View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF2825_low_4 (Length: 448)
Name: NF2825_low_4
Description: NF2825
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF2825_low_4 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 365; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 365; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 28160093 - 28159677
Alignment:
| Q |
22 |
aaactaaaaccaaattctataacctgcaaatgataaacaacaaaacatgattattacaaaaggctgaaacaaatgaaagtgaagggactaagcatcatgg |
121 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28160093 |
aaactaaaactaaattctataacttgcaaatgataaacaacaaaacatgattattacaaaaggctgaaacaaatgaaagtgaagggactaagcatcatgg |
28159994 |
T |
|
| Q |
122 |
taaatagcatttgaaagccatacttacgcataggctgttatacaacagtttacactaaactataattgccaaaatttccaaggctagtaatcatggagta |
221 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28159993 |
taaatagcatttgaaagtcatacttacgcataggctgttatacaacagtttacactaaactataattgccaaaatttccaaggctagtaatcatggagta |
28159894 |
T |
|
| Q |
222 |
aatgaacctgagaactcaatggtgaaacctacaaagttgaagaatttaaggcaccaagatgcccatgacatgccttgtttgaataacttgcatcatttac |
321 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |
|
|
| T |
28159893 |
aatgaacctgagaactcaatggtgaaacctacaaagttgaagaatttaaggcaccaagatgcccatgacatgccttgtttgaataacctgcataatttac |
28159794 |
T |
|
| Q |
322 |
atgaatgaatgaaatagtaacc-tttaataaatatatgcaactacatacatactaaacatgtaagaaaattccaatttcactataaaaaatatcaaaaag |
420 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
28159793 |
atgaatgaatgaaatagtaaccttttaataaatatatgcaa----gtacatactaaacatgtaagaaaattccaatttcactataaaaaatatc-aaaag |
28159699 |
T |
|
| Q |
421 |
tcacattgaaataatctcagat |
442 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28159698 |
tcacattgaaataatctcagat |
28159677 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 361; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 361; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 38286395 - 38285979
Alignment:
| Q |
22 |
aaactaaaaccaaattctataacctgcaaatgataaacaacaaaacatgattattacaaaaggctgaaacaaatgaaa-gtgaagggactaagcatcatg |
120 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38286395 |
aaactaaaaccaaattctataacctggaaatgataaacaacaaaacatgattattacaaaaggctgaaacaaatgaaaagtgaagggactaagcatcatg |
38286296 |
T |
|
| Q |
121 |
gtaaatagcatttgaaagccatacttacgcataggctgttatacaacagtttacactaaactataattgccaaaatttccaaggctagtaatcatggagt |
220 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38286295 |
gtaaatagcatttgaaagccatacttacgcataggctgttatacaacagtttacactaaactataattgccaaaatttccaaggctagtaatcatggagt |
38286196 |
T |
|
| Q |
221 |
aaatgaacctgagaactcaatggtgaaacctacaaagttgaagaatttaaggcaccaagatgcccatgacatgccttgtttgaataacttgcatcattta |
320 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || || ||||| |
|
|
| T |
38286195 |
aaatgaacctgagaactcaatggtgaaacctacaaagttgaagaatttaaggcaccaagatgcccatgatatgccttgtttgaataacctgtataattta |
38286096 |
T |
|
| Q |
321 |
catgaatgaatgaaatagtaacctttaataaatatatgcaactacatacatactaaacatgtaagaaaattccaatttcactataaaaaatatcaaaaag |
420 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
38286095 |
catgaatgaatgaaatagtaacctttaataaatatatgcaactacatat----taaacatgtaagaaaattccaatttcactataaaaaatatc-aaaag |
38286001 |
T |
|
| Q |
421 |
tcacattgaaataatctcagat |
442 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
38286000 |
tcacattcaaataatctcagat |
38285979 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 356; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 356; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 442
Target Start/End: Original strand, 14358297 - 14358712
Alignment:
| Q |
22 |
aaactaaaaccaaattctataacctgcaaatgataaacaacaaaacatgattattacaaaaggctgaaacaaatgaaagtgaagggactaagcatcatgg |
121 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14358297 |
aaactaaaacaaaattctataacctgaaaatgataaacaacaaaacatgattattacaaaaggctgaaacaaatgaaagtgaagggactaagcatcatgg |
14358396 |
T |
|
| Q |
122 |
taaatagcatttgaaagccatacttacgcataggctgttatacaacagtttacactaaactataattgccaaaatttccaaggctagtaatcatggagta |
221 |
Q |
| |
|
||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14358397 |
taaatagtatttaaaagccatacttacgcctaggctgttatacaacaatttacactaaactataattgccaaaatttccaaggctagtaatcatggagta |
14358496 |
T |
|
| Q |
222 |
aatgaacctgagaactcaatggtgaaacctacaaagttgaagaatttaaggcaccaagatgcccatgacatgccttgtttgaataacttgcatcatttac |
321 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |
|
|
| T |
14358497 |
aatgaacctgagaactcaatggtgaaacctacaaaattgaagaatttaaagcaccaagatgcccatgacatgccttgtttgaataacctgcataatttac |
14358596 |
T |
|
| Q |
322 |
atgaatgaatgaaatagtaacctttaataaatatatgcaactacatacatactaaacatgtaagaaaattccaatttcactataaaaaatatcaaaaagt |
421 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
14358597 |
atgaatgaatgaaatagtaacctttaataaatatatgcaac----tacatactaaacatgtaagaaaattccaatttcactataaaaaatatc-aaaagt |
14358691 |
T |
|
| Q |
422 |
cacattgaaataatctcagat |
442 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14358692 |
cacattgaaataatctcagat |
14358712 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University