View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2816_low_7 (Length: 567)

Name: NF2816_low_7
Description: NF2816
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2816_low_7
NF2816_low_7
[»] chr1 (13 HSPs)
chr1 (5-550)||(15016750-15017296)
chr1 (1-550)||(15001742-15002292)
chr1 (5-549)||(15010636-15011181)
chr1 (5-549)||(15032094-15032639)
chr1 (5-549)||(15036656-15037201)
chr1 (66-549)||(15024753-15025237)
chr1 (5-529)||(14522555-14523080)
chr1 (1-550)||(14467438-14467988)
chr1 (1-522)||(14503645-14504167)
chr1 (3-550)||(14532674-14533222)
chr1 (1-304)||(14481866-14482170)
chr1 (144-366)||(15040578-15040801)
chr1 (40-123)||(15040807-15040890)
[»] scaffold0400 (2 HSPs)
scaffold0400 (1-550)||(12414-12964)
scaffold0400 (5-479)||(6197-6672)
[»] scaffold0365 (2 HSPs)
scaffold0365 (1-550)||(13057-13607)
scaffold0365 (5-479)||(6841-7316)
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (48-199)||(16102867-16103018)
chr7 (48-250)||(14605834-14606036)
chr7 (48-250)||(16025011-16025213)
chr7 (48-223)||(16172520-16172695)
chr7 (447-511)||(16024755-16024819)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 499; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 499; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 15017296 - 15016750
Alignment:
Q  5 tgcttcacttggagctcttttgaaagctgtaatgcttggaatcggaccctccaactggttgtaagatatatcaacagttgtcaagcttaacatatcaaca 104  Q
    ||||||| |||||||||||  ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15017296 tgcttcaattggagctcttccgaaagctgtaatgtttggagtcggaccctccaactggttgtaagatacatcaacagttgtcaagcttaacatatcaaca 15017197  T
Q  105 aagcttgagggaatggtaccagagagattgttatgtgagagattcaatgtttctaagtgatttaactggccaagcattgctggtatggttccattcatag 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15017196 aagcttgagggaatggtaccagagagattgttatgtgagagattcaatgtttctaagtgatttaactggccaagcattgctggtatggttccattcatag 15017097  T
Q  205 aattcccactaagatcaagattttcaataacattcaattggccaaact-aacaggaatgttcccctcaaacttattttggctcaaatttaactgcaataa 303  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  15017096 aattcccactaagatcaagattttcaataacattcaattggccaaactcaacaggaatgttcccctcaaacttattttggctcaaatttaacttcaataa 15016997  T
Q  304 cctagacaacataccaagtttttcagggatgaagccactgaaattatttgttgcaagctccaatgcagttaattcgtgcaatgattcaatttgctcaggg 403  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  15016996 cctagacaacataccaagtttttcagggatgaagccactgaaattatttgctgcaagctccaatgcagttaattcgtgcaatgattcaatttgttcagga 15016897  T
Q  404 acttctccagaaagatgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttctagctcctttggaattttccccgtaagatggtttgaagaca 503  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15016896 acttctccagaaagatgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttctagctcctttggaattttccccgtaagatggtttgaagaca 15016797  T
Q  504 agttaagttcatgtaaatttgttgctctgcctagttctggtggtatg 550  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15016796 agttaagttcatgtaaatttgttgctctgcctagttctggtggtatg 15016750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 443; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 15002292 - 15001742
Alignment:
Q  1 tcagtgcttcacttggagctcttttgaaagctgtaatgcttggaatcggaccctccaactggttgtaagatatatcaacagttgtcaagcttaacatatc 100  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15002292 tcagtgcttcaattggagctctttcgaaagctgtaatgtttggagtcggaccctccaactggttgtaagatatatcaacagttgtcaagcttaacatatc 15002193  T
Q  101 aacaaagcttgagggaatggtaccagagagattgttatgtgagagattcaatgtttctaagtgatttaactggccaagcattgctggtatggttccattc 200  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15002192 aacaaagctttagggaatggtaccagagagattgttatgtgagagattcaatgtttctaagtgatttaactggccaagcattgctggtatggttccattc 15002093  T
Q  201 atagaattcccactaagatcaagattttcaataacattcaattggccaaact-aacaggaatgttcccctcaaacttattttggctcaaatttaactgca 299  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15002092 atagaattcccactaagatcaaggttttcaataacattcaattggccaaactcaacaggaatgttcccctcaaacttattttggctcaaatttaactgca 15001993  T
Q  300 ataacctagacaacataccaagtttttcagggatgaagccactgaaattatttgttgcaagctccaatgcagttaattcgtgcaatgattcaatttgctc 399  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||| |||||||  |    
T  15001992 ataacatagacaacataccaagtttttcagggatgaatccactcaaattatttgttgcaagctccaatgcagttagttgatgcaatgatgcaatttgtac 15001893  T
