View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2829_low_1 (Length: 689)

Name: NF2829_low_1
Description: NF2829
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2829_low_1
NF2829_low_1
[»] chr2 (61 HSPs)
chr2 (18-424)||(9061010-9061416)
chr2 (18-424)||(8573374-8573783)
chr2 (28-594)||(10347462-10348036)
chr2 (28-340)||(9065477-9065784)
chr2 (138-476)||(9291755-9292090)
chr2 (22-620)||(9315691-9316279)
chr2 (110-318)||(9328572-9328780)
chr2 (28-463)||(10371683-10372109)
chr2 (28-315)||(10353085-10353360)
chr2 (138-282)||(16269098-16269242)
chr2 (114-269)||(10335866-10336021)
chr2 (110-318)||(9320955-9321160)
chr2 (22-336)||(7115518-7115832)
chr2 (28-270)||(12012431-12012667)
chr2 (139-329)||(9284180-9284370)
chr2 (539-674)||(12012927-12013054)
chr2 (28-255)||(12006003-12006224)
chr2 (22-317)||(11987366-11987655)
chr2 (22-470)||(12018761-12019191)
chr2 (123-424)||(9274385-9274689)
chr2 (480-620)||(10371511-10371648)
chr2 (539-674)||(11987865-11987992)
chr2 (496-620)||(9284540-9284665)
chr2 (496-620)||(9294990-9295115)
chr2 (185-424)||(8579523-8579762)
chr2 (138-257)||(9364662-9364781)
chr2 (526-620)||(9328262-9328355)
chr2 (539-674)||(12019266-12019391)
chr2 (366-461)||(10335704-10335799)
chr2 (366-476)||(9284389-9284499)
chr2 (526-674)||(9320596-9320736)
chr2 (366-476)||(11987686-11987796)
chr2 (366-423)||(9320868-9320925)
chr2 (22-106)||(9292098-9292182)
chr2 (28-99)||(16269260-16269331)
chr2 (28-82)||(9321167-9321221)
chr2 (366-424)||(16268953-16269011)
chr2 (363-424)||(7115841-7115902)
chr2 (366-476)||(12012751-12012858)
chr2 (173-256)||(7611974-7612057)
chr2 (495-674)||(9364242-9364409)
chr2 (264-354)||(8576459-8576549)
chr2 (366-424)||(9065813-9065871)
chr2 (620-674)||(9291563-9291617)
chr2 (28-82)||(9328787-9328841)
chr2 (366-423)||(9328485-9328542)
chr2 (539-576)||(12006496-12006533)
chr2 (22-82)||(9274706-9274766)
chr2 (526-620)||(9061545-9061636)
chr2 (366-473)||(9364464-9364571)
chr2 (480-567)||(10335584-10335670)
chr2 (173-256)||(17566107-17566190)
chr2 (368-469)||(10341189-10341293)
chr2 (620-674)||(12006544-12006598)
chr2 (564-674)||(8573931-8574035)
chr2 (28-82)||(9284075-9284129)
chr2 (286-336)||(10335811-10335861)
chr2 (620-674)||(10352735-10352789)
chr2 (138-191)||(8576398-8576451)
chr2 (50-87)||(10336027-10336064)
chr2 (31-79)||(7612153-7612201)
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (366-674)||(29443520-29443828)
chr1 (366-671)||(29453503-29453799)
chr1 (123-523)||(29423051-29423433)
chr1 (366-657)||(29467979-29468276)
chr1 (123-337)||(29467754-29467968)
chr1 (123-337)||(29453278-29453492)
chr1 (154-282)||(29443326-29443454)
chr1 (551-674)||(29422938-29423052)
chr1 (30-82)||(29443217-29443269)
chr1 (23-82)||(29467669-29467728)
chr1 (29-82)||(29423459-29423512)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (138-337)||(37462443-37462645)
chr3 (194-337)||(39427594-39427740)
chr3 (557-674)||(37462095-37462205)
chr3 (367-424)||(37462353-37462410)
chr3 (28-87)||(37462684-37462743)
[»] scaffold0667 (3 HSPs)
scaffold0667 (29-330)||(4432-4727)
scaffold0667 (528-620)||(4117-4208)
scaffold0667 (366-409)||(4350-4393)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (123-270)||(26574882-26575029)
chr4 (185-240)||(561273-561328)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (145-424)||(45243555-45243845)
chr7 (185-424)||(45237811-45238056)
chr7 (156-424)||(45230293-45230570)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (138-476)||(41966694-41967017)
chr8 (493-620)||(41967067-41967192)
chr8 (22-87)||(41966602-41966667)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (189-255)||(36224454-36224520)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 391; Significance: 0; HSPs: 61)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 391; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 424
Target Start/End: Original strand, 9061010 - 9061416
Alignment:
Q  18 atatccttggttaattgtcgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttcctcttcctgttgaattagaaggtgaagaggttaacaataatagt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  9061010 atatccttggttaattgtcgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttcctcttcccgttgaattagaaggtgaagaggttaacagtaatagt 9061109  T
Q  118 aatgggagttttaaaattcgtgttgctgttttgggtgggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagact 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9061110 aatgggagttttaaaattcgtgttgctgttttgggtgggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagact 9061209  T
Q  218 atggatatagtgatagttggtgtaaactttttactttggttaaatcgtgtttcaattcacctttggactttttgaggccgttatgttattctagtgatgg 317  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9061210 atggatctagagatagttggtgtaaactttttactttggttaaatcgtgtttcaattcacctttggactttttgaggccgttatgttattctagtgatgg 9061309  T
Q  318 aggtaaggttctgttggaagcaaatcctaacttggataaaactcttaggaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttgaagga 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9061310 aggtaaggttctgttggaagcaaatcctaacttggataaaactcttaggaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttgaagga 9061409  T
Q  418 attccta 424  Q
    |||||||    
T  9061410 attccta 9061416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 18 - 424
Target Start/End: Original strand, 8573374 - 8573783
Alignment:
Q  18 atatccttggttaattgtcgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttcctcttcctgttgaattagaaggtgaagaggttaacaataatagt 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  8573374 atatccttggttaattgtcgcatttaacctcacacttgaaattttctacgaggttcctcttcctgttgaattagaaggtgaagaggttaacagtaatagt 8573473  T
Q  118 aatgggagttttaaaattcgtgttgctgttttgggtgggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagact 217  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||| |    
T  8573474 aatgggagttttaaatttcgtcttgctgttttgggtgggtgtctttgtatgtctgtgaattatgaaaccactgaaattgatgtttgggtgatgaaagaat 8573573  T
Q  218 atggatatagtgatagttggtgtaaactttttactttggttaaatcgtgtttcaattcacctttggactttttgaggccgttatgttattctagtgatgg 317  Q
    |||| | ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||| |||  | | || |||||| ||| ||||||||||||||||    
T  8573574 atggttctagagatagttggtgtaaactttttactttcgttaaatcgtgtttcactccacattttaaatcttcgaggcctttaggttattctagtgatgg 8573673  T
Q  318 aggtaaggttctgttggaagcaaatcctaactt-----ggataaaactcttaggaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttg 412  Q
    | |||||||||||||||||| || |   || ||     |||   |  || |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||    
T  8573674 aagtaaggttctgttggaaggaatt--gaagttttgtcggaggtatgtcataggaagctgttttggtatgatttgaagagtgaacaagtcagttatgttg 8573771  T
Q  413 aaggaattccta 424  Q
    ||||||||||||    
T  8573772 aaggaattccta 8573783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 140; E-Value: 6e-73
Query Start/End: Original strand, 28 - 594
Target Start/End: Complemental strand, 10348036 - 10347462
Alignment:
Q  28 ttaattgtcgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttcctcttcctgttgaattagaaggtgaagaggttaacaataatagtaatgggagtt 127  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||   ||||||| |||||         |  || |||||    
T  10348036 ttaattgtcgcgtttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttcctcttcctgatgaaatag---gtgaagaagttaa---------tggtgagagtt 10347949  T
Q  128 ttaaaattcgtgttgctgttttgggtgggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagactatggatatag 227  Q
    || || ||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||  ||||  ||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||    
T  10347948 ttgaagttcatgttgctgttttgggagggtgtctttgtatcactgtcgattataaagatactaaaattgatgtttgggtcatgaaagaatatggatgtag 10347849  T
Q  228 tgatagttggtgtaaactttttactttggttaaatcgtgtttcaattcacctttggactttttgaggccgttatgttattctagtgatggaggtaaggtt 327  Q
     |||||||||||||||||||||||| ||| | | ||||||||| ||| ||||||| | || ||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10347848 agatagttggtgtaaactttttactatggctgagtcgtgtttcgatttacctttgaaattgttgaggcccatatgttattctagtgatggaagtaaggtt 10347749  T
Q  328 ctgttgga---agcaaatcctaacttggataaaactcttaggaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttgaaggaat---tc 421  Q
    ||||||||   |||  ||  |   |||||   |   | |||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||   ||    
T  10347748 ctgttggaaagagctcatgttttgttggaggtacaacataggaagctgttttggtatgatttgaagagtgaacaaattagttatgttgaaggaattcctc 10347649  T
Q  422 ctagggtggatcatgccatcatttgtgttggaagtcttgtacaaccttctttccc---------------caggaaggagaatcaaacaagcaagagaag 506  Q
    |||   || || |  | ||  ||||||||||||||||||| | |||||| |||||                | ||||||||||||  |||||||||||||    
T  10347648 ctaatatgaatgaaactatgttttgtgttggaagtcttgtcccaccttccttccctgttgataatcgtaggaagaaggagaatcatccaagcaagagaag 10347549  T
Q  507 gtacttcttattgattacctgagttttttctttgtataagttaatatcaattcaatggacccatcatatgatatatctagttaaactc 594  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||  | |||||||||| |||||| ||||||||||  ||||||| ||||||  ||||||||||    
T  10347548 gtacttcttattgtttaactgagtttttgttgtgtataagtt-atatcagttcaatggacttatcatatcatatatgcagttaaactc 10347462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 28 - 340
Target Start/End: Original strand, 9065477 - 9065784
Alignment:
Q  28 ttaattgtcgcatttaacctcacacttgaaattttcaat-gaggttcctcttcctgttgaattagaaggtgaagaggttaacaataatagtaatgggagt 126  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||| ||  |||||||||||||||      |||||||| ||||    
