ||||||   ||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  25323444 gacttaagaaggtgacatgtttcccaaagcttagagctt 25323482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 728; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 883
Target Start/End: Original strand, 25258754 - 25259642
Alignment:
Q  9 cttaactcctctaccgatgccctcgcgtgcctaaattcgtacaacaacatccccggctctgcttcgctcatctctgcggccactctttgctgcaacctcg 108  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25258754 cttagctcctctaccgatgccctcgcgtgcctaaattcgtacaacaacatccccggctctgcttcgctcatctctgcggccactctttgctgcaacctcg 25258853  T
Q  109 cggctgacatcattagccccgacccatgaaacatccaaccctcgtaccttgcaactgtgtctgatgttactggacagcggtaaaccaaaccatttaacaa 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  25258854 cggctgacatcattagccccgacccatgaaacatccaaccctcgtaccttgcaactgtgtctgatgttactggacaacggtaaaccaaaccatgtaacaa 25258953  T
Q  209 gattgtgagcagcattgaactaatgttcctcattgcgtataaaactcctctgaacccgtcgaaaccgtttagctttgattcgacggatactctttcgtcg 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25258954 gattgtgagcagcattgaactaatgttcctcattgcgtataaaactcctctgaacccgttgaaaccgtttagctttgattcgacggatactctttcgtcg 25259053  T
Q  309 aaacacagagaaagtagttggactcttgtttccatcaatgaacggttttcttcttccaatcccatagcttctcttcgacaccgtgatatgcccctaagaa 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25259054 aaacacagagaaagtagttggactcttgtttccatcaatgcacggttttcttcttccaatcccatagcttctcttcgacaccgtgatatgcccctaagaa 25259153  T
Q  409 cctgaaaaacaaaagaaacttcagaactttgaatagtttccaacagggtac--------aaacnnnnnnncgaatgatacttttaatactgtgagtttat 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||       ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25259154 cctgaaaaacaaaagaaacttcagaactttgaatagtttccaacagggtacaaaccaaaaaacaaaaaaacgaatgatacttttaatactgtgagtttat 25259253  T
Q  501 tcaaaatattagattctaataacaactaaattccaaagtcctttagaaaccatatctaatttaacattg---nnnnnnntcatgttttattttgaaaaaa 597  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||          ||| |||||||||||||||||    
T  25259254 tcaaaatattagattctaataacaactaaattccaaagtcctttagaaactatatctaatttaacattgaaaaaaattatcaagttttattttgaaaaaa 25259353  T
Q  598 tcaagatacaattctagttaacagttcctcttcgttaagtatggtctagtataattttgatcgttgtaataatctcgatggggtcaaacaacgatcagaa 697  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25259354 tcaagatacaattctagttaatagttcctctttgttaagtatggtctagtataattttgatcgttgtaataatctcgatggggtcaaacaacgatcagaa 25259453  T
Q  698 tcatgctagaccaacatt-aaaactgaggtctgaggacttgaatttgaattcttaatcatctaagagtctgtttgatggtcaggataagatagagaaatt 796  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25259454 tcatgctagaccaacattaaaaactgaggtctgaggacttgaatttgaattcttaatcatctaagagtctgtttgatggtcaggataagatagagaaatt 25259553  T
Q  797 aacctggcgccagagttgtggagtaaaacgagcgtgagagtcgaagaagttagtgatg-tgatcccggctgagtaataa-catcaaagc 883  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| || ||||||||| |||||||||    
T  25259554 aacctggcgccagagttgtggagtgaaacgagcgtgagagtcgaagaagttagtgacgttgatcccagccgagtaataaccatcaaagc 25259642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000002; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 237 - 289
Target Start/End: Original strand, 33137249 - 33137301
Alignment:
Q  237 ctcattgcgtataaaactcctctgaacccgtcgaaaccgtttagctttgattc 289  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||| ||||||||    
T  33137249 ctcattgcgtataaaacacctctgaaaccgttgaaaccgtttagttttgattc 33137301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University