Q  400 agggacttctccagaaagatgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttctagctcctttggaattttccccgtaagatggtttgaa 499  Q
     || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | | | ||||||||||||    
T  15001892 tggaacttctccataaagatgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttctaactcctttggaatttttcgcattagatggtttgaa 15001793  T
Q  500 gacaagttaagttcatgtaaatttgttgctctgcctagttctggtggtatg 550  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15001792 gacaagttaagctcctgtaaatttgttgctctgcctagttctggtggtatg 15001742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 430; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 549
Target Start/End: Complemental strand, 15011181 - 15010636
Alignment:
Q  5 tgcttcacttggagctcttttgaaagctgtaatgcttggaatcggaccctccaactggttgtaagatatatcaacagttgtcaagcttaacatatcaaca 104  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15011181 tgcttcaattggagctcttttgaaagctgtaacatttggaatcggaccctccaattggttgtaagatatatcaacagttgtcaagcttaacatatcaaca 15011082  T
Q  105 aagcttgagggaatggtaccagagagattgttatgtgagagattcaatgtttctaagtgatttaactggccaagcattgctggtatggttccattcatag 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15011081 aagcttgagggaatggtaccagagagattgttatgtgagagattcaatgtttctaagtgatttaactggccaagcattgctggtatggttccattcatag 15010982  T
Q  205 aattcccactaagatcaagattttcaataacattcaattggccaaact-aacaggaatgttcccctcaaacttattttggctcaaatttaactgcaataa 303  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15010981 aattcccactaagatcaagattttcaataacattcaattggccaaactcaacaggaatgttcccctcaaacttattttggctcaaatttaactgcaataa 15010882  T
Q  304 cctagacaacataccaagtttttcagggatgaagccactgaaattatttgttgcaagctccaatgcagttaattcgtgcaatgattcaatttgctcaggg 403  Q
    | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||  ||||||||| |||||||  ||||     
T  15010881 catagacaacataccaagttttttagggatgaagccactcaaattatttattgcaagctccaatgcagttagttgatgcaatgatgcaatttgtacagga 15010782  T
Q  404 acttctccagaaagatgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttctagctcctttggaattttccccgtaagatggtttgaagaca 503  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||    
T  15010781 acttctccagaaagatgattgttacttaaggagagtttgaacaacaaagataagtattctaactcctttggaatttttcccattagatggtttgaagaca 15010682  T
Q  504 agttaagttcatgtaaatttgttgctctgcctagttctggtggtat 549  Q
    ||||||| || |||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  15010681 agttaagctcctgtaaatttgttgcacttcctagttctggtggtat 15010636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 426; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 549
Target Start/End: Complemental strand, 15032639 - 15032094
Alignment:
Q  5 tgcttcacttggagctcttttgaaagctgtaatgcttggaatcggaccctccaactggttgtaagatatatcaacagttgtcaagcttaacatatcaaca 104  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15032639 tgcttcaattggagcttttttgaaagctgtaatgtttggaattggaccctccaactggttgtaagatatatcaacagttgtcaagcttaacatatcaaca 15032540  T
Q  105 aagcttgagggaatggtaccagagagattgttatgtgagagattcaatgtttctaagtgatttaactggccaagcattgctggtatggttccattcatag 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||     
T  15032539 aagcttgagggaatggtaccagagagattgttatgtgagagattcaatgtttctaagcgatttaactgcccaagcattgatggtatggttccattcataa 15032440  T
Q  205 aattcccactaagatcaagattttcaataacattcaattggccaaactaa-caggaatgttcccctcaaacttattttggctcaaatttaactgcaataa 303  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15032439 aattcccactaagatcaagattttcaataacattcaattgggcaaactcagcaggaatgttcccctcaaacttattttggctcaaatttaactgcaataa 15032340  T
Q  304 cctagacaacataccaagtttttcagggatgaagccactgaaattatttgttgcaagctccaatgcagttaattcgtgcaatgattcaatttgctcaggg 403  Q
    |||||| ||| |||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||  ||||     
T  15032339 cctagataacctaccaagtcttttagggatgaagccactcaaattatttgttgcaagctccaatgcagttagctcgtgcaatgatgcaatttgtacagga 15032240  T
Q  404 acttctccagaaagatgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttctagctcctttggaattttccccgtaagatggtttgaagaca 503  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  15032239 acttctccagaaaggtgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttctagctcctttggaatttttcccgttagatggtttgaagaca 15032140  T
Q  504 agttaagttcatgtaaatttgttgctctgcctagttctggtggtat 549  Q
    ||||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  15032139 agttaagctcctgtaaatttgttgcgctgcctagctctggtggtat 15032094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 426; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 549