T  9065477 ttaattgttgcatttaacctcacacttgaaattttcaattgaggttccccttcctgctgaaataagaggtgaagaggttaa------tagtaatgagagt 9065570  T
Q  127 tttaaaattcgtgttgctgttttgggtgggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagactatggatata 226  Q
    ||| ||||   ||||||||||||||| ||||||||||| |||  | ||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||    
T  9065571 tttcaaatgactgttgctgttttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaatattgatggttgggtgatgaaagaatatggatcta 9065670  T
Q  227 gtgatagttggtgtaaactttttactttggttaaatcgtgtttcaattcacctttggactttttgaggccgttatgttattctagtgatggaggtaaggt 326  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||| ||||     || ||||||  || |||||||  |||||||| |||||||    
T  9065671 gagatagttggtgtaaactttttactttggtcaaatcttgtttccattcacatttgacagcttcgaggcctctaggttattccggtgatggaagtaaggt 9065770  T
Q  327 tctgttggaagcaa 340  Q
    ||||||||||||||    
T  9065771 tctgttggaagcaa 9065784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 125; E-Value: 5e-64
Query Start/End: Original strand, 138 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 9292090 - 9291755
Alignment:
Q  138 tgttgctgttttgggtgggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagactatggatatagtgatagttgg 237  Q
    |||||||||||| || | ||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| | ||| |||||||||    
T  9292090 tgttgctgttttaggagagtgtctttgtatgactgtgaattatgaaactactaaaattgatgtttgggtgatgaaacaatatggttctagagatagttgg 9291991  T
Q  238 tgtaaactttttactttggttaaatcgtgtttcaattcacctttggactttttgaggccgttatgttattctagtgatggaggtaaggttctgttggaag 337  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | ||||      ||||| | | ||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |    
T  9291990 tgtaaactttttactttggttaaatcgcggttca------ctttgaaatctttgaggcctttatgttattctagggatggaagtaaggttctgttggacg 9291897  T
Q  338 caaatc---ctaacttggataaaactcttaggaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttgaaggaattcctagggtggatca 434  Q
     || ||    |   |||||   || || |||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||   ||||| |    
T  9291896 gaactcaggttttgttggaggtaaatcataggaagctgttttggtatgatttgaagagtgaacaaattagttatgttgaaggaattcctaatttggatga 9291797  T
Q  435 tgccatcatttgtgttggaagtcttgtacaaccttctttccc 476  Q
     || || |||||||||| ||||||| ||| |||||| |||||    
T  9291796 agctatgatttgtgttgaaagtcttctaccaccttccttccc 9291755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 113; E-Value: 7e-57
Query Start/End: Original strand, 22 - 620
Target Start/End: Complemental strand, 9316279 - 9315691
Alignment:
Q  22 ccttggttaattgtcgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttcctcttcctgttgaattagaaggtgaagaggttaacaataatagtaatg 121  Q
    ||||| || |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||| ||||| ||  ||||||||| | | |  || |      
T  9316279 ccttgtttcattgtcgcgtttaacctaacacttgagattttcaatgtggttcctcttcctgctgaaatagaaagtatagaggttaatagtgagtgtga-- 9316182  T
Q  122 ggagttttaaaattcgtgttgctgttttgggtgggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagactatgg 221  Q
     ||||||| |||||  ||||||||||||||| ||||||||||| |||  | |||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  9316181 -gagttttcaaattgctgttgctgttttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatcaaactactaaaactgatgtttgggtgatgaaagactatgg 9316083  T
Q  222 atatagtgatagttggtgtaaactttttactttggttaaatcgtgtttcaattcacctttggactttttgaggccgttatgttattctagtgatggaggt 321  Q
    || ||||      |||||||||||||||||||||||||| || ||||||| || | ||||| | ||||||| ||| ||| ||||||||||||| ||| ||    
T  9316082 atctagt------tggtgtaaactttttactttggttaattcatgtttcactttatctttgaattttttgaagcctttaggttattctagtgacggaagt 9315989  T
Q  322 aaggttctgttggaagcaaatcctaacttggataaaactcttaggaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttgaaggaattc 421  Q
    |||||||| ||||||  | ||  |||                  |||||||||||||| |||  | | |||||||||||||| ||||||||||||||||     
T  9315988 aaggttctattggaaatagattgtaa------------------gaagctgttttggtgtgacttgatgagtgaacaagttatttatgttgaaggaattt 9315907  T
Q  422 ctagggtggatcatgccatcatttgtgttggaagtcttgtacaaccttctttccc---------------caggaaggagaatcaaacaag------caa 500  Q
    |||   ||||| | || || |||||||||| ||||||||||| |||||| |||||                | |||||||||||| |||||      |||    
T  9315906 ctaatttggatgaagctatgatttgtgttgaaagtcttgtaccaccttccttccctgttgattattgtaggaagaaggagaatcatacaagcaagaacaa 9315807  T
Q  501 gagaaggtacttcttattgattacctgagttttttctttgtataagttaatatcaattcaatggacccatcatatgatatatctagttaaactccatgtt 600  Q
    |||||||||   |||||  ||||  ||||||||| || ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||| |    
T  9315806 gagaaggta---cttatatattatttgagtttttgctatgtataagttaatgtcagttcaatggacccatcatatgatataagtagttaaactctatgct 9315710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 113; E-Value: 7e-57
Query Start/End: Original strand, 110 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 9328780 - 9328572
Alignment:
Q  110 ataatagtaatgggagttttaaaattcgtgttgctgttttgggtgggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgat 209  Q
    |||||||||||  ||||||| |||||  ||||| ||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  9328780 ataatagtaataagagttttgaaattgatgttgatgttttgggagggtgtctttgcatgactttgaattatgaaactactgaaattgatgtttgggtgat 9328681  T
Q  210 gaaagactatggatatagtgatagttggtgtaaactttttactttggttaaatcgtgtttcaattcacctttggactttttgaggccgttatgttattct 309  Q
    |||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||| | | ||||||||| ||| ||||||      
T  9328680 gaaacaatatggatatagagatagttggtgtaaactttttactatggttaaatcgtgtttccatttacctttgaaatctttgaggcctttaggttatttg 9328581  T
Q  310 agtgatgga 318  Q
    |||||||||    
T  9328580 agtgatgga 9328572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 28 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 10372109 - 10371683
Alignment:
Q  28 ttaattgtcgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttcctcttcctgttgaattagaaggtgaagaggttaacaataatagtaatgggagtt 127  Q
    |||||| |||| ||||||||  ||||||| | |||||||||||||||||| |||| |||| |||   ||||||| |||||      |||||||   ||||    
T  10372109 ttaattctcgcgtttaacctatcacttgagactttcaatgaggttcctctccctgatgaactag---gtgaagaagttaa------tagtaat---agtt 10372022  T
Q  128 ttaaaattcgtgttgctgttttgggtgggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagactatggatatag 227  Q
    || ||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||| ||||| ||||| || |||||||  ||||| |||||||||||||||| ||||| | |||    
T  10372021 ttgaaattcgtgttgctgttttaggagggtgtctttgtatgactgtggattataaaactactaacgttgatatttgggtgatgaaagaatatggttctag 10371922  T
Q  228 tgatagttggtgtaaactttttactttggttaaatcgtgtttcaattcacctttggactttttgaggccgttatgttattctagtgatggaggtaaggtt 327  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||   || ||||||||| | |||||| || || ||||||||| |||||||| | ||||||    
T  10371921 agatagttggtgtaaactttttactttggttaaatcaagtttgggtttacctttggaatctttgagacccttgtgttattctcgtgatggaaggaaggtt 10371822  T
Q  328 ctgttggaagcaaatcctaacttg-----gataaaactcttaggaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttgaaggaattcc 422  Q
    || ||||||| | ||| |   |||     | || ||  | | |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  10371821 cttttggaaggagatcatgttttgttggaggtacaa--cattggaagctgttttggtatgatttgaagagtgaacaagttagttatgttgaaggaaattc 10371724  T
Q  423 tagggtggatcatgccatcatttgtgttggaagtcttgtac 463  Q
    ||   ||||| |||| ||  |||||||||| ||||||||||    
T  10371723 taatttggatgatgctatggtttgtgttggtagtcttgtac 10371683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 28 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 10353360 - 10353085
Alignment:
Q  28 ttaattgtcgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttcctcttcctgttgaattagaaggtgaagaggttaacaataatagtaatgggagtt 127  Q
    |||||| |||| |||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||| |||| |   |||| |||||      ||||||   |||||    
T  10353360 ttaattctcgcgtttaacctaacacttgagactttcaatgaggttcctcttcctgatgaaatagagg---aagaagttaa------tagtaa---gagtt 10353273  T
Q  128 ttaaaattcgtgttgctgttttgggtgggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagactatggatatag 227  Q
    |||||||||||||||||| ||| || ||||||||||| |||  |||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||    
T  10353272 ttaaaattcgtgttgctgctttaggagggtgtctttgtatgattgtggattataaagatactaaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggatgtag 10353173  T
Q  228 tgatagttggtgtaaactttttactttggttaaatcgtgtttcaattcacctttggactttttgaggccgttatgttattctagtgat 315  Q
     || ||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||| ||| ||||||| | | ||||||||  ||| ||||||| ||||||    
T  10353172 agagagttggtgtaaactttttactgtggttaaatcttctttcgatttacctttgcaatctttgaggcttttaggttattcgagtgat 10353085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 97; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 138 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 16269242 - 16269098
Alignment:
Q  138 tgttgctgttttgggtgggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagactatggatatagtgatagttgg 237  Q
    ||||||||||||||| || |||||||| ||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  16269242 tgttgctgttttgggaggatgtctttgtataactgtgaattatgaaactactaaaattgatgtttgggtgatgaaagagtatggatatagagatagttgg 16269143  T
Q  238 tgtaaactttttactttggttaaatcgtgtttcaattcacctttg 282  Q
    || ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  16269142 tgcaaactttttaccttggttaaatcgtgtttcacttcacatttg 16269098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 114 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 10336021 - 10335866
Alignment:
Q  114 tagtaatgggagttttaaaattcgtgttgctgttttgggtgggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaa 213  Q
    |||||||| |||||||||||||  | ||||||||||||| |||||||||||  || ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10336021 tagtaatgagagttttaaaatttctattgctgttttgggagggtgtctttgtttgcctgtgaattatcaaactactaaaattgatgtttgggtgatgaaa 10335922  T
Q  214 gactatggatatagtgatagttggtgtaaactttttactttggttaaatcgtgttt 269  Q
    || ||||| | ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  10335921 gaatatggctgtagagatagttggtgtaaacattttactttggttaaatcgtgttt 10335866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 110 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 9321160 - 9320955
Alignment:
Q  110 ataatagtaatgggagttttaaaattcgtgttgctgttttgggtgggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgat 209  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||  ||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||    |||| ||| |||| ||| ||||||||||||||||    
T  9321160 ataatagtaatgagagttttgaaattgatgttgatgttttgggagggtgtctttgcatgactt---attacgaaactacaaaagttgatgtttgggtgat 9321064  T
Q  210 gaaagactatggatatagtgatagttggtgtaaactttttactttggttaaatcgtgtttcaattcacctttggactttttgaggccgttatgttattct 309  Q
    |||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||| ||||||| | | ||||||||| ||| |||||||     
T  9321063 gaaagaatatggttctagagatagttggtgtaaactttttactatggttaaatcgtgttacgatttacctttgaaatctttgaggcctttaggttattcg 9320964  T
Q  310 agtgatgga 318  Q
    |||||||||    
T  9320963 agtgatgga 9320955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 22 - 336
Target Start/End: Original strand, 7115518 - 7115832
Alignment:
Q  22 ccttggttaattgtcgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttcctcttcctgttgaattagaaggtgaagaggttaacaataatagtaatg 121  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||   ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||| | ||||||| | || ||||||    
T  7115518 ccttgtttaattgtcgcgtttaacctaacacttgagcgtttcattgaggttcctcttcctgatgaattaggaggtgaaaaagttaacagtgatggtaatg 7115617  T
Q  122 ggagttttaaaattcgtgttgctgttttgggtgggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagactatgg 221  Q
    | |   || || ||  | ||||||||||||| ||||||||||| |||  ||||||||||  | |||||||||  |||||||||||||||||| | |||||    
T  7115618 gta---ttgaactttctattgctgttttgggagggtgtctttgtatgattgtgaattatagaactactaaaacagatgtttgggtgatgaaacaatatgg 7115714  T
Q  222 atatagtgatagttggtgtaaactttttactttggttaaatcgtgtttcaattcacctttg--gac-tttttgaggccgttatgttattctagtgatgga 318  Q
    || ||| || || ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||| | |||||   || |  || ||||| ||| |||||||||||||||||    
T  7115715 atctagagacagctggtgtaaactttttacattggttaattcgtgtttcgatttatctttgattacatggttcaggcctttaggttattctagtgatgga 7115814  T
Q  319 ggtaaggttctgttggaa 336  Q
     | |||||||| ||||||    
T  7115815 agcaaggttctattggaa 7115832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 28 - 270
Target Start/End: Original strand, 12012431 - 12012667
Alignment:
Q  28 ttaattgtcgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttcctcttcctgttgaattagaaggtgaagaggttaacaataatagtaatgggagtt 127  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||  ||||||||||||||||  |||||| |||| ||  ||||||||||||||    ||||||||      |||    
T  12012431 ttaattgtcgcgtttaacctaacacttgagcttttcaatgaggttccatttcctgatgaaatatgaggtgaagaggttatttgtaatagta------gtt 12012524  T
Q  128 ttaaaattcgtgttgctgttttgggtgggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagactatggatatag 227  Q
    || |||||  |||||||| |||||| ||||||||||| |||  ||||||| || || ||||||| |||||||| | |||||||||||| ||||| | ||     
T  12012525 ttgaaatttctgttgctgatttgggagggtgtctttgtatgattgtgaatcatcaaactactaagattgatgtattggtgatgaaagaatatggttgtaa 12012624  T
Q  228 tgatagttggtgtaaactttttactttggttaaatcgtgtttc 270  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  12012625 agatagttggtgtaaactttttactttggtggaatcgtgtttc 12012667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 139 - 329
Target Start/End: Original strand, 9284180 - 9284370
Alignment:
Q  139 gttgctgttttgggtgggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagactatggatatagtgatagttggt 238  Q
    ||||||||||| || || |||||| | |||  |||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| | ||| ||||||||||    
T  9284180 gttgctgttttaggaggttgtcttagtatgattgtgaattatcaaactactaaaattgacgtttgggtgatgaaagaatatggttctagagatagttggt 9284279  T
Q  239 gtaaactttttactttggttaaatcgtgtttcaattcacctttggactttttgaggccgttatgttattctagtgatggaggtaaggttct 329  Q
    ||||| |||||||||||||||||||  | |||| || || |||| | | ||||||||| ||| ||||||||||||||||  ||||||||||    
T  9284280 gtaaaatttttactttggttaaatcacggttcactttacgtttgaaatctttgaggcctttaggttattctagtgatggtagtaaggttct 9284370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 78; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 539 - 674
Target Start/End: Original strand, 12012927 - 12013054
Alignment:
Q  539 tgtataagttaatatcaattcaatggacccatcatatgatatatctagttaaactccatgttaaaaggtcaaattgaattctgaattcttatcataggac 638  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||       ||||||||||| |||||||    
T  12012927 tgtataagttaatatcaattcaatggacccatcatatgatatatgtagttagactccatgtt-aaaggtcaaat-------tgaattcttattataggac 12013018  T
Q  639 aattattctctaattattttgaagtctctacctttg 674  Q
    ||  |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  12013019 aaggattctctaattactttgaagtctctacctttg 12013054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 28 - 255
Target Start/End: Original strand, 12006003 - 12006224
Alignment:
Q  28 ttaattgtcgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttcctcttcctgttgaattagaaggtgaagaggttaacaataatagtaatgggagtt 127  Q
    |||||| |||| |||||||| ||||||||  ||||||| ||||||||| |||||| |||| ||  ||||||||||||||       | ||||| ||||||    
T  12006003 ttaattttcgcgtttaacctaacacttgaggttttcaacgaggttccttttcctgatgaaataagaggtgaagaggttat------ttgtaatcggagtt 12006096  T
Q  128 ttaaaattcgtgttgctgttttgggtgggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagactatggatatag 227  Q
    || |||||  |||||||| |||||| |||||||||||  ||  |||||||||| || ||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| | ||     
T  12006097 ttgaaattaatgttgctgatttgggagggtgtctttgtttgattgtgaattatcaaactactaagattgatgtatgggtgatgaaagaatatggttgtaa 12006196  T
Q  228 tgatagttggtgtaaactttttactttg 255  Q
     |||||||||||||||||||||||||||    
T  12006197 agatagttggtgtaaactttttactttg 12006224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 71; E-Value: 8e-32
Query Start/End: Original strand, 22 - 317
Target Start/End: Original strand, 11987366 - 11987655
Alignment:
Q  22 ccttggttaattgtcgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttcctcttcctgttgaattagaagg---tgaagaggttaacaataatagta 118  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||  ||||||||||||||||| |||||  |||| ||| |||   |||||||||||    |||||||     
T  11987366 cctttgttaattgtcgcatttaacctaacactcgaggttttcaatgaggttccttttcctcatgaaataggaggaggtgaagaggttac---taatagt- 11987461  T
Q  119 atgggagttttaaaattcgtgttgctgttttgggtgggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagacta 218  Q
      |  |||||| |||||  ||||||||||||||| |||||||||||  || |||||||| || |   |||||| |||||| |||||||||||||||| ||    
T  11987462 --gcaagttttgaaattgatgttgctgttttgggagggtgtctttgtttgactgtgaatcatca---tactaagattgatatttgggtgatgaaagaata 11987556  T
Q  219 tggatatagtgatagttggtgtaaactttttactttggttaaatcgtgtttcaattcacctttggactttttgaggccgttatgttattctagtgatgg 317  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||| || ||| |  |||||||||||  || ||||||| | | |||||| || ||  ||||||| ||||||||    
T  11987557 tggatgtagagatagttggtgtaaacttttcacattgatggaatcgtgtttcgttttacctttgaaatctttgagccctttgggttattcgagtgatgg 11987655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 22 - 470
Target Start/End: Original strand, 12018761 - 12019191
Alignment:
Q  22 ccttggttaattgtcgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttcctcttcctgttgaattagaaggtgaagaggttaacaataatagtaatg 121  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||  | || ||| |||| || |||||||      ||| | |     
T  12018761 cctttgttaattgtcgcatttaacctcacactcgatattttcaatgaggttcctcttcctactaaaataggaggtaaaaaggttaa------taggagta 12018854  T
Q  122 ggagttttaaaattcgtgttgctgttttgggtgggtgtctttgcatgtctgtgaattatg------aagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaaga 215  Q
      |||||| |||||  |||||||| |||||| |||||||||||  ||  | ||||||||       ||  |||||| || | ||||||||||||||||||    
T  12018855 taagttttcaaattgctgttgctgatttgggagggtgtctttgtttgattatgaattatcgaaatcaaattactaagataggtgtttgggtgatgaaaga 12018954  T
Q  216 ctatggatatagtgatagttggtgtaaactttttactttggttaaatcgtgtttcaattcacctttggactttttgaggccgttatgttattctagtgat 315  Q
     ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||  || ||||||    |||||||| || ||| ||||||| ||||||    
T  12018955 atatggatgtagagatagttggtgtaaactttttactttgatggaatcgtgtttcgttttaccttttagatttttgagccctttaggttattcgagtgat 12019054  T
Q  316 ggaggtaaggttctgttggaagcaaatcctaacttggataaaactcttaggaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttgaag 415  Q
    |||   |||||| ||||||| | ||||| |||                   | |||| ||||||||||| | |||||| | |||||||||||||||||||    
