View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2814_low_18 (Length: 337)

Name: NF2814_low_18
Description: NF2814
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2814_low_18
NF2814_low_18
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (13-321)||(8756278-8756586)
chr1 (16-321)||(8748727-8749032)
chr1 (16-321)||(8766297-8766602)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 301; Significance: 1e-169; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 13 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 8756586 - 8756278
Alignment:
Q  13 aatatcacaacttgctttcttatactcttctctatgcctaatctccattggagctggtggtgtaagagcctcttccttagcctttggcattgaccaacta 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8756586 aatatcacaacttgctttcttatactcttctctatgcctaatctccattggagctggtggtgtaagagcctcttccttagcctttggcattgaccaacta 8756487  T
Q  113 gacaaggaaaaagatgcaggaatcatagagggctactttaattggagctatgctttaacagcagctgcagttttaattggaacgaccatcttggcataca 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  8756486 gacaaggaaaaagatgcaggaatcatagagggctactttaattggagctatgctttaacagcagctgcagttttaattggaacgaccatcttggcgtaca 8756387  T
Q  213 ttcaagaaaattttggttggattattggatttggtgtccctgttgtcttcatgttcatatctatggtgtctttcttcttagcttcttcactctatgttaa 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  8756386 ttcaagaaaattttggttggattattggatttggtgtccctgttgtcttcatgttcatatctatggtgtctttgttcttagcttcttcactctatgttaa 8756287  T
Q  313 ggttgaacc 321  Q
    |||||||||    
T  8756286 ggttgaacc 8756278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 238; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 16 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 8749032 - 8748727
Alignment:
Q  16 atcacaacttgctttcttatactcttctctatgcctaatctccattggagctggtggtgtaagagcctcttccttagcctttggcattgaccaactagac 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  8749032 atcacaacttgctttcttatactcttctctatgcctaatcgccattggagctggtggtgtaagagcttcttccttaccctttggcattgaccaactagac 8748933  T
Q  116 aaggaaaaagatgcaggaatcatagagggctactttaattggagctatgctttaacagcagctgcagttttaattggaacgaccatcttggcatacattc 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  8748932 aaggaaaaagatgcaggaatcatagagggctactttaattggacctatgctttagcaacagctgcagttttaattggaacgaccattttggcatatattc 8748833  T
Q  216 aagaaaattttggttggattattggatttggtgtccctgttgtcttcatgttcatatctatggtgtctttcttcttagcttcttcactctatgttaaggt 315  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||| |||||    
T  8748832 aagaaaattttggttggattgttggatttggtttacctgttgtgttcatgttcatatctatggtatctttctttctagcttcttcactctatgtcaaggt 8748733  T
Q  316 tgaacc 321  Q
     |||||    
T  8748732 ggaacc 8748727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 16 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 8766602 - 8766297
Alignment:
Q  16 atcacaacttgctttcttatactcttctctatgcctaatctccattggagctggtggtgtaagagcctcttccttagcctttggcattgaccaactagac 115  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| |||||| ||    
T  8766602 atcacagcttgctttcttatactcttctctatgcttaatctccattggagctggtggtgtaagagcttcctctttagcctttggcattgatcaactaaac 8766503  T
Q  116 aaggaaaaagatgcaggaatcatagagggctactttaattggagctatgctttaacagcagctgcagttttaattggaacgaccatcttggcatacattc 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||| ||||| |||| | |||||||| ||||    
T  8766502 aaggaaaaagatgcaggaatcatagagggctactttaattggacctatgctttaacagcagctgcagtcctaactggaatgaccgttttggcatatattc 8766403  T
Q  216 aagaaaattttggttggattattggatttggtgtccctgttgtcttcatgttcatatctatggtgtctttcttcttagcttcttcactctatgttaaggt 315  Q
    |||||| ||||||||||||  ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  8766402 aagaaatttttggttggatggttggatttggtgtacctgttgtgttcatgttcatatctatggtgtctttctttttaggttcttcactctatgttaaggt 8766303  T
Q  316 tgaacc 321  Q
     |||||    
T  8766302 ggaacc 8766297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University