Target Start/End: Complemental strand, 15037201 - 15036656
Alignment:
Q  5 tgcttcacttggagctcttttgaaagctgtaatgcttggaatcggaccctccaactggttgtaagatatatcaacagttgtcaagcttaacatatcaaca 104  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15037201 tgcttcaattggagctcttttgaaagctgtaatgtttggaatcggaccctccaactggttgtaagatatatcaacagttgtcaagcttaacatatcaaca 15037102  T
Q  105 aagcttgagggaatggtaccagagagattgttatgtgagagattcaatgtttctaagtgatttaactggccaagcattgctggtatggttccattcatag 204  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15037101 aagcttaagggaatggtaccagagagattgttatgtgagagattcaatgtttctaagtgatttaactggccaagcattgctggtatggttccattcatag 15037002  T
Q  205 aattcccactaagatcaagattttcaataacattcaattggccaaact-aacaggaatgttcccctcaaacttattttggctcaaatttaactgcaataa 303  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  15037001 aattcccactaagatcaaggttttcaataacattcaattggccaaactcaacaggaatgttcccctcaagcttattatggctcaaattcaactgcaataa 15036902  T
Q  304 cctagacaacataccaagtttttcagggatgaagccactgaaattatttgttgcaagctccaatgcagttaattcgtgcaatgattcaatttgctcaggg 403  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||| |||||||  ||||     
T  15036901 cctagacaacataccaagtttttccaggatgaagccacttaagttatttgttgcaagctccaatgcagttagttgatgcaatgatgcaatttgtacagga 15036802  T
Q  404 acttctccagaaagatgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttctagctcctttggaattttccccgtaagatggtttgaagaca 503  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | || |||||||||||||||||| ||| | |||| |||||||||||    
T  15036801 acttctccagaaagatgattgttacttaacgagagtttgaacaacaaagataaatattttagctcctttggaatttttcccattagatcgtttgaagaca 15036702  T
Q  504 agttaagttcatgtaaatttgttgctctgcctagttctggtggtat 549  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15036701 agttaagctcctgtaaatttgttgctctgcctagttctggtggtat 15036656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 381; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 66 - 549
Target Start/End: Complemental strand, 15025237 - 15024753
Alignment:
Q  66 taagatatatcaacagttgtcaagcttaacatatcaacaaagcttgagggaatggtaccagagagattgttatgtgagagattcaatgtttctaagtgat 165  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  15025237 taagatatatcaacagttgtcaagcttaacatatcaacaaagcttgagggaatggtaccagagagattgttatgtgagagattcaatgtttctaagcgat 15025138  T
Q  166 ttaactggccaagcattgctggtatggttccattcatagaattcccactaagatcaagattttcaataacattcaattggccaaactaa-caggaatgtt 264  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||    
T  15025137 ttaactgcccaagcattgatggtatggttccattcataaaattcccactaagatcaagattttcaataacattcaattgggcaaactcagcaggaatgtt 15025038  T
Q  265 cccctcaaacttattttggctcaaatttaactgcaataacctagacaacataccaagtttttcagggatgaagccactgaaattatttgttgcaagctcc 364  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  15025037 cccctcaaacttattttggctcaaatttaactgcaataacctagataacctaccaagtcttttagggatgaagccactcaaattatttgttgcaagctcc 15024938  T
Q  365 aatgcagttaattcgtgcaatgattcaatttgctcagggacttctccagaaagatgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttcta 464  Q
    ||||||||||  |||||||||||| |||||||  |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15024937 aatgcagttagctcgtgcaatgatgcaatttgtacaggaacttctccagaaaggtgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttcta 15024838  T
Q  465 gctcctttggaattttccccgtaagatggtttgaagacaagttaagttcatgtaaatttgttgctctgcctagttctggtggtat 549  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  15024837 gctcctttggaatttttcccgttagatggtttgaagacaagttaagctcctgtaaatttgttgcgctgcctagctctggtggtat 15024753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 5 - 529
Target Start/End: Original strand, 14522555 - 14523080
Alignment:
Q  5 tgcttcacttggagctcttttgaaagctgtaatgcttggaatcggaccctccaactggttgtaagatatatcaacagttgtcaagcttaacatatcaaca 104  Q
    |||||||  ||||||||||| ||| ||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |    
T  14522555 tgcttcaactggagctctttggaatgctgtaatgtttggaattggaccctccaaccggttgtaagatatatcaacagttgtcaaacttaacatatcaaaa 14522654  T
Q  105 aagcttgagggaatggtaccagagagattgttatgtgagagattcaatgtttctaagtgatttaactggccaagcattgctggtatggttccattcatag 204  Q
    |||||| |||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |     
T  14522655 aagcttaagggaatgttaccatagagattattatgtgagagattcaatgtttctaagcgatttaactgtccaagcattgttggtatggttccattcaaaa 14522754  T