T  12019055 ggaaaaaaggttttgttggatgtaaatcataa------------------tatgctggtttggtatgatttgaagagtcagcaagttagttatgttgaag 12019136  T
Q  416 gaattcctagggtggatcatgccatcatttgtgttggaagtcttgtacaaccttc 470  Q
    |||||||||   | ||| | ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  12019137 gaattcctaatttcgatgaagccatgatttgtgttggaagtcttgtaccaccttc 12019191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 68; E-Value: 5e-30
Query Start/End: Original strand, 123 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 9274689 - 9274385
Alignment:
Q  123 gagttttaaaattcgtgttgctgttttgggtgggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagactatgga 222  Q
    ||||||| |||||  ||||| ||||||||  ||||||||||| ||| || ||||||||  |  |||| || |||| ||||||||||||||||| |||||     
T  9274689 gagttttgaaattaatgttgttgttttggaagggtgtctttgtatgactttgaattatcgaaatactgaatttgaagtttgggtgatgaaagaatatggt 9274590  T
Q  223 tatagtgatagttggtgtaaactttttactttggttaaatcgtgtttcaattcacctttggactttttgaggccgttatgttattctagtgatggaggta 322  Q
    | ||  ||||||||||||||||||||||||||| |  || | ||||||  |  |  ||||||  |||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||    
T  9274589 tctacagatagttggtgtaaactttttactttgatggaaccttgtttccttgtagatttggaaatttttaggcctttatgttattctagtgatggaagta 9274490  T
Q  323 aggttctgttggaagcaaatcct-----aacttggataaaactcttaggaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttgaagga 417  Q
    ||||||||||||||| || || |     |||  |||   || |  |||||| ||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  9274489 aggttctgttggaaggaattcatgtttcaac--ggagggaaataataggaacctgatttggtatgatttgaagagtgaacaagttagttttgttaaagga 9274392  T
Q  418 attccta 424  Q
    |||||||    
T  9274391 attccta 9274385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 66; E-Value: 8e-29
Query Start/End: Original strand, 480 - 620
Target Start/End: Complemental strand, 10371648 - 10371511
Alignment:
Q  480 gaaggagaatcaaacaagcaagagaaggtacttcttattgattacctgagttttttctttgtataagttaatatcaattcaatggacccatcatatgata 579  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||  ||| ||||||||||  | ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||    
T  10371648 gaaggagaatcatacaagcaagagaaggtacttattgtt--ttaactgagtttttgttgtgtataagttaatatcagttcaatggatccatcatattata 10371551  T
Q  580 tatctagttaaactccatgttaaaaggtcaaattgaattct 620  Q
    |||  ||||||||||  |||| |||||||||||||||||||    
T  10371550 tatgcagttaaactctgtgtt-aaaggtcaaattgaattct 10371511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #22
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 539 - 674
Target Start/End: Original strand, 11987865 - 11987992
Alignment:
Q  539 tgtataagttaatatcaattcaatggacccatcatatgatatatctagttaaactccatgttaaaaggtcaaattgaattctgaattcttatcataggac 638  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||  ||||| |||||||||||       ||||||| ||| |||||||    
T  11987865 tgtataagttaatatcaattcaatggacccatcatgtgatatatgtagttaaactttatgtt-aaaggtcaaat-------tgaattcctattataggac 11987956  T
Q  639 aattattctctaattattttgaagtctctacctttg 674  Q
    ||  ||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  11987957 aaggattttctaattactttgaagtctctacctttg 11987992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #23
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 496 - 620
Target Start/End: Original strand, 9284540 - 9284665
Alignment:
Q  496 agcaagagaaggtacttctt-attgattacctgagtttttt-ctttgtataagttaatatcaattcaatggacccatcatatgatatatctagttaaact 593  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| | | || |||||||||||||||| || ||| ||||||||||    
T  9284540 agcaagagaaggtacttctttattgattatctgagttttttgctttgtataagttaattttagtttaatggacccatcatataatttatgtagttaaact 9284639  T
Q  594 ccatgttaaaaggtcaaattgaattct 620  Q
      || || |||||||||||||||||||    
T  9284640 ttatatt-aaaggtcaaattgaattct 9284665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #24
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 496 - 620
Target Start/End: Original strand, 9294990 - 9295115
Alignment:
Q  496 agcaagagaaggtacttctt-attgattacctgagtttttt-ctttgtataagttaatatcaattcaatggacccatcatatgatatatctagttaaact 593  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| | | || |||||||||||||||| || ||| | ||||||||    
T  9294990 agcaagagaaggtacttctttattgattatctgagttttttgctttgtataagttaattttagtttaatggacccatcatataatttatgtggttaaact 9295089  T
Q  594 ccatgttaaaaggtcaaattgaattct 620  Q
    | ||| | |||||||||||||||||||    
T  9295090 ctatgct-aaaggtcaaattgaattct 9295115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #25
Raw Score: 56; E-Value: 7e-23
Query Start/End: Original strand, 185 - 424
Target Start/End: Original strand, 8579523 - 8579762
Alignment:
Q  185 ctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagactatggatatagtgatagttggtgtaaactttttactttggttaaatcgtgtttcaattcacctttgga 284  Q
    |||||||  |||| ||||||||||||||| | ||||||| ||| ||||||||||||||| | |||||||| |   | ||||| ||||||  |||||||      
T  8579523 ctactaaggttgaggtttgggtgatgaaaaaatatggatttagagatagttggtgtaaattgtttacttttgaggattcgtgcttcaataaacctttgag 8579622  T
Q  285 ctttttgaggccgttatgttattctagtgatggaggtaaggttctgttggaagcaaatcctaacttggataaaactcttaggaagctgttttggtatgat 384  Q
     | ||||| ||| || ||||||||||||||| || |||| ||||||||||||| |||   |||  |  ||| |  |  || |||||||||||||||||||    
T  8579623 atctttgaagcctttgtgttattctagtgatagaagtaaagttctgttggaagtaaaaggtaatctctatagagattgtaagaagctgttttggtatgat 8579722  T
Q  385 ctcaagagtgaacaagttagttatgttgaaggaattccta 424  Q
    ||||| |||||| |||||| || |||| ||||||||||||    
T  8579723 ctcaaaagtgaagaagttacttgtgttcaaggaattccta 8579762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #26
Raw Score: 56; E-Value: 7e-23
Query Start/End: Original strand, 138 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 9364781 - 9364662
Alignment:
Q  138 tgttgctgttttgggtgggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagactatggatatagtgatagttgg 237  Q
    |||||| |||||||| ||||||||| | |||  |||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||  |  |||||||||    
T  9364781 tgttgcggttttgggagggtgtcttagtatgattgtgaattatcaaactactcaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggattaaaagatagttgg 9364682  T
Q  238 tgtaaactttttactttggt 257  Q
    |||||| | |||||||||||    
T  9364681 tgtaaattgtttactttggt 9364662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #27
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 526 - 620
Target Start/End: Complemental strand, 9328355 - 9328262
Alignment:
Q  526 tgagttttttctttgtataagttaatatcaattcaatggacccatcatatgatatatctagttaaactccatgttaaaaggtcaaattgaattct 620  Q
    ||||||||| || |||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||| ||| | |||||||||||||||||||    
T  9328355 tgagtttttgctatgtataagttgatgtcaattcaatggacccgtcatatgatatatgaagttaaactctatgct-aaaggtcaaattgaattct 9328262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #28
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 539 - 674
Target Start/End: Original strand, 12019266 - 12019391
Alignment:
Q  539 tgtataagttaatatc-aattcaatggacccatcatatgatatatctagttaaactccatgttaaaaggtcaaattgaattctgaattcttatcatagga 637  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||          || |||  |||||||||| ||||||    
T  12019266 tgtataagttaacatccaattcaatggacccatcatatgatatatgtagttaaactctatgttaa----------tgtatt-ggaattcttattatagga 12019354  T
Q  638 caattattctctaattattttgaagtctctacctttg 674  Q
    |||  |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  12019355 caaggattctctaattactttgaagtctctacctttg 12019391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #29
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 366 - 461
Target Start/End: Complemental strand, 10335799 - 10335704
Alignment:
Q  366 gaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttgaaggaattcctagggtggatcatgccatcatttgtgttggaagtcttgt 461  Q
    |||| |||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||   ||||| |  | || ||||||||||||||||||||    
T  10335799 gaagttgttttggtatgatttgaagagtgaacaaattagttatgttgaaggaattcctaatttggatgacactatgatttgtgttggaagtcttgt 10335704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #30
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 366 - 476
Target Start/End: Original strand, 9284389 - 9284499
Alignment:
Q  366 gaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttgaaggaattcctagggtggatcatgccatcatttgtgttggaagtcttgtacaa 465  Q
    ||||||| ||||||||||| | |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||   ||||| | || || |||||||||| ||||||||| | |    
T  9284389 gaagctggtttggtatgatttgaagagtgagcaagttatttatgttgaaggaattcctaatttggatgaagctatgatttgtgttgaaagtcttgtgcca 9284488  T
Q  466 ccttctttccc 476  Q
    ||||| |||||    
T  9284489 ccttccttccc 9284499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #31
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 526 - 674
Target Start/End: Complemental strand, 9320736 - 9320596
Alignment:
Q  526 tgagttttttctttgtataagttaatatcaattcaatggacccatcatatgatatatctagttaaactccatgttaaaaggtcaaattgaattctgaatt 625  Q
    ||||||||| || ||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||| | | |||||||||       ||||||    
T  9320736 tgagtttttgctatgtattagttgatgtcaattcaatggacccatcatatgatatattaagttaaactctatgct-ataggtcaaat-------tgaatt 9320645  T
Q  626 cttatcataggacaattattctctaattattttgaagtctctacctttg 674  Q
