View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2826_low_22 (Length: 336)

Name: NF2826_low_22
Description: NF2826
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2826_low_22
NF2826_low_22
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (1-317)||(30049263-30049579)
chr8 (1-317)||(7162216-7162532)
chr8 (262-317)||(30045121-30045176)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (1-317)||(3945517-3945833)
chr4 (260-317)||(3941377-3941434)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (1-317)||(39949597-39949913)
chr7 (261-317)||(39953989-39954045)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (1-317)||(22365145-22365461)
chr3 (262-317)||(22361019-22361074)
chr3 (55-119)||(22135200-22135264)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (1-295)||(196458-196752)
chr5 (260-295)||(200837-200872)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (262-315)||(1330569-1330622)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 309; Significance: 1e-174; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Original strand, 30049263 - 30049579
Alignment:
Q  1 caagaggaatcaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaattgccaaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatatcaatgtcaaat 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30049263 caagaggaaccaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaattgccaaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatatcaatgtcaaat 30049362  T
Q  101 ttcatgctataagagaagctgaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaagcacttcctag 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30049363 ttcatgctataagagaagctgaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaagcacttcctag 30049462  T
Q  201 tgccaagttcatggagctaagaagcaagctgggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatacttt 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30049463 tgccaagttcatggagctaagaagcaagctaggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatacttt 30049562  T
Q  301 attgtttatgttacttt 317  Q
    |||||||||||||||||    
T  30049563 attgtttatgttacttt 30049579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Original strand, 7162216 - 7162532
Alignment:
Q  1 caagaggaatcaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaattgccaaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatatcaatgtcaaat 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  7162216 caagaggaaccaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaactgccaaaaatccaattcaacatggaagagcaaagcatatcaatgtcaaat 7162315  T
Q  101 ttcatgctataagagaagctgaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaagcacttcctag 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||    
T  7162316 ttcatgctataagagaagctgaacagaatggagatgtaaaattgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaaaaaaggcacttgctag 7162415  T
Q  201 tgccaagttcatggagctaagaagcaagctgggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatacttt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7162416 tgccaagttcatggagctaagaagcaagctgggagtattccagaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatacttt 7162515  T
Q  301 attgtttatgttacttt 317  Q
    |||||||||||||||||    
T  7162516 attgtttatgttacttt 7162532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 262 - 317
Target Start/End: Original strand, 30045121 - 30045176
Alignment:
Q  262 tgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttacttt 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30045121 tgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttacttt 30045176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 309; Significance: 1e-174; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Original strand, 3945517 - 3945833
Alignment:
Q  1 caagaggaatcaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaattgccaaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatatcaatgtcaaat 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3945517 caagaggaaccaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaattgccaaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatatcaatgtcaaat 3945616  T
Q  101 ttcatgctataagagaagctgaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaagcacttcctag 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3945617 ttcatgctataagagaagctgaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaagcacttcctag 3945716  T
Q  201 tgccaagttcatggagctaagaagcaagctgggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatacttt 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3945717 tgccaagttcatggagctaagaagcaagctaggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatacttt 3945816  T
Q  301 attgtttatgttacttt 317  Q
    |||||||||||||||||    
T  3945817 attgtttatgttacttt 3945833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 260 - 317
Target Start/End: Original strand, 3941377 - 3941434
Alignment:
Q  260 agtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttacttt 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3941377 agtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttacttt 3941434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 293; Significance: 1e-164; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 39949913 - 39949597
Alignment:
Q  1 caagaggaatcaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaattgccaaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatatcaatgtcaaat 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  39949913 caagaggaaccaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaattgccaaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatatcaatgtaaaat 39949814  T
Q  101 ttcatgctataagagaagctgaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaagcacttcctag 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39949813 ttcatgctataagagaagctgaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaagcacttcctag 39949714  T
Q  201 tgccaagttcatggagctaagaagcaagctgggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatacttt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  39949713 tgccaagttcatggagctaagaagcaagctgggagtattccagaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaacttttctttatacttt 39949614  T
Q  301 attgtttatgttacttt 317  Q
    |||||||||||||||||    
T  39949613 attgtttatgttacttt 39949597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 261 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 39954045 - 39953989
Alignment:
Q  261 gtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttacttt 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  39954045 gtgttgactaattgacctataaaacttttctttatactttattgtttatgttacttt 39953989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 293; Significance: 1e-164; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Original strand, 22365145 - 22365461
Alignment:
Q  1 caagaggaatcaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaattgccaaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatatcaatgtcaaat 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22365145 caagaggaaccaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaattgccaaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatatcaatgtcaaat 22365244  T
Q  101 ttcatgctataagagaagctgaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaagcacttcctag 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22365245 ttcatgctataagagaagctgaacagaatggagatgtaaaattgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaagcacttcctag 22365344  T
Q  201 tgccaagttcatggagctaagaagcaagctgggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatacttt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22365345 tgccaagttcatggagctaagaagcaagctgggagtattccagataagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatacttt 22365444  T
Q  301 attgtttatgttacttt 317  Q
    |||||||||||||||||    
T  22365445 attgtttatgttacttt 22365461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 262 - 317
Target Start/End: Original strand, 22361019 - 22361074
Alignment:
Q  262 tgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttacttt 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22361019 tgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttacttt 22361074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 55 - 119
Target Start/End: Original strand, 22135200 - 22135264
Alignment:
Q  55 aaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatatcaatgtcaaatttcatgctataagagaagc 119  Q
    ||||||||| |||| ||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||    
T  22135200 aaaaatccagttcagcatggtagaactaagcacatcaatgtaaaattccatgccataagagaagc 22135264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 287; Significance: 1e-161; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 1 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 196752 - 196458
Alignment:
Q  1 caagaggaatcaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaattgccaaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatatcaatgtcaaat 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  196752 caagaggaaccaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaattgccaaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatatcaatgtcaaat 196653  T
Q  101 ttcatgctataagagaagctgaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaagcacttcctag 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  196652 ttcatgctataagagaagctgaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaagcacttcctag 196553  T
Q  201 tgccaagttcatggagctaagaagcaagctgggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaacttttctgaat 295  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  196552 tgccaagttcatggagctaagaagcaagctaggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaacttttctgaat 196458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 260 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 200872 - 200837
Alignment:
Q  260 agtgttgactaattgacctataaaacttttctgaat 295  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  200872 agtgttgactaattgacctataaaacttttctgaat 200837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 50; Significance: 1e-19; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 262 - 315
Target Start/End: Original strand, 1330569 - 1330622
Alignment:
Q  262 tgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttact 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  1330569 tgttgactaattgacctataaaacttgtctgaatactttattgtttatgttact 1330622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University