Q  205 aattcccactaagatcaagattttcaataacattcaattggccaaact-aacaggaatgttcccctcaaacttattttggctcaaatttaactgcaataa 303  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||  | |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  14522755 aattcccgctaagatcaagatcttcaataacattcaattgaccaagttcaacaggaatgtttccttcaaacttattttggctcaaattcaactgcaataa 14522854  T
Q  304 cctagacaacataccaagtttttcagggatgaagccactgaaattatttgttgcaagctccaatgcagttaattcgtgcaatgattcaatttgctcaggg 403  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| ||||||||| |||| |||  |||     
T  14522855 cctagacaaccttccaagtttttcagggataaaaccacttaaattatttgttgcaagatccaatgtagttagttcatgcaatgatgcaatctgcatagga 14522954  T
Q  404 acttctccagaaagatgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttctagctcctttggaattttccccgtaagatggtttgaagaca 503  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||| |||||    |||||||||| |||| |||||||||||||| ||  |||| || ||||| ||||    
T  14522955 acttctcccgaaagatgattattacttatcgagagttggatcagtgcagataagtttcctagatcctttggaatttttcctataagttgatttgaggaca 14523054  T
Q  504 agttaagttcatgtaaatttgttgct 529  Q
    ||| ||||  ||||||||| ||||||    
T  14523055 agtcaagtatatgtaaattggttgct 14523080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 1 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 14467988 - 14467438
Alignment:
Q  1 tcagtgcttcacttggagctcttttgaaagctgtaatgcttggaatcggaccctccaactggttgtaagatatatcaacagttgtcaagcttaacatatc 100  Q
    ||||||||||| |||||||   || ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  14467988 tcagtgcttcaattggagcctgttggaaggctggaatgcttggaatcggaccctccaactggttgtacgatatatctacagttgtcaagcttaacatatc 14467889  T
Q  101 aacaaagcttgagggaatggtaccagagagattgttatgtgagagattcaatgtttctaagtgatttaactggccaagcattgctggtatggttccattc 200  Q
    |||  ||||  || ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||| |||    
T  14467888 aactgagctgaagagaatggtaccagaaagattattatgtgagagattcaatgtttctaagtgatttaactgtccaaacattgctggaatggttccgttc 14467789  T
Q  201 atagaattcccactaagatcaagattttcaataacattcaattggccaaact-aacaggaatgttcccctcaaacttattttggctcaaatttaactgca 299  Q
    | | ||||| ||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||  ||||||||||| || |||||| |||||| ||| ||||| || || |    
T  14467788 aaaaaattctcactaagatcaagatcttcaagaacatttaattggccaaactcgacaggaatgtttccttcaaacatatttttgcttaaattcaagtgta 14467689  T
Q  300 ataacctagacaacataccaagtttttcagggatgaagccactgaaattatttgttgcaagctccaatgcagttaattcgtgcaatgattcaatttgctc 399  Q
    ||||| | |||||  | ||||||| ||  |||||  | ||||| ||||||||||||| ||||||||| | |  || ||  ||||||||| ||| |||  |    
T  14467688 ataacattgacaaacttccaagttgttttgggattgaaccacttaaattatttgttgaaagctccaaggtatctagtttttgcaatgatgcaacttgtgc 14467589  T
Q  400 agggacttctccagaaagatgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttctagctcctttggaattttccccgtaagatggtttgaa 499  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  14467588 aggaacttctcctgaaagatgattgttacttaccgagagttggatcaacaaagataagctttctagctcctttggaatttttcccgtaagatggtttgaa 14467489  T
Q  500 gacaagttaagttcatgtaaatttgttgctctgcctagttctggtggtatg 550  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  14467488 gacaggtttagttcatgtaaatttgttgctcggcctagttctggcggtatg 14467438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 255; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 1 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 14504167 - 14503645
Alignment:
Q  1 tcagtgcttcacttggagctcttttgaaagctgtaatgcttggaatcggaccctccaactggttgtaagatatatcaacagttgtcaagcttaacatatc 100  Q
    ||||||||||| ||||||||  || ||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  14504167 tcagtgcttcaattggagcttgttggaaggctggaatgcttggaatcggaccctccaattggttgtatgatatatcaataattgtcaagcttaacatatc 14504068  T
Q  101 aacaaagcttgagggaatggtaccagagagattgttatgtgagagattcaatgtttctaagtgatttaactggccaagcattgctggtatggttccattc 200  Q
    | || ||||  |||| || |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||   |||| |||||  ||||| |||||||||    
T  14504067 accagagctaaaggggatcgtaccagacagattattatgtgagagattcaatgtttctaaatgatttaacactccaaacattgaaggtatcgttccattc 14503968  T
Q  201 atagaattcccactaagatcaagattttcaataacattcaattggccaaact-aacaggaatgttcccctcaaacttattttggctcaaatttaactgca 299  Q
    ||| |||| ||||| |||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||| ||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| || || |    
T  14503967 ataaaatttccactgagatcaagatcttcaataacatttaatcggccaaactcaacgggaatgtttccttcaaacttattttggctcaaattcaaatgta 14503868  T