     |||| || ||||||  || ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9320644 tttattatcggacaaggatactctaattactttgaagtctctacctttg 9320596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #32
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 366 - 476
Target Start/End: Original strand, 11987686 - 11987796
Alignment:
Q  366 gaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttgaaggaattcctagggtggatcatgccatcatttgtgttggaagtcttgtacaa 465  Q
    ||||||| ||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||   | ||| | || || |||||||||||||||||||||| |    
T  11987686 gaagctggtttggtatgatttgaagagtgaacaatttagttatgttgacggaattcctaaattcgatgaagctatgatttgtgttggaagtcttgtacca 11987785  T
Q  466 ccttctttccc 476  Q
    || || |||||    
T  11987786 ccctccttccc 11987796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #33
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 366 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 9320925 - 9320868
Alignment:
Q  366 gaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttgaaggaattcct 423  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  9320925 gaagctgttttggtatgatttgaagagtgcacaagttagttatgttgaaggaattcct 9320868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #34
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 22 - 106
Target Start/End: Complemental strand, 9292182 - 9292098
Alignment:
Q  22 ccttggttaattgtcgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttcctcttcctgttgaattagaaggtgaagaggtta 106  Q
    ||||| || |||||||| |||||||| |||||||| | |||||||| ||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  9292182 ccttgtttcattgtcgcttttaacctaacacttgagactttcaatgtggttccttttcctgctgaaatagaaggtgaagaggtta 9292098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #35
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 28 - 99
Target Start/End: Complemental strand, 16269331 - 16269260
Alignment:
Q  28 ttaattgtcgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttcctcttcctgttgaattagaaggtgaa 99  Q
    ||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  16269331 ttaatcgtcgcgtttaacctaacacttgagattttcaacgaggttcctcttcctgctgaattacaaggtgaa 16269260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #36
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 28 - 82
Target Start/End: Complemental strand, 9321221 - 9321167
Alignment:
Q  28 ttaattgtcgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttcctcttcctg 82  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  9321221 ttaattgttgcatttaacctaacacttgaaattttcaatgtggttcctcttcctg 9321167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #37
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 366 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 16269011 - 16268953
Alignment:
Q  366 gaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttgaaggaattccta 424  Q
    |||| |||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  16269011 gaagttgttttggtatgatttgaagagtgaacgagttagttatgttgaaggaattccta 16268953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #38
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 363 - 424
Target Start/End: Original strand, 7115841 - 7115902
Alignment:
Q  363 taggaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttgaaggaattccta 424  Q
    |||||||||| ||||||||||| | ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  7115841 taggaagctggtttggtatgatttgaagagcgaacaagttagttgtgttgaaggaattccta 7115902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #39
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 366 - 476
Target Start/End: Original strand, 12012751 - 12012858
Alignment:
Q  366 gaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttgaaggaattcctagggtggatcatgccatcatttgtgttggaagtcttgtacaa 465  Q
    ||||||| ||||||||||| | ||||||   ||||||||||||||||||||||||||||   | ||| | || || |||||||||||||||||||||| |    
T  12012751 gaagctggtttggtatgatttgaagagt---caagttagttatgttgaaggaattcctaatttcgatgaagctatgatttgtgttggaagtcttgtacca 12012847  T
Q  466 ccttctttccc 476  Q
    || || |||||    
T  12012848 ccctccttccc 12012858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #40
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 173 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 7612057 - 7611974
Alignment:
Q  173 tgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagactatggatatagtgatagttggtgtaaactttttactttgg 256  Q
    ||||||||||| ||| |||  |||||||||||||||||||||| |||||||  |  ||||||||||||||| | ||||||||||    
T  7612057 tgaattatgaaactattaagtttgatgtttgggtgatgaaagaatatggattaaaagatagttggtgtaaattgtttactttgg 7611974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #41
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 495 - 674
Target Start/End: Complemental strand, 9364409 - 9364242
Alignment:
Q  495 aagcaagagaaggtacttcttattgattacctgagttttttctttgtataagttaatatcaattcaatggacccatcatatgatatatctagttaaactc 594  Q
    |||||||||||||||||| || || ||   |||||| ||| || |||||||| || ||||  ||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||    
T  9364409 aagcaagagaaggtacttgttgtttat---ctgagtctttgctgtgtataagcta-tatccgttcaatgaacccatcatatgatatatgtacttaaactc 9364314  T
Q  595 catgttaaaaggtcaaattgaattctgaattcttatcataggacaattattctctaattattttgaagtctctacctttg 674  Q
     || || |||||||||||        |||||||||| |||||||||  | |||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  9364313 tatatt-aaaggtcaaat-------ggaattcttattataggacaaggagtctctaattactttgaagtctatacctttg 9364242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #42
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 264 - 354
Target Start/End: Original strand, 8576459 - 8576549
Alignment:
Q  264 gtgtttcaattcacctttggactttttgaggccgttatgttattctagtgatggaggtaaggttctgttggaagcaaatcctaacttggat 354  Q
    |||||||| || | |||||||  |||| ||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||| ||||||||||    
T  8576459 gtgtttcactttatctttggatcttttaaggcctttatgttattcaagtgatagaggtaaggttttgttgcaagtaaatcttaacttggat 8576549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #43
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 366 - 424
Target Start/End: Original strand, 9065813 - 9065871
Alignment:
Q  366 gaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttgaaggaattccta 424  Q
    |||||| |||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  9065813 gaagctcttttggtatgatttgaagagtgaacaagttatttatgttgaaggagttccta 9065871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #44
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 620 - 674
Target Start/End: Complemental strand, 9291617 - 9291563
Alignment:
Q  620 tgaattcttatcataggacaattattctctaattattttgaagtctctacctttg 674  Q
    ||||||||||| |||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9291617 tgaattcttattataggacaaggattctctaattactttgaagtctctacctttg 9291563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #45
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 28 - 82
Target Start/End: Complemental strand, 9328841 - 9328787
Alignment:
Q  28 ttaattgtcgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttcctcttcctg 82  Q
    |||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  9328841 ttaattgttgcgtttaacctaacacttgaaattttcaatgtggttcctcttcctg 9328787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #46
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 366 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 9328542 - 9328485
Alignment:
Q  366 gaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttgaaggaattcct 423  Q
    ||||||||||| ||||||| | | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  9328542 gaagctgtttttgtatgattttaggagtgcacaagttagttatgttgaaggaattcct 9328485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #47
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 539 - 576
Target Start/End: Original strand, 12006496 - 12006533
Alignment:
Q  539 tgtataagttaatatcaattcaatggacccatcatatg 576  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12006496 tgtataagttaatatcaattcaatggacccatcatatg 12006533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #48
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 22 - 82
Target Start/End: Complemental strand, 9274766 - 9274706
Alignment:
Q  22 ccttggttaattgtcgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttcctcttcctg 82  Q
    ||||| |||||||| || |||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  9274766 ccttgtttaattgttgcgtttaacctaacacttgatattttcaatgtggttcctcttcctg 9274706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #49
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 526 - 620
Target Start/End: Original strand, 9061545 - 9061636
Alignment:
Q  526 tgagttttttctttgtataagttaatatcaattcaatggacccatcatatgatatatctagttaaactccatgttaaaaggtcaaattgaattct 620  Q
    ||||||||| || |||||||||| || ||| ||||||||  ||||||||| |||||| ||||||||||| ||| | |||||| ||||||||||||    
T  9061545 tgagtttttgctatgtataagttgatgtcagttcaatgg--ccatcatataatatatgtagttaaactctatgct-aaaggttaaattgaattct 9061636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #50
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 366 - 473
Target Start/End: Complemental strand, 9364571 - 9364464
Alignment:
Q  366 gaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttgaaggaattcctagggtggatcatgccatcatttgtgttggaagtcttgtacaa 465  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||| |  ||||  |||||||||||   || || | || || ||||||||||| |||||||||| |    
