View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2817_low_2 (Length: 704)

Name: NF2817_low_2
Description: NF2817
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2817_low_2
NF2817_low_2
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (1-693)||(30951084-30951776)
chr6 (30-693)||(31015425-31016082)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 685; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 685; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 693
Target Start/End: Complemental strand, 30951776 - 30951084
Alignment:
Q  1 tttgaacactatgatcagaatatttccaacaaaagtgttatgttaccatcatcaccacaaactttttggtaggacttatccttgcagaaacatatgaact 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30951776 tttgaacactatgatcagaatatttccaacaaaagtgttatgttaccatcatcaccacaaacttttaggtaggacttatccttgcagaaacatatgaact 30951677  T
Q  101 tataattatcaaatccacatcttccaccacttttctcacaatgctgacaatcaggtgcagtccaattcaaaacagaccccattttcaaaacatcaatgta 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30951676 tataattatcaaatccacatcttccaccacttttctcacaatgctgacaatcaggtgcagtccaattcaaaacagaccccattttcaaaacatcaatgta 30951577  T
Q  201 attcattctcaacaagctagtgaaattaacactagtattcatcaccaatggagcattaaccataaactgacactcattcaaggaatagttattgtgctca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30951576 attcattctcaacaagctagtgaaattaacactagtattcatcaccaatggagcattaaccataaactgacactcattcaaggaatagttattgtgctca 30951477  T
Q  301 agtgcctccgtattaaaaacagcaaaagaatagtgtgtagcattttctgcacattctacttcataggtaaggtaatgtataggttctgttgtacagttat 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30951476 agtgcctccgtattaaaaacagcaaaagaatagtgtgtagcattttctgcacattctacttcataggtaaggtaatgtataggttctgttgtacagttat 30951377  T
Q  401 agaagaaagagaggttagaattttcagaactataggtaaatggggtttgatcaagggcaaggctgtaattatatataggagcaggacacttgtcttcata 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30951376 agaagaaagagaggttagaattttcagaactataggtaaatggggtttgatcaagggcaaggctgtaattatatataggagcaggacacttgtcttcata 30951277  T
Q  501 gacagctaagttggatgcaataaaagaagaatttgagtaagagatagtttttactataaggtcataatttgaggttttgagaattggattgttgttcttg 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30951276 gacagctaagttggatgcaataaaagaagaatttgagtaagagatagtttttactataagatcataatttgaggttttgagaattggattgttgttcttg 30951177  T
Q  601 caagtgatctcaaattgtggatagccacaaaatgaatcttgttgataaggaatccagaagggatactttatggagggaccttttccacaggtt 693  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30951176 caagtgatctcaaattgtggatagccacaaaatgaatcttgttgataaggaatccagaagggatactttatggagggaccttttccacaggtt 30951084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 477; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 693
Target Start/End: Complemental strand, 31016082 - 31015425
Alignment:
Q  30 caaaagtgttatgttaccatcatcaccacaaactttttggtaggacttatccttgcagaaacatatgaacttataattatcaaatccacatcttccacca 129  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  31016082 caaaagtgttatgttaccatcatcaccacaaactttttggtaggacttatccttgcagaaacatatgaacttgtaattatcaaatccacatcttccacca 31015983  T
Q  130 cttttctcacaatgctgacaatcaggtgcagtccaattcaaaacagaccccattttcaaaacatcaatgtaattcattctcaacaagctagtgaaattaa 229  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || || ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  31015982 cttttctcacaatgctgacaatcaggtgcagtccaattcaaaaccgaccccattttcaaaacgtcgatataattcattttcaacaagctagtgaaattaa 31015883  T
Q  230 cactagtattcatcaccaatggagcattaaccataaactgacactcattcaaggaatagttattgtgctcaagtgcctccgtattaaaaacagcaaaaga 329  Q
    || |||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||    
T  31015882 cattagtgttcaaaaccaatggagcattaaccataaactgacattcattcaaggaatagtttttgtgctcaagtgcttccttatgaaaaacagcaaaaga 31015783  T
Q  330 atagtgtgtagcattttctgcacattctacttcataggtaaggtaatgtataggttctgttgtacagttatagaagaaagagaggttagaattttcagaa 429  Q
    ||| ||||||||||||  ||||||||||| |||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  31015782 ataatgtgtagcatttgttgcacattctatttcataagtagggtaatctataggttctgttgtacagttatagaagaaagagaggttggaattttcaaaa 31015683  T
Q  430 ctataggtaaatggggtttgatcaagggcaaggctgtaattatatataggagcaggacacttgtcttcatagacagctaagttggatgcaataaaagaag 529  Q
    ||||| |||||||| ||||||||      ||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  31015682 ctatatgtaaatggagtttgatc------aaggctgtaattatacataggagcaggacagttttcttcatagacatctaagttggatgcaataaaagacg 31015589  T
Q  530 aatttgagtaagagatagtttttactataaggtcataatttgaggttttgagaattggattgttgttcttgcaagtgatctcaaattgtggatagccaca 629  Q
    |||||||||| |||||  |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31015588 aatttgagtacgagatgttttttactaataggtcataatttgaggttttgagaattggattgttgttcatgcaagtgatctcaaattgtggatagccaca 31015489  T
Q  630 aaatgaatcttgttgataaggaatccagaagggatactttatggagggaccttttccacaggtt 693  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  31015488 aaatgagtcttgttgaaaaggaatccagaaaggatactttatggaaggaccttttccacaggtt 31015425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University