Q  300 ataacctagacaacataccaagtttttcagggatgaagccactgaaattatttgttgcaagctccaatgcagttaattcgtgcaatgattcaatttgctc 399  Q
     ||||  ||||||| | |||||| ||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||| | | ||||||||| |||||||       
T  14503867 ttaactcagacaaccttccaagtcttctagggatgaagccacttaaattatttgttgcaagctccaaggtagttagtgcttgcaatgatgcaatttgtat 14503768  T
Q  400 agggacttctccagaaagatgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttctagctcctttggaattttccccgtaagatggtttgaa 499  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||| || ||||||||||||||     
T  14503767 aggaacctctccagaaagatgattgttacttatcgagagtttgatcaacaaagacaagtttcctagatcctttggaatttttccagtaagatggtttgat 14503668  T
Q  500 gacaagttaagttcatgtaaatt 522  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  14503667 gacaagttaagttcatgtaaatt 14503645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 3 - 550
Target Start/End: Original strand, 14532674 - 14533222
Alignment:
Q  3 agtgcttcacttggagctcttttgaaagctgtaatgcttggaatcggaccctccaactggttgtaagatatatcaacagttgtcaagcttaacatatcaa 102  Q
    ||||||||| |||||||| ||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| | |     
T  14532674 agtgcttcaattggagctttttggaaggctgtaatgcttggaattggaccctccaattggttgtatgatatatcaacaattgtcaagcttaacatcttac 14532773  T
Q  103 caaagcttgagggaatggtaccagagagattgttatgtgagagattcaatgtttctaagtgatttaactggccaagcattgctggtatggttccattcat 202  Q
    |  ||||  | |||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  14532774 cgtagctcaaaggaatggttccagaaagattattatgtgaaagattcaatgtttgtaagtgatttaactgtccaagcattgatggtatggttccactcat 14532873  T
Q  203 agaattcccactaagatcaagattttcaataacattcaattggccaaact-aacaggaatgttcccctcaaacttattttggctcaaatttaactgcaat 301  Q
    |  |||  ||||||||||||||| ||||||||| || |||||| |||||| |||||||||||| || || |||||||||||||||||||| || || | |    
T  14532874 aacattttcactaagatcaagatcttcaataacctttaattggtcaaactcaacaggaatgtttccttcgaacttattttggctcaaattcaaatgtatt 14532973  T
Q  302 aacctagacaacataccaagtttttcagggatgaagccactgaaattatttgttgcaagctccaatgcagttaattcgtgcaatgattcaatttgctcag 401  Q
    |||  ||||||| | |||||| ||  ||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||| ||||||| | | |||| |||| |||||||  |||    
T  14532974 aactcagacaaccttccaagtcttctagggatgaagccacttaaattatttttttcaagctccaaggcagttagtgcctgcagtgatgcaatttgtacag 14533073  T
Q  402 ggacttctccagaaagatgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttctagctcctttggaattttccccgtaagatggtttgaaga 501  Q
    | ||||||||  |||||| ||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||    
T  14533074 gaacttctcccaaaagattattgttatttatcgagagtttgattaacaaagataagtttcctagctcctctggaatttttccagtaagatggtttgaaga 14533173  T
Q  502 caagttaagttcatgtaaatttgttgctctgcctagttctggtggtatg 550  Q
    ||  |||||||| ||||| | ||||||||  ||||||||| | ||||||    
T  14533174 cagattaagttcttgtaattgtgttgctccacctagttcttgaggtatg 14533222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 145; E-Value: 5e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 14482170 - 14481866
Alignment:
Q  1 tcagtgcttcacttggagctcttttgaaagctgtaatgcttggaatcggaccctccaactggttgtaagatatatcaacagttgtcaagcttaacatatc 100  Q
    ||||||||||| |||||| | | | ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||| |     
T  14482170 tcagtgcttcaattggagttttctggaaggctggaatgcttggaatcggaccctccaactggttgtacgatatatctacagttatcaagcttaacatcta 14482071  T
Q  101 aacaaagcttgagggaatggtaccagagagattgttatgtgagagattcaatgtttctaagtgatttaactggccaagcattgctggtatggttccattc 200  Q
    | || | ||  |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||| |||    
T  14482070 accatatctgaagggaatggtaccagaaagattattatgtgagagattcaatgtttctaagtgatttaactgtccaaacattgctggaatggttccgttc 14481971  T
Q  201 atagaattcccactaagatcaagattttcaataacattcaattggccaaact-aacaggaatgttcccctcaaacttattttggctcaaatttaactgca 299  Q
    | | ||||| ||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||  ||||||||||| || |||||| |||||| ||| ||||| || || |    
T  14481970 aaaaaattctcactaagatcaagatcttcaagaacatttaattggccaaactcgacaggaatgtttccttcaaacatatttttgcttaaattcaagtgta 14481871  T
Q  300 ataac 304  Q
    |||||    
T  14481870 ataac 14481866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 144 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 15040801 - 15040578
Alignment:
Q  144 agattcaatgtttctaagtgatttaactggccaagcattgctggtatggttccattcatagaattcccactaagatcaagattttcaataacattcaatt 243  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |    
T  15040801 agattcaatgtttctaagcgatttaactgtccaagcattgttggtatggttccattcaaagaattcccactaagatcaagattttcaataacttttaact 15040702  T
Q  244 ggccaaact-aacaggaatgttcccctcaaacttattttggctcaaatttaactgcaataacctagacaacataccaagtttttcagggatgaagccact 342  Q
    | |||| || | |||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||| || |||||| |||| ||  | ||||||| ||  |||| |||||||||    
T  15040701 gtccaatctcatcaggaatgtttccttcaaacttattttggctcatatttaagtgtaataacatagataatcttccaagttgttttgggacgaagccact 15040602  T
Q  343 gaaattatttgttgcaagctccaa 366  Q
     |||||||||||||| ||||||||    
T  15040601 taaattatttgttgccagctccaa 15040578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 40 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 15040890 - 15040807
Alignment:
Q  40 ttggaatcggaccctccaactggttgtaagatatatcaacagttgtcaagcttaacatatcaacaaagcttgagggaatggtac 123  Q
    ||||||| ||||||| ||| |||||| | |||||||||||||||||||||| | |||| ||| || || |  ||||||||||||    
T  15040890 ttggaattggacccttcaattggttgcatgatatatcaacagttgtcaagcctgacatctcaccataggtcaagggaatggtac 15040807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0400 (Bit Score: 215; Significance: 1e-118; HSPs: 2)
Name: scaffold0400
Description:

Target: scaffold0400; HSP #1
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 1 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 12964 - 12414
Alignment:
Q  1 tcagtgcttcacttggagctcttttgaaagctgtaatgcttggaatcggaccctccaactggttgtaagatatatcaacagttgtcaagcttaacatatc 100  Q
    ||||||||||| |||||||| ||  ||| |||| |||| | ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |     
T  12964 tcagtgcttcaattggagcttttaggaaggctggaatgttaggaatcggaccctccaattggttgtatgatatatcaacaattgtcaagcttaacatctt 12865  T
Q  101 aacaaagcttgagggaatggtaccagagagattgttatgtgagagattcaatgtttctaagtgatttaactggccaagcattgctggtatggttccattc 200  Q
    | |  ||||  | |||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||    
T  12864 accgtagctcaaaggaatggttccagaaagattattatgtgaaagattcaatgtttgtatgtgatttaactgtccaagcattgatggtatggttccgttc 12765  T
Q  201 atagaattcccactaagatcaagattttcaataacattcaattggccaaact-aacaggaatgttcccctcaaacttattttggctcaaatttaactgca 299  Q
    | | |||| |||||||| ||||||| ||||||||| |  ||||||||||||| ||  |||||||| || |||||| |||||||||||||||| || || |    
T  12764 aaaaaatttccactaaggtcaagatcttcaataacttctaattggccaaactcaatgggaatgtttccttcaaacctattttggctcaaattcaaatgta 12665  T
Q  300 ataacctagacaacataccaagtttttcagggatgaagccactgaaattatttgttgcaagctccaatgcagttaattcgtgcaatgattcaatttgctc 399  Q
     ||||  ||||||| | |||||| ||  ||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||| ||||||| | | |||| |||| |||||||  |    
T  12664 ttaactcagacaaccttccaagtcttctagggatgaagccacttaaattatttttttcaagctccaaggcagttagtgcctgcagtgatgcaatttgtac 12565  T
Q  400 agggacttctccagaaagatgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttctagctcctttggaattttccccgtaagatggtttgaa 499  Q
    ||| ||||||||  |||||| ||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  12564 aggaacttctcccaaaagattattgttatttatcgagagtttgattaacaaagataagtttcctagctcctttggaatttttccagtaagatggtttgaa 12465  T
Q  500 gacaagttaagttcatgtaaatttgttgctctgcctagttctggtggtatg 550  Q
    ||||  |||||||| ||||| | ||||||||  ||||||||| | ||||||    
T  12464 gacagattaagttcttgtaattgtgttgctccacctagttcttgcggtatg 12414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0400; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 5 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 6672 - 6197
Alignment:
Q  5 tgcttcacttggagctcttttgaaagctgtaatgcttggaatcggaccctccaactggttgtaagatatatcaacagttgtcaagcttaacatatcaaca 104  Q
    ||||||| |||||||  ||||||| |||| |||| ||||||| ||||| || || |||||||| |||||||||| |||||| |||||| |||| ||| ||    
T  6672 tgcttcaattggagcatttttgaaggctggaatgtttggaattggaccttcaaattggttgtatgatatatcaatagttgttaagcttgacatctcacca 6573  T
Q  105 aagcttgagggaatggtaccagagagattgttatgtgagagattcaatgtttctaagtgatttaactggccaagcattgctggtatggttccattcatag 204  Q
     || |  |||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||| |     
T  6572 taggtcaagggaatggtaccagaaaaattattatgtgagagattcaatgtttctaagcgatttaactctccaagcattgttggtatggttccattcaaaa 6473  T
Q  205 aattcccactaagatcaagattttcaataacattcaattggccaaact-aacaggaatgttcccctcaaacttattttggctcaaatttaactgcaataa 303  Q