T  9364571 gaagctgttttggtacgatctcaagagtgaaaacgttactagtgttccaggaattcctaatatgaatgaagctatgatttgtgttggtagtcttgtacca 9364472  T
Q  466 ccttcttt 473  Q
    ||||||||    
T  9364471 ccttcttt 9364464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #51
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 480 - 567
Target Start/End: Complemental strand, 10335670 - 10335584
Alignment:
Q  480 gaaggagaatcaaacaagcaagagaaggtacttcttattgattacctgagttttttctttgtataagttaatatcaattcaatggacc 567  Q
    |||| ||||||  ||||||||| ||||||||||||||||| ||  ||||||||||  | |||||||||| |||||| |||||||||||    
T  10335670 gaagcagaatcgtacaagcaagggaaggtacttcttattgtttgactgagtttttgttgtgtataagtt-atatcagttcaatggacc 10335584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #52
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 173 - 256
Target Start/End: Original strand, 17566107 - 17566190
Alignment:
Q  173 tgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagactatggatatagtgatagttggtgtaaactttttactttgg 256  Q
    |||||||| || |||||||  |||||||||||||||| ||||| ||||||| ||| |||| |||||||||| | ||||| ||||    
T  17566107 tgaattatcaaactactaatgttgatgtttgggtgattaaagaatatggatttagagataattggtgtaaattgtttaccttgg 17566190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #53
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 368 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 10341293 - 10341189
Alignment:
Q  368 agctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttag---ttatgttgaaggaattcctagggtggatcatgccatcatttgtgttggaagtcttgtaca 464  Q
    ||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||   |||||||||||||||||||    ||||| |||| || || |||||||||||| | ||||     
T  10341293 agctgttttggtatgatttggagagtgaacaagttagttattatgttgaaggaattcctgatttggatgatgctatgatgtgtgttggaagtatagtacc 10341194  T
Q  465 acctt 469  Q
    |||||    
T  10341193 acctt 10341189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #54
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 620 - 674
Target Start/End: Original strand, 12006544 - 12006598
Alignment:
Q  620 tgaattcttatcataggacaattattctctaattattttgaagtctctacctttg 674  Q
    |||||||||||  ||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  12006544 tgaattcttattttaggacaaggattctctaattactttgaagtctctacctttg 12006598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #55
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 564 - 674
Target Start/End: Original strand, 8573931 - 8574035
Alignment:
Q  564 gacccatcatatgatatatctagttaaactccatgttaaaaggtcaaattgaattctgaattcttatcataggacaattattctctaattattttgaagt 663  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||| ||| | |||||||||||| |||||| |     |  ||||||||||  |||||||||||| ||||||||    
T  8573931 gacccatcatatgatatatgtggttaaactctatgct-aaaggtcaaattaaattctta-----tcacataggacaaggattctctaattactttgaagt 8574024  T
Q  664 ctctacctttg 674  Q
     | ||||||||    
T  8574025 ttatacctttg 8574035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #56
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 28 - 82
Target Start/End: Original strand, 9284075 - 9284129
Alignment:
Q  28 ttaattgtcgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttcctcttcctg 82  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| ||  ||||||| ||||||||||||||||    
T  9284075 ttaattgtcgcgtttaacctaacactagaggttttcaaagaggttcctcttcctg 9284129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #57
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 286 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 10335861 - 10335811
Alignment:
Q  286 tttttgaggccgttatgttattctagtgatggaggtaaggttctgttggaa 336  Q
    ||||||||||| ||| |||||| |||||||||| |||||||||| ||||||    
T  10335861 tttttgaggcctttaggttattgtagtgatggaagtaaggttctattggaa 10335811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #58
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 620 - 674
Target Start/End: Complemental strand, 10352789 - 10352735
Alignment:
Q  620 tgaattcttatcataggacaattattctctaattattttgaagtctctacctttg 674  Q
    |||||||||||||||||| ||  |||||||||||| ||||| |||| ||||||||    
T  10352789 tgaattcttatcataggataaggattctctaattactttgacgtctttacctttg 10352735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #59
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 138 - 191
Target Start/End: Original strand, 8576398 - 8576451
Alignment:
Q  138 tgttgctgttttgggtgggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaa 191  Q
    |||||||||||| || ||||||||||| |||  ||||||||||||| |||||||    
T  8576398 tgttgctgtttttggagggtgtctttgtatgagtgtgaattatgaaactactaa 8576451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #60
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 50 - 87
Target Start/End: Complemental strand, 10336064 - 10336027
Alignment:
Q  50 cacttgaaattttcaatgaggttcctcttcctgttgaa 87  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  10336064 cacttgagattttcaatgaggttcctcttcctgatgaa 10336027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #61
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 31 - 79
Target Start/End: Complemental strand, 7612201 - 7612153
Alignment:
Q  31 attgtcgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttcctcttc 79  Q
    |||||||| |||||||| ||||  || ||||||||||||||||||||||    
T  7612201 attgtcgcttttaaccttacacaagagattttcaatgaggttcctcttc 7612153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 289; Significance: 1e-162; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 366 - 674
Target Start/End: Original strand, 29443520 - 29443828
Alignment:
Q  366 gaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttgaaggaattcctagggtggatcatgccatcatttgtgttggaagtcttgtacaa 465  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29443520 gaagctgttttggtatgatctcaagagtgaatgtgttagttatgttgaaggaattcctagggtggatcatgccatcatttgtgttggaagtcttgtacaa 29443619  T
Q  466 ccttctttccccaggaaggagaatcaaacaagcaagagaaggtacttcttattgattacctgagttttttctttgtataagttaatatcaattcaatgga 565  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29443620 ccttctttccccaggaaggagaatcaaacaagcaagagaaggtacttcttattgattacctgagttttttctttgtataagttaatatcaattcaatgga 29443719  T
Q  566 cccatcatatgatatatctagttaaactccatgttaaaaggtcaaattgaattctgaattcttatcataggacaattattctctaattattttgaagtct 665  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  29443720 cccatcatatgatatatctagttaaactccatgttaaaaggtcaaattgaattctgaattcttatcataggacaaggattctctaattattttgaagtct 29443819  T
Q  666 ctacctttg 674  Q
    |||||||||    
T  29443820 ctacctttg 29443828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 366 - 671
Target Start/End: Original strand, 29453503 - 29453799
Alignment:
Q  366 gaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttgaaggaattcctagggtggatcatgccatcatttgtgttggaagtcttgtacaa 465  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||   | ||||| || || |||||||||||||||||||| | |    
T  29453503 gaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttgtgttgaaggaattcctaatttcgatcaagctatgatttgtgttggaagtcttgtgcca 29453602  T
Q  466 ccttctttccccaggaaggagaatcaaacaagcaagagaaggtacttcttattgattacctgagttttttctttgtataagttaatatcaattcaatgga 565  Q
    ||||| ||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||| || ||||||||||||| ||| |||||| ||    
T  29453603 ccttccttccccaggaaagagaattatacaagcaagagaaggtactccttatttattatctgagtttttgctctgtataagttaatttcagttcaataga 29453702  T
Q  566 cccatcatatgatatatctagttaaactccatgttaaaaggtcaaattgaattctgaattcttatcataggacaattattctctaattattttgaagtct 665  Q
     ||||||||||||||||  |||||||||  ||||||||||   ||||       ||||||||||| |||| ||||  |||||||||||| ||||||||||    
T  29453703 tccatcatatgatatatgcagttaaactttatgttaaaag--taaat-------tgaattcttattatagaacaaggattctctaattactttgaagtct 29453793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 130; E-Value: 5e-67
Query Start/End: Original strand, 123 - 523
Target Start/End: Complemental strand, 29423433 - 29423051
Alignment:
Q  123 gagttttaaaattcgtgttgctgttttgggtgggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagactatgga 222  Q
    ||||||| ||||| ||||||| ||| |||  ||||| ||||| ||| ||||||||||| || ||  |||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  29423433 gagttttgaaattggtgttgcggttctggaagggtgcctttgtatgactgtgaattatcaaactgttaaaattgatgtttggctgatgaaagaatatgga 29423334  T
Q  223 tatagtgatagttggtgtaaactttttactttggttaaatcgtgtttcaattcacctttggactttttgaggccgttatgttattctagtgatggaggta 322  Q
    | ||| ||||| ||||||||||||||||||||||   ||||||||||||  | ||||||| |   ||||||||  |||  |||||| || ||||||||||    
T  29423333 tgtagagatagctggtgtaaactttttactttggcagaatcgtgtttcaccttacctttgaaagctttgaggcttttagcttattcgagcgatggaggta 29423234  T
Q  323 aggttctgttggaagcaaatcctaacttggataaaactcttaggaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttgaaggaattcc 422  Q
     |||||||||| ||| | ||||| |                  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  29423233 tggttctgttgcaagtagatcctga------------------gaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttgtgttcaaggaattcc 29423152  T
Q  423 tagggtggatcatgccatcatttgtgttggaagtcttgtacaaccttctttccccaggaaggagaatcaaacaagcaagagaaggtacttcttattgatt 522  Q
    ||   | ||||| ||||| |||||||||||||||||||||  |||||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29423151 taatttcgatcaagccatgatttgtgttggaagtcttgtatcaccttccttccctaggaaggagaatcgcacaagcaagagaaggtacttcttattgatt 29423052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 98; E-Value: 6e-48
Query Start/End: Original strand, 366 - 657
Target Start/End: Original strand, 29467979 - 29468276
Alignment:
Q  366 gaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttgaaggaattcctagggtggatcatgccatcatttgtgttggaagtcttgtacaa 465  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||   || || | || || |||||||||||||||||||||| |    
T  29467979 gaagttgttttggtatgatctcaagagtgaacatgttaattatgttgaaggaattcctaatttgaatgaagctatgatttgtgttggaagtcttgtacca 29468078  T
Q  466 ccttctttccccaggaaggagaatcaaacaagcaagagaaggtacttcttattgattacctgagtttttt---------ctttgtataagttaatatca- 555  Q
    ||||| ||||| ||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||          | |||||||||||||||||     
T  29468079 ccttccttccctaggaacgagaatcgcacaagcaagagaaggtacttcttattgattgtctgagttttttgagtttttgttatgtataagttaatatcac 29468178  T
Q  556 attcaatggacccatc-----atatgatatatctagttaaactccatgttaaaaggtcaaattgaattctgaattcttatcataggacaattattctcta 650  Q
    | | |||||||| |||     |||||||||||  ||||||||||  ||||||||||||||||       ||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  29468179 agttaatggacctatcatatgatatgatatatgcagttaaactc--tgttaaaaggtcaaat-------tgaattcttattataggacaatgattctcta 29468269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 123 - 337
Target Start/End: Original strand, 29467754 - 29467968
Alignment:
Q  123 gagttttaaaattcgtgttgctgttttgggtgggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagactatgga 222  Q
    |||||||||||||  |||||| |||||||| ||||||||||   ||  |||||||||| || ||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  29467754 gagttttaaaattgatgttgcggttttgggagggtgtctttagttgattgtgaattatcaaactagtaaaattgatgtttggttgatgaaagaatatgga 29467853  T
Q  223 tatagtgatagttggtgtaaactttttactttggttaaatcgtgtttcaattcacctttggactttttgaggccgttatgttattctagtgatggaggta 322  Q
    | ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||  ||||| | ||||||||| ||| ||||||| || |||||| |||    
T  29467854 tgtagagatagttggcgtaaactttttactttggttagatcgtgtttcactttacagttggaatctttgaggcctttaggttattcgagcgatggaagta 29467953  T
Q  323 aggttctgttggaag 337  Q
     ||||||||| ||||    
T  29467954 tggttctgtttgaag 29467968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 123 - 337
Target Start/End: Original strand, 29453278 - 29453492
Alignment:
Q  123 gagttttaaaattcgtgttgctgttttgggtgggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagactatgga 222  Q
    ||||||| ||||| ||||||| |||||||  ||||||||||| |||  |||||||||| || ||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  29453278 gagttttgaaattggtgttgcggttttggaagggtgtctttgtatgattgtgaattatcaaactgttaaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatgga 29453377  T
Q  223 tatagtgatagttggtgtaaactttttactttggttaaatcgtgtttcaattcacctttggactttttgaggccgttatgttattctagtgatggaggta 322  Q
    | ||| ||||| |||||| |||||||||||||||   |||| ||||||| || ||||||| |   |||| |||| |||  |||||| || |||||| |||    
T  29453378 tgtagagatagctggtgtgaactttttactttggcggaatcatgtttcattttacctttgaaaactttgtggcctttagcttattcgagcgatggaagta 29453477  T
Q  323 aggttctgttggaag 337  Q
     ||||||||||||||    
T  29453478 tggttctgttggaag 29453492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 154 - 282
Target Start/End: Original strand, 29443326 - 29443454
Alignment:
Q  154 gggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagactatggatatagtgatagttggtgtaaactttttactt 253  Q
    ||||||||||| |||  |||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  29443326 gggtgtctttgtatgattgtgaattatcaaactgctaaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggatgtagagatagctggtgtaaactttttactt 29443425  T
Q  254 tggttaaatcgtgtttcaattcacctttg 282  Q
    ||| | |||||||||||| || |||||||    
T  29443426 tggctgaatcgtgtttcagtttacctttg 29443454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 71; E-Value: 8e-32
Query Start/End: Original strand, 551 - 674
Target Start/End: Complemental strand, 29423052 - 29422938
Alignment:
Q  551 tatcaattcaatggacccatcatatgatatatctagttaaactccatgttaaaaggtcaaattgaattctgaattcttatcataggacaattattctcta 650  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||       ||||||||||| ||| |||||| ||||||||    
T  29423052 tatcaattcaatggaccgatcatatgatatatctagttaaactc--tgttaaaaggtcaaat-------tgaattcttattatatgacaatgattctcta 29422962  T
Q  651 attattttgaagtctctacctttg 674  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  29422961 attattttgaagtctctacctttg 29422938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 30 - 82
Target Start/End: Original strand, 29443217 - 29443269
Alignment:
Q  30 aattgtcgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttcctcttcctg 82  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||||| ||||||    
T  29443217 aattgtcgcgtttaacctaacactcgagattttcaatgaggttccttttcctg 29443269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 23 - 82
Target Start/End: Original strand, 29467669 - 29467728
Alignment:
Q  23 cttggttaattgtcgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttcctcttcctg 82  Q
    |||| |||||| |||| |||||||| |  ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  29467669 cttgtttaattatcgcgtttaacctaaagcttgagattttcaatgaggttcctcttcctg 29467728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 29 - 82
Target Start/End: Complemental strand, 29423512 - 29423459
Alignment:
Q  29 taattgtcgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttcctcttcctg 82  Q
    ||||||| || |||||||| |||| ||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  29423512 taattgttgcgtttaacctaacacatgagattttcaatgaggttccttttcctg 29423459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 109; Significance: 2e-54; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 138 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 37462645 - 37462443
Alignment:
Q  138 tgttgctgttttgggtgggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaag---ctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagactatggatatagtgatagt 234  Q
    ||||||||||||||| || |||||||| ||| ||||||||||| ||    |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||    
T  37462645 tgttgctgttttgggaggctgtctttgtatgactgtgaattataaaaaaactactaaatttgatgtttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagt 37462546  T
Q  235 tggtgtaaactttttactttggttaaatcgtgtttcaattcacctttggactttttgaggccgttatgttattctagtgatggaggtaaggttctgttgg 334  Q
    ||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||| |||||||||| | | ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  37462545 tggtgtaaactttgtactgtggataaatcgtgtttcacttcacctttgaaatctttgaggcctttatgttattctagtgatggaagtaaggttttgttgg 37462446  T
Q  335 aag 337  Q
    |||    
T  37462445 aag 37462443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 194 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 39427740 - 39427594
Alignment:
Q  194 ttgatgtttgggtgatgaaagactatggatatagtgatagttggtgtaaactttttactttggt---taaatcgtgtttcaattcacctttggacttttt 290  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||| | |||||||| ||     ||| ||||||||||||||||||    | |||    
T  39427740 ttgatgtttgggtgatgaaagaatatggatatagatatagttggtgtaaattgtttacttttgtaggggaatggtgtttcaattcacctttaatgtcttt 39427641  T
Q  291 gaggccgttatgttattctagtgatggaggtaaggttctgttggaag 337  Q
    || ||| ||||||||||| |||||| || |||| |||||||||||||    
T  39427640 gaagcctttatgttattccagtgatagaagtaaagttctgttggaag 39427594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 557 - 674
Target Start/End: Complemental strand, 37462205 - 37462095
Alignment:
Q  557 ttcaatggacccatcatatgatatatctagttaaactccatgttaaaaggtcaaattgaattctgaattcttatcataggacaattattctctaattatt 656  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||||  || ||| |||||||||||||||||       ||||| | |||||||||  |||||||||||| |    
T  37462205 ttcattggacccatcatatgatatatgtagttaagttctatgctaaaaggtcaaattgaa-------ttcttgttataggacaaggattctctaattact 37462113  T
Q  657 ttgaagtctctacctttg 674  Q
    ||||||||||||||||||    
T  37462112 ttgaagtctctacctttg 37462095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 367 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 37462410 - 37462353
Alignment:
Q  367 aagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttgaaggaattccta 424  Q
    ||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  37462410 aagctgttttggtatgattggaagagtgaacaagttagttatattgaaggagttccta 37462353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 28 - 87
Target Start/End: Complemental strand, 37462743 - 37462684
Alignment:
Q  28 ttaattgtcgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttcctcttcctgttgaa 87  Q
    |||||| ||||||||||||| ||| |||| ||||| || |||||||||||||| ||||||    
T  37462743 ttaattttcgcatttaacctaacatttgagatttttaacgaggttcctcttccggttgaa 37462684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0667 (Bit Score: 107; Significance: 3e-53; HSPs: 3)
Name: scaffold0667
Description:

Target: scaffold0667; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 29 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 4727 - 4432
Alignment:
Q  29 taattgtcgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttcctcttcctgttgaattagaaggtgaagaggttaacaataatagtaatgggagttt 128  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||  |  |||||||||||      |   ||||  ||| |    
T  4727 taattgtcgcttttaacctaacacttgaaattttcaatgaggttcctcttcctgacgaaataggtgaagaagaggttaa------ttcaaatgacagtgt 4634  T
Q  129 taaaattcgtgttgctgttttgggtgggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagactatggatatagt 228  Q