     |||| | ||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||| | |||||||||  || ||||||||||||||||||||||| || | ||||||    
T  6472 cattctcgctaagatcaagattttcaataattttcaattgtccaaactcagcaggaatgtctccttcaaacttattttggctcaaattcaagtccaataa 6373  T
Q  304 cctagacaacataccaagtttttcagggatgaagccactgaaattatttgttgcaagctccaatgcagttaattcgtgcaatgattcaatttgctcaggg 403  Q
      |||  ||  | ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| ||  |||||| || ||||||| |||||     
T  6372 attaggtaatcttccaagttgttctgggatgaagccactgaaattatttgttgcaagctccaagatagttattttatgcaataatgcaatttgttcagga 6273  T
Q  404 acttctccagaaagatgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttctagctcctttggaattt 479  Q
    ||||||||   |||||||||| |||||| | |||| | ||||||  | ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  6272 acttctcctacaagatgattgctacttatcaagagctggatcaatgaggataagtttcctagctcctttggaattt 6197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0365 (Bit Score: 215; Significance: 1e-118; HSPs: 2)
Name: scaffold0365
Description:

Target: scaffold0365; HSP #1
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 1 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 13607 - 13057
Alignment:
Q  1 tcagtgcttcacttggagctcttttgaaagctgtaatgcttggaatcggaccctccaactggttgtaagatatatcaacagttgtcaagcttaacatatc 100  Q
    ||||||||||| |||||||| ||  ||| |||| |||| | ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |     
T  13607 tcagtgcttcaattggagcttttaggaaggctggaatgttaggaatcggaccctccaattggttgtatgatatatcaacaattgtcaagcttaacatctt 13508  T
Q  101 aacaaagcttgagggaatggtaccagagagattgttatgtgagagattcaatgtttctaagtgatttaactggccaagcattgctggtatggttccattc 200  Q
    | |  ||||  | |||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||    
T  13507 accgtagctcaaaggaatggttccagaaagattattatgtgaaagattcaatgtttgtatgtgatttaactgtccaagcattgatggtatggttccgttc 13408  T
Q  201 atagaattcccactaagatcaagattttcaataacattcaattggccaaact-aacaggaatgttcccctcaaacttattttggctcaaatttaactgca 299  Q
    | | |||| |||||||| ||||||| ||||||||| |  ||||||||||||| ||  |||||||| || |||||| |||||||||||||||| || || |    
T  13407 aaaaaatttccactaaggtcaagatcttcaataacttctaattggccaaactcaatgggaatgtttccttcaaacctattttggctcaaattcaaatgta 13308  T
Q  300 ataacctagacaacataccaagtttttcagggatgaagccactgaaattatttgttgcaagctccaatgcagttaattcgtgcaatgattcaatttgctc 399  Q
     ||||  ||||||| | |||||| ||  ||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||| ||||||| | | |||| |||| |||||||  |    
T  13307 ttaactcagacaaccttccaagtcttctagggatgaagccacttaaattatttttttcaagctccaaggcagttagtgcctgcagtgatgcaatttgtac 13208  T
Q  400 agggacttctccagaaagatgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttctagctcctttggaattttccccgtaagatggtttgaa 499  Q
    ||| ||||||||  |||||| ||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  13207 aggaacttctcccaaaagattattgttatttatcgagagtttgattaacaaagataagtttcctagctcctttggaatttttccagtaagatggtttgaa 13108  T
Q  500 gacaagttaagttcatgtaaatttgttgctctgcctagttctggtggtatg 550  Q
    ||||  |||||||| ||||| | ||||||||  ||||||||| | ||||||    
T  13107 gacagattaagttcttgtaattgtgttgctccacctagttcttgcggtatg 13057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0365; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 5 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 7316 - 6841
Alignment:
Q  5 tgcttcacttggagctcttttgaaagctgtaatgcttggaatcggaccctccaactggttgtaagatatatcaacagttgtcaagcttaacatatcaaca 104  Q
    ||||||| |||||||  ||||||| |||| |||| ||||||| ||||| || || |||||||| |||||||||| |||||| |||||| |||| ||| ||    
T  7316 tgcttcaattggagcatttttgaaggctggaatgtttggaattggaccttcaaattggttgtatgatatatcaatagttgttaagcttgacatctcacca 7217  T
Q  105 aagcttgagggaatggtaccagagagattgttatgtgagagattcaatgtttctaagtgatttaactggccaagcattgctggtatggttccattcatag 204  Q
     || |  |||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||| |     
T  7216 taggtcaagggaatggtaccagaaaaattattatgtgagagattcaatgtttctaagcgatttaactctccaagcattgttggtatggttccattcaaaa 7117  T
Q  205 aattcccactaagatcaagattttcaataacattcaattggccaaact-aacaggaatgttcccctcaaacttattttggctcaaatttaactgcaataa 303  Q
     |||| | ||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||| | |||||||||  || ||||||||||||||||||||||| || | ||||||    
T  7116 cattctcgctaagatcaagattttcaataattttcaattgtccaaactcagcaggaatgtctccttcaaacttattttggctcaaattcaagtccaataa 7017  T
Q  304 cctagacaacataccaagtttttcagggatgaagccactgaaattatttgttgcaagctccaatgcagttaattcgtgcaatgattcaatttgctcaggg 403  Q
      |||  ||  | ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| ||  |||||| || ||||||| |||||     
T  7016 attaggtaatcttccaagttgttctgggatgaagccactgaaattatttgttgcaagctccaagatagttattttatgcaataatgcaatttgttcagga 6917  T
Q  404 acttctccagaaagatgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttctagctcctttggaattt 479  Q
    ||||||||   |||||||||| |||||| | |||| | ||||||  | ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  6916 acttctcctacaagatgattgctacttatcaagagctggatcaatgaggataagtttcctagctcctttggaattt 6841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 56; Significance: 6e-23; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 48 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 16103018 - 16102867
Alignment:
Q  48 ggaccctccaactggttgtaagatatatcaacagttgtcaagcttaacatatcaacaaagcttgagggaatggtaccagagagattgttatgtgagagat 147  Q
    ||||||||||| ||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||| | | ||||||| ||||||||    ||||| ||||| |||||||||| ||    
T  16103018 ggaccctccaattggttatatgatatatcaacagatgtcaagcttaacatttgatcaaagctagagggaataaagccagaaagattattatgtgagatat 16102919  T
Q  148 tcaatgtttctaagtgatttaactggccaagcattgctggtatggttccatt 199  Q
    |||||||||| ||||  || |||||   |||||||| |||||| ||||||||    
T  16102918 tcaatgtttccaagtatttcaactgtgtaagcattgatggtattgttccatt 16102867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 48 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 14606036 - 14605834
Alignment:
Q  48 ggaccctccaactggttgtaagatatatcaacagttgtcaagcttaacatatcaacaaagcttgagggaatggtaccagagagattgttatgtgagagat 147  Q
    ||||||||||| ||||| || ||||||||||||| ||| ||||| ||||| | | | ||||| ||||||||   |||||| ||||| |||||||||| ||    
T  14606036 ggaccctccaattggttatatgatatatcaacagatgttaagctgaacatctgatcgaagctagagggaataaaaccagaaagattattatgtgagatat 14605937  T
Q  148 tcaatgtttctaagtgatttaactggccaagcattgctggtatggttccattcatagaattcccactaagatcaagattttcaataacattcaattggcc 247  Q
    |||||||||| ||||  || |||||   |||||||| |||||| ||||||| || | |||| ||||| ||||| ||  ||||||  ||||| ||||| ||    
T  14605936 tcaatgtttccaagtatttcaactgtgtaagcattgatggtattgttccatccaaaaaatttccactgagatctaggatttcaaggacattaaattgtcc 14605837  T
Q  248 aaa 250  Q
    |||    
T  14605836 aaa 14605834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 48 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 16025213 - 16025011
Alignment:
Q  48 ggaccctccaactggttgtaagatatatcaacagttgtcaagcttaacatatcaacaaagcttgagggaatggtaccagagagattgttatgtgagagat 147  Q
    ||||||||||| ||||| || |||||||||||||  || ||||| ||||| | | | ||||| ||||||||   |||||| ||||| |||||||||| ||    
T  16025213 ggaccctccaattggttatatgatatatcaacagacgttaagctgaacatctgatcgaagctagagggaataaaaccagaaagattattatgtgagatat 16025114  T
Q  148 tcaatgtttctaagtgatttaactggccaagcattgctggtatggttccattcatagaattcccactaagatcaagattttcaataacattcaattggcc 247  Q
    |||||||||| ||||  || |||||   |||||||| |||||| ||||||| || | |||| ||||| ||||| ||  ||||||  ||||| ||||| ||    
T  16025113 tcaatgtttccaagtatttcaactgtgtaagcattgatggtattgttccatccaaaaaatttccactgagatctaggatttcaaggacattaaattgtcc 16025014  T
Q  248 aaa 250  Q
    |||    
T  16025013 aaa 16025011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 48 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 16172695 - 16172520
Alignment:
Q  48 ggaccctccaactggttgtaagatatatcaacagttgtcaagcttaacatatcaacaaagcttgagggaatggtaccagagagattgttatgtgagagat 147  Q
    ||||| ||||| ||||| || |||||||||||||  || || || ||||| | | | ||||| ||||||||    ||||| ||||| |||||||||| ||    
T  16172695 ggaccttccaattggttatatgatatatcaacagacgttaaactgaacatctgatcgaagctagagggaataaatccagaaagattattatgtgagatat 16172596  T
Q  148 tcaatgtttctaagtgatttaactggccaagcattgctggtatggttccattcatagaattcccactaagatcaag 223  Q
    |||||||||| ||||  || |||||   |||||||| |||||| |||||||| | | |||| ||||| ||||||||    
T  16172595 tcaatgtttccaagtatttcaactgtgtaagcattgatggtattgttccatttaaaaaatttccactcagatcaag 16172520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 447 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 16024819 - 16024755
Alignment:
Q  447 acaaagataagttttctagctcctttggaattttccccgtaagatggtttgaagacaagttaagt 511  Q
    |||||||||||||   || |||||||||||||| ||| || |||||||||||||| |||| ||||    
T  16024819 acaaagataagttgcttaactcctttggaatttcccctgtgagatggtttgaagataagtcaagt 16024755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University