    | |||||  |||||||| |||||| || |||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||  |      
T  4633 tgaaattgatgttgctgctttgggaggatgtctttgtatgactgtgaattatgaaactactaaaattgatgtttgggtgatgaaacaatatggattaaaa 4534  T
Q  229 gatagttggtgtaaactttttactttggttaaatcgtgtttcaattcacctttggactttttgaggccgttatgttattctagtgatggaggtaaggttc 328  Q
    |||||||||||||||||||||||| || | ||||||||| ||| ||||| |||| | | || ||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  4533 gatagttggtgtaaactttttactatgatgaaatcgtgtgtcacttcacatttgaaatcttcgagtcctttatgttattctagtgatggaagtaaggttc 4434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0667; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 528 - 620
Target Start/End: Complemental strand, 4208 - 4117
Alignment:
Q  528 agttttttctttgtataagttaatatcaattcaatggacccatcatatgatatatctagttaaactccatgttaaaaggtcaaattgaattct 620  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||  || |||||  ||||||||||||||    
T  4208 agtttttgctgtgtataagttaatatctgttcaatggacccatcatatgatttatttagttaaactctgtgctaaaa-ctcaaattgaattct 4117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0667; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 366 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 4393 - 4350
Alignment:
Q  366 gaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatg 409  Q
    ||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||    
T  4393 gaagctgttttggtatgatttgaagactgaacaagttagttatg 4350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 100; Significance: 4e-49; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 123 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 26575029 - 26574882
Alignment:
Q  123 gagttttaaaattcgtgttgctgttttgggtgggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagactatgga 222  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||| ||| ||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  26575029 gagttttaaaattcgtgttgctgatttaggagggtgtctttgtatgactgtggattataaagatactaaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatgga 26574930  T
Q  223 tatagtgatagttggtgtaaactttttactttggttaaatcgtgtttc 270  Q
    | ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  26574929 tgtagagatagttggtgtaaactttttactgtggttaaatcgtgtttc 26574882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 185 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 561328 - 561273
Alignment:
Q  185 ctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagactatggatatagtgatagttggtgt 240  Q
    |||||||  ||||||||||||| |||||||| ||||||| ||| ||||||||||||    
T  561328 ctactaaggttgatgtttgggtaatgaaagaatatggatttagagatagttggtgt 561273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 96; Significance: 1e-46; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 145 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 45243845 - 45243555
Alignment:
Q  145 gttttgggtgggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagactatggatatagtgatagttggtgtaaac 244  Q
    |||||||| | ||||||||| |||  |||||||||| || ||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||| |||| |||||||||||    
T  45243845 gttttgggagagtgtctttgtatgattgtgaattatcaaactaatgaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggttctagagatatttggtgtaaac 45243746  T
Q  245 tttttactttggttaaatcgtgtttcaattcacctttggactttttgaggccgttatgttattctagtgatggaggtaaggttctgttggaagcaaatcc 344  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||| | ||||||||| ||||||||||| |||||| || |||| |||||||||| | ||||||     
T  45243745 tttttactttggttaaatcgtgtttcaattttcatttggaatctttgaggcctttatgttattcgagtgatcgaagtaaagttctgttggtaacaaatca 45243646  T
Q  345 t--aa---------cttggataaaactcttaggaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttgaaggaattccta 424  Q
    |  ||          ||| ||  |  || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||    
T  45243645 tgcaagttacttgtattgtatgtacatcctaggaagctgttttggtatgatctcaacagtgaacaacttacttatgttcaaggaattccta 45243555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 6e-39
Query Start/End: Original strand, 185 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 45238056 - 45237811
Alignment:
Q  185 ctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagactatggatatagtgatagttggtgtaaactttttactttggttaaatcgtgtttcaattcacctttgga 284  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||  | | || |    
T  45238056 ctactcaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttggtgtaaactttttactttagttgaatcgtgtttcaattttcatctgaa 45237957  T
Q  285 ctttttgaggccgttatgttattctagtgatggaggtaaggttctgttggaagcaaatc------ctaacttggataaaactcttaggaagctgttttgg 378  Q
     || |||||||| ||||||||||| || ||| || |||| |||||||||| | ||||||      ||| | ||  |  || || ||||||| ||||||||    
T  45237956 attgttgaggcctttatgttattcaagcgatcgaagtaaagttctgttggtaacaaatcatgcaactagcatgtctgcaaatcctaggaagttgttttgg 45237857  T
Q  379 tatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttgaaggaattccta 424  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||| |||||||  |||||||||||    
T  45237856 tatgacctcaagaatgaacaagttatttatgttcgaggaattccta 45237811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 81; E-Value: 9e-38
Query Start/End: Original strand, 156 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 45230570 - 45230293
Alignment:
Q  156 gtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatg---tttgggtgatgaaagactatggatatagtgatagttggtgtaaactttttact 252  Q
    ||||||||| |||  |||||||||| || ||| |||||||||||   |||||||||||||||| ||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  45230570 gtgtctttgtatgattgtgaattatcaaactaataaaattgatgatgtttgggtgatgaaagaatatggttctagagatagttggtgtaaactttttact 45230471  T
Q  253 ttggttaaatcgtgtttcaattcacctttggactttttgaggccgttatgttattctagtgatggaggtaaggttctgttggaagcaaatc------cta 346  Q
    |||||||||||||| |||||||  | |||||  | |||||| || ||||||||||| ||||||  | |||| || ||||||| | ||||||       |     
T  45230470 ttggttaaatcgtggttcaattttcatttggtatctttgagacctttatgttattcgagtgatcaacgtaaagtactgttggcaacaaatcatgcaagtt 45230371  T
Q  347 acttggataaaactcttaggaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttgaaggaattccta 424  Q
    |||||  |  || || | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||    
T  45230370 acttgtttgtaaatccttggaagctgttttggtatgatttcaagagtgaacaagttactcatgttcaaggaattccta 45230293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 65; Significance: 3e-28; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 138 - 476
Target Start/End: Original strand, 41966694 - 41967017
Alignment:
Q  138 tgttgctgttttgggtgggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagactatggatatagtgatagttgg 237  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||| |||  |||| ||||| || |||   |  |||||||||||||||||||||| ||| ||| ||| ||||| |||    
T  41966694 tgtttctgttttgggagggtgtctttgtatggttgtggattatcaaactagcgatgttgatgtttgggtgatgaaagaatatcgatctagagatagctgg 41966793  T
Q  238 tgtaaactttttactttggttaaatcgtgtttcaattcacctttggactttttgaggccgttatgttattctagtgatggaggtaaggttctgttggaag 337  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||| | |  ||| ||   ||| ||| |||||| |||||| | |||||||||||| |||    
T  41966794 tgtaaactttttactttggttaaatcttgtttcacttcatctttgaaatccttgggggttttaggttgttctagcgatggaaggaaggttctgttgcaag 41966893  T
Q  338 caaatcctaacttggataaaactcttaggaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttgaaggaattcctagggtggatcatgc 437  Q
     || |  | | ||               ||| ||||||||||||||| | |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||   | ||| | ||    
T  41966894 gaattaatgattt---------------gaaactgttttggtatgatttgaagagtgaacaaattacttatgttgaaggaattcctaattttgatgaagc 41966978  T
Q  438 catcatttgtgttggaagtcttgtacaaccttctttccc 476  Q
    |||  ||||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  41966979 catgttttgtgttggaagtcttgtaccaccttccttccc 41967017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 493 - 620
Target Start/End: Original strand, 41967067 - 41967192
Alignment:
Q  493 acaagcaagagaaggtacttcttattgattacctgagttttttctttgtataagttaatatcaattcaatggacccatcatatgatatatctagttaaac 592  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||| || || |||| ||||||||| ||| | || | | ||||||||||||||||  ||| || || ||||||    
T  41967067 acaagcaagagaaggtacttcttgttcattatcttagcttttgctttgtatatgtt-agattagtgcaatggacccatcatacaatacatgtacttaaac 41967165  T
Q  593 tccatgttaaaaggtcaaattgaattct 620  Q
    || ||||| |||||| ||||||||||||    
T  41967166 tctatgtt-aaaggttaaattgaattct 41967192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 22 - 87
Target Start/End: Original strand, 41966602 - 41966667
Alignment:
Q  22 ccttggttaattgtcgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttcctcttcctgttgaa 87  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||  ||||||||||||||| ||||    
T  41966602 ccttgtttaattgtcgcgtttaacctaacacttgagattttcaaccaggttcctcttcctgctgaa 41966667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000004; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 189 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 36224520 - 36224454
Alignment:
Q  189 taaaattgatgtttgggtgatgaaagactatggatatagtgatagttggtgtaaactttttactttg 255  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||| | |||||||||    
T  36224520 taaatttgatgtttgggtgatgaaagaatatggatttagagatagttggtgtaaattgtttactttg 